单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 241 - 260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 241 | 2024-08-07 |
Deconvolution of bulk blood eQTL effects into immune cell subpopulations
2020-Jun-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03576-5
PMID:32532224
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Decon2的新方法，用于从批量血液样本中估计细胞比例并解卷积细胞类型eQTL效应 | Decon2方法能够从批量血液eQTL中检测细胞类型交互效应，为确定特定复杂疾病最相关的细胞类型提供了有效手段 | NA | 开发一种新方法来解释疾病相关遗传风险因素的功能，并揭示eQTL调控效应的细胞类型背景 | 批量血液样本中的细胞类型eQTL效应 | 遗传学 | NA | eQTL分析 | Decon2 | 表达谱 | 3194个样本 |
| 242 | 2024-08-07 |
Dermal Adipocyte Lipolysis and Myofibroblast Conversion Are Required for Efficient Skin Repair
2020-06-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2020.03.013
PMID:32302523
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研究论文 | 本文探讨了皮肤中的脂肪细胞在损伤后炎症反应和修复过程中的关键作用 | 首次揭示了皮肤脂肪细胞通过脂解作用调节炎症和修复的机制，并发现脂肪细胞能转变为产生细胞外基质的肌成纤维细胞 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 研究脂肪细胞在皮肤组织稳态和修复中的作用 | 皮肤中的脂肪细胞及其在损伤后的功能 | NA | NA | 遗传学实验、组织学、超微结构分析、脂质组学、单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | 小鼠 |
| 243 | 2024-08-07 |
Targeted Perturb-seq enables genome-scale genetic screens in single cells
2020-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-020-0837-5
PMID:32483332
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研究论文 | 本文介绍了一种名为targeted Perturb-seq（TAP-seq）的新方法，该方法通过聚焦单细胞RNA测序覆盖感兴趣的基因，显著提高了遗传筛选的灵敏度和规模 | TAP-seq是一种敏感、低成本且平台独立的方法，能够在一个实验中常规分析数千个CRISPR介导的扰动，检测弱效应和低表达基因，并将测序需求减少高达50倍 | NA | 克服单细胞转录组学在遗传筛选中的实验和统计限制 | 单细胞转录组学中的遗传筛选 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | CRISPR | 转录组 | 1,778个增强子在人类基因组的2.5%范围内 |
| 244 | 2024-08-07 |
Application of information theoretical approaches to assess diversity and similarity in single-cell transcriptomics
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.05.005
PMID:32728406
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综述 | 本文综述了16种信息论方法在单细胞转录组数据中评估多样性和相似性的应用 | 总结了16种信息论方法，并提供了一个R包来辅助研究者进行单细胞转录组研究 | NA | 探讨信息论方法在单细胞转录组数据多样性和相似性评估中的应用 | 单细胞转录组数据的多样性和相似性 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 245 | 2024-08-07 |
The Application of Single-Cell RNA Sequencing in Vaccinology
2020, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2020/8624963
PMID:32802896
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序技术在预防性疫苗开发中的应用，特别是针对传染病如COVID-19 | 利用单细胞RNA测序技术详细分析细胞免疫反应，为系统免疫学的新时代提供了可能性 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在疫苗学中的应用 | 单细胞RNA测序技术在预防性疫苗开发中的应用，特别是针对传染病 | 数字病理学 | 传染病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 有限体积的样本 |
| 246 | 2024-08-07 |
Probing infectious disease by single-cell RNA sequencing: Progresses and perspectives
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.10.016
PMID:33106757
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在生命科学和生物医学研究中的应用，特别是在传染病领域的应用 | 探讨了scRNA-seq技术在传染病研究中的当前进展和潜在应用 | NA | 总结scRNA-seq技术的发展，并讨论其在传染病研究中的应用 | scRNA-seq技术及其在传染病研究中的应用 | 生物医学研究 | 传染病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | NA |
| 247 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA-Sequencing Shift in the Interaction Pattern Between Glioma Stem Cells and Immune Cells During Tumorigenesis
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.581209
PMID:33133100
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研究论文 | 研究旨在揭示胶质瘤干细胞与免疫细胞在肿瘤发生过程中的相互作用 | 利用单细胞测序技术分析了胶质母细胞瘤患者样本和患者来源的胶质瘤干细胞与外周白细胞共培养的数据，揭示了胶质瘤干细胞与免疫细胞在肿瘤发生过程中相互作用模式的变化 | 未提及 | 揭示胶质瘤干细胞与免疫细胞在肿瘤发生过程中的相互作用 | 胶质瘤干细胞与免疫细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞测序数据 | 7个胶质母细胞瘤患者的手术样本和患者来源的胶质瘤干细胞与外周白细胞共培养 |
| 248 | 2024-08-07 |
Flow-Induced Transcriptomic Remodeling of Endothelial Cells Derived From Human Induced Pluripotent Stem Cells
2020, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2020.591450
PMID:33178051
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研究论文 | 研究使用人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（hiPSC-ECs）和批量及单细胞RNA测序，探讨了血流对hiPSC-ECs转录组景观及其异质性的影响 | 首次展示了hiPSC-ECs在血流作用下的转录组重塑，并揭示了其在血流作用下变得更加均一和稳态更稳定的特性 | NA | 研究血流对内皮细胞转录组的影响及其在血管发育中的作用 | 人诱导多能干细胞衍生的内皮细胞（hiPSC-ECs） | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 249 | 2024-08-07 |
Patterns, Profiles, and Parsimony: Dissecting Transcriptional Signatures From Minimal Single-Cell RNA-Seq Output With SALSA
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.511286
PMID:33193599
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研究论文 | 介绍了一种名为SALSA的工作流程，该流程通过结合测量可靠性指标和潜在变量提取，从超稀疏的单细胞RNA测序数据中推断出稳健的表达谱 | SALSA工作流程能够从超稀疏的单细胞RNA测序数据中推断出稳健的表达谱，且仅需要少量的数据 | NA | 开发一种经济高效的生物信息学工具，用于从单细胞RNA测序数据中重建细胞谱系特异性和分化过程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 潜在语义分析 | RNA测序数据 | 使用10X Genomics PBMC 3K数据集，包含2,700个单细胞条形码；使用多批次小鼠视网膜实验设计的DropSeq数据，包含超过64,000个单细胞 |
| 250 | 2024-08-07 |
Age-associated changes in the transcriptomes of non-cultured adipose-derived stem cells from young and old mice assessed via single-cell transcriptome analysis
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0242171
PMID:33237970
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了年轻和老年小鼠非培养脂肪源性干细胞的转录组年龄相关变化。 | 首次使用新鲜分离的基质血管部分进行全面的单细胞转录组分析，并鉴定了三个新的与脂肪源性干细胞相关的基因。 | 研究仅限于小鼠模型，且未探讨这些发现对人类干细胞的适用性。 | 探讨年龄对脂肪源性干细胞分化潜能的影响。 | 年轻和老年小鼠的非培养脂肪源性干细胞。 | 细胞生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年小鼠的脂肪源性干细胞样本 |
| 251 | 2024-08-07 |
Applications of Single-Cell Omics to Dissect Tumor Microenvironment
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.548719
PMID:33329692
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在解析肿瘤微环境（TME）中的最新进展及其对肿瘤进展和免疫治疗反应的功能影响 | 单细胞转录组学技术提供了前所未有的细胞和分子复杂性解析，加速了对TME中异质性、可塑性和复杂细胞间相互作用的理解 | 讨论了现有方法的局限性，并展望了未来利用单细胞多组学技术进行研究的前景 | 探讨单细胞测序技术在理解TME多样性及其对肿瘤进展和免疫治疗反应中的作用 | 主要关注人类TME中浸润的主要免疫细胞类型，包括T细胞、树突状细胞和巨噬细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组 | NA |
| 252 | 2024-08-07 |
BingleSeq: a user-friendly R package for bulk and single-cell RNA-Seq data analysis
2020, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.10469
PMID:33391870
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research paper | 本文介绍了一个名为BingleSeq的用户友好型R包，用于批量和单细胞RNA-Seq数据分析 | BingleSeq提供了一个交互式仪表板式的用户界面，集成了三种最先进的软件包，适用于批量和单细胞RNA-Seq分析，并包括可视化技术、广泛的功能注释分析和基于排名的共识差异基因分析结果 | NA | 开发一个用户友好的工具，使生物学家无需编程经验即可进行RNA-Seq数据分析 | 批量和单细胞RNA-Seq数据分析 | RNA sequencing | NA | RNA-Seq | NA | count matrices | NA |
| 253 | 2024-08-07 |
Gene selection for optimal prediction of cell position in tissues from single-cell transcriptomics data
2020-11, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202000867
PMID:32972997
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研究论文 | 本文通过DREAM单细胞转录组学挑战赛，研究了从单细胞转录组数据中选择基因以预测细胞在组织中的位置的方法 | 首次对单细胞转录组数据与空间信息基因映射的方法进行了基准测试，并展示了这些方法在不同数据集上的通用性 | NA | 旨在填补单细胞转录组数据空间重建方法的基准测试空白 | 研究如何从单细胞转录组数据中选择基因以准确重建细胞在组织中的空间排列 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 34个参赛团队，使用斑马鱼胚胎数据集 |
| 254 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics identifies divergent developmental lineage trajectories during human pituitary development
2020-10-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19012-4
PMID:33077725
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人类胎儿垂体中的4113个单个细胞，揭示了五个激素产生细胞谱系的不同发育轨迹和过渡中间状态 | 发现了皮质激素细胞在完全分化前的早期中间状态，以及PIT-1谱系细胞从共同前体细胞分离的过程，还识别了一种表达灵长类特异性激素的胎儿促性腺激素细胞亚型 | NA | 研究人类垂体发育过程中的细胞分化和转录因子动态 | 人类胎儿垂体的单个细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 4113个单个细胞 |
| 255 | 2024-08-07 |
Identification of a distinct luminal subgroup diagnosing and stratifying early stage prostate cancer by tissue-based single-cell RNA sequencing
2020-10-08, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-020-01264-9
PMID:33032611
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研究论文 | 本研究通过基于组织的单细胞RNA测序技术，识别并分类早期前列腺癌中的一个独特的腔内亚群 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究前列腺癌的异质性，并发现了一个具有高拷贝数变异水平和前列腺癌相关代谢过程标记基因的恶性腔内集群 | 尚未在前列腺癌异质性研究中使用单细胞RNA测序技术 | 寻找更好的疾病诊断和分类的生物标志物 | 前列腺癌的异质性和细胞起源 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 15个细胞群，包括3个具有不同表达谱的腔内集群 |
| 256 | 2024-08-07 |
PhyDOSE: Design of follow-up single-cell sequencing experiments of tumors
2020-10, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008240
PMID:33001973
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研究论文 | 本文介绍了PhyDOSE方法，该方法利用大量和单细胞DNA测序数据来优化后续单细胞测序实验的设计，以高效重建肿瘤的系统发育 | PhyDOSE方法通过识别区分不同候选树的少数克隆，并将其纳入概率模型中，以推断需要测序的细胞数量，从而自信地重建肿瘤的系统发育 | NA | 优化肿瘤单细胞测序实验的设计，以提高癌症基因组学中下游分析的准确性 | 肿瘤的单细胞测序实验设计 | 数字病理学 | 白血病，急性髓系白血病，肺癌 | 单细胞DNA测序 | 概率模型 | DNA测序数据 | 多个白血病和肺癌患者样本 |
| 257 | 2024-08-07 |
Modeling tissue-relevant Caenorhabditis elegans metabolism at network, pathway, reaction, and metabolite levels
2020-10, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209649
PMID:33022146
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研究论文 | 本文介绍了MEtabolic models Reconciled with Gene Expression (MERGE)计算流程，用于基于单细胞RNA测序数据预测秀丽隐杆线虫组织相关代谢功能 | MERGE流程能够预测秀丽隐杆线虫的新陈代谢功能，并可应用于其他系统 | NA | 开发代谢网络模型，用于个体细胞的代谢功能预测 | 秀丽隐杆线虫的组织相关代谢功能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 代谢网络模型 | 基因表达数据 | NA |
| 258 | 2024-08-07 |
Analysis of the molecular nature associated with microsatellite status in colon cancer identifies clinical implications for immunotherapy
2020-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-001437
PMID:33028695
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研究论文 | 本研究通过分析结直肠癌中的微卫星稳定性（MSS）和微卫星不稳定性（MSI）的分子特性，探讨了其对免疫治疗临床结果的影响 | 构建了一个与微卫星状态相关的基因特征，用于预测结直肠癌患者的预后和免疫检查点抑制剂联合抗VEGF治疗的反应 | NA | 阐明微卫星不稳定性在结直肠癌中的分子本质，并探讨其对免疫治疗的影响 | 结直肠癌中的微卫星稳定性和不稳定性 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 随机森林算法，神经网络 | 神经网络 | 转录组数据 | TCGA数据集及自建数据集（包括39例低肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，10例高肿瘤突变负荷MSS结直肠癌，15例MSI结直肠癌） |
| 259 | 2024-08-07 |
Lef1 expression in fibroblasts maintains developmental potential in adult skin to regenerate wounds
2020-09-29, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.60066
PMID:32990218
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研究论文 | 本文通过scRNA-seq技术研究了新生小鼠皮肤中的再生因子，这些因子能够使成年皮肤转变为再生而非仅修复伤口，并探讨了Lef1转录因子在其中的作用。 | 首次发现新生乳头状成纤维细胞通过表达Lef1转录因子，促进年轻皮肤的健康再生，并能在成年皮肤中增强皮肤修复能力。 | NA | 探索新生皮肤中的再生因子，以开发促进成年组织再生的临床可行方案。 | 新生小鼠皮肤中的成纤维细胞及其在皮肤再生中的作用。 | NA | 烧伤及与伤口愈合相关的皮肤病 | scRNA-seq | NA | 基因组数据 | NA |
| 260 | 2024-08-07 |
A Transcriptomics-Based Meta-Analysis Combined With Machine Learning Identifies a Secretory Biomarker Panel for Diagnosis of Pancreatic Adenocarcinoma
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.572284
PMID:33133160
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meta-analysis | 本研究通过结合转录组学和机器学习方法，识别出一组具有分泌潜力的生物标志物，用于胰腺腺癌的诊断 | 本研究首次识别出一个包含9个基因的生物标志物面板，该面板在区分胰腺腺癌与健康样本方面表现出高灵敏度和特异性 | 研究结果需要在临床试验中进一步验证 | 旨在通过转录组学和机器学习方法识别新的生物标志物，用于胰腺腺癌的早期诊断 | 胰腺导管腺癌的生物标志物 | machine learning | 胰腺癌 | 转录组学 | 支持向量机 | 基因表达数据 | 19个胰腺腺癌（组织和血液）转录组研究样本 |