单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
Integration of single-cell multi-omics for gene regulatory network inference
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.06.033
PMID:32774787
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综述 | 本文综述了利用单细胞多组学数据重建基因调控网络（GRN）的技术和方法 | 介绍了单细胞基因组、转录组和表观基因组的测序技术，并概述了利用不同单细胞测序数据重建GRN的策略 | 总结并比较了不同方法的适应性和局限性 | 旨在帮助研究人员识别最适合他们的工具 | 单细胞测序技术和基因调控网络重建方法 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组、表观基因组数据 | 数千个单细胞样本 |
| 322 | 2024-08-07 |
Targeting Subsets of Mammalian Neurons
2020, Neuroscience insights
IF:2.9Q2
DOI:10.1177/2633105520908537
PMID:32783027
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研究论文 | 本文开发了基于病毒的方法，用于精确靶向哺乳动物前脑的抑制性和兴奋性神经元亚群 | 利用单细胞转录组数据和基因表达变异来细化神经元靶向，为非转基因方法提供了及时蓝图 | 主要集中在哺乳动物前脑的神经元亚群，未涵盖所有神经元类型 | 开发和优化靶向哺乳动物神经元亚群的方法，特别是在难以进行基因操作的物种中 | 哺乳动物前脑的抑制性和兴奋性神经元亚群 | 神经科学 | NA | 病毒载体 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 323 | 2024-08-07 |
scRepertoire: An R-based toolkit for single-cell immune receptor analysis
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.22139.2
PMID:32789006
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研究论文 | scRepertoire是一个基于R的工具包，用于单细胞免疫受体分析 | scRepertoire填补了单细胞免疫受体分析软件的空白，能够轻松结合mRNA和免疫受体分析 | NA | 开发一个用于单细胞免疫受体分析的工具包 | 单细胞免疫受体数据 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数据来源于10x Genomics Chromium免疫受体分析 |
| 324 | 2024-08-07 |
Encoding Method of Single-cell Spatial Transcriptomics Sequencing
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.43887
PMID:32792863
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综述 | 本文综述了单细胞空间转录组测序技术的最新进展，特别是位置信息编码方法 | 介绍了基于微孔板、条形码珠阵列、显微切割、杂交和条形码定位以及混合分离技术的单细胞空间转录组技术 | NA | 探讨单细胞空间转录组测序技术在组织功能识别、发育过程追踪及病理和分子检测中的应用 | 单细胞空间转录组测序技术及其位置信息编码方法 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 325 | 2024-08-07 |
Redefining Tumor-Associated Macrophage Subpopulations and Functions in the Tumor Microenvironment
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01731
PMID:32849616
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境（TME）中的亚群及其功能的重定义 | 探讨了TAM亚群与功能的新证据，并提出了通过新技术整合来解析TAM详细图景的可能性 | 肿瘤微环境的免疫抑制状态仍因对TAM功能理解不足而未明确定义 | 旨在重新定义肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的亚群及其功能 | 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | NA | 多重免疫组化（mIHC）、时间飞行质谱细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、系统生物学方法 | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-07 |
Pinpointing Cell Identity in Time and Space
2020, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2020.00209
PMID:32923457
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评论 | 本文讨论了整合细胞转录状态与组织及亚细胞空间和时间信息对于全面表征细胞类型和状态的重要性 | 提出了在细胞分类中应考虑分子如RNA和蛋白质的亚细胞空间分布等额外信息层级 | NA | 深入表征细胞群体，特别是在时间和空间维度上 | 哺乳动物细胞的类型和状态 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 327 | 2024-08-07 |
Deciphering Cell Fate Decision by Integrated Single-Cell Sequencing Analysis
2020-07, Annual review of biomedical data science
IF:7.0Q1
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综述 | 本文综述了通过综合单细胞测序分析来解读细胞命运决策的方法和工具 | 介绍了利用单细胞RNA测序和其他测序模式来阐明谱系特化的分子基础，并讨论了计算工具在重建谱系轨迹、量化细胞命运偏倚和进行数据降维可视化方面的新机制见解 | NA | 深入理解细胞命运选择在发育、再生、稳态和疾病中的调控机制 | 细胞分化过程及其在健康和疾病中的行为 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA |
| 328 | 2024-08-07 |
Random Parametric Perturbations of Gene Regulatory Circuit Uncover State Transitions in Cell Cycle
2020-Jun-26, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101150
PMID:32450514
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研究论文 | 本文使用芽殖酵母细胞周期作为模型系统，研究基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息 | 提出了一种通用的随机电路扰动方法，用于包含异质调控类型的电路，并分析了从随机动力学参数的电路模型集合中得到的稳态和振荡状态 | NA | 探索基因调控电路如何编码细胞状态转换的关键信息 | 芽殖酵母细胞周期 | 生物信息学 | NA | 随机电路扰动方法 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 329 | 2024-08-07 |
CB2 improves power of cell detection in droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-06-08, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02054-8
PMID:32513247
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研究论文 | 本文介绍了一种基于聚类的方法CB2，用于区分单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码 | CB2利用了数据集中存在的强细胞间相关性，相较于现有方法，能更有效地识别真实细胞 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞检测的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的真实细胞与背景条码 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类方法 | RNA测序数据 | NA |
| 330 | 2024-08-07 |
Systematic assessment of tissue dissociation and storage biases in single-cell and single-nucleus RNA-seq workflows
2020-06-02, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02048-6
PMID:32487174
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研究论文 | 本文系统比较了单细胞和单核RNA测序工作流程中组织解离和存储方法的相对偏差和优势 | 首次系统比较了不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响 | 研究仅限于成年小鼠肾脏组织，可能不适用于其他组织类型 | 旨在揭示不同组织解离和存储方法对单细胞和单核RNA测序结果的影响 | 成年小鼠肾脏组织的单细胞和单核RNA测序 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年小鼠肾脏组织 |
| 331 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the tumor microenvironment and facilitates strategic choices to circumvent treatment failure in a chemorefractory bladder cancer patient
2020-05-27, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00741-6
PMID:32460812
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了一位化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境，并基于此分析提出了个性化治疗策略 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了化疗耐药性膀胱癌患者的肿瘤微环境和细胞类型特异性转录组变化，为个性化治疗提供了新思路 | 研究仅基于单一病例，结果的普遍性和可复制性有待进一步验证 | 探索化疗耐药性膀胱癌的肿瘤微环境，并开发个性化治疗策略 | 化疗耐药性转移性肌肉浸润性尿路上皮膀胱癌患者及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 单一病例及其对应的病人源性异种移植模型（PDX） |
| 332 | 2024-08-07 |
Data-based RNA-seq simulations by binomial thinning
2020-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-3450-9
PMID:32448189
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研究论文 | 本文开发了一种基于真实RNA-seq数据添加信号的方法，用于生成更真实的模拟数据，以评估和比较RNA-seq分析方法 | 提出了一种基于真实数据的RNA-seq模拟方法，该方法能够生成具有真实数据特征的模拟数据，用于评估在非理想（模型违反）场景下的RNA-seq分析方法 | NA | 开发更真实的RNA-seq数据模拟技术，以评估和比较RNA-seq分析方法 | RNA-seq数据模拟方法 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 333 | 2024-08-07 |
Single-cell Transcriptome Analysis Indicates New Potential Regulation Mechanism of ACE2 and NPs signaling among heart failure patients infected with SARS-CoV-2
2020-May-15, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.04.30.20081257
PMID:32511460
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了在心衰患者中，ACE2和脑钠肽（BNP）及心房钠尿肽（ANP）信号通路的新潜在调控机制。 | 首次在单细胞水平上揭示了心衰心脏中ACE2的细胞分布及其与BNP和ANP的相互作用，以及这些变化如何影响SARS-CoV-2的感染。 | 研究样本来自单一中心，可能影响结果的普遍性；未涉及长期随访数据。 | 探讨心衰患者中ACE2和BNP/ANP信号通路在SARS-CoV-2感染中的调控机制。 | 心衰患者的心脏组织，特别是心肌细胞中的ACE2表达及其与BNP和ANP的相互作用。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 91名COVID-19患者 |
| 334 | 2024-08-07 |
Expression of ACE2, the SARS-CoV-2 receptor, and TMPRSS2 in prostate epithelial cells
2020-Apr-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.24.056259
PMID:32510524
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研究论文 | 本文分析了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集，发现ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中共表达，特别是在俱乐部细胞和山丘细胞中比例更高，并探讨了性别差异对COVID-19的影响。 | 首次探讨了ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的共表达情况及其与COVID-19性别差异的关系。 | 研究仅基于公开数据集，未涉及临床样本，可能影响结果的直接应用性。 | 探讨ACE2和TMPRSS2在前列腺上皮细胞中的表达及其与COVID-19性别差异的关系。 | 正常人类前列腺和肺上皮细胞中的ACE2和TMPRSS2表达。 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 使用了公开的正常人类前列腺单细胞RNA测序数据集和肺上皮细胞数据集 |
| 335 | 2024-08-07 |
SCSA: A Cell Type Annotation Tool for Single-Cell RNA-seq Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00490
PMID:32477414
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研究论文 | 介绍了一种名为SCSA的自动工具，用于从单细胞RNA测序数据中注释细胞类型 | SCSA结合了差异表达基因和细胞标记的置信水平，实现了对细胞类型的自动注释 | NA | 开发一种自动化的细胞类型注释工具，以减少人工注释的劳动强度和依赖用户专业知识的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 评分注释模型 | RNA测序数据 | 来自不同来源的真实单细胞RNA测序数据集 |
| 336 | 2024-08-07 |
SingleCellSignalR: inference of intercellular networks from single-cell transcriptomics
2020-06-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa183
PMID:32196115
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞转录组数据分析工具SingleCellSignalR，用于推断细胞间的配体-受体相互作用网络 | 引入了一个新的、经过精心整理的配体-受体数据库和一个新颖的正则化评分方法，用于评估预测的配体-受体相互作用的置信度 | NA | 开发一种新的工具，用于从单细胞转录组数据中推断细胞间的相互作用网络 | 单细胞转录组数据中的配体-受体相互作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 337 | 2024-08-07 |
A new protocol for single-cell RNA-seq reveals stochastic gene expression during lag phase in budding yeast
2020-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55320
PMID:32420869
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研究论文 | 本研究报告了一种基于10x Genomics液滴单细胞RNA测序技术的改进方法，用于分析酵母细胞 | 该方法通过液滴内球形化处理，实现了比现有方法高出数量级的吞吐量 | NA | 研究酵母细胞在碳源转换过程中的基因表达动态 | 酵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 同基因酵母群体 |
| 338 | 2024-08-07 |
Cell atlas of aqueous humor outflow pathways in eyes of humans and four model species provides insight into glaucoma pathogenesis
2020-05-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2001250117
PMID:32341164
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研究论文 | 本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序技术，研究了人类和四种模型物种眼中房水流出路径的细胞图谱，以深入了解青光眼的发病机制。 | 首次在人类和四种模型物种中识别出19种细胞类型，并确定了每种细胞类型的分子标记，为研究青光眼的发病机制和潜在干预措施提供了基础。 | NA | 深入了解青光眼的发病机制，并利用模型系统评估机制和潜在干预措施。 | 人类和四种模型物种（食蟹猴、恒河猴、猪和鼠）眼中的房水流出路径的细胞类型。 | 数字病理学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 单细胞转录组 | 约24,000个单细胞 |
| 339 | 2024-08-07 |
Sparsity-Penalized Stacked Denoising Autoencoders for Imputing Single-Cell RNA-Seq Data
2020-05-11, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11050532
PMID:32403260
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研究论文 | 本文提出了一种基于稀疏惩罚堆叠去噪自动编码器（scSDAEs）的方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的假零值 | scSDAEs采用堆叠去噪自动编码器与稀疏惩罚，以及逐层预训练过程来提高模型拟合，能够捕捉数据间的非线性关系并整合已观测到的零值信息 | NA | 开发一种深度学习方法，用于填补受技术零值影响的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的假零值 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 堆叠去噪自动编码器 | 基因表达数据 | 涉及不同稀释度、受技术零值影响的RNA混合数据集以及CITE-seq数据 |
| 340 | 2024-08-07 |
Ancestry and frequency of genetic variants in the general population are confounders in the characterization of germline variants linked to cancer
2020-05-06, BMC medical genetics
DOI:10.1186/s12881-020-01033-x
PMID:32375678
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研究论文 | 本研究通过全基因组测序数据分析，识别与儿童高级别胶质瘤相关的复发性生殖系变异，并探讨其在一般人群中的频率及对肿瘤发生的影响。 | 本研究首次发现NEGR1和BTNL3-8基因的删除变异在儿童高级别胶质瘤患者中高度复发，并揭示这些变异在一般人群中的高频率存在，强调了在癌症基因组分析中考虑一般人群基因组数据的重要性。 | 研究样本量相对较小，且未详细探讨不同种族间变异频率差异的具体机制。 | 旨在识别与儿童高级别胶质瘤相关的生殖系变异，并探讨其在肿瘤发生中的作用及在一般人群中的频率。 | 儿童高级别胶质瘤患者及其生殖系和肿瘤组织。 | 数字病理学 | 脑癌 | 全基因组测序（WGS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 发现队列8例，验证队列73例 |