单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
281	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals β Cell Maturation in Stem Cell-Derived Islets after Transplantation 2020-08-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.108067 PMID:32846125	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了移植后干细胞衍生的胰岛β细胞的成熟过程	首次详细描述了移植后干细胞衍生的β细胞在转录水平和功能上的成熟变化	NA	探究干细胞衍生的胰岛β细胞在移植后的成熟过程	干细胞衍生的胰岛β细胞及其成熟过程	数字病理学	糖尿病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
282	2024-08-07	Differentiation of Human Intestinal Organoids with Endogenous Vascular Endothelial Cells 2020-08-24, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2020.07.023 PMID:32841595	研究论文	本文开发了一种方法来扩展和维持人肠道类器官（HIOs）中内源性内皮细胞（ECs）的群体，形成血管化的HIOs（vHIOs）	首次在HIOs中维持和扩展内源性内皮细胞群体，并展示了这些细胞与原生肠道内皮细胞的高度相似性	NA	研究如何扩展和维持人肠道类器官中的内源性内皮细胞群体	人多能干细胞衍生的肠道类器官及其内皮细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	NA
283	2024-08-07	Advancing brain barriers RNA sequencing: guidelines from experimental design to publication 2020-Aug-18, Fluids and barriers of the CNS IF:5.9Q1 DOI:10.1186/s12987-020-00207-2 PMID:32811511	研究论文	本文基于欧洲博士培训网络BtRAIN的经验，为脑屏障RNA测序研究提供从实验设计到发表的指南	提出了下一代转录组分析在脑屏障研究中的新资源，强调了跨学科合作在RNA-Seq研究中的重要性	NA	旨在深化对脑屏障分子机制的理解，并促进脑屏障研究者与生物信息学家的合作	脊椎动物的脑屏障，特别是内皮血脑屏障和上皮血脑脊液屏障	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA-Seq数据集	NA
284	2024-08-07	Demystifying "drop-outs" in single-cell UMI data 2020-08-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02096-y PMID:32762710	研究论文	本文通过广泛分析多种UMI数据集，提出在scRNA-seq数据处理流程中，聚类应作为首要步骤，并介绍了一种新的框架HIPPO，该框架利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合	提出了一种新的框架HIPPO，该框架通过利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合，提高了下游分析的灵活性和可解释性	NA	探讨单细胞UMI数据中“drop-outs”现象的处理方法	单细胞RNA测序数据中的UMI数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	数据	多种UMI数据集
285	2024-08-07	Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 infection in the lung epithelium 2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2020.05.22.111187 PMID:32511364	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和RNA原位杂交技术，探讨了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系	首次揭示了SARS-CoV-2在不同年龄段肺上皮细胞中的表达模式，并提出了发育调节可能影响儿童对严重呼吸疾病的相对保护	NA	探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系	SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及年龄影响	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（ISH）	NA	RNA	包括小鼠和人类的肺组织样本，以及COVID-19死亡病例的尸检组织
286	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of adult mouse pituitary reveals sexual dimorphism and physiologic demand-induced cellular plasticity 2020-08, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-020-00705-x PMID:32193873	研究论文	本文通过大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）和互补的基于图像的单细胞mRNA和蛋白质分析，系统地绘制了成年雄性和雌性小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性	揭示了成年垂体中未预料到的细胞复杂性和可塑性，并提供了一个丰富的资源来进一步验证和扩展我们对垂体基因表达程序和激素产生的分子理解	NA	研究成年小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性	成年雄性和雌性小鼠的垂体	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	成年雄性和雌性小鼠的垂体样本
287	2024-08-07	Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing 2020-Aug, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-0470-y PMID:32231336	研究论文	本文介绍了一种名为直接捕获Perturb-seq的新型单细胞CRISPR筛选方法，该方法能够直接测序单细胞转录组和表达的sgRNAs，从而实现对多个不同sgRNA序列的检测。	直接捕获Perturb-seq方法的创新之处在于能够直接测序sgRNAs，使得单细胞CRISPR筛选与组合扰动库的配对更加容易，并能提高CRISPR干扰和激活的效率。	NA	探索哺乳动物基因功能和遗传调控网络，以及研究基因间的相互作用。	单细胞CRISPR筛选技术及其在基因相互作用和遗传调控网络中的应用。	基因编辑	NA	CRISPR, 单细胞测序	NA	RNA	NA
288	2024-08-07	The intersectional genetics landscape for humans 2020-08-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaa083 PMID:32761099	研究论文	本文系统评估了人类基因组中交叉遗传学的景观，并展示了这些方法在未来的基因传递技术中的潜力	开发了启发式和算法来检索和质量排序“AND”门交叉点，并提出了“多功能入口代码”（VEnCodes）的概念	NA	系统评估人类基因组中交叉遗传学的景观	人类基因组中的交叉遗传学	遗传学	NA	CAGE-seq	NA	基因表达数据	154种主要细胞类型和158种癌细胞类型
289	2024-08-07	Chronic myelomonocytic leukaemia stem cell transcriptomes anticipate disease morphology and outcome 2020-Aug, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2020.102904 PMID:32763828	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了慢性髓单核细胞白血病（CMML）患者的干细胞转录组，揭示了疾病形态和预后的相关性	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CMML干细胞转录组的异质性，并预测了疾病形态和预后	NA	探究CMML干细胞转录组的异质性及其与疾病形态和预后的关系	CMML患者的Lin-CD34+CD38-干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组	6826个Lin-CD34+CD38-干细胞
290	2024-08-07	Mapping Cellular Coordinates through Advances in Spatial Transcriptomics Technology 2020-07-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2020.0020 PMID:32507771	综述	本文综述了空间转录组学技术的发展及其在获取细胞原位基因表达信息中的应用	介绍了通过整合成像和位置条码技术来获取细胞位置信息的方法	目前方法主要依赖于组织中细胞的物理分离，导致位置信息缺失	探讨空间转录组学技术在理解组织结构依赖性和位置依赖性细胞功能中的应用	细胞间的通信及其在组织稳态中的基本过程	NA	NA	单细胞RNA测序技术	NA	基因表达数据	NA
291	2024-08-07	GMM-Demux: sample demultiplexing, multiplet detection, experiment planning, and novel cell-type verification in single cell sequencing 2020-07-30, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02084-2 PMID:32731885	研究论文	本文提出了一种基于高斯混合模型的多重检测方法GMM-Demux，用于单细胞RNA测序中的样本解复用、多重检测、实验规划和新细胞类型验证	GMM-Demux通过样本条形码技术，包括细胞哈希和MULTI-seq，准确识别并移除多重样本，并使用液滴形成模型验证从scRNA-seq数据中发现的可疑细胞类型	NA	提高单细胞RNA测序的可扩展性和可靠性	单细胞RNA测序中的多重样本检测和新细胞类型验证	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	RNA测序数据	在PBMC数据集中识别了9种由多重样本引起的人工细胞类型
292	2024-08-07	Combining single-cell RNA-sequencing with a molecular atlas unveils new markers for Caenorhabditis elegans neuron classes 2020-07-27, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa486 PMID:32542321	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序和分子图谱，揭示了Caenorhabditis elegans神经元类别的新标记	设计了一种迭代聚类分析方法，成功将97种神经元类别分配到聚类中，并设计了15种新的神经元类别特异性启动子	仅成功分配了118种神经元类别中的97种，且部分聚类包含具有相似分子特征的神经元类别	通过单细胞RNA测序和分子图谱，识别和验证Caenorhabditis elegans神经元类别的新标记	Caenorhabditis elegans的神经元类别及其分子特征	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	迭代聚类分析	基因表达数据	约800个基因在单细胞分辨率下的表达模式
293	2024-08-07	High-dimensional single-cell analysis delineates radiofrequency ablation induced immune microenvironmental remodeling in pancreatic cancer 2020-07-27, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-020-02787-1 PMID:32719347	研究论文	本研究通过同源肿瘤模型和单细胞RNA及T细胞受体测序，探讨了射频消融（RFA）治疗后远处非RFA肿瘤中肿瘤浸润免疫细胞的改变	首次揭示了RFA治疗在胰腺癌小鼠模型中对远处非RFA肿瘤免疫微环境的重组作用，并提出RFA与免疫检查点抑制剂联合治疗可能是一种有效的治疗策略	NA	探讨RFA治疗对远处肿瘤免疫微环境的影响	胰腺癌小鼠模型中的肿瘤浸润免疫细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA	NA
294	2024-08-07	Single-cell RNA-seq analysis reveals ploidy-dependent and cell-specific transcriptome changes in Arabidopsis female gametophytes 2020-07-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02094-0 PMID:32698836	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了拟南芥四倍体和同源二倍体雌配子细胞的转录组变化	揭示了四倍体植物中单细胞转录组丰度与细胞大小的关系，并发现了新的雌配子细胞特异性转录本	研究主要集中在拟南芥的雌配子细胞，对其他植物或细胞类型的适用性有待进一步验证	探讨多倍体对植物细胞转录组变化的影响	拟南芥的四倍体和二倍体雌配子细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	拟南芥四倍体和二倍体雌配子细胞
295	2024-08-07	Biological and Medical Importance of Cellular Heterogeneity Deciphered by Single-Cell RNA Sequencing 2020-07-22, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9081751 PMID:32707839	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解析细胞异质性方面的最新进展	探讨了将机器学习与人工智能与先进的scRNA-seq技术结合的可能性，为未来设计精准医疗和靶向治疗提供基础	目前scRNA-seq技术的局限性，如在原位和体内进行scRNA-seq的挑战	探讨scRNA-seq技术在解析细胞异质性及其在病理学中的作用	细胞异质性在各种器官、体液和病理（如癌症和阿尔茨海默病）中的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
296	2024-08-07	Single-cell lineage analysis reveals genetic and epigenetic interplay in glioblastoma drug resistance 2020-07-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02085-1 PMID:32669109	研究论文	本文通过结合细胞谱系条形码和单细胞转录组学技术，追踪了在RTK抑制剂治疗下，干细胞样胶质母细胞瘤细胞中药物抗性的出现	本文创新地揭示了遗传和表观遗传机制在胶质母细胞瘤药物抗性中的相互作用	NA	研究胶质母细胞瘤中遗传和表观遗传变化如何影响肿瘤内异质性及药物抗性	胶质母细胞瘤细胞及其对RTK抑制剂的抗性	数字病理学	脑瘤	单细胞转录组学	NA	基因组数据	涉及多种条形码谱系的干细胞样胶质母细胞瘤细胞
297	2024-08-07	Integrating Deep Supervised, Self-Supervised and Unsupervised Learning for Single-Cell RNA-seq Clustering and Annotation 2020-07-14, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes11070792 PMID:32674393	研究论文	本文提出了一种新的端到端细胞监督聚类和注释框架scAnCluster，用于单细胞RNA测序数据的聚类和注释	该框架集成了深度监督学习、自监督学习和无监督学习技术，能够有效利用参考数据中的细胞类型标签来辅助目标数据的无标签细胞聚类和注释	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的聚类和注释过程	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度学习模型	基因表达数据	NA
298	2024-08-07	DISC: a highly scalable and accurate inference of gene expression and structure for single-cell transcriptomes using semi-supervised deep learning 2020-07-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-020-02083-3 PMID:32650816	研究论文	本文开发了一种名为DISC的新型深度学习网络，利用半监督学习方法来推断由dropouts掩盖的基因结构和表达	DISC在十个真实世界数据集上与七种最先进的填补方法相比，持续表现出更优的性能	填补方法可能会不可避免地引入错误信号	提高单细胞转录组中基因表达和细胞类型分类的准确性	单细胞转录组中的基因表达和结构	机器学习	NA	深度学习	深度学习网络	转录组数据	十个真实世界数据集
299	2024-08-07	Searching large-scale scRNA-seq databases via unbiased cell embedding with Cell BLAST 2020-07-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-17281-7 PMID:32651388	研究论文	本文介绍了一种基于神经网络生成模型和定制细胞间相似度度量的细胞查询方法Cell BLAST，用于大规模单细胞RNA测序数据库的查询和注释	提出了Cell BLAST方法，该方法基于神经网络生成模型和定制的细胞间相似度度量，能够有效处理批次效应并准确注释细胞类型和细胞分化潜能	NA	开发一种高效且准确的细胞查询方法，以利用现有注释来注释新测序的细胞	单细胞RNA测序数据中的细胞类型和细胞分化潜能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	神经网络	单细胞RNA测序数据	大规模单细胞RNA测序数据库
300	2024-08-07	A transcriptomic map of murine and human alopecia areata 2020-07-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.137424 PMID:32453712	研究论文	本文利用单细胞测序技术揭示了小鼠和人类斑秃（AA）中免疫细胞的独特表达谱	首次通过单细胞测序技术在小鼠AA中发现CD4+和CD8+ T细胞的克隆扩增，并验证了这些发现与人类AA的相关性	NA	揭示斑秃（AA）中免疫细胞的表达特征，并探索其在小鼠和人类中的相关性	小鼠和人类的斑秃（AA）	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及