单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
141	2024-08-09	Reproducibility across single-cell RNA-seq protocols for spatial ordering analysis 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0239711 PMID:32986734	研究论文	本文评估了三种不同单细胞RNA测序协议（Smart-seq、MARS-seq和10X）在空间重构分析中的可重复性	发现不同协议和计算算法生成的数据在空间重构分析后基因表达谱高度一致	需要优化协议中测序深度和细胞数量的平衡，以有效利用资源	评估不同单细胞RNA测序协议在空间重构分析中的表现	三种单细胞RNA测序协议在空间重构分析中的可重复性和生物信号再现能力	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了三种不同协议的数据集
142	2024-08-09	Understanding Diseases from Single-Cell Sequencing and Methylation 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_1 PMID:32949386	review	本书综述了单细胞测序和甲基化在疾病中的作用，并探讨了单细胞测序和甲基化的疾病特异性改变	本书强调了单细胞测序和甲基化方法在临床实践和应用中的重要性，以及其在非癌疾病中的潜在价值	NA	旨在应用单细胞测序和甲基化测量进行临床诊断和治疗，并理解这些参数的临床价值	单细胞测序和甲基化在疾病中的应用	digital pathology	pulmonary disease	single-cell sequencing, methylation sequencing	NA	DNA, RNA	NA
143	2024-08-09	Methods for Single-Cell Isolation and Preparation 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_2 PMID:32949387	研究论文	本文综述了当前用于基于测序的下游分析的单细胞分离方法的最新技术，并讨论了它们的优缺点	介绍了多种单细胞分离方法，并允许转录组学与细胞电生理或形态学参数的相关性分析	需要仔细选择合适的方法以避免数据错误或偏差，可能导致误解	提供单细胞分离方法的广泛概述，并详细讨论关键参数	单细胞分离技术及其在测序基础下游分析中的应用	生命科学	NA	单细胞测序	NA	细胞	NA
144	2024-08-09	Single-Cell Sequencing of T cell Receptors: A Perspective on the Technological Development and Translational Application 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_3 PMID:32949388	综述	本文综述了T细胞受体（TCR）的单细胞测序技术发展及其在自身免疫性疾病中的转化应用	介绍了单细胞测序技术在研究TCR库中的应用，改变了TCR库的调查和分析方式	在技术上仍存在挑战，如如何序列化TCR并提供与免疫系统中大量TCR库相关的概念性背景	探讨TCR的生物学特性、信号传导及其在自身免疫中的意义，并讨论单细胞测序平台在自身免疫性疾病中的应用	T细胞受体（TCR）及其在免疫反应中的作用	生物技术	自身免疫性疾病	单细胞测序	NA	序列数据	NA
145	2024-08-09	Application of Single-Cell RNA Sequencing in Pancreatic Cancer and the Endocrine Pancreas 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_12 PMID:32949397	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在胰腺癌和内分泌胰腺研究中的应用	scRNA-seq技术能深入分析胰腺和胰腺癌中的细胞异质性，特别是在细胞类型特异性分子识别和癌细胞与间质微环境相互作用的检测方面	NA	综述scRNA-seq策略在胰腺转录组学和胰腺癌研究中的最新进展	胰腺癌和内分泌胰腺	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
146	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Genitourinary Malignancies 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_13 PMID:32949398	研究论文	本文综述了单细胞测序（SCS）在泌尿生殖系统恶性肿瘤中的应用，包括其在肾细胞癌、膀胱癌和前列腺癌中的研究进展	SCS技术革新了对肿瘤异质性、肿瘤微环境、免疫浸润、癌症干细胞（CSCs）、循环肿瘤细胞（CTCs）和克隆进化的理解	NA	探讨SCS技术在泌尿生殖系统恶性肿瘤中的应用及其未来发展	肾细胞癌、膀胱癌和前列腺癌	数字病理学	泌尿生殖系统恶性肿瘤	单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	NA
147	2024-08-09	Single Cell RNA Sequencing in Human Disease: Renal, Pancreatic, and Viral Diseases 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_16 PMID:32949401	综述	本章讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在探索病毒感染以及肾脏和胰腺疾病中的具体应用	scRNA-seq技术已推进对肺部和心脏疾病、移植免疫学、癌症等多种疾病的研究	本综述并非详尽无遗	探讨scRNA-seq在人类疾病中的应用，特别是肾脏、胰腺和病毒性疾病	病毒感染、肾脏和胰腺疾病	数字病理学	肾脏疾病、胰腺疾病、病毒性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞表达模式	NA
148	2024-08-09	Single-Cell Sequencing in Human Genital Infections 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_17 PMID:32949402	综述	本文综述了单细胞测序技术在人类生殖器感染研究中的应用	单细胞测序技术为研究药物抗性克隆、细胞间变异、获得性药物抗性突变、病原体在不同感染阶段的转录多样性、识别稀有细胞类型以及研究生殖器感染病原体的不同细胞状态提供了新的可能性	本文讨论了单细胞测序技术在人类生殖器感染研究中的局限性和挑战	探讨单细胞测序技术在人类生殖器感染研究中的应用及其局限性	人类生殖器感染及其相关病原体	NA	生殖器感染	单细胞测序	NA	细胞	NA
149	2024-08-09	Values of Single-Cell RNA Sequencing in Development of Cerebral Cortex 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-4494-1_19 PMID:32949404	研究论文	本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究大脑皮层细胞复杂性、集群和特定功能中的应用	本文提出了将scRNA-seq扩展到单个神经元细胞的代谢谱，并整合转录组与分子和功能表型，以深入理解大脑发育和疾病发生的分子机制	大脑样本易受干扰和混杂因素影响，需要开发更先进的计算系统生物学方法来克服单细胞信号检测中的固有干扰和技术差异	研究单细胞RNA测序在理解大脑皮层发育和神经疾病发病机制中的应用	大脑皮层细胞的异质性和转录组变化	数字病理学	神经疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	未具体说明样本数量
150	2024-08-09	scTree: An R package to generate antibody-compatible classifiers from single-cell sequencing data 2020, Journal of open source software DOI:10.21105/joss.02061 PMID:32954206	研究论文	介绍了一个名为scTree的R包，用于从单细胞测序数据中生成抗体兼容的分类器	scTree工具旨在为使用R编程语言和scRNA-seq分析程序的生物学家提供一组最小的基因，以便用于下游实验	NA	开发一个工具，帮助生物学家从单细胞测序数据中选择用于下游实验的最小基因集	单细胞RNA测序数据中的基因选择	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
151	2024-08-09	Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles 2020, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0239495 PMID:32956417	研究论文	研究了影响细胞类型特异性RNA-Seq表达谱变异的因素	评估了不同归一化方法对变异的影响，并探讨了UMI-based单细胞RNA-Seq与bulk RNA-Seq之间的差异	技术变异和组织来源的差异对细胞类型比例解卷积有混杂效应	探究影响细胞类型特异性基因表达谱变异的主要因素	bulk RNA-Seq和单细胞RNA-Seq数据中的B细胞和T细胞	生物信息学	NA	RNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	多个公开可用的bulk和单细胞RNA-Seq数据集
152	2024-08-09	Ischemia Reperfusion Injury Triggers CXCL13 Release and B-Cell Recruitment After Allogenic Kidney Transplantation 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.01204 PMID:32849490	研究论文	本研究探讨了缺血再灌注损伤（IRI）在同种异体肾移植后是否会导致CXCL13水平上调及其对B细胞招募的影响	首次证明了IRI在肾移植中与CXCL13水平升高相关，并揭示了B细胞的招募与CXCL13表达的关系	研究仅在鼠模型中进行，结果的临床相关性需要进一步验证	探索IRI在肾移植中对CXCL13水平的影响及其机制	CXCL13在肾移植中的表达及其对B细胞招募的作用	NA	肾移植	免疫组织化学研究，单细胞RNA测序分析	NA	细胞	研究使用了单侧和双侧肾IRI的鼠模型
153	2024-08-09	Conventional and Computational Flow Cytometry Analyses Reveal Sustained Human Intrathymic T Cell Development From Birth Until Puberty 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.01659 PMID:32849574	研究论文	本文通过常规和计算流式细胞术分析，研究了从出生到青春期人类胸腺内T细胞发育的持续性	建立了新的计算分析流程，该流程从单细胞转录组测序数据分析中改编而来，能够克服批次效应，同时分析多个样本，并通过子采样限制计算成本，依赖KNN图进行基于图的聚类	尽管使用了新的计算分析方法，但胸腺早期退化对T细胞发育的影响仍需进一步研究	研究胸腺退化对胸腺内免疫亚群频率的影响	从出生到14岁的人类胸腺样本	NA	NA	流式细胞术	KNN图	细胞	从出生到14岁的多个胸腺样本
154	2024-08-09	Characterization of the Bronchoalveolar Lavage Fluid by Single Cell Gene Expression Analysis in Healthy Dogs: A Promising Technique 2020, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2020.01707 PMID:32849601	研究论文	本研究利用单细胞mRNA测序技术（scRNA-seq）分析健康犬的支气管肺泡灌洗液（BALF）中的细胞异质性	首次在犬类中使用scRNA-seq技术研究BALF中的细胞亚群，并识别出14种不同的细胞集群	NA	验证scRNA-seq技术在犬类组织成分研究中的潜力	健康犬的支气管肺泡灌洗液中的细胞	数字病理学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	4只健康犬，共分析了5,710个细胞
155	2024-08-09	Neural Regulation of Feeding Behavior 2020, Advances in experimental medicine and biology DOI:10.1007/978-981-15-7086-5_3 PMID:32852737	研究论文	本文探讨了神经调节摄食行为的电路和细胞机制	采用了基因操作、光遗传学、病毒示踪和单细胞测序等先进技术，提供了关于中枢神经系统如何调节食物摄入的新见解	NA	研究能量平衡和摄食行为的协调机制	神经调节摄食行为的电路和细胞机制	神经科学	肥胖症，厌食症	基因操作，光遗传学，病毒示踪，单细胞测序	NA	NA	NA
156	2024-08-09	Reciprocal change in Glucose metabolism of Cancer and Immune Cells mediated by different Glucose Transporters predicts Immunotherapy response 2020, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.48954 PMID:32863946	研究论文	研究通过分析RNA-seq和FDG正电子发射断层扫描（PET）数据，探讨了肺癌鳞状细胞癌（LUSC）中葡萄糖转运蛋白（GLUT）表达与免疫细胞富集分数（ImmuneScore）及免疫治疗反应之间的关系	首次探讨了GLUT3/GLUT1比率作为免疫代谢功能的代表，并研究了其与免疫治疗反应的关联	研究样本量有限，且仅限于肺癌鳞状细胞癌和黑色素瘤患者	探索肿瘤微环境中的葡萄糖代谢特性及其在免疫治疗反应中的潜在应用	肺癌鳞状细胞癌（LUSC）和黑色素瘤患者的肿瘤和免疫细胞	数字病理学	肺癌	RNA-seq, FDG正电子发射断层扫描	NA	RNA-seq数据, 图像	63例肺癌鳞状细胞癌样本, 5例肺癌样本, 两个黑色素瘤队列
157	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Immune Cells: Cell Isolation and cDNA Library Generation for scRNA-Seq 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0802-9_1 PMID:32808214	研究论文	本文描述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）前三个主要实验步骤的优化	提供了针对免疫CD8a T细胞的单细胞cDNA文库生成方法	NA	优化scRNA-seq实验技术步骤	免疫CD8a T细胞	单细胞测序	NA	scRNA-seq	NA	转录组	从鼠脾组织中分离的CD8a T细胞
158	2024-08-09	The Conjugation of Antibodies for the Simultaneous Detection of Surface Proteins and Transcriptome Analysis at a Single-Cell Level 2020, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-0802-9_3 PMID:32808216	研究论文	本文介绍了一种简单可靠的方法，用于将寡核苷酸与抗体结合，并用于单细胞转录组测序	本文开发了一种新方法，通过将抗体与条形码寡核苷酸结合，实现了在单细胞水平上同时检测表面蛋白和转录组分析	NA	开发一种能够在单细胞水平上同时进行转录组和蛋白质水平分析的方法	单细胞转录组和蛋白质水平	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	单细胞
159	2024-08-09	Digestive symptoms of COVID-19 and expression of ACE2 in digestive tract organs 2020, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-020-00307-w PMID:32818075	研究论文	本研究旨在全面调查COVID-19患者的消化道症状及其在消化道器官中的潜在致病途径，并探讨ACE2在这些器官中的表达情况	本研究通过批量和单细胞RNA测序数据，首次揭示了消化道器官中ACE2表达水平高于肺部，并且在肿瘤细胞中的表达高于正常组织	研究样本量较小，仅包括48名患者，可能影响结果的普遍性	探讨COVID-19患者的消化道症状及SARS-CoV-2在消化道器官中的感染途径	COVID-19患者的消化道症状及消化道器官中ACE2的表达	NA	COVID-19	RNA测序	NA	RNA	48名COVID-19患者
160	2024-08-09	clustifyr: an R package for automated single-cell RNA sequencing cluster classification 2020, F1000Research DOI:10.12688/f1000research.22969.2 PMID:32765839	研究论文	clustifyr是一个R包，用于自动分类单细胞RNA测序数据中的细胞类型	clustifyr利用多种外部数据类型，包括基因表达谱，使用来自单细胞RNA测序、批量RNA测序、微阵列表达数据或签名基因列表的数据来分配可能的细胞类型	NA	开发一个轻量级且有效的细胞类型分配工具，适用于各种单细胞RNA测序分析流程	单细胞RNA测序数据中的细胞类型分配	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA