单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 601 - 620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 601 | 2024-08-09 |
I-Impute: a self-consistent method to impute single cell RNA sequencing data
2020-Nov-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07007-w
PMID:33208097
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研究论文 | 本文提出了一种名为I-Impute的自一致性方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | I-Impute方法通过优化连续相似性和缺失概率，在迭代改进中达到自一致性，从而提高了填补效果 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据分析中缺失值填补的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括三个湿实验数据集：小鼠膀胱细胞、胚胎干细胞和主动脉白细胞 |
| 602 | 2024-08-09 |
Long-term skin-resident memory T cells proliferate in situ and are involved in human graft-versus-host disease
2020-11-18, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abb7028
PMID:33208504
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研究论文 | 研究揭示了人类皮肤中长期存在的组织驻留记忆T细胞在同种异体造血干细胞移植患者中的稳定性和功能，并探讨了其在移植物抗宿主病中的作用 | 首次展示了人类皮肤中长期存在的组织驻留记忆T细胞的稳定性和功能，并发现了RUNX3和galectin-3作为新的标记物 | 研究主要基于同种异体造血干细胞移植患者，可能不适用于其他疾病或健康人群 | 探讨人类皮肤中组织驻留记忆T细胞的生物学特性及其在移植物抗宿主病中的作用 | 人类皮肤中的组织驻留记忆T细胞及其在移植物抗宿主病中的作用 | NA | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者皮肤样本 |
| 603 | 2024-08-09 |
Alteration of tumor-associated macrophage subtypes mediated by KRT6A in pancreatic ductal adenocarcinoma
2020-11-18, Aging
DOI:10.18632/aging.104091
PMID:33221741
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研究论文 | 本研究通过分析基因表达综合数据库(GEO)和癌症基因组图谱(TCGA)数据集，探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚型的变化及其潜在调控因子KRT6A。 | 发现了KRT6A作为差异表达基因，可能通过调控COL5A2、COL1A2、MIR3606、SPARC和COL6A3等基因影响TAMs亚型的组成，为PDAC的免疫治疗提供了新的靶点。 | NA | 阐明胰腺导管腺癌中肿瘤免疫微环境的组成和调控因子，寻找新的免疫治疗靶点。 | 胰腺导管腺癌(PDAC)及其邻近正常组织(ANT)中的肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)亚型。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 使用了GEO和TCGA数据库中的数据，具体样本数量未在摘要中明确。 |
| 604 | 2024-08-09 |
Tau Pathology Drives Dementia Risk-Associated Gene Networks toward Chronic Inflammatory States and Immunosuppression
2020-11-17, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108398
PMID:33207193
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研究论文 | 本研究通过系统功能基因组分析，探讨了神经-免疫相关基因和通路在神经退行性疾病病理生理学中的作用 | 揭示了与tau病理相关的微胶质-免疫通路复杂的时间轨迹，并发现了与痴呆遗传风险相关的疾病特异性通路富集模式 | NA | 理解神经-免疫相关基因和通路如何参与神经退行性疾病的病理生理学 | 从人鼠AD、FTD和PSP的纯化微胶质和bulk组织中进行系统功能基因组分析 | NA | 神经退行性疾病 | 系统功能基因组分析、化学遗传学、实验扰动数据分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 605 | 2024-08-09 |
A molecular cell atlas of the human lung from single-cell RNA sequencing
2020-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2922-4
PMID:33208946
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，构建了人类肺部的分子细胞图谱 | 首次系统性地识别并定位了人类肺部所有分子细胞类型，包括14种先前未知的细胞类型 | NA | 创建一个全面的人类肺部细胞图谱，揭示肺细胞的生物化学功能及其在疾病和进化中的变化 | 人类肺部的细胞类型及其基因表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约75,000个人类肺部细胞和循环血液细胞 |
| 606 | 2024-08-09 |
SCRINSHOT enables spatial mapping of cell states in tissue sections with single-cell resolution
2020-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000675
PMID:33216742
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研究论文 | SCRINSHOT技术通过单细胞分辨率在组织切片中实现细胞状态的空间映射 | 开发了SCRINSHOT技术，一种敏感的多重RNA映射方法，通过直接杂交padlock探针到mRNA上，随后通过SplintR连接酶进行环化并进行滚环扩增，实现对组织切片中单细胞的数千个细胞的序列检测 | NA | 研究细胞身份和位置的变化如何影响组织发育和疾病进展 | 小鼠和人类器官中的细胞类型及其空间分布 | 数字病理学 | NA | scRNA-Seq, 滚环扩增(RCA) | NA | mRNA | 小鼠和人类器官中的数千个细胞 |
| 607 | 2024-08-09 |
Single-Cell Profiling Reveals Divergent, Globally Patterned Immune Responses in Murine Skin Inflammation
2020-Oct-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101582
PMID:33205009
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了在小鼠皮肤炎症模型中免疫细胞的异质性反应 | 首次揭示了不同炎症诱导剂在小鼠皮肤炎症中引起的全局分子模式差异 | NA | 探讨不同炎症诱导剂如何影响小鼠皮肤免疫细胞的转录反应 | 小鼠皮肤免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13种CD45亚群的免疫细胞 |
| 608 | 2024-08-09 |
A Random Matrix Theory Approach to Denoise Single-Cell Data
2020-Jun-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100035
PMID:33205104
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机矩阵理论的新方法，用于分析和去噪单细胞测序数据 | 利用随机矩阵理论的普遍分布来区分噪声和信号，并解释了稀疏性如何导致虚假的特征向量定位 | 仅在标记的细胞群体的多种示例中验证了方法的有效性 | 开发一种新方法来去噪单细胞数据，以更好地识别生物信号 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 随机矩阵理论 | NA | 测序数据 | 涉及的单细胞数据中，约95%的信息与随机矩阵理论的预测相符，3%为稀疏性引起的虚假信号，2%为真实生物信号 |
| 609 | 2024-08-09 |
Autophagy Regulatory Genes MET and RIPK2 Play a Prognostic Role in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma: A Bioinformatic Analysis Based on GEO and TCGA
2020, BioMed research international
IF:2.6Q3
DOI:10.1155/2020/8537381
PMID:33204717
|
研究论文 | 本研究通过分析GEO和TCGA数据库中的基因表达数据，探讨了自噬调控基因MET和RIPK2在胰腺导管腺癌中的预后作用 | 本研究首次构建了基于MET和RIPK2的预后风险特征，并通过基因集富集分析预测了这两个基因在胰腺导管腺癌中促进自噬的作用 | 研究主要基于公共数据库数据，未进行体内外实验验证 | 预测胰腺导管腺癌中的预后自噬调控基因及其在自噬调控中的作用 | 胰腺导管腺癌中的自噬调控基因MET和RIPK2 | 数字病理学 | 胰腺癌 | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 使用了来自不同平台的多个数据集，包括GSE62165、GSE85916、TCGA和GSE111672 |
| 610 | 2024-08-09 |
Benchmarking algorithms for pathway activity transformation of single-cell RNA-seq data
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.10.007
PMID:33209207
|
研究论文 | 本文收集了七种广泛使用的通路活性转换算法和32个基于16种scRNA-seq技术的数据集，提出一个综合框架评估这些算法的准确性、稳定性和可扩展性 | 提出了一个综合框架来评估通路活性转换算法的性能，并发现Pagoda2在准确性、可扩展性和稳定性方面表现最佳 | NA | 评估不同通路活性转换算法在单细胞RNA测序数据分析中的性能 | 七种通路活性转换算法和32个scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 32个数据集 |
| 611 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Reveals Microenvironmental Infiltration of Plasma Cells and Hepatocytic Prognostic Markers in HCC With Cirrhosis
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.596318
PMID:33224891
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了肝硬化相关肝细胞癌（HCC）中浆细胞的微环境浸润及肝细胞的预后标志物 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了肝硬化相关HCC中体液免疫浸润的关键作用及肝细胞自身的关键肿瘤预后基因 | NA | 揭示肝硬化相关肝细胞癌中的免疫细胞浸润情况及肝细胞的预后标志物 | 健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康供体、肝硬化患者及肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 |
| 612 | 2024-08-09 |
Linking axon morphology to gene expression: a strategy for neuronal cell-type classification
2020-12, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2020.10.006
PMID:33181399
|
研究论文 | 本文探讨了将轴突形态与基因表达联系起来，以进行神经细胞类型分类的策略 | 本文提出了一种将单细胞转录组学与轴突投影模式相结合的方法，以更好地描述细胞类型 | NA | 研究大脑如何驱动认知和行为，并理解其细胞组成 | 神经细胞类型的分类 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据，形态学数据 | 小鼠大脑 |
| 613 | 2024-08-09 |
BMP signaling: at the gate between activated melanocyte stem cells and differentiation
2020-12-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.340281.120
PMID:33184221
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和比较基因表达分析，研究了静止、激活和黑素细胞成熟过程中黑素细胞干细胞的转录动力学，并探讨了WNT和BMP信号通路在这一过程中的整合作用。 | 本文揭示了WNT和BMP信号通路在黑素细胞干细胞激活和分化过程中的协同作用，并强调了BMP信号在驱动完全分化中的关键作用。 | NA | 阐明黑素细胞干细胞在静止、激活和黑素细胞成熟过程中的转录动力学，并理解WNT和BMP信号通路的整合机制。 | 黑素细胞干细胞及其在毛发周期中的激活和分化过程。 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 614 | 2024-08-09 |
Guidelines for reporting single-cell RNA-seq experiments
2020-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00744-z
PMID:33188371
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 615 | 2024-08-09 |
Analyses of metastasis-associated genes in IDH wild-type glioma
2020-Nov-16, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-020-07628-0
PMID:33198677
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序数据挖掘，探索了IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因，并构建了基于这些基因的预后模型 | 首次通过单细胞测序数据识别胶质瘤中的转移相关基因，并构建了预后模型 | NA | 探索胶质瘤转移相关基因，并识别可能的预后标志物 | IDH野生型胶质瘤中的转移相关基因 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | PCA, tSNE | 基因数据 | 数据来自GEO数据库和TCGA/CGGA数据库 |
| 616 | 2024-08-09 |
Characterisation of CD4+ T-cell subtypes using single cell RNA sequencing and the impact of cell number and sequencing depth
2020-11-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-76972-9
PMID:33188258
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析CD4+ T细胞亚型的特征，并探讨细胞数量和测序深度对识别这些亚型的影响 | 首次系统评估了细胞数量和测序深度对复杂细胞群体如CD4+ T细胞亚型识别的影响 | 研究结果基于单一个体，可能需要进一步的多样本验证 | 旨在确定减少测序深度和细胞数量对准确识别CD4+ T细胞亚型的影响 | CD4+ T细胞及其在静息和刺激条件下的亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 基于单一个体 |
| 617 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing confirms IgG transcription and limited diversity of VHDJH rearrangements in proximal tubular epithelial cells
2020-11-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-75013-9
PMID:33184300
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和嵌套PCR结合Sanger测序技术，探索了近端小管上皮细胞（PTECs）中免疫球蛋白（Ig）的表达情况 | 首次证实PTECs能表达IgG，并展示了与B细胞来源IgG相比，PTEC来源IgG在VDJ重排多样性上的差异 | 研究样本仅来自两名肾癌患者的正常肾皮质，样本量较小 | 探究近端小管上皮细胞是否表达免疫球蛋白 | 近端小管上皮细胞中的免疫球蛋白表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），嵌套PCR，Sanger测序 | NA | RNA | 91个单细胞样本来自两名肾癌患者的正常肾皮质 |
| 618 | 2024-08-09 |
Data Sanitization to Reduce Private Information Leakage from Functional Genomics
2020-11-12, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.09.036
PMID:33186529
|
研究论文 | 本文开发了一种数据净化程序，旨在减少功能基因组学数据中的私人信息泄露，同时允许共享原始读取数据。 | 提出了一个新的数据共享模式，超越了传统的受控访问模型，能够在保护隐私的同时实现数据的有效共享。 | NA | 减少功能基因组学数据中的私人信息泄露，同时促进数据的广泛共享。 | 功能基因组学数据及其隐私保护。 | 数字病理学 | NA | 下一代测序 | NA | 基因组数据 | 使用了高度准确的参考基因组和更现实的环境样本数据 |
| 619 | 2024-08-09 |
Methamphetamine Increases the Proportion of SIV-Infected Microglia/Macrophages, Alters Metabolic Pathways, and Elevates Cell Death Pathways: A Single-Cell Analysis
2020-11-12, Viruses
DOI:10.3390/v12111297
PMID:33198269
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研究论文 | 研究甲基苯丙胺对SIV感染的微胶质细胞/巨噬细胞的影响，通过单细胞RNA测序分析其代谢途径和细胞死亡途径的变化 | 首次通过单细胞RNA测序分析甲基苯丙胺对SIV感染的微胶质细胞/巨噬细胞的影响，揭示了甲基苯丙胺增加SIV感染比例并影响细胞死亡和神经炎症途径 | 研究仅限于SIV感染的恒河猴模型，可能需要进一步的人体研究以验证结果 | 探讨甲基苯丙胺与HIV感染在脑部的相互作用及其对微胶质细胞和脑巨噬细胞的影响 | SIV感染的微胶质细胞和脑巨噬细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | SIV感染的恒河猴微胶质细胞和脑巨噬细胞 |
| 620 | 2024-08-09 |
Digital microfluidic isolation of single cells for -Omics
2020-11-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19394-5
PMID:33177493
|
研究论文 | 介绍了一种名为DISCO的平台，该平台利用数字微流控技术、激光细胞裂解和人工智能驱动的图像处理技术，从异质细胞群中收集单个细胞的内容物，并通过下一代测序技术分析单细胞基因组和转录组，以及通过纳米流液相色谱和串联质谱分析蛋白质组 | DISCO平台能够实现与现有技术相当或更优的测序水平，能够识别单核苷酸变异等特征 | NA | 开发一种新的平台，用于从有限样本中选择特定细胞进行单细胞水平的组学分析 | 单细胞的基因组、转录组和蛋白质组 | 数字病理 | NA | 下一代测序、纳米流液相色谱和串联质谱 | 人工智能驱动的图像处理 | 图像、基因组和转录组数据 | 有限初始样本大小 |