单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
481	2024-08-08	Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq 2020, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-020-00009-w PMID:34765994	综述	本文综述了染色质调控景观的研究进展，特别是ChIP-seq和ATAC-seq技术的发展及其在科学研究中的应用	介绍了从低通量到高通量、从批量样本到单细胞层面的表观基因组测序技术的演变	NA	探讨表观基因组测序技术的发展及其在科学研究中的应用	染色质调控景观及其在疾病过程和胚胎发育中的作用	NA	NA	ChIP-seq, ATAC-seq	NA	序列数据	NA
482	2024-08-08	Surveying brain tumor heterogeneity by single-cell RNA-sequencing of multi-sector biopsies 2020-Aug, National science review IF:16.3Q1 DOI:10.1093/nsr/nwaa099 PMID:34692159	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序与多区域活检，分析了13名中国胶质瘤患者的单细胞表达谱，揭示了胶质瘤不同亚区域间的侵袭模式	首次提供了人类胶质瘤细胞状态的空间级分析，并展示了胶质瘤细胞与周围微环境之间分子对话的初始分子图谱	NA	探索驱动脑肿瘤进展和异质性的机制	胶质瘤的单细胞表达谱及其与周围微环境的关系	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞表达谱	13名中国胶质瘤患者
483	2024-08-08	An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data 2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqz020 PMID:34632380	研究论文	本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域	该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本	NA	旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制	人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	基因表达数据	包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集
484	2024-08-08	LEARNING GENERAL TRANSFORMATIONS OF DATA FOR OUT-OF-SAMPLE EXTENSIONS 2020-Sep, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing : [proceedings]. IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing DOI:10.1109/mlsp49062.2020.9231660 PMID:34557339	研究论文	本文提出了一种新的神经网络模型NTNet，用于从数据中隔离出代表转换本身的信号，以便将其应用于新的数据分布	NTNet能够隔离数据转换信号，并将其应用于训练过程中未见的新数据分布，从而实现数据转换的泛化	NA	解决生成模型如GAN在训练过程中无法泛化数据转换到新分布的问题	NTNet模型在合成和生物医学单细胞RNA测序数据上的应用	机器学习	NA	单细胞RNA测序	NTNet	数据	超过一打合成和生物医学单细胞RNA测序数据集
485	2024-08-08	Single-cell transcriptomics in dermatology 2020-Dec, JAAD international DOI:10.1016/j.jdin.2020.08.001 PMID:34409338	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究皮肤细胞的转录组特征，揭示皮肤健康与疾病中的细胞异质性	利用单细胞RNA测序技术，能够以前所未有的高分辨率分析皮肤细胞的转录组，识别稀有细胞群和细胞间变异	NA	深入理解皮肤稳态生理及多种皮肤病的发病机制，并探索新的治疗靶点	皮肤细胞及其在健康和疾病状态下的转录组特征	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	大量组织样本
486	2024-08-08	TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics 2020-07, Proceedings of machine learning research PMID:34337419	研究论文	本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学	将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径	传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径	解决现有方法在模拟动态过程中的局限性	细胞动力学	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	连续归一化流	时间序列数据	NA
487	2024-08-08	Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape 2020-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaa011 PMID:34316686	研究论文	本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观	首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性	NA	研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响	胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机制模型	基因表达数据	不同簇的胶质母细胞瘤细胞
488	2024-08-08	Correlation Imputation in Single cell RNA-seq using Auxiliary Information and Ensemble Learning 2020-Sep, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine DOI:10.1145/3388440.3412462 PMID:34278382	research paper	本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据补全方法SCENA，通过集成学习和辅助信息来估计基因间的相关性	SCENA方法通过模型堆叠和辅助信息来估计基因间的相关性矩阵，而不是直接补全数据本身	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量，改善下游分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的基因表达相关性	digital pathology	NA	RNA-seq	ensemble learning	gene expression data	NA
489	2024-08-09	Iterative transfer learning with neural network for clustering and cell type classification in single-cell RNA-seq analysis 2020-Oct, Nature machine intelligence IF:18.8Q1 DOI:10.1038/s42256-020-00233-7 PMID:33817554	研究论文	本文介绍了一种名为ItClust的迭代迁移学习算法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的聚类和细胞类型分类	ItClust算法结合了监督细胞类型分类算法的思想，并利用目标数据中的信息，确保对仅存在于目标数据中的细胞进行分类的敏感性	现有的监督方法性能高度依赖于源数据质量，且对源数据中缺失的细胞类型分类准确性有限	开发一种新的迁移学习算法，以提高scRNA-seq数据中聚类和细胞类型分类的准确性	scRNA-seq数据中的细胞聚类和细胞类型分类	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	RNA-seq数据	涉及不同物种和组织的数据，使用多种scRNA-seq协议生成
490	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing for engineering and studying human islets 2020-Dec, Current opinion in biomedical engineering IF:4.7Q2 DOI:10.1016/j.cobme.2020.06.003 PMID:33738370	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了人胰岛细胞在不同成熟和糖尿病状态下的转录特征	利用单细胞RNA测序技术，能够准确评估特定细胞类型和β细胞亚型，揭示胰岛发育和糖尿病病理的深入见解	NA	探讨胰岛细胞的成熟过程及其在糖尿病病理中的作用	干细胞衍生的和原代人胰岛细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及不同成熟和糖尿病状态的干细胞衍生的和原代人胰岛细胞
491	2024-08-09	Harmonic Alignment 2020, Proceedings of the ... SIAM International Conference on Data Mining. SIAM International Conference on Data Mining DOI:10.1137/1.9781611976236.36 PMID:33723496	研究论文	本文提出了一种新颖的框架，通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集	该框架不假设数据集之间的点对点对应关系，而是依赖于数据特征之间（可能是未知的）子集的对应关系，利用这种假设构建数据之间的等距对齐	NA	旨在通过数据内在几何的对齐来合并不同数据集，特别是用于生物学应用中，如单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据的融合	单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据	生物信息学	NA	扩散算子	NA	测序数据	同一细胞群体的单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据
492	2024-08-09	Single-cell qPCR Assay with Massively Parallel Microfluidic System 2020-Mar-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.3563 PMID:33659534	research paper	本文介绍了一种使用大规模并行微流控系统的单细胞qPCR检测方法	本文提供了一种新的标准化协议，用于单细胞qPCR技术，该技术能够更详细地理解异质细胞群和少数细胞	单细胞qPCR技术在基因数量方面存在一定限制	旨在建立单细胞qPCR技术的标准化协议，以更详细地理解细胞异质性	单细胞转录组及其在不同条件下的变化	NA	NA	单细胞qPCR	NA	基因表达数据	单个细胞
493	2024-08-09	Integrated RNA Sequencing Reveals Epigenetic Impacts of Diesel Particulate Matter Exposure in Human Cerebral Organoids 2020, Developmental neuroscience IF:2.3Q3 DOI:10.1159/000513536 PMID:33657557	研究论文	本研究通过综合RNA测序揭示了柴油颗粒物暴露对人脑类器官的表观遗传影响	首次结合单细胞和直接转录组学方法，研究柴油颗粒物暴露对人类诱导多能干细胞衍生的脑类器官的毒基因组效应	NA	探讨柴油颗粒物暴露对胎儿大脑发育的影响及其在自闭症谱系障碍中的潜在作用	人脑类器官	数字病理学	自闭症谱系障碍	RNA测序	NA	RNA	NA
494	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Expansion of Cytotoxic CD4+ T Lymphocytes and a Landscape of Immune Cells in Primary Sjögren's Syndrome 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.594658 PMID:33603736	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞，揭示了疾病特异性的免疫细胞亚群及其在疾病发展中的作用	首次发现原发性干燥综合征患者中细胞毒性CD4+ T淋巴细胞的显著扩张，并识别了两个新的细胞亚群CD4+ CTLs和CD4+ TRAV13-2+ T细胞	研究样本量较小，仅包括五名患者和五名健康对照者	探索原发性干燥综合征的细胞和分子发病机制	原发性干燥综合征患者和健康对照者的外周血单个核细胞	免疫学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	57,288个外周血单个核细胞，来自五名原发性干燥综合征患者和五名健康对照者
495	2024-08-09	Development of a Prognostic Signature Based on Single-Cell RNA Sequencing Data of Immune Cells in Intrahepatic Cholangiocarcinoma 2020, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2020.615680 PMID:33613623	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了肝内胆管癌中的免疫细胞，以识别与肿瘤进展相关的生物标志物，并建立了一个与预后相关的基因签名	首次基于单细胞RNA测序数据建立了肝内胆管癌的预后相关基因签名，该签名反映了肿瘤微环境的免疫状态	NA	探讨肝内胆管癌中单细胞RNA测序数据中差异表达基因的预后价值	肝内胆管癌中的免疫细胞	数字病理学	肝内胆管癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	33,991个细胞样本，包括17,090个肝内胆管癌细胞样本和16,901个肝内胆管癌邻近组织细胞样本
496	2024-08-09	Progress and Clinical Application of Single-Cell Transcriptional Sequencing Technology in Cancer Research 2020, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2020.593085 PMID:33614479	研究论文	本文总结了单细胞转录组测序技术（scRNA-seq）在癌症研究中的最新进展及其对临床治疗的指导意义	scRNA-seq在肿瘤异质性、肿瘤进化、转移扩散、化疗耐药性发展以及肿瘤微环境与免疫系统关系方面取得了突破性发现	NA	探讨scRNA-seq技术在癌症研究中的应用及其对临床治疗的指导作用	癌症细胞及其微环境	数字病理学	癌症	单细胞转录组测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
497	2024-08-09	Integration of single-cell datasets reveals novel transcriptomic signatures of β-cells in human type 2 diabetes 2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa097 PMID:33575641	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据集，揭示了人类2型糖尿病中β细胞的新转录组特征	首次通过整合多个独立研究的单细胞RNA测序数据集，克服了变异源的干扰，更准确地识别了2型糖尿病β细胞的共同转录组特征	研究依赖于已有的单细胞RNA测序数据集，可能受到原始数据质量的影响	旨在通过单细胞RNA测序技术，识别与人类2型糖尿病相关的β细胞转录组变化	人类2型糖尿病中的胰腺β细胞	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	3046个单细胞，表达27931个基因
498	2024-08-09	Normalizing single-cell RNA sequencing data with internal spike-in-like genes 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa059 PMID:33575610	研究论文	本文开发了一种基于少量恒定表达基因作为内部标准品的算法，用于单细胞RNA测序数据的归一化处理	提出了一种新的归一化方法ISnorm，使用内部类似标准品的恒定表达基因来归一化单细胞RNA测序数据，以应对转录组的大幅变化	NA	改进单细胞RNA测序数据归一化方法，提高下游分析的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个案例研究数据集
499	2024-08-09	Dimensionality reduction for single cell RNA sequencing data using constrained robust non-negative matrix factorization 2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa064 PMID:33575614	研究论文	本文开发了一种用于单细胞RNA测序数据降维的方法，该方法在非负矩阵分解框架下同时进行降维和缺失值插补	提出了一种结合降维和缺失值插补的新方法，并通过加权ℓ惩罚确保稀疏模式得以维持	NA	开发一种新的降维方法，以解决单细胞RNA测序数据中的缺失值和非负性约束问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	RNA测序数据	使用了合成数据和真实数据进行实验
500	2024-08-09	Comparative performance of the BGI and Illumina sequencing technology for single-cell RNA-sequencing 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa034 PMID:33575589	研究论文	本文比较了Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000平台在单细胞RNA测序中的性能	首次对比了不同高通量测序平台在单细胞RNA测序中的性能	NA	评估不同测序平台在单细胞RNA测序中的性能	Illumina NextSeq 500、NovaSeq 6000与BGI MGISEQ-2000测序平台	测序技术	NA	单细胞RNA测序	NA	序列数据	超过70,000个细胞