单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
701	2024-08-09	Spatial Transcriptomics Reveals Genes Associated with Dysregulated Mitochondrial Functions and Stress Signaling in Alzheimer Disease 2020-Oct-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2020.101556 PMID:33083725	研究论文	本研究利用空间转录组学技术，揭示了与阿尔茨海默病中失调的线粒体功能和应激信号相关的基因	首次在阿尔茨海默病的小鼠模型中，通过空间转录组学技术识别出在海马体和嗅球中空间下调的基因Bok，该基因与线粒体生理和细胞死亡相关	NA	旨在同时发现海马体和嗅球结构层中可能与阿尔茨海默病早期海马体突触缺陷和嗅觉功能障碍相关的新的和已知的分子靶点	阿尔茨海默病小鼠模型的海马体和嗅球	数字病理学	阿尔茨海默病	空间转录组学	NA	转录组数据	小鼠和人类阿尔茨海默病脑组织
702	2024-08-09	Neural crest lineage analysis: from past to future trajectory 2020-10-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.193193 PMID:33097550	综述	本文从历史角度回顾了神经嵴细胞谱系追踪的主要发现，并讨论了先进技术如何改进谱系追踪研究以及如何应用于多能性问题	结合新兴的分子和成像工具，如单细胞转录组学、单分子荧光杂交和高分辨率成像，扩展了神经嵴细胞谱系研究的范畴，超越了发育阶段，涵盖了再生和癌症起始	NA	回顾神经嵴细胞谱系追踪的历史发展，并探讨新技术如何推动该领域的研究	神经嵴细胞的谱系追踪及其在发育、再生和癌症起始中的应用	NA	NA	单细胞转录组学、单分子荧光杂交、高分辨率成像	NA	NA	NA
703	2024-08-09	A distinct GM-CSF+ T helper cell subset requires T-bet to adopt a TH1 phenotype and promote neuroinflammation 2020-Oct-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aba9953 PMID:33097590	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和高维单细胞质谱流式技术，鉴定了健康个体血液中包括GM-CSF产生细胞在内的八种抗原经验性CD45RACD4 T细胞群体，并研究了这些细胞在实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的作用。	首次详细研究了GM-CSF产生T细胞的身份，并发现这些细胞在自身免疫性脑脊髓炎模型中通过T-bet表达增强其致脑炎性。	NA	探讨GM-CSF产生T细胞在自身免疫性疾病中的作用及其分子机制。	GM-CSF产生T细胞及其在实验性自身免疫性脑脊髓炎中的作用。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序，高维单细胞质谱流式技术	NA	细胞数据	健康个体血液样本及实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型
704	2024-08-09	Gene expression and functional deficits underlie TREM2-knockout microglia responses in human models of Alzheimer's disease 2020-10-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19227-5 PMID:33097708	研究论文	研究通过CRISPR-modified TREM2-knockout iPSC分化的人类小胶质细胞，探讨TREM2在阿尔茨海默病中的作用	首次结合转录组学和功能分析，以及在阿尔茨海默病小鼠模型中研究TREM2缺失对人类小胶质细胞的影响	NA	探究TREM2在人类小胶质细胞中的正常和疾病相关功能	TREM2敲除的人类小胶质细胞及其在阿尔茨海默病中的作用	数字病理学	阿尔茨海默病	CRISPR, 单细胞测序	NA	转录组数据	使用CRISPR-modified TREM2-knockout iPSC分化的小胶质细胞
705	2024-08-09	Characterization of rare spindle and root cell transcriptional profiles in the stria vascularis of the adult mouse cochlea 2020-10-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75238-8 PMID:33093630	研究论文	本研究通过单核RNA测序技术，分析了成年小鼠耳蜗血管纹中稀有细胞类型（如纺锤细胞和根细胞）的转录组特征	首次详细描述了成年小鼠耳蜗血管纹中稀有细胞类型的转录组特征，并鉴定了这些细胞的新型特异性标记物	研究主要集中在成年小鼠耳蜗血管纹的稀有细胞类型，未涉及其他细胞类型或不同发育阶段的细胞	探讨耳蜗血管纹稀有细胞类型的转录组特征及其在听力维持中的功能作用	成年小鼠耳蜗血管纹中的稀有细胞类型，包括纺锤细胞和根细胞	数字病理学	听力损失	单核RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠耳蜗血管纹样本
706	2024-08-09	Identification of a dysfunctional microglial population in human Alzheimer's disease cortex using novel single-cell histology image analysis 2020-10-20, Acta neuropathologica communications IF:6.2Q1 DOI:10.1186/s40478-020-01047-9 PMID:33081847	research paper	本研究通过新型单细胞组织学图像分析，鉴定了阿尔茨海默病（AD）患者大脑皮层中功能障碍的微胶质细胞群体	首次在人类脑组织中通过解剖学上下文验证了与AD病理相关的微胶质细胞群体，并使用高吞吐量的免疫组织化学数据支持了微胶质功能障碍假说	NA	鉴定和验证阿尔茨海默病中与病理相关的微胶质细胞群体	阿尔茨海默病患者的大脑皮层微胶质细胞	digital pathology	阿尔茨海默病	荧光免疫组织化学	NA	image	正常组和AD组各8个中间颞回样本
707	2024-08-09	Deep immunophenotyping at the single-cell level identifies a combination of anti-IL-17 and checkpoint blockade as an effective treatment in a preclinical model of data-guided personalized immunotherapy 2020-10, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001358 PMID:33093158	研究论文	本文通过深度免疫表型分析，识别出在一种临床前模型中，抗IL-17和免疫检查点阻断联合治疗的有效性	开发了一种垂直流阵列芯片（VFAC）用于靶向单细胞RNA测序，以识别T细胞的独特亚型，并发现IL-17产生细胞在肿瘤微环境中的作用	研究仅限于临床前模型，需要进一步的临床试验验证	验证个性化免疫治疗策略的可行性，通过深度免疫表型分析指导治疗	胃癌细胞系YTN2和YTN16在C57BL/6小鼠中的免疫反应	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq），流式细胞术	NA	RNA	使用YTN2和YTN16胃癌细胞系在C57BL/6小鼠中进行实验
708	2024-08-09	Iterative point set registration for aligning scRNA-seq data 2020-10, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007939 PMID:33108369	研究论文	本文开发了一种名为Single Cell Iterative Point set Registration (SCIPR)的方法，用于对齐和整合来自不同技术和平台的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	SCIPR方法能够使用原始表达空间进行对齐，并能推广到新的数据，这是现有方法所未能实现的	NA	开发一种新的方法来对齐和整合不同来源的scRNA-Seq数据	scRNA-Seq数据	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	基因表达数据	多个scRNA-Seq数据集
709	2024-08-09	Single-Cell Isolation from Regenerating Murine Muscles for RNA-Sequencing Analysis 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100051 PMID:33111097	研究论文	本文介绍了一种使用单细胞RNA测序（scRNA-seq）无偏评估再生小鼠骨骼肌的完整协议	该协议专注于从肌肉中分离单核细胞进行后续的scRNA-seq分析，并可修改以评估其他感兴趣组织的细胞群	NA	开发一种用于无偏评估再生小鼠骨骼肌的scRNA-seq分析方法	再生小鼠骨骼肌中的单核细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	数千个细胞
710	2024-08-09	Protocol for Identification and Removal of Doublets with DoubletDecon 2020-09-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100085 PMID:33111118	研究论文	本文介绍了使用DoubletDecon工具识别和移除单细胞RNA测序数据中的多重捕获（doublets）的方法	开发了DoubletDecon工具，通过解卷积和独特基因表达分析来识别和移除doublets	NA	解决单细胞RNA测序数据中多重捕获对细胞群体和标记基因识别的干扰问题	单细胞RNA测序数据中的多重捕获	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
711	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Human Lymph Node Stroma 2020-06-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100021 PMID:33111075	研究论文	本文提供了一种用于单细胞RNA测序的细胞准备协议，以表征人淋巴结中基质的异质性	利用单细胞技术全面无偏地表征基质细胞的异质性	NA	表征人淋巴结中基质细胞的异质性	人淋巴结中的基质细胞	单细胞技术	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
712	2024-08-09	Protocol to Prepare Single-Cell Suspensions from Mouse Vagal Sensory Ganglia for Transcriptomic Studies 2020-06-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2020.100030 PMID:33111081	研究论文	本文提供了一种从鼠类迷走神经感觉神经节中提取并制备高质量单细胞悬液的详细协议，适用于转录组学研究	该协议可有效应用于其他外周和中枢神经元群体，仅需少量修改	NA	提供一种有效的单细胞悬液制备方法，用于迷走神经感觉神经元的转录组学研究	鼠类迷走神经感觉神经节	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
713	2024-08-09	Endothelial, pericyte and tumor cell expression in glioblastoma identifies fibroblast activation protein (FAP) as an excellent target for immunotherapy 2020, Clinical & translational immunology IF:4.6Q2 DOI:10.1002/cti2.1191 PMID:33082953	研究论文	本研究验证了纤维母细胞活化蛋白（FAP）作为胶质母细胞瘤免疫治疗新靶点的有效性	首次详细研究了FAP在胶质母细胞瘤中的表达情况，并发现其在肿瘤血管中的高表达	NA	验证FAP作为胶质母细胞瘤免疫治疗的新靶点	胶质母细胞瘤组织及正常脑组织	数字病理学	脑癌	免疫染色、流式细胞术、单细胞转录组学（scRNAseq）	NA	组织样本、细胞培养	大量胶质母细胞瘤组织及正常脑组织样本
714	2024-08-09	Single-cell transcriptome atlas of lung adenocarcinoma featured with ground glass nodules 2020, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-020-00200-x PMID:33083004	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术比较了磨玻璃结节型肺腺癌（GGN-ADC）与实性腺癌（SADC）的细胞特征	首次提供了磨玻璃结节型肺腺癌的单细胞转录组图谱，并发现了GGN-ADC中细胞增殖信号通路的下调以及基质细胞在GGN-ADC和SADC中的不同作用	研究样本量较小，仅包括五名GGN-ADC患者和五名SADC患者	深入分析磨玻璃结节型肺腺癌的细胞表型，为肺癌的预防和治疗提供见解	磨玻璃结节型肺腺癌和实性腺癌的细胞特征	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	60,459个细胞，来自五名GGN-ADC患者和五名SADC患者
715	2024-08-09	A robust semi-supervised NMF model for single cell RNA-seq data 2020, PeerJ IF:2.3Q2 DOI:10.7717/peerj.10091 PMID:33088619	研究论文	本文提出了一种鲁棒的半监督非负矩阵分解（rssNMF）模型，用于单细胞RNA测序数据的聚类分析	首次将先验知识（如细胞标记基因）引入到单细胞RNA测序数据的聚类分析中	NA	改进单细胞RNA测序数据的聚类分析方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	十二个带有真实标签的单细胞RNA测序数据集
716	2024-08-09	The cellular basis of distinct thirst modalities 2020-12, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2821-8 PMID:33057193	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了大脑中终板旁器官在感知不同类型口渴刺激中的细胞基础	首次揭示了大脑中特定神经元类型在不同口渴状态中的作用	NA	探究大脑中不同口渴状态的细胞基础	大脑中的终板旁器官和神经元类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种兴奋性和抑制性神经元类型
717	2024-08-09	MARS: discovering novel cell types across heterogeneous single-cell experiments 2020-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-00979-3 PMID:33077966	研究论文	本文介绍了一种名为MARS的元学习方法，用于在异质单细胞RNA测序数据中识别和注释已知及新型细胞类型	MARS通过跨多个数据集转移潜在细胞表示来克服细胞类型的异质性，并能发现以前未见过的细胞类型	NA	开发一种方法以在异质单细胞RNA测序数据中识别和注释新型细胞类型	异质单细胞RNA测序数据中的新型细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	深度学习	数据集	大量小鼠细胞图谱
718	2024-08-09	A new lymphoid-primed progenitor marked by Dach1 downregulation identified with single cell multi-omics 2020-12, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-0799-x PMID:33077975	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了Dach1及其相关基因在淋巴样前体细胞中的表达模式，并利用Dach1-GFP报告鼠模型，鉴定了一类具有淋巴样潜能的新型前体细胞——淋巴样前体细胞（LPPs）。	本文首次鉴定了一种新型淋巴样前体细胞（LPPs），并定义了淋巴样发育在造血过程中的早期分支点。	NA	研究淋巴样前体细胞的鉴定及其在造血过程中的作用。	淋巴样前体细胞（LPPs）及其在造血过程中的作用。	血液学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
719	2024-08-09	Visualizing HIF-1α mRNA in a Subpopulation of Bone Marrow-Derived Cells to Predict Retinal Neovascularization 2020-11-20, ACS chemical biology IF:3.5Q2 DOI:10.1021/acschembio.0c00662 PMID:33080135	研究论文	本文描述了一种新的混合纳米颗粒的合成，用于在小鼠新生血管化模型中选择性地可视化微胶质细胞/巨噬细胞中的HIF-1α mRNA	开发了一种新的混合纳米颗粒，能够选择性地在特定组织微胶质细胞/巨噬细胞中可视化HIF-1α mRNA，用于预测新生血管化的发生和进展	NA	研究微胶质细胞/巨噬细胞在新生血管化中的调控作用，并开发一种新的方法来预测新生血管化的发生和进展	微胶质细胞/巨噬细胞中的HIF-1α mRNA表达	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
720	2024-08-09	Leveraging Uncertainty in Machine Learning Accelerates Biological Discovery and Design 2020-11-18, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.09.007 PMID:33065027	研究论文	本文展示了利用基于高斯过程的不确定性预测在生物发现中的广泛应用	通过量化预测不确定性，算法能够更好地处理超出训练数据分布的新现象	NA	加速生物发现和设计	化合物库中的化合物及其对不同激酶和结核分枝杆菌细胞生长的抑制作用	机器学习	NA	高斯过程	NA	化合物	72个化合物用于训练模型，10,833个化合物用于预测