单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2025-02-28	IL-7 receptor alpha defines heterogeneity and signature of human effector memory CD8+ T cells in high dimensional analysis 2020-09, Cellular immunology IF:3.7Q2 DOI:10.1016/j.cellimm.2020.104155 PMID:32619811	研究论文	本文研究了IL-7受体α链（IL-7Rα或CD127）在人类效应记忆CD8+ T细胞中的异质性及其在高维分析中的特征	通过高维飞行时间质谱流式细胞术（CyTOF）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术，揭示了IL-7Rα在效应记忆CD8 T细胞中的多样化但有序的表达模式，定义了细胞亚群的异质性	NA	探讨IL-7Rα是否可以作为定义人类效应记忆CD8 T细胞异质性的关键分子	人类效应记忆CD8+ T细胞	免疫学	NA	CyTOF, scRNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据, 质谱流式细胞术数据	NA
22	2025-02-26	Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation 2020-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029 PMID:32828819	研究论文	本文研究了肠道微生物产生的琥珀酸如何促进Tuft细胞的分化，从而抑制回肠炎症	揭示了Tuft细胞通过感知微生物代谢产物琥珀酸来调节免疫反应的新机制，并提出了通过扩增Tuft细胞治疗克罗恩病的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，人类样本数量有限，需进一步验证其临床适用性	探讨Tuft细胞在克罗恩病中的作用及其与肠道微生物的相互作用	克罗恩病患者、健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠	免疫学	克罗恩病	单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析、显微镜观察、细胞因子检测	NA	基因表达数据、代谢物数据、微生物组数据、图像数据	19名克罗恩病患者、14名健康个体、TNFΔARE/+小鼠和Atoh1基因敲除小鼠
23	2025-02-26	Dual indexed library design enables compatibility of in-Drop single-cell RNA-sequencing with exAMP chemistry sequencing platforms 2020-Jul-02, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-06843-0 PMID:32616006	研究论文	本文介绍了一种名为TruDrop的双索引文库结构，用于解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）与新型测序技术（如Illumina NovaSeq 6000）的兼容性问题	开发了TruDrop双索引文库结构，解决了scRNA-seq与新型测序技术的兼容性问题，并显著提高了测序数据的质量	尚未系统评估TruDrop文库在其他测序平台上的表现	提高单细胞RNA测序的兼容性和数据质量，以支持更高通量的测序需求	单细胞RNA测序文库	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	24个单细胞RNA测序文库
24	2025-02-07	Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development 2020-06-16, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010 PMID:32553173	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了人类胸腺生成过程中的细胞谱系特化轨迹和T细胞发育的承诺谱	首次使用单细胞RNA测序技术详细描绘了人类胸腺生成过程中的细胞分化轨迹和T细胞发育的承诺状态	研究仅限于人类出生后胸腺中的CD34祖细胞，未涉及其他发育阶段或组织	理解人类胸腺生成和T细胞发育的分子机制	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（sRNA-seq）	NA	RNA测序数据	人类出生后胸腺中的CD34祖细胞及其分化产物
25	2025-01-19	Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets 2020-04-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15821-9 PMID:32321923	研究论文	本文研究了下一代测序中的读取污染问题，特别是在GTEx和其他RNA-seq数据集中的污染情况	揭示了GTEx数据集中48种组织中26种存在胰腺富集基因的变异共表达簇，并发现样本污染与同日测序的样本密切相关	研究主要依赖于GTEx数据集，可能无法完全代表所有RNA-seq数据的污染情况	了解导致RNA-seq数据污染的因素及其对分析的影响	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq数据	GTEx数据集中的48种组织和其他RNA-seq数据集
26	2025-01-19	Transcriptional characterisation of human lung cells identifies novel mesenchymal lineage markers 2020-01, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.00746-2019 PMID:31619469	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，鉴定了人类胎儿肺组织中的多种间充质细胞系，并提供了新的间充质细胞系标记物	鉴定了人类胎儿肺组织中的多种间充质细胞系，并提供了新的间充质细胞系标记物，特别是与气道和血管平滑肌细胞相关的标记物	研究仅限于胎儿肺组织，未涉及成人肺组织或其他物种	研究人类肺组织中间充质细胞的多样性和特异性	人类胎儿肺组织	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序、免疫组织化学、原位杂交	NA	RNA测序数据	胎儿人类肺组织样本
27	2025-01-16	Recent advances in sarcoidosis genomics: epigenetics, gene expression, and gene by environment (G × E) interaction studies 2020-09, Current opinion in pulmonary medicine IF:2.8Q2 DOI:10.1097/MCP.0000000000000719 PMID:32701681	综述	本文综述了结节病基因组学的最新进展，包括表观遗传学、基因表达及基因与环境相互作用的研究	识别了与结节病亚型相关的新风险位点，应用全外显子测序发现了与持续性结节病相关的遗传变异，以及利用机器学习技术提出了新的药物重定位治疗策略	需要大规模和多样化的队列研究，以及应用全基因组和单细胞RNA测序等先进测序方法来扩展和转化基因组学发现到临床应用	回顾结节病基因组学的最新发现并指出该领域的空白	结节病及其亚型	基因组学	结节病	全外显子测序、机器学习、表观遗传学分析	NA	基因组数据、基因表达数据	NA
28	2024-12-14	STAT3 signaling in myeloid cells promotes pathogenic myelin-specific T cell differentiation and autoimmune demyelination 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1913997117 PMID:32094172	研究论文	研究揭示了STAT3信号在髓系细胞中对病理性髓鞘特异性T细胞分化和自身免疫性脱髓鞘的促进作用	首次发现髓系细胞中的STAT3信号对髓鞘反应性T细胞的激活至关重要，并提出髓系STAT3作为自身免疫性脱髓鞘疾病的潜在治疗靶点	NA	探讨STAT3信号在髓系细胞中对多发性硬化症（MS）发病机制的影响	髓系细胞、髓鞘特异性T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）	NA	多发性硬化症	单细胞转录组分析	NA	转录组	野生型和突变型小鼠的髓系细胞
29	2024-12-12	Modeling neural tube development by differentiation of human embryonic stem cells in a microfluidic WNT gradient 2020-11, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0525-0 PMID:32451506	研究论文	研究通过微流控WNT梯度培养人胚胎干细胞，模拟人类神经管早期发育	首次使用微流控技术在体外模拟人类神经管的早期发育过程，并成功生成具有渐进尾部化特征的神经组织	研究仅限于体外模型，尚未在体内验证其有效性	探索影响神经管前后轴模式化的因素和过程	人胚胎干细胞及其在微流控WNT梯度下的分化	发育生物学	NA	微流控技术，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
30	2024-12-12	Human Lung Conventional Dendritic Cells Orchestrate Lymphoid Neogenesis during Chronic Obstructive Pulmonary Disease 2020-08-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201906-1123OC PMID:32255375	研究论文	本文研究了慢性阻塞性肺疾病（COPD）中肺树突状细胞（DCs）在T滤泡辅助细胞（Tfh）诱导中的作用	首次揭示了常规树突状细胞2型（cDC2s）在COPD患者中诱导IL-21CXCL13 Tfh样细胞的能力增强，并提出了EBI2阳性OX-40L表达的cDC2s在三级淋巴组织（TLO）形成中的潜在作用	本文主要基于单细胞RNA测序和流式细胞术的研究，未涉及体内实验验证	探讨COPD进展中三级淋巴组织（TLOs）形成的免疫细胞激活机制	肺树突状细胞（DCs）和T滤泡辅助细胞（Tfh）	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COPD患者和对照组的肺组织样本
31	2024-12-12	Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0820-1 PMID:32366989	研究论文	本文介绍了一种名为souporcell的方法，用于通过单细胞RNA测序数据中的基因型信息对细胞进行聚类，无需参考基因型	souporcell方法能够在没有参考基因型的情况下，通过检测单细胞RNA测序读取中的变异来对细胞进行聚类，并能检测跨基因型的双胞体和估计环境RNA的量	NA	开发一种新的方法来对单细胞RNA测序数据进行基因型聚类，并检测双胞体和估计环境RNA的量	单细胞RNA测序数据中的基因型信息	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因型数据	NA
32	2024-12-12	Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology 2020-02, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0227-3 PMID:31831877	研究论文	本文探讨了单细胞技术在绘制人类免疫系统图谱中的应用，特别是在肾脏学领域的潜在影响	本文利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术技术，首次系统性地研究了肾脏内免疫细胞的复杂景观及其与循环免疫细胞的关系	本文主要集中在理论探讨和潜在应用，尚未涉及大规模临床试验或实际应用验证	探讨单细胞技术在肾脏学中的应用，以改善肾脏疾病的诊断和个性化治疗	人类免疫系统中的免疫细胞，特别是肾脏内的免疫细胞及其与循环免疫细胞的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	细胞	涉及血液、次级淋巴器官和肾脏通路中的免疫细胞群体
33	2024-12-08	Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection 2020-04, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-0799-2 PMID:32251406	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化	揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应	研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小	探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素	HIV-1感染期间的外周血单核细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本
34	2024-12-01	The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2536-x PMID:32728245	研究论文	系统量化了从胚胎发育第10.5天到出生期间小鼠17个组织和器官的polyA-RNA表达，并使用单细胞RNA测序分析了组织水平的转录组	通过整合启动子序列基序与ENCODE表观基因组数据，识别了神经表达簇中显著的启动子去抑制机制，并发现了新的抑制因子	NA	研究哺乳动物胚胎发育过程中基因表达的差异及其对组织和器官系统身份和复杂性的影响	小鼠胚胎发育第10.5天到出生期间的17个组织和器官的polyA-RNA表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	17个组织和器官的样本
35	2024-12-01	Lineage dynamics of the endosymbiotic cell type in the soft coral Xenia 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2385-7 PMID:32555454	研究论文	研究了软珊瑚Xenia中内共生细胞类型的谱系动态	首次报道了Xenia物种的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序揭示了内共生细胞类型的动态谱系进展	NA	探讨珊瑚与藻类内共生的分子途径	软珊瑚Xenia中的内共生细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16个细胞集群
36	2024-11-29	Transcriptional diversity and bioenergetic shift in human breast cancer metastasis revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0477-0 PMID:32144411	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，揭示了乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	本文建立了识别转移细胞播种过程中全局转录组变化的稳健方法，并发现微转移灶具有一种跨患者来源异种移植模型保守的转录组程序，这与患者的不良生存高度相关	NA	揭示乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	乳腺癌转移细胞的转录组变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者来源的异种移植模型
37	2024-11-18	SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data 2020-12-26, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa151 PMID:33367645	研究论文	本文介绍了一种名为SoupX的方法，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染	提出了一种新的方法SoupX，用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱，该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中	NA	开发一种工具，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个数据集，使用多种液滴测序技术
38	2024-11-18	Identification of a differentiation stall in epithelial mesenchymal transition in histone H3-mutant diffuse midline glioma 2020-12-15, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa136 PMID:33319914	研究论文	研究分析了H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用，发现该突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育	首次揭示了H3K27M突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育	研究依赖于公开的RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探讨H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用及其对早期脑发育的影响	H3K27M突变和非K27M的儿童胶质瘤	NA	脑瘤	RNA测序	NA	RNA	多个公开的RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据集
39	2024-11-18	DrivAER: Identification of driving transcriptional programs in single-cell RNA sequencing data 2020-12-10, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa122 PMID:33301553	研究论文	本文介绍了一种名为DrivAER的机器学习方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别驱动转录程序	DrivAER利用自编码器基于相关性评分来识别驱动转录程序，通过迭代评估每个基因集对结果变量的信息内容	NA	开发一种专门的方法，用于功能解释单细胞RNA测序数据中的细胞图谱	单细胞RNA测序数据中的驱动转录程序	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	RNA测序数据	NA
40	2024-11-18	D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data 2020-11-11, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa126 PMID:33179041	研究论文	本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化	提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性	NA	开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具	大规模单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	分布式计算	弹性嵌入（EE）算法	单细胞RNA测序数据	大规模数据