单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 481 - 500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 481 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptional Profiling of the Intestinal Epithelium
2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0747-3_8
PMID:32705639
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review | 本文综述了单细胞转录组学技术在研究小鼠小肠上皮细胞中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术使得能够在细胞水平上研究异质性生物系统 | NA | 探讨单细胞转录组学在小鼠小肠上皮细胞研究中的基本原理和实验设计 | 小鼠小肠上皮细胞 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | NA |
| 482 | 2024-08-07 |
Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen
2020-Jun-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02044-w
PMID:32513233
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析 | Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析 | NA | 开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析 | CRISPR-based genome perturbation及其转录输出 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 483 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells
2020-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0888-2
PMID:32242071
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研究论文 | 本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变 | 目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病 | 开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 人黑色素瘤细胞系 | 基因编辑 | 黑色素瘤 | CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 420个sgRNAs |
| 484 | 2024-08-07 |
Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs
2020-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0387-5
PMID:31932729
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研究论文 | 本文介绍了一种使用CRISPR干扰和一系列活性系统性调节的单引导RNA（sgRNA）来调节人类基因表达的方法 | 开发了一种新的方法，通过使用含有目标位点错配的sgRNA来精确控制基因表达，并利用深度学习推导出错配sgRNA活性的规则 | NA | 评估基因表达水平与表型之间的关系 | 人类基因表达的精确控制 | 基因编辑 | NA | CRISPR干扰 | 深度学习 | RNA-seq | 约2,400个对细胞生长至关重要的基因 |
| 485 | 2024-08-07 |
Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activities
2020-11-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00799-2
PMID:33218352
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定了可作为药物靶点的转录因子活性。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性白血病中B淋巴细胞分化路径上的转录因子活性，并发现了与化疗耐药性相关的细胞周期状态和分化相关调控网络的变化。 | NA | 研究ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定可作为药物靶点的转录因子活性。 | ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中的B淋巴细胞分化和白血病细胞状态。 | 数字病理学 | 儿童白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 486 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma
2020-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18916-5
PMID:33033240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱尿路上皮癌样本，揭示了肿瘤微环境中细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示膀胱尿路上皮癌中炎症相关成纤维细胞（iCAFs）在肿瘤进展中的作用及其与不良预后的关联 | NA | 探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤微环境的作用及其对临床预后的影响 | 膀胱尿路上皮癌的肿瘤微环境及其中不同细胞类型的功能 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8个肿瘤样本和3个肿瘤旁样本 |
| 487 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of tumor and stromal compartments of pancreatic ductal adenocarcinoma primary tumors and metastatic lesions
2020-09-29, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00776-9
PMID:32988401
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤和基质成分的转录组 | 首次对PDAC原发肿瘤和转移病灶的单细胞转录组进行了全面分析，并使用了一种新的监督分类算法SuperCT来识别不同的细胞类型 | 研究主要集中在原发肿瘤和转移病灶的组织样本上，未涉及其他类型的样本 | 深入了解胰腺导管腺癌的细胞组成及其与疾病进展和患者预后的关系 | 胰腺导管腺癌的原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | SuperCT | 转录组 | 来自PDAC患者的原发肿瘤和转移活检样本中的单个细胞 |
| 488 | 2024-08-07 |
Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons
2020-08-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17954-3
PMID:32826895
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研究论文 | 本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。 | 首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。 | NA | 研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。 | 背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。 | 数字病理学 | 弗里德赖希共济失调 | bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人诱导多能干细胞（iPSCs） |
| 489 | 2024-08-07 |
CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment
2020-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2019-000189
PMID:32581043
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研究论文 | 本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用 | 首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应 | NA | 探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响 | 胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC） |
| 490 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors
2020-05, Human gene therapy
IF:3.9Q2
DOI:10.1089/hum.2019.366
PMID:32143547
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调 | 首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况 | 仅限于小鼠模型，且样本量相对较小 | 评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调 | 小鼠肝脏细胞 | 基因工程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 总共46,500个肝脏细胞 |
| 491 | 2024-08-07 |
Tissue substructure-specific deposition of the β3-containing laminin-332 in the biliary epithelium of human and mouse livers
2020-04-02, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2020.01.104
PMID:32008745
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研究论文 | 本文通过分析公开的单细胞RNA测序数据库，揭示了人肝细胞中层粘连蛋白基因的表达情况，特别是层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的共表达情况，并探讨了其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。 | 首次揭示了层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的异质性表达，并证实了其在小鼠肝脏中的异质性表达与胆道上皮细胞的形态学亚结构有关。 | 研究主要基于公共数据库的分析，缺乏直接的实验验证，且仅探讨了生理条件下的功能，未涉及病理条件下的作用。 | 探讨层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的表达及其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。 | 人肝细胞和胆道上皮细胞中的层粘连蛋白-332亚基表达情况。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 492 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of transcriptome and DNA methylome in human oocyte maturation
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0241698
PMID:33152014
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组和DNA甲基组数据分析，研究了人类卵母细胞成熟过程中基因调控的机制 | 首次探讨了非CpG甲基化在卵母细胞成熟中的潜在调控作用，并发现DNMT3B基因在成熟卵母细胞中的上调可能与非CpG甲基化增加有关 | NA | 深入理解人类卵母细胞成熟过程中的基因调控机制，并促进体外成熟技术的发展 | 人类卵母细胞在不同成熟阶段的单细胞转录组和甲基组数据 | NA | NA | 单细胞转录组分析，单细胞甲基组分析 | NA | 转录组数据，甲基组数据 | 1,077个基因在成熟卵母细胞中上调 |
| 493 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability
2020-Jul-15, Science bulletin
IF:18.8Q1
DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002
PMID:36659163
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系 | 发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点 | NA | 探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性 | 人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 494 | 2024-08-08 |
Quantifying Genomic Imprinting at Tissue and Cell Resolution in the Brain
2020-Sep-04, Epigenomes
IF:2.5Q3
DOI:10.3390/epigenomes4030021
PMID:34968292
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综述 | 本文综述了在组织和细胞水平上量化基因组印记的方法，特别强调了检测亲本来源依赖性表达的方法及其在脑研究中的应用 | 介绍了单细胞多组学方法，这些方法结合了DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质构象等特征，有望深入理解个体脑细胞中的基因组印记 | NA | 旨在更好地理解印记基因的功能，特别是构建详细的亲本来源依赖性表达和相关表观遗传特征图谱 | 印记基因在正常和病理脑中的作用 | NA | 脑疾病 | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 495 | 2024-08-08 |
Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq
2020, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-020-00009-w
PMID:34765994
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综述 | 本文综述了染色质调控景观的研究进展，特别是ChIP-seq和ATAC-seq技术的发展及其在科学研究中的应用 | 介绍了从低通量到高通量、从批量样本到单细胞层面的表观基因组测序技术的演变 | NA | 探讨表观基因组测序技术的发展及其在科学研究中的应用 | 染色质调控景观及其在疾病过程和胚胎发育中的作用 | NA | NA | ChIP-seq, ATAC-seq | NA | 序列数据 | NA |
| 496 | 2024-08-08 |
Surveying brain tumor heterogeneity by single-cell RNA-sequencing of multi-sector biopsies
2020-Aug, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa099
PMID:34692159
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序与多区域活检，分析了13名中国胶质瘤患者的单细胞表达谱，揭示了胶质瘤不同亚区域间的侵袭模式 | 首次提供了人类胶质瘤细胞状态的空间级分析，并展示了胶质瘤细胞与周围微环境之间分子对话的初始分子图谱 | NA | 探索驱动脑肿瘤进展和异质性的机制 | 胶质瘤的单细胞表达谱及其与周围微环境的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达谱 | 13名中国胶质瘤患者 |
| 497 | 2024-08-08 |
An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data
2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqz020
PMID:34632380
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研究论文 | 本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域 | 该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本 | NA | 旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制 | 人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集 |
| 498 | 2024-08-08 |
LEARNING GENERAL TRANSFORMATIONS OF DATA FOR OUT-OF-SAMPLE EXTENSIONS
2020-Sep, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing : [proceedings]. IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing
DOI:10.1109/mlsp49062.2020.9231660
PMID:34557339
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研究论文 | 本文提出了一种新的神经网络模型NTNet，用于从数据中隔离出代表转换本身的信号，以便将其应用于新的数据分布 | NTNet能够隔离数据转换信号，并将其应用于训练过程中未见的新数据分布，从而实现数据转换的泛化 | NA | 解决生成模型如GAN在训练过程中无法泛化数据转换到新分布的问题 | NTNet模型在合成和生物医学单细胞RNA测序数据上的应用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NTNet | 数据 | 超过一打合成和生物医学单细胞RNA测序数据集 |
| 499 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics in dermatology
2020-Dec, JAAD international
DOI:10.1016/j.jdin.2020.08.001
PMID:34409338
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究皮肤细胞的转录组特征，揭示皮肤健康与疾病中的细胞异质性 | 利用单细胞RNA测序技术，能够以前所未有的高分辨率分析皮肤细胞的转录组，识别稀有细胞群和细胞间变异 | NA | 深入理解皮肤稳态生理及多种皮肤病的发病机制，并探索新的治疗靶点 | 皮肤细胞及其在健康和疾病状态下的转录组特征 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 大量组织样本 |
| 500 | 2024-08-08 |
TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics
2020-07, Proceedings of machine learning research
PMID:34337419
|
研究论文 | 本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学 | 将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径 | 传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径 | 解决现有方法在模拟动态过程中的局限性 | 细胞动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 连续归一化流 | 时间序列数据 | NA |