本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 201 | 2024-10-01 |
μCB-seq: microfluidic cell barcoding and sequencing for high-resolution imaging and sequencing of single cells
2020-11-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d0lc00169d
PMID:32931539
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为μCB-seq的微流控细胞条形码和测序平台,用于高分辨率成像和单细胞测序 | μCB-seq通过一种新的制造方法,在微流控设备的可寻址反应室中预加载带有已知条形码序列的引物,从而实现了单细胞的高分辨率成像和测序 | NA | 结合单细胞RNA测序和光学成像,提供全面的单细胞分析,整合基因表达谱和细胞状态表征 | 单细胞 | 数字病理学 | NA | 微流控技术 | NA | 图像和文本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 202 | 2024-10-01 |
A Single-Cell RNA Expression Map of Human Coronavirus Entry Factors
2020-May-27, SSRN
DOI:10.2139/ssrn.3611279
PMID:32714119
|
研究论文 | 研究利用单细胞RNA测序数据分析了人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况 | 首次构建了人类冠状病毒进入因子在多种健康人体组织中的单细胞RNA表达图谱,揭示了SARS-CoV-2在不同器官中的潜在感染路径 | 研究主要基于健康人体组织的单细胞RNA测序数据,未涉及疾病状态下的组织样本 | 预测人类冠状病毒的宿主嗜性,并分析其在不同人体组织中的潜在感染路径 | 人类冠状病毒进入因子在不同健康人体组织中的表达情况 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 28个SCARFs,涵盖多种健康人体组织 | NA | NA | NA | NA |
| 203 | 2024-09-15 |
Increased Tau Expression Correlates with Neuronal Maturation in the Developing Human Cerebral Cortex
2020 May/Jun, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0058-20.2020
PMID:32393582
|
研究论文 | 研究探讨了tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达变化及其与神经元成熟的关系 | 首次在细胞水平上详细描述了tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达模式,并揭示了tau表达与神经元成熟之间的关联 | 研究主要基于现有数据和体外模型,缺乏直接的体内实验验证 | 探讨tau蛋白在人类大脑发育过程中的表达模式及其与神经元成熟的关系 | tau mRNA和蛋白在发育中的人类大脑中的表达 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(sc-RNAseq)、RNA原位杂交(RNAscope)、免疫组织化学(IHC) | NA | RNA | 包括发育中的人类大脑组织和诱导多能干细胞(iPSC)衍生的皮质类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 204 | 2024-09-11 |
A Molecular Calcium Integrator Reveals a Striatal Cell Type Driving Aversion
2020-12-23, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.11.015
PMID:33308478
|
研究论文 | 本文介绍了一种分子技术FLiCRE,用于稳定标记表现出细胞内钙浓度增加的细胞,并在小鼠伏隔核中使用单细胞RNA测序检测FLiCRE转录本 | 开发了一种新的分子技术FLiCRE,能够在细胞内钙浓度增加时稳定标记细胞,并利用单细胞RNA测序同时读取细胞类型和钙激活历史 | NA | 开发一种分子技术,用于精确分析、选择和重新编程异质细胞群体 | 小鼠伏隔核中的神经元群体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠伏隔核中的神经元群体 | NA | NA | NA | NA |
| 205 | 2024-09-11 |
Single-cell transcriptome analysis of the novel coronavirus (SARS-CoV-2) associated gene ACE2 expression in normal and non-obstructive azoospermia (NOA) human male testes
2020-07, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-020-1705-0
PMID:32361911
|
研究论文 | 研究分析了新型冠状病毒(SARS-CoV-2)相关基因ACE2在正常和非梗阻性无精子症(NOA)男性睾丸中的单细胞转录组表达 | 首次通过单细胞RNA测序分析了ACE2在不同睾丸细胞类型中的表达,并发现了ACE2在Sertoli细胞中的高表达 | 研究样本量有限,仅包括853个胚胎原始生殖细胞和2854个正常睾丸细胞,以及228个NOA患者的Sertoli细胞 | 评估SARS-CoV-2病毒对男性生殖系统的潜在影响 | 正常和非梗阻性无精子症(NOA)男性睾丸中的ACE2表达 | 基因组学 | 男性生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 853个胚胎原始生殖细胞,2854个正常睾丸细胞,228个NOA患者的Sertoli细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 206 | 2024-09-06 |
Integrated Single-Cell Transcriptomics and Chromatin Accessibility Analysis Reveals Regulators of Mammary Epithelial Cell Identity
2020-10-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.108273
PMID:33086071
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析,揭示了乳腺上皮细胞身份的调控因子 | 本文首次通过整合单细胞转录组学和染色质可及性分析,无偏倚地重建了小鼠乳腺上皮细胞系统的细胞类型及其基因调控特征,并定义了分泌型腔细胞内的分化状态 | NA | 揭示乳腺上皮细胞身份及其分化的调控机制 | 小鼠乳腺上皮细胞系统及其基因调控特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和染色质可及性分析 | NA | 转录组数据和染色质可及性数据 | 小鼠乳腺上皮细胞系统中的多个细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 207 | 2024-09-06 |
Coronavirus disease-19 and fertility: viral host entry protein expression in male and female reproductive tissues
2020-07, Fertility and sterility
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.fertnstert.2020.05.001
PMID:32622411
|
研究论文 | 研究分析了男性和女性生殖系统中SARS-CoV-2感染风险相关的细胞类型 | 首次系统分析了男性和女性生殖组织中SARS-CoV-2进入宿主细胞的关键基因和蛋白的表达情况 | 研究基于已有的基因和蛋白表达数据,未涉及临床患者样本 | 识别男性和女性生殖系统中因表达SARS-CoV-2进入细胞所需基因和蛋白而易受感染的细胞类型 | 男性和女性生殖系统中的细胞类型 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 18个人类卵丘细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 208 | 2024-09-06 |
Approaches for integrating heterogeneous RNA-seq data reveal cross-talk between microbes and genes in asthmatic patients
2020-06-22, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-02033-z
PMID:32571363
|
研究论文 | 研究开发了一种集成降维和统计建模的流程,用于解析哮喘患者痰液样本中复杂的RNA-seq数据,揭示微生物与基因之间的相互作用 | 提出了LDA-link方法,通过降维的LDA主题将微生物与基因连接起来,并验证了该方法的有效性 | NA | 研究哮喘患者痰液样本中微生物与基因之间的相互作用 | 哮喘患者的痰液样本 | 生物信息学 | 哮喘 | RNA-seq | LDA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 209 | 2024-08-29 |
scIGANs: single-cell RNA-seq imputation using generative adversarial networks
2020-09-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkaa506
PMID:32588900
|
研究论文 | 本文提出了一种使用生成对抗网络(GANs)进行单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据插补的方法,称为scIGANs | scIGANs利用生成的细胞而非观察到的细胞来避免过度平滑和去除细胞间基因表达的自然随机性,并平衡主要和稀有细胞群之间的性能 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据的质量,通过插补技术减少技术噪声,如过多的假零值(dropouts) | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 生成对抗网络(GANs) | 基因表达数据 | 适用于包含超过100,000个细胞的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 210 | 2024-08-29 |
CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data
2020-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13779-x
PMID:31900397
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法,用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异(CNV)事件 | CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用,并利用高效的B-allele频率(BAF)信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正 | NA | 开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件 | 拷贝数变异(CNV)事件 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 信号处理方法 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 211 | 2024-08-22 |
Integrated single-cell and bulk gene expression and ATAC-seq reveals heterogeneity and early changes in pathways associated with resistance to cetuximab in HNSCC-sensitive cell lines
2020-07, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-020-0851-5
PMID:32362655
|
研究论文 | 本研究通过综合单细胞和批量基因表达以及ATAC-seq数据,揭示了HNSCC敏感细胞系中与西妥昔单抗耐药相关的异质性和早期通路变化 | 首次生成了敏感头颈鳞状细胞癌(HNSCC)细胞的综合多组学数据,以识别西妥昔单抗的即时反应 | NA | 识别肿瘤细胞在仍对治疗有反应时潜在的耐药机制,以延迟获得性耐药 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)敏感细胞系中西妥昔单抗耐药的早期反应和相关通路 | 数字病理学 | 头颈癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | 多个HNSCC敏感细胞系 | NA | NA | NA | NA |
| 212 | 2024-08-22 |
Single-Cell RNA Sequencing for Precision Oncology: Current State-of-Art
2020, Journal of the Indian Institute of Science
IF:1.8Q2
DOI:10.1007/s41745-020-00178-1
PMID:32837038
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNA-seq)在精准肿瘤学中的应用现状,包括数据处理步骤和其在精准肿瘤学中的意义 | scRNA-seq技术为肿瘤内异质性(ITH)及其在药物抗性和转移中的影响提供了前所未有的见解 | NA | 为进入scRNA-seq领域的新人提供框架和指南 | scRNA-seq技术的分析步骤和其在精准肿瘤学中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 213 | 2024-08-16 |
Systematic evaluation of transcriptomic disease risk and diagnostic biomarker overlap between COVID-19 and tuberculosis: a patient-level meta-analysis
2020-Nov-26, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.11.25.20236646
PMID:33269371
|
研究论文 | 本文通过患者层面的荟萃分析,评估了COVID-19和结核病之间转录组疾病风险和诊断生物标志物的重叠。 | 首次系统地分析了COVID-19和结核病在转录组层面的相互作用,并识别了共享的基因本体论扰动。 | 研究主要基于RNA测序数据,可能无法全面反映所有相关生物标志物。 | 旨在理解COVID-19和结核病之间的相互作用,并识别潜在的共享生物标志物。 | COVID-19和结核病患者的转录组数据。 | 数字病理学 | 肺结核 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 35个COVID-19基因签名来自9项研究,共98个样本;1181个结核病RNA测序数据样本来自853名个体。 | NA | NA | NA | NA |
| 214 | 2024-08-16 |
Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-0168-9
PMID:32377375
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面描述了COVID-19恢复期患者外周血单个核细胞的转录变化 | 首次揭示了COVID-19恢复早期阶段的炎症免疫特征,并识别了新的B细胞受体信号,可能促进COVID-19疫苗和抗体的开发 | NA | 旨在阐明COVID-19恢复期患者免疫细胞亚群的变化及其状态 | COVID-19恢复期患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过1,200,000名COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 215 | 2024-08-14 |
Aortic heterogeneity across segments and under high fat/salt/glucose conditions at the single-cell level
2020-May, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa038
PMID:34692110
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,分析了在正常和高血糖、高盐饮食或高脂肪摄入条件下,小鼠升主动脉、主动脉弓以及胸腹主动脉段的细胞异质性 | 首次揭示了主动脉不同段在单细胞水平上的异质性,并探讨了代谢病理条件对其的影响 | NA | 研究主动脉不同段在单细胞水平上的异质性及其在代谢病理条件下的变化 | 小鼠的升主动脉、主动脉弓、胸腹主动脉段细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 216,612个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 216 | 2024-08-13 |
A community-based transcriptomics classification and nomenclature of neocortical cell types
2020-12, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-0685-8
PMID:32839617
|
研究论文 | 本文提出了一种基于转录组学的哺乳动物新皮层细胞类型的分类和命名法,旨在通过社区合作和数据聚合模型来统一和标准化细胞类型的分类。 | 首次提出基于单细胞转录组学的高通量测量方法,并建议采用基于转录组的分类法和标准化命名法,以及社区合作的数据聚合模型。 | NA | 为了理解皮层电路的功能,需要对细胞多样性进行分类和命名,以实现对细胞类型的统一和标准化。 | 哺乳动物新皮层的细胞类型。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 217 | 2024-08-10 |
Lung transplantation for patients with severe COVID-19
2020-12-16, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abe4282
PMID:33257409
|
研究论文 | 本文报告了三名患有难治性COVID-19相关呼吸衰竭患者的肺移植结果,并使用单分子荧光原位杂交(smFISH)检测了SARS-CoV-2 RNA,进行了细胞外基质成像和单细胞RNA测序。 | 首次使用smFISH技术检测移植肺组织中的SARS-CoV-2 RNA,并通过机器学习比较了晚期COVID-19患者与肺纤维化患者的单细胞RNA测序数据。 | 研究样本量较小,仅包括三名患者,且未讨论长期移植后的生存率和并发症。 | 探讨肺移植作为难治性COVID-19相关呼吸衰竭患者的一种潜在救命治疗方法的可行性和效果。 | 患有难治性COVID-19相关呼吸衰竭的患者及其移植后的肺组织。 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单分子荧光原位杂交(smFISH) | 机器学习 | RNA测序数据 | 三名接受肺移植的患者和两名因COVID-19相关肺炎死亡的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 218 | 2024-08-10 |
Expression of the SARS-CoV-2 ACE2 Receptor in the Human Airway Epithelium
2020-07-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202003-0541OC
PMID:32432483
|
研究论文 | 研究SARS-CoV-2病毒受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达情况 | 首次详细分析了ACE2在不同类型气道上皮细胞中的表达模式,并探讨了吸烟对ACE2表达的影响 | 研究样本仅限于非吸烟者和吸烟者,未涵盖所有可能的人群 | 探究SARS-CoV-2病毒受体ACE2在人类气道上皮细胞中的表达及其对病毒感染的影响 | 人类气道上皮细胞中的ACE2表达 | NA | COVID-19 | 微阵列分析,RNA测序,10x单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 包括非吸烟者和吸烟者的气管、大气道和小气道上皮细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 219 | 2024-08-09 |
Lineage analysis reveals an endodermal contribution to the vertebrate pituitary
2020-10-23, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aba4767
PMID:33093109
|
研究论文 | 本文通过谱系追踪和时间流逝成像技术,在斑马鱼中发现了垂体前叶(腺垂体)的形成不仅依赖于已知的表皮来源,还涉及内皮细胞的贡献 | 首次揭示了内皮细胞对脊椎动物垂体的贡献,并通过单细胞RNA测序证实了内皮和表皮上皮在产生所有内分泌细胞类型方面的相似能力 | NA | 探讨脊椎动物垂体的形成过程中内皮细胞的贡献 | 斑马鱼的垂体前叶(腺垂体) | NA | NA | 谱系追踪、时间流逝成像、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 220 | 2024-08-09 |
Gene editing and elimination of latent herpes simplex virus in vivo
2020-08-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-17936-5
PMID:32811834
|
研究论文 | 本文评估了使用腺相关病毒(AAV)递送的巨核酸酶在已建立的小鼠模型中编辑单纯疱疹病毒(HSV),作为一种潜在的治愈方法来治疗HSV潜伏感染 | 本文展示了AAV递送的巨核酸酶而非CRISPR/Cas9能够高度有效地编辑HSV,消除超过90%的潜伏病毒 | 需要进一步优化巨核酸酶的递送和活性,以实现更完全的HSV消除 | 探索使用基因编辑技术治愈HSV潜伏感染的可能性 | 单纯疱疹病毒(HSV)在小鼠模型中的基因编辑 | 基因编辑 | 单纯疱疹病毒感染 | AAV递送的巨核酸酶 | NA | 单细胞RNA测序 | 小鼠模型中的颈上神经节 | NA | NA | NA | NA |