单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 261 - 280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 261 | 2024-08-07 |
A hybrid deep clustering approach for robust cell type profiling using single-cell RNA-seq data
2020-10, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.074427.119
PMID:32532794
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研究论文 | 本文开发了一种新的混合深度聚类方法DUSC，用于使用单细胞RNA测序数据进行稳健的细胞类型分析 | DUSC方法结合了基于深度学习架构的特征生成和模型基础的聚类算法，能够生成紧凑且信息丰富的单细胞转录组数据表示，并生成稳健的聚类 | NA | 解决现有方法在处理单细胞RNA测序数据中大量噪声和细胞类型差异变异时的不足 | 单细胞RNA测序数据中的细胞亚型和特定细胞状态 | 机器学习 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 转录组数据 | 来自三阴性乳腺癌肿瘤的单细胞转录组数据集 |
| 262 | 2024-08-07 |
A human circulating immune cell landscape in aging and COVID-19
2020-10, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00762-2
PMID:32780218
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、质谱流式细胞术和单细胞ATAC测序，比较了年轻和老年受试者以及COVID-19患者外周血中免疫细胞类型的变化 | 首次全面详细地描述了随着年龄增长，人类循环免疫细胞的变化情况，并揭示了COVID-19如何促进与年龄相关的免疫细胞极化和基因表达 | NA | 研究年龄和COVID-19对人类循环免疫细胞景观的影响 | 年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血免疫细胞 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 细胞 | 年轻和老年受试者以及COVID-19患者的外周血样本 |
| 263 | 2024-08-07 |
Understanding human gut diseases at single-cell resolution
2020-09-30, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa130
PMID:32588873
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在深入理解人类肠道功能和病理生理学中的应用 | scRNA-seq技术揭示了人类肠道中细胞多样性和转录变异的新领域，并识别了可能与多种肠道疾病相关的新型细胞类型 | NA | 深入理解人类肠道在健康和多种肠道疾病中的功能 | 人类肠道中的细胞类型及其在疾病中的作用 | 数字病理学 | 肠道疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 264 | 2024-08-07 |
Latent Factor Modeling of scRNA-Seq Data Uncovers Dysregulated Pathways in Autoimmune Disease Patients
2020-Sep-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101451
PMID:32853994
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研究论文 | 本文通过比较四种先进的潜在因子建模方法，提出了一种将潜在因子分配给通路活性和特定细胞亚群的方法，并应用于类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者的scRNA-seq数据集 | 本文提出了一种新的框架，用于识别细胞亚型并发现与疾病相关的基因特征 | 需要进一步研究以确定最适合特定任务的方法以及如何解释潜在因子 | 探索潜在因子建模在scRNA-seq数据分析中的应用，并识别与自身免疫疾病相关的基因特征 | 类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者的scRNA-seq数据 | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | scRNA-seq | 潜在因子建模 | 基因表达数据 | 来自类风湿关节炎和系统性红斑狼疮患者活检的scRNA-seq数据集 |
| 265 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Mouse Thymocytes Reveals Mutational Landscape Shaped by Replication Errors, Mismatch Repair, and H3K36me3
2020-Sep-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2020.101452
PMID:32858340
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研究论文 | 本文通过单细胞外显子测序研究了野生型和错配修复缺陷型小鼠胸腺细胞的突变景观，揭示了复制错误、错配修复和H3K36me3对突变分布的影响 | 发现H3K36me3标记在转录活跃区域可以增强错配修复效率，为每个细胞类型的关键基因提供优先保护 | NA | 解析由复制错误、错配修复和H3K36me3标记形成的突变景观 | 小鼠胸腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞外显子测序 | NA | 基因组数据 | 野生型和错配修复缺陷型小鼠的T细胞 |
| 266 | 2024-08-07 |
SERGIO: A Single-Cell Expression Simulator Guided by Gene Regulatory Networks
2020-09-23, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2020.08.003
PMID:32871105
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研究论文 | 介绍了一种名为SERGIO的单细胞基因表达数据模拟器，该模拟器基于用户提供的基因调控网络，模拟了转录的随机性和多个转录因子对基因的调控 | SERGIO是首个结合转录因子-基因调控相互作用来模拟单细胞表达动态的模拟器 | NA | 开发和验证一种新的单细胞转录组学工具基准测试方法 | 单细胞基因表达数据及其在细胞分化中的应用 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 基因调控网络模型 | 基因表达数据 | 模拟任意数量的细胞类型 |
| 267 | 2024-08-07 |
Single-Cell Sequencing of Peripheral Mononuclear Cells Reveals Distinct Immune Response Landscapes of COVID-19 and Influenza Patients
2020-09-15, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.07.009
PMID:32783921
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研究论文 | 本文通过单细胞测序技术分析了COVID-19和流感患者的周围单核细胞的转录组景观，揭示了两种疾病在免疫反应路径上的差异 | 首次报道了COVID-19和流感患者周围血单核细胞的单细胞转录组景观，并发现了特定的信号通路和关键因子的表达差异 | NA | 研究COVID-19和流感患者免疫反应的差异 | COVID-19和流感患者的周围血单核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | COVID-19和流感患者的周围血单核细胞样本 |
| 268 | 2024-08-07 |
Natural display of nuclear-encoded RNA on the cell surface and its impact on cell interaction
2020-09-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02145-6
PMID:32907628
|
研究论文 | 本文开发了一系列技术来检测和验证细胞表面稳定的核编码RNA，并探讨了这些RNA在细胞相互作用中的作用 | 首次使用Surface-seq技术选择性测序细胞表面的maxRNAs，并验证了其在细胞相互作用中的功能 | NA | 研究细胞表面核编码RNA的功能及其在细胞相互作用中的作用 | 细胞表面的核编码RNA及其在细胞相互作用中的功能 | NA | NA | Surface-seq | NA | RNA | 人类外周血单个核细胞（PBMCs） |
| 269 | 2024-08-07 |
CSS: cluster similarity spectrum integration of single-cell genomics data
2020-09-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02147-4
PMID:32867824
|
研究论文 | 本文提出了一种无监督的、无需参考的数据表示方法——聚类相似性谱（CSS），用于整合跨实验、条件、批次、时间点等的单细胞基因组数据 | CSS方法能够同时保留生物信息并整合样本，适用于评估细胞异质性和重建分化轨迹 | NA | 开发新的计算方法以整合单细胞测序数据并保留生物信息 | 单细胞基因组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 无监督学习 | 基因组数据 | 涉及大脑类器官和其他单细胞转录组数据 |
| 270 | 2024-08-07 |
Cancer-Specific Immune Prognostic Signature in Solid Tumors and Its Relation to Immune Checkpoint Therapies
2020-Sep-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers12092476
PMID:32882873
|
研究论文 | 本研究通过分析来自TCGA的单细胞和批量肿瘤RNA-Seq数据集中的免疫功能相关基因，揭示了免疫细胞浸润作为实体瘤预后标志物的角色，并探讨了其与免疫检查点疗法的关系 | 本研究首次识别出155个与不同肿瘤类型疾病无进展生存相关的基因，并构建了针对个体癌症类型的癌症特异性预后免疫评分模型 | NA | 阐明免疫细胞浸润作为实体瘤预后标志物的角色及其与免疫检查点疗法的关系 | 免疫功能相关基因在实体瘤中的作用及与免疫疗法的关联 | 数字病理学 | 实体瘤 | RNA-Seq | 弹性网模型 | 基因表达数据 | 四个公开的单细胞RNA-Seq数据集和二十个来自TCGA的批量肿瘤RNA-Seq数据集 |
| 271 | 2024-08-07 |
Multiplexed single-cell transcriptional response profiling to define cancer vulnerabilities and therapeutic mechanism of action
2020-08-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17440-w
PMID:32855387
|
研究论文 | 本文开发了一种名为MIX-Seq的方法，用于在单细胞分辨率下对多种细胞背景中的扰动后转录组反应进行多重转录组分析 | MIX-Seq方法结合了单细胞RNA测序和基于SNP的计算解复用技术，能够在单细胞水平上对多种细胞背景中的扰动反应进行高效分析 | NA | 定义癌症的脆弱性和治疗机制 | 癌症细胞对药物或遗传扰动的转录组反应 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 100个或更多的癌症细胞系 |
| 272 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Reveals β Cell Maturation in Stem Cell-Derived Islets after Transplantation
2020-08-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108067
PMID:32846125
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了移植后干细胞衍生的胰岛β细胞的成熟过程 | 首次详细描述了移植后干细胞衍生的β细胞在转录水平和功能上的成熟变化 | NA | 探究干细胞衍生的胰岛β细胞在移植后的成熟过程 | 干细胞衍生的胰岛β细胞及其成熟过程 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 273 | 2024-08-07 |
Differentiation of Human Intestinal Organoids with Endogenous Vascular Endothelial Cells
2020-08-24, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2020.07.023
PMID:32841595
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研究论文 | 本文开发了一种方法来扩展和维持人肠道类器官（HIOs）中内源性内皮细胞（ECs）的群体，形成血管化的HIOs（vHIOs） | 首次在HIOs中维持和扩展内源性内皮细胞群体，并展示了这些细胞与原生肠道内皮细胞的高度相似性 | NA | 研究如何扩展和维持人肠道类器官中的内源性内皮细胞群体 | 人多能干细胞衍生的肠道类器官及其内皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序（bulk RNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 274 | 2024-08-07 |
Advancing brain barriers RNA sequencing: guidelines from experimental design to publication
2020-Aug-18, Fluids and barriers of the CNS
IF:5.9Q1
DOI:10.1186/s12987-020-00207-2
PMID:32811511
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研究论文 | 本文基于欧洲博士培训网络BtRAIN的经验，为脑屏障RNA测序研究提供从实验设计到发表的指南 | 提出了下一代转录组分析在脑屏障研究中的新资源，强调了跨学科合作在RNA-Seq研究中的重要性 | NA | 旨在深化对脑屏障分子机制的理解，并促进脑屏障研究者与生物信息学家的合作 | 脊椎动物的脑屏障，特别是内皮血脑屏障和上皮血脑脊液屏障 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA-Seq数据集 | NA |
| 275 | 2024-08-07 |
Demystifying "drop-outs" in single-cell UMI data
2020-08-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02096-y
PMID:32762710
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研究论文 | 本文通过广泛分析多种UMI数据集，提出在scRNA-seq数据处理流程中，聚类应作为首要步骤，并介绍了一种新的框架HIPPO，该框架利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合 | 提出了一种新的框架HIPPO，该框架通过利用零比例解释细胞异质性，并将特征选择与迭代聚类相结合，提高了下游分析的灵活性和可解释性 | NA | 探讨单细胞UMI数据中“drop-outs”现象的处理方法 | 单细胞RNA测序数据中的UMI数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | 多种UMI数据集 |
| 276 | 2024-08-07 |
Age-determined expression of priming protease TMPRSS2 and localization of SARS-CoV-2 infection in the lung epithelium
2020-Aug-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.05.22.111187
PMID:32511364
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和RNA原位杂交技术，探讨了SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系 | 首次揭示了SARS-CoV-2在不同年龄段肺上皮细胞中的表达模式，并提出了发育调节可能影响儿童对严重呼吸疾病的相对保护 | NA | 探讨SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及其与年龄的关系 | SARS-CoV-2在肺上皮细胞中的表达及年龄影响 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），RNA原位杂交（ISH） | NA | RNA | 包括小鼠和人类的肺组织样本，以及COVID-19死亡病例的尸检组织 |
| 277 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of adult mouse pituitary reveals sexual dimorphism and physiologic demand-induced cellular plasticity
2020-08, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-020-00705-x
PMID:32193873
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研究论文 | 本文通过大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）和互补的基于图像的单细胞mRNA和蛋白质分析，系统地绘制了成年雄性和雌性小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性 | 揭示了成年垂体中未预料到的细胞复杂性和可塑性，并提供了一个丰富的资源来进一步验证和扩展我们对垂体基因表达程序和激素产生的分子理解 | NA | 研究成年小鼠垂体的细胞类型多样性和功能状态异质性 | 成年雄性和雌性小鼠的垂体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 成年雄性和雌性小鼠的垂体样本 |
| 278 | 2024-08-07 |
Combinatorial single-cell CRISPR screens by direct guide RNA capture and targeted sequencing
2020-Aug, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-0470-y
PMID:32231336
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研究论文 | 本文介绍了一种名为直接捕获Perturb-seq的新型单细胞CRISPR筛选方法，该方法能够直接测序单细胞转录组和表达的sgRNAs，从而实现对多个不同sgRNA序列的检测。 | 直接捕获Perturb-seq方法的创新之处在于能够直接测序sgRNAs，使得单细胞CRISPR筛选与组合扰动库的配对更加容易，并能提高CRISPR干扰和激活的效率。 | NA | 探索哺乳动物基因功能和遗传调控网络，以及研究基因间的相互作用。 | 单细胞CRISPR筛选技术及其在基因相互作用和遗传调控网络中的应用。 | 基因编辑 | NA | CRISPR, 单细胞测序 | NA | RNA | NA |
| 279 | 2024-08-07 |
The intersectional genetics landscape for humans
2020-08-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa083
PMID:32761099
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研究论文 | 本文系统评估了人类基因组中交叉遗传学的景观，并展示了这些方法在未来的基因传递技术中的潜力 | 开发了启发式和算法来检索和质量排序“AND”门交叉点，并提出了“多功能入口代码”（VEnCodes）的概念 | NA | 系统评估人类基因组中交叉遗传学的景观 | 人类基因组中的交叉遗传学 | 遗传学 | NA | CAGE-seq | NA | 基因表达数据 | 154种主要细胞类型和158种癌细胞类型 |
| 280 | 2024-08-07 |
Chronic myelomonocytic leukaemia stem cell transcriptomes anticipate disease morphology and outcome
2020-Aug, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2020.102904
PMID:32763828
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了慢性髓单核细胞白血病（CMML）患者的干细胞转录组，揭示了疾病形态和预后的相关性 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了CMML干细胞转录组的异质性，并预测了疾病形态和预后 | NA | 探究CMML干细胞转录组的异质性及其与疾病形态和预后的关系 | CMML患者的Lin-CD34+CD38-干细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 6826个Lin-CD34+CD38-干细胞 |