单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 401 - 420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 401 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics combined with interstitial fluid proteomics defines cell type-specific immune regulation in atopic dermatitis
2020-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.03.041
PMID:32344053
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学和间质液蛋白质组学，研究了特应性皮炎中细胞类型特异性的免疫调节机制。 | 使用皮肤吸引水泡技术同时采集体细胞和间质液，结合单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了特应性皮炎中新的炎症因子及其在细胞和蛋白质组学微环境中的作用。 | NA | 旨在通过转录组学和蛋白质组学水平上表征特应性皮炎。 | 特应性皮炎的细胞类型特异性免疫调节。 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据和蛋白质组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 402 | 2024-08-07 |
Commensal microbiota drive the functional diversification of colon macrophages
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0228-3
PMID:31772323
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了无特定病原体（SPF）和无菌（GF）C57BL/6小鼠结肠髓样细胞，揭示了结肠巨噬细胞（MPs）和树突状细胞（DCs）的广泛异质性 | 研究首次揭示了肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的驱动作用，并通过基因表达谱、定位和吞噬能力等方面区分了不同结肠巨噬细胞群体 | 研究仅限于特定的小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 探讨肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的影响 | 结肠巨噬细胞和树突状细胞的功能多样性 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | SPF和GF C57BL/6小鼠的结肠髓样细胞 |
| 403 | 2024-08-07 |
A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data
2020-01-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1850-9
PMID:31948481
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研究论文 | 本文对现有的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法进行了深入的基准研究，以确定最适合的批次效应去除方法。 | 本文设计了五种不同的场景来评估14种方法的性能，并使用四种基准测试指标进行评估，包括kBET、LISI、ASW和ARI。 | NA | 研究目的是评估和比较不同批次效应校正方法在单细胞RNA测序数据中的效果。 | 研究对象是14种不同的批次效应校正方法。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | NA |
| 404 | 2024-08-07 |
DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing
2020-01-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1922-x
PMID:31937348
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研究论文 | 本文提出了一种名为DENDRO的分析方法，用于通过单细胞RNA测序数据对肿瘤内遗传异质性进行分析，并检测亚克隆 | DENDRO方法利用转录点突变，考虑技术噪声和表达随机性，能够将单细胞聚类成遗传上不同的亚克隆，并重建相关亚克隆的系统发育树 | NA | 开发一种可靠的方法，通过单细胞RNA测序数据检测体细胞突变并推断克隆成员关系 | 单细胞RNA测序数据中的遗传异质性和亚克隆检测 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及三种癌症类型的真实数据和一个对免疫疗法有反应的小鼠黑色素瘤模型 |
| 405 | 2024-08-07 |
Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks
2020-01-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14018-z
PMID:31919373
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研究论文 | 本文提出使用条件单细胞生成对抗神经网络（cscGAN）来生成真实的单细胞RNA测序数据，以增强生物医学研究中的数据量 | cscGAN能够从复杂的多种细胞类型样本中学习非线性基因间依赖关系，并生成定义类型的真实细胞，优于现有的单细胞RNA测序数据生成方法 | NA | 旨在解决生物医学研究中观察数据量不足的问题，通过生成模拟样本增强真实观察数据，提高分析结果的鲁棒性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 基因表达数据 | NA |
| 406 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human kidney
2020-01-02, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-019-0351-8
PMID:31896769
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人类肾脏的细胞分类和转录组信息 | 首次对正常人类肾脏的细胞进行了详细的单细胞RNA测序分析，并成功分类了肾小管近端细胞和集合管细胞的亚型 | 研究仅基于三位人类捐赠者的肾脏样本，可能存在样本量不足的问题 | 探讨正常人类肾脏的细胞组成和转录组信息，为肾病和肾癌的细胞起源研究提供参考 | 正常人类肾脏的细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 23,366个高质量细胞，来自三位人类捐赠者的肾脏 |
| 407 | 2024-08-07 |
A spatially restricted fibrotic niche in pulmonary fibrosis is sustained by M-CSF/M-CSFR signalling in monocyte-derived alveolar macrophages
2020-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00646-2019
PMID:31601718
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研究论文 | 研究通过应用谱系追踪、单细胞RNA测序和单分子荧光杂交技术，揭示了在石棉诱导的肺纤维化中，单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞通过M-CSF/M-CSFR信号通路维持纤维化微环境的作用。 | 首次揭示了单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其通过M-CSF/M-CSFR信号通路的自我维持机制，并发现M-CSFR信号通路是治疗肺纤维化的新药物靶点。 | NA | 探讨不同类型的巨噬细胞在器官纤维化中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 肺纤维化中的巨噬细胞及其信号通路。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、单分子荧光杂交 | NA | RNA | 人类和小鼠样本 |
| 408 | 2024-08-07 |
Method for RNA extraction and transcriptomic analysis of single fungal spores
2020, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2019.12.002
PMID:31908984
|
研究论文 | 本文描述了一种从单个真菌孢子中提取和扩增转录本的方法，并应用于单细胞转录组学研究 | 该方法首次实现了对微生物孢子的单细胞转录组分析，填补了该领域的空白 | 该方法目前仅适用于真菌孢子，尚未在其他微生物细胞中进行测试 | 开发一种适用于单个真菌孢子转录组分析的新方法 | 真菌孢子 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 转录本 | 单个真菌孢子 |
| 409 | 2024-08-07 |
Chemical Cocktail Induces Hematopoietic Reprogramming and Expands Hematopoietic Stem/Progenitor Cells
2020-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201901785
PMID:31921559
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研究论文 | 本文报道了通过化学混合物处理，无需引入外源基因即可将小鼠成纤维细胞重编程为造血细胞，并增强造血干细胞/祖细胞（HSPCs）的体外增殖能力 | 首次展示了通过化学混合物实现造血重编程，并促进HSPCs的体外增殖，为获取HSPCs提供了一种新策略 | NA | 探索通过化学混合物实现细胞重编程和HSPCs扩增的方法 | 小鼠成纤维细胞和造血干细胞/祖细胞 | NA | NA | 单细胞测序分析 | NA | 细胞 | NA |
| 410 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing demonstrates the molecular and cellular reprogramming of metastatic lung adenocarcinoma
2020-05-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-16164-1
PMID:32385277
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了转移性肺腺癌的分子和细胞重编程特征 | 首次对转移性肺腺癌进行了大规模的单细胞转录组分析，揭示了癌症细胞亚型及其在转移阶段的主导作用，以及肿瘤微环境中基质和免疫细胞的动态变化 | NA | 深入理解转移性肺腺癌的分子和细胞动态变化，并发现潜在的诊断和治疗靶点 | 转移性肺腺癌及其微环境中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 44名患者的208,506个细胞 |
| 411 | 2024-08-07 |
Transcriptomic profiling across the nonalcoholic fatty liver disease spectrum reveals gene signatures for steatohepatitis and fibrosis
2020-12-02, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aba4448
PMID:33268509
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研究论文 | 本研究通过大规模多中心研究，分析了非酒精性脂肪肝病（NAFLD）进展至肝硬化过程中的转录组变化，以识别潜在的循环标志物 | 本研究首次识别了25个差异表达基因，这些基因在纤维化脂肪肝炎进展中具有一致性表达，并通过独立验证和整合分析进一步确认了这些基因的贡献 | NA | 揭示非酒精性脂肪肝病进展过程中的基因特征，并寻找潜在的疾病进展标志物 | 非酒精性脂肪肝病患者的肝脏组织 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 高通量RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 206名NAFLD患者样本用于发现队列，175名患者样本用于验证队列 |
| 412 | 2024-08-07 |
Combinatorial expression of GPCR isoforms affects signalling and drug responses
2020-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2888-2
PMID:33149304
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研究论文 | 本文通过整合人类组织层面转录组、GPCR序列和结构、蛋白质组学、单细胞转录组学、全人群遗传关联研究及药理学实验数据，探讨了GPCR基因如何多样化成具有不同信号传导特性的几种亚型，以及不同组织中独特的亚型组合如何产生不同的信号状态。 | 本文首次系统地研究了GPCR亚型的组合表达如何影响信号传导和药物反应，强调了从传统观点向特定情境观点转变的必要性。 | NA | 研究GPCR亚型的组合表达如何影响信号传导和药物反应。 | GPCR亚型的组合表达及其对信号传导和药物反应的影响。 | 生物学 | NA | 转录组学、蛋白质组学、单细胞转录组学、遗传关联研究、药理学实验 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、遗传数据、药理学数据 | 涉及人类组织的多种数据集 |
| 413 | 2024-08-07 |
Inflammatory Bowel Disease Through the Lens of Single-cell RNA-seq Technologies
2020-10-23, Inflammatory bowel diseases
IF:4.5Q1
DOI:10.1093/ibd/izaa089
PMID:32386055
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在炎症性肠病（IBD）研究中的关键进展和计算分析的重要方面 | 利用多模态单细胞技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq），能够精确绘制组织结构图，鉴定先前被忽视的稀有细胞类型，并定义单细胞水平的功能 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何重塑我们对炎症性肠病复杂性的理解，并考虑其潜在的临床应用 | 肠道黏膜的细胞组成及其在炎症性肠病中的作用 | 生物技术 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 414 | 2024-08-07 |
Tumors induce de novo steroid biosynthesis in T cells to evade immunity
2020-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17339-6
PMID:32680985
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研究论文 | 本文揭示了肿瘤通过诱导T淋巴细胞中的从头类固醇生成来逃避抗肿瘤免疫的机制 | 首次展示了肿瘤诱导T细胞中的从头类固醇生成以逃避免疫反应，并证明了抑制类固醇生成途径足以恢复抗肿瘤免疫 | NA | 探讨肿瘤逃避免疫反应的复杂机制 | T淋巴细胞中的从头类固醇生成 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 使用转基因类固醇生成报告小鼠品系进行研究 |
| 415 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Dynamic Stromal Niche That Supports Tumor Growth
2020-05-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107628
PMID:32433953
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了小鼠黑色素瘤及其引流淋巴结在肿瘤发展不同阶段的间质成分 | 发现了三种时间上不同的间质细胞群，这些细胞群在鼠和人类肿瘤中显示出独特的功能特征，并揭示了间质细胞在疾病早期就能调节免疫环境的能力 | NA | 探索肿瘤发展过程中间质细胞的动态变化及其对肿瘤生长的支持作用 | 小鼠黑色素瘤及其引流淋巴结中的间质细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 416 | 2024-08-07 |
Cardiac Fibroblast Diversity
2020-02-10, Annual review of physiology
IF:15.7Q1
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综述 | 本文综述了心脏成纤维细胞的多样性和功能，并介绍了通过谱系追踪和单细胞测序技术在发育、成年和疾病状态下对这些细胞异质性的新见解 | 本文通过谱系追踪和单细胞测序技术揭示了心脏成纤维细胞在不同状态下的异质性 | NA | 探讨心脏成纤维细胞的多样性，为开发治疗心脏纤维化的新疗法提供基础 | 心脏成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 417 | 2024-08-07 |
Integrating single-cell RNA-seq and imaging with SCOPE-seq2
2020-11-10, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-76599-w
PMID:33173156
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研究论文 | 本文介绍了一种升级版的单细胞光学表型和表达分析技术（SCOPE-seq2），用于结合单细胞成像和表达谱分析 | SCOPE-seq2在通量、分子捕获效率、链接准确性和与标准显微镜设备的兼容性方面有显著改进，引入了改进的光学可解码mRNA捕获珠和更可扩展、简化的光学解码过程 | NA | 旨在提高单细胞成像和RNA测序技术的结合效率和应用范围 | 人类胶质母细胞瘤（GBM）手术样本中的单个原代细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 图像和文本 | 单个原代细胞 |
| 418 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of the developing Drosophila ovary identifies follicle stem cell progenitors
2020-02-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.330464.119
PMID:31919193
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，揭示了发育中的果蝇卵巢中所有已知细胞类型，并识别了细胞类型特异性标记，用于追踪细胞谱系 | 本研究首次鉴定了难以捉摸的卵泡干细胞前体细胞类型，并预测了已知细胞类型的亚型 | NA | 旨在全面理解成年细胞类型、其起源及前体关系，特别是在器官发生过程中的复杂性 | 发育中的果蝇卵巢中的细胞类型及其前体关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 419 | 2024-08-07 |
ReactomeGSA - Efficient Multi-Omics Comparative Pathway Analysis
2020-12, Molecular & cellular proteomics : MCP
IF:6.1Q1
DOI:10.1074/mcp.TIR120.002155
PMID:32907876
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研究论文 | 介绍了一种名为ReactomeGSA的新资源，用于多组学数据集的比较途径分析 | ReactomeGSA通过Reactome的现有网页界面和新的ReactomeGSA R Bioconductor包，支持scRNA-seq数据，并能自动将不同物种的数据映射到共同的途径空间，大大降低了多组学、跨物种比较途径分析的技术门槛 | NA | 探索多组学数据集的比较途径分析方法 | B细胞在抗肿瘤免疫中的作用 | 生物信息学 | 肺癌 | scRNA-seq | NA | 多组学数据 | 比较了来自Cancer Genome Atlas (TCGA)的五个转录组学研究和Clinical Proteomic Tumor Analysis Consortium (CPTAC)的两个蛋白质组学研究的B细胞丰富和贫乏的人类癌症样本 |
| 420 | 2024-08-07 |
Quantitative single-cell interactomes in normal and virus-infected mouse lungs
2020-06-26, Disease models & mechanisms
IF:4.0Q1
DOI:10.1242/dmm.044404
PMID:32461220
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研究论文 | 本文介绍了一种定量直观算法和优化实验方案，用于构建和比较正常与感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞间的相互作用网络。 | 提出了一种新的定量直观算法，结合优化的实验协议，使不具有高级编程技能的实验室科学家也能适应。 | 算法和方法的通用性需要在其他器官和人类样本中进一步验证。 | 解析哺乳动物器官中通过配体-受体相互作用进行的细胞间信号传递，特别是在病毒感染情况下的变化。 | 正常和感染Sendai病毒的小鼠肺部细胞。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 定量直观算法 | RNA序列数据 | 每种细胞类型至少90个细胞 |