单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 381 - 400 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 381 | 2024-08-07 |
Review of a novel disease entity, immunoglobulin G4-related disease
2020-Feb, Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
IF:0.9Q3
DOI:10.5125/jkaoms.2020.46.1.3
PMID:32158675
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综述 | 本文综述了免疫球蛋白G4相关疾病（IgG4-RD）的临床特征和发病机制 | 使用新一代和单细胞RNA测序等分子生物学方法，深入探讨了IgG4-RD的免疫机制 | NA | 探讨IgG4-RD的发病机制和临床特征 | 免疫球蛋白G4相关疾病（IgG4-RD） | NA | 免疫球蛋白G4相关疾病 | 新一代RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 382 | 2024-08-07 |
Surface protein imputation from single cell transcriptomes by deep neural networks
2020-01-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14391-0
PMID:32005835
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度神经网络的转移学习框架cTP-net，用于从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | 本研究首次提出了cTP-net框架，通过学习现有的单细胞多组学资源，实现了从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | NA | 开发一种新的方法从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | 单细胞转录组数据和表面蛋白丰度 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 383 | 2024-08-07 |
Single-Nucleus Sequencing of an Entire Mammalian Heart: Cell Type Composition and Velocity
2020-01-28, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9020318
PMID:32013057
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研究论文 | 本研究首次使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）对整个成年哺乳动物心脏进行分析，揭示了心脏细胞类型的组成及其转录动力学 | 首次对整个成年哺乳动物心脏进行单核RNA测序，并结合RNA速度分析研究细胞状态的转变 | NA | 扩展对复杂组织如哺乳动物心脏细胞层面的理解 | 成年哺乳动物心脏的细胞类型组成和转录动力学 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 整个成年哺乳动物心脏 |
| 384 | 2024-08-07 |
Gene regulatory network reconstruction using single-cell RNA sequencing of barcoded genotypes in diverse environments
2020-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51254
PMID:31985403
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研究论文 | 本文开发了一种在芽殖酵母中使用单细胞RNA测序（scRNAseq）的方法，通过在11种不同环境条件下混合多样化的转录条形码基因缺失突变体，并对其表达状态进行测序，构建了基因调控网络。 | 本文利用scRNAseq技术在单细胞水平上捕捉基因表达状态，结合多任务学习框架，构建了一个包含12,228个相互作用的全球基因调控网络。 | NA | 旨在理解基因表达程序的控制机制，通过识别转录因子与目标基因之间的调控关系。 | 芽殖酵母中的基因调控网络。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 多任务学习框架 | 基因表达数据 | 38,285个单细胞 |
| 385 | 2024-08-07 |
Adaptive Landscape Shaped by Core Endogenous Network Coordinates Complex Early Progenitor Fate Commitments in Embryonic Pancreas
2020-01-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-57903-0
PMID:31980678
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研究论文 | 本文通过构建胰腺谱系决策的核心内源网络，并利用动态建模量化其内在动态特性，揭示了胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂性 | 首次通过重新定义的层次结构，详细描述了早期胰腺前体细胞的命运承诺 | NA | 探索胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂机制 | 胰腺前体细胞的命运承诺及其动态特性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 动态建模 | 基因调控网络 | NA |
| 386 | 2024-08-07 |
Single-Cell Molecular and Cellular Architecture of the Mouse Neurohypophysis
2020 Jan/Feb, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0345-19.2019
PMID:31915267
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年雄性小鼠神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征 | 揭示了新的垂体细胞标记物，具有比先前报道更高的特异性，并展示了细胞类型的空间组织和细胞间通讯 | NA | 阐明神经垂体细胞类型的精确分子特征，特别是垂体细胞 | 成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA | 成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞 |
| 387 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptome in Colorectal Cancer-Current Updates on Its Application in Metastasis, Chemoresistance and the Roles of Circulating Tumor Cells
2020, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2020.00135
PMID:32174835
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是在转移、化疗抵抗和循环肿瘤细胞作用方面的最新进展 | 引入单细胞转录组学技术，使得能够检查单个肿瘤细胞内的表达水平，从而揭示肿瘤内的异质性 | NA | 探讨单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是循环肿瘤细胞的分析，以提供诊断和治疗的关键信息 | 结直肠癌及其循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 388 | 2024-08-07 |
A comparison of methods accounting for batch effects in differential expression analysis of UMI count based single cell RNA sequencing
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.03.026
PMID:32322368
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研究论文 | 本文比较了在基于UMI计数的单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的不同方法 | 首次系统评估了11种处理批次效应的方法在单细胞RNA测序差异表达分析中的表现，特别是针对潜在批次效应的处理 | 尽管SVA方法在处理潜在批次效应时表现较好，但在涉及大组效应和/或组标签不纯的情况下，其性能仍需改进 | 评估和比较不同方法在单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的效果 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应处理方法 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型、固定效应模型、混合效应模型 | UMI计数数据 | NA |
| 389 | 2024-08-07 |
Human Regulatory T Cells From Umbilical Cord Blood Display Increased Repertoire Diversity and Lineage Stability Relative to Adult Peripheral Blood
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.00611
PMID:32351504
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研究论文 | 本文比较了从脐带血和成人外周血中分离的调节性T细胞的表型特征，发现脐带血来源的Tregs具有更广泛的T细胞受体库和更稳定的谱系特性 | 发现脐带血来源的Tregs在TCR库多样性和表型同质性上优于成人外周血来源的Tregs，且可能具有更强的免疫调节能力 | NA | 探讨脐带血和成人外周血来源的调节性T细胞在表型和功能上的差异，以优化过继性T细胞疗法 | 从脐带血和成人外周血中分离的调节性T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、微阵列和细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组、流式细胞数据、微阵列数据 | 脐带血和成人外周血中的调节性T细胞 |
| 390 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Data Clustering via Multinomial Modeling and Adaptive Fuzzy K-Means Algorithm
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00295
PMID:32362908
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞转录组UMI计数数据聚类方法scDMFK，结合深度自编码器技术和统计建模，利用多项分布描述数据结构并使用神经网络辅助模型参数估计，在低维潜在空间中采用带有熵正则化的自适应模糊k均值算法进行软聚类 | scDMFK方法利用多项分布来表征数据结构，并通过神经网络辅助模型参数估计，提出了一种带有熵正则化的自适应模糊k均值算法进行软聚类，相较于现有方法在数据建模和聚类算法上表现更优 | NA | 开发一种有效的单细胞转录组UMI计数数据聚类方法 | 单细胞转录组UMI计数数据 | 机器学习 | NA | 深度自编码器 | CNN | UMI计数数据 | 10个真实数据集 |
| 391 | 2024-08-07 |
Discovery of alternative polyadenylation dynamics from single cell types
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.04.009
PMID:32382395
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综述 | 本文综述了从不同单细胞类型中识别选择性多聚腺苷酸化（APA）动态的现有实验和计算方法 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）探索稀有和多样细胞类型的生物学细节 | 目前缺乏高效且特异的实验室方法来在单细胞分辨率下捕获多聚腺苷酸位点 | 总结现有方法并展望未来在单细胞水平上研究APA动态的前景 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）动态 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 392 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics combined with interstitial fluid proteomics defines cell type-specific immune regulation in atopic dermatitis
2020-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.03.041
PMID:32344053
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研究论文 | 本文通过结合单细胞转录组学和间质液蛋白质组学，研究了特应性皮炎中细胞类型特异性的免疫调节机制。 | 使用皮肤吸引水泡技术同时采集体细胞和间质液，结合单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，揭示了特应性皮炎中新的炎症因子及其在细胞和蛋白质组学微环境中的作用。 | NA | 旨在通过转录组学和蛋白质组学水平上表征特应性皮炎。 | 特应性皮炎的细胞类型特异性免疫调节。 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据和蛋白质组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 393 | 2024-08-07 |
Commensal microbiota drive the functional diversification of colon macrophages
2020-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-019-0228-3
PMID:31772323
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了无特定病原体（SPF）和无菌（GF）C57BL/6小鼠结肠髓样细胞，揭示了结肠巨噬细胞（MPs）和树突状细胞（DCs）的广泛异质性 | 研究首次揭示了肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的驱动作用，并通过基因表达谱、定位和吞噬能力等方面区分了不同结肠巨噬细胞群体 | 研究仅限于特定的小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 探讨肠道共生微生物对结肠巨噬细胞功能多样化的影响 | 结肠巨噬细胞和树突状细胞的功能多样性 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | SPF和GF C57BL/6小鼠的结肠髓样细胞 |
| 394 | 2024-08-07 |
A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data
2020-01-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1850-9
PMID:31948481
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研究论文 | 本文对现有的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法进行了深入的基准研究，以确定最适合的批次效应去除方法。 | 本文设计了五种不同的场景来评估14种方法的性能，并使用四种基准测试指标进行评估，包括kBET、LISI、ASW和ARI。 | NA | 研究目的是评估和比较不同批次效应校正方法在单细胞RNA测序数据中的效果。 | 研究对象是14种不同的批次效应校正方法。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | NA |
| 395 | 2024-08-07 |
DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing
2020-01-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1922-x
PMID:31937348
|
研究论文 | 本文提出了一种名为DENDRO的分析方法，用于通过单细胞RNA测序数据对肿瘤内遗传异质性进行分析，并检测亚克隆 | DENDRO方法利用转录点突变，考虑技术噪声和表达随机性，能够将单细胞聚类成遗传上不同的亚克隆，并重建相关亚克隆的系统发育树 | NA | 开发一种可靠的方法，通过单细胞RNA测序数据检测体细胞突变并推断克隆成员关系 | 单细胞RNA测序数据中的遗传异质性和亚克隆检测 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及三种癌症类型的真实数据和一个对免疫疗法有反应的小鼠黑色素瘤模型 |
| 396 | 2024-08-07 |
Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks
2020-01-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14018-z
PMID:31919373
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研究论文 | 本文提出使用条件单细胞生成对抗神经网络（cscGAN）来生成真实的单细胞RNA测序数据，以增强生物医学研究中的数据量 | cscGAN能够从复杂的多种细胞类型样本中学习非线性基因间依赖关系，并生成定义类型的真实细胞，优于现有的单细胞RNA测序数据生成方法 | NA | 旨在解决生物医学研究中观察数据量不足的问题，通过生成模拟样本增强真实观察数据，提高分析结果的鲁棒性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 基因表达数据 | NA |
| 397 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human kidney
2020-01-02, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-019-0351-8
PMID:31896769
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人类肾脏的细胞分类和转录组信息 | 首次对正常人类肾脏的细胞进行了详细的单细胞RNA测序分析，并成功分类了肾小管近端细胞和集合管细胞的亚型 | 研究仅基于三位人类捐赠者的肾脏样本，可能存在样本量不足的问题 | 探讨正常人类肾脏的细胞组成和转录组信息，为肾病和肾癌的细胞起源研究提供参考 | 正常人类肾脏的细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 23,366个高质量细胞，来自三位人类捐赠者的肾脏 |
| 398 | 2024-08-07 |
A spatially restricted fibrotic niche in pulmonary fibrosis is sustained by M-CSF/M-CSFR signalling in monocyte-derived alveolar macrophages
2020-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00646-2019
PMID:31601718
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研究论文 | 研究通过应用谱系追踪、单细胞RNA测序和单分子荧光杂交技术，揭示了在石棉诱导的肺纤维化中，单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞通过M-CSF/M-CSFR信号通路维持纤维化微环境的作用。 | 首次揭示了单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其通过M-CSF/M-CSFR信号通路的自我维持机制，并发现M-CSFR信号通路是治疗肺纤维化的新药物靶点。 | NA | 探讨不同类型的巨噬细胞在器官纤维化中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 肺纤维化中的巨噬细胞及其信号通路。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、单分子荧光杂交 | NA | RNA | 人类和小鼠样本 |
| 399 | 2024-08-07 |
Method for RNA extraction and transcriptomic analysis of single fungal spores
2020, MethodsX
IF:1.6Q2
DOI:10.1016/j.mex.2019.12.002
PMID:31908984
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研究论文 | 本文描述了一种从单个真菌孢子中提取和扩增转录本的方法，并应用于单细胞转录组学研究 | 该方法首次实现了对微生物孢子的单细胞转录组分析，填补了该领域的空白 | 该方法目前仅适用于真菌孢子，尚未在其他微生物细胞中进行测试 | 开发一种适用于单个真菌孢子转录组分析的新方法 | 真菌孢子 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 转录本 | 单个真菌孢子 |
| 400 | 2024-08-07 |
Chemical Cocktail Induces Hematopoietic Reprogramming and Expands Hematopoietic Stem/Progenitor Cells
2020-Jan, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.201901785
PMID:31921559
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研究论文 | 本文报道了通过化学混合物处理，无需引入外源基因即可将小鼠成纤维细胞重编程为造血细胞，并增强造血干细胞/祖细胞（HSPCs）的体外增殖能力 | 首次展示了通过化学混合物实现造血重编程，并促进HSPCs的体外增殖，为获取HSPCs提供了一种新策略 | NA | 探索通过化学混合物实现细胞重编程和HSPCs扩增的方法 | 小鼠成纤维细胞和造血干细胞/祖细胞 | NA | NA | 单细胞测序分析 | NA | 细胞 | NA |