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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-08-07 |
MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation
2020-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-1999-0
PMID:32051591
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、细胞特异性Ribotag RNA分析、ATAC-seq、ChIP-seq、全基因组DNA甲基化分析及体内CRISPR-Cas9遗传扰动，研究了多发性硬化症及其前临床模型实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的星形胶质细胞 | 发现了EAE和多发性硬化症中星形胶质细胞的特征，包括NRF2表达减少和MAFG表达增加，这些细胞通过与MAT2α合作促进DNA甲基化并抑制抗氧化和抗炎转录程序 | NA | 研究星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的作用及其调控机制 | 星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的异质性及其调控 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、DNA甲基化分析、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 382 | 2024-08-07 |
Enteric Nervous System-Derived IL-18 Orchestrates Mucosal Barrier Immunity
2020-01-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.12.016
PMID:31923399
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研究论文 | 本文揭示了肠神经系统（ENS）通过产生IL-18在调节抗菌蛋白（AMP）反应中的关键作用 | 首次证明肠神经系统在调控黏膜屏障免疫中的非冗余作用，特别是神经源性IL-18在维持稳态杯状细胞AMP产生中的特定需求 | NA | 探讨肠神经系统在黏膜屏障免疫中的作用 | 肠神经系统、IL-18、抗菌蛋白反应 | 免疫学 | NA | 共聚焦显微镜、单分子荧光原位mRNA杂交（smFISH）、RNA测序、单细胞测序 | NA | 图像、序列数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 383 | 2024-08-07 |
Inference of Intercellular Communications and Multilayer Gene-Regulations of Epithelial-Mesenchymal Transition From Single-Cell Transcriptomic Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.604585
PMID:33488673
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据推断细胞间通信和多层基因调控网络，分析和可视化上皮-间质转化（EMT）过程中的复杂细胞间对话和潜在的基因调控动态 | 本文提出了一种结合轨迹分析的方法，揭示了EMT过程中存在具有混合上皮和间质特征的多个中间细胞状态（ICSs），并分析了不同诱导因子下EMT的特定上下文 | NA | 研究EMT过程中的细胞间通信和基因调控网络 | 上皮-间质转化（EMT）过程中的细胞间通信和基因调控动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个癌症细胞系的时间序列数据集和老鼠皮肤鳞状细胞癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 384 | 2024-08-07 |
Machine Learning Approaches Identify Genes Containing Spatial Information From Single-Cell Transcriptomics Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.612840
PMID:33633771
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研究论文 | 本文通过机器学习方法从单细胞转录组数据中识别包含空间信息的基因，并重建胚胎的三维结构 | 开发了两种独立的技术，利用Lasso和深度神经网络从高维单细胞测序数据中准确识别包含空间信息的基因，并发现了一些未被怀疑但携带重要位置信息的新基因 | 间接使用完整数据集的信息可能导致数据泄露，从而高估模型的性能 | 参与DREAM组织的单细胞转录组挑战，旨在解决从胚胎中识别包含最多空间信息的基因以及利用这些基因信息重建胚胎三维结构的问题 | 胚胎中的基因及其三维结构 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | Lasso, 深度神经网络 | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 385 | 2024-08-07 |
Database limitations for studying the human gut microbiome
2020, PeerJ. Computer science
DOI:10.7717/peerj-cs.289
PMID:33816940
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研究论文 | 本文评估了现有数据库在描述模拟人类肠道微生物组方面的能力，并比较了Uniprot知识库与京都基因和基因组百科全书直系同源物（KEGG Orthologs）及进化基因组学：非监督直系同源组（EggNOG）数据库的交叉引用输出。 | 本文首次系统评估了Uniprot知识库与KEGG和EggNOG数据库在人类肠道微生物组研究中的应用效果，并提出了改进建议。 | 由于Uniprot中注释物种数量较少以及大多数物种关联功能数量较少，基于UniProt和KEGG或EggNOG的交叉引用推断功能可能效果不佳。 | 评估现有数据库在人类肠道微生物组研究中的适用性，并提出改进措施。 | 人类肠道微生物组的遗传信息和代谢功能。 | NA | NA | NA | NA | NA | 131个物种和52个属 | NA | NA | NA | NA |
| 386 | 2024-08-07 |
Spatial mapping of single cells in the Drosophila embryo from transcriptomic data based on topological consistency
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.24163.2
PMID:33824719
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研究论文 | 本文通过DREAM单细胞转录组挑战赛，提出了一种基于拓扑一致性的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复果蝇胚胎中单细胞的空间映射 | 本文提出了一种基于拓扑一致性的新方法，通过无监督和监督两种基因选择框架，优化基因权重，并利用细胞拓扑信息提高预测准确性 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序过程中丢失细胞原始空间上下文的问题，以更好地理解细胞和组织水平的功能 | 果蝇胚胎中的单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 粒子群优化算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 387 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing in Immunology
2020-Dec, Current genomics
IF:1.8Q3
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫学中的应用及其未来发展方向 | scRNA-seq能够分析复杂的细胞混合物至单个细胞和单个分子水平，适用于多种疾病的免疫反应分析 | NA | 提供单细胞RNA测序在免疫学应用的概述及未来发展方向的展望 | 免疫系统及其在多种病理过程中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 388 | 2024-08-07 |
scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa082
PMID:33575628
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研究论文 | 本文介绍了一种新的无监督深度学习聚类框架scAIDE，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析，以识别潜在和稀有细胞类型 | scAIDE结合了自动编码器插补网络和距离保持嵌入网络（AIDE）来学习数据表示，并应用基于随机投影哈希的k均值算法来检测稀有细胞类型 | NA | 开发一种准确且高效的计算方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析 | 大规模单细胞RNA测序数据中的潜在和稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | RNA测序数据 | 130万神经细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 389 | 2024-08-07 |
Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue
2020-Sep-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.3749
PMID:33659409
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Probe-Seq的新方法，用于从动物组织中对特定细胞类型进行RNA测序 | Probe-Seq方法通过使用基因特异性探针与RNA标记物杂交来分离特定类型的细胞，从而实现下游的FACS分离和批量RNA测序 | NA | 开发一种简单、通用的方法，用于对缺乏细胞类型特异性遗传标记或抗体的细胞类型进行批量转录组分析 | 特定细胞类型的RNA测序 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠视网膜、冷冻人视网膜、中肠和发育中的小鸡视网膜 | NA | NA | NA | NA |
| 390 | 2024-08-07 |
Untangling biological factors influencing trajectory inference from single cell data
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa053
PMID:33575604
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中影响细胞分化轨迹推断的生物学因素 | 提出了一种通过分解单细胞数据来识别和过滤混杂变量（如细胞周期）的方法，以提高分化轨迹推断的准确性 | 未明确提及 | 探讨影响单细胞数据中细胞分化轨迹推断的关键生物学因素 | 单细胞RNA测序数据中的生物学变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 391 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals regulation of fetal ovary development in the monkey (Macaca fascicularis)
2020-Dec-29, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00219-0
PMID:33372178
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了12,471个来自整个胎儿卵巢的细胞，探讨了原始生殖细胞与微环境细胞之间的相互作用 | 首次在单细胞分辨率下描绘了胎儿卵巢发育的两个生发波，并发现ZGLP1在猴子和老鼠中的表达模式不同，表明其在灵长类动物中可能参与减数分裂的进入而非激活生发程序 | NA | 揭示灵长类动物胎儿卵巢发育的分子和细胞基础 | 胎儿卵巢中的原始生殖细胞和微环境细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,471个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 392 | 2024-08-07 |
Gamete binning: chromosome-level and haplotype-resolved genome assembly enabled by high-throughput single-cell sequencing of gamete genomes
2020-12-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02235-5
PMID:33372615
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研究论文 | 本文开发了一种基于单细胞测序的配子分箱方法，用于生成异源合子基因组的染色体水平和单体型解析的基因组组装 | 提出了配子分箱方法，通过单细胞测序的单倍体配子实现全基因组测序读数的单体型特异性读数集分离 | NA | 解决生成异源合子基因组的染色体水平和单体型解析组装的挑战 | 异源合子基因组的染色体水平和单体型解析组装 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 445个单个花粉粒 | NA | NA | NA | NA |
| 393 | 2024-08-07 |
Glioblastoma epigenome profiling identifies SOX10 as a master regulator of molecular tumour subtype
2020-12-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-20225-w
PMID:33339831
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研究论文 | 本文通过多组学分析60个胶质母细胞瘤原发肿瘤，识别出38个亚型主调控因子，并发现SOX10作为RTK I亚型肿瘤的主调控因子 | 首次识别出SOX10作为RTK I亚型胶质母细胞瘤的主调控因子，并展示了其在肿瘤细胞内在和微环境中的作用 | NA | 识别胶质母细胞瘤亚型的主调控因子 | 胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 60个胶质母细胞瘤原发肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 394 | 2024-08-07 |
NDRindex: a method for the quality assessment of single-cell RNA-Seq preprocessing data
2020-Dec-16, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03883-x
PMID:33323107
|
研究论文 | 本文提出了一种名为NDRindex的方法，用于评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | NDRindex方法通过计算数据聚集程度来衡量聚类前的数据质量，填补了预处理路径选择上的空白 | NA | 旨在评估单细胞RNA测序预处理数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 395 | 2024-08-07 |
Using DenseFly algorithm for cell searching on massive scRNA-seq datasets
2020-Dec-16, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6651-8
PMID:33327944
|
研究论文 | 本文探讨了使用DenseFly算法在单细胞RNA测序数据集中进行细胞搜索的可行性 | DenseFly算法受果蝇嗅觉系统的启发，是一种局部敏感哈希算法，在分类任务中优于FlyHash和SimHash等基准方法 | NA | 开发一种基于DenseFly算法的方法，用于跨单细胞RNA测序数据集的细胞映射 | 单细胞RNA测序数据集中的细胞搜索 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | DenseFly算法 | 高维数据 | 大规模 | NA | NA | NA | NA |
| 396 | 2024-08-07 |
scTenifoldNet: A Machine Learning Workflow for Constructing and Comparing Transcriptome-wide Gene Regulatory Networks from Single-Cell Data
2020-Dec-11, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2020.100139
PMID:33336197
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研究论文 | 本文介绍了一种基于主成分回归、低秩张量近似和流形对齐的机器学习工作流程scTenifoldNet，用于从单细胞RNA测序数据构建和比较单细胞基因调控网络（scGRNs） | scTenifoldNet通过比较构建的scGRNs揭示样本间基因表达的调控变化，并能在实际数据中识别与不同生物过程相关的特定基因表达程序 | NA | 开发一种新的机器学习工作流程，用于从单细胞数据构建和比较转录组范围的基因调控网络 | 单细胞基因调控网络的构建和比较 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主成分回归、低秩张量近似、流形对齐 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 397 | 2024-08-07 |
Cell-Type-Specific Gene Regulatory Networks Underlying Murine Neonatal Heart Regeneration at Single-Cell Resolution
2020-12-08, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108472
PMID:33296652
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研究论文 | 研究探讨了小鼠新生心脏在心肌梗塞后不同时间点的单细胞转录反应，通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序揭示了心脏再生过程中的基因调控网络。 | 首次在单细胞分辨率下揭示了新生小鼠心脏再生过程中的细胞类型特异性基因调控网络和开放染色质景观的动态变化。 | NA | 阐明小鼠新生心脏在心肌梗塞后的转录反应，并探索增强心脏功能的治疗策略。 | 小鼠新生心脏在心肌梗塞后的不同细胞类型及其转录反应。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | 单细胞数据 | 多个时间点的小鼠新生心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 398 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling of an adult human cell atlas of 15 major organs
2020-12-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02210-0
PMID:33287869
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含15个主要器官的成人人类细胞图谱 | 首次系统地描绘了成人多个器官的单细胞转录组图谱，并发现了新的细胞亚型和标记基因 | 研究仅基于一个成人捐赠者的样本，可能存在个体差异的影响 | 揭示人体器官细胞的异质性及其调控网络，为理解健康和疾病相关的生物学机制提供基础 | 成人15个主要器官的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 84,363个细胞，来自一个成人捐赠者的15个组织器官 | NA | NA | NA | NA |
| 399 | 2024-08-07 |
A Distinct Transcriptional Program in Human CAR T Cells Bearing the 4-1BB Signaling Domain Revealed by scRNA-Seq
2020-12-02, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.07.023
PMID:32755564
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了携带4-1BB信号域的人类CAR T细胞的转录程序 | 发现了与4-1BB共刺激域相关的独特转录程序，并揭示了CAR T细胞在静息和激活状态下的转录特征 | NA | 研究不同共刺激域对CAR T细胞转录状态的影响 | 携带CD3ζ、4-1BB-CD3ζ（BBζ）或CD28-CD3ζ（28ζ）共刺激域的人类T细胞 | 生物信息学 | 血液肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 多个CAR T细胞群体和单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 400 | 2024-08-07 |
Gene signatures from scRNA-seq accurately quantify mast cells in biopsies in asthma
2020-12, Clinical and experimental allergy : journal of the British Society for Allergy and Clinical Immunology
IF:6.3Q1
DOI:10.1111/cea.13732
PMID:32935368
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |