单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
361	2024-08-07	Time course regulatory analysis based on paired expression and chromatin accessibility data 2020-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.257063.119 PMID:32188700	研究论文	本文提出了一种基于时间序列配对基因表达和染色质可及性数据分析基因调控网络的方法TimeReg	TimeReg方法能够优先考虑调控元件，提取每个时间点的核心调控模块，识别推动细胞状态变化的关键调控因子，并在不同时间点之间建立模块的因果联系	NA	研究细胞过程如分化或对刺激反应的时间序列实验	基因调控网络	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	57,048个新发现的调控元件
362	2024-08-07	DNA methylation disruption reshapes the hematopoietic differentiation landscape 2020-04, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-020-0595-4 PMID:32203468	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了DNA甲基化相关基因突变对造血分化景观的影响	首次揭示了DNA甲基化变化通过CpG富集偏倚影响转录因子结合位点，从而导致造血分化偏倚的机制	NA	探讨DNA甲基化变化如何影响造血分化景观	小鼠造血干细胞和前体细胞以及人类克隆造血骨髓前体细胞	NA	血液恶性肿瘤	单细胞测序	NA	转录组	NA
363	2024-08-07	CD4+ teff cell heterogeneity: the perspective from single-cell transcriptomics 2020-04, Current opinion in immunology IF:6.6Q1 DOI:10.1016/j.coi.2020.02.004 PMID:32259715	综述	本文综述了单细胞转录组学在各种挑战性环境中对传统CD4 αβ T细胞的研究，旨在解析先前定义的CD4 T细胞类型、谱系和宇宙学的复杂性和代表性	单细胞转录组学技术揭示了CD4 T细胞类型的复杂性，超越了传统低维度标记组合的定义	单细胞转录组学数据的高维度带来了定义细胞亚群的困难和陷阱	探讨单细胞转录组学在解析CD4 T细胞异质性中的应用	CD4 αβ T细胞在感染、肿瘤、过敏等环境中的表现	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
364	2024-08-07	Scedar: A scalable Python package for single-cell RNA-seq exploratory data analysis 2020-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007794 PMID:32339163	research paper	本文介绍了一个名为scedar的可扩展Python包，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）探索性数据分析	scedar包提供了一个方便可靠的接口，用于在大规模scRNA-seq数据集上进行可视化、基因丢失插补、罕见转录组轮廓检测和聚类，且不假设数据遵循特定统计分布	NA	降低scRNA-seq数据分析的复杂性	单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	scRNA-seq数据	大规模scRNA-seq数据集
365	2024-08-07	A single-cell atlas of adult Drosophila ovary identifies transcriptional programs and somatic cell lineage regulating oogenesis 2020-04, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000538 PMID:32339165	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术构建了成年果蝇卵巢及其相连组织的转录组数据集，并分析了整个卵泡细胞群从干细胞到排卵过渡期的转录轨迹	首次揭示了卵泡细胞在发育过程中的转录轨迹，并发现了多种细胞类型和阶段特异性的标记物，以及免疫相关基因在不同细胞类型中的表达相似性	NA	研究果蝇卵巢中卵泡细胞的转录调控机制及其在卵子发生过程中的作用	成年果蝇卵巢及其相连组织的细胞类型和转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年果蝇卵巢及其相连组织的多个细胞类型
366	2024-08-07	Obstacles to detecting isoforms using full-length scRNA-seq data 2020-03-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-01981-w PMID:32293520	研究论文	本研究通过模拟方法探讨单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中检测剪接变体的障碍	明确考虑了scRNA-seq中的dropout和isoform定量错误对分析结果的影响	高dropout率和isoform选择模型的不同对模拟结果有显著影响	探讨使用scRNA-seq数据研究可变剪接的可行性及需克服的限制	单细胞RNA测序数据中的剪接变体检测	基因组学	NA	scRNA-seq	模拟模型	RNA序列	NA
367	2024-08-07	Standard machine learning approaches outperform deep representation learning on phenotype prediction from transcriptomics data 2020-Mar-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-020-3427-8 PMID:32197580	研究论文	本文通过综合分析多个疾病领域的24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务，探讨了基因子集、归一化方法和预测算法对表型预测的影响，并探索了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用。	本文首次系统地研究了深度表示学习方法在大型转录组数据集上的应用，并评估了其在表型预测中的性能。	深度表示学习方法在跨数据集的外样本性能上并未显示出一致的改进。	开发可操作、稳健且可重复的表型预测标志物，以促进分子诊断的革命。	从溃疡性结肠炎、特应性皮炎、糖尿病到多种癌症亚型等24个二分类和多分类预测问题以及26个生存分析任务。	机器学习	NA	深度表示学习	l2-正则化回归	转录组数据	涉及GTEx和TCGA等大型转录组数据集
368	2024-08-07	An integrative approach to the facile functional classification of dorsal root ganglion neuronal subclasses 2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1911382117 PMID:32079727	研究论文	本文介绍了一种名为三元组星座分析（TCA）的综合方法，用于快速分类体外背根神经节（DRG）神经元的功能亚类	提出了一种新的综合分析方法TCA，结合了药物反应、遗传标记、全细胞记录和单细胞转录组学，以快速且可靠地分类神经元功能亚类	NA	加速混合群体中个体躯体感觉神经元亚类的全面分类和特征化	背根神经节（DRG）神经元的功能亚类	神经科学	NA	钙成像、全细胞记录、单细胞转录组学	NA	细胞内钙浓度、动作电位模式、单细胞转录组数据	多个DRG神经元亚类（L1, L2, L3, L5）
369	2024-08-07	Integrated proteogenomic deep sequencing and analytics accurately identify non-canonical peptides in tumor immunopeptidomes 2020-03-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14968-9 PMID:32157095	研究论文	本文介绍了一种基于质谱的分析方法，通过整合全外显子测序、批量和单细胞转录组学、核糖体分析以及两种质谱/质谱搜索工具，准确识别肿瘤人类白细胞抗原（HLA）结合的非经典肽。	该方法能够准确识别数百种共享和肿瘤特异性的非经典HLA肽，包括从黑色素瘤干细胞标记基因ABCB5下游开放阅读框衍生出的免疫原性肽。	NA	旨在精确识别能够介导T细胞基础肿瘤排斥的肿瘤HLA结合肽。	肿瘤HLA结合的非经典肽。	数字病理学	黑色素瘤	质谱（MS）	NA	蛋白质组学数据	NA
370	2024-08-07	Decontamination of ambient RNA in single-cell RNA-seq with DecontX 2020-03-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-1950-6 PMID:32138770	研究论文	本文介绍了一种名为DecontX的新型贝叶斯方法，用于估计和去除单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的污染	DecontX是一种新颖的贝叶斯方法，能够准确估计并去除单细胞RNA测序中的污染	NA	提高单细胞RNA测序工作流程的下游分析质量	单细胞RNA测序中的污染问题	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯方法	RNA	使用了一个小鼠-人类混合数据集和一个PBMC数据集
371	2024-08-07	Identification of region-specific astrocyte subtypes at single cell resolution 2020-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-14198-8 PMID:32139688	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，在成年小鼠的大脑皮层和海马区域识别出五种转录组学上不同的星形胶质细胞亚型	首次在单细胞分辨率下识别出特定脑区的星形胶质细胞亚型，并验证了这些亚型在空间上的定位	NA	探究星形胶质细胞在不同脑区的分子多样性	星形胶质细胞亚型及其在脑区的分布	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年小鼠的大脑皮层和海马区域的星形胶质细胞
372	2024-08-07	Millefy: visualizing cell-to-cell heterogeneity in read coverage of single-cell RNA sequencing datasets 2020-Mar-03, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-020-6542-z PMID:32122302	研究论文	本文介绍了Millefy工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示细胞间的异质性	Millefy能够在一个基因组上下文中同时显示所有单个细胞的读取覆盖率，并通过动态重排细胞基于扩散图来突出显示细胞间的读取覆盖率异质性	NA	开发一种工具，用于可视化单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率，以揭示RNA转录和加工过程中的细胞异质性	单细胞RNA测序数据中的读取覆盖率	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	小鼠胚胎干细胞和三阴性乳腺癌细胞的单细胞RNA测序数据集
373	2024-08-07	Single-cell analysis of olfactory neurogenesis and differentiation in adult humans 2020-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-0587-9 PMID:32066986	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了28,726个细胞，研究了成年人类嗅神经上皮中的神经发生和分化	首次详细描述了人类嗅神经上皮中神经干细胞和神经祖细胞池以及神经元的存在，并详细记录了140种嗅觉受体的表达	NA	探讨成年人类中活跃的神经发生微环境的存在	人类嗅神经上皮中的神经干细胞、神经祖细胞和神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	28,726个细胞
374	2024-08-07	Imputation of single-cell gene expression with an autoencoder neural network 2020-Mar, Quantitative biology (Beijing, China) DOI:10.1007/s40484-019-0192-7 PMID:32274259	研究论文	本文提出了一种基于自编码器神经网络的单细胞基因表达数据插补方法	开发了非参数深度学习方法LATE和TRANSLATE，用于单细胞RNA测序数据的插补，这些方法在模拟和真实数据上都优于现有的插补方法	单细胞RNA测序技术仍存在高比例的基因表达缺失问题	克服单细胞RNA测序数据中的基因表达缺失问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达水平	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器	基因表达数据	可以高效处理超过100万个细胞
375	2024-08-07	Spatial modeling of prostate cancer metabolic gene expression reveals extensive heterogeneity and selective vulnerabilities 2020-02-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-60384-w PMID:32103057	研究论文	本研究通过空间解析的代谢网络模型分析前列腺癌微环境的代谢基因表达，揭示了恶性细胞特异性的代谢脆弱性	首次采用空间解析的代谢网络模型来考虑肿瘤微环境中的空间异质性，并发现了新的可靶向的恶性细胞特异性代谢脆弱性	NA	探索前列腺癌微环境中的空间异质性及其对肿瘤治疗的潜在影响	前列腺癌微环境中的代谢网络和基因表达	数字病理学	前列腺癌	代谢网络模型	NA	基因表达数据	NA
376	2024-08-07	Single-cell Transcriptome Mapping Identifies Common and Cell-type Specific Genes Affected by Acute Delta9-tetrahydrocannabinol in Humans 2020-02-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-59827-1 PMID:32103029	研究论文	研究通过单细胞转录组测绘，揭示了Delta-9-四氢大麻酚（THC）对人类免疫细胞基因表达的急性影响	首次结合受试者内设计与单细胞转录组测绘，揭示了THC对人类免疫细胞基因表达的急性影响，并识别了细胞类型特异性和共有的受影响基因	研究主要集中在THC对免疫细胞的影响，未涉及其他细胞类型或THC的长期效应	探究THC对人类免疫细胞基因表达的影响机制	人类免疫细胞的基因表达	数字病理学	NA	单细胞转录组测绘	NA	转录组数据	15,973个血液细胞
377	2024-08-07	Inherited Eye Diseases with Retinal Manifestations through the Eyes of Homeobox Genes 2020-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21051602 PMID:32111086	综述	本文综述了迄今为止关于导致眼睛器官发生中断并引起遗传性眼/视网膜疾病的家庭盒基因突变的数据和观点	本文总结了已知的关键眼睛发育调控因子，特别是与显示视网膜表现的单基因眼病相关的家庭盒基因，并强调了分子遗传学和细胞技术方法在遗传性视网膜疾病治疗中的潜在研究方向	NA	探讨家庭盒基因突变对眼睛器官发生的影响及其在遗传性眼/视网膜疾病中的作用	家庭盒基因及其在遗传性眼/视网膜疾病中的作用	遗传学	遗传性眼病	下一代测序技术，单细胞转录组分析	NA	基因数据	NA
378	2024-08-07	Cellular Heterogeneity and Lineage Restriction during Mouse Digit Tip Regeneration at Single-Cell Resolution 2020-02-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.01.026 PMID:32097654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠指尖再生过程中的细胞异质性和谱系限制	首次全面评估了指尖再生中的细胞异质性，并揭示了67个在再生纤维母细胞中富集的基因，包括一个新的再生特异性基因Mest	NA	研究小鼠指尖再生过程中的细胞异质性和谱系限制	小鼠指尖再生中的细胞类型和基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	超过38,000个细胞
379	2024-08-07	Using Transcriptomic Analysis to Assess Double-Strand Break Repair Activity: Towards Precise in vivo Genome Editing 2020-Feb-18, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms21041380 PMID:32085662	研究论文	本文通过转录组分析评估了双链断裂修复活性，旨在实现精确的体内基因编辑	利用单细胞RNA测序分析了双链断裂修复途径在分裂细胞到成熟视网膜细胞转变过程中的动态变化，并发现人类诱导多能干细胞衍生的神经元和视网膜类器官可作为开发光感受器基因工程方法的合适体外测试平台	NA	评估双链断裂修复活性，开发精确的体内基因编辑方法	视网膜特异性基因突变相关的遗传性视网膜疾病	基因编辑	遗传性视网膜疾病	转录组分析	NA	RNA测序数据	包括人类、猕猴和老鼠的视网膜样本，以及人类诱导多能干细胞衍生的神经元和视网膜类器官
380	2024-08-07	Benchmarking algorithms for gene regulatory network inference from single-cell transcriptomic data 2020-02, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0690-6 PMID:31907445	研究论文	本文系统评估了从单细胞转录组数据推断基因调控网络的先进算法	开发了一种模拟单细胞转录组数据的新策略，并创建了一个名为BEELINE的评估框架	算法在恢复合成网络中的相互作用方面优于布尔模型，且不需要伪时间排序细胞的技术通常更准确	评估和改进从单细胞转录组数据推断基因调控网络的算法	单细胞转录组数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个实验单细胞RNA-seq数据集