单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 461 - 480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 461 | 2024-08-07 |
Iterative Single-Cell Analyses Define the Transcriptome of the First Functional Hematopoietic Stem Cells
2020-05-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107627
PMID:32402290
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研究论文 | 本文通过迭代单细胞分析方法，定义了小鼠胚胎中最早的功能性造血干细胞（HSC）的转录组 | 使用Gata2为基础的富集方法，直接关联到HSC的内部调控网络，并通过迭代分析揭示了特定的分子特征与HSC及多能祖细胞功能的关联 | NA | 确定小鼠胚胎中最早的功能性HSC的转录组特征 | 小鼠胚胎中的造血干细胞及其转录组 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包含1-2个细胞的主动脉簇 |
| 462 | 2024-08-07 |
Dissecting the early steps of MLL induced leukaemogenic transformation using a mouse model of AML
2020-03-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15220-0
PMID:32179751
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研究论文 | 本文利用条件性阻断在多能造血祖细胞阶段的细胞，开发了一种MLL-r模型，捕捉MLL-ENL表达的早期细胞和分子后果，并通过scRNA-seq、ATAC-seq和全基因组CRISPR-Cas9筛选，识别可能驱动白血病早期阶段的通路和基因。 | 开发了一种新的MLL-r模型，捕捉早期白血病转化的细胞和分子后果，并结合多种高通量技术进行深入分析。 | NA | 研究MLL诱导的白血病转化早期步骤的细胞和分子机制。 | MLL-ENL表达对造血祖细胞的影响及其在白血病转化中的作用。 | NA | 急性髓系白血病 | scRNA-seq, ATAC-seq, CRISPR-Cas9 | NA | 基因组数据 | NA |
| 463 | 2024-08-07 |
Re-evaluation of human BDCA-2+ DC during acute sterile skin inflammation
2020-03-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190811
PMID:31845972
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研究论文 | 本文研究了在急性无菌皮肤炎症期间，BDCA-2+CD123int DC亚群在人类皮肤伤口中的快速浸润现象 | 发现了先前未被识别的CD123intBDCA-2+CD1a+ DC亚群在急性无菌炎症早期皮肤浸润的现象 | NA | 重新评估pDC在皮肤疾病中的作用 | BDCA-2+CD123int DC亚群和Axl+Siglec-6+ DCs（ASDC）在皮肤炎症中的作用 | 免疫学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 464 | 2024-08-07 |
Bone Marrow Stromal Cells Drive Key Hallmarks of B Cell Malignancies
2020-Feb-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21041466
PMID:32098106
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综述 | 本文综述了骨髓基质细胞与恶性B细胞之间的相互作用及其对信号传导、基因表达和代谢适应的深远影响 | 近期单细胞测序技术揭示了骨髓微环境的未被重视的细胞异质性，并探讨了肿瘤细胞与基质细胞相互作用的分子机制 | 对于这些细胞亚型如何相互作用并调节正常和恶性造血仍需进一步研究 | 探讨骨髓基质细胞与恶性B细胞在病理条件下的合作机制 | 骨髓基质细胞与恶性B细胞的相互作用 | NA | B细胞恶性肿瘤 | 单细胞测序技术 | NA | 细胞 | NA |
| 465 | 2024-08-07 |
Loss of Kat2a enhances transcriptional noise and depletes acute myeloid leukemia stem-like cells
2020-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51754
PMID:31985402
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研究论文 | 研究探讨了Kat2a基因在急性髓系白血病（AML）中的作用，发现Kat2a的缺失增强了转录噪音并耗尽了AML干细胞样细胞 | 首次证明了Kat2a在AML中的遗传脆弱性，并通过染色质分析和单细胞转录组学揭示了Kat2a对AML干细胞样细胞的维持作用 | 研究基于条件性敲除小鼠模型，可能需要进一步的人体细胞实验验证 | 探讨Kat2a在AML中的作用及其对AML干细胞样细胞的影响 | 急性髓系白血病及其干细胞样细胞 | NA | 急性髓系白血病 | 染色质分析，单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 条件性敲除小鼠 |
| 466 | 2024-08-07 |
Multimodal Mapping of the Tumor and Peripheral Blood Immune Landscape in Human Pancreatic Cancer
2020-11, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-020-00121-4
PMID:34296197
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研究论文 | 本文通过多模态分析方法，揭示了胰腺导管腺癌（PDA）中肿瘤及外周血的免疫景观 | 本文首次结合CyTOF、单细胞RNA测序和多重免疫组化技术，揭示了PDA中复杂的免疫抑制细胞相互作用网络 | NA | 阐明胰腺导管腺癌中的免疫景观，为免疫治疗提供新的策略 | 胰腺导管腺癌患者的肿瘤、匹配的外周血及非恶性样本 | 数字病理学 | 胰腺癌 | CyTOF、单细胞RNA测序、多重免疫组化 | NA | 细胞 | 多个胰腺导管腺癌患者样本 |
| 467 | 2024-08-07 |
Developmental trajectory of prehematopoietic stem cell formation from endothelium
2020-08-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020004801
PMID:32392346
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，探索了从小鼠胚胎尾部动脉的血管内皮细胞到造血干细胞前体的发育轨迹 | 首次识别出从内皮细胞到造血干细胞前体的连续发育轨迹，并定义了一个新的中间阶段——pre-HE细胞，该阶段具有特定的染色质可及性和转录因子富集 | NA | 探究造血干细胞前体形成的细胞和分子转变过程 | 小鼠胚胎的尾部动脉（背主动脉、脐动脉、卵黄动脉）中的细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | 细胞 | 约40,000个细胞从小鼠胚胎的9.5天到11.5天 |
| 468 | 2024-08-07 |
Transcriptional dynamics of pluripotent stem cell-derived endothelial cell differentiation revealed by single-cell RNA sequencing
2020-03-01, European heart journal
IF:37.6Q1
DOI:10.1093/eurheartj/ehz351
PMID:31242503
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人胚胎干细胞衍生的内皮细胞在定向分化过程中的转录动态 | 发现了内皮细胞和间充质细胞谱系的分化过程中的转录分支以及新的转录特征 | NA | 探索从多能干细胞到内皮细胞分化的转录景观和细胞动态 | 人胚胎干细胞衍生的内皮细胞及其与成熟内皮细胞的比较 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 总共105,727个细胞进行了单细胞RNA测序分析 |
| 469 | 2024-08-07 |
Therapy-induced mutations drive the genomic landscape of relapsed acute lymphoblastic leukemia
2020-01-02, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2019002220
PMID:31697823
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研究论文 | 研究急性淋巴细胞白血病（ALL）复发机制，通过全基因组测序和超深度测序分析复发特异性体细胞变异 | 发现了两种新的复发特异性突变特征，其中一种与硫嘌呤治疗有关，这些特征在非ALL的复发样本和泛癌诊断样本中未见 | 研究主要集中在特定基因和突变特征上，可能未涵盖所有影响ALL复发的因素 | 探究急性淋巴细胞白血病复发机制及其与治疗诱导突变的关系 | 急性淋巴细胞白血病患者的诊断-复发-胚系三联体和连续样本 | 数字病理学 | 急性淋巴细胞白血病 | 全基因组测序，超深度测序 | 数学模型 | 基因组数据 | 103个诊断-复发-胚系三联体和16名患者的208个连续样本 |
| 470 | 2024-08-07 |
EPISCORE: cell type deconvolution of bulk tissue DNA methylomes from single-cell RNA-Seq data
2020-09-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02126-9
PMID:32883324
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为EPISCORE的计算算法，用于从单细胞RNA测序数据中对大量组织DNA甲基化数据进行细胞类型反卷积 | EPISCORE算法通过应用概率性的表观遗传模型，利用单细胞RNA测序组织图谱生成组织特异性的DNA甲基化参考矩阵，从而实现对大量组织数据的细胞类型比例和细胞类型特异性差异甲基化信号的量化 | NA | 开发一种算法，用于解决细胞类型异质性对表观基因组数据解释的挑战 | 大量组织DNA甲基化数据和单细胞RNA测序数据 | 表观遗传学 | NA | 单细胞RNA测序 | 概率性表观遗传模型 | DNA甲基化数据 | 多个表观基因组研究和组织类型 |
| 471 | 2024-08-07 |
MYC Drives Temporal Evolution of Small Cell Lung Cancer Subtypes by Reprogramming Neuroendocrine Fate
2020-07-13, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2020.05.001
PMID:32473656
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研究论文 | 本研究通过时间序列单细胞转录组分析，揭示了MYC在小细胞肺癌亚型动态演化中的驱动作用 | 首次揭示了MYC通过激活Notch信号通路，促使小细胞肺癌从ASCL1到NEUROD1再到YAP1状态的时间性转变 | NA | 探讨MYC在小细胞肺癌亚型演化中的作用机制 | 小细胞肺癌的分子亚型及其动态演化 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用小鼠和人类模型进行研究 |
| 472 | 2024-08-07 |
Nuclear MYH9-induced CTNNB1 transcription, targeted by staurosporin, promotes gastric cancer cell anoikis resistance and metastasis
2020, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.46001
PMID:32685004
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研究论文 | 本文通过多种技术手段研究了MYH9在胃癌细胞中的表达及其对细胞凋亡抵抗和转移的影响，并探讨了staurosporin对其的抑制作用。 | 首次揭示了核定位的MYH9通过促进CTNNB1转录来增强胃癌细胞的凋亡抵抗和转移能力，并发现staurosporin可以作为潜在的治疗药物。 | NA | 探讨MYH9在胃癌转移中的作用及其潜在的治疗策略。 | 胃癌细胞及胃癌患者的转移组织。 | 数字病理学 | 胃癌 | 2-DIGE, MALDI-TOF/TOF MS, 单细胞转录组, 免疫荧光, 免疫透射电子显微镜, 染色质分离, 共免疫沉淀, 染色质免疫沉淀, 双荧光素酶报告, 琼脂糖-寡核苷酸拉下, 流式细胞术, 细胞凋亡检测 | NA | 蛋白质, 转录组 | 包括正常胃黏膜、原发性胃癌及腹膜转移组织，以及胃癌细胞系和裸鼠模型。 |
| 473 | 2024-08-07 |
A single-cell landscape of high-grade serous ovarian cancer
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0926-0
PMID:32572264
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了11名高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者腹水样本中的约11,000个细胞，全面表征了HGSOC腹水生态系统 | 发现了腹水细胞组成的显著患者间变异性，包括免疫调节性成纤维细胞亚群和二分法巨噬细胞群体，并揭示了恶性细胞的异质性部分由异质性拷贝数改变模式或干细胞程序表达所解释 | NA | 全面表征高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）腹水生态系统 | 高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）患者的腹水细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 22个腹水样本，11名患者 |
| 474 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptional Profiling of the Intestinal Epithelium
2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-0747-3_8
PMID:32705639
|
review | 本文综述了单细胞转录组学技术在研究小鼠小肠上皮细胞中的应用 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术使得能够在细胞水平上研究异质性生物系统 | NA | 探讨单细胞转录组学在小鼠小肠上皮细胞研究中的基本原理和实验设计 | 小鼠小肠上皮细胞 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | NA |
| 475 | 2024-08-07 |
Direct-seq: programmed gRNA scaffold for streamlined scRNA-seq in CRISPR screen
2020-Jun-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02044-w
PMID:32513233
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Direct-seq的方法，通过在gRNA支架中引入A/G混合捕获序列，实现gRNA转录本与内源mRNA的直接逆转录，从而在单细胞RNA测序中进行高内涵分子表型分析 | Direct-seq方法创新性地将CRISPR扰动及其转录输出在简化的工作流程中同时进行分析 | NA | 开发一种新的方法，以便在CRISPR筛选中方便地改变DNA序列、转录和表观遗传修饰后，能够以高分辨率和规模进行复杂的分子输出分析 | CRISPR-based genome perturbation及其转录输出 | 基因组学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 476 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of a mutant library generated using CRISPR-guided deaminase in human melanoma cells
2020-Apr-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-020-0888-2
PMID:32242071
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研究论文 | 本文开发了一种结合CRISPR RNA引导的脱氨酶和单细胞RNA测序技术的新平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 本文首次将CRISPR RNA引导的脱氨酶与单细胞RNA测序技术结合，用于评估替代突变 | 目前该平台仅在人黑色素瘤细胞系中进行了测试，尚未应用于其他细胞类型或疾病 | 开发一种新的平台，用于在多个基因中引入突变并评估突变相关信号 | 人黑色素瘤细胞系 | 基因编辑 | 黑色素瘤 | CRISPR-guided deaminase, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 420个sgRNAs |
| 477 | 2024-08-07 |
Titrating gene expression using libraries of systematically attenuated CRISPR guide RNAs
2020-Mar, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0387-5
PMID:31932729
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研究论文 | 本文介绍了一种使用CRISPR干扰和一系列活性系统性调节的单引导RNA（sgRNA）来调节人类基因表达的方法 | 开发了一种新的方法，通过使用含有目标位点错配的sgRNA来精确控制基因表达，并利用深度学习推导出错配sgRNA活性的规则 | NA | 评估基因表达水平与表型之间的关系 | 人类基因表达的精确控制 | 基因编辑 | NA | CRISPR干扰 | 深度学习 | RNA-seq | 约2,400个对细胞生长至关重要的基因 |
| 478 | 2024-08-07 |
Single cell characterization of B-lymphoid differentiation and leukemic cell states during chemotherapy in ETV6-RUNX1-positive pediatric leukemia identifies drug-targetable transcription factor activities
2020-11-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00799-2
PMID:33218352
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定了可作为药物靶点的转录因子活性。 | 本文首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ETV6-RUNX1阳性白血病中B淋巴细胞分化路径上的转录因子活性，并发现了与化疗耐药性相关的细胞周期状态和分化相关调控网络的变化。 | NA | 研究ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中B淋巴细胞分化和白血病细胞状态在化疗期间的变化，并确定可作为药物靶点的转录因子活性。 | ETV6-RUNX1阳性儿童白血病中的B淋巴细胞分化和白血病细胞状态。 | 数字病理学 | 儿童白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 479 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing highlights the role of inflammatory cancer-associated fibroblasts in bladder urothelial carcinoma
2020-10-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18916-5
PMID:33033240
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析膀胱尿路上皮癌样本，揭示了肿瘤微环境中细胞异质性及其在肿瘤进展中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示膀胱尿路上皮癌中炎症相关成纤维细胞（iCAFs）在肿瘤进展中的作用及其与不良预后的关联 | NA | 探究膀胱尿路上皮癌中肿瘤微环境的作用及其对临床预后的影响 | 膀胱尿路上皮癌的肿瘤微环境及其中不同细胞类型的功能 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8个肿瘤样本和3个肿瘤旁样本 |
| 480 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of tumor and stromal compartments of pancreatic ductal adenocarcinoma primary tumors and metastatic lesions
2020-09-29, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00776-9
PMID:32988401
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了胰腺导管腺癌（PDAC）原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤和基质成分的转录组 | 首次对PDAC原发肿瘤和转移病灶的单细胞转录组进行了全面分析，并使用了一种新的监督分类算法SuperCT来识别不同的细胞类型 | 研究主要集中在原发肿瘤和转移病灶的组织样本上，未涉及其他类型的样本 | 深入了解胰腺导管腺癌的细胞组成及其与疾病进展和患者预后的关系 | 胰腺导管腺癌的原发肿瘤和转移病灶中的肿瘤细胞和基质细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | SuperCT | 转录组 | 来自PDAC患者的原发肿瘤和转移活检样本中的单个细胞 |