单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
621	2024-08-09	Guidelines for reporting single-cell RNA-seq experiments 2020-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00744-z PMID:33188371	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
622	2024-08-09	Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma 2020-Nov-16, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-020-07628-0 PMID:33198677	研究论文	本研究通过单细胞测序数据挖掘，探索了IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因，并构建了基于这些基因的预后模型	首次通过单细胞测序数据识别胶质瘤中的转移相关基因，并构建了预后模型	NA	探索胶质瘤转移相关基因，并识别可能的预后标志物	IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	PCA, tSNE	基因数据	数据来自GEO数据库和TCGA/CGGA数据库
623	2024-08-09	Characterisation of CD4+ T-cell subtypes using single cell RNA sequencing and the impact of cell number and sequencing depth 2020-11-13, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-76972-9 PMID:33188258	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析CD4+ T细胞亚型的特征，并探讨细胞数量和测序深度对识别这些亚型的影响	首次系统评估了细胞数量和测序深度对复杂细胞群体如CD4+ T细胞亚型识别的影响	研究结果基于单一个体，可能需要进一步的多样本验证	旨在确定减少测序深度和细胞数量对准确识别CD4+ T细胞亚型的影响	CD4+ T细胞及其在静息和刺激条件下的亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	基于单一个体
624	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing confirms IgG transcription and limited diversity of VHDJH rearrangements in proximal tubular epithelial cells 2020-11-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-75013-9 PMID:33184300	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和嵌套PCR结合Sanger测序技术，探索了近端小管上皮细胞（PTECs）中免疫球蛋白（Ig）的表达情况	首次证实PTECs能表达IgG，并展示了与B细胞来源IgG相比，PTEC来源IgG在VDJ重排多样性上的差异	研究样本仅来自两名肾癌患者的正常肾皮质，样本量较小	探究近端小管上皮细胞是否表达免疫球蛋白	近端小管上皮细胞中的免疫球蛋白表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），嵌套PCR，Sanger测序	NA	RNA	91个单细胞样本来自两名肾癌患者的正常肾皮质
625	2024-08-09	Data Sanitization to Reduce Private Information Leakage from Functional Genomics 2020-11-12, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.09.036 PMID:33186529	研究论文	本文开发了一种数据净化程序，旨在减少功能基因组学数据中的私人信息泄露，同时允许共享原始读取数据。	提出了一个新的数据共享模式，超越了传统的受控访问模型，能够在保护隐私的同时实现数据的有效共享。	NA	减少功能基因组学数据中的私人信息泄露，同时促进数据的广泛共享。	功能基因组学数据及其隐私保护。	数字病理学	NA	下一代测序	NA	基因组数据	使用了高度准确的参考基因组和更现实的环境样本数据
626	2024-08-09	Methamphetamine Increases the Proportion of SIV-Infected Microglia/Macrophages, Alters Metabolic Pathways, and Elevates Cell Death Pathways: A Single-Cell Analysis 2020-11-12, Viruses DOI:10.3390/v12111297 PMID:33198269	研究论文	研究甲基苯丙胺对SIV感染的微胶质细胞/巨噬细胞的影响，通过单细胞RNA测序分析其代谢途径和细胞死亡途径的变化	首次通过单细胞RNA测序分析甲基苯丙胺对SIV感染的微胶质细胞/巨噬细胞的影响，揭示了甲基苯丙胺增加SIV感染比例并影响细胞死亡和神经炎症途径	研究仅限于SIV感染的恒河猴模型，可能需要进一步的人体研究以验证结果	探讨甲基苯丙胺与HIV感染在脑部的相互作用及其对微胶质细胞和脑巨噬细胞的影响	SIV感染的微胶质细胞和脑巨噬细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	SIV感染的恒河猴微胶质细胞和脑巨噬细胞
627	2024-08-09	Digital microfluidic isolation of single cells for -Omics 2020-11-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-19394-5 PMID:33177493	研究论文	介绍了一种名为DISCO的平台，该平台利用数字微流控技术、激光细胞裂解和人工智能驱动的图像处理技术，从异质细胞群中收集单个细胞的内容物，并通过下一代测序技术分析单细胞基因组和转录组，以及通过纳米流液相色谱和串联质谱分析蛋白质组	DISCO平台能够实现与现有技术相当或更优的测序水平，能够识别单核苷酸变异等特征	NA	开发一种新的平台，用于从有限样本中选择特定细胞进行单细胞水平的组学分析	单细胞的基因组、转录组和蛋白质组	数字病理	NA	下一代测序、纳米流液相色谱和串联质谱	人工智能驱动的图像处理	图像、基因组和转录组数据	有限初始样本大小
628	2024-08-09	Integrated Single-Cell RNA-Sequencing Analysis of Aquaporin 5-Expressing Mouse Lung Epithelial Cells Identifies GPRC5A as a Novel Validated Type I Cell Surface Marker 2020-11-11, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9112460 PMID:33187367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了表达水通道蛋白5（AQP5）的小鼠肺上皮细胞，并鉴定出GPRC5A作为新型验证的I型细胞表面标记物	首次通过单细胞RNA测序技术鉴定出GPRC5A作为I型肺泡上皮细胞（AT1细胞）的保守表面标记物	研究仅限于特定的小鼠模型，且样本量较小	旨在通过单细胞RNA测序技术鉴定和验证新的肺泡上皮I型细胞表面标记物	表达AQP5的小鼠肺上皮细胞和AT1细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	92个细胞
629	2024-08-09	Prepronociceptin-Expressing Neurons in the Extended Amygdala Encode and Promote Rapid Arousal Responses to Motivationally Salient Stimuli 2020-11-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108362 PMID:33176134	研究论文	本文研究了表达prepronociceptin基因的神经元在终纹床核中对动机性显著刺激引起的快速生理唤醒反应的调节作用	首次发现prepronociceptin神经元在终纹床核中对动机性显著刺激引起的快速生理唤醒反应的调节作用，并揭示了这些神经元的亚群可能对动机性刺激的快速唤醒反应有不同的调节作用	NA	探讨prepronociceptin神经元在终纹床核中对动机性显著刺激引起的快速生理唤醒反应的调节作用	表达prepronociceptin基因的神经元在终纹床核中的功能	神经科学	NA	双光子钙成像、光遗传学	NA	生理数据	小鼠
630	2024-08-09	Prrx1 Fibroblasts Represent a Pro-fibrotic Lineage in the Mouse Ventral Dermis 2020-11-10, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108356 PMID:33176144	研究论文	本文通过谱系追踪和单细胞转录组学研究，揭示了在小鼠腹侧真皮中表达配对相关同源盒1（Prrx1）的成纤维细胞在急性和慢性纤维化中的作用	首次证明Prrx1表达的成纤维细胞在小鼠腹侧真皮中具有内在的瘢痕形成潜力	NA	研究小鼠腹侧真皮中成纤维细胞的异质性及其在纤维化中的作用	小鼠腹侧真皮中的成纤维细胞	数字病理学	NA	谱系追踪，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
631	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Unravels Heterogeneity of the Stromal Niche in Cutaneous Melanoma Heterogeneous Spheroids 2020-Nov-10, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers12113324 PMID:33182777	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了不同真皮成纤维细胞引入的黑色素瘤异质性球体中的微环境因子	本研究首次区分了黑色素瘤球体中人类原代成纤维细胞的三个功能簇，并验证了IL-6在促进黑色素瘤侵袭中的作用	NA	旨在通过单细胞RNA测序分析不同成纤维细胞对黑色素瘤异质性球体微环境的影响	黑色素瘤异质性球体中的微环境因子及成纤维细胞的多样性	数字病理学	皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	使用了来自年轻捐赠者防晒皮肤和成年捐赠者日晒损伤皮肤的正常真皮成纤维细胞
632	2024-08-09	Laser Capture Microdissection-Based RNA Microsequencing Reveals Optic Nerve Crush-Related Early mRNA Alterations in Retinal Ganglion Cell Layer 2020-10, Translational vision science & technology IF:2.6Q2 DOI:10.1167/tvst.9.11.30 PMID:33173609	研究论文	本文通过激光捕获显微切割（LCM）和RNA微测序技术，研究了视神经挤压（ONC）相关的视网膜神经节细胞（RGC）层早期mRNA变化	首次使用LCM结合单细胞RNA测序技术，揭示了ONC相关早期mRNA变化的分子机制	NA	建立LCM和RNA微测序方法，探索视神经挤压相关的视网膜神经节细胞层早期mRNA变化	视网膜神经节细胞层的早期mRNA变化	数字病理学	NA	激光捕获显微切割（LCM），RNA微测序	NA	RNA	30微米厚的视网膜组织切片
633	2024-08-09	Multiple Expression Assessments of ACE2 and TMPRSS2 SARS-CoV-2 Entry Molecules in the Urinary Tract and Their Associations with Clinical Manifestations of COVID-19 2020, Infection and drug resistance IF:2.9Q2 DOI:10.2147/IDR.S270543 PMID:33177848	研究论文	本研究探讨了ACE2和TMPRSS2在人体主要器官中的表达模式，特别是在特定疾病条件下，并评估了它们与COVID-19临床表现的关系	首次详细研究了ACE2和TMPRSS2在泌尿系统中的表达及其与COVID-19临床表现的关系	NA	揭示SARS-CoV-2的致病机制及其在人体睾丸和肾脏中的临床表现	ACE2和TMPRSS2在人体器官中的表达及其与COVID-19的关系	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及慢性肾脏疾病或糖尿病肾病的个体
634	2024-08-09	Current Status of Stem Cell-Derived Therapies for Parkinson's Disease: From Cell Assessment and Imaging Modalities to Clinical Trials 2020, Frontiers in neuroscience IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fnins.2020.558532 PMID:33177975	研究论文	本文综述了干细胞衍生的多巴胺神经元移植作为帕金森病治疗方案的最新进展，包括细胞来源、评估方法和临床试验结果	探讨了干细胞移植在帕金森病治疗中的应用潜力，并总结了临床试验的教训	文章指出干细胞移植治疗帕金森病仍需考虑多种因素，如干细胞来源、质量、患者年龄等	旨在更新干细胞衍生的多巴胺神经元移植治疗帕金森病的现状和进展	主要研究对象为帕金森病患者和干细胞衍生的多巴胺神经元	NA	帕金森病	单细胞测序、成像技术	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
635	2024-08-09	Differential Expression of Viral Transcripts From Single-Cell RNA Sequencing of Moderate and Severe COVID-19 Patients and Its Implications for Case Severity 2020, Frontiers in microbiology IF:4.0Q2 DOI:10.3389/fmicb.2020.603509 PMID:33178176	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析中度和重度COVID-19患者的病毒转录本表达差异及其对病例严重程度的意义	首次报道了SARS-CoV-2 ORF10基因在中度和重度病例中的差异表达，并发现了与病毒领导者序列独立融合的转录调控序列（TRS）主要在死亡病例中检测到	研究结果需要更多数据验证	探索SARS-CoV-2感染细胞中病毒基因表达的特征和进化差异，以预测疾病进展和患者分级	中度和重度COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的感染细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	中度和重度COVID-19患者的样本
636	2024-08-09	Profiling Microglia From Alzheimer's Disease Donors and Non-demented Elderly in Acute Human Postmortem Cortical Tissue 2020, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2020.00134 PMID:33192286	研究论文	研究通过批量和单细胞RNA测序技术，分析了阿尔茨海默病（AD）患者和非痴呆老年人死后急性皮质脑组织中的小胶质细胞转录组	首次在人类样本中识别出七种具有基因表达异质性的小胶质细胞亚群	研究未发现AD患者和非痴呆老年人之间小胶质细胞的基因表达和亚群组成有显著差异	探讨小胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及其基因表达特征	阿尔茨海默病患者和非痴呆老年人的小胶质细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA测序	NA	基因表达数据	使用急性人类死后皮质脑样本
637	2024-08-09	LRR-Containing Oncofetal Trophoblast Glycoprotein 5T4 Shapes Neural Circuits in Olfactory and Visual Systems 2020, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2020.581018 PMID:33192298	研究论文	本文探讨了含有LRR的癌胚滋养层糖蛋白5T4在嗅觉和视觉系统中神经回路形成中的作用	首次揭示了5T4在嗅觉和视觉系统中对神经回路形成的关键作用	NA	研究5T4在嗅觉和视觉系统中对神经回路形成的作用	嗅觉和视觉系统中的神经回路	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
638	2024-08-09	BrainWiki-A Wiki-Style, User Driven, Comparative Brain Anatomy Tool 2020, Frontiers in neuroanatomy IF:2.1Q3 DOI:10.3389/fnana.2020.548172 PMID:33192339	研究论文	介绍了一个名为BrainWiki的用户友好型网络脑图谱平台，该平台将人类和小鼠大脑并列展示，便于直接比较	BrainWiki是首个将人类和小鼠大脑并列展示的网络平台，支持用户互动和贡献，使其成为一个动态更新的脑科学资源	NA	旨在创建一个用户驱动的、比较性的脑解剖学工具，以促进对人类和小鼠大脑的理解	人类和小鼠的大脑解剖结构及其相关研究	神经科学	NA	NA	NA	文本	NA
639	2024-08-09	Identification of Immune Cell Infiltration and Immune-Related Genes in the Tumor Microenvironment of Glioblastomas 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.585034 PMID:33193404	研究论文	本研究旨在识别胶质母细胞瘤（GBM）肿瘤微环境中的免疫细胞浸润和免疫相关基因	本研究通过RNA测序和临床数据分析，识别了24个与肿瘤微环境浸润相关的免疫相关基因，这些基因可能作为新的生物标志物和免疫治疗靶点	NA	识别胶质母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫相关基因	胶质母细胞瘤（GBM）的肿瘤微环境中的免疫细胞和免疫相关基因	数字病理学	脑肿瘤	RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自TCGA和CGGA的GBM样本数据
640	2024-08-09	NeuralEE: A GPU-Accelerated Elastic Embedding Dimensionality Reduction Method for Visualizing Large-Scale scRNA-Seq Data 2020, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2020.00786 PMID:33193561	研究论文	本文设计了一种GPU加速的方法NeuralEE，结合了弹性嵌入和神经网络的优势，用于大规模单细胞RNA测序数据的降维和可视化	NeuralEE方法具有可扩展性和通用性，能够在有限的计算资源下保持高性能	NA	开发一种高效的降维和可视化工具，以应对单细胞RNA测序数据量和规模的急剧增加	大规模单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	GPU加速	神经网络	单细胞RNA测序数据	130万个小鼠脑细胞