单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-07	Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons 2020-08-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17954-3 PMID:32826895	研究论文	本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。	首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。	NA	研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。	背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。	数字病理学	弗里德赖希共济失调	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	人诱导多能干细胞（iPSCs）
482	2024-08-07	CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment 2020-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2019-000189 PMID:32581043	研究论文	本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用	首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应	NA	探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC）
483	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors 2020-05, Human gene therapy IF:3.9Q2 DOI:10.1089/hum.2019.366 PMID:32143547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调	首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况	仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调	小鼠肝脏细胞	基因工程	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共46,500个肝脏细胞
484	2024-08-07	Tissue substructure-specific deposition of the β3-containing laminin-332 in the biliary epithelium of human and mouse livers 2020-04-02, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.01.104 PMID:32008745	研究论文	本文通过分析公开的单细胞RNA测序数据库，揭示了人肝细胞中层粘连蛋白基因的表达情况，特别是层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的共表达情况，并探讨了其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	首次揭示了层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的异质性表达，并证实了其在小鼠肝脏中的异质性表达与胆道上皮细胞的形态学亚结构有关。	研究主要基于公共数据库的分析，缺乏直接的实验验证，且仅探讨了生理条件下的功能，未涉及病理条件下的作用。	探讨层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的表达及其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	人肝细胞和胆道上皮细胞中的层粘连蛋白-332亚基表达情况。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
485	2024-08-07	Single-cell analysis of transcriptome and DNA methylome in human oocyte maturation 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0241698 PMID:33152014	研究论文	本文通过单细胞转录组和DNA甲基组数据分析，研究了人类卵母细胞成熟过程中基因调控的机制	首次探讨了非CpG甲基化在卵母细胞成熟中的潜在调控作用，并发现DNMT3B基因在成熟卵母细胞中的上调可能与非CpG甲基化增加有关	NA	深入理解人类卵母细胞成熟过程中的基因调控机制，并促进体外成熟技术的发展	人类卵母细胞在不同成熟阶段的单细胞转录组和甲基组数据	NA	NA	单细胞转录组分析，单细胞甲基组分析	NA	转录组数据，甲基组数据	1,077个基因在成熟卵母细胞中上调
486	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability 2020-Jul-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002 PMID:36659163	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系	发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点	NA	探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性	人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
487	2024-08-08	Quantifying Genomic Imprinting at Tissue and Cell Resolution in the Brain 2020-Sep-04, Epigenomes IF:2.5Q3 DOI:10.3390/epigenomes4030021 PMID:34968292	综述	本文综述了在组织和细胞水平上量化基因组印记的方法，特别强调了检测亲本来源依赖性表达的方法及其在脑研究中的应用	介绍了单细胞多组学方法，这些方法结合了DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质构象等特征，有望深入理解个体脑细胞中的基因组印记	NA	旨在更好地理解印记基因的功能，特别是构建详细的亲本来源依赖性表达和相关表观遗传特征图谱	印记基因在正常和病理脑中的作用	NA	脑疾病	RNA测序	NA	RNA	NA
488	2024-08-08	Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq 2020, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-020-00009-w PMID:34765994	综述	本文综述了染色质调控景观的研究进展，特别是ChIP-seq和ATAC-seq技术的发展及其在科学研究中的应用	介绍了从低通量到高通量、从批量样本到单细胞层面的表观基因组测序技术的演变	NA	探讨表观基因组测序技术的发展及其在科学研究中的应用	染色质调控景观及其在疾病过程和胚胎发育中的作用	NA	NA	ChIP-seq, ATAC-seq	NA	序列数据	NA
489	2024-08-08	Surveying brain tumor heterogeneity by single-cell RNA-sequencing of multi-sector biopsies 2020-Aug, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwaa099 PMID:34692159	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序与多区域活检，分析了13名中国胶质瘤患者的单细胞表达谱，揭示了胶质瘤不同亚区域间的侵袭模式	首次提供了人类胶质瘤细胞状态的空间级分析，并展示了胶质瘤细胞与周围微环境之间分子对话的初始分子图谱	NA	探索驱动脑肿瘤进展和异质性的机制	胶质瘤的单细胞表达谱及其与周围微环境的关系	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞表达谱	13名中国胶质瘤患者
490	2024-08-08	An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data 2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqz020 PMID:34632380	研究论文	本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域	该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本	NA	旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制	人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	基因表达数据	包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集
491	2024-08-08	LEARNING GENERAL TRANSFORMATIONS OF DATA FOR OUT-OF-SAMPLE EXTENSIONS 2020-Sep, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing : [proceedings]. IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing DOI:10.1109/mlsp49062.2020.9231660 PMID:34557339	研究论文	本文提出了一种新的神经网络模型NTNet，用于从数据中隔离出代表转换本身的信号，以便将其应用于新的数据分布	NTNet能够隔离数据转换信号，并将其应用于训练过程中未见的新数据分布，从而实现数据转换的泛化	NA	解决生成模型如GAN在训练过程中无法泛化数据转换到新分布的问题	NTNet模型在合成和生物医学单细胞RNA测序数据上的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NTNet	数据	超过一打合成和生物医学单细胞RNA测序数据集
492	2024-08-08	Single-cell transcriptomics in dermatology 2020-Dec, JAAD international DOI:10.1016/j.jdin.2020.08.001 PMID:34409338	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究皮肤细胞的转录组特征，揭示皮肤健康与疾病中的细胞异质性	利用单细胞RNA测序技术，能够以前所未有的高分辨率分析皮肤细胞的转录组，识别稀有细胞群和细胞间变异	NA	深入理解皮肤稳态生理及多种皮肤病的发病机制，并探索新的治疗靶点	皮肤细胞及其在健康和疾病状态下的转录组特征	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大量组织样本
493	2024-08-08	TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics 2020-07, Proceedings of machine learning research PMID:34337419	研究论文	本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学	将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径	传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径	解决现有方法在模拟动态过程中的局限性	细胞动力学	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	连续归一化流	时间序列数据	NA
494	2024-08-08	Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape 2020-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaa011 PMID:34316686	研究论文	本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观	首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性	NA	研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响	胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机制模型	基因表达数据	不同簇的胶质母细胞瘤细胞
495	2024-08-08	Correlation Imputation in Single cell RNA-seq using Auxiliary Information and Ensemble Learning 2020-Sep, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine DOI:10.1145/3388440.3412462 PMID:34278382	research paper	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据补全方法SCENA，通过集成学习和辅助信息来估计基因间的相关性	SCENA方法通过模型堆叠和辅助信息来估计基因间的相关性矩阵，而不是直接补全数据本身	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量，改善下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达相关性	digital pathology	NA	RNA-seq	ensemble learning	gene expression data	NA
496	2024-08-09	Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis 2020-Oct, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-020-00233-7 PMID:33817554	研究论文	本文介绍了一种名为ItClust的迭代迁移学习算法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的聚类和细胞类型分类	ItClust算法结合了监督细胞类型分类算法的思想，并利用目标数据中的信息，确保对仅存在于目标数据中的细胞进行分类的敏感性	现有的监督方法性能高度依赖于源数据质量，且对源数据中缺失的细胞类型分类准确性有限	开发一种新的迁移学习算法，以提高scRNA-seq数据中聚类和细胞类型分类的准确性	scRNA-seq数据中的细胞聚类和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	RNA-seq数据	涉及不同物种和组织的数据，使用多种scRNA-seq协议生成
497	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing for engineering and studying human islets 2020-Dec, Current opinion in biomedical engineering IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.cobme.2020.06.003 PMID:33738370	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人胰岛细胞在不同成熟和糖尿病状态下的转录特征	利用单细胞RNA测序技术，能够准确评估特定细胞类型和β细胞亚型，揭示胰岛发育和糖尿病病理的深入见解	NA	探讨胰岛细胞的成熟过程及其在糖尿病病理中的作用	干细胞衍生的和原代人胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及不同成熟和糖尿病状态的干细胞衍生的和原代人胰岛细胞
498	2024-08-09	Harmonic Alignment 2020, Proceedings of the ... SIAM International Conference on Data Mining. SIAM International Conference on Data Mining DOI:10.1137/1.9781611976236.36 PMID:33723496	研究论文	本文提出了一种新颖的框架，通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集	该框架不假设数据集之间的点对点对应关系，而是依赖于数据特征之间（可能是未知的）子集的对应关系，利用这种假设构建数据之间的等距对齐	NA	旨在通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集，特别是用于生物学应用中，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的融合	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	扩散算子	NA	测序数据	同一细胞群体的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据
499	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
500	2024-08-09	Integrated RNA Sequencing Reveals Epigenetic Impacts of Diesel Particulate Matter Exposure in Human Cerebral Organoids 2020, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000513536 PMID:33657557	研究论文	本研究通过综合RNA测序揭示了柴油颗粒物暴露对人脑类器官的表观遗传影响	首次结合单细胞和直接转录组学方法，研究柴油颗粒物暴露对人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官的毒基因组效应	NA	探讨柴油颗粒物暴露对胎儿大脑发育的影响及其在自闭症谱系障碍中的潜在作用	人脑类器官	数字病理学	自闭症谱系障碍	RNA测序	NA	RNA	NA