单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-10-01	A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors 2020-May-27, SSRN DOI:10.2139/ssrn.3611279 PMID:32714119	研究论文	研究利用单细胞RNA测序数据分析了人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况	首次构建了人类冠状病毒进入因子在多种健康人体组织中的单细胞RNA表达图谱，揭示了SARS-CoV-2在不同器官中的潜在感染路径	研究主要基于健康人体组织的单细胞RNA测序数据，未涉及疾病状态下的组织样本	预测人类冠状病毒的宿主嗜性，并分析其在不同人体组织中的潜在感染路径	人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	28个SCARFs，涵盖多种健康人体组织
42	2024-09-27	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一个重大挑战	本文提出了单细胞数据科学领域的十一个关键挑战，为该领域的未来发展指明了方向	本文主要集中在挑战的提出和概述，未深入探讨每个挑战的具体解决方案	探讨单细胞数据科学领域的重大挑战，推动该领域的进一步发展	单细胞数据科学领域的挑战和未来研究方向	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	数千至数百万个细胞
43	2024-09-15	Increased Tau Expression Correlates with Neuronal Maturation in the Developing Human Cerebral Cortex 2020 May/Jun, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0058-20.2020 PMID:32393582	研究论文	研究探讨了tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达变化及其与神经元成熟的关系	首次在细胞水平上详细描述了tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达模式，并揭示了tau表达与神经元成熟之间的关联	研究主要基于现有数据和体外模型，缺乏直接的体内实验验证	探讨tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达模式及其与神经元成熟的关系	tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达	神经科学	NA	单细胞RNA测序（sc-RNAseq）、RNA原位杂交（RNAscope）、免疫组织化学（IHC）	NA	RNA	包括发育中的人类大脑组织和诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官
44	2024-09-11	A Molecular Calcium Integrator Reveals a Striatal Cell Type Driving Aversion 2020-12-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.015 PMID:33308478	研究论文	本文介绍了一种分子技术FLiCRE，用于稳定标记表现出细胞内钙浓度增加的细胞，并在小鼠伏隔核中使用单细胞RNA测序检测FLiCRE转录本	开发了一种新的分子技术FLiCRE，能够在细胞内钙浓度增加时稳定标记细胞，并利用单细胞RNA测序同时读取细胞类型和钙激活历史	NA	开发一种分子技术，用于精确分析、选择和重新编程异质细胞群体	小鼠伏隔核中的神经元群体	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠伏隔核中的神经元群体
45	2024-09-11	Single-cell transcriptome analysis of the novel coronavirus (SARS-CoV-2) associated gene ACE2 expression in normal and non-obstructive azoospermia (NOA) human male testes 2020-07, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1705-0 PMID:32361911	研究论文	研究分析了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）相关基因ACE2在正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的单细胞转录组表达	首次通过单细胞RNA测序分析了ACE2在不同睾丸细胞类型中的表达，并发现了ACE2在Sertoli细胞中的高表达	研究样本量有限，仅包括853个胚胎原始生殖细胞和2854个正常睾丸细胞，以及228个NOA患者的Sertoli细胞	评估SARS-CoV-2病毒对男性生殖系统的潜在影响	正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的ACE2表达	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	853个胚胎原始生殖细胞，2854个正常睾丸细胞，228个NOA患者的Sertoli细胞
46	2024-09-08	Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs 2020-12-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006229 PMID:32614947	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞蛋白表达分析，结合机器学习方法，研究了从人多能干细胞（hPSCs）分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性	本文首次使用人工神经网络结合单细胞RNA测序数据，识别出从hPSCs分化出的造血干细胞样细胞，并发现了与功能性造血干细胞相关的转录因子和分子通路	本文发现的造血干细胞样细胞是短暂的，且在基于CD43表达选择的细胞数据集中完全缺失	研究从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性，并探索提高体外造血干细胞生成的方法	从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	从人胎儿肝脏和hPSCs分化出的细胞
47	2024-09-06	Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity 2020-10-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108273 PMID:33086071	研究论文	本文通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，揭示了乳腺上皮细胞身份的调控因子	本文首次通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，无偏倚地重建了小鼠乳腺上皮细胞系统的细胞类型及其基因调控特征，并定义了分泌型腔细胞内的分化状态	NA	揭示乳腺上皮细胞身份及其分化的调控机制	小鼠乳腺上皮细胞系统及其基因调控特征	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	转录组数据和染色质可及性数据	小鼠乳腺上皮细胞系统中的多个细胞样本
48	2024-09-06	Coronavirus disease-19 and fertility: viral host entry protein expression in male and female reproductive tissues 2020-07, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.05.001 PMID:32622411	研究论文	研究分析了男性和女性生殖系统中SARS-CoV-2感染风险相关的细胞类型	首次系统分析了男性和女性生殖组织中SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因和蛋白的表达情况	研究基于已有的基因和蛋白表达数据，未涉及临床患者样本	识别男性和女性生殖系统中因表达SARS-CoV-2进入细胞所需基因和蛋白而易受感染的细胞类型	男性和女性生殖系统中的细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	18个人类卵丘细胞样本
49	2024-09-06	Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients 2020-06-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02033-z PMID:32571363	研究论文	研究开发了一种集成降维和统计建模的流程，用于解析哮喘患者痰液样本中复杂的RNA-seq数据，揭示微生物与基因之间的相互作用	提出了LDA-link方法，通过降维的LDA主题将微生物与基因连接起来，并验证了该方法的有效性	NA	研究哮喘患者痰液样本中微生物与基因之间的相互作用	哮喘患者的痰液样本	生物信息学	哮喘	RNA-seq	LDA	RNA-seq数据	NA
50	2024-09-01	Tumor-Infiltrating Regulatory T-cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Is Mediated by IL33/ST2 Signaling 2020-11, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0828 PMID:32878747	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中肿瘤浸润调节性T细胞（Treg）积累的分子机制，特别是IL33/ST2信号通路的作用	首次揭示了IL33/ST2轴在肿瘤微环境中调节性T细胞积累的关键作用，并提出了这一通路作为癌症免疫治疗潜在靶点的可能性	NA	阐明肿瘤微环境中调节性T细胞积累的分子机制	肿瘤浸润调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的积累机制	免疫学	癌症	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	来自同种肿瘤小鼠的肿瘤浸润Treg和脾脏Treg
51	2024-08-29	scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks 2020-09-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa506 PMID:32588900	研究论文	本文提出了一种使用生成对抗网络（GANs）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补的方法，称为scIGANs	scIGANs利用生成的细胞而非观察到的细胞来避免过度平滑和去除细胞间基因表达的自然随机性，并平衡主要和稀有细胞群之间的性能	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据的质量，通过插补技术减少技术噪声，如过多的假零值（dropouts）	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GANs）	基因表达数据	适用于包含超过100,000个细胞的数据集
52	2024-08-29	CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data 2020-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13779-x PMID:31900397	研究论文	本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法，用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异（CNV）事件	CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用，并利用高效的B-allele频率（BAF）信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正	NA	开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件	拷贝数变异（CNV）事件	生物信息学	NA	RNA测序	信号处理方法	RNA测序数据	NA
53	2024-08-26	The genetic architecture of Parkinson's disease 2020-02, The Lancet. Neurology DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X PMID:31521533	研究论文	本文探讨了帕金森病的遗传结构，包括罕见和常见遗传变异对疾病风险、发作和进展的贡献	本文介绍了新兴技术如机器学习、单细胞RNA测序和高通量筛选在研究帕金森病遗传风险中的应用	大多数已识别的风险变异是在欧洲血统的患者中发现的，对其他人群的帕金森病遗传学了解较少	进一步识别与疾病相关的常见遗传变异，并开始识别罕见风险等位基因	帕金森病的遗传结构和风险等位基因的生物学功能	遗传学	帕金森病	机器学习, 单细胞RNA测序, 高通量筛选	NA	遗传变异数据	90个独立的风险相关变异
54	2024-08-22	Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines 2020-07, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-020-0851-5 PMID:32362655	研究论文	本研究通过综合单细胞和批量基因表达以及ATAC-seq数据，揭示了HNSCC敏感细胞系中与西妥昔单抗耐药相关的异质性和早期通路变化	首次生成了敏感头颈鳞状细胞癌（HNSCC）细胞的综合多组学数据，以识别西妥昔单抗的即时反应	NA	识别肿瘤细胞在仍对治疗有反应时潜在的耐药机制，以延迟获得性耐药	头颈鳞状细胞癌（HNSCC）敏感细胞系中西妥昔单抗耐药的早期反应和相关通路	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序, ATAC-seq	NA	基因表达数据	多个HNSCC敏感细胞系
55	2024-08-22	Single-Cell RNA Sequencing for Precision Oncology: Current State-of-Art 2020, Journal of the Indian Institute of Science IF:1.8Q2 DOI:10.1007/s41745-020-00178-1 PMID:32837038	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在精准肿瘤学中的应用现状，包括数据处理步骤和其在精准肿瘤学中的意义	scRNA-seq技术为肿瘤内异质性（ITH）及其在药物抗性和转移中的影响提供了前所未有的见解	NA	为进入scRNA-seq领域的新人提供框架和指南	scRNA-seq技术的分析步骤和其在精准肿瘤学中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
56	2024-08-16	Systematic evaluation of transcriptomic disease risk and diagnostic biomarker overlap between COVID-19 and tuberculosis: a patient-level meta-analysis 2020-Nov-26, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2020.11.25.20236646 PMID:33269371	研究论文	本文通过患者层面的荟萃分析，评估了COVID-19和结核病之间转录组疾病风险和诊断生物标志物的重叠。	首次系统地分析了COVID-19和结核病在转录组层面的相互作用，并识别了共享的基因本体论扰动。	研究主要基于RNA测序数据，可能无法全面反映所有相关生物标志物。	旨在理解COVID-19和结核病之间的相互作用，并识别潜在的共享生物标志物。	COVID-19和结核病患者的转录组数据。	数字病理学	肺结核	RNA测序	NA	转录组数据	35个COVID-19基因签名来自9项研究，共98个样本；1181个结核病RNA测序数据样本来自853名个体。
57	2024-08-16	Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing 2020, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-020-0168-9 PMID:32377375	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面描述了COVID-19恢复期患者外周血单个核细胞的转录变化	首次揭示了COVID-19恢复早期阶段的炎症免疫特征，并识别了新的B细胞受体信号，可能促进COVID-19疫苗和抗体的开发	NA	旨在阐明COVID-19恢复期患者免疫细胞亚群的变化及其状态	COVID-19恢复期患者的外周血单个核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过1,200,000名COVID-19患者
58	2024-08-15	The transcription factor Hhex cooperates with the corepressor Tle3 to promote memory B cell development 2020-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-0713-6 PMID:32601467	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析和CRISPR-Cas9筛选方法，识别了在向记忆B细胞分化的生发中心B细胞中，转录因子Hhex和共抑制因子Tle3在调节记忆B细胞分化中的作用	首次揭示了Hhex和Tle3在记忆B细胞分化中的协同作用，并发现了Bcl-6对Hhex的直接抑制作用以及Hhex缺陷细胞中Bcl2过表达对记忆B细胞分化的挽救作用	NA	研究记忆B细胞分化过程中的转录因子调控机制	记忆B细胞的分化过程及其相关转录因子和共抑制因子的作用	NA	NA	单细胞RNA测序分析，CRISPR-Cas9筛选	NA	RNA	NA
59	2024-08-14	Aortic heterogeneity across segments and under high fat/salt/glucose conditions at the single-cell level 2020-May, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwaa038 PMID:34692110	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在正常和高血糖、高盐饮食或高脂肪摄入条件下，小鼠升主动脉、主动脉弓以及胸腹主动脉段的细胞异质性	首次揭示了主动脉不同段在单细胞水平上的异质性，并探讨了代谢病理条件对其的影响	NA	研究主动脉不同段在单细胞水平上的异质性及其在代谢病理条件下的变化	小鼠的升主动脉、主动脉弓、胸腹主动脉段细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	216,612个单细胞样本
60	2024-08-13	A community-based transcriptomics classification and nomenclature of neocortical cell types 2020-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-0685-8 PMID:32839617	研究论文	本文提出了一种基于转录组学的哺乳动物新皮层细胞类型的分类和命名法，旨在通过社区合作和数据聚合模型来统一和标准化细胞类型的分类。	首次提出基于单细胞转录组学的高通量测量方法，并建议采用基于转录组的分类法和标准化命名法，以及社区合作的数据聚合模型。	NA	为了理解皮层电路的功能，需要对细胞多样性进行分类和命名，以实现对细胞类型的统一和标准化。	哺乳动物新皮层的细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA