单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 341 - 360 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 341 | 2024-08-07 |
Data-based RNA-seq simulations by binomial thinning
2020-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3450-9
PMID:32448189
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研究论文 | 本文开发了一种基于真实RNA-seq数据添加信号的方法，用于生成更真实的模拟数据，以评估和比较RNA-seq分析方法 | 提出了一种基于真实数据的RNA-seq模拟方法，该方法能够生成具有真实数据特征的模拟数据，用于评估在非理想（模型违反）场景下的RNA-seq分析方法 | NA | 开发更真实的RNA-seq数据模拟技术，以评估和比较RNA-seq分析方法 | RNA-seq数据模拟方法 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 342 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Analysis Indicates New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs signaling among heart failure patients infected with SARS-CoV-2
2020-May-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.04.30.20081257
PMID:32511460
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在心衰患者中，ACE2和脑钠肽（BNP）及心房钠尿肽（ANP）信号通路的新潜在调控机制。 | 首次在单细胞水平上揭示了心衰心脏中ACE2的细胞分布及其与BNP和ANP的相互作用，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2的感染。 | 研究样本来自单一中心，可能影响结果的普遍性；未涉及长期随访数据。 | 探讨心衰患者中ACE2和BNP/ANP信号通路在SARS-CoV-2感染中的调控机制。 | 心衰患者的心脏组织，特别是心肌细胞中的ACE2表达及其与BNP和ANP的相互作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 91名COVID-19患者 |
| 343 | 2024-08-07 |
Expression of ACE2, the SARS-CoV-2 receptor, and TMPRSS2 in prostate epithelial cells
2020-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.24.056259
PMID:32510524
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研究论文 | 本文分析了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集，发现ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中共表达，特别是在俱乐部细胞和山丘细胞中比例更高，并探讨了性别差异对COVID-19的影响。 | 首次探讨了ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的共表达情况及其与COVID-19性别差异的关系。 | 研究仅基于公开数据集，未涉及临床样本，可能影响结果的直接应用性。 | 探讨ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的表达及其与COVID-19性别差异的关系。 | 正常人类前列腺和肺上皮细胞中的ACE2和TMPRSS2表达。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集和肺上皮细胞数据集 |
| 344 | 2024-08-07 |
SCSA: A Cell Type Annotation Tool for Single-Cell RNA-seq Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00490
PMID:32477414
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研究论文 | 介绍了一种名为SCSA的自动工具，用于从单细胞RNA测序数据中注释细胞类型 | SCSA结合了差异表达基因和细胞标记的置信水平，实现了对细胞类型的自动注释 | NA | 开发一种自动化的细胞类型注释工具，以减少人工注释的劳动强度和依赖用户专业知识的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 评分注释模型 | RNA测序数据 | 来自不同来源的真实单细胞RNA测序数据集 |
| 345 | 2024-08-07 |
SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics
2020-06-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa183
PMID:32196115
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞转录组数据分析工具SingleCellSignalR，用于推断细胞间的配体-受体相互作用网络 | 引入了一个新的、经过精心整理的配体-受体数据库和一个新颖的正则化评分方法，用于评估预测的配体-受体相互作用的置信度 | NA | 开发一种新的工具，用于从单细胞转录组数据中推断细胞间的相互作用网络 | 单细胞转录组数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 346 | 2024-08-07 |
A new protocol for single-cell RNA-seq reveals stochastic gene expression during lag phase in budding yeast
2020-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55320
PMID:32420869
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研究论文 | 本研究报告了一种基于10x Genomics液滴单细胞RNA测序技术的改进方法，用于分析酵母细胞 | 该方法通过液滴内球形化处理，实现了比现有方法高出数量级的吞吐量 | NA | 研究酵母细胞在碳源转换过程中的基因表达动态 | 酵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 同基因酵母群体 |
| 347 | 2024-08-07 |
Cell atlas of aqueous humor outflow pathways in eyes of humans and four model species provides insight into glaucoma pathogenesis
2020-05-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2001250117
PMID:32341164
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研究论文 | 本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究了人类和四种模型物种眼中房水流出路径的细胞图谱，以深入了解青光眼的发病机制。 | 首次在人类和四种模型物种中识别出19种细胞类型，并确定了每种细胞类型的分子标记，为研究青光眼的发病机制和潜在干预措施提供了基础。 | NA | 深入了解青光眼的发病机制，并利用模型系统评估机制和潜在干预措施。 | 人类和四种模型物种（食蟹猴、恒河猴、猪和鼠）眼中的房水流出路径的细胞类型。 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组 | 约24,000个单细胞 |
| 348 | 2024-08-07 |
Sparsity-Penalized Stacked Denoising Autoencoders for Imputing Single-Cell RNA-Seq Data
2020-05-11, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11050532
PMID:32403260
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研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏惩罚堆叠去噪自动编码器（scSDAEs）的方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的假零值 | scSDAEs采用堆叠去噪自动编码器与稀疏惩罚，以及逐层预训练过程来提高模型拟合，能够捕捉数据间的非线性关系并整合已观测到的零值信息 | NA | 开发一种深度学习方法，用于填补受技术零值影响的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的假零值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 堆叠去噪自动编码器 | 基因表达数据 | 涉及不同稀释度、受技术零值影响的RNA混合数据集以及CITE-seq数据 |
| 349 | 2024-08-07 |
Ancestry and frequency of genetic variants in the general population are confounders in the characterization of germline variants linked to cancer
2020-05-06, BMC medical genetics
DOI:10.1186/s12881-020-01033-x
PMID:32375678
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序数据分析，识别与儿童高级别胶质瘤相关的复发性生殖系变异，并探讨其在一般人群中的频率及对肿瘤发生的影响。 | 本研究首次发现NEGR1和BTNL3-8基因的删除变异在儿童高级别胶质瘤患者中高度复发，并揭示这些变异在一般人群中的高频率存在，强调了在癌症基因组分析中考虑一般人群基因组数据的重要性。 | 研究样本量相对较小，且未详细探讨不同种族间变异频率差异的具体机制。 | 旨在识别与儿童高级别胶质瘤相关的生殖系变异，并探讨其在肿瘤发生中的作用及在一般人群中的频率。 | 儿童高级别胶质瘤患者及其生殖系和肿瘤组织。 | 数字病理学 | 脑癌 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 发现队列8例，验证队列73例 |
| 350 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq with spike-in cells enables accurate quantification of cell-specific drug effects in pancreatic islets
2020-05-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02006-2
PMID:32375897
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研究论文 | 本文介绍了一种使用标准化参考细胞作为插入控制的新方法，以准确和稳健地解析单细胞药物反应 | 提出了一种新的生物信息学算法，有效去除细胞自由RNA污染带来的偏差，并使用插入参考细胞进行单细胞RNA测序数据的标准化 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在解析复杂组织中细胞特异性药物效应的应用 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的胰腺胰岛细胞样本 |
| 351 | 2024-08-07 |
scRCMF: Identification of Cell Subpopulations and Transition States From Single-Cell Transcriptomes
2020-05, IEEE transactions on bio-medical engineering
DOI:10.1109/TBME.2019.2937228
PMID:31449003
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scRCMF的无监督方法，用于从单细胞转录组数据中识别细胞亚群和过渡状态 | scRCMF通过采用非线性优化模型和随机系数矩阵的正则化方法，提高了潜在子结构的估计可靠性和稳定性，并提出了两种新的测量方法：单细胞过渡熵（scEntropy）和过渡概率（scTP） | NA | 阐明细胞命运动态中的过渡机制 | 单细胞转录组数据中的细胞亚群、稳定细胞状态和过渡细胞 | 单细胞技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解模型 | 基因-细胞矩阵 | 两个模拟数据集和三个已发表的scRNA-seq数据集 |
| 352 | 2024-08-07 |
Closing the gap: a roadmap to single-cell regulatory genomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209497
PMID:32430985
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研究论文 | 本文介绍了一种新的策略，用于在果蝇的眼触角盘中空间映射和整合单细胞转录组和表观基因组数据，并推断每个细胞中精确的增强子到基因活性关系 | 该研究开创了转录调控领域的新时代，能够从构成组织的数千个细胞中提取驱动其身份的关键特征 | NA | 研究单细胞水平上基因调控网络的时空控制，以理解驱动细胞身份的机制 | 果蝇的眼触角盘中的单细胞转录组和表观基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组和表观基因组分析 | NA | 单细胞数据 | 数千个细胞 |
| 353 | 2024-08-07 |
Identification of genomic enhancers through spatial integration of single-cell transcriptomics and epigenomics
2020-05, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209438
PMID:32431014
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研究论文 | 本文通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，生成了果蝇眼触角盘的独立单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序图谱，并利用ScoMAP方法在虚拟潜在空间中整合数据，以模拟2D组织的结构，从而识别基因组增强子。 | 本文创新性地利用ScoMAP方法将单细胞转录组学和表观基因组学数据空间整合，以模拟2D组织的结构，并验证了空间预测的增强子，揭示了增强子与基因的关系及其在细胞类型特异性效应中的作用。 | NA | 研究目的是通过空间整合单细胞转录组学和表观基因组学数据，识别和验证基因组增强子。 | 研究对象是果蝇眼触角盘的基因组增强子。 | 表观基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（single-cell RNA-seq）和单细胞ATAC测序（single-cell ATAC-seq） | NA | 转录组数据和表观基因组数据 | 果蝇眼触角盘的多个细胞样本 |
| 354 | 2024-08-07 |
Cell Atlas technologies and insights into tissue architecture
2020-04-30, The Biochemical journal
DOI:10.1042/BCJ20190341
PMID:32339226
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review | 本文综述了细胞图谱技术及其对组织结构理解的贡献 | 介绍了单细胞分子分析技术，特别是单细胞RNA测序和空间分辨方法在细胞图谱构建中的应用 | 对细胞类型和状态在分子水平上的理解仍有限 | 旨在通过细胞图谱项目如人类细胞图谱，全面识别细胞类型及其在分子水平上的功能和位置 | 细胞类型及其在组织结构中的功能 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | molecular data | NA |
| 355 | 2024-08-07 |
Inferring spatial and signaling relationships between cells from single cell transcriptomic data
2020-04-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15968-5
PMID:32350282
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SpaOTsc的方法，利用结构化最优传输技术从单细胞转录组数据中恢复空间特性 | SpaOTsc方法通过利用少量基因的空间测量数据，建立单细胞转录组数据的空间度量，并使用最优传输技术恢复细胞间的空间关系和信号传递 | NA | 旨在从单细胞转录组数据中推断细胞间的空间和信号关系 | 单细胞转录组数据中的细胞间空间和信号关系 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 最优传输 | 转录组数据 | 四组数据用于交叉验证空间基因表达预测和已知细胞间通信的比较 |
| 356 | 2024-08-07 |
Accurate estimation of cell composition in bulk expression through robust integration of single-cell information
2020-04-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15816-6
PMID:32332754
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Bisque的工具，用于通过利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）或单核RNA测序（snRNA-seq）数据来准确估计细胞类型在批量表达中的比例 | Bisque通过实施基于回归的方法，利用单细胞数据生成参考表达谱并学习基因特异性的批量表达转换，显著提高了分解性能，特别是在参考轮廓生成和观察到的批量表达存在显著技术变异的情况下 | NA | 开发一种高效且准确的工具，用于分析大型基因组数据集中的细胞类型比例 | 批量RNA-seq数据中的细胞类型比例 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | 回归模型 | RNA-seq数据 | 涉及皮下脂肪和背外侧前额叶皮层表达数据集 |
| 357 | 2024-08-07 |
scRNA-seq Profiling of Human Testes Reveals the Presence of the ACE2 Receptor, A Target for SARS-CoV-2 Infection in Spermatogonia, Leydig and Sertoli Cells
2020-04-09, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9040920
PMID:32283711
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了成人人类睾丸中ACE2受体的表达模式，发现ACE2主要富集在精原细胞、Leydig细胞和Sertoli细胞中，表明人类睾丸可能是SARS-CoV-2感染的潜在目标。 | 首次揭示了人类睾丸中ACE2受体的表达模式，并提供了证据表明睾丸可能是SARS-CoV-2感染的潜在目标。 | NA | 研究成人人类睾丸中ACE2受体的表达模式，以确定生殖系统是否为SARS-CoV-2感染的潜在目标。 | 成人人类睾丸中的ACE2受体表达模式。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 成人人类睾丸样本 |
| 358 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq highlights heterogeneity in human primary Wharton's jelly mesenchymal stem/stromal cells cultured in vitro
2020-04-06, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-020-01660-4
PMID:32252818
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了体外培养的人类初代沃顿胶源间充质干细胞（WJMSCs）的基因表达谱，揭示了其功能异质性的分子机制 | 首次通过scRNA-seq技术详细分析了WJMSCs的基因表达谱，并识别出与经典MSC功能相关的差异表达基因（HVGs） | 研究仅基于三个供体的WJMSCs样本，可能存在样本量不足的问题 | 探究体外培养的间充质干细胞的功能异质性及其分子机制 | 人类初代沃顿胶源间充质干细胞（WJMSCs） | 再生医学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 三个供体的WJMSCs样本 |
| 359 | 2024-08-07 |
SCGid: a consensus approach to contig filtering and genome prediction from single-cell sequencing libraries of uncultured eukaryotes
2020-04-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz866
PMID:31764940
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SCGid的共识方法，用于从未培养的真核生物的单细胞测序文库中过滤序列并预测基因组 | SCGid软件包通过并行使用不同的过滤方法，从三个中间草图中提取共识，提高了基因组预测的准确性和一致性 | 文章未明确提及具体限制 | 解决从单细胞基因组测序数据中过滤污染和解析真核生物草稿基因组的难题 | 未培养的真核生物的单细胞基因组测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组学（SCG） | NA | 基因组数据 | 文章未提及具体样本数量 |
| 360 | 2024-08-07 |
Targeting the cytoskeleton to direct pancreatic differentiation of human pluripotent stem cells
2020-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0430-6
PMID:32094658
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研究论文 | 本研究探讨了肌动蛋白细胞骨架状态与胰腺转录因子表达之间的关系，并开发了一种二维分化协议，用于生成具有改善体外和体内功能的人多能干细胞衍生的β细胞。 | 通过使用latrunculin A来解聚细胞骨架，开发了一种新的二维分化协议，用于生成功能改善的人多能干细胞衍生的β细胞。 | NA | 探索细胞骨架状态与胰腺分化之间的关系，并开发新的细胞替代疗法用于糖尿病治疗。 | 人多能干细胞及其衍生的胰腺β细胞。 | 细胞生物学 | 糖尿病 | RNA测序 | NA | RNA | 四个人多能干细胞系 |