单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 281 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
scRepertoire: An R-based toolkit for single-cell immune receptor analysis
2020, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.22139.2
PMID:32789006
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研究论文 | scRepertoire是一个基于R的工具包，用于单细胞免疫受体分析 | scRepertoire填补了单细胞免疫受体分析软件的空白，能够轻松结合mRNA和免疫受体分析 | NA | 开发一个用于单细胞免疫受体分析的工具包 | 单细胞免疫受体数据 | 免疫学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 数据来源于10x Genomics Chromium免疫受体分析 |
| 42 | 2024-08-07 |
Encoding Method of Single-cell Spatial Transcriptomics Sequencing
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.43887
PMID:32792863
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综述 | 本文综述了单细胞空间转录组测序技术的最新进展，特别是位置信息编码方法 | 介绍了基于微孔板、条形码珠阵列、显微切割、杂交和条形码定位以及混合分离技术的单细胞空间转录组技术 | NA | 探讨单细胞空间转录组测序技术在组织功能识别、发育过程追踪及病理和分子检测中的应用 | 单细胞空间转录组测序技术及其位置信息编码方法 | 测序技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Redefining Tumor-Associated Macrophage Subpopulations and Functions in the Tumor Microenvironment
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.01731
PMID:32849616
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综述 | 本文综述了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境（TME）中的亚群及其功能的重定义 | 探讨了TAM亚群与功能的新证据，并提出了通过新技术整合来解析TAM详细图景的可能性 | 肿瘤微环境的免疫抑制状态仍因对TAM功能理解不足而未明确定义 | 旨在重新定义肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞的亚群及其功能 | 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的作用 | NA | NA | 多重免疫组化（mIHC）、时间飞行质谱细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学、系统生物学方法 | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Pinpointing Cell Identity in Time and Space
2020, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2020.00209
PMID:32923457
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评论 | 本文讨论了整合细胞转录状态与组织及亚细胞空间和时间信息对于全面表征细胞类型和状态的重要性 | 提出了在细胞分类中应考虑分子如RNA和蛋白质的亚细胞空间分布等额外信息层级 | NA | 深入表征细胞群体，特别是在时间和空间维度上 | 哺乳动物细胞的类型和状态 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
SCSA: A Cell Type Annotation Tool for Single-Cell RNA-seq Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00490
PMID:32477414
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研究论文 | 介绍了一种名为SCSA的自动工具，用于从单细胞RNA测序数据中注释细胞类型 | SCSA结合了差异表达基因和细胞标记的置信水平，实现了对细胞类型的自动注释 | NA | 开发一种自动化的细胞类型注释工具，以减少人工注释的劳动强度和依赖用户专业知识的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 评分注释模型 | RNA测序数据 | 来自不同来源的真实单细胞RNA测序数据集 |
| 46 | 2024-08-07 |
Surface protein imputation from single cell transcriptomes by deep neural networks
2020-01-31, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-14391-0
PMID:32005835
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研究论文 | 本研究提出了一种基于深度神经网络的转移学习框架cTP-net，用于从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | 本研究首次提出了cTP-net框架，通过学习现有的单细胞多组学资源，实现了从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | NA | 开发一种新的方法从单细胞转录组数据中推断表面蛋白丰度 | 单细胞转录组数据和表面蛋白丰度 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Single-Nucleus Sequencing of an Entire Mammalian Heart: Cell Type Composition and Velocity
2020-01-28, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells9020318
PMID:32013057
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研究论文 | 本研究首次使用单核RNA测序技术（snRNA-seq）对整个成年哺乳动物心脏进行分析，揭示了心脏细胞类型的组成及其转录动力学 | 首次对整个成年哺乳动物心脏进行单核RNA测序，并结合RNA速度分析研究细胞状态的转变 | NA | 扩展对复杂组织如哺乳动物心脏细胞层面的理解 | 成年哺乳动物心脏的细胞类型组成和转录动力学 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 整个成年哺乳动物心脏 |
| 48 | 2024-08-07 |
Gene regulatory network reconstruction using single-cell RNA sequencing of barcoded genotypes in diverse environments
2020-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51254
PMID:31985403
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研究论文 | 本文开发了一种在芽殖酵母中使用单细胞RNA测序（scRNAseq）的方法，通过在11种不同环境条件下混合多样化的转录条形码基因缺失突变体，并对其表达状态进行测序，构建了基因调控网络。 | 本文利用scRNAseq技术在单细胞水平上捕捉基因表达状态，结合多任务学习框架，构建了一个包含12,228个相互作用的全球基因调控网络。 | NA | 旨在理解基因表达程序的控制机制，通过识别转录因子与目标基因之间的调控关系。 | 芽殖酵母中的基因调控网络。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 多任务学习框架 | 基因表达数据 | 38,285个单细胞 |
| 49 | 2024-08-07 |
Adaptive Landscape Shaped by Core Endogenous Network Coordinates Complex Early Progenitor Fate Commitments in Embryonic Pancreas
2020-01-24, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-020-57903-0
PMID:31980678
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研究论文 | 本文通过构建胰腺谱系决策的核心内源网络，并利用动态建模量化其内在动态特性，揭示了胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂性 | 首次通过重新定义的层次结构，详细描述了早期胰腺前体细胞的命运承诺 | NA | 探索胰腺早期发育中前体细胞命运承诺的复杂机制 | 胰腺前体细胞的命运承诺及其动态特性 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | 动态建模 | 基因调控网络 | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Single-Cell Molecular and Cellular Architecture of the Mouse Neurohypophysis
2020 Jan/Feb, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0345-19.2019
PMID:31915267
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年雄性小鼠神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征 | 揭示了新的垂体细胞标记物，具有比先前报道更高的特异性，并展示了细胞类型的空间组织和细胞间通讯 | NA | 阐明神经垂体细胞类型的精确分子特征，特别是垂体细胞 | 成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞类型和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-Seq) | NA | RNA | 成年雄性小鼠的神经垂体及其中间叶的细胞 |
| 51 | 2024-08-07 |
Single Cell Transcriptome in Colorectal Cancer-Current Updates on Its Application in Metastasis, Chemoresistance and the Roles of Circulating Tumor Cells
2020, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2020.00135
PMID:32174835
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是在转移、化疗抵抗和循环肿瘤细胞作用方面的最新进展 | 引入单细胞转录组学技术，使得能够检查单个肿瘤细胞内的表达水平，从而揭示肿瘤内的异质性 | NA | 探讨单细胞转录组学在结直肠癌中的应用，特别是循环肿瘤细胞的分析，以提供诊断和治疗的关键信息 | 结直肠癌及其循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
A comparison of methods accounting for batch effects in differential expression analysis of UMI count based single cell RNA sequencing
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.03.026
PMID:32322368
|
研究论文 | 本文比较了在基于UMI计数的单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的不同方法 | 首次系统评估了11种处理批次效应的方法在单细胞RNA测序差异表达分析中的表现，特别是针对潜在批次效应的处理 | 尽管SVA方法在处理潜在批次效应时表现较好，但在涉及大组效应和/或组标签不纯的情况下，其性能仍需改进 | 评估和比较不同方法在单细胞RNA测序差异表达分析中处理批次效应的效果 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应处理方法 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 回归模型、固定效应模型、混合效应模型 | UMI计数数据 | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Human Regulatory T Cells From Umbilical Cord Blood Display Increased Repertoire Diversity and Lineage Stability Relative to Adult Peripheral Blood
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.00611
PMID:32351504
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研究论文 | 本文比较了从脐带血和成人外周血中分离的调节性T细胞的表型特征，发现脐带血来源的Tregs具有更广泛的T细胞受体库和更稳定的谱系特性 | 发现脐带血来源的Tregs在TCR库多样性和表型同质性上优于成人外周血来源的Tregs，且可能具有更强的免疫调节能力 | NA | 探讨脐带血和成人外周血来源的调节性T细胞在表型和功能上的差异，以优化过继性T细胞疗法 | 从脐带血和成人外周血中分离的调节性T细胞 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、微阵列和细胞因子分析 | NA | 单细胞转录组、流式细胞数据、微阵列数据 | 脐带血和成人外周血中的调节性T细胞 |
| 54 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Data Clustering via Multinomial Modeling and Adaptive Fuzzy K-Means Algorithm
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00295
PMID:32362908
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞转录组UMI计数数据聚类方法scDMFK，结合深度自编码器技术和统计建模，利用多项分布描述数据结构并使用神经网络辅助模型参数估计，在低维潜在空间中采用带有熵正则化的自适应模糊k均值算法进行软聚类 | scDMFK方法利用多项分布来表征数据结构，并通过神经网络辅助模型参数估计，提出了一种带有熵正则化的自适应模糊k均值算法进行软聚类，相较于现有方法在数据建模和聚类算法上表现更优 | NA | 开发一种有效的单细胞转录组UMI计数数据聚类方法 | 单细胞转录组UMI计数数据 | 机器学习 | NA | 深度自编码器 | CNN | UMI计数数据 | 10个真实数据集 |
| 55 | 2024-08-07 |
Discovery of alternative polyadenylation dynamics from single cell types
2020, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2020.04.009
PMID:32382395
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综述 | 本文综述了从不同单细胞类型中识别选择性多聚腺苷酸化（APA）动态的现有实验和计算方法 | 利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）探索稀有和多样细胞类型的生物学细节 | 目前缺乏高效且特异的实验室方法来在单细胞分辨率下捕获多聚腺苷酸位点 | 总结现有方法并展望未来在单细胞水平上研究APA动态的前景 | 选择性多聚腺苷酸化（APA）动态 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
A benchmark of batch-effect correction methods for single-cell RNA sequencing data
2020-01-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1850-9
PMID:31948481
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研究论文 | 本文对现有的单细胞RNA测序数据批次效应校正方法进行了深入的基准研究，以确定最适合的批次效应去除方法。 | 本文设计了五种不同的场景来评估14种方法的性能，并使用四种基准测试指标进行评估，包括kBET、LISI、ASW和ARI。 | NA | 研究目的是评估和比较不同批次效应校正方法在单细胞RNA测序数据中的效果。 | 研究对象是14种不同的批次效应校正方法。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
DENDRO: genetic heterogeneity profiling and subclone detection by single-cell RNA sequencing
2020-01-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1922-x
PMID:31937348
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研究论文 | 本文提出了一种名为DENDRO的分析方法，用于通过单细胞RNA测序数据对肿瘤内遗传异质性进行分析，并检测亚克隆 | DENDRO方法利用转录点突变，考虑技术噪声和表达随机性，能够将单细胞聚类成遗传上不同的亚克隆，并重建相关亚克隆的系统发育树 | NA | 开发一种可靠的方法，通过单细胞RNA测序数据检测体细胞突变并推断克隆成员关系 | 单细胞RNA测序数据中的遗传异质性和亚克隆检测 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及三种癌症类型的真实数据和一个对免疫疗法有反应的小鼠黑色素瘤模型 |
| 58 | 2024-08-07 |
Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks
2020-01-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14018-z
PMID:31919373
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研究论文 | 本文提出使用条件单细胞生成对抗神经网络（cscGAN）来生成真实的单细胞RNA测序数据，以增强生物医学研究中的数据量 | cscGAN能够从复杂的多种细胞类型样本中学习非线性基因间依赖关系，并生成定义类型的真实细胞，优于现有的单细胞RNA测序数据生成方法 | NA | 旨在解决生物医学研究中观察数据量不足的问题，通过生成模拟样本增强真实观察数据，提高分析结果的鲁棒性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成对抗网络（GAN） | 基因表达数据 | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of human kidney
2020-01-02, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-019-0351-8
PMID:31896769
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人类肾脏的细胞分类和转录组信息 | 首次对正常人类肾脏的细胞进行了详细的单细胞RNA测序分析，并成功分类了肾小管近端细胞和集合管细胞的亚型 | 研究仅基于三位人类捐赠者的肾脏样本，可能存在样本量不足的问题 | 探讨正常人类肾脏的细胞组成和转录组信息，为肾病和肾癌的细胞起源研究提供参考 | 正常人类肾脏的细胞 | 数字病理学 | 肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 23,366个高质量细胞，来自三位人类捐赠者的肾脏 |
| 60 | 2024-08-07 |
A spatially restricted fibrotic niche in pulmonary fibrosis is sustained by M-CSF/M-CSFR signalling in monocyte-derived alveolar macrophages
2020-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00646-2019
PMID:31601718
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研究论文 | 研究通过应用谱系追踪、单细胞RNA测序和单分子荧光杂交技术，揭示了在石棉诱导的肺纤维化中，单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞通过M-CSF/M-CSFR信号通路维持纤维化微环境的作用。 | 首次揭示了单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其通过M-CSF/M-CSFR信号通路的自我维持机制，并发现M-CSFR信号通路是治疗肺纤维化的新药物靶点。 | NA | 探讨不同类型的巨噬细胞在器官纤维化中的作用机制，并寻找潜在的治疗靶点。 | 肺纤维化中的巨噬细胞及其信号通路。 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序、单分子荧光杂交 | NA | RNA | 人类和小鼠样本 |