单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-12-12	Souporcell: robust clustering of single-cell RNA-seq data by genotype without reference genotypes 2020-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0820-1 PMID:32366989	研究论文	本文介绍了一种名为souporcell的方法，用于通过单细胞RNA测序数据中的基因型信息对细胞进行聚类，无需参考基因型	souporcell方法能够在没有参考基因型的情况下，通过检测单细胞RNA测序读取中的变异来对细胞进行聚类，并能检测跨基因型的双胞体和估计环境RNA的量	NA	开发一种新的方法来对单细胞RNA测序数据进行基因型聚类，并检测双胞体和估计环境RNA的量	单细胞RNA测序数据中的基因型信息	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因型数据	NA
22	2024-12-12	Using single-cell technologies to map the human immune system - implications for nephrology 2020-02, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0227-3 PMID:31831877	研究论文	本文探讨了单细胞技术在绘制人类免疫系统图谱中的应用，特别是在肾脏学领域的潜在影响	本文利用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术技术，首次系统性地研究了肾脏内免疫细胞的复杂景观及其与循环免疫细胞的关系	本文主要集中在理论探讨和潜在应用，尚未涉及大规模临床试验或实际应用验证	探讨单细胞技术在肾脏学中的应用，以改善肾脏疾病的诊断和个性化治疗	人类免疫系统中的免疫细胞，特别是肾脏内的免疫细胞及其与循环免疫细胞的关系	数字病理学	肾脏疾病	单细胞RNA测序、质谱流式细胞术	NA	细胞	涉及血液、次级淋巴器官和肾脏通路中的免疫细胞群体
23	2024-12-08	Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection 2020-04, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-0799-2 PMID:32251406	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化	揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应	研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小	探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素	HIV-1感染期间的外周血单核细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本
24	2024-12-01	The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution 2020-07, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2536-x PMID:32728245	研究论文	系统量化了从胚胎发育第10.5天到出生期间小鼠17个组织和器官的polyA-RNA表达，并使用单细胞RNA测序分析了组织水平的转录组	通过整合启动子序列基序与ENCODE表观基因组数据，识别了神经表达簇中显著的启动子去抑制机制，并发现了新的抑制因子	NA	研究哺乳动物胚胎发育过程中基因表达的差异及其对组织和器官系统身份和复杂性的影响	小鼠胚胎发育第10.5天到出生期间的17个组织和器官的polyA-RNA表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	17个组织和器官的样本
25	2024-12-01	Lineage dynamics of the endosymbiotic cell type in the soft coral Xenia 2020-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-2385-7 PMID:32555454	研究论文	研究了软珊瑚Xenia中内共生细胞类型的谱系动态	首次报道了Xenia物种的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序揭示了内共生细胞类型的动态谱系进展	NA	探讨珊瑚与藻类内共生的分子途径	软珊瑚Xenia中的内共生细胞类型	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16个细胞集群
26	2024-11-29	Transcriptional diversity and bioenergetic shift in human breast cancer metastasis revealed by single-cell RNA sequencing 2020-03, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-0477-0 PMID:32144411	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，揭示了乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	本文建立了识别转移细胞播种过程中全局转录组变化的稳健方法，并发现微转移灶具有一种跨患者来源异种移植模型保守的转录组程序，这与患者的不良生存高度相关	NA	揭示乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化	乳腺癌转移细胞的转录组变化	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者来源的异种移植模型
27	2024-11-18	SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data 2020-12-26, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa151 PMID:33367645	研究论文	本文介绍了一种名为SoupX的方法，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染	提出了一种新的方法SoupX，用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱，该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中	NA	开发一种工具，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个数据集，使用多种液滴测序技术
28	2024-11-18	Identification of a differentiation stall in epithelial mesenchymal transition in histone H3-mutant diffuse midline glioma 2020-12-15, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa136 PMID:33319914	研究论文	研究分析了H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用，发现该突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育	首次揭示了H3K27M突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育	研究依赖于公开的RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制	探讨H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用及其对早期脑发育的影响	H3K27M突变和非K27M的儿童胶质瘤	NA	脑瘤	RNA测序	NA	RNA	多个公开的RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据集
29	2024-11-18	DrivAER: Identification of driving transcriptional programs in single-cell RNA sequencing data 2020-12-10, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa122 PMID:33301553	研究论文	本文介绍了一种名为DrivAER的机器学习方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别驱动转录程序	DrivAER利用自编码器基于相关性评分来识别驱动转录程序，通过迭代评估每个基因集对结果变量的信息内容	NA	开发一种专门的方法，用于功能解释单细胞RNA测序数据中的细胞图谱	单细胞RNA测序数据中的驱动转录程序	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	RNA测序数据	NA
30	2024-11-18	D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data 2020-11-11, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa126 PMID:33179041	研究论文	本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化	提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性	NA	开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具	大规模单细胞RNA测序数据	计算机视觉	NA	分布式计算	弹性嵌入（EE）算法	单细胞RNA测序数据	大规模数据
31	2024-11-18	Prediction of single-cell gene expression for transcription factor analysis 2020-10-30, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa113 PMID:33124660	研究论文	本文提出了一种新的方法，利用顺式调控基序和表观遗传特征来预测单细胞水平的基因表达，并用于转录因子分析	本文提出了一种基于树引导的多任务学习框架，将每个细胞视为一个任务，用于解释单细胞基因表达值	该方法目前仅限于使用转录因子结合亲和力或特定基因组区域的转录因子ChIP-seq数据	预测单细胞RNA数据中的转录因子调控	单细胞基因表达和转录因子	机器学习	NA	单细胞RNA测序	树引导的多任务学习框架	基因表达数据	NA
32	2024-11-18	A map of tumor-host interactions in glioma at single-cell resolution 2020-10-14, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa109 PMID:33155039	研究论文	本文介绍了一种名为scTHI的新方法，用于识别单细胞RNA测序数据中跨细胞簇的显著激活的配体-受体相互作用，并应用于胶质瘤中揭示配体-受体相互作用	提出了scTHI方法，用于识别单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，并展示了其在胶质瘤中的应用	NA	理解免疫细胞与癌细胞之间的信号交流，以识别免疫肿瘤学治疗靶点	胶质瘤中的肿瘤-宿主相互作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达	71名患者的57,060个基因表达谱
33	2024-11-17	Single-Cell Transcriptional Archetypes of Airway Inflammation in Cystic Fibrosis 2020-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202004-0991OC PMID:32603604	研究论文	本文首次对囊性纤维化患者的痰液进行了单细胞转录组分析，定义了气道免疫功能障碍的转录特征	首次对囊性纤维化患者的痰液进行单细胞转录组分析，并定义了基于表达的细胞功能和成熟度特征，称为转录原型	样本量较小，仅包括9名囊性纤维化患者和5名健康对照者	研究囊性纤维化患者气道免疫功能障碍的转录特征及其在疾病发病机制中的作用	囊性纤维化患者的痰液细胞	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	9名囊性纤维化患者和5名健康对照者的痰液细胞
34	2024-11-14	SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble 2020-01-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz959 PMID:31777938	研究论文	提出了一种基于混合模型集合的单细胞聚类方法SAME-clustering，通过整合多种聚类方法的结果来提高聚类效果	SAME-clustering通过选择多种聚类方法的多样性子集，生成改进的集合解决方案，从而在单细胞RNA-seq数据聚类中表现出色	NA	开发一种新的单细胞RNA-seq数据聚类方法，以提高聚类效果	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	聚类分析	混合模型	RNA-seq数据	15个scRNA-seq数据集，包含49到32695个单细胞，聚类数从3到15
35	2024-11-09	Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Docetaxel Resistance in Prostate Cancer Cells 2020-09, Molecular cancer research : MCR IF:4.1Q2 DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0051 PMID:32513898	研究论文	本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了核蛋白1（NUPR1）在前列腺癌细胞对多西他赛耐药性中的调控作用	首次通过单细胞RNA测序技术识别出NUPR1作为前列腺癌多西他赛耐药性的关键调控因子	仅限于DU145和PC3两种前列腺癌细胞系的研究，结果的普适性有待进一步验证	探讨前列腺癌细胞对多西他赛耐药性的分子机制	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体
36	2024-10-21	Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies 2020-10-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022 PMID:32961131	研究论文	研究报告了脑壁细胞表达CD19，可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点	首次发现脑壁细胞表达CD19，为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释	小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低，限制了神经毒性的临床前动物模型	探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点	脑壁细胞及其CD19表达	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和鼠类脑组织样本
37	2024-10-14	A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors 2020-05, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-0844-1 PMID:32405060	研究论文	本文开发了一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序工具箱	本文首次系统地开发了一个工具箱，用于同时处理新鲜和冷冻临床肿瘤样本的单细胞和单核RNA测序	本文主要集中在工具箱的开发和初步验证，未涉及其在实际临床应用中的长期效果	开发和验证一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序的系统工具箱	新鲜和冷冻的人类肿瘤样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq）	NA	RNA	216,490个细胞和核，来自40个样本，涵盖23个标本，涉及8种肿瘤类型
38	2024-10-11	Knowledge-primed neural networks enable biologically interpretable deep learning on single-cell sequencing data 2020-08-03, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02100-5 PMID:32746932	研究论文	本文介绍了一种结合深度学习和生物网络解释性的知识引导神经网络（KPNNs），并展示了其在单细胞测序数据上的应用	KPNNs通过在多层网络中赋予有意义的权重，增强了深度学习算法的解释性，并提供了一种广泛适用的可解释深度学习方法	本文仅在单细胞测序数据上验证了KPNNs的应用，未来需要在更多类型的数据上进行验证	结合深度学习的预测能力和生物网络的解释性，开发一种新的深度学习方法	单细胞RNA测序数据，包括癌症和免疫细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序	知识引导神经网络（KPNNs）	单细胞RNA测序数据	五个生物应用中的单细胞RNA测序数据
39	2024-10-09	Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes 2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy IF:12.1Q1 DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023 PMID:32396851	研究论文	研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并探讨了其对临床结果的影响	首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性，并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素	研究样本量有限，且主要基于TCGA数据集，可能存在数据偏倚	探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	533名患者
40	2024-10-04	Atlas of Musculoskeletal Stem Cells with the Soft and Hard Tissue Differentiation Architecture 2020-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202000938 PMID:33304744	研究论文	研究通过高吞吐量单细胞RNA测序分析了E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞，揭示了肌肉骨骼干细胞（MSSC）及其在软硬组织分化中的架构	首次通过单细胞转录组分析揭示了肌肉骨骼干细胞的身份及其在软硬组织分化中的架构，并验证了Scx基因在MSSC自我更新和增殖潜力中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类样本中验证结果	揭示肌肉骨骼干细胞在肢体发育中的分子机制和细胞程序	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的肌肉骨骼干细胞及其分化架构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞样本