单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2025-10-07 |
Single-Cell RNA-Seq Mapping of Human Thymopoiesis Reveals Lineage Specification Trajectories and a Commitment Spectrum in T Cell Development
2020-06-16, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2020.05.010
PMID:32553173
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序绘制人类胸腺生成图谱，揭示T细胞发育过程中的谱系特化轨迹和承诺谱系 | 首次在人类出生后胸腺中发现CD34祖细胞包含从多谱系启动到逐渐T细胞承诺的连续状态谱系，识别了胸腺内浆细胞样树突细胞特化途径 | 仅分析了人类出生后胸腺样本，未涵盖胚胎发育阶段或其他物种的比较研究 | 解析人类T细胞发育过程中的谱系特化和承诺机制 | 人类出生后胸腺中的CD34祖细胞和分化细胞群体 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 人类出生后胸腺中的稀有CD34祖细胞和分化CD34细胞群体 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 242 | 2025-10-07 |
Consistent RNA sequencing contamination in GTEx and other data sets
2020-04-22, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15821-9
PMID:32321923
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研究论文 | 本研究通过分析GTEx和其他RNA测序数据集，揭示了测序污染的存在及其对分析结果的影响 | 首次系统性地识别和验证了GTEx数据集中广泛存在的RNA测序交叉污染现象 | 研究主要基于现有数据集的分析，缺乏实验验证污染的具体机制 | 探究下一代测序中读段污染的影响因素和程度 | GTEx数据集中的48种组织样本及其他研究的RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | GTEx数据集中的48种组织类型 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 243 | 2025-10-07 |
Transcriptional characterisation of human lung cells identifies novel mesenchymal lineage markers
2020-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00746-2019
PMID:31619469
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析人类胎儿肺组织，鉴定出新型间充质谱系标志物 | 首次在人类胎儿肺中识别出分子特征不同的间充质祖细胞群，并发现气道和血管平滑肌细胞在发育早期就具有独特的空间特异性标志物 | 研究仅针对胎儿肺组织，缺乏对成熟肺组织的分析 | 深入理解人类肺间充质细胞的多样性和谱系特化机制 | 人类胎儿肺组织细胞 | 单细胞基因组学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞RNA测序，免疫组织化学，原位杂交 | Seurat分析流程（典型相关分析、聚类分析、t-SNE可视化） | 单细胞转录组数据，组织图像数据 | 人类胎儿肺组织样本（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 244 | 2025-10-07 |
Recent advances in sarcoidosis genomics: epigenetics, gene expression, and gene by environment (G × E) interaction studies
2020-09, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000000719
PMID:32701681
|
综述 | 本文综述了结节病基因组学的最新研究进展，包括表观遗传学、基因表达和基因-环境相互作用研究 | 识别了新的风险基因位点，应用机器学习技术提出药物重定位建议，首次开展表观基因组学研究 | 缺乏大规模多样化队列研究，需要更多先进测序方法和分析技术的应用 | 总结结节病基因组学最新发现并指出该领域的研究空白 | 结节病及其亚型（如世贸中心相关病例和眼结节病） | 基因组学 | 结节病 | 全外显子组测序，表观基因组学，基因表达分析，机器学习 | 机器学习 | 基因组数据，表观遗传数据，基因表达数据 | NA | NA | 全基因组测序，单细胞RNA测序，表观基因组学 | NA | NA |
| 245 | 2024-12-14 |
STAT3 signaling in myeloid cells promotes pathogenic myelin-specific T cell differentiation and autoimmune demyelination
2020-03-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1913997117
PMID:32094172
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研究论文 | 研究揭示了STAT3信号在髓系细胞中对病理性髓鞘特异性T细胞分化和自身免疫性脱髓鞘的促进作用 | 首次发现髓系细胞中的STAT3信号对髓鞘反应性T细胞的激活至关重要，并提出髓系STAT3作为自身免疫性脱髓鞘疾病的潜在治疗靶点 | NA | 探讨STAT3信号在髓系细胞中对多发性硬化症（MS）发病机制的影响 | 髓系细胞、髓鞘特异性T细胞、实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE） | NA | 多发性硬化症 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 野生型和突变型小鼠的髓系细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 246 | 2024-12-08 |
Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection
2020-04, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0799-2
PMID:32251406
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了HIV-1感染期间的免疫细胞动态变化 | 揭示了先前未被重视的个体和细胞类型特异性干扰素刺激基因上调，以及在批量分析中被掩盖的时间相关基因表达反应 | 研究仅限于四个未治疗的个体，样本量较小 | 探讨HIV-1感染期间免疫细胞的动态变化及其分子驱动因素 | HIV-1感染期间的外周血单核细胞 | 数字病理学 | HIV感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四个未治疗的个体的外周血单核细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 247 | 2024-12-01 |
The changing mouse embryo transcriptome at whole tissue and single-cell resolution
2020-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2536-x
PMID:32728245
|
研究论文 | 系统量化了从胚胎发育第10.5天到出生期间小鼠17个组织和器官的polyA-RNA表达，并使用单细胞RNA测序分析了组织水平的转录组 | 通过整合启动子序列基序与ENCODE表观基因组数据，识别了神经表达簇中显著的启动子去抑制机制，并发现了新的抑制因子 | NA | 研究哺乳动物胚胎发育过程中基因表达的差异及其对组织和器官系统身份和复杂性的影响 | 小鼠胚胎发育第10.5天到出生期间的17个组织和器官的polyA-RNA表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 17个组织和器官的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 248 | 2024-12-01 |
Lineage dynamics of the endosymbiotic cell type in the soft coral Xenia
2020-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-020-2385-7
PMID:32555454
|
研究论文 | 研究了软珊瑚Xenia中内共生细胞类型的谱系动态 | 首次报道了Xenia物种的染色体水平基因组组装，并通过单细胞RNA测序揭示了内共生细胞类型的动态谱系进展 | NA | 探讨珊瑚与藻类内共生的分子途径 | 软珊瑚Xenia中的内共生细胞类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 16个细胞集群 | NA | NA | NA | NA |
| 249 | 2024-11-29 |
Transcriptional diversity and bioenergetic shift in human breast cancer metastasis revealed by single-cell RNA sequencing
2020-03, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-0477-0
PMID:32144411
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和患者来源的异种移植模型，揭示了乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化 | 本文建立了识别转移细胞播种过程中全局转录组变化的稳健方法，并发现微转移灶具有一种跨患者来源异种移植模型保守的转录组程序，这与患者的不良生存高度相关 | NA | 揭示乳腺癌转移过程中罕见的转移细胞在播种过程中的全局转录组变化 | 乳腺癌转移细胞的转录组变化 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者来源的异种移植模型 | NA | NA | NA | NA |
| 250 | 2024-11-18 |
SoupX removes ambient RNA contamination from droplet-based single-cell RNA sequencing data
2020-12-26, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa151
PMID:33367645
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SoupX的方法，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 提出了一种新的方法SoupX，用于量化污染程度并估计经过背景校正的细胞表达谱，该方法可以无缝集成到现有的下游分析工具中 | NA | 开发一种工具，用于去除基于液滴的单细胞RNA测序实验中的环境RNA污染 | 基于液滴的单细胞RNA测序数据中的环境RNA污染 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 多个数据集，使用多种液滴测序技术 | NA | NA | NA | NA |
| 251 | 2024-11-18 |
Identification of a differentiation stall in epithelial mesenchymal transition in histone H3-mutant diffuse midline glioma
2020-12-15, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa136
PMID:33319914
|
研究论文 | 研究分析了H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用，发现该突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 首次揭示了H3K27M突变可能导致上皮间质转化停滞，影响早期脑发育 | 研究依赖于公开的RNA测序数据，可能存在数据质量和样本代表性的限制 | 探讨H3K27M突变在弥漫中线胶质瘤中的作用及其对早期脑发育的影响 | H3K27M突变和非K27M的儿童胶质瘤 | NA | 脑瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 多个公开的RNA测序数据集和单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 252 | 2024-11-18 |
DrivAER: Identification of driving transcriptional programs in single-cell RNA sequencing data
2020-12-10, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa122
PMID:33301553
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为DrivAER的机器学习方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别驱动转录程序 | DrivAER利用自编码器基于相关性评分来识别驱动转录程序，通过迭代评估每个基因集对结果变量的信息内容 | NA | 开发一种专门的方法，用于功能解释单细胞RNA测序数据中的细胞图谱 | 单细胞RNA测序数据中的驱动转录程序 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 253 | 2024-11-18 |
D-EE: Distributed software for visualizing intrinsic structure of large-scale single-cell data
2020-11-11, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa126
PMID:33179041
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为D-EE的分布式优化实现方法，用于大规模单细胞数据的内在结构可视化 | 提出了分布式弹性嵌入（D-EE）算法，能够在大规模单细胞RNA测序数据中揭示低维度的内在结构，并具有高扩展性和高效性 | NA | 开发一种能够高效处理大规模单细胞RNA测序数据的可视化工具 | 大规模单细胞RNA测序数据 | 计算机视觉 | NA | 分布式计算 | 弹性嵌入（EE）算法 | 单细胞RNA测序数据 | 大规模数据 | NA | NA | NA | NA |
| 254 | 2024-11-18 |
Prediction of single-cell gene expression for transcription factor analysis
2020-10-30, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa113
PMID:33124660
|
研究论文 | 本文提出了一种新的方法，利用顺式调控基序和表观遗传特征来预测单细胞水平的基因表达，并用于转录因子分析 | 本文提出了一种基于树引导的多任务学习框架，将每个细胞视为一个任务，用于解释单细胞基因表达值 | 该方法目前仅限于使用转录因子结合亲和力或特定基因组区域的转录因子ChIP-seq数据 | 预测单细胞RNA数据中的转录因子调控 | 单细胞基因表达和转录因子 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 树引导的多任务学习框架 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 255 | 2024-11-18 |
A map of tumor-host interactions in glioma at single-cell resolution
2020-10-14, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giaa109
PMID:33155039
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scTHI的新方法，用于识别单细胞RNA测序数据中跨细胞簇的显著激活的配体-受体相互作用，并应用于胶质瘤中揭示配体-受体相互作用 | 提出了scTHI方法，用于识别单细胞RNA测序数据中的配体-受体相互作用，并展示了其在胶质瘤中的应用 | NA | 理解免疫细胞与癌细胞之间的信号交流，以识别免疫肿瘤学治疗靶点 | 胶质瘤中的肿瘤-宿主相互作用 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达 | 71名患者的57,060个基因表达谱 | NA | NA | NA | NA |
| 256 | 2024-11-17 |
Single-Cell Transcriptional Archetypes of Airway Inflammation in Cystic Fibrosis
2020-11-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202004-0991OC
PMID:32603604
|
研究论文 | 本文首次对囊性纤维化患者的痰液进行了单细胞转录组分析，定义了气道免疫功能障碍的转录特征 | 首次对囊性纤维化患者的痰液进行单细胞转录组分析，并定义了基于表达的细胞功能和成熟度特征，称为转录原型 | 样本量较小，仅包括9名囊性纤维化患者和5名健康对照者 | 研究囊性纤维化患者气道免疫功能障碍的转录特征及其在疾病发病机制中的作用 | 囊性纤维化患者的痰液细胞 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9名囊性纤维化患者和5名健康对照者的痰液细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 257 | 2024-11-09 |
Single-Cell Transcriptomics Analysis Identifies Nuclear Protein 1 as a Regulator of Docetaxel Resistance in Prostate Cancer Cells
2020-09, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0051
PMID:32513898
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序分析，揭示了核蛋白1（NUPR1）在前列腺癌细胞对多西他赛耐药性中的调控作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出NUPR1作为前列腺癌多西他赛耐药性的关键调控因子 | 仅限于DU145和PC3两种前列腺癌细胞系的研究，结果的普适性有待进一步验证 | 探讨前列腺癌细胞对多西他赛耐药性的分子机制 | DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | DU145和PC3前列腺癌细胞系的多西他赛敏感和耐药变异体 | NA | NA | NA | NA |
| 258 | 2024-10-21 |
Single-Cell Analyses Identify Brain Mural Cells Expressing CD19 as Potential Off-Tumor Targets for CAR-T Immunotherapies
2020-10-01, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.08.022
PMID:32961131
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研究论文 | 研究报告了脑壁细胞表达CD19，可能成为CAR-T免疫疗法的非肿瘤靶点 | 首次发现脑壁细胞表达CD19，为CD19导向疗法的神经毒性提供了靶向机制解释 | 小鼠模型中脑壁细胞的CD19表达水平较低，限制了神经毒性的临床前动物模型 | 探讨CD19导向免疫疗法的神经毒性机制及潜在靶点 | 脑壁细胞及其CD19表达 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类和鼠类脑组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 259 | 2024-10-14 |
A single-cell and single-nucleus RNA-Seq toolbox for fresh and frozen human tumors
2020-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0844-1
PMID:32405060
|
研究论文 | 本文开发了一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序工具箱 | 本文首次系统地开发了一个工具箱，用于同时处理新鲜和冷冻临床肿瘤样本的单细胞和单核RNA测序 | 本文主要集中在工具箱的开发和初步验证，未涉及其在实际临床应用中的长期效果 | 开发和验证一个用于新鲜和冷冻人类肿瘤的单细胞和单核RNA测序的系统工具箱 | 新鲜和冷冻的人类肿瘤样本 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单核RNA测序（snRNA-Seq） | NA | RNA | 216,490个细胞和核，来自40个样本，涵盖23个标本，涉及8种肿瘤类型 | NA | NA | NA | NA |
| 260 | 2024-10-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Intratumoral Heterogeneity in ccRCC, which Results in Different Clinical Outcomes
2020-07-08, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2020.04.023
PMID:32396851
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组分析揭示了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性，并探讨了其对临床结果的影响 | 首次通过单细胞RNA测序数据分析了ccRCC的肿瘤内异质性，并发现了T细胞耗竭是导致ccRCC组织免疫抑制特性的关键因素 | 研究样本量有限，且主要基于TCGA数据集，可能存在数据偏倚 | 探讨透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其对临床结果的影响 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）的肿瘤内异质性及其与免疫抑制和预后的关系 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 533名患者 | NA | NA | NA | NA |