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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-11-17 |
Single-Cell Transcriptional Archetypes of Airway Inflammation in Cystic Fibrosis
2020-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202004-0991OC
PMID:32603604
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研究论文 | 本文首次对囊性纤维化患者的痰液进行了单细胞转录组分析,定义了气道免疫功能障碍的转录特征 | 首次对囊性纤维化患者的痰液进行单细胞转录组分析,并定义了基于表达的细胞功能和成熟度特征,称为转录原型 | 样本量较小,仅包括9名囊性纤维化患者和5名健康对照者 | 研究囊性纤维化患者气道免疫功能障碍的转录特征及其在疾病发病机制中的作用 | 囊性纤维化患者的痰液细胞 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9名囊性纤维化患者和5名健康对照者的痰液细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 262 | 2024-11-09 |
Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Docetaxel Resistance in Prostate Cancer Cells
2020-09, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0051
PMID:32513898
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析,揭示了核蛋白1(NUPR1)在前列腺癌细胞对多西他赛耐药性中的调控作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出NUPR1作为前列腺癌多西他赛耐药性的关键调控因子 | 仅限于DU145和PC3两种前列腺癌细胞系的研究,结果的普适性有待进一步验证 | 探讨前列腺癌细胞对多西他赛耐药性的分子机制 | DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体 | NA | NA | NA | NA |
| 263 | 2024-10-21 |
Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies
2020-10-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022
PMID:32961131
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研究论文 | 研究报告了脑壁细胞表达CD19,可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点 | 首次发现脑壁细胞表达CD19,为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释 | 小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低,限制了神经毒性的临床前动物模型 | 探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点 | 脑壁细胞及其CD19表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和鼠类脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 264 | 2024-10-14 |
A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors
2020-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0844-1
PMID:32405060
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研究论文 | 本文开发了一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序工具箱 | 本文首次系统地开发了一个工具箱,用于同时处理新鲜和冷冻临床肿瘤样本的单细胞和单核RNA测序 | 本文主要集中在工具箱的开发和初步验证,未涉及其在实际临床应用中的长期效果 | 开发和验证一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序的系统工具箱 | 新鲜和冷冻的人类肿瘤样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq)和单核RNA测序(snRNA-Seq) | NA | RNA | 216,490个细胞和核,来自40个样本,涵盖23个标本,涉及8种肿瘤类型 | NA | NA | NA | NA |
| 265 | 2024-10-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes
2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023
PMID:32396851
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤内异质性,并探讨了其对临床结果的影响 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性,并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素 | 研究样本量有限,且主要基于TCGA数据集,可能存在数据偏倚 | 探讨透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响 | 透明细胞肾细胞癌(ccRCC)的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 533名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 266 | 2024-10-04 |
Atlas of Musculoskeletal Stem Cells with the Soft and Hard Tissue Differentiation Architecture
2020-Dec, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202000938
PMID:33304744
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研究论文 | 研究通过高吞吐量单细胞RNA测序分析了E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞,揭示了肌肉骨骼干细胞(MSSC)及其在软硬组织分化中的架构 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了肌肉骨骼干细胞的身份及其在软硬组织分化中的架构,并验证了Scx基因在MSSC自我更新和增殖潜力中的作用 | 研究主要集中在小鼠模型上,尚未在人类样本中验证结果 | 揭示肌肉骨骼干细胞在肢体发育中的分子机制和细胞程序 | E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的肌肉骨骼干细胞及其分化架构 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | E10.5、E12.5和E15.5小鼠肢体的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 267 | 2024-10-04 |
Delineation of a molecularly distinct terminally differentiated memory CD8 T cell population
2020-10-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2008571117
PMID:32978300
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研究论文 | 本文描述了一种分子上独特的终末分化记忆CD8 T细胞群体的特征 | 本文首次识别并描述了一种终末分化效应记忆CD8 T细胞群体(terminal-Tem),该群体在功能和转录上与传统的效应记忆细胞(Tem)不同 | 本文主要基于小鼠和健康人类个体的研究,未来需要在更多样本和不同疾病状态下验证terminal-Tem的存在和功能 | 研究目的是识别和描述一种新的终末分化记忆CD8 T细胞群体,并探讨其对免疫记忆和免疫治疗的影响 | 研究对象是终末分化效应记忆CD8 T细胞(terminal-Tem)及其与传统效应记忆细胞(Tem)的区别 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序(RNA-seq)和质谱流式细胞术 | NA | 细胞 | 小鼠和健康人类个体的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 268 | 2024-10-02 |
Macrophage HIF-1α Is an Independent Prognostic Indicator in Kidney Cancer
2020-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-19-3890
PMID:32586940
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研究论文 | 研究探讨了巨噬细胞中的HIF-1α在肾癌中的独立预后作用 | 首次全面评估了HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性,并发现巨噬细胞中的HIF-1α与肿瘤进展和抗血管生成治疗的耐药性相关 | 研究样本量有限,且未涵盖所有可能的临床相关性 | 评估HAF/HIFs在透明细胞肾细胞癌中的临床相关性 | 透明细胞肾细胞癌患者的肿瘤组织 | NA | 肾癌 | 单细胞mRNA测序(scRNA-seq),RNA原位杂交(RNA-ISH),免疫组化(IHC) | NA | 组织 | 380名患者的肿瘤组织,72名患者的验证样本,57名接受抗血管生成治疗的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 269 | 2024-10-01 |
μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells
2020-11-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d0lc00169d
PMID:32931539
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台,用于高分辨率成像和单细胞测序 | μCB-seq通过一种新的制造方法,在微流控设备的可寻址反应室中预加载带有已知条形码序列的引物,从而实现了单细胞的高分辨率成像和测序 | NA | 结合单细胞RNA测序和光学成像,提供全面的单细胞分析,整合基因表达谱和细胞状态表征 | 单细胞 | 数字病理学 | NA | 微流控技术 | NA | 图像和文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 270 | 2024-10-01 |
A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors
2020-May-27, SSRN
DOI:10.2139/ssrn.3611279
PMID:32714119
|
研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据分析了人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况 | 首次构建了人类冠状病毒进入因子在多种健康人体组织中的单细胞RNA表达图谱,揭示了SARS-CoV-2在不同器官中的潜在感染路径 | 研究主要基于健康人体组织的单细胞RNA测序数据,未涉及疾病状态下的组织样本 | 预测人类冠状病毒的宿主嗜性,并分析其在不同人体组织中的潜在感染路径 | 人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 28个SCARFs,涵盖多种健康人体组织 | NA | NA | NA | NA |
| 271 | 2024-09-15 |
Increased Tau Expression Correlates with Neuronal Maturation in the Developing Human Cerebral Cortex
2020 May/Jun, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0058-20.2020
PMID:32393582
|
研究论文 | 研究探讨了tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达变化及其与神经元成熟的关系 | 首次在细胞水平上详细描述了tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达模式,并揭示了tau表达与神经元成熟之间的关联 | 研究主要基于现有数据和体外模型,缺乏直接的体内实验验证 | 探讨tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达模式及其与神经元成熟的关系 | tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(sc-RNAseq)、RNA原位杂交(RNAscope)、免疫组织化学(IHC) | NA | RNA | 包括发育中的人类大脑组织和诱导多能干细胞(iPSC)衍生的皮质类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 272 | 2024-09-11 |
A Molecular Calcium Integrator Reveals a Striatal Cell Type Driving Aversion
2020-12-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.11.015
PMID:33308478
|
研究论文 | 本文介绍了一种分子技术FLiCRE,用于稳定标记表现出细胞内钙浓度增加的细胞,并在小鼠伏隔核中使用单细胞RNA测序检测FLiCRE转录本 | 开发了一种新的分子技术FLiCRE,能够在细胞内钙浓度增加时稳定标记细胞,并利用单细胞RNA测序同时读取细胞类型和钙激活历史 | NA | 开发一种分子技术,用于精确分析、选择和重新编程异质细胞群体 | 小鼠伏隔核中的神经元群体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠伏隔核中的神经元群体 | NA | NA | NA | NA |
| 273 | 2024-09-11 |
Single-cell transcriptome analysis of the novel coronavirus (SARS-CoV-2) associated gene ACE2 expression in normal and non-obstructive azoospermia (NOA) human male testes
2020-07, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1705-0
PMID:32361911
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研究论文 | 研究分析了新型冠状病毒(SARS-CoV-2)相关基因ACE2在正常和非梗阻性无精子症(NOA)男性睾丸中的单细胞转录组表达 | 首次通过单细胞RNA测序分析了ACE2在不同睾丸细胞类型中的表达,并发现了ACE2在Sertoli细胞中的高表达 | 研究样本量有限,仅包括853个胚胎原始生殖细胞和2854个正常睾丸细胞,以及228个NOA患者的Sertoli细胞 | 评估SARS-CoV-2病毒对男性生殖系统的潜在影响 | 正常和非梗阻性无精子症(NOA)男性睾丸中的ACE2表达 | 基因组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 853个胚胎原始生殖细胞,2854个正常睾丸细胞,228个NOA患者的Sertoli细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 274 | 2024-09-06 |
Coronavirus disease-19 and fertility: viral host entry protein expression in male and female reproductive tissues
2020-07, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.05.001
PMID:32622411
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研究论文 | 研究分析了男性和女性生殖系统中SARS-CoV-2感染风险相关的细胞类型 | 首次系统分析了男性和女性生殖组织中SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因和蛋白的表达情况 | 研究基于已有的基因和蛋白表达数据,未涉及临床患者样本 | 识别男性和女性生殖系统中因表达SARS-CoV-2进入细胞所需基因和蛋白而易受感染的细胞类型 | 男性和女性生殖系统中的细胞类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 18个人类卵丘细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 275 | 2024-08-29 |
CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data
2020-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13779-x
PMID:31900397
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法,用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异(CNV)事件 | CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用,并利用高效的B-allele频率(BAF)信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正 | NA | 开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件 | 拷贝数变异(CNV)事件 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 信号处理方法 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 276 | 2024-08-22 |
Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines
2020-07, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-020-0851-5
PMID:32362655
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研究论文 | 本研究通过综合单细胞和批量基因表达以及ATAC-seq数据,揭示了HNSCC敏感细胞系中与西妥昔单抗耐药相关的异质性和早期通路变化 | 首次生成了敏感头颈鳞状细胞癌(HNSCC)细胞的综合多组学数据,以识别西妥昔单抗的即时反应 | NA | 识别肿瘤细胞在仍对治疗有反应时潜在的耐药机制,以延迟获得性耐药 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)敏感细胞系中西妥昔单抗耐药的早期反应和相关通路 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 多个HNSCC敏感细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 277 | 2024-08-22 |
Single-Cell RNA Sequencing for Precision Oncology: Current State-of-Art
2020, Journal of the Indian Institute of Science
IF:1.8Q2
DOI:10.1007/s41745-020-00178-1
PMID:32837038
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在精准肿瘤学中的应用现状,包括数据处理步骤和其在精准肿瘤学中的意义 | scRNA-seq技术为肿瘤内异质性(ITH)及其在药物抗性和转移中的影响提供了前所未有的见解 | NA | 为进入scRNA-seq领域的新人提供框架和指南 | scRNA-seq技术的分析步骤和其在精准肿瘤学中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 278 | 2024-08-16 |
Systematic evaluation of transcriptomic disease risk and diagnostic biomarker overlap between COVID-19 and tuberculosis: a patient-level meta-analysis
2020-Nov-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.11.25.20236646
PMID:33269371
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研究论文 | 本文通过患者层面的荟萃分析,评估了COVID-19和结核病之间转录组疾病风险和诊断生物标志物的重叠。 | 首次系统地分析了COVID-19和结核病在转录组层面的相互作用,并识别了共享的基因本体论扰动。 | 研究主要基于RNA测序数据,可能无法全面反映所有相关生物标志物。 | 旨在理解COVID-19和结核病之间的相互作用,并识别潜在的共享生物标志物。 | COVID-19和结核病患者的转录组数据。 | 数字病理学 | 肺结核 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 35个COVID-19基因签名来自9项研究,共98个样本;1181个结核病RNA测序数据样本来自853名个体。 | NA | NA | NA | NA |
| 279 | 2024-08-16 |
Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-0168-9
PMID:32377375
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面描述了COVID-19恢复期患者外周血单个核细胞的转录变化 | 首次揭示了COVID-19恢复早期阶段的炎症免疫特征,并识别了新的B细胞受体信号,可能促进COVID-19疫苗和抗体的开发 | NA | 旨在阐明COVID-19恢复期患者免疫细胞亚群的变化及其状态 | COVID-19恢复期患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过1,200,000名COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 280 | 2024-08-14 |
Aortic heterogeneity across segments and under high fat/salt/glucose conditions at the single-cell level
2020-May, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa038
PMID:34692110
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,分析了在正常和高血糖、高盐饮食或高脂肪摄入条件下,小鼠升主动脉、主动脉弓以及胸腹主动脉段的细胞异质性 | 首次揭示了主动脉不同段在单细胞水平上的异质性,并探讨了代谢病理条件对其的影响 | NA | 研究主动脉不同段在单细胞水平上的异质性及其在代谢病理条件下的变化 | 小鼠的升主动脉、主动脉弓、胸腹主动脉段细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 216,612个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |