单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
441	2024-08-07	Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data 2020-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14766-3 PMID:32139671	研究论文	本文介绍了tradeSeq方法，一种基于负二项分布的广义加性模型框架，用于单细胞测序数据中的轨迹推断下游分析，能够灵活推断同系和异系间的差异表达	tradeSeq方法能够充分利用轨迹推断提供的连续分辨率，并精确识别差异表达的类型，同时通过引入观测级别的权重来考虑零膨胀问题	NA	开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义加性模型	基因表达数据	使用了模拟数据集和真实数据集（包括基于液滴和全长协议的数据）
442	2024-08-07	Interleukin 27 Protects From Gastric Atrophy and Metaplasia During Chronic Autoimmune Gastritis 2020, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.04.014 PMID:32376420	研究论文	研究白细胞介素27（IL27）在自身免疫性胃炎小鼠模型中对胃萎缩、增生和化生的作用	发现IL27通过抑制CD4+ T细胞介导的炎症来抑制胃炎和化生	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探讨免疫细胞和细胞因子如何调节慢性炎症与胃癌发生之间的关系	自身免疫性胃炎小鼠模型中的胃萎缩、增生和化生	NA	胃炎	免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织样本	TxA23小鼠（对照组）和TxA23xEbi3-/-小鼠
443	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Analysis Uncovers Distinct Functional Human NKT Cell Sub-Populations in Peripheral Blood 2020, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2020.00384 PMID:32528956	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人外周血中的NKT细胞，揭示了不同的功能性NKT细胞亚群	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了多个先前未被识别的NKT细胞亚群及其潜在的功能特异性	研究中使用的样本数量有限，可能影响对NKT细胞亚群的全面理解	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人NKT细胞的功能性亚群，以推动针对特定NKT亚群的个性化治疗	人外周血中的NKT细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过4000个未刺激和7000个刺激的人外周血NKT细胞
444	2024-08-07	An atlas of immune cell exhaustion in HIV-infected individuals revealed by single-cell transcriptomics 2020-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2020.1826361 PMID:32954948	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了HIV感染者免疫细胞衰竭的图谱	首次在单细胞水平上详细描述了HIV感染者免疫细胞衰竭的多样性和特定亚群，并发现了KLRG1受体在HIV特异性衰竭CD8 T细胞中的作用	研究样本仅包括四名健康受试者和六名HIV感染者，样本量相对较小	探讨HIV感染对免疫细胞衰竭的影响及其分子机制	外周血单个核细胞中的免疫细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	37,847个细胞来自四名健康受试者，28,610个细胞来自六名HIV感染者
445	2024-08-07	Spatial cell type composition in normal and Alzheimers human brains is revealed using integrated mouse and human single cell RNA sequencing 2020-10-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-74917-w PMID:33093481	研究论文	本研究利用集成的小鼠和人类单细胞RNA测序数据，揭示了正常和阿尔茨海默病人类大脑的空间细胞类型组成	提出了一种利用小鼠单细胞RNA测序数据补充人类数据的方法，以解决人类大脑组织样本稀缺的问题	NA	探索正常和阿尔茨海默病人类大脑的细胞类型组成	人类大脑组织样本	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	3702个人类大脑样本
446	2024-08-07	Targeting tumor-associated macrophages and granulocytic myeloid-derived suppressor cells augments PD-1 blockade in cholangiocarcinoma 2020-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI137110 PMID:32663198	研究论文	本文研究了在胆管癌中，肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞对PD-1阻断疗法的影响	发现了肿瘤相关巨噬细胞是人类和小鼠胆管癌中PD-L1的主要来源，并且双重抑制肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞能增强免疫检查点阻断疗法的效果	文章未提及具体的局限性	探索在胆管癌中，免疫检查点阻断疗法与针对免疫抑制性骨髓细胞的免疫疗法结合的治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞在胆管癌中的作用	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	文章未提及具体的样本数量
447	2024-08-07	Sel1L-Hrd1 ER-associated degradation maintains β cell identity via TGF-β signaling 2020-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI134874 PMID:32182217	研究论文	本文通过比较β细胞特异性删除内质网相关降解（ERAD）和自噬的小鼠模型，揭示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体在维持β细胞成熟和身份中的作用	首次展示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体通过TGF-β信号通路控制β细胞身份，并提供了针对蛋白质质量控制不同机制的治疗框架	NA	探讨β细胞损失的分子驱动因素	β细胞的成熟和身份维持	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
448	2024-08-07	Integrated urine proteomics and renal single-cell genomics identify an IFN-γ response gradient in lupus nephritis 2020-06-18, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.138345 PMID:32396533	研究论文	本研究通过分析30名活动性狼疮肾炎患者的1000种尿蛋白生物标志物模式，并结合肾脏活检的单细胞转录组学，识别出由IFN-γ诱导的趋化因子梯度	本研究首次将尿蛋白组学与肾脏单细胞基因组学相结合，揭示了狼疮肾炎中的IFN-γ反应梯度，并发现尿趋化因子梯度与肾脏浸润的CD8+细胞数量显著相关	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在理解狼疮肾炎的分子异质性，并识别免疫机制和通路	活动性狼疮肾炎患者的尿蛋白生物标志物及肾脏单细胞转录组学	数字病理学	自身免疫性疾病	尿蛋白组学，单细胞转录组学	NA	蛋白质，转录组	30名活动性狼疮肾炎患者
449	2024-08-07	Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis 2020-05-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15851-3 PMID:32393754	研究论文	本文介绍了一种名为DESC的无监督深度嵌入算法，用于在单细胞RNA测序分析中进行准确聚类并去除批次效应	DESC算法通过迭代自学习逐步去除批次效应，且聚类分配概率具有生物学可解释性，能揭示细胞的离散和伪时间结构	NA	开发一种能够在单细胞RNA测序数据分析中准确聚类并去除批次效应的算法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习算法	RNA测序数据	NA
450	2024-08-07	A Targeted Multi-omic Analysis Approach Measures Protein Expression and Low-Abundance Transcripts on the Single-Cell Level 2020-04-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.063 PMID:32268080	research paper	本文介绍了一种靶向多组学分析方法，能够在单细胞水平上同时测量超过400个基因的表达和超过40种蛋白质的表达	本文开发了一种靶向多组学分析方法，相较于全转录组方法，该方法所需的测序读取深度仅为十分之一，同时保持了对低丰度转录本的高灵敏度	目前仍缺乏分析和可视化结合转录本与蛋白质数据集的工具	旨在开发一种能够在单细胞水平上同时测量基因和蛋白质表达的靶向多组学分析方法	研究对象包括超过400个基因和超过40种蛋白质的表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	一维非线性随机嵌入（One-SENSE）	基因和蛋白质表达数据	2 × 10个细胞
451	2024-08-07	Clonal ZEB1-Driven Mesenchymal Transition Promotes Targetable Oncologic Antiangiogenic Therapy Resistance 2020-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1305 PMID:32041837	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤（GBM）对贝伐单抗的耐药性，并探讨了通过靶向ZEB1来逆转耐药性的可能性。	首次揭示了ZEB1在贝伐单抗耐药性中的作用，并通过CRISPR和药物靶向ZEB1逆转了耐药性。	NA	识别可以延长治疗窗口的调控因子，并发现治疗窗口关闭的生物标志物。	贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型。	数字病理学	脑癌	单细胞测序, 微阵列分析, 代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢数据	贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型
452	2024-08-07	Runx1 negatively regulates inflammatory cytokine production by neutrophils in response to Toll-like receptor signaling 2020-03-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2019000785 PMID:32208490	研究论文	本文研究了RUNX1在调节中性粒细胞通过Toll样受体信号产生炎症细胞因子中的负向作用	首次展示了RUNX1在调节中性粒细胞的TLR1/2和TLR4信号及炎症细胞因子产生中的作用	研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨RUNX1在调控中性粒细胞炎症反应中的作用及其在相关疾病中的潜在影响	中性粒细胞及其在TLR信号传导中的反应	NA	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及骨髓中性粒细胞和肺组织的多个样本
453	2024-08-07	A cell atlas of the adult Drosophila midgut 2020-01-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1916820117 PMID:31915294	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对成年果蝇中肠上皮细胞的转录组进行了表征，并识别出22个不同的细胞群	本研究通过无偏倚的方法恢复了大多数已知的肠道干细胞/成肠细胞和内分泌细胞标记，并揭示了肠道干细胞生物学、细胞类型特异性细胞器特征、新转录因子在祖细胞中的作用以及沿肠道区域的变异	NA	旨在提供一个全面的资源，用于解决中肠上皮中基因的功能	成年果蝇中肠上皮细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	22个不同的细胞群
454	2024-08-07	Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19 2020-12-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005 PMID:33207244	研究论文	研究分析了正常器官捐赠者和COVID-19患者胰腺中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达情况	首次详细分析了COVID-19患者胰腺中ACE2的表达及其与糖尿病的可能关联	研究主要基于公共数据集和有限的样本，可能需要更大规模的研究来验证结果	探讨SARS-CoV-2感染与糖尿病之间的关系	胰腺中ACE2的表达及COVID-19患者的胰腺病理变化	NA	COVID-19	scRNA-seq, 荧光原位杂交, 蛋白质印迹, 免疫定位	NA	RNA, 蛋白质	五个公共scRNA-seq胰腺数据集及来自正常人和COVID-19患者的胰腺组织
455	2024-08-07	Targeted Single-Cell RNA and DNA Sequencing With Fluorescence-Activated Droplet Merger 2020-11-03, Analytical chemistry IF:6.7Q1 DOI:10.1021/acs.analchem.0c03059 PMID:33049138	研究论文	本文介绍了一种利用荧光激活液滴合并技术进行靶向单细胞RNA和DNA测序的新方法	该方法通过选择性地合并细胞与试剂，实现酶促反应，无需物理隔离细胞，简化了单细胞工作流程	NA	旨在解决在分析异质性细胞群时，稀有细胞类型数据代表性不足的问题	特定细胞亚群的单细胞转录组和基因组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序和DNA测序	NA	RNA和DNA	NA
456	2024-08-07	Inflammatory Signals Induce AT2 Cell-Derived Damage-Associated Transient Progenitors that Mediate Alveolar Regeneration 2020-09-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.06.020 PMID:32750316	研究论文	本文利用单细胞RNA测序结合体内谱系追踪和类器官模型，精细绘制了损伤修复和肺再生过程中肺泡谱系细胞的轨迹，并识别出一种特定的AT2谱系群体——损伤相关短暂前体细胞（DATPs）。	本文首次发现并描述了损伤相关短暂前体细胞（DATPs）在肺泡再生中的作用，并揭示了炎症信号如何通过HIF1α介导的糖酵解途径调控这些细胞的形成和功能。	NA	研究肺泡再生过程中细胞谱系的变化及其调控机制。	肺泡谱系细胞及其在损伤修复和肺再生中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
457	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Profiling of Vascular Smooth Muscle Cell Phenotype Modulation in Marfan Syndrome Aortic Aneurysm 2020-09, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314670 PMID:32698686	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了马凡综合征（MFS）中主动脉瘤发展过程中血管平滑肌细胞（SMC）转录组变化的时间和空间动态	本研究首次在MFS小鼠模型中识别出一种独特的转录组调控的SMC（modSMC）集群，并揭示了MFS特异性的基因特征，包括纤溶酶原激活物抑制剂-1（Serpine1）和Kruppel样因子4（Klf4）	NA	阐明马凡综合征中主动脉瘤发展过程中血管平滑肌细胞转录组变化的时间和空间动态	马凡综合征小鼠模型的主动脉瘤组织和健康对照组的主动脉组织	数字病理学	马凡综合征	单细胞RNA测序	NA	转录组	Fbn1C1041G/+（MFS）小鼠和健康对照小鼠的主动脉根/升主动脉瘤组织，以及人类MFS主动脉根瘤组织
458	2024-08-07	m6A RNA methylation impacts fate choices during skin morphogenesis 2020-08-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.56980 PMID:32845239	研究论文	研究m6A RNA甲基化在皮肤形态发生中的作用及其对细胞命运选择的影响	揭示了m6A修饰在编码序列中与增强翻译的相关性，特别是在关键形态发生信号通路中的作用	NA	探讨m6A RNA甲基化的功能及其在皮肤胚胎发生中的生理重要性	小鼠皮肤胚胎发生过程中的m6A RNA甲基化	NA	NA	单细胞转录组学和生物信息学	NA	mRNA	NA
459	2024-08-07	Self-Reporting Transposons Enable Simultaneous Readout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells 2020-08-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.06.037 PMID:32710817	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞呼叫卡（scCC）的新技术，利用自报告转座子（SRTs）在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点（TFBS）	首次实现了在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点，为研究细胞异质性和转录因子生物学提供了新方法	NA	开发一种新技术，能够在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点	单细胞中的基因表达和转录因子结合位点	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA	多个转录因子和K562细胞，以及小鼠大脑皮层的单细胞
460	2024-08-07	Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma 2020-07-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.05.039 PMID:32579974	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和多路离子束成像技术，研究了人皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成和空间结构	首次揭示了cSCC中的四种肿瘤亚群，包括三种重现正常表皮状态的亚群和一个肿瘤特异性角质形成细胞（TSK），并展示了这些细胞在癌症中的特定定位和相互作用	NA	定义皮肤鳞状细胞癌的细胞组成和结构	人皮肤鳞状细胞癌及其匹配的正常皮肤	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多路离子束成像	NA	RNA序列数据、图像	一系列人皮肤鳞状细胞癌样本及其匹配的正常皮肤