单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-08-09	Iterative point set registration for aligning scRNA-seq data 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007939 PMID:33108369	研究论文	本文开发了一种名为Single Cell Iterative Point set Registration (SCIPR)的方法，用于对齐和整合来自不同技术和平台的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	SCIPR方法能够使用原始表达空间进行对齐，并能推广到新的数据，这是现有方法所未能实现的	NA	开发一种新的方法来对齐和整合不同来源的scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-Seq数据集
702	2024-08-09	Single-Cell Isolation from Regenerating Murine Muscles for RNA-Sequencing Analysis 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100051 PMID:33111097	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）无偏评估再生小鼠骨骼肌的完整协议	该协议专注于从肌肉中分离单核细胞进行后续的scRNA-seq分析，并可修改以评估其他感兴趣组织的细胞群	NA	开发一种用于无偏评估再生小鼠骨骼肌的scRNA-seq分析方法	再生小鼠骨骼肌中的单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个细胞
703	2024-08-09	Protocol for Identification and Removal of Doublets with DoubletDecon 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100085 PMID:33111118	研究论文	本文介绍了使用DoubletDecon工具识别和移除单细胞RNA测序数据中的多重捕获（doublets）的方法	开发了DoubletDecon工具，通过解卷积和独特基因表达分析来识别和移除doublets	NA	解决单细胞RNA测序数据中多重捕获对细胞群体和标记基因识别的干扰问题	单细胞RNA测序数据中的多重捕获	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
704	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Human Lymph Node Stroma 2020-06-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100021 PMID:33111075	研究论文	本文提供了一种用于单细胞RNA测序的细胞准备协议，以表征人淋巴结中基质的异质性	利用单细胞技术全面无偏地表征基质细胞的异质性	NA	表征人淋巴结中基质细胞的异质性	人淋巴结中的基质细胞	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
705	2024-08-09	Protocol to Prepare Single-Cell Suspensions from Mouse Vagal Sensory Ganglia for Transcriptomic Studies 2020-06-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100030 PMID:33111081	研究论文	本文提供了一种从鼠类迷走神经感觉神经节中提取并制备高质量单细胞悬液的详细协议，适用于转录组学研究	该协议可有效应用于其他外周和中枢神经元群体，仅需少量修改	NA	提供一种有效的单细胞悬液制备方法，用于迷走神经感觉神经元的转录组学研究	鼠类迷走神经感觉神经节	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
706	2024-08-09	Endothelial, pericyte and tumor cell expression in glioblastoma identifies fibroblast activation protein (FAP) as an excellent target for immunotherapy 2020, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1191 PMID:33082953	研究论文	本研究验证了纤维母细胞活化蛋白（FAP）作为胶质母细胞瘤免疫治疗新靶点的有效性	首次详细研究了FAP在胶质母细胞瘤中的表达情况，并发现其在肿瘤血管中的高表达	NA	验证FAP作为胶质母细胞瘤免疫治疗的新靶点	胶质母细胞瘤组织及正常脑组织	数字病理学	脑癌	免疫染色、流式细胞术、单细胞转录组学（scRNAseq）	NA	组织样本、细胞培养	大量胶质母细胞瘤组织及正常脑组织样本
707	2024-08-09	Single-cell transcriptome atlas of lung adenocarcinoma featured with ground glass nodules 2020, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-020-00200-x PMID:33083004	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较了磨玻璃结节型肺腺癌（GGN-ADC）与实性腺癌（SADC）的细胞特征	首次提供了磨玻璃结节型肺腺癌的单细胞转录组图谱，并发现了GGN-ADC中细胞增殖信号通路的下调以及基质细胞在GGN-ADC和SADC中的不同作用	研究样本量较小，仅包括五名GGN-ADC患者和五名SADC患者	深入分析磨玻璃结节型肺腺癌的细胞表型，为肺癌的预防和治疗提供见解	磨玻璃结节型肺腺癌和实性腺癌的细胞特征	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	60,459个细胞，来自五名GGN-ADC患者和五名SADC患者
708	2024-08-09	Improved detection of tumor suppressor events in single-cell RNA-Seq data 2020, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-020-00151-y PMID:33083012	研究论文	本文提出了一种名为SCIRA的计算策略，用于在单细胞分辨率下推断组织特异性转录因子的调控活性，并识别单细胞RNA-Seq癌症研究中的肿瘤抑制事件	SCIRA提高了检测调控活性变化的敏感性，能够预测单个癌细胞中的失活事件，而这些在差异表达分析中无法检测到	NA	旨在解析肿瘤抑制事件的异质性，特别是在单细胞水平上	组织特异性转录因子在癌症中的失活事件	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	计算策略	RNA-Seq数据	来自吸烟者的正常非纤毛肺上皮细胞
709	2024-08-09	A robust semi-supervised NMF model for single cell RNA-seq data 2020, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10091 PMID:33088619	研究论文	本文提出了一种鲁棒的半监督非负矩阵分解（rssNMF）模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	首次将先验知识（如细胞标记基因）引入到单细胞RNA测序数据的聚类分析中	NA	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	十二个带有真实标签的单细胞RNA测序数据集
710	2024-08-09	The cellular basis of distinct thirst modalities 2020-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2821-8 PMID:33057193	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了大脑中终板旁器官在感知不同类型口渴刺激中的细胞基础	首次揭示了大脑中特定神经元类型在不同口渴状态中的作用	NA	探究大脑中不同口渴状态的细胞基础	大脑中的终板旁器官和神经元类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种兴奋性和抑制性神经元类型
711	2024-08-09	MARS: discovering novel cell types across heterogeneous single-cell experiments 2020-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-00979-3 PMID:33077966	研究论文	本文介绍了一种名为MARS的元学习方法，用于在异质单细胞RNA测序数据中识别和注释已知及新型细胞类型	MARS通过跨多个数据集转移潜在细胞表示来克服细胞类型的异质性，并能发现以前未见过的细胞类型	NA	开发一种方法以在异质单细胞RNA测序数据中识别和注释新型细胞类型	异质单细胞RNA测序数据中的新型细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	深度学习	数据集	大量小鼠细胞图谱
712	2024-08-09	A new lymphoid-primed progenitor marked by Dach1 downregulation identified with single cell multi-omics 2020-12, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-0799-x PMID:33077975	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了Dach1及其相关基因在淋巴样前体细胞中的表达模式，并利用Dach1-GFP报告鼠模型，鉴定了一类具有淋巴样潜能的新型前体细胞——淋巴样前体细胞（LPPs）。	本文首次鉴定了一种新型淋巴样前体细胞（LPPs），并定义了淋巴样发育在造血过程中的早期分支点。	NA	研究淋巴样前体细胞的鉴定及其在造血过程中的作用。	淋巴样前体细胞（LPPs）及其在造血过程中的作用。	血液学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
713	2024-08-09	Visualizing HIF-1α mRNA in a Subpopulation of Bone Marrow-Derived Cells to Predict Retinal Neovascularization 2020-11-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.0c00662 PMID:33080135	研究论文	本文描述了一种新的混合纳米颗粒的合成，用于在小鼠新生血管化模型中选择性地可视化微胶质细胞/巨噬细胞中的HIF-1α mRNA	开发了一种新的混合纳米颗粒，能够选择性地在特定组织微胶质细胞/巨噬细胞中可视化HIF-1α mRNA，用于预测新生血管化的发生和进展	NA	研究微胶质细胞/巨噬细胞在新生血管化中的调控作用，并开发一种新的方法来预测新生血管化的发生和进展	微胶质细胞/巨噬细胞中的HIF-1α mRNA表达	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
714	2024-08-09	Leveraging Uncertainty in Machine Learning Accelerates Biological Discovery and Design 2020-11-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.09.007 PMID:33065027	研究论文	本文展示了利用基于高斯过程的不确定性预测在生物发现中的广泛应用	通过量化预测不确定性，算法能够更好地处理超出训练数据分布的新现象	NA	加速生物发现和设计	化合物库中的化合物及其对不同激酶和结核分枝杆菌细胞生长的抑制作用	机器学习	NA	高斯过程	NA	化合物	72个化合物用于训练模型，10,833个化合物用于预测
715	2024-08-09	Cell-type-specific 3D epigenomes in the developing human cortex 2020-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2825-4 PMID:33057195	研究论文	研究了人类皮质发育过程中特定细胞类型的三维表观基因组特征	开发了CRISPRview技术，整合免疫染色、CRISPR干扰、RNAscope和图像分析，验证了细胞类型特异性的顺式调控元件	NA	揭示发育中人类皮质中细胞类型特异性的基因表达模式，并增进对基因调控和谱系特化的理解	放射状胶质细胞、中间前体细胞、兴奋性神经元和抑制性神经元	表观遗传学	NA	CRISPR干扰、RNAscope、图像分析	NA	基因组数据	来自中孕期人类皮质样本的多种细胞类型
716	2024-08-09	PREIMPLANTATION GENETIC TESTING: Single-cell technologies at the forefront of PGT and embryo research 2020-11, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-20-0102 PMID:33065545	研究论文	本文探讨了单细胞技术在胚胎植入前遗传测试（PGT）和胚胎研究中的应用	介绍了高吞吐量技术如DNA微阵列和大规模并行测序的发展，使得单细胞基因组研究从评估少数位点扩展到全面筛查所有24条染色体	NA	研究单细胞技术在胚胎发育和遗传疾病检测中的应用	胚胎的染色体镶嵌现象及其对胚胎发育的影响	遗传学	遗传性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
717	2024-08-09	Publisher Correction: A single-cell transcriptome atlas of marsupial embryogenesis and X inactivation 2020-Nov, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2840-5 PMID:33067604	correction	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
718	2024-08-09	Single-cell transcriptomics uncover distinct innate and adaptive cell subsets during tissue homeostasis and regeneration 2020-11, Journal of leukocyte biology IF:3.6Q2 DOI:10.1002/JLB.6MR0720-131R PMID:33070367	综述	本文综述了单细胞转录组学在揭示组织稳态和再生过程中不同免疫细胞亚群中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）提供了一种前所未有的方法，无需依赖先验的细胞特异性标记即可揭示细胞多样性	NA	探讨scRNA-Seq如何促进免疫细胞的表征，包括巨噬细胞、固有淋巴细胞和T、B淋巴细胞，以及发现免疫细胞异质性、识别新亚群和追踪不同免疫细胞在组织稳态、修复和再生中的发育轨迹	免疫细胞在组织修复和再生中的作用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
719	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Engineered Cardiac Tissues From Patient-Specific Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Reveals Abnormal Developmental Trajectory and Intrinsic Contractile Defects in Hypoplastic Right Heart Syndrome 2020-10-20, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.120.016528 PMID:33059525	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和表型分析，比较了来自患者和健康个体的诱导多能干细胞衍生的心肌细胞及其工程化组织模型，揭示了肺动脉闭锁伴完整室间隔（PAIVS）中先天性心脏病的内在发育和功能异常	首次揭示了PAIVS中心肌细胞发育和功能的内在异常，排除了次要解剖缺陷的影响	NA	理解PAIVS中先天性心脏病的内在发育和功能异常	来自患者和健康个体的诱导多能干细胞衍生的心肌细胞及其工程化组织模型	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	3名PAIVS患者和3名健康个体的诱导多能干细胞衍生的心肌细胞及其工程化组织模型
720	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Parkinson's Disease Human In Vitro Models Reveals Dopamine Neuron-Specific Stress Responses 2020-10-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108263 PMID:33053338	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了帕金森病人类体外模型中多巴胺神经元对细胞毒性和遗传应激的基因表达动态	首次进行了最大规模的单细胞转录组学研究，揭示了多巴胺神经元亚型的转录特征和应激敏感性差异	NA	阐明帕金森病中多巴胺神经元在细胞毒性和遗传应激下的基因表达动态	人类诱导多能干细胞（iPSC）衍生的多巴胺神经元	数字病理学	帕金森病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多个神经元亚型