单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 441 - 460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 441 | 2024-08-07 |
Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis
2020-05-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15851-3
PMID:32393754
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DESC的无监督深度嵌入算法，用于在单细胞RNA测序分析中进行准确聚类并去除批次效应 | DESC算法通过迭代自学习逐步去除批次效应，且聚类分配概率具有生物学可解释性，能揭示细胞的离散和伪时间结构 | NA | 开发一种能够在单细胞RNA测序数据分析中准确聚类并去除批次效应的算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习算法 | RNA测序数据 | NA |
| 442 | 2024-08-07 |
A Targeted Multi-omic Analysis Approach Measures Protein Expression and Low-Abundance Transcripts on the Single-Cell Level
2020-04-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.063
PMID:32268080
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research paper | 本文介绍了一种靶向多组学分析方法，能够在单细胞水平上同时测量超过400个基因的表达和超过40种蛋白质的表达 | 本文开发了一种靶向多组学分析方法，相较于全转录组方法，该方法所需的测序读取深度仅为十分之一，同时保持了对低丰度转录本的高灵敏度 | 目前仍缺乏分析和可视化结合转录本与蛋白质数据集的工具 | 旨在开发一种能够在单细胞水平上同时测量基因和蛋白质表达的靶向多组学分析方法 | 研究对象包括超过400个基因和超过40种蛋白质的表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 一维非线性随机嵌入（One-SENSE） | 基因和蛋白质表达数据 | 2 × 10个细胞 |
| 443 | 2024-08-07 |
Clonal ZEB1-Driven Mesenchymal Transition Promotes Targetable Oncologic Antiangiogenic Therapy Resistance
2020-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1305
PMID:32041837
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研究论文 | 本文研究了胶质母细胞瘤（GBM）对贝伐单抗的耐药性，并探讨了通过靶向ZEB1来逆转耐药性的可能性。 | 首次揭示了ZEB1在贝伐单抗耐药性中的作用，并通过CRISPR和药物靶向ZEB1逆转了耐药性。 | NA | 识别可以延长治疗窗口的调控因子，并发现治疗窗口关闭的生物标志物。 | 贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序, 微阵列分析, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型 |
| 444 | 2024-08-07 |
Runx1 negatively regulates inflammatory cytokine production by neutrophils in response to Toll-like receptor signaling
2020-03-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000785
PMID:32208490
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研究论文 | 本文研究了RUNX1在调节中性粒细胞通过Toll样受体信号产生炎症细胞因子中的负向作用 | 首次展示了RUNX1在调节中性粒细胞的TLR1/2和TLR4信号及炎症细胞因子产生中的作用 | 研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨RUNX1在调控中性粒细胞炎症反应中的作用及其在相关疾病中的潜在影响 | 中性粒细胞及其在TLR信号传导中的反应 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及骨髓中性粒细胞和肺组织的多个样本 |
| 445 | 2024-08-07 |
A cell atlas of the adult Drosophila midgut
2020-01-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1916820117
PMID:31915294
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术对成年果蝇中肠上皮细胞的转录组进行了表征，并识别出22个不同的细胞群 | 本研究通过无偏倚的方法恢复了大多数已知的肠道干细胞/成肠细胞和内分泌细胞标记，并揭示了肠道干细胞生物学、细胞类型特异性细胞器特征、新转录因子在祖细胞中的作用以及沿肠道区域的变异 | NA | 旨在提供一个全面的资源，用于解决中肠上皮中基因的功能 | 成年果蝇中肠上皮细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22个不同的细胞群 |
| 446 | 2024-08-07 |
Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19
2020-12-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005
PMID:33207244
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研究论文 | 研究分析了正常器官捐赠者和COVID-19患者胰腺中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达情况 | 首次详细分析了COVID-19患者胰腺中ACE2的表达及其与糖尿病的可能关联 | 研究主要基于公共数据集和有限的样本，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 探讨SARS-CoV-2感染与糖尿病之间的关系 | 胰腺中ACE2的表达及COVID-19患者的胰腺病理变化 | NA | COVID-19 | scRNA-seq, 荧光原位杂交, 蛋白质印迹, 免疫定位 | NA | RNA, 蛋白质 | 五个公共scRNA-seq胰腺数据集及来自正常人和COVID-19患者的胰腺组织 |
| 447 | 2024-08-07 |
Targeted Single-Cell RNA and DNA Sequencing With Fluorescence-Activated Droplet Merger
2020-11-03, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c03059
PMID:33049138
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研究论文 | 本文介绍了一种利用荧光激活液滴合并技术进行靶向单细胞RNA和DNA测序的新方法 | 该方法通过选择性地合并细胞与试剂，实现酶促反应，无需物理隔离细胞，简化了单细胞工作流程 | NA | 旨在解决在分析异质性细胞群时，稀有细胞类型数据代表性不足的问题 | 特定细胞亚群的单细胞转录组和基因组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和DNA测序 | NA | RNA和DNA | NA |
| 448 | 2024-08-07 |
Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration
2020-09-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.06.020
PMID:32750316
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序结合体内谱系追踪和类器官模型，精细绘制了损伤修复和肺再生过程中肺泡谱系细胞的轨迹，并识别出一种特定的AT2谱系群体——损伤相关短暂前体细胞（DATPs）。 | 本文首次发现并描述了损伤相关短暂前体细胞（DATPs）在肺泡再生中的作用，并揭示了炎症信号如何通过HIF1α介导的糖酵解途径调控这些细胞的形成和功能。 | NA | 研究肺泡再生过程中细胞谱系的变化及其调控机制。 | 肺泡谱系细胞及其在损伤修复和肺再生中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 449 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomic Profiling of Vascular Smooth Muscle Cell Phenotype Modulation in Marfan Syndrome Aortic Aneurysm
2020-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314670
PMID:32698686
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了马凡综合征（MFS）中主动脉瘤发展过程中血管平滑肌细胞（SMC）转录组变化的时间和空间动态 | 本研究首次在MFS小鼠模型中识别出一种独特的转录组调控的SMC（modSMC）集群，并揭示了MFS特异性的基因特征，包括纤溶酶原激活物抑制剂-1（Serpine1）和Kruppel样因子4（Klf4） | NA | 阐明马凡综合征中主动脉瘤发展过程中血管平滑肌细胞转录组变化的时间和空间动态 | 马凡综合征小鼠模型的主动脉瘤组织和健康对照组的主动脉组织 | 数字病理学 | 马凡综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | Fbn1C1041G/+（MFS）小鼠和健康对照小鼠的主动脉根/升主动脉瘤组织，以及人类MFS主动脉根瘤组织 |
| 450 | 2024-08-07 |
m6A RNA methylation impacts fate choices during skin morphogenesis
2020-08-26, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56980
PMID:32845239
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研究论文 | 研究m6A RNA甲基化在皮肤形态发生中的作用及其对细胞命运选择的影响 | 揭示了m6A修饰在编码序列中与增强翻译的相关性，特别是在关键形态发生信号通路中的作用 | NA | 探讨m6A RNA甲基化的功能及其在皮肤胚胎发生中的生理重要性 | 小鼠皮肤胚胎发生过程中的m6A RNA甲基化 | NA | NA | 单细胞转录组学和生物信息学 | NA | mRNA | NA |
| 451 | 2024-08-07 |
Self-Reporting Transposons Enable Simultaneous Readout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells
2020-08-20, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.06.037
PMID:32710817
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞呼叫卡（scCC）的新技术，利用自报告转座子（SRTs）在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点（TFBS） | 首次实现了在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点，为研究细胞异质性和转录因子生物学提供了新方法 | NA | 开发一种新技术，能够在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点 | 单细胞中的基因表达和转录因子结合位点 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | mRNA | 多个转录因子和K562细胞，以及小鼠大脑皮层的单细胞 |
| 452 | 2024-08-07 |
Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma
2020-07-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.05.039
PMID:32579974
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和多路离子束成像技术，研究了人皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成和空间结构 | 首次揭示了cSCC中的四种肿瘤亚群，包括三种重现正常表皮状态的亚群和一个肿瘤特异性角质形成细胞（TSK），并展示了这些细胞在癌症中的特定定位和相互作用 | NA | 定义皮肤鳞状细胞癌的细胞组成和结构 | 人皮肤鳞状细胞癌及其匹配的正常皮肤 | 数字病理学 | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、多路离子束成像 | NA | RNA序列数据、图像 | 一系列人皮肤鳞状细胞癌样本及其匹配的正常皮肤 |
| 453 | 2024-08-07 |
Group 2 Innate Lymphoid Cells Coordinate Damage Response in the Stomach
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.051
PMID:32891625
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研究论文 | 本文研究了2型先天淋巴细胞（ILC2s）在胃上皮修复中的作用 | 发现ILC2s在胃组织损伤后协调了metaplastic反应 | NA | 探讨ILC2s在胃上皮修复中的作用 | 2型先天淋巴细胞（ILC2s）在胃上皮修复中的作用 | NA | 胃癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，免疫染色 | NA | 组织 | C57BL/6J小鼠和胃腺癌患者组织样本 |
| 454 | 2024-08-07 |
Manipulating niche composition limits damage to haematopoietic stem cells during Plasmodium infection
2020-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-00601-w
PMID:33230302
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研究论文 | 本文通过使用疟疾的小鼠模型，结合单细胞RNA测序、数学建模、移植实验和活体显微镜技术，研究了感染对造血干细胞（HSCs）功能的影响及其机制 | 首次展示了感染期间造血干细胞功能受影响的机制，并提出了通过调节骨髓微环境来恢复造血干细胞功能的方法 | NA | 探讨感染对造血干细胞功能的影响及其机制 | 造血干细胞及其骨髓微环境 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序、数学建模、移植实验、活体显微镜技术 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 455 | 2024-08-07 |
RUNX1 marks a luminal castration-resistant lineage established at the onset of prostate development
2020-10-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.60225
PMID:33025905
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research paper | 本研究报告转录因子RUNX1标记了发育和成年小鼠前列腺中特定亚群的近端腔细胞（PLCs），这些细胞在前列腺发育的早期阶段出现，并与前列腺上皮细胞的谱系关系有关。 | 首次发现RUNX1 PLCs是一个内在的抗去势且自我维持的谱系，这些细胞不受雄激素剥夺的影响，且不参与远端腔隔室的再生。 | NA | 阐明前列腺上皮细胞的层次结构和谱系异质性，以理解其再生特性和恶性病变。 | 小鼠前列腺中的近端腔细胞（PLCs）及其在前列腺发育和成年阶段的功能。 | digital pathology | prostate cancer | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 456 | 2024-08-07 |
Ageing compromises mouse thymus function and remodels epithelial cell differentiation
2020-08-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56221
PMID:32840480
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研究论文 | 本文研究了衰老对小鼠胸腺功能的影响及其对上皮细胞分化的重塑作用 | 首次揭示了衰老过程中胸腺祖细胞分化受损的分子和细胞机制 | NA | 探讨衰老如何影响胸腺功能和上皮细胞分化 | 小鼠胸腺及其上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序和谱系追踪 | NA | RNA序列 | NA |
| 457 | 2024-08-07 |
Advances and challenges in epigenomic single-cell sequencing applications
2020-08, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2020.01.013
PMID:32304986
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在表观基因组学应用中的进展与挑战 | 单细胞测序方法消除了细胞群体或复杂组织的平均效应，但多模态数据的计算整合可能仍不完全反映基础生物学 | 目前的方法可能无法完全反映基础生物学，需要多模态分析来克服这些不足 | 理解多细胞生理学和病理生物学中基因型、染色质组织和表型之间的关系 | 探讨单细胞测序技术在表观基因组学中的应用 | 表观基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 多组学数据 | NA |
| 458 | 2024-08-07 |
Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0939-8
PMID:32601335
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研究论文 | 研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中滑膜组织巨噬细胞（STM）在无药物缓解中的免疫调节机制 | 通过单细胞转录组学分析，识别了不同临床状态下四种不同STM亚群中的九种不同表型簇，并揭示了两种具有独特缓解转录组特征的STM亚群（MerTKTREM2和MerTKLYVE1） | NA | 探究类风湿性关节炎中滑膜组织巨噬细胞在无药物缓解中的免疫调节机制 | 滑膜组织巨噬细胞及其在类风湿性关节炎中的作用 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 32,000个滑膜组织巨噬细胞 |
| 459 | 2024-08-07 |
Synthetic Lethal and Resistance Interactions with BET Bromodomain Inhibitors in Triple-Negative Breast Cancer
2020-06-18, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.027
PMID:32416067
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研究论文 | 研究探讨了BET溴结构域抑制剂在三阴性乳腺癌中的合成致死和耐药相互作用 | 通过CRISPR和分子筛选技术，发现了与BET溴结构域抑制剂合成致死相互作用的基因，并揭示了细胞周期调控因子、YAP、AXL和SRC信号通路以及化疗药物的协同作用 | 文章指出BET溴结构域抑制剂存在固有和获得性耐药问题，限制了其在临床上的应用 | 旨在识别和理解BET溴结构域抑制剂在三阴性乳腺癌中的合成致死和耐药机制 | 三阴性乳腺癌细胞及其对BET溴结构域抑制剂的响应和耐药性 | 癌症研究 | 乳腺癌 | CRISPR, 小分子抑制剂筛选, 单细胞RNA测序, ATAC测序, 细胞条形码分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 敏感和耐药的细胞系 |
| 460 | 2024-08-07 |
Data generation and network reconstruction strategies for single cell transcriptomic profiles of CRISPR-mediated gene perturbations
2020-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2019.194441
PMID:31756390
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研究论文 | 本文讨论了如何克服关键挑战，以生成和分析数据，从而自信地重建细胞网络模型，特别是针对单细胞CRISPR/Cas9数据的挑战 | 提出了几种网络重建方法，包括共表达网络和贝叶斯网络，并强调了嵌套效应模型在单细胞RNA测序数据网络重建中的潜力 | 讨论了网络重建方法的局限性 | 开发大规模扰动研究的方法，并提供有关细胞响应背后生物网络的信息 | 单细胞转录组数据和CRISPR/Cas9技术 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CRISPR/Cas9 | 共表达网络，贝叶斯网络，嵌套效应模型 | 转录组数据 | NA |