单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-10-11	Knowledge-primed neural networks enable biologically interpretable deep learning on single-cell sequencing data 2020-08-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02100-5 PMID:32746932	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和生物网络解释性的知识引导神经网络（KPNNs），并展示了其在单细胞测序数据上的应用	KPNNs通过在多层网络中赋予有意义的权重，增强了深度学习算法的解释性，并提供了一种广泛适用的可解释深度学习方法	本文仅在单细胞测序数据上验证了KPNNs的应用，未来需要在更多类型的数据上进行验证	结合深度学习的预测能力和生物网络的解释性，开发一种新的深度学习方法	单细胞RNA测序数据，包括癌症和免疫细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	知识引导神经网络（KPNNs）	单细胞RNA测序数据	五个生物应用中的单细胞RNA测序数据
22	2024-10-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes 2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023 PMID:32396851	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并探讨了其对临床结果的影响	首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性，并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素	研究样本量有限，且主要基于TCGA数据集，可能存在数据偏倚	探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	533名患者
23	2024-10-08	Succinate Produced by Intestinal Microbes Promotes Specification of Tuft Cells to Suppress Ileal Inflammation 2020-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.029 PMID:32828819	研究论文	研究肠道微生物产生的琥珀酸如何促进簇状细胞的特化，从而抑制回肠炎症	发现肠道微生物产生的琥珀酸能够促进簇状细胞的扩展，从而减少慢性肠道炎症	研究主要基于小鼠模型和少量患者样本，需要进一步在人类中验证	探讨簇状细胞在克罗恩病中的作用及其与肠道微生物的关系	簇状细胞、肠道微生物、琥珀酸	NA	克罗恩病	显微镜检查、单细胞RNA测序、质谱分析、微生物组分析	NA	组织样本	19名回肠克罗恩病患者、14名健康个体、TNFΔARE/+小鼠、Atoh1敲除小鼠
24	2024-10-04	Atlas of Musculoskeletal Stem Cells with the Soft and Hard Tissue Differentiation Architecture 2020-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202000938 PMID:33304744	研究论文	研究通过高吞吐量单细胞RNA测序分析了E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞，揭示了肌肉骨骼干细胞（MSSC）及其在软硬组织分化中的架构	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌肉骨骼干细胞的身份及其在软硬组织分化中的架构，并验证了Scx基因在MSSC自我更新和增殖潜力中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果	揭示肌肉骨骼干细胞在肢体发育中的分子机制和细胞程序	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的肌肉骨骼干细胞及其分化架构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞样本
25	2024-10-04	Delineation of a molecularly distinct terminally differentiated memory CD8 T cell population 2020-10-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2008571117 PMID:32978300	研究论文	本文描述了一种分子上独特的终末分化记忆CD8 T细胞群体的特征	本文首次识别并描述了一种终末分化效应记忆CD8 T细胞群体（terminal-Tem），该群体在功能和转录上与传统的效应记忆细胞（Tem）不同	本文主要基于小鼠和健康人类个体的研究，未来需要在更多样本和不同疾病状态下验证terminal-Tem的存在和功能	研究目的是识别和描述一种新的终末分化记忆CD8 T细胞群体，并探讨其对免疫记忆和免疫治疗的影响	研究对象是终末分化效应记忆CD8 T细胞（terminal-Tem）及其与传统效应记忆细胞（Tem）的区别	免疫学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）和质谱流式细胞术	NA	细胞	小鼠和健康人类个体的血液样本
26	2024-10-02	Macrophage HIF-1α Is an Independent Prognostic Indicator in Kidney Cancer 2020-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3890 PMID:32586940	研究论文	研究探讨了巨噬细胞中的HIF-1α在肾癌中的独立预后作用	首次全面评估了HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性，并发现巨噬细胞中的HIF-1α与肿瘤进展和抗血管生成治疗的耐药性相关	研究样本量有限，且未涵盖所有可能的临床相关性	评估HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性	透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织	NA	肾癌	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（RNA-ISH），免疫组化（IHC）	NA	组织	380名患者的肿瘤组织，72名患者的验证样本，57名接受抗血管生成治疗的患者
27	2024-10-01	μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells 2020-11-07, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d0lc00169d PMID:32931539	研究论文	本文介绍了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台，用于高分辨率成像和单细胞测序	μCB-seq通过一种新的制造方法，在微流控设备的可寻址反应室中预加载带有已知条形码序列的引物，从而实现了单细胞的高分辨率成像和测序	NA	结合单细胞RNA测序和光学成像，提供全面的单细胞分析，整合基因表达谱和细胞状态表征	单细胞	数字病理学	NA	微流控技术	NA	图像和文本	NA
28	2024-10-01	A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors 2020-May-27, SSRN DOI:10.2139/ssrn.3611279 PMID:32714119	研究论文	研究利用单细胞RNA测序数据分析了人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况	首次构建了人类冠状病毒进入因子在多种健康人体组织中的单细胞RNA表达图谱，揭示了SARS-CoV-2在不同器官中的潜在感染路径	研究主要基于健康人体组织的单细胞RNA测序数据，未涉及疾病状态下的组织样本	预测人类冠状病毒的宿主嗜性，并分析其在不同人体组织中的潜在感染路径	人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	28个SCARFs，涵盖多种健康人体组织
29	2024-09-27	Eleven grand challenges in single-cell data science 2020-02-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1926-6 PMID:32033589	评论	本文概述了单细胞数据科学领域的十一个重大挑战	本文提出了单细胞数据科学领域的十一个关键挑战，为该领域的未来发展指明了方向	本文主要集中在挑战的提出和概述，未深入探讨每个挑战的具体解决方案	探讨单细胞数据科学领域的重大挑战，推动该领域的进一步发展	单细胞数据科学领域的挑战和未来研究方向	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞数据	数千至数百万个细胞
30	2024-09-15	Increased Tau Expression Correlates with Neuronal Maturation in the Developing Human Cerebral Cortex 2020 May/Jun, eNeuro IF:2.7Q3 DOI:10.1523/ENEURO.0058-20.2020 PMID:32393582	研究论文	研究探讨了tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达变化及其与神经元成熟的关系	首次在细胞水平上详细描述了tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达模式，并揭示了tau表达与神经元成熟之间的关联	研究主要基于现有数据和体外模型，缺乏直接的体内实验验证	探讨tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达模式及其与神经元成熟的关系	tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达	神经科学	NA	单细胞RNA测序（sc-RNAseq）、RNA原位杂交（RNAscope）、免疫组织化学（IHC）	NA	RNA	包括发育中的人类大脑组织和诱导多能干细胞（iPSC）衍生的皮质类器官
31	2024-09-11	A Molecular Calcium Integrator Reveals a Striatal Cell Type Driving Aversion 2020-12-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.11.015 PMID:33308478	研究论文	本文介绍了一种分子技术FLiCRE，用于稳定标记表现出细胞内钙浓度增加的细胞，并在小鼠伏隔核中使用单细胞RNA测序检测FLiCRE转录本	开发了一种新的分子技术FLiCRE，能够在细胞内钙浓度增加时稳定标记细胞，并利用单细胞RNA测序同时读取细胞类型和钙激活历史	NA	开发一种分子技术，用于精确分析、选择和重新编程异质细胞群体	小鼠伏隔核中的神经元群体	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠伏隔核中的神经元群体
32	2024-09-11	Single-cell transcriptome analysis of the novel coronavirus (SARS-CoV-2) associated gene ACE2 expression in normal and non-obstructive azoospermia (NOA) human male testes 2020-07, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1705-0 PMID:32361911	研究论文	研究分析了新型冠状病毒（SARS-CoV-2）相关基因ACE2在正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的单细胞转录组表达	首次通过单细胞RNA测序分析了ACE2在不同睾丸细胞类型中的表达，并发现了ACE2在Sertoli细胞中的高表达	研究样本量有限，仅包括853个胚胎原始生殖细胞和2854个正常睾丸细胞，以及228个NOA患者的Sertoli细胞	评估SARS-CoV-2病毒对男性生殖系统的潜在影响	正常和非梗阻性无精子症（NOA）男性睾丸中的ACE2表达	基因组学	男性生殖系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	853个胚胎原始生殖细胞，2854个正常睾丸细胞，228个NOA患者的Sertoli细胞
33	2024-09-08	Single-cell analyses and machine learning define hematopoietic progenitor and HSC-like cells derived from human PSCs 2020-12-17, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2020006229 PMID:32614947	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单细胞蛋白表达分析，结合机器学习方法，研究了从人多能干细胞（hPSCs）分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性	本文首次使用人工神经网络结合单细胞RNA测序数据，识别出从hPSCs分化出的造血干细胞样细胞，并发现了与功能性造血干细胞相关的转录因子和分子通路	本文发现的造血干细胞样细胞是短暂的，且在基于CD43表达选择的细胞数据集中完全缺失	研究从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞的动态和异质性，并探索提高体外造血干细胞生成的方法	从人多能干细胞分化出的造血干细胞和祖细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	人工神经网络	单细胞RNA测序数据	从人胎儿肝脏和hPSCs分化出的细胞
34	2024-09-06	Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity 2020-10-20, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108273 PMID:33086071	研究论文	本文通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，揭示了乳腺上皮细胞身份的调控因子	本文首次通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析，无偏倚地重建了小鼠乳腺上皮细胞系统的细胞类型及其基因调控特征，并定义了分泌型腔细胞内的分化状态	NA	揭示乳腺上皮细胞身份及其分化的调控机制	小鼠乳腺上皮细胞系统及其基因调控特征	数字病理学	NA	单细胞转录组学和染色质可及性分析	NA	转录组数据和染色质可及性数据	小鼠乳腺上皮细胞系统中的多个细胞样本
35	2024-09-06	Coronavirus disease-19 and fertility: viral host entry protein expression in male and female reproductive tissues 2020-07, Fertility and sterility IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.05.001 PMID:32622411	研究论文	研究分析了男性和女性生殖系统中SARS-CoV-2感染风险相关的细胞类型	首次系统分析了男性和女性生殖组织中SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因和蛋白的表达情况	研究基于已有的基因和蛋白表达数据，未涉及临床患者样本	识别男性和女性生殖系统中因表达SARS-CoV-2进入细胞所需基因和蛋白而易受感染的细胞类型	男性和女性生殖系统中的细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组和蛋白质组数据	18个人类卵丘细胞样本
36	2024-09-06	Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients 2020-06-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02033-z PMID:32571363	研究论文	研究开发了一种集成降维和统计建模的流程，用于解析哮喘患者痰液样本中复杂的RNA-seq数据，揭示微生物与基因之间的相互作用	提出了LDA-link方法，通过降维的LDA主题将微生物与基因连接起来，并验证了该方法的有效性	NA	研究哮喘患者痰液样本中微生物与基因之间的相互作用	哮喘患者的痰液样本	生物信息学	哮喘	RNA-seq	LDA	RNA-seq数据	NA
37	2024-09-01	Tumor-Infiltrating Regulatory T-cell Accumulation in the Tumor Microenvironment Is Mediated by IL33/ST2 Signaling 2020-11, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0828 PMID:32878747	研究论文	研究探讨了肿瘤微环境中肿瘤浸润调节性T细胞（Treg）积累的分子机制，特别是IL33/ST2信号通路的作用	首次揭示了IL33/ST2轴在肿瘤微环境中调节性T细胞积累的关键作用，并提出了这一通路作为癌症免疫治疗潜在靶点的可能性	NA	阐明肿瘤微环境中调节性T细胞积累的分子机制	肿瘤浸润调节性T细胞及其在肿瘤微环境中的积累机制	免疫学	癌症	RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	来自同种肿瘤小鼠的肿瘤浸润Treg和脾脏Treg
38	2024-08-29	scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks 2020-09-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa506 PMID:32588900	研究论文	本文提出了一种使用生成对抗网络（GANs）进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补的方法，称为scIGANs	scIGANs利用生成的细胞而非观察到的细胞来避免过度平滑和去除细胞间基因表达的自然随机性，并平衡主要和稀有细胞群之间的性能	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据的质量，通过插补技术减少技术噪声，如过多的假零值（dropouts）	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GANs）	基因表达数据	适用于包含超过100,000个细胞的数据集
39	2024-08-29	CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data 2020-01-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13779-x PMID:31900397	研究论文	本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法，用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异（CNV）事件	CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用，并利用高效的B-allele频率（BAF）信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正	NA	开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件	拷贝数变异（CNV）事件	生物信息学	NA	RNA测序	信号处理方法	RNA测序数据	NA
40	2024-08-26	The genetic architecture of Parkinson's disease 2020-02, The Lancet. Neurology DOI:10.1016/S1474-4422(19)30287-X PMID:31521533	研究论文	本文探讨了帕金森病的遗传结构，包括罕见和常见遗传变异对疾病风险、发作和进展的贡献	本文介绍了新兴技术如机器学习、单细胞RNA测序和高通量筛选在研究帕金森病遗传风险中的应用	大多数已识别的风险变异是在欧洲血统的患者中发现的，对其他人群的帕金森病遗传学了解较少	进一步识别与疾病相关的常见遗传变异，并开始识别罕见风险等位基因	帕金森病的遗传结构和风险等位基因的生物学功能	遗传学	帕金森病	机器学习, 单细胞RNA测序, 高通量筛选	NA	遗传变异数据	90个独立的风险相关变异