单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
501	2024-08-08	Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape 2020-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaa011 PMID:34316686	研究论文	本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观	首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性	NA	研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响	胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机制模型	基因表达数据	不同簇的胶质母细胞瘤细胞
502	2024-08-08	Correlation Imputation in Single cell RNA-seq using Auxiliary Information and Ensemble Learning 2020-Sep, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine DOI:10.1145/3388440.3412462 PMID:34278382	research paper	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据补全方法SCENA，通过集成学习和辅助信息来估计基因间的相关性	SCENA方法通过模型堆叠和辅助信息来估计基因间的相关性矩阵，而不是直接补全数据本身	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量，改善下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达相关性	digital pathology	NA	RNA-seq	ensemble learning	gene expression data	NA
503	2024-08-09	Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis 2020-Oct, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-020-00233-7 PMID:33817554	研究论文	本文介绍了一种名为ItClust的迭代迁移学习算法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的聚类和细胞类型分类	ItClust算法结合了监督细胞类型分类算法的思想，并利用目标数据中的信息，确保对仅存在于目标数据中的细胞进行分类的敏感性	现有的监督方法性能高度依赖于源数据质量，且对源数据中缺失的细胞类型分类准确性有限	开发一种新的迁移学习算法，以提高scRNA-seq数据中聚类和细胞类型分类的准确性	scRNA-seq数据中的细胞聚类和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	RNA-seq数据	涉及不同物种和组织的数据，使用多种scRNA-seq协议生成
504	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing for engineering and studying human islets 2020-Dec, Current opinion in biomedical engineering IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.cobme.2020.06.003 PMID:33738370	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人胰岛细胞在不同成熟和糖尿病状态下的转录特征	利用单细胞RNA测序技术，能够准确评估特定细胞类型和β细胞亚型，揭示胰岛发育和糖尿病病理的深入见解	NA	探讨胰岛细胞的成熟过程及其在糖尿病病理中的作用	干细胞衍生的和原代人胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及不同成熟和糖尿病状态的干细胞衍生的和原代人胰岛细胞
505	2024-08-09	Harmonic Alignment 2020, Proceedings of the ... SIAM International Conference on Data Mining. SIAM International Conference on Data Mining DOI:10.1137/1.9781611976236.36 PMID:33723496	研究论文	本文提出了一种新颖的框架，通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集	该框架不假设数据集之间的点对点对应关系，而是依赖于数据特征之间（可能是未知的）子集的对应关系，利用这种假设构建数据之间的等距对齐	NA	旨在通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集，特别是用于生物学应用中，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的融合	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	扩散算子	NA	测序数据	同一细胞群体的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据
506	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
507	2024-08-09	Integrated RNA Sequencing Reveals Epigenetic Impacts of Diesel Particulate Matter Exposure in Human Cerebral Organoids 2020, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000513536 PMID:33657557	研究论文	本研究通过综合RNA测序揭示了柴油颗粒物暴露对人脑类器官的表观遗传影响	首次结合单细胞和直接转录组学方法，研究柴油颗粒物暴露对人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官的毒基因组效应	NA	探讨柴油颗粒物暴露对胎儿大脑发育的影响及其在自闭症谱系障碍中的潜在作用	人脑类器官	数字病理学	自闭症谱系障碍	RNA测序	NA	RNA	NA
508	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Expansion of Cytotoxic CD4+ T Lymphocytes and a Landscape of Immune Cells in Primary Sjögren's Syndrome 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.594658 PMID:33603736	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞，揭示了疾病特异性的免疫细胞亚群及其在疾病发展中的作用	首次发现原发性干燥综合征患者中细胞毒性CD4+ T淋巴细胞的显著扩张，并识别了两个新的细胞亚群CD4+ CTLs和CD4+ TRAV13-2+ T细胞	研究样本量较小，仅包括五名患者和五名健康对照者	探索原发性干燥综合征的细胞和分子发病机制	原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	57,288个外周血单个核细胞，来自五名原发性干燥综合征患者和五名健康对照者
509	2024-08-09	Development of a Prognostic Signature Based on Single-Cell RNA Sequencing Data of Immune Cells in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2020, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2020.615680 PMID:33613623	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了肝内胆管癌中的免疫细胞，以识别与肿瘤进展相关的生物标志物，并建立了一个与预后相关的基因签名	首次基于单细胞RNA测序数据建立了肝内胆管癌的预后相关基因签名，该签名反映了肿瘤微环境的免疫状态	NA	探讨肝内胆管癌中单细胞RNA测序数据中差异表达基因的预后价值	肝内胆管癌中的免疫细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	33,991个细胞样本，包括17,090个肝内胆管癌细胞样本和16,901个肝内胆管癌邻近组织细胞样本
510	2024-08-09	Progress and Clinical Application of Single-Cell Transcriptional Sequencing Technology in Cancer Research 2020, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2020.593085 PMID:33614479	研究论文	本文总结了单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）在癌症研究中的最新进展及其对临床治疗的指导意义	scRNA-seq在肿瘤异质性、肿瘤进化、转移扩散、化疗耐药性发展以及肿瘤微环境与免疫系统关系方面取得了突破性发现	NA	探讨scRNA-seq技术在癌症研究中的应用及其对临床治疗的指导作用	癌症细胞及其微环境	数字病理学	癌症	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
511	2024-08-09	Integration of single-cell datasets reveals novel transcriptomic signatures of β-cells in human type 2 diabetes 2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa097 PMID:33575641	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，揭示了人类2型糖尿病中β细胞的新转录组特征	首次通过整合多个独立研究的单细胞RNA测序数据集，克服了变异源的干扰，更准确地识别了2型糖尿病β细胞的共同转录组特征	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受到原始数据质量的影响	旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与人类2型糖尿病相关的β细胞转录组变化	人类2型糖尿病中的胰腺β细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	3046个单细胞，表达27931个基因
512	2024-08-09	Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa059 PMID:33575610	研究论文	本文开发了一种基于少量恒定表达基因作为内部标准品的算法，用于单细胞RNA测序数据的归一化处理	提出了一种新的归一化方法ISnorm，使用内部类似标准品的恒定表达基因来归一化单细胞RNA测序数据，以应对转录组的大幅变化	NA	改进单细胞RNA测序数据归一化方法，提高下游分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个案例研究数据集
513	2024-08-09	Dimensionality reduction for single cell RNA sequencing data using constrained robust non-negative matrix factorization 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa064 PMID:33575614	研究论文	本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据降维的方法，该方法在非负矩阵分解框架下同时进行降维和缺失值插补	提出了一种结合降维和缺失值插补的新方法，并通过加权ℓ惩罚确保稀疏模式得以维持	NA	开发一种新的降维方法，以解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和非负性约束问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	RNA测序数据	使用了合成数据和真实数据进行实验
514	2024-08-09	Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa034 PMID:33575589	研究论文	本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能	首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能	NA	评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能	Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	超过70,000个细胞
515	2024-08-09	Deep soft K-means clustering with self-training for single-cell RNA sequence data 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa039 PMID:33575592	研究论文	本文提出了一种结合深度学习和去噪自编码器的软自训练K-means算法，用于单细胞RNA测序数据的聚类	本文创新性地结合了深度学习技术和去噪自编码器，提出了一种软自训练K-means算法，有效解决了现有算法在处理高维、稀疏和大规模转录表达数据时的局限性	NA	研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类方法	研究对象是单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	深度学习, 去噪自编码器	自编码器	RNA测序数据	大规模数据集
516	2024-08-09	Bayesian correlation is a robust gene similarity measure for single-cell RNA-seq data 2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa002 PMID:33575552	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中使用贝叶斯相关性作为基因相似性度量的鲁棒性	提出了一种贝叶斯相关性方案，该方案通过考虑低置信度表达估计的基因来扩展其在单细胞RNA测序数据中的应用	NA	旨在扩展贝叶斯相关性在单细胞RNA测序数据中的应用，通过三种方式计算相似性	单细胞RNA测序数据中的基因相似性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	贝叶斯相关性算法	基因表达数据	涉及多个细胞和基因对
517	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals Characterization of Infiltrating T Cells in Moderately Differentiated Colorectal Cancer 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.620196 PMID:33584715	研究论文	本研究旨在通过单细胞RNA测序数据分析中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征及其在结肠癌和直肠癌中的差异	NA	研究中度分化结直肠癌中肿瘤浸润T细胞的特征	中度分化结直肠癌中的肿瘤浸润T细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	肿瘤组织中1632个T细胞和外周血中1252个T细胞
518	2024-08-09	Intestinal Stem Cells and Immune Cell Relationships: Potential Therapeutic Targets for Inflammatory Bowel Diseases 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.623691 PMID:33584726	研究论文	本文探讨了肠道干细胞与免疫细胞之间的关系，并提出这些关系可能是治疗炎症性肠病的新疗法	提出了将生物制剂与肠道干细胞移植结合的新疗法，以改善炎症性肠病患者的临床症状和疾病复发情况	NA	研究肠道干细胞与免疫细胞的相互作用，探索治疗炎症性肠病的新策略	肠道干细胞、分化上皮细胞和肠道驻留免疫细胞	NA	炎症性肠病	肠道类器官培养和单细胞RNA测序技术	NA	NA	NA
519	2024-08-09	Construction of Bone Metastasis-Specific Regulation Network Based on Prognostic Stemness-Related Signatures in Breast Invasive Carcinoma 2020, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2020.613333 PMID:33585235	研究论文	本研究基于预测性干细胞相关特征（PSRSs）构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络	首次基于PSRSs构建了乳腺癌骨转移特异性调控网络，并发现CD248是关键的PSRS，受MAF正向调控并通过顶端连接途径影响骨转移	NA	构建乳腺癌骨转移特异性调控网络，并探索其潜在的治疗策略	乳腺癌骨转移的调控网络及其治疗策略	数字病理学	乳腺癌	RNA-seq, ChIP-seq	NA	基因表达数据	1080个原发性乳腺癌样本（1048个无骨转移，32个有骨转移）
520	2024-08-09	Alterations in Chromatin Structure and Function in the Microglia 2020, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2020.626541 PMID:33553166	综述	本文综述了微胶质细胞在不同发育阶段和疾病条件下表观遗传机制的变化及其对功能多样性的影响	总结了当前关于微胶质细胞表观遗传机制的知识，并讨论了这些知识如何促进疾病治疗策略的发展	NA	探讨微胶质细胞表观遗传变化对功能多样性的影响及其在疾病治疗中的应用	微胶质细胞的表观遗传机制及其在不同发育阶段和疾病条件下的变化	NA	NA	RNA-seq	NA	基因表达谱	NA