单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 361 - 380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 361 | 2024-08-07 |
Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes
2020-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14968-9
PMID:32157095
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研究论文 | 本文介绍了一种基于质谱的分析方法，通过整合全外显子测序、批量和单细胞转录组学、核糖体分析以及两种质谱/质谱搜索工具，准确识别肿瘤人类白细胞抗原（HLA）结合的非经典肽。 | 该方法能够准确识别数百种共享和肿瘤特异性的非经典HLA肽，包括从黑色素瘤干细胞标记基因ABCB5下游开放阅读框衍生出的免疫原性肽。 | NA | 旨在精确识别能够介导T细胞基础肿瘤排斥的肿瘤HLA结合肽。 | 肿瘤HLA结合的非经典肽。 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 质谱（MS） | NA | 蛋白质组学数据 | NA |
| 362 | 2024-08-07 |
Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX
2020-03-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-1950-6
PMID:32138770
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DecontX的新型贝叶斯方法，用于估计和去除单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的污染 | DecontX是一种新颖的贝叶斯方法，能够准确估计并去除单细胞RNA测序中的污染 | NA | 提高单细胞RNA测序工作流程的下游分析质量 | 单细胞RNA测序中的污染问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯方法 | RNA | 使用了一个小鼠-人类混合数据集和一个PBMC数据集 |
| 363 | 2024-08-07 |
Identification of region-specific astrocyte subtypes at single cell resolution
2020-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14198-8
PMID:32139688
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在成年小鼠的大脑皮层和海马区域识别出五种转录组学上不同的星形胶质细胞亚型 | 首次在单细胞分辨率下识别出特定脑区的星形胶质细胞亚型，并验证了这些亚型在空间上的定位 | NA | 探究星形胶质细胞在不同脑区的分子多样性 | 星形胶质细胞亚型及其在脑区的分布 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的大脑皮层和海马区域的星形胶质细胞 |
| 364 | 2024-08-07 |
Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets
2020-Mar-03, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-6542-z
PMID:32122302
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研究论文 | 本文介绍了Millefy工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示细胞间的异质性 | Millefy能够在一个基因组上下文中同时显示所有单个细胞的读取覆盖率，并通过动态重排细胞基于扩散图来突出显示细胞间的读取覆盖率异质性 | NA | 开发一种工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示RNA转录和加工过程中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 小鼠胚胎干细胞和三阴性乳腺癌细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 365 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of olfactory neurogenesis and differentiation in adult humans
2020-03, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0587-9
PMID:32066986
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了28,726个细胞，研究了成年人类嗅神经上皮中的神经发生和分化 | 首次详细描述了人类嗅神经上皮中神经干细胞和神经祖细胞池以及神经元的存在，并详细记录了140种嗅觉受体的表达 | NA | 探讨成年人类中活跃的神经发生微环境的存在 | 人类嗅神经上皮中的神经干细胞、神经祖细胞和神经元 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 28,726个细胞 |
| 366 | 2024-08-07 |
Imputation of single-cell gene expression with an autoencoder neural network
2020-Mar, Quantitative biology (Beijing, China)
DOI:10.1007/s40484-019-0192-7
PMID:32274259
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研究论文 | 本文提出了一种基于自编码器神经网络的单细胞基因表达数据插补方法 | 开发了非参数深度学习方法LATE和TRANSLATE，用于单细胞RNA测序数据的插补，这些方法在模拟和真实数据上都优于现有的插补方法 | 单细胞RNA测序技术仍存在高比例的基因表达缺失问题 | 克服单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达水平 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 可以高效处理超过100万个细胞 |
| 367 | 2024-08-07 |
Spatial modeling of prostate cancer metabolic gene expression reveals extensive heterogeneity and selective vulnerabilities
2020-02-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-60384-w
PMID:32103057
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研究论文 | 本研究通过空间解析的代谢网络模型分析前列腺癌微环境的代谢基因表达，揭示了恶性细胞特异性的代谢脆弱性 | 首次采用空间解析的代谢网络模型来考虑肿瘤微环境中的空间异质性，并发现了新的可靶向的恶性细胞特异性代谢脆弱性 | NA | 探索前列腺癌微环境中的空间异质性及其对肿瘤治疗的潜在影响 | 前列腺癌微环境中的代谢网络和基因表达 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 代谢网络模型 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 368 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Mapping Identifies Common and Cell-type Specific Genes Affected by Acute Delta9-tetrahydrocannabinol in Humans
2020-02-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-59827-1
PMID:32103029
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组测绘，揭示了Delta-9-四氢大麻酚（THC）对人类免疫细胞基因表达的急性影响 | 首次结合受试者内设计与单细胞转录组测绘，揭示了THC对人类免疫细胞基因表达的急性影响，并识别了细胞类型特异性和共有的受影响基因 | 研究主要集中在THC对免疫细胞的影响，未涉及其他细胞类型或THC的长期效应 | 探究THC对人类免疫细胞基因表达的影响机制 | 人类免疫细胞的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测绘 | NA | 转录组数据 | 15,973个血液细胞 |
| 369 | 2024-08-07 |
Inherited Eye Diseases with Retinal Manifestations through the Eyes of Homeobox Genes
2020-Feb-26, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21051602
PMID:32111086
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综述 | 本文综述了迄今为止关于导致眼睛器官发生中断并引起遗传性眼/视网膜疾病的家庭盒基因突变的数据和观点 | 本文总结了已知的关键眼睛发育调控因子，特别是与显示视网膜表现的单基因眼病相关的家庭盒基因，并强调了分子遗传学和细胞技术方法在遗传性视网膜疾病治疗中的潜在研究方向 | NA | 探讨家庭盒基因突变对眼睛器官发生的影响及其在遗传性眼/视网膜疾病中的作用 | 家庭盒基因及其在遗传性眼/视网膜疾病中的作用 | 遗传学 | 遗传性眼病 | 下一代测序技术，单细胞转录组分析 | NA | 基因数据 | NA |
| 370 | 2024-08-07 |
Cellular Heterogeneity and Lineage Restriction during Mouse Digit Tip Regeneration at Single-Cell Resolution
2020-02-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.026
PMID:32097654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠指尖再生过程中的细胞异质性和谱系限制 | 首次全面评估了指尖再生中的细胞异质性，并揭示了67个在再生纤维母细胞中富集的基因，包括一个新的再生特异性基因Mest | NA | 研究小鼠指尖再生过程中的细胞异质性和谱系限制 | 小鼠指尖再生中的细胞类型和基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 超过38,000个细胞 |
| 371 | 2024-08-07 |
Using Transcriptomic Analysis to Assess Double-Strand Break Repair Activity: Towards Precise in vivo Genome Editing
2020-Feb-18, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21041380
PMID:32085662
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研究论文 | 本文通过转录组分析评估了双链断裂修复活性，旨在实现精确的体内基因编辑 | 利用单细胞RNA测序分析了双链断裂修复途径在分裂细胞到成熟视网膜细胞转变过程中的动态变化，并发现人类诱导多能干细胞衍生的神经元和视网膜类器官可作为开发光感受器基因工程方法的合适体外测试平台 | NA | 评估双链断裂修复活性，开发精确的体内基因编辑方法 | 视网膜特异性基因突变相关的遗传性视网膜疾病 | 基因编辑 | 遗传性视网膜疾病 | 转录组分析 | NA | RNA测序数据 | 包括人类、猕猴和老鼠的视网膜样本，以及人类诱导多能干细胞衍生的神经元和视网膜类器官 |
| 372 | 2024-08-07 |
Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data
2020-02, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0690-6
PMID:31907445
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研究论文 | 本文系统评估了从单细胞转录组数据推断基因调控网络的先进算法 | 开发了一种模拟单细胞转录组数据的新策略，并创建了一个名为BEELINE的评估框架 | 算法在恢复合成网络中的相互作用方面优于布尔模型，且不需要伪时间排序细胞的技术通常更准确 | 评估和改进从单细胞转录组数据推断基因调控网络的算法 | 单细胞转录组数据中的基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个实验单细胞RNA-seq数据集 |
| 373 | 2024-08-07 |
Review of a novel disease entity, immunoglobulin G4-related disease
2020-Feb, Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
IF:0.9Q3
DOI:10.5125/jkaoms.2020.46.1.3
PMID:32158675
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综述 | 本文综述了免疫球蛋白G4相关疾病（IgG4-RD）的临床特征和发病机制 | 使用新一代和单细胞RNA测序等分子生物学方法，深入探讨了IgG4-RD的免疫机制 | NA | 探讨IgG4-RD的发病机制和临床特征 | 免疫球蛋白G4相关疾病（IgG4-RD） | NA | 免疫球蛋白G4相关疾病 | 新一代RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 374 | 2024-08-07 |
Surface protein imputation from single cell transcriptomes by deep neural networks
2020-01-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14391-0
PMID:32005835
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度神经网络的转移学习框架cTP-net，用于从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | 本研究首次提出了cTP-net框架，通过学习现有的单细胞多组学资源，实现了从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | NA | 开发一种新的方法从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | 单细胞转录组数据和表面蛋白丰度 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 375 | 2024-08-07 |
Single-Nucleus Sequencing of an Entire Mammalian Heart: Cell Type Composition and Velocity
2020-01-28, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9020318
PMID:32013057
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研究论文 | 本研究首次使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）对整个成年哺乳动物心脏进行分析，揭示了心脏细胞类型的组成及其转录动力学 | 首次对整个成年哺乳动物心脏进行单核RNA测序，并结合RNA速度分析研究细胞状态的转变 | NA | 扩展对复杂组织如哺乳动物心脏细胞层面的理解 | 成年哺乳动物心脏的细胞类型组成和转录动力学 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 整个成年哺乳动物心脏 |
| 376 | 2024-08-07 |
Gene regulatory network reconstruction using single-cell RNA sequencing of barcoded genotypes in diverse environments
2020-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51254
PMID:31985403
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研究论文 | 本文开发了一种在芽殖酵母中使用单细胞RNA测序（scRNAseq）的方法，通过在11种不同环境条件下混合多样化的转录条形码基因缺失突变体，并对其表达状态进行测序，构建了基因调控网络。 | 本文利用scRNAseq技术在单细胞水平上捕捉基因表达状态，结合多任务学习框架，构建了一个包含12,228个相互作用的全球基因调控网络。 | NA | 旨在理解基因表达程序的控制机制，通过识别转录因子与目标基因之间的调控关系。 | 芽殖酵母中的基因调控网络。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 多任务学习框架 | 基因表达数据 | 38,285个单细胞 |
| 377 | 2024-08-07 |
Adaptive Landscape Shaped by Core Endogenous Network Coordinates Complex Early Progenitor Fate Commitments in Embryonic Pancreas
2020-01-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-57903-0
PMID:31980678
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研究论文 | 本文通过构建胰腺谱系决策的核心内源网络，并利用动态建模量化其内在动态特性，揭示了胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂性 | 首次通过重新定义的层次结构，详细描述了早期胰腺前体细胞的命运承诺 | NA | 探索胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂机制 | 胰腺前体细胞的命运承诺及其动态特性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 动态建模 | 基因调控网络 | NA |
| 378 | 2024-08-07 |
Single-Cell Molecular and Cellular Architecture of the Mouse Neurohypophysis
2020 Jan/Feb, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0345-19.2019
PMID:31915267
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年雄性小鼠神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征 | 揭示了新的垂体细胞标记物，具有比先前报道更高的特异性，并展示了细胞类型的空间组织和细胞间通讯 | NA | 阐明神经垂体细胞类型的精确分子特征，特别是垂体细胞 | 成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA | 成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞 |
| 379 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptome in Colorectal Cancer-Current Updates on Its Application in Metastasis, Chemoresistance and the Roles of Circulating Tumor Cells
2020, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2020.00135
PMID:32174835
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是在转移、化疗抵抗和循环肿瘤细胞作用方面的最新进展 | 引入单细胞转录组学技术，使得能够检查单个肿瘤细胞内的表达水平，从而揭示肿瘤内的异质性 | NA | 探讨单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是循环肿瘤细胞的分析，以提供诊断和治疗的关键信息 | 结直肠癌及其循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 380 | 2024-08-07 |
A comparison of methods accounting for batch effects in differential expression analysis of UMI count based single cell RNA sequencing
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.03.026
PMID:32322368
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研究论文 | 本文比较了在基于UMI计数的单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的不同方法 | 首次系统评估了11种处理批次效应的方法在单细胞RNA测序差异表达分析中的表现，特别是针对潜在批次效应的处理 | 尽管SVA方法在处理潜在批次效应时表现较好，但在涉及大组效应和/或组标签不纯的情况下，其性能仍需改进 | 评估和比较不同方法在单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的效果 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应处理方法 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型、固定效应模型、混合效应模型 | UMI计数数据 | NA |