单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 421 - 440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 421 | 2024-08-07 |
scBatch: batch-effect correction of RNA-seq data through sample distance matrix adjustment
2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa097
PMID:32053185
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research paper | 本文介绍了一种名为scBatch的数值算法，用于批量和单细胞RNA测序数据的批次效应校正 | scBatch算法不依赖于批次效应生成机制的假设，并且在模拟和实际数据分析中表现优于现有的批次效应校正方法 | NA | 旨在改进批次效应校正方法，特别是在单细胞RNA测序数据分析中 | 批量和单细胞RNA测序数据 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq data | NA |
| 422 | 2024-08-07 |
IL-2 enhances ex vivo-expanded regulatory T-cell persistence after adoptive transfer
2020-04-28, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019001248
PMID:32311015
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素-2（IL-2）与雷帕霉素联合使用对体外扩增的调节性T细胞（Treg）在非人类灵长类动物模型中持久性的影响 | 研究发现IL-2与雷帕霉素联合使用能显著增加体外扩增Treg的半衰期，有效双倍增加外周血Treg细胞数量 | 研究仅在非人类灵长类动物模型中进行，尚未在人体中验证 | 探讨免疫调节剂与Treg细胞的最佳配对，以实现Treg细胞的持久性和抑制功能的稳定 | 体外扩增的Treg细胞及其在体内的持久性和功能稳定性 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用非人类灵长类动物模型进行研究 |
| 423 | 2024-08-07 |
Single Cell Sequencing and Kidney Organoids Generated from Pluripotent Stem Cells
2020-04-07, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN
IF:8.5Q1
DOI:10.2215/CJN.07470619
PMID:31992574
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与从多能干细胞生成的肾脏类器官结合使用的进展和未来应用 | 结合scRNA-seq和肾脏类器官技术，以更好地理解肾脏发育和疾病，并预测未来应用 | NA | 探讨scRNA-seq在类器官领域的应用及未来发展 | 单细胞RNA测序技术和肾脏类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 424 | 2024-08-07 |
TooManyCells identifies and visualizes relationships of single-cell clades
2020-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0748-5
PMID:32123397
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研究论文 | 本文介绍了TooManyCells，一套基于图的算法，用于高效且无偏地识别和可视化单细胞类群 | TooManyCells引入了一种与降维方法正交的可视化模型，并配备了不同于流行单分辨率聚类方法的高效无矩阵分裂层次谱聚类 | NA | 开发一种新的算法工具，用于更好地识别和可视化单细胞转录组数据中的细胞多样性 | 单细胞转录组数据中的细胞类群 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组学 | 图算法 | 转录组数据 | 使用现有单细胞转录组数据集和新数据模型，研究白血病T细胞中的药物抗性获取 |
| 425 | 2024-08-07 |
Astrocyte layers in the mammalian cerebral cortex revealed by a single-cell in situ transcriptomic map
2020-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0602-1
PMID:32203496
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研究论文 | 本研究开发了一种高含量的大面积空间转录组（LaST）图谱，用于在原位定量单细胞基因表达，揭示了哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞的分层模式 | 首次通过单细胞原位转录组图谱揭示了星形胶质细胞在大脑皮层中的分层模式，并证实这些模式在成年鼠和人类皮层中持续存在 | 研究主要集中在小鼠和人类皮层，其他物种的星形胶质细胞分层模式尚未探讨 | 探究大脑皮层中星形胶质细胞是否具有特定的分层结构 | 大脑皮层中的星形胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，空间重建分析 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和人类的大脑皮层样本 |
| 426 | 2024-08-07 |
Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data
2020-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14766-3
PMID:32139671
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研究论文 | 本文介绍了tradeSeq方法，一种基于负二项分布的广义加性模型框架，用于单细胞测序数据中的轨迹推断下游分析，能够灵活推断同系和异系间的差异表达 | tradeSeq方法能够充分利用轨迹推断提供的连续分辨率，并精确识别差异表达的类型，同时通过引入观测级别的权重来考虑零膨胀问题 | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达动态变化 | 单细胞RNA测序数据中的基因差异表达 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 广义加性模型 | 基因表达数据 | 使用了模拟数据集和真实数据集（包括基于液滴和全长协议的数据） |
| 427 | 2024-08-07 |
Interleukin 27 Protects From Gastric Atrophy and Metaplasia During Chronic Autoimmune Gastritis
2020, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.04.014
PMID:32376420
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研究论文 | 研究白细胞介素27（IL27）在自身免疫性胃炎小鼠模型中对胃萎缩、增生和化生的作用 | 发现IL27通过抑制CD4+ T细胞介导的炎症来抑制胃炎和化生 | 研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人类中验证 | 探讨免疫细胞和细胞因子如何调节慢性炎症与胃癌发生之间的关系 | 自身免疫性胃炎小鼠模型中的胃萎缩、增生和化生 | NA | 胃炎 | 免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | TxA23小鼠（对照组）和TxA23xEbi3-/-小鼠 |
| 428 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis Uncovers Distinct Functional Human NKT Cell Sub-Populations in Peripheral Blood
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00384
PMID:32528956
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人外周血中的NKT细胞，揭示了不同的功能性NKT细胞亚群 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了多个先前未被识别的NKT细胞亚群及其潜在的功能特异性 | 研究中使用的样本数量有限，可能影响对NKT细胞亚群的全面理解 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人NKT细胞的功能性亚群，以推动针对特定NKT亚群的个性化治疗 | 人外周血中的NKT细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 超过4000个未刺激和7000个刺激的人外周血NKT细胞 |
| 429 | 2024-08-07 |
An atlas of immune cell exhaustion in HIV-infected individuals revealed by single-cell transcriptomics
2020-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2020.1826361
PMID:32954948
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，揭示了HIV感染者免疫细胞衰竭的图谱 | 首次在单细胞水平上详细描述了HIV感染者免疫细胞衰竭的多样性和特定亚群，并发现了KLRG1受体在HIV特异性衰竭CD8 T细胞中的作用 | 研究样本仅包括四名健康受试者和六名HIV感染者，样本量相对较小 | 探讨HIV感染对免疫细胞衰竭的影响及其分子机制 | 外周血单个核细胞中的免疫细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 37,847个细胞来自四名健康受试者，28,610个细胞来自六名HIV感染者 |
| 430 | 2024-08-07 |
Spatial cell type composition in normal and Alzheimers human brains is revealed using integrated mouse and human single cell RNA sequencing
2020-10-22, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-74917-w
PMID:33093481
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研究论文 | 本研究利用集成的小鼠和人类单细胞RNA测序数据，揭示了正常和阿尔茨海默病人类大脑的空间细胞类型组成 | 提出了一种利用小鼠单细胞RNA测序数据补充人类数据的方法，以解决人类大脑组织样本稀缺的问题 | NA | 探索正常和阿尔茨海默病人类大脑的细胞类型组成 | 人类大脑组织样本 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 3702个人类大脑样本 |
| 431 | 2024-08-07 |
Targeting tumor-associated macrophages and granulocytic myeloid-derived suppressor cells augments PD-1 blockade in cholangiocarcinoma
2020-10-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI137110
PMID:32663198
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研究论文 | 本文研究了在胆管癌中，肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞对PD-1阻断疗法的影响 | 发现了肿瘤相关巨噬细胞是人类和小鼠胆管癌中PD-L1的主要来源，并且双重抑制肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞能增强免疫检查点阻断疗法的效果 | 文章未提及具体的局限性 | 探索在胆管癌中，免疫检查点阻断疗法与针对免疫抑制性骨髓细胞的免疫疗法结合的治疗潜力 | 肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞在胆管癌中的作用 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 文章未提及具体的样本数量 |
| 432 | 2024-08-07 |
Sel1L-Hrd1 ER-associated degradation maintains β cell identity via TGF-β signaling
2020-07-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI134874
PMID:32182217
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研究论文 | 本文通过比较β细胞特异性删除内质网相关降解（ERAD）和自噬的小鼠模型，揭示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体在维持β细胞成熟和身份中的作用 | 首次展示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体通过TGF-β信号通路控制β细胞身份，并提供了针对蛋白质质量控制不同机制的治疗框架 | NA | 探讨β细胞损失的分子驱动因素 | β细胞的成熟和身份维持 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 433 | 2024-08-07 |
Integrated urine proteomics and renal single-cell genomics identify an IFN-γ response gradient in lupus nephritis
2020-06-18, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.138345
PMID:32396533
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研究论文 | 本研究通过分析30名活动性狼疮肾炎患者的1000种尿蛋白生物标志物模式，并结合肾脏活检的单细胞转录组学，识别出由IFN-γ诱导的趋化因子梯度 | 本研究首次将尿蛋白组学与肾脏单细胞基因组学相结合，揭示了狼疮肾炎中的IFN-γ反应梯度，并发现尿趋化因子梯度与肾脏浸润的CD8+细胞数量显著相关 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 旨在理解狼疮肾炎的分子异质性，并识别免疫机制和通路 | 活动性狼疮肾炎患者的尿蛋白生物标志物及肾脏单细胞转录组学 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | 尿蛋白组学，单细胞转录组学 | NA | 蛋白质，转录组 | 30名活动性狼疮肾炎患者 |
| 434 | 2024-08-07 |
Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis
2020-05-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15851-3
PMID:32393754
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DESC的无监督深度嵌入算法，用于在单细胞RNA测序分析中进行准确聚类并去除批次效应 | DESC算法通过迭代自学习逐步去除批次效应，且聚类分配概率具有生物学可解释性，能揭示细胞的离散和伪时间结构 | NA | 开发一种能够在单细胞RNA测序数据分析中准确聚类并去除批次效应的算法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习算法 | RNA测序数据 | NA |
| 435 | 2024-08-07 |
A Targeted Multi-omic Analysis Approach Measures Protein Expression and Low-Abundance Transcripts on the Single-Cell Level
2020-04-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.063
PMID:32268080
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research paper | 本文介绍了一种靶向多组学分析方法，能够在单细胞水平上同时测量超过400个基因的表达和超过40种蛋白质的表达 | 本文开发了一种靶向多组学分析方法，相较于全转录组方法，该方法所需的测序读取深度仅为十分之一，同时保持了对低丰度转录本的高灵敏度 | 目前仍缺乏分析和可视化结合转录本与蛋白质数据集的工具 | 旨在开发一种能够在单细胞水平上同时测量基因和蛋白质表达的靶向多组学分析方法 | 研究对象包括超过400个基因和超过40种蛋白质的表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 一维非线性随机嵌入（One-SENSE） | 基因和蛋白质表达数据 | 2 × 10个细胞 |
| 436 | 2024-08-07 |
Clonal ZEB1-Driven Mesenchymal Transition Promotes Targetable Oncologic Antiangiogenic Therapy Resistance
2020-04-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1305
PMID:32041837
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研究论文 | 本文研究了胶质母细胞瘤（GBM）对贝伐单抗的耐药性，并探讨了通过靶向ZEB1来逆转耐药性的可能性。 | 首次揭示了ZEB1在贝伐单抗耐药性中的作用，并通过CRISPR和药物靶向ZEB1逆转了耐药性。 | NA | 识别可以延长治疗窗口的调控因子，并发现治疗窗口关闭的生物标志物。 | 贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序, 微阵列分析, 代谢组学 | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型 |
| 437 | 2024-08-07 |
Runx1 negatively regulates inflammatory cytokine production by neutrophils in response to Toll-like receptor signaling
2020-03-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2019000785
PMID:32208490
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研究论文 | 本文研究了RUNX1在调节中性粒细胞通过Toll样受体信号产生炎症细胞因子中的负向作用 | 首次展示了RUNX1在调节中性粒细胞的TLR1/2和TLR4信号及炎症细胞因子产生中的作用 | 研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨RUNX1在调控中性粒细胞炎症反应中的作用及其在相关疾病中的潜在影响 | 中性粒细胞及其在TLR信号传导中的反应 | NA | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及骨髓中性粒细胞和肺组织的多个样本 |
| 438 | 2024-08-07 |
A cell atlas of the adult Drosophila midgut
2020-01-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1916820117
PMID:31915294
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术对成年果蝇中肠上皮细胞的转录组进行了表征，并识别出22个不同的细胞群 | 本研究通过无偏倚的方法恢复了大多数已知的肠道干细胞/成肠细胞和内分泌细胞标记，并揭示了肠道干细胞生物学、细胞类型特异性细胞器特征、新转录因子在祖细胞中的作用以及沿肠道区域的变异 | NA | 旨在提供一个全面的资源，用于解决中肠上皮中基因的功能 | 成年果蝇中肠上皮细胞 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 22个不同的细胞群 |
| 439 | 2024-08-07 |
Expression of SARS-CoV-2 Entry Factors in the Pancreas of Normal Organ Donors and Individuals with COVID-19
2020-12-01, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.005
PMID:33207244
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研究论文 | 研究分析了正常器官捐赠者和COVID-19患者胰腺中SARS-CoV-2进入因子ACE2的表达情况 | 首次详细分析了COVID-19患者胰腺中ACE2的表达及其与糖尿病的可能关联 | 研究主要基于公共数据集和有限的样本，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 探讨SARS-CoV-2感染与糖尿病之间的关系 | 胰腺中ACE2的表达及COVID-19患者的胰腺病理变化 | NA | COVID-19 | scRNA-seq, 荧光原位杂交, 蛋白质印迹, 免疫定位 | NA | RNA, 蛋白质 | 五个公共scRNA-seq胰腺数据集及来自正常人和COVID-19患者的胰腺组织 |
| 440 | 2024-08-07 |
Targeted Single-Cell RNA and DNA Sequencing With Fluorescence-Activated Droplet Merger
2020-11-03, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.0c03059
PMID:33049138
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研究论文 | 本文介绍了一种利用荧光激活液滴合并技术进行靶向单细胞RNA和DNA测序的新方法 | 该方法通过选择性地合并细胞与试剂，实现酶促反应，无需物理隔离细胞，简化了单细胞工作流程 | NA | 旨在解决在分析异质性细胞群时，稀有细胞类型数据代表性不足的问题 | 特定细胞亚群的单细胞转录组和基因组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和DNA测序 | NA | RNA和DNA | NA |