单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
461	2024-08-07	Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03-01, European heart journal IF:37.6Q1 DOI:10.1093/eurheartj/ehz351 PMID:31242503	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胚胎干细胞衍生的内皮细胞在定向分化过程中的转录动态	发现了内皮细胞和间充质细胞谱系的分化过程中的转录分支以及新的转录特征	NA	探索从多能干细胞到内皮细胞分化的转录景观和细胞动态	人胚胎干细胞衍生的内皮细胞及其与成熟内皮细胞的比较	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共105,727个细胞进行了单细胞RNA测序分析
462	2024-08-07	Therapy-induced mutations drive the genomic landscape of relapsed acute lymphoblastic leukemia 2020-01-02, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2019002220 PMID:31697823	研究论文	研究急性淋巴细胞白血病（ALL）复发机制，通过全基因组测序和超深度测序分析复发特异性体细胞变异	发现了两种新的复发特异性突变特征，其中一种与硫嘌呤治疗有关，这些特征在非ALL的复发样本和泛癌诊断样本中未见	研究主要集中在特定基因和突变特征上，可能未涵盖所有影响ALL复发的因素	探究急性淋巴细胞白血病复发机制及其与治疗诱导突变的关系	急性淋巴细胞白血病患者的诊断-复发-胚系三联体和连续样本	数字病理学	急性淋巴细胞白血病	全基因组测序，超深度测序	数学模型	基因组数据	103个诊断-复发-胚系三联体和16名患者的208个连续样本
463	2024-08-07	EPISCORE: cell type deconvolution of bulk tissue DNA methylomes from single-cell RNA-Seq data 2020-09-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02126-9 PMID:32883324	研究论文	本文介绍了一种名为EPISCORE的计算算法，用于从单细胞RNA测序数据中对大量组织DNA甲基化数据进行细胞类型反卷积	EPISCORE算法通过应用概率性的表观遗传模型，利用单细胞RNA测序组织图谱生成组织特异性的DNA甲基化参考矩阵，从而实现对大量组织数据的细胞类型比例和细胞类型特异性差异甲基化信号的量化	NA	开发一种算法，用于解决细胞类型异质性对表观基因组数据解释的挑战	大量组织DNA甲基化数据和单细胞RNA测序数据	表观遗传学	NA	单细胞RNA测序	概率性表观遗传模型	DNA甲基化数据	多个表观基因组研究和组织类型
464	2024-08-07	MYC Drives Temporal Evolution of Small Cell Lung Cancer Subtypes by Reprogramming Neuroendocrine Fate 2020-07-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2020.05.001 PMID:32473656	研究论文	本研究通过时间序列单细胞转录组分析，揭示了MYC在小细胞肺癌亚型动态演化中的驱动作用	首次揭示了MYC通过激活Notch信号通路，促使小细胞肺癌从ASCL1到NEUROD1再到YAP1状态的时间性转变	NA	探讨MYC在小细胞肺癌亚型演化中的作用机制	小细胞肺癌的分子亚型及其动态演化	数字病理学	肺癌	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用小鼠和人类模型进行研究
465	2024-08-07	Nuclear MYH9-induced CTNNB1 transcription, targeted by staurosporin, promotes gastric cancer cell anoikis resistance and metastasis 2020, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.46001 PMID:32685004	研究论文	本文通过多种技术手段研究了MYH9在胃癌细胞中的表达及其对细胞凋亡抵抗和转移的影响，并探讨了staurosporin对其的抑制作用。	首次揭示了核定位的MYH9通过促进CTNNB1转录来增强胃癌细胞的凋亡抵抗和转移能力，并发现staurosporin可以作为潜在的治疗药物。	NA	探讨MYH9在胃癌转移中的作用及其潜在的治疗策略。	胃癌细胞及胃癌患者的转移组织。	数字病理学	胃癌	2-DIGE, MALDI-TOF/TOF MS, 单细胞转录组, 免疫荧光, 免疫透射电子显微镜, 染色质分离, 共免疫沉淀, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告, 琼脂糖-寡核苷酸拉下, 流式细胞术, 细胞凋亡检测	NA	蛋白质, 转录组	包括正常胃黏膜、原发性胃癌及腹膜转移组织，以及胃癌细胞系和裸鼠模型。
466	2024-08-07	A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer 2020-08, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-0926-0 PMID:32572264	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统	发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释	NA	全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统	高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	22个腹水样本，11名患者
467	2024-08-07	Single-Cell Transcriptional Profiling of the Intestinal Epithelium 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0747-3_8 PMID:32705639	review	本文综述了单细胞转录组学技术在研究小鼠小肠上皮细胞中的应用	单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术使得能够在细胞水平上研究异质性生物系统	NA	探讨单细胞转录组学在小鼠小肠上皮细胞研究中的基本原理和实验设计	小鼠小肠上皮细胞	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	text	NA
468	2024-08-07	Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen 2020-Jun-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02044-w PMID:32513233	研究论文	本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析	Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析	NA	开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析	CRISPR-based genome perturbation及其转录输出	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
469	2024-08-07	Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells 2020-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-020-0888-2 PMID:32242071	研究论文	本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号	本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变	目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病	开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号	人黑色素瘤细胞系	基因编辑	黑色素瘤	CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq	NA	基因表达数据	420个sgRNAs
470	2024-08-07	Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs 2020-Mar, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0387-5 PMID:31932729	研究论文	本文介绍了一种使用CRISPR干扰和一系列活性系统性调节的单引导RNA（sgRNA）来调节人类基因表达的方法	开发了一种新的方法，通过使用含有目标位点错配的sgRNA来精确控制基因表达，并利用深度学习推导出错配sgRNA活性的规则	NA	评估基因表达水平与表型之间的关系	人类基因表达的精确控制	基因编辑	NA	CRISPR干扰	深度学习	RNA-seq	约2,400个对细胞生长至关重要的基因
471	2024-08-07	Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activities 2020-11-20, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-00799-2 PMID:33218352	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定了可作为药物靶点的转录因子活性。	本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性白血病中B淋巴细胞分化路径上的转录因子活性，并发现了与化疗耐药性相关的细胞周期状态和分化相关调控网络的变化。	NA	研究ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定可作为药物靶点的转录因子活性。	ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中的B淋巴细胞分化和白血病细胞状态。	数字病理学	儿童白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
472	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma 2020-10-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-18916-5 PMID:33033240	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱尿路上皮癌样本，揭示了肿瘤微环境中细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示膀胱尿路上皮癌中炎症相关成纤维细胞（iCAFs）在肿瘤进展中的作用及其与不良预后的关联	NA	探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤微环境的作用及其对临床预后的影响	膀胱尿路上皮癌的肿瘤微环境及其中不同细胞类型的功能	数字病理学	膀胱癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	8个肿瘤样本和3个肿瘤旁样本
473	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of tumor and stromal compartments of pancreatic ductal adenocarcinoma primary tumors and metastatic lesions 2020-09-29, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-020-00776-9 PMID:32988401	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤和基质成分的转录组	首次对PDAC原发肿瘤和转移病灶的单细胞转录组进行了全面分析，并使用了一种新的监督分类算法SuperCT来识别不同的细胞类型	研究主要集中在原发肿瘤和转移病灶的组织样本上，未涉及其他类型的样本	深入了解胰腺导管腺癌的细胞组成及其与疾病进展和患者预后的关系	胰腺导管腺癌的原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤细胞和基质细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	SuperCT	转录组	来自PDAC患者的原发肿瘤和转移活检样本中的单个细胞
474	2024-08-07	Frataxin gene editing rescues Friedreich's ataxia pathology in dorsal root ganglia organoid-derived sensory neurons 2020-08-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17954-3 PMID:32826895	研究论文	本文通过体外分化人诱导多能干细胞（iPSCs）生成背根神经节类器官（DRG organoids），并研究了弗里德赖希共济失调（FRDA）病理学中Frataxin基因编辑的修复作用。	首次展示了通过去除FXN基因第一内含子中的抑制染色质，可以恢复FXN总表达并完全逆转FRDA背根神经节神经元的病理特征。	NA	研究Frataxin基因编辑在修复弗里德赖希共济失调病理学中的作用。	背根神经节类器官（DRG organoids）及其衍生的感觉神经元。	数字病理学	弗里德赖希共济失调	bulk和单细胞RNA测序	NA	RNA	人诱导多能干细胞（iPSCs）
475	2024-08-07	CD200 promotes immunosuppression in the pancreatic tumor microenvironment 2020-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2019-000189 PMID:32581043	研究论文	本文研究了CD200在胰腺肿瘤微环境中促进免疫抑制的作用	首次揭示了CD200在胰腺导管腺癌（PDAC）微环境中通过促进髓源抑制细胞（MDSC）的扩增和活性来限制免疫治疗反应	NA	探讨CD200在胰腺导管腺癌微环境中的免疫抑制作用及其对免疫治疗反应的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）患者及小鼠模型	数字病理学	胰腺癌	免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	细胞	包括人类胰腺癌细胞系、患者血液样本、小鼠肿瘤模型及健康捐赠者的外周血单个核细胞（PBMC）
476	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis of Mouse Liver Cell-Specific Tropism and Transcriptional Dysregulation Following Intravenous Administration of AAVrh.10 Vectors 2020-05, Human gene therapy IF:3.9Q2 DOI:10.1089/hum.2019.366 PMID:32143547	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了静脉注射AAVrh.10载体后小鼠肝脏细胞特异性趋向性和转录失调	首次详细描述了AAVrh.10载体在小鼠肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调情况	仅限于小鼠模型，且样本量相对较小	评估AAVrh.10载体在肝脏细胞中的特异性趋向性和转录失调	小鼠肝脏细胞	基因工程	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	总共46,500个肝脏细胞
477	2024-08-07	Tissue substructure-specific deposition of the β3-containing laminin-332 in the biliary epithelium of human and mouse livers 2020-04-02, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2020.01.104 PMID:32008745	研究论文	本文通过分析公开的单细胞RNA测序数据库，揭示了人肝细胞中层粘连蛋白基因的表达情况，特别是层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的共表达情况，并探讨了其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	首次揭示了层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的异质性表达，并证实了其在小鼠肝脏中的异质性表达与胆道上皮细胞的形态学亚结构有关。	研究主要基于公共数据库的分析，缺乏直接的实验验证，且仅探讨了生理条件下的功能，未涉及病理条件下的作用。	探讨层粘连蛋白-332亚基在胆道上皮细胞中的表达及其在肝脏中的功能和潜在的病理生理作用。	人肝细胞和胆道上皮细胞中的层粘连蛋白-332亚基表达情况。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
478	2024-08-07	Single-cell analysis of transcriptome and DNA methylome in human oocyte maturation 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0241698 PMID:33152014	研究论文	本文通过单细胞转录组和DNA甲基组数据分析，研究了人类卵母细胞成熟过程中基因调控的机制	首次探讨了非CpG甲基化在卵母细胞成熟中的潜在调控作用，并发现DNMT3B基因在成熟卵母细胞中的上调可能与非CpG甲基化增加有关	NA	深入理解人类卵母细胞成熟过程中的基因调控机制，并促进体外成熟技术的发展	人类卵母细胞在不同成熟阶段的单细胞转录组和甲基组数据	NA	NA	单细胞转录组分析，单细胞甲基组分析	NA	转录组数据，甲基组数据	1,077个基因在成熟卵母细胞中上调
479	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unveils critical regulators of human FOXP3+ regulatory T cell stability 2020-Jul-15, Science bulletin IF:18.8Q1 DOI:10.1016/j.scib.2020.01.002 PMID:36659163	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨了人类调节T细胞在白细胞介素-6（IL-6）刺激下的反应及其与细胞抑制功能的关系	发现了CYP1A1作为调节T细胞抑制能力和稳定性的关键调控因子，这一发现为生物疗法的临床应用提供了新的潜在靶点	NA	探讨炎症条件下调节T细胞的异质性和抑制活性	人类FOXP3+调节T细胞在IL-6刺激下的反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
480	2024-08-08	Quantifying Genomic Imprinting at Tissue and Cell Resolution in the Brain 2020-Sep-04, Epigenomes IF:2.5Q3 DOI:10.3390/epigenomes4030021 PMID:34968292	综述	本文综述了在组织和细胞水平上量化基因组印记的方法，特别强调了检测亲本来源依赖性表达的方法及其在脑研究中的应用	介绍了单细胞多组学方法，这些方法结合了DNA甲基化、组蛋白修饰和染色质构象等特征，有望深入理解个体脑细胞中的基因组印记	NA	旨在更好地理解印记基因的功能，特别是构建详细的亲本来源依赖性表达和相关表观遗传特征图谱	印记基因在正常和病理脑中的作用	NA	脑疾病	RNA测序	NA	RNA	NA