单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 301 - 320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 301 | 2024-08-07 |
Quantile normalization of single-cell RNA-seq read counts without unique molecular identifiers
2020-07-03, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02078-0
PMID:32620142
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研究论文 | 本文提出了一种针对无唯一分子标识符（UMI）的单细胞RNA测序（scRNA-seq）读取计数的分位数归一化方法，称为准UMI归一化 | 本文创新性地提出了准UMI归一化方法，通过将读取计数归一化为从UMI数据集经验推导出的复合泊松分布，提高了无UMI scRNA-seq数据的准确性 | NA | 研究目的是提高无UMI的scRNA-seq数据的处理准确性 | 研究对象是无UMI的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 302 | 2024-08-07 |
ASAP 2020 update: an open, scalable and interactive web-based portal for (single-cell) omics analyses
2020-07-02, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa412
PMID:32449934
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研究论文 | 开发了一个名为ASAP的基于网络的协作门户，用于单细胞组学数据分析 | ASAP利用Docker系统提高可重复性，并采用新开发的生物信息学方法提高可扩展性，能够处理包含数百万细胞的数据集 | NA | 使单细胞组学数据分析（如scRNA-seq和scATAC-seq）更加普及 | 单细胞组学数据分析 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞组学数据 | 数百万细胞 |
| 303 | 2024-08-07 |
Lineage tracing meets single-cell omics: opportunities and challenges
2020-07, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-020-0223-2
PMID:32235876
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综述 | 本文综述了单细胞组学与谱系追踪技术结合的最新进展、挑战及机遇 | 结合单细胞测序技术和基于测序的谱系追踪方法，能够将克隆关系映射到转录组图谱上，实现分子历史与有丝分裂历史的详细比较 | NA | 探讨发育生物学和干细胞生物学中绘制分化细胞类型发育历史（发生学）的基本目标 | 单细胞测序技术和基于测序的谱系追踪方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | 数百万个单个细胞 |
| 304 | 2024-08-07 |
A single-cell atlas of the peripheral immune response in patients with severe COVID-19
2020-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0944-y
PMID:32514174
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了严重COVID-19患者的外周血单核细胞，揭示了其免疫细胞表型的重构 | 首次提供了严重COVID-19患者外周免疫反应的细胞图谱，并发现外周单核细胞和淋巴细胞不表达大量促炎细胞因子 | 样本量较小，仅包括七名COVID-19患者和六名健康对照 | 阐明严重COVID-19中可能导致免疫病理或保护性免疫的外周免疫细胞途径 | 严重COVID-19患者的外周血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 七名COVID-19患者和六名健康对照 |
| 305 | 2024-08-07 |
Identifying tumor clones in sparse single-cell mutation data
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa449
PMID:32657385
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SBMClone的方法，用于从超低覆盖率的单细胞突变数据中识别肿瘤克隆 | SBMClone使用随机块模型克服了超低覆盖率单细胞测序数据中的稀疏性问题 | 目前方法仅限于分析大型拷贝数异常（CNAs），而单核苷酸突变数据的稀疏性仍是一个挑战 | 开发一种方法，从超低覆盖率的单细胞测序数据中准确推断出共享体细胞单核苷酸突变的细胞集群 | 单细胞全基因组测序数据 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞全基因组测序 | 随机块模型 | 单细胞突变数据 | 两个乳腺癌患者的单细胞全基因组测序数据 |
| 306 | 2024-08-07 |
Robust and accurate deconvolution of tumor populations uncovers evolutionary mechanisms of breast cancer metastasis
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa396
PMID:32657393
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研究论文 | 开发了一种名为RAD的新工具包，用于从多个转录组样本中解卷积出生物学上有意义的肿瘤亚群，并应用于乳腺癌转移数据集 | RAD工具包采用基因模块压缩和混合优化器，提高了RNA数据中的噪声抑制能力，并能准确推断细胞群在转移过程中的适应性变化 | NA | 揭示乳腺癌转移过程中的克隆进化机制 | 乳腺癌转移的肿瘤亚群和进化机制 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 混合优化器 | 转录组数据 | 多个转录组样本 |
| 307 | 2024-08-07 |
Trajectory and Functional Analysis of PD-1high CD4+CD8+ T Cells in Hepatocellular Carcinoma by Single-Cell Cytometry and Transcriptome Sequencing
2020-Jul, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202000224
PMID:32670760
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研究论文 | 本研究通过单细胞流式细胞术和转录组测序分析了肝细胞癌中PD-1高表达的CD4+CD8+ T细胞的轨迹和功能 | 首次系统地描述了肝细胞癌中PD-1DPT细胞的独特分布，并提出了肿瘤相关DPT细胞功能和起源的新见解 | NA | 研究肝细胞癌中免疫微环境的异质性，特别是PD-1高表达的CD4+CD8+ T细胞的功能和起源 | 肝细胞癌中的PD-1高表达CD4+CD8+ T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞流式细胞术，转录组测序 | NA | 细胞 | 17,432,600个免疫细胞，来自39个匹配的肝细胞癌（T）、非肿瘤（N）和前沿（L）样本 |
| 308 | 2024-08-07 |
Localization of Cell Receptor-Related Genes of SARS-CoV-2 in the Kidney through Single-Cell Transcriptome Analysis
2020-Jul, Kidney diseases (Basel, Switzerland)
DOI:10.1159/000508162
PMID:32903321
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了SARS-CoV-2相关细胞受体基因在肾脏中的定位。 | 首次详细分析了ACE2、TMPRSS2和SLC6A19在肾脏不同细胞类型中的表达模式，揭示了这些基因在不同组织中的分布差异。 | 研究主要集中在肾脏，未涵盖所有可能受SARS-CoV-2影响的器官和组织。 | 旨在理解SARS-CoV-2在不同组织，特别是肾脏中的发病机制。 | SARS-CoV-2相关细胞受体基因ACE2、TMPRSS2和SLC6A19在肾脏细胞中的表达。 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用了人类细胞图谱（HCL）和其他相关单细胞转录数据库的数据 |
| 309 | 2024-08-07 |
An atlas for hemocytes in an insect
2020-06-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.59113
PMID:32602836
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序揭示了果蝇幼虫中不同亚型的血细胞 | 利用单细胞RNA测序技术首次详细描述了果蝇幼虫血细胞的亚型 | NA | 探索果蝇幼虫血细胞的亚型及其特性 | 果蝇幼虫的血细胞 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 310 | 2024-08-07 |
Temporal specificity and heterogeneity of Drosophila immune cells
2020-06-17, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2020104486
PMID:32162708
|
research paper | 本文通过批量RNA测序和单细胞RNA测序研究了果蝇免疫细胞（血细胞）在胚胎和幼虫阶段的异质性及其在不同生理过程中的作用 | 首次构建了果蝇血细胞的分子图谱，并发现了在黄蜂侵扰下血细胞群中出现的新型血细胞类型——片状细胞 | NA | 研究果蝇免疫细胞的异质性及其在不同生理过程中的作用 | 果蝇免疫细胞（血细胞）在胚胎和幼虫阶段的异质性及其在不同生理过程中的作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 涉及十四种血细胞群 |
| 311 | 2024-08-07 |
Cell Atlas of The Human Fovea and Peripheral Retina
2020-06-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-66092-9
PMID:32555229
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了来自人类成人供体的85,000个细胞的转录组，以深入了解视网膜疾病的病因 | 首次构建了人类中央凹和周边视网膜的细胞图谱，并比较了人类与猕猴的细胞类型表达模式 | NA | 深入理解导致失明的视网膜疾病的病因 | 人类中央凹和周边视网膜的细胞 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 85,000个细胞，来自7名成年人类供体 |
| 312 | 2024-08-07 |
A Multiplexed Barcodelet Single-Cell RNA-Seq Approach Elucidates Combinatorial Signaling Pathways that Drive ESC Differentiation
2020-06-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.04.020
PMID:32459995
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研究论文 | 本文介绍了一种名为barRNA-seq的单细胞RNA测序方法，通过使用RNA“条形码”标记单个细胞，系统地探索细胞扰动，并应用于同时操纵多达七种发育途径，研究其对胚胎干细胞（ESC）胚层分化和中胚层分化的影响。 | barRNA-seq方法的创新之处在于能够同时操纵多个发育途径，并通过RNA条形码标记细胞，从而系统地探索细胞扰动。 | NA | 研究目的是阐明驱动胚胎干细胞分化的组合信号通路，并开发一种数据驱动的框架来识别驱动细胞向特定命运的组合信号扰动。 | 研究对象包括胚胎干细胞（ESC）的胚层分化和中胚层分化，以及通过组合信号通路激活对基因表达的影响。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 涉及多达七个发育途径的细胞样本 |
| 313 | 2024-08-07 |
Unravelling the heterogeneity and dynamic relationships of tumor-infiltrating T cells by single-cell RNA sequencing analysis
2020-06, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.6MR0320-234R
PMID:32272497
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review | 本文综述了单细胞RNA测序技术在解析肿瘤浸润T细胞异质性和动态关系方面的最新进展 | 结合深度转录组信息与T细胞受体（TCR）基的谱系追踪，深入理解肿瘤内T细胞群体 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何揭示肿瘤浸润T细胞的异质性及功能意义 | 肿瘤浸润T细胞的异质性、克隆扩增、迁移及效应功能 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | RNA | NA |
| 314 | 2024-08-07 |
Tissue-resident macrophages promote extracellular matrix homeostasis in the mammary gland stroma of nulliparous mice
2020-06-01, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.57438
PMID:32479261
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研究论文 | 本文研究了组织驻留巨噬细胞在未产雌鼠乳腺基质中促进细胞外基质稳态的作用 | 通过转录组分析和单细胞RNA测序，发现了在未产雌鼠乳腺中存在一种表达Lyve-1的特殊基质巨噬细胞亚群，该亚群与细胞外基质（ECM）重塑相关 | NA | 探讨巨噬细胞在未产雌鼠乳腺基质中的作用及其对细胞外基质稳态的影响 | 未产雌鼠乳腺中的组织驻留巨噬细胞及其在基质中的功能 | NA | NA | 转录组分析，单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据，单细胞RNA测序数据 | 未产雌鼠乳腺组织中的巨噬细胞亚群 |
| 315 | 2024-08-07 |
Molecular design of hypothalamus development
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2266-0
PMID:32499648
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、基因调控网络筛选和基于全基因组关联研究的疾病表型分析，以及遗传谱系重建，揭示了在妊娠中期由不同的基因调控网络控制的九种胶质细胞和三十三种神经元亚型的生成 | 首次展示了组合分子代码如何从神经递质、神经肽和转录因子中解码下丘脑神经元的分类层次，并发现γ-氨基丁酸（GABA）和多巴胺神经元的分化依赖于准稳定中间状态 | NA | 揭示下丘脑发育的分子设计原理 | 下丘脑的神经元和胶质细胞多样性 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因调控网络 | 基因组数据 | 51,199个源自外胚层的鼠细胞 |
| 316 | 2024-08-07 |
Applications of single-cell sequencing for the field of otolaryngology: A contemporary review
2020-Jun, Laryngoscope investigative otolaryngology
IF:1.6Q2
DOI:10.1002/lio2.388
PMID:32596483
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在耳鼻喉科学领域的应用 | scRNA-Seq技术能够揭示患者组织中的异质性和罕见细胞类型，有助于疾病发病机制的理解和新疾病生物标志物或药物靶点的发现 | scRNA-Seq技术在临床应用中存在一定的局限性 | 旨在激发scRNA-Seq在耳鼻喉科学中的应用，并通过实例展示其在临床医学中的应用潜力 | 主要研究对象包括小鼠听觉系统（包括内耳的毛细胞和支持细胞、螺旋神经节神经元和内耳类器官）以及人类初级细胞样本 | 数字病理学 | 耳鼻喉疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA数据 | 涉及小鼠听觉系统及人类初级细胞样本 |
| 317 | 2024-08-07 |
Molecular atlas of the adult mouse brain
2020-06, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abb3446
PMID:32637622
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research paper | 本文通过全脑空间转录组学技术，对成年小鼠大脑进行了系统的分子分类，揭示了大脑的复杂神经解剖结构。 | 本文通过无偏倚的空间定义特征识别，发现分子信息足以推导出大脑的复杂和详细的神经解剖组织结构，并揭示了新的区域和层次特异性亚区域。 | NA | 旨在基于空间定义特征的无偏倚识别，生成成年小鼠大脑的系统分类。 | 成年小鼠大脑的神经解剖结构和分子组织。 | digital pathology | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年小鼠大脑 |
| 318 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analyses Reveal Megakaryocyte-Biased Hematopoiesis in Myelofibrosis and Identify Mutant Clone-Specific Targets
2020-05-07, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.008
PMID:32386542
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学、蛋白质组学、基因组学和功能测试，分析了骨髓纤维化中的造血干细胞和前体细胞，揭示了骨髓纤维化中巨核细胞偏向性造血的现象，并识别了突变克隆特异性靶点 | 本研究首次通过单细胞多组学技术，揭示了骨髓纤维化中巨核细胞偏向性造血的细胞和分子基础，并提供了早期验证的免疫治疗潜在靶点G6B | NA | 确定骨髓纤维化中异常巨核细胞生成的细胞和分子基础 | 骨髓纤维化中的造血干细胞和前体细胞 | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞转录组学、单细胞蛋白质组学、基因组学 | NA | 单细胞数据 | 135,929个CD34系造血干细胞和前体细胞 |
| 319 | 2024-08-07 |
A Quantitative Framework for Evaluating Single-Cell Data Structure Preservation by Dimensionality Reduction Techniques
2020-05-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107576
PMID:32375029
|
研究论文 | 本文提出了一种无偏框架，用于评估降维技术在单细胞数据结构保留方面的性能 | 定义了全局和局部结构保留的度量标准，并展示了不同降维方法在实际和合成单细胞RNA测序数据集上的表现 | NA | 评估降维技术在单细胞数据结构保留方面的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了离散和连续的实际和合成单细胞RNA测序数据集 |
| 320 | 2024-08-07 |
SCARLET: Single-cell tumor phylogeny inference with copy-number constrained mutation losses
2020-04-22, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.04.001
PMID:32864481
|
research paper | 本文介绍了一种名为SCARLET的算法，用于从单细胞DNA测序数据中推断肿瘤谱系，同时考虑了由拷贝数异常（CNA）驱动的单核苷酸变异（SNV）丢失和测序错误。 | SCARLET算法在模拟数据上优于现有方法，能更准确地推断出突变获取的顺序和单个细胞中的突变。 | NA | 开发一种新的算法来更准确地从单细胞测序数据中推断肿瘤的进化历史。 | 单细胞DNA测序数据，特别是涉及拷贝数异常和单核苷酸变异的肿瘤数据。 | digital pathology | colorectal cancer | single-cell DNA sequencing | NA | single-cell DNA sequencing data | 使用了一个来自结直肠癌患者的单细胞数据集 |