单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 1659 篇文献，本页显示第 221 - 240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 221 | 2024-08-07 |
Increased Production of LIGHT by T Cells in Eosinophilic Esophagitis Promotes Differentiation of Esophageal Fibroblasts Toward an Inflammatory Phenotype
2020-11, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.07.035
PMID:32712105
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研究论文 | 本文研究了肿瘤坏死因子超家族成员14（TNFSF14，又称LIGHT）在嗜酸性食管炎（EoE）中对纤维母细胞的影响 | 首次揭示了LIGHT在EoE中通过诱导纤维母细胞向炎症表型分化的新机制 | NA | 探讨LIGHT在EoE中的作用及其对纤维母细胞分化的影响 | 嗜酸性食管炎患者的食管组织和纤维母细胞 | 免疫学 | 消化系统疾病 | 单细胞测序、免疫染色、RNA测序、流式细胞术、免疫印迹、免疫荧光、逆转录聚合酶链反应 | NA | 细胞数据 | 来自EoE患者和健康捐赠者的食管组织及纤维母细胞样本 |
| 222 | 2024-08-07 |
A single-cell analysis of the molecular lineage of chordate embryogenesis
2020-11, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abc4773
PMID:33148647
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了从受精到原肠作用开始期间，被囊动物胚胎细胞的完整和不变的细胞谱系 | 研究首次重建了野生型胚胎中跨越八个细胞周期的47种细胞类型的发育景观，并识别了在成纤维细胞生长因子（FGF）抑制下的八种命运转变 | NA | 理解脊索动物早期胚胎发育和细胞谱系分化 | 被囊动物的胚胎细胞谱系 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 跨越八个细胞周期的47种细胞类型 |
| 223 | 2024-08-07 |
Optimized design of single-cell RNA sequencing experiments for cell-type-specific eQTL analysis
2020-10-30, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-19365-w
PMID:33127880
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研究论文 | 本文探讨了在相同预算下，通过低覆盖度的单细胞RNA测序增加样本数量而非高覆盖度测序少量样本，可以提高细胞类型特异性表达数量性状位点（eQTL）映射的统计能力 | 提出了一种优化设计单细胞RNA测序实验的方法，以提高细胞类型特异性eQTL分析的统计能力，并提供了相应的网络工具 | 文章未明确提及具体的局限性 | 优化单细胞RNA测序实验设计，以提高细胞类型特异性eQTL分析的效率和成本效益 | 单细胞RNA测序实验设计及其在细胞类型特异性eQTL分析中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA序列 | 120个个体 |
| 224 | 2024-08-07 |
A rank-based marker selection method for high throughput scRNA-seq data
2020-Oct-23, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03641-z
PMID:33097004
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研究论文 | 本文介绍了一种基于排序的标记选择方法RANKCORR，用于高吞吐量的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | RANKCORR方法通过在少量基因中对mRNA计数数据进行排序和线性分离，提供了一种非参数方法来分析计数数据，并能以多类别方式进行标记选择 | 尽管RANKCORR在性能上表现优异，但大多数方法的总体表现相似，因此算法速度成为处理大型数据集时最重要的考虑因素 | 开发一种新的计算方法，用于从单细胞RNA测序数据中选择遗传标记，以识别特定的细胞群体 | 单细胞RNA测序数据中的遗传标记选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | mRNA计数数据 | 涉及的数据集大小从数千到一百万个细胞不等 |
| 225 | 2024-08-07 |
Single Cell ADNP Predictive of Human Muscle Disorders: Mouse Knockdown Results in Muscle Wasting
2020-Oct-19, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9102320
PMID:33086621
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研究论文 | 研究通过单细胞转录组学分析，探讨了ADNP蛋白在人类肌肉疾病中的作用及其治疗潜力 | 首次通过单细胞转录组学揭示ADNP在人类肌肉发育和疾病中的关键作用，并验证了ADNP片段NAP的治疗效果 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体试验验证 | 探究ADNP在肌肉疾病中的作用及开发个性化诊断和治疗方法 | ADNP蛋白及其在肌肉疾病中的作用 | NA | 肌肉疾病 | 单细胞转录组学 | CRISPR-Cas9 | 转录组数据 | 涉及小鼠模型和人类肌肉细胞 |
| 226 | 2024-08-07 |
Developmental scRNAseq Trajectories in Gene- and Cell-State Space-The Flatworm Example
2020-10-16, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes11101214
PMID:33081343
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，结合自组织映射机器学习方法，研究了扁形动物组织发育过程中的基因状态空间轨迹，并生成了RNA速度的发育“矢量场”，以预测表达景观中RNA丰度的变化。 | 本文创新性地将细胞状态空间的发展轨迹与基因状态空间的轨迹相结合，更清晰地揭示了细胞发育过程中转录程序的变化。 | NA | 研究细胞发育过程中转录程序的变化，并预测RNA丰度的变化。 | 扁形动物的组织发育。 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 自组织映射 | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 227 | 2024-08-07 |
Stem cells and lung regeneration
2020-10-01, American journal of physiology. Cell physiology
DOI:10.1152/ajpcell.00036.2020
PMID:32783658
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综述 | 本文综述了干细胞在肺再生中的应用，讨论了已知的干细胞/祖细胞群体及其在慢性肺病中的作用和治疗前景 | 介绍了新的谱系追踪动物模型和单细胞RNA测序技术，这些技术提供了关于干细胞亚型、过渡状态、细胞标记物和复杂分化途径的关键信息 | 对人类肺发育机制、肺干细胞和祖细胞类型的精确身份和功能以及肺命运的遗传和表观遗传控制的理解仍有限 | 探讨干细胞在肺再生中的应用，以及如何利用内源性干细胞作为治疗肺疾病的方法 | 人类肺干细胞和祖细胞类型及其在肺再生和慢性肺病中的作用 | NA | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA |
| 228 | 2024-08-07 |
Cell-type-specific promoters for C. elegans glia
2020 Sep-Dec, Journal of neurogenetics
IF:1.8Q4
DOI:10.1080/01677063.2020.1781851
PMID:32696701
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研究论文 | 本文比较了C. elegans神经胶质细胞类型特异性启动子的特异性、亮度和一致性 | 本文识别了一组用于研究七种神经胶质细胞类型的启动子，并展示了一种利用现有单细胞测序数据前瞻性识别细胞类型特异性神经胶质启动子的方法 | 一些启动子的表达依赖于外部条件或生物体的内部状态，如发育阶段，这表明神经胶质的可塑性 | 旨在解码神经胶质功能 | C. elegans的神经胶质细胞类型特异性启动子 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | 七种神经胶质细胞类型 |
| 229 | 2024-08-07 |
Recent advances in sarcoidosis genomics: epigenetics, gene expression, and gene by environment (G × E) interaction studies
2020-09, Current opinion in pulmonary medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.1097/MCP.0000000000000719
PMID:32701681
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综述 | 本文综述了结节病基因组学的最新进展，包括表观遗传学、基因表达以及基因与环境相互作用的研究 | 探索了结节病亚表型，包括与世界贸易中心和眼结节病相关的病例，识别了新的风险位点；利用现代分析技术进行基因-环境相互作用研究，发现了与吸烟和杀虫剂暴露相关的风险位点；应用全外显子测序识别了与持续性结节病和罕见功能变异相关的遗传变异；单项表观遗传学研究提供了与基因表达数据相比的DNA甲基化机制背景知识；应用机器学习技术提出了治疗结节病的新药物再定位建议；多项基因表达研究识别了受影响组织中富集的主要炎症通路 | 需要大规模和多样化的队列，采用先进的测序方法如全基因组和单细胞RNA测序、表观遗传学以及结合尖端分析方法的元分析，以拓宽并将基因组学发现转化为临床应用，最终为个性化医疗开辟途径 | 综述结节病基因组学的最新发现并强调该领域的空白 | 结节病的基因组学研究，包括表观遗传学、基因表达和基因与环境相互作用 | NA | 结节病 | 全外显子测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 230 | 2024-08-07 |
3D curvature-instructed endothelial flow response and tissue vascularization
2020-09, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abb3629
PMID:32938662
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研究论文 | 本文开发了一种螺旋微血管模型，能够精确控制曲率和扭转，并支持厘米尺度上的均匀组织灌注 | 首次展示了3D曲率诱导的旋转和混合在层流中的作用，以及对内皮细胞表型和转录变化的独特影响 | NA | 探讨异质性血管结构在不同发育和发病机制中的作用，并提供改进组织血管化和再生的工具 | 内皮细胞在螺旋微血管中的基因表达和表型变化 | 生物工程 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 231 | 2024-08-07 |
Integrative analyses of single-cell transcriptome and regulome using MAESTRO
2020-08-07, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02116-x
PMID:32767996
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAESTRO的综合开源计算工作流程，用于整合来自多个平台的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-seq）数据 | MAESTRO通过在单细胞水平上建模基因调控潜力，改进了现有方法在scRNA-seq和scATAC-seq之间整合细胞簇的性能 | NA | 开发一种新的计算工作流程，用于整合和分析单细胞转录组和调控组数据 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序（scATAC-seq） | NA | 转录组数据，调控组数据 | NA |
| 232 | 2024-08-07 |
SARS-CoV-2 Spike Protein Interacts with Multiple Innate Immune Receptors
2020-Jul-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2020.07.29.227462
PMID:32766577
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研究论文 | 本文研究了SARS-CoV-2的刺突蛋白与多种先天免疫受体的相互作用 | 首次展示了SARS-CoV-2刺突蛋白通过其糖基化与多种先天免疫受体相互作用 | NA | 探讨SARS-CoV-2刺突蛋白与先天免疫受体的相互作用及其在治疗干预中的潜在应用 | SARS-CoV-2刺突蛋白及其与先天免疫受体的相互作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 233 | 2024-08-07 |
Genome-wide studies reveal the essential and opposite roles of ARID1A in controlling human cardiogenesis and neurogenesis from pluripotent stem cells
2020-07-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02082-4
PMID:32646524
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研究论文 | 本文报道了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控神经发生和心脏发生的相反作用 | 首次揭示了ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制 | NA | 探究ARID1A在人类胚胎干细胞中调控心脏发生和神经发生的分子机制 | 人类胚胎干细胞中的心脏发生和神经发生 | 干细胞生物学 | 先天性心脏缺陷 | scRNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq | NA | 基因表达数据 | 人类胚胎干细胞 |
| 234 | 2024-08-07 |
Circulating immune cell phenotype dynamics reflect the strength of tumor-immune cell interactions in patients during immunotherapy
2020-07-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1918937117
PMID:32571915
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研究论文 | 研究探讨了免疫治疗期间外周血免疫细胞表型动态变化与肿瘤内免疫活性的关系 | 通过生态种群模型和单细胞RNA测序分析，揭示了响应患者中肿瘤与循环免疫细胞的强相互作用及其表型变化 | 研究仅限于胃肠道癌症患者，且样本来自单一临床试验 | 探讨外周血免疫细胞表型在癌症治疗前后及早期如何反映肿瘤内免疫活性 | 胃肠道癌症患者在接受化疗和免疫治疗期间的肿瘤和免疫细胞 | 数字病理学 | 胃肠道癌 | 单细胞RNA测序 | 生态种群模型 | 临床数据和基因组数据 | 一批晚期胃肠道癌症患者 |
| 235 | 2024-08-07 |
Integrated Transcriptome and Network Analysis Reveals Spatiotemporal Dynamics of Calvarial Suturogenesis
2020-07-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107871
PMID:32640236
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研究论文 | 本研究通过综合转录组和网络分析，揭示了颅骨缝合生成的时空动态特征 | 本研究首次在组织和单细胞水平上对小鼠额缝进行了胚胎日E16.5和E18.5的转录组分析，并结合共表达网络分析，验证了调控成骨细胞分化的关键驱动基因 | NA | 研究颅面异常中涉及的缝合组织的发育机制 | 小鼠额缝及其在Saethre-Chotzen和Apert综合征中的模型 | 数字病理学 | 颅面异常 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠额缝组织和单细胞样本 |
| 236 | 2024-08-07 |
Analysis of endothelial-to-haematopoietic transition at the single cell level identifies cell cycle regulation as a driver of differentiation
2020-07-01, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02058-4
PMID:32611441
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研究论文 | 本研究利用人多能干细胞分化系统和单细胞转录组学在体外重现内皮-造血转化过程，并揭示了内皮细胞如何生成早期造血细胞的机制 | 首次揭示了细胞周期调控在内皮-造血转化中的关键作用，特别是CDK4/6和CDK1在转化过程中的重要作用 | 研究主要基于体外模型，可能与人体内的实际情况存在差异 | 探究内皮-造血转化的分子机制 | 内皮细胞和造血干细胞 | 细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 237 | 2024-08-07 |
Artificial-cell-type aware cell-type classification in CITE-seq
2020-07-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa467
PMID:32657383
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研究论文 | 本文提出了一种名为CITE-sort的人工细胞类型感知表面标记聚类方法，用于CITE-seq数据中的细胞类型分类 | CITE-sort能够识别并分离由多重细胞引起的人工细胞类型，提高了细胞表面表型的自动化分析准确性 | NA | 旨在解决CITE-seq数据中多重细胞导致的人工细胞类型问题，提高细胞类型分类的准确性 | CITE-seq数据中的细胞类型分类 | 单细胞测序 | NA | CITE-seq | 聚类方法 | 单细胞转录组数据 | 使用了真实和模拟的CITE-seq数据集进行验证 |
| 238 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals profibrotic roles of distinct epithelial and mesenchymal lineages in pulmonary fibrosis
2020-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba1972
PMID:32832598
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了肺纤维化中不同上皮和间质细胞系的促纤维化作用 | 发现了在肺纤维化中，外周肺上皮细胞表型的显著变化，并识别出几种先前未被认识的上皮细胞表型，包括在肺纤维化中高度富集的病理性和产生细胞外基质的上皮细胞群体 | NA | 全面定义驱动肺纤维化中纤维化重塑的细胞类型、机制和介质 | 肺纤维化中的上皮和间质细胞系 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10个非纤维化对照肺和20个肺纤维化肺的单细胞悬液，共分析了114,396个细胞 |
| 239 | 2024-08-07 |
Discovery of CD80 and CD86 as recent activation markers on regulatory T cells by protein-RNA single-cell analysis
2020-06-24, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-020-00756-z
PMID:32580776
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研究论文 | 本研究通过多组学方法，同时定量单细胞中的mRNA和蛋白质表达，以解析人类免疫细胞群体的异质性 | 首次使用多组学方法在单细胞水平上同时检测mRNA和蛋白质表达，并发现了CD80和CD86作为调节性T细胞的近期激活标志 | NA | 研究旨在通过多组学方法解析人类免疫细胞群体的异质性 | 人类初级CD4+ T细胞及其分化轨迹 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和抗体偶联的寡核苷酸（AbSeq） | NA | mRNA和蛋白质 | 43,656个初级CD4+ T细胞和31,907个CD45+细胞 |
| 240 | 2024-08-07 |
A single-cell transcriptomic and anatomic atlas of mouse dorsal raphe Pet1 neurons
2020-06-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.55523
PMID:32568072
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研究论文 | 本文通过高吞吐量和针对背侧中缝核（DR）亚域的单细胞转录组学以及交叉遗传工具，绘制了DR-Pet1神经元的分子和解剖多样性图谱 | 本文描述了多达十四种神经元亚型，其中许多显示出偏向于DR的细胞体分布，并展示了DR神经元的独特传出投射和电生理特性 | NA | 旨在通过分子异质性的表征及其与解剖结构的关联，理解背侧中缝核的功能组织，并为治疗情感障碍提供潜在的疗法信息 | 小鼠背侧中缝核中的Pet1神经元 | 数字病理学 | 情感障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中明确 |