单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 321 - 340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 321 | 2024-08-07 |
Heterogeneous expression of the SARS-Coronavirus-2 receptor ACE2 in the human respiratory tract
2020-Aug-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.04.22.056127
PMID:32577664
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和免疫组织化学技术，系统研究了人呼吸道中SARS-CoV-2受体ACE2的异质性表达及其与COVID-19严重程度风险因素的关联 | 首次详细描述了ACE2蛋白在人呼吸道中的具体定位及其与COVID-19易感性因素的关系 | NA | 探究SARS-CoV-2受体ACE2在人呼吸道中的表达模式及其与COVID-19严重程度的关系 | 人呼吸道中的ACE2蛋白表达及其与COVID-19风险因素的关联 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学 | NA | 蛋白质 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 322 | 2024-08-07 |
Single-cell longitudinal analysis of SARS-CoV-2 infection in human airway epithelium
2020-Jul-13, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.06.081695
PMID:32511382
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）在气液界面培养中进行时间序列分析，揭示了SARS-CoV-2感染的病毒复制、细胞趋向性和宿主-病毒相互作用。 | 发现了新的多聚腺苷酸化病毒转录本，并确认纤毛细胞为主要感染目标；开发了一种新的计算方法CONDENSE，用于分析和比较感染响应中的时间基因动态。 | NA | 深入理解SARS-CoV-2感染和发病机制，为治疗药物的开发提供关键信息。 | 人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 实验感染的人支气管上皮细胞（HBECs）和COVID-19患者样本。 | NA | NA | NA | NA |
| 323 | 2024-08-07 |
DNF: A differential network flow method to identify rewiring drivers for gene regulatory networks
2020-Oct-14, Neurocomputing
IF:5.5Q1
DOI:10.1016/j.neucom.2020.05.028
PMID:34025035
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研究论文 | 本文提出了一种差异网络流（DNF）方法，用于识别基因调控网络中的关键调节因子 | DNF方法通过量化网络流分布的差异，能够从局部到全局捕捉全面的拓扑差异，从而更准确地识别驱动基因 | NA | 旨在开发一种新方法，能够从随机变化和下游效应中分离出真正的调控元件的影响 | 基因调控网络中的关键调节因子 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | NA | NA | 基因组数据 | 四个人类数据集来自癌症基因组图谱和三个小鼠神经和造血分化单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 324 | 2024-08-07 |
STAT3-BDNF-TrkB signalling promotes alveolar epithelial regeneration after lung injury
2020-10, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0569-x
PMID:32989251
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研究论文 | 本文通过全基因组染色质可及性和基因表达分析，研究了急性肺损伤后肺泡上皮再生的机制，特别是STAT3-BDNF-TrkB信号轴的作用。 | 首次揭示了STAT3-BDNF-TrkB信号轴在肺泡上皮再生中的生物学和治疗重要性。 | NA | 阐明肺损伤后肺泡上皮再生的机制。 | 肺泡上皮细胞（AT2和AT1细胞）及其再生过程。 | 数字病理学 | 肺疾病 | 全基因组染色质可及性分析，单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 325 | 2024-08-07 |
SciBet as a portable and fast single cell type identifier
2020-04-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15523-2
PMID:32286268
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SciBet的监督式细胞类型识别工具，该工具能够快速准确地预测新测序细胞的身份，具有速度优势 | SciBet提供了一种快速、鲁棒且技术独立的计算方法，用于单细胞RNA测序数据的监督式细胞类型注释 | NA | 开发一种快速且用户友好的工具，用于单细胞类型识别 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 监督式学习模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 326 | 2024-08-07 |
Human Cell Atlas and cell-type authentication for regenerative medicine
2020-09, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-020-0421-1
PMID:32929224
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综述 | 本文综述了细胞类型鉴定的当前进展，从人类细胞图谱项目到基于细胞数据指南的再生医学的分子标记数据库和其他来源 | 近年来单细胞RNA测序技术的进步为基于RNA特征的细胞个体和时空水平表征开辟了新途径，极大地改变了我们对细胞类型的理解 | NA | 探讨细胞类型鉴定的最新进展及其在再生医学中的应用 | 细胞类型的鉴定及其在组织器官发育研究和细胞疗法及疾病模型中的应用 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 327 | 2024-08-07 |
Red panda: a novel method for detecting variants in single-cell RNA sequencing
2020-Dec-29, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-020-07224-3
PMID:33372593
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Red Panda的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | Red Panda方法在单细胞RNA测序数据中识别变异的准确性和敏感性优于现有软件 | 使用单细胞RNA测序数据识别基因组变异的方法仍有改进空间 | 设计并实现一种新方法，以在单细胞RNA测序数据中准确识别变异 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞（MEFs）及来自MEF比对的模拟数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 人类关节软骨细胞、小鼠胚胎成纤维细胞及模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 328 | 2024-08-07 |
GCNG: graph convolutional networks for inferring gene interaction from spatial transcriptomics data
2020-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02214-w
PMID:33303016
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研究论文 | 本文开发了图卷积神经网络GCNG，用于从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | GCNG能够结合空间信息和表达数据，推断细胞内外的基因相互作用，并提出新的细胞外相互作用基因对 | NA | 开发一种新方法，能够从空间转录组数据中推断基因间的相互作用 | 基因间的相互作用 | 机器学习 | NA | 图卷积神经网络 | GCNG | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 329 | 2024-08-07 |
mTORC1 activation in lung mesenchyme drives sex- and age-dependent pulmonary structure and function decline
2020-11-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-18979-4
PMID:33159078
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型，揭示了LAM特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并探讨了mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 首次揭示了LAM肺特有的间质和过渡性肺泡上皮状态，并发现间质细胞在LAM疾病表型中的协调作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能不完全适用于人类LAM的病理机制。 | 识别LAM肺特有的细胞亚型，并探讨mTORC1激活在肺间质中的性别和年龄依赖性影响。 | 淋巴管平滑肌瘤病（LAM）肺与健康对照肺的细胞亚型。 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | LAM肺与年龄和性别匹配的健康对照肺 | NA | NA | NA | NA |
| 330 | 2024-08-07 |
MAFG-driven astrocytes promote CNS inflammation
2020-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-1999-0
PMID:32051591
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、细胞特异性Ribotag RNA分析、ATAC-seq、ChIP-seq、全基因组DNA甲基化分析及体内CRISPR-Cas9遗传扰动，研究了多发性硬化症及其前临床模型实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）中的星形胶质细胞 | 发现了EAE和多发性硬化症中星形胶质细胞的特征，包括NRF2表达减少和MAFG表达增加，这些细胞通过与MAT2α合作促进DNA甲基化并抑制抗氧化和抗炎转录程序 | NA | 研究星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的作用及其调控机制 | 星形胶质细胞在多发性硬化症和EAE中的异质性及其调控 | 数字病理学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序、ATAC-seq、ChIP-seq、DNA甲基化分析、CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 331 | 2024-08-07 |
Enteric Nervous System-Derived IL-18 Orchestrates Mucosal Barrier Immunity
2020-01-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.12.016
PMID:31923399
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研究论文 | 本文揭示了肠神经系统（ENS）通过产生IL-18在调节抗菌蛋白（AMP）反应中的关键作用 | 首次证明肠神经系统在调控黏膜屏障免疫中的非冗余作用，特别是神经源性IL-18在维持稳态杯状细胞AMP产生中的特定需求 | NA | 探讨肠神经系统在黏膜屏障免疫中的作用 | 肠神经系统、IL-18、抗菌蛋白反应 | 免疫学 | NA | 共聚焦显微镜、单分子荧光原位mRNA杂交（smFISH）、RNA测序、单细胞测序 | NA | 图像、序列数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 332 | 2024-08-07 |
Inference of Intercellular Communications and Multilayer Gene-Regulations of Epithelial-Mesenchymal Transition From Single-Cell Transcriptomic Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.604585
PMID:33488673
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组数据推断细胞间通信和多层基因调控网络，分析和可视化上皮-间质转化（EMT）过程中的复杂细胞间对话和潜在的基因调控动态 | 本文提出了一种结合轨迹分析的方法，揭示了EMT过程中存在具有混合上皮和间质特征的多个中间细胞状态（ICSs），并分析了不同诱导因子下EMT的特定上下文 | NA | 研究EMT过程中的细胞间通信和基因调控网络 | 上皮-间质转化（EMT）过程中的细胞间通信和基因调控动态 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个癌症细胞系的时间序列数据集和老鼠皮肤鳞状细胞癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 333 | 2024-08-07 |
Machine Learning Approaches Identify Genes Containing Spatial Information From Single-Cell Transcriptomics Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.612840
PMID:33633771
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研究论文 | 本文通过机器学习方法从单细胞转录组数据中识别包含空间信息的基因，并重建胚胎的三维结构 | 开发了两种独立的技术，利用Lasso和深度神经网络从高维单细胞测序数据中准确识别包含空间信息的基因，并发现了一些未被怀疑但携带重要位置信息的新基因 | 间接使用完整数据集的信息可能导致数据泄露，从而高估模型的性能 | 参与DREAM组织的单细胞转录组挑战，旨在解决从胚胎中识别包含最多空间信息的基因以及利用这些基因信息重建胚胎三维结构的问题 | 胚胎中的基因及其三维结构 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | Lasso, 深度神经网络 | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 334 | 2024-08-07 |
Database limitations for studying the human gut microbiome
2020, PeerJ. Computer science
DOI:10.7717/peerj-cs.289
PMID:33816940
|
研究论文 | 本文评估了现有数据库在描述模拟人类肠道微生物组方面的能力，并比较了Uniprot知识库与京都基因和基因组百科全书直系同源物（KEGG Orthologs）及进化基因组学：非监督直系同源组（EggNOG）数据库的交叉引用输出。 | 本文首次系统评估了Uniprot知识库与KEGG和EggNOG数据库在人类肠道微生物组研究中的应用效果，并提出了改进建议。 | 由于Uniprot中注释物种数量较少以及大多数物种关联功能数量较少，基于UniProt和KEGG或EggNOG的交叉引用推断功能可能效果不佳。 | 评估现有数据库在人类肠道微生物组研究中的适用性，并提出改进措施。 | 人类肠道微生物组的遗传信息和代谢功能。 | NA | NA | NA | NA | NA | 131个物种和52个属 | NA | NA | NA | NA |
| 335 | 2024-08-07 |
Spatial mapping of single cells in the Drosophila embryo from transcriptomic data based on topological consistency
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.24163.2
PMID:33824719
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研究论文 | 本文通过DREAM单细胞转录组挑战赛，提出了一种基于拓扑一致性的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中恢复果蝇胚胎中单细胞的空间映射 | 本文提出了一种基于拓扑一致性的新方法，通过无监督和监督两种基因选择框架，优化基因权重，并利用细胞拓扑信息提高预测准确性 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序过程中丢失细胞原始空间上下文的问题，以更好地理解细胞和组织水平的功能 | 果蝇胚胎中的单细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 粒子群优化算法 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 336 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA Sequencing in Immunology
2020-Dec, Current genomics
IF:1.8Q3
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在免疫学中的应用及其未来发展方向 | scRNA-seq能够分析复杂的细胞混合物至单个细胞和单个分子水平，适用于多种疾病的免疫反应分析 | NA | 提供单细胞RNA测序在免疫学应用的概述及未来发展方向的展望 | 免疫系统及其在多种病理过程中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 337 | 2024-08-07 |
scAIDE: clustering of large-scale single-cell RNA-seq data reveals putative and rare cell types
2020-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa082
PMID:33575628
|
研究论文 | 本文介绍了一种新的无监督深度学习聚类框架scAIDE，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析，以识别潜在和稀有细胞类型 | scAIDE结合了自动编码器插补网络和距离保持嵌入网络（AIDE）来学习数据表示，并应用基于随机投影哈希的k均值算法来检测稀有细胞类型 | NA | 开发一种准确且高效的计算方法，用于大规模单细胞RNA测序数据的聚类和后分析 | 大规模单细胞RNA测序数据中的潜在和稀有细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自动编码器 | RNA测序数据 | 130万神经细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 338 | 2024-08-07 |
Probe-Seq: Method for RNA Sequencing of Specific Cell Types from Animal Tissue
2020-Sep-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.3749
PMID:33659409
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为Probe-Seq的新方法，用于从动物组织中对特定细胞类型进行RNA测序 | Probe-Seq方法通过使用基因特异性探针与RNA标记物杂交来分离特定类型的细胞，从而实现下游的FACS分离和批量RNA测序 | NA | 开发一种简单、通用的方法，用于对缺乏细胞类型特异性遗传标记或抗体的细胞类型进行批量转录组分析 | 特定细胞类型的RNA测序 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 小鼠视网膜、冷冻人视网膜、中肠和发育中的小鸡视网膜 | NA | NA | NA | NA |
| 339 | 2024-08-07 |
Untangling biological factors influencing trajectory inference from single cell data
2020-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa053
PMID:33575604
|
研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中影响细胞分化轨迹推断的生物学因素 | 提出了一种通过分解单细胞数据来识别和过滤混杂变量（如细胞周期）的方法，以提高分化轨迹推断的准确性 | 未明确提及 | 探讨影响单细胞数据中细胞分化轨迹推断的关键生物学因素 | 单细胞RNA测序数据中的生物学变异 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及 | NA | NA | NA | NA |
| 340 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals regulation of fetal ovary development in the monkey (Macaca fascicularis)
2020-Dec-29, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00219-0
PMID:33372178
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了12,471个来自整个胎儿卵巢的细胞，探讨了原始生殖细胞与微环境细胞之间的相互作用 | 首次在单细胞分辨率下描绘了胎儿卵巢发育的两个生发波，并发现ZGLP1在猴子和老鼠中的表达模式不同，表明其在灵长类动物中可能参与减数分裂的进入而非激活生发程序 | NA | 揭示灵长类动物胎儿卵巢发育的分子和细胞基础 | 胎儿卵巢中的原始生殖细胞和微环境细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 12,471个细胞 | NA | NA | NA | NA |