单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-11-18	Prediction of single-cell gene expression for transcription factor analysis 2020-10-30, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa113 PMID:33124660	研究论文	本文提出了一种新的方法，利用顺式调控基序和表观遗传特征来预测单细胞水平的基因表达，并用于转录因子分析	本文提出了一种基于树引导的多任务学习框架，将每个细胞视为一个任务，用于解释单细胞基因表达值	该方法目前仅限于使用转录因子结合亲和力或特定基因组区域的转录因子ChIP-seq数据	预测单细胞RNA数据中的转录因子调控	单细胞基因表达和转录因子	机器学习	NA	单细胞RNA测序	树引导的多任务学习框架	基因表达数据	NA
42	2024-11-18	A map of tumor-host interactions in glioma at single-cell resolution 2020-10-14, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa109 PMID:33155039	研究论文	本文介绍了一种名为scTHI的新方法，用于识别单细胞RNA测序数据中跨细胞簇的显著激活的配体-受体相互作用，并应用于胶质瘤中揭示配体-受体相互作用	提出了scTHI方法，用于识别单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，并展示了其在胶质瘤中的应用	NA	理解免疫细胞与癌细胞之间的信号交流，以识别免疫肿瘤学治疗靶点	胶质瘤中的肿瘤-宿主相互作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达	71名患者的57,060个基因表达谱
43	2024-11-17	Single-Cell Transcriptional Archetypes of Airway Inflammation in Cystic Fibrosis 2020-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202004-0991OC PMID:32603604	研究论文	本文首次对囊性纤维化患者的痰液进行了单细胞转录组分析，定义了气道免疫功能障碍的转录特征	首次对囊性纤维化患者的痰液进行单细胞转录组分析，并定义了基于表达的细胞功能和成熟度特征，称为转录原型	样本量较小，仅包括9名囊性纤维化患者和5名健康对照者	研究囊性纤维化患者气道免疫功能障碍的转录特征及其在疾病发病机制中的作用	囊性纤维化患者的痰液细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	9名囊性纤维化患者和5名健康对照者的痰液细胞
44	2024-11-14	SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble 2020-01-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz959 PMID:31777938	研究论文	提出了一种基于混合模型集合的单细胞聚类方法SAME-clustering，通过整合多种聚类方法的结果来提高聚类效果	SAME-clustering通过选择多种聚类方法的多样性子集，生成改进的集合解决方案，从而在单细胞RNA-seq数据聚类中表现出色	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据聚类方法，以提高聚类效果	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	聚类分析	混合模型	RNA-seq数据	15个scRNA-seq数据集，包含49到32695个单细胞，聚类数从3到15
45	2024-11-09	Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Docetaxel Resistance in Prostate Cancer Cells 2020-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0051 PMID:32513898	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了核蛋白1（NUPR1）在前列腺癌细胞对多西他赛耐药性中的调控作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出NUPR1作为前列腺癌多西他赛耐药性的关键调控因子	仅限于DU145和PC3两种前列腺癌细胞系的研究，结果的普适性有待进一步验证	探讨前列腺癌细胞对多西他赛耐药性的分子机制	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体
46	2024-10-21	Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies 2020-10-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022 PMID:32961131	研究论文	研究报告了脑壁细胞表达CD19，可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点	首次发现脑壁细胞表达CD19，为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释	小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低，限制了神经毒性的临床前动物模型	探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点	脑壁细胞及其CD19表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类脑组织样本
47	2024-10-14	A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors 2020-05, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-0844-1 PMID:32405060	研究论文	本文开发了一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序工具箱	本文首次系统地开发了一个工具箱，用于同时处理新鲜和冷冻临床肿瘤样本的单细胞和单核RNA测序	本文主要集中在工具箱的开发和初步验证，未涉及其在实际临床应用中的长期效果	开发和验证一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序的系统工具箱	新鲜和冷冻的人类肿瘤样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq）	NA	RNA	216,490个细胞和核，来自40个样本，涵盖23个标本，涉及8种肿瘤类型
48	2024-10-11	Knowledge-primed neural networks enable biologically interpretable deep learning on single-cell sequencing data 2020-08-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02100-5 PMID:32746932	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和生物网络解释性的知识引导神经网络（KPNNs），并展示了其在单细胞测序数据上的应用	KPNNs通过在多层网络中赋予有意义的权重，增强了深度学习算法的解释性，并提供了一种广泛适用的可解释深度学习方法	本文仅在单细胞测序数据上验证了KPNNs的应用，未来需要在更多类型的数据上进行验证	结合深度学习的预测能力和生物网络的解释性，开发一种新的深度学习方法	单细胞RNA测序数据，包括癌症和免疫细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	知识引导神经网络（KPNNs）	单细胞RNA测序数据	五个生物应用中的单细胞RNA测序数据
49	2024-10-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes 2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023 PMID:32396851	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并探讨了其对临床结果的影响	首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性，并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素	研究样本量有限，且主要基于TCGA数据集，可能存在数据偏倚	探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	533名患者
50	2024-10-04	Atlas of Musculoskeletal Stem Cells with the Soft and Hard Tissue Differentiation Architecture 2020-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202000938 PMID:33304744	研究论文	研究通过高吞吐量单细胞RNA测序分析了E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞，揭示了肌肉骨骼干细胞（MSSC）及其在软硬组织分化中的架构	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌肉骨骼干细胞的身份及其在软硬组织分化中的架构，并验证了Scx基因在MSSC自我更新和增殖潜力中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果	揭示肌肉骨骼干细胞在肢体发育中的分子机制和细胞程序	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的肌肉骨骼干细胞及其分化架构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞样本
51	2024-10-04	Delineation of a molecularly distinct terminally differentiated memory CD8 T cell population 2020-10-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008571117 PMID:32978300	研究论文	本文描述了一种分子上独特的终末分化记忆CD8 T细胞群体的特征	本文首次识别并描述了一种终末分化效应记忆CD8 T细胞群体（terminal-Tem），该群体在功能和转录上与传统的效应记忆细胞（Tem）不同	本文主要基于小鼠和健康人类个体的研究，未来需要在更多样本和不同疾病状态下验证terminal-Tem的存在和功能	研究目的是识别和描述一种新的终末分化记忆CD8 T细胞群体，并探讨其对免疫记忆和免疫治疗的影响	研究对象是终末分化效应记忆CD8 T细胞（terminal-Tem）及其与传统效应记忆细胞（Tem）的区别	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）和质谱流式细胞术	NA	细胞	小鼠和健康人类个体的血液样本
52	2024-10-02	Macrophage HIF-1α Is an Independent Prognostic Indicator in Kidney Cancer 2020-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3890 PMID:32586940	研究论文	研究探讨了巨噬细胞中的HIF-1α在肾癌中的独立预后作用	首次全面评估了HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性，并发现巨噬细胞中的HIF-1α与肿瘤进展和抗血管生成治疗的耐药性相关	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的临床相关性	评估HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织	NA	肾癌	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（RNA-ISH），免疫组化（IHC）	NA	组织	380名患者的肿瘤组织，72名患者的验证样本，57名接受抗血管生成治疗的患者
53	2024-10-01	μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells 2020-11-07, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d0lc00169d PMID:32931539	研究论文	本文介绍了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台，用于高分辨率成像和单细胞测序	μCB-seq通过一种新的制造方法，在微流控设备的可寻址反应室中预加载带有已知条形码序列的引物，从而实现了单细胞的高分辨率成像和测序	NA	结合单细胞RNA测序和光学成像，提供全面的单细胞分析，整合基因表达谱和细胞状态表征	单细胞	数字病理学	NA	微流控技术	NA	图像和文本	NA
54	2024-10-01	A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors 2020-May-27, SSRN DOI:10.2139/ssrn.3611279 PMID:32714119	研究论文	研究利用单细胞RNA测序数据分析了人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况	首次构建了人类冠状病毒进入因子在多种健康人体组织中的单细胞RNA表达图谱，揭示了SARS-CoV-2在不同器官中的潜在感染路径	研究主要基于健康人体组织的单细胞RNA测序数据，未涉及疾病状态下的组织样本	预测人类冠状病毒的宿主嗜性，并分析其在不同人体组织中的潜在感染路径	人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	28个SCARFs，涵盖多种健康人体组织
55	2024-09-15	Increased Tau Expression Correlates with Neuronal Maturation in the Developing Human Cerebral Cortex 2020 May/Jun, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0058-20.2020 PMID:32393582	研究论文	研究探讨了tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达变化及其与神经元成熟的关系	首次在细胞水平上详细描述了tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达模式，并揭示了tau表达与神经元成熟之间的关联	研究主要基于现有数据和体外模型，缺乏直接的体内实验验证	探讨tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达模式及其与神经元成熟的关系	tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达	神经科学	NA	单细胞RNA测序（sc-RNAseq）、RNA原位杂交（RNAscope）、免疫组织化学（IHC）	NA	RNA	包括发育中的人类大脑组织和诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官
56	2024-09-11	A Molecular Calcium Integrator Reveals a Striatal Cell Type Driving Aversion 2020-12-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.015 PMID:33308478	研究论文	本文介绍了一种分子技术FLiCRE，用于稳定标记表现出细胞内钙浓度增加的细胞，并在小鼠伏隔核中使用单细胞RNA测序检测FLiCRE转录本	开发了一种新的分子技术FLiCRE，能够在细胞内钙浓度增加时稳定标记细胞，并利用单细胞RNA测序同时读取细胞类型和钙激活历史	NA	开发一种分子技术，用于精确分析、选择和重新编程异质细胞群体	小鼠伏隔核中的神经元群体	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠伏隔核中的神经元群体
57	2024-09-11	Single-cell transcriptome analysis of the novel coronavirus (SARS-CoV-2) associated gene ACE2 expression in normal and non-obstructive azoospermia (NOA) human male testes 2020-07, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1705-0 PMID:32361911	研究论文	研究分析了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）相关基因ACE2在正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的单细胞转录组表达	首次通过单细胞RNA测序分析了ACE2在不同睾丸细胞类型中的表达，并发现了ACE2在Sertoli细胞中的高表达	研究样本量有限，仅包括853个胚胎原始生殖细胞和2854个正常睾丸细胞，以及228个NOA患者的Sertoli细胞	评估SARS-CoV-2病毒对男性生殖系统的潜在影响	正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的ACE2表达	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	853个胚胎原始生殖细胞，2854个正常睾丸细胞，228个NOA患者的Sertoli细胞
58	2024-09-08	Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs 2020-12-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006229 PMID:32614947	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞蛋白表达分析，结合机器学习方法，研究了从人多能干细胞（hPSCs）分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性	本文首次使用人工神经网络结合单细胞RNA测序数据，识别出从hPSCs分化出的造血干细胞样细胞，并发现了与功能性造血干细胞相关的转录因子和分子通路	本文发现的造血干细胞样细胞是短暂的，且在基于CD43表达选择的细胞数据集中完全缺失	研究从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性，并探索提高体外造血干细胞生成的方法	从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	从人胎儿肝脏和hPSCs分化出的细胞
59	2024-09-06	Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity 2020-10-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108273 PMID:33086071	研究论文	本文通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，揭示了乳腺上皮细胞身份的调控因子	本文首次通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，无偏倚地重建了小鼠乳腺上皮细胞系统的细胞类型及其基因调控特征，并定义了分泌型腔细胞内的分化状态	NA	揭示乳腺上皮细胞身份及其分化的调控机制	小鼠乳腺上皮细胞系统及其基因调控特征	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	转录组数据和染色质可及性数据	小鼠乳腺上皮细胞系统中的多个细胞样本
60	2024-09-06	Coronavirus disease-19 and fertility: viral host entry protein expression in male and female reproductive tissues 2020-07, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.05.001 PMID:32622411	研究论文	研究分析了男性和女性生殖系统中SARS-CoV-2感染风险相关的细胞类型	首次系统分析了男性和女性生殖组织中SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因和蛋白的表达情况	研究基于已有的基因和蛋白表达数据，未涉及临床患者样本	识别男性和女性生殖系统中因表达SARS-CoV-2进入细胞所需基因和蛋白而易受感染的细胞类型	男性和女性生殖系统中的细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	18个人类卵丘细胞样本