本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-09 |
Novel Approaches to Profile Functional Long Noncoding RNAs Associated with Stem Cell Pluripotency
2020-Jan, Current genomics
IF:1.8Q3
|
综述 | 本文综述了功能性长非编码RNA(lncRNA)在体细胞重编程和细胞分化中的最新研究进展 | 探讨了lncRNA通过顺式或反式机制参与重编程启动、多能性维持和发育过程的新方法 | NA | 关注于体细胞重编程和细胞分化中功能性lncRNA的分析方法 | 长非编码RNA(lncRNA)及其在干细胞多能性中的作用 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | RNA | 数百种lncRNA | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-09 |
Brainstem Organoids From Human Pluripotent Stem Cells
2020, Frontiers in neuroscience
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fnins.2020.00538
PMID:32670003
|
研究论文 | 本文开发了一种从人类多能干细胞生成人类脑干类器官(hBSOs)的方法 | 首次成功生成包含多种神经细胞类型的人类脑干类器官,这些类器官的细胞组成与人类脑干相似 | 现有的类器官模型在重现人类大脑发育方面存在局限,无法完全阐明影响大脑各部分的疾病 | 探索和研究影响脑干的中枢神经系统疾病,并进行有效的药物筛选 | 人类脑干类器官(hBSOs)及其细胞组成 | 数字病理学 | 中枢神经系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | 包含多种神经细胞类型的人类脑干类器官 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-09 |
Erratum: Author Correction: Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00187-5
PMID:32595980
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-09 |
Cathepsin S and Protease-Activated Receptor-2 Drive Alloimmunity and Immune Regulation in Kidney Allograft Rejection
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00398
PMID:32582696
|
研究论文 | 本文探讨了组织蛋白酶S(Cat-S)和蛋白酶激活受体-2(PAR-2)在肾脏同种异体移植排斥中的作用 | 通过单细胞RNA测序和免疫染色证实了Cat-S在肾脏同种异体移植中的表达,并发现Cat-S抑制可以显著保护同种异体移植免受炎症和血管炎的影响 | 研究主要基于小鼠模型,需要进一步的人体研究来验证这些发现 | 研究Cat-S和PAR-2在肾脏同种异体移植排斥中的作用及其机制 | 组织蛋白酶S、蛋白酶激活受体-2、肾脏同种异体移植 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序、免疫染色 | NA | RNA | 涉及小鼠和人类肾脏同种异体移植样本 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-09 |
Single-cell genomic analysis of human cerebral organoids
2020, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2020.03.013
PMID:32586444
|
研究论文 | 本文描述了如何从人类脑类器官的同一悬浮细胞群中生成单细胞RNA测序和ATAC测序数据,并重点介绍了通过在一个实验中多重化多个个体来减少批次效应的方法。 | 利用干细胞衍生的三维细胞培养系统(脑类器官)来模拟早期大脑发育,并结合单细胞转录组和调控景观分析,以高分辨率理解细胞类型特异性特征和发育中的瞬态状态。 | NA | 研究患者特异性大脑发育,并理解细胞类型特异性特征和发育中的瞬态状态及其调控逻辑。 | 人类脑类器官中的单细胞转录组和调控景观。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,ATAC测序 | NA | 转录组数据,染色质可及性数据 | 多个个体 | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-09 |
Increased Connexin36 Phosphorylation in AII Amacrine Cell Coupling of the Mouse Myopic Retina
2020, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2020.00124
PMID:32547367
|
研究论文 | 本研究使用形態剝奪性近視小鼠模型,評估了連接蛋白36在AII無長突細胞中的表達模式和磷酸化狀態,以探討近視視網膜中信號傳輸的調節機制。 | 本研究首次發現近視視網膜中AII無長突細胞的連接蛋白36磷酸化水平增加,可能是對信號狀態改變的一種適應性調整。 | 本研究僅使用了形態剝奪性近視小鼠模型,未涵蓋其他類型的近視模型,可能影響結果的普遍性。 | 探討近視視網膜中信號傳輸的細胞和機制,以及連接蛋白36在其中的作用。 | AII無長突細胞中的連接蛋白36及其磷酸化狀態。 | NA | 近視 | 單細胞RNA測序 | NA | RNA | 形態剝奪性近視小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-09 |
Ligand-receptor interaction atlas within and between tumor cells and T cells in lung adenocarcinoma
2020, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.42080
PMID:32549766
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和基因表达数据,分析了肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的配体-受体相互作用,并构建了一个基于这些相互作用的机器学习模型来预测肺腺癌患者的预后。 | 首次系统地分析了肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的配体-受体相互作用,并构建了一个有效的机器学习模型来预测患者的预后。 | NA | 揭示肺腺癌中肿瘤细胞与T细胞之间的功能性相互作用,并探索这些相互作用对肿瘤微环境及癌症进展的潜在机制。 | 肺腺癌患者的肿瘤细胞、上皮细胞和T细胞。 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 39,692个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-09 |
POFUT1 is dispensable for structure, function and survival of mouse podocytes
2020, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:32509213
|
研究论文 | 研究探讨了POFUT1基因在鼠足细胞结构、功能和存活中的必要性 | 通过单细胞RNA测序确定了POFUT1在鼠足细胞中的非必要性,并提出了预测POFUT1在其他细胞类型中必要性的可行性 | NA | 研究POFUT1基因在鼠足细胞中的作用及其非必要性的原因 | 鼠足细胞 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 条件性敲除小鼠与野生型对照 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-09 |
Analysis of Gene Signatures of Tumor Microenvironment Yields Insight Into Mechanisms of Resistance to Immunotherapy
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00348
PMID:32528935
|
研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序技术,对肿瘤微环境进行分类,并识别出特定表型的基因,以揭示免疫治疗抵抗的潜在机制 | 通过单细胞RNA测序技术,首次将肿瘤微环境分为免疫治疗响应和非响应的炎症型,并识别出特定表型的基因,为理解免疫治疗抵抗机制提供了新视角 | 研究主要集中在肿瘤微环境的基因表达分析,未涉及临床试验验证潜在药物的效果 | 旨在揭示肿瘤微环境中免疫治疗抵抗的机制,并探索提高免疫治疗效果的潜在药物 | 肿瘤微环境中的基因表达模式及其与免疫治疗响应的关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-09 |
MFCNV: A New Method to Detect Copy Number Variations From Next-Generation Sequencing Data
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00434
PMID:32499814
|
研究论文 | 本文提出了一种新的方法MFCNV,用于从下一代测序数据中准确检测拷贝数变异 | MFCNV方法全面考虑了基因组中相邻位置间的内在相关性,计算每个基因组bin的读取深度、GC含量偏差、碱基质量和相关性值,并通过训练神经网络算法来预测拷贝数变异 | NA | 开发一种新的方法来提高从下一代测序数据中检测拷贝数变异的准确性 | 拷贝数变异在肿瘤基因组中的检测 | 数字病理学 | 肿瘤 | NGS | 神经网络 | 测序数据 | 使用模拟和真实测序数据进行测试 | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-09 |
Gene regulatory networks during the development of the Drosophila visual system
2020, Current topics in developmental biology
DOI:10.1016/bs.ctdb.2020.02.010
PMID:32450970
|
研究论文 | 本文描述了果蝇视觉系统发育过程中涉及的已知基因调控网络,并探讨了这些基因网络中的通用组件 | 讨论了果蝇视觉系统作为单细胞转录组学时代基因调控网络发现模型的优势 | NA | 研究果蝇视觉系统发育过程中的基因调控网络 | 果蝇视觉系统的发育及其基因调控网络 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-09 |
Hybrid Stem Cell States: Insights Into the Relationship Between Mammary Development and Breast Cancer Using Single-Cell Transcriptomics
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.00288
PMID:32457901
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术,探讨了正常乳腺发育与乳腺癌之间的关系,特别是混合型干细胞状态在其中的作用 | 本研究首次整合了人类和小鼠的乳腺单细胞RNA测序数据,以及TCGA中的乳腺癌bulk RNA测序数据,以探究正常乳腺和癌症中的混合型干细胞状态 | NA | 利用单细胞RNA测序技术量化正常乳腺在不同发育阶段和条件重编程下的细胞状态分布 | 正常乳腺干细胞和乳腺癌细胞的混合型状态 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习 | RNA-seq数据 | 包括人类和小鼠的多个乳腺单细胞RNA测序数据集,以及TCGA中的乳腺癌bulk RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-09 |
Identifying Cell-Type Specific Genes and Expression Rules Based on Single-Cell Transcriptomic Atlas Data
2020, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2020.00350
PMID:32411685
|
研究论文 | 本研究通过分析小鼠的单细胞转录组图谱数据,旨在识别在组织发育和器官发生中起功能作用的特定细胞类型关键基因和表达规则 | 本研究利用单细胞测序技术,针对以往研究中未深入探讨的个体多细胞生物细胞间基因组差异,识别特定细胞类型的关键基因和表达规则 | NA | 识别在组织发育和器官发生中起功能作用的特定细胞类型关键基因和表达规则 | 小鼠的单细胞转录组图谱数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序技术 | NA | 转录组数据 | 18种细胞类别 | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis Reveals Mitochondrial Dynamics in Oocytes of Patients With Polycystic Ovary Syndrome
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00396
PMID:32425983
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析,探讨了多囊卵巢综合征(PCOS)患者卵母细胞中线粒体动力学的变化 | 首次揭示了PCOS患者卵母细胞发育失败与线粒体功能异常之间的关系 | 研究样本量较小,需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 探究PCOS患者卵母细胞中线粒体功能与卵母细胞质量下降的关系 | PCOS患者的卵母细胞 | 数字病理学 | 多囊卵巢综合征 | 单细胞RNA测序 | WGCNA(加权基因共表达网络分析) | 转录组数据 | 14个健康女性和20个PCOS患者的卵母细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-09 |
An Adaptive Sparse Subspace Clustering for Cell Type Identification
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00407
PMID:32425984
|
研究论文 | 本文设计了一种自适应稀疏子空间聚类方法(AdaptiveSSC)用于细胞类型识别 | AdaptiveSSC方法基于同一类型细胞表达在同一子空间的假设,并使用数据驱动的自适应稀疏约束构建相似矩阵 | NA | 解决单细胞数据计算分析中细胞类型识别的问题 | 单细胞转录组测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | 稀疏子空间聚类 | 表达谱 | 10个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of exhausted T cells in the tumor microenvironment is linked to patient survival following resection in hepatocellular carcinoma
2020, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2020.1746573
PMID:32426177
|
研究论文 | 研究分析了肝细胞癌患者手术样本中耗竭T细胞(Tex)的浸润情况及其对患者预后的影响 | 通过单细胞RNA测序揭示了CD4-Tex、CD8-Tex和FOXP3-Treg在肿瘤及邻近组织中的组成变化及其分子特征 | NA | 评估肿瘤邻近区域T细胞状态及其对肝细胞癌预后的影响 | 肝细胞癌患者的手术样本中的耗竭T细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 117个肝细胞癌患者的手术样本 | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-09 |
Association of Urine sCD163 With Proliferative Lupus Nephritis, Fibrinoid Necrosis, Cellular Crescents and Intrarenal M2 Macrophages
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.00671
PMID:32351512
|
研究论文 | 研究评估尿液可溶性CD163(sCD163)作为狼疮性肾炎(LN)生物标志物的潜力 | 发现尿液sCD163在活动性LN患者中显著升高,并与多种肾脏病理特征相关,表明其作为预测肾脏病理的潜在标志物 | 研究主要集中在活动性LN患者,未涵盖所有LN患者群体 | 评估尿液sCD163作为狼疮性肾炎生物标志物的潜力 | 活动性狼疮性肾炎患者、活动性非肾脏狼疮患者、非活动性系统性红斑狼疮患者及健康对照 | NA | 狼疮性肾炎 | ELISA | NA | 尿液蛋白质 | 228名系统性红斑狼疮患者和56名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the heterogeneity of liver-resident immune cells in human
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-0157-z
PMID:32351704
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面分析了人肝脏驻留免疫细胞的异质性 | 首次详细描述了人肝脏中超过30种不同免疫细胞亚群的组成、基因表达和功能模块,并提出了基于趋化因子受体的T和NK细胞分类系统 | NA | 揭示人肝脏驻留免疫细胞的异质性和功能多样性 | 人肝脏驻留免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 共70,706个CD45免疫细胞样本,包括肝脏、脾脏和外周血 | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-09 |
Improved Prognostic Prediction of Glioblastoma using a PAS Detected from Single-cell RNA-seq
2020, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.44034
PMID:32328180
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据筛选出与胶质母细胞瘤预后相关的差异表达基因,并构建了一个预测模型来提高患者的生存概率预测 | 利用单细胞RNA测序数据筛选出与胶质母细胞瘤预后相关的基因集,并构建了一个新的预测模型 | NA | 提高胶质母细胞瘤患者的生存概率预测 | 胶质母细胞瘤患者的预后预测 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-09 |
Changing Technologies of RNA Sequencing and Their Applications in Clinical Oncology
2020, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2020.00447
PMID:32328458
|
研究论文 | 本文讨论了RNA测序技术的发展及其在临床肿瘤学中的应用 | 介绍了从批量RNA测序到数字空间RNA分析等多种RNA测序技术的进步 | 未明确提及 | 指导癌症研究人员选择最适合其生物学问题的RNA测序技术 | RNA测序技术的不同类型及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |