单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 281 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2024-11-14 |
SAME-clustering: Single-cell Aggregated Clustering via Mixture Model Ensemble
2020-01-10, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz959
PMID:31777938
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研究论文 | 提出了一种基于混合模型集合的单细胞聚类方法SAME-clustering，通过整合多种聚类方法的结果来提高聚类效果 | SAME-clustering通过选择多种聚类方法的多样性子集，生成改进的集合解决方案，从而在单细胞RNA-seq数据聚类中表现出色 | NA | 开发一种新的单细胞RNA-seq数据聚类方法，以提高聚类效果 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 聚类分析 | 混合模型 | RNA-seq数据 | 15个scRNA-seq数据集，包含49到32695个单细胞，聚类数从3到15 |
| 2 | 2024-08-29 |
CaSpER identifies and visualizes CNV events by integrative analysis of single-cell or bulk RNA-sequencing data
2020-01-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13779-x
PMID:31900397
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CaSpER的信号处理方法，用于通过综合分析单细胞或批量RNA测序数据来识别、可视化和分析拷贝数变异（CNV）事件 | CaSpER通过整合多尺度表达信号和等位基因偏移信号进行CNV调用，并利用高效的B-allele频率（BAF）信号轮廓生成方法进行CNV调用的校正 | NA | 开发一种新的方法来识别和可视化RNA测序数据中的拷贝数变异事件 | 拷贝数变异（CNV）事件 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 信号处理方法 | RNA测序数据 | NA |
| 3 | 2024-08-22 |
Single-Cell RNA Sequencing for Precision Oncology: Current State-of-Art
2020, Journal of the Indian Institute of Science
IF:1.8Q2
DOI:10.1007/s41745-020-00178-1
PMID:32837038
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在精准肿瘤学中的应用现状，包括数据处理步骤和其在精准肿瘤学中的意义 | scRNA-seq技术为肿瘤内异质性（ITH）及其在药物抗性和转移中的影响提供了前所未有的见解 | NA | 为进入scRNA-seq领域的新人提供框架和指南 | scRNA-seq技术的分析步骤和其在精准肿瘤学中的应用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | NA |
| 4 | 2024-08-16 |
Immune cell profiling of COVID-19 patients in the recovery stage by single-cell sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-0168-9
PMID:32377375
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，全面描述了COVID-19恢复期患者外周血单个核细胞的转录变化 | 首次揭示了COVID-19恢复早期阶段的炎症免疫特征，并识别了新的B细胞受体信号，可能促进COVID-19疫苗和抗体的开发 | NA | 旨在阐明COVID-19恢复期患者免疫细胞亚群的变化及其状态 | COVID-19恢复期患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过1,200,000名COVID-19患者 |
| 5 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-Seq reveals the transcriptional landscape and heterogeneity of skin macrophages in Vsir-/- murine psoriasis
2020, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.45614
PMID:32929361
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了Vsir-/-小鼠银屑病皮肤中巨噬细胞的转录组图谱和异质性 | 首次全面展示了Vsir psoriatic小鼠皮肤免疫细胞的单细胞景观，揭示了银屑病皮肤巨噬细胞的转录组图谱和表型异质性，并识别了其基因表达特征 | NA | 研究Vsir-/-小鼠银屑病皮肤炎症中涉及的免疫细胞亚群 | Vsir psoriatic小鼠的皮肤免疫细胞 | 数字病理学 | 银屑病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 23,258个细胞 |
| 6 | 2024-08-07 |
Exploring Additional Valuable Information From Single-Cell RNA-Seq Data
2020, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2020.593007
PMID:33335900
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review | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据在细胞间通信探索、RNA速度推断、大规模拷贝数变异和单核苷酸变化识别、染色质可及性预测等方面的应用 | 探讨了scRNA-seq数据在发现新基因/转录本、长非编码RNA和环状RNA的分析，以及单细胞和批量RNA-seq数据集整合的应用 | NA | 旨在探索scRNA-seq数据在基础科学和临床应用中的额外价值 | scRNA-seq数据中的细胞间通信、RNA速度、拷贝数变异、单核苷酸变化、染色质可及性、新基因/转录本、长非编码RNA和环状RNA | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | NA |
| 7 | 2024-08-05 |
An optimized protocol for retina single-cell RNA sequencing
2020, Molecular vision
IF:1.8Q3
PMID:33088174
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研究论文 | 本研究提出了一种优化的视网膜单细胞RNA测序的协议 | 提出了一种温和的视网膜解离方法，最大限度减少细胞死亡并保存细胞形态，同时改进计算管道以提高单细胞RNA测序数据的质量 | 对新鲜与冷冻视网膜在制备细胞或细胞核悬浮液方面的优缺点进行了演示 | 优化视网膜样本的单细胞RNA测序流程，获得更高质量的转录组数据 | 小鼠视网膜样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | NA | 小鼠视网膜样本的数量未明确说明 |
| 8 | 2024-08-05 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Six Subpopulations Reflecting Distinct Cellular Fates in Senescent Mouse Embryonic Fibroblasts
2020, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2020.00867
PMID:32849838
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了衰老小鼠胚胎成纤维细胞的六个亚群，揭示了不同的细胞命运。 | 本研究首次在衰老的小鼠胚胎成纤维细胞中识别出六个具有明显异质性的亚群，并发现HOXD8是新的衰老调控因子。 | 该研究主要基于小鼠模型，其结果可能不完全适用于其他物种或人类。 | 本研究旨在深入了解衰老小鼠胚胎成纤维细胞中的细胞异质性及其衰老机制。 | 研究对象为衰老小鼠胚胎成纤维细胞。 | 数字病理学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个衰老小鼠胚胎成纤维细胞 |
| 9 | 2024-08-05 |
FB5P-seq: FACS-Based 5-Prime End Single-Cell RNA-seq for Integrative Analysis of Transcriptome and Antigen Receptor Repertoire in B and T Cells
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.00216
PMID:32194545
|
研究论文 | 介绍了一种名为FB5P-seq的基于FACS的单细胞RNA序列技术，用于分析B细胞和T细胞的转录组及抗原受体库 | FB5P-seq是一种新颖的、经济高效的单细胞RNA-seq方法，能够实现转录组和成对的BCR或TCR库的综合分析 | NA | 本研究旨在通过新方法分析适应性免疫系统中的B细胞和T细胞的转录组和抗原受体 | 研究对象为表型定义的B细胞和T细胞亚群 | 数字病理学 | NA | FB5P-seq | NA | 转录组数据 | 应用于人类扁桃体B细胞亚群和外周血抗原特异性CD4 T细胞 |
| 10 | 2024-08-05 |
Benchmarking principal component analysis for large-scale single-cell RNA-sequencing
2020-01-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1900-3
PMID:31955711
|
研究论文 | 本文评估了用于大规模单细胞RNA测序数据集的主成分分析(PCA)算法 | 提出了基于Krylov子空间和随机奇异值分解的PCA算法的基准评估 | 未提及特定的局限性 | 评估现有的快速和内存高效的PCA算法在大规模scRNA-seq数据集中的应用 | 大规模单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据集 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 数据集 | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Single-Cell Analysis Uncovers a Vast Diversity in Intracellular Viral Defective Interfering RNA Content Affecting the Large Cell-to-Cell Heterogeneity in Influenza A Virus Replication
2020-01-07, Viruses
DOI:10.3390/v12010071
PMID:31936115
|
研究论文 | 本研究探讨了缺陷干扰颗粒（DIP）对流感A病毒复制过程中细胞间变异性的影响 | 首次揭示了感染细胞中缺陷干扰vRNA含量的显著细胞间异质性及其对病毒释放的影响 | 未明确探讨不同DIP类型对细胞间变异性的具体作用 | 研究缺陷干扰颗粒在流感A病毒复制中的作用及其对细胞间异质性的影响 | 流感A病毒感染的细胞及其内部缺陷干扰RNA含量 | 病毒学 | 流感 | 单细胞RNA测序, 逆转录聚合酶链反应 | NA | RNA | 使用细胞样本进行分析，具体样本数量未说明 |
| 12 | 2024-08-05 |
Clonal kinetics and single-cell transcriptional profiling of CAR-T cells in patients undergoing CD19 CAR-T immunotherapy
2020-01-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13880-1
PMID:31924795
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研究论文 | 本文探讨了在接受CD19 CAR-T免疫治疗的患者中，CAR-T细胞的克隆动力学和转录组特征 | 本研究揭示了CAR-T细胞在输注后如何受到转录程序的调控，特别关注了细胞的克隆多样性及其对抗肿瘤反应的影响 | 尽管发现了克隆动力学的不同模式，但整合位点并未被确认作为克隆动力学的主要驱动因素 | 研究CAR-T细胞在输注后行为的转录程序及其克隆动力学 | 研究重点是CD8 CAR-T细胞，包括输注产品和患者的血液样本 | 数字病理学 | B细胞恶性肿瘤 | TCRB测序, 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 研究涉及的样本包括输注产品和接受治疗患者的血液样本 |
| 13 | 2024-08-05 |
Transcriptional characterisation of human lung cells identifies novel mesenchymal lineage markers
2020-01, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.00746-2019
PMID:31619469
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研究论文 | 本研究通过分析人类肺细胞的转录特征，确定了新的间充质谱系标记物 | 识别出表现出独特转录特征的人类肺间充质细胞亚群，并提供了特定的标记物 | 缺乏对成年肺组织中相同细胞谱系的进一步验证和分析 | 全面了解人类肺中间充质细胞的特征及其发育 | 胎儿人类肺组织中的细胞谱系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 胎儿人类肺组织样本 |
| 14 | 2024-08-05 |
Antibody targeting of B7-H4 enhances the immune response in urothelial carcinoma
2020, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2020.1744897
PMID:32363111
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研究论文 | 该文章探讨了抗B7-H4抗体在尿路上皮癌中增强免疫反应的作用 | 阐明了B7-H4在小鼠癌症模型中的新表达，以及其在促进T细胞活性的潜力 | 缺乏对其他种类肿瘤模型中的B7-H4表现的综合分析 | 识别新的治疗靶点以改善尿路上皮癌患者的生存率 | 研究对象包括小鼠癌症模型和人类膀胱癌患者的肿瘤样本 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，免疫质量细胞术 | NA | 肿瘤样本 | 包括小鼠模型及人类膀胱癌样本 |
| 15 | 2024-08-05 |
A Single-Cell Transcriptional Roadmap of the Mouse and Human Lymph Node Lymphatic Vasculature
2020, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2020.00052
PMID:32426372
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学研究小鼠和人类淋巴结淋巴血管的细胞异质性和组织结构 | 识别出淋巴小结中的五个明确的细胞亚群，并揭示了新的淋巴血管组织特征 | NA | 深入理解淋巴血管的发育与构建 | 小鼠淋巴结淋巴内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
CD52 Is Elevated on B cells of SLE Patients and Regulates B Cell Function
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.626820
PMID:33658999
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研究论文 | 本研究揭示了系统性红斑狼疮（SLE）患者B细胞上CD52的升高及其对B细胞功能的调节 | 本研究首次揭示了SLE患者B细胞表面CD52的显著升高及其在B细胞功能调节中的抑制作用 | 本研究未涉及CD52对其他免疫细胞的影响 | 探讨CD52在SLE患者B细胞功能中的作用 | SLE患者与健康供体的B细胞 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | JeKo-1细胞 | RNA序列数据 | 涉及SLE患者和健康供体的B细胞样本 |
| 17 | 2024-08-07 |
The differential immune responses to COVID-19 in peripheral and lung revealed by single-cell RNA sequencing
2020, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-020-00225-2
PMID:33101705
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了COVID-19患者外周血单个核细胞和支气管肺泡灌洗液中的细胞，揭示了COVID-19患者免疫反应的差异 | 首次详细描述了COVID-19患者外周和肺部免疫细胞景观的扰动，特别是树突状细胞和单核细胞的变化 | NA | 探究COVID-19患者免疫功能障碍的机制，为开发有效治疗提供依据 | COVID-19患者的外周血单个核细胞和支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | COVID-19患者和健康对照组的外周血单个核细胞及支气管肺泡灌洗液中的细胞 |
| 18 | 2024-08-07 |
Enteric Nervous System-Derived IL-18 Orchestrates Mucosal Barrier Immunity
2020-01-09, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.12.016
PMID:31923399
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研究论文 | 本文揭示了肠神经系统（ENS）通过产生IL-18在调节抗菌蛋白（AMP）反应中的关键作用 | 首次证明肠神经系统在调控黏膜屏障免疫中的非冗余作用，特别是神经源性IL-18在维持稳态杯状细胞AMP产生中的特定需求 | NA | 探讨肠神经系统在黏膜屏障免疫中的作用 | 肠神经系统、IL-18、抗菌蛋白反应 | 免疫学 | NA | 共聚焦显微镜、单分子荧光原位mRNA杂交（smFISH）、RNA测序、单细胞测序 | NA | 图像、序列数据 | 小鼠模型 |
| 19 | 2024-08-07 |
Combined single-cell and spatial transcriptomics reveal the molecular, cellular and spatial bone marrow niche organization
2020-01, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0439-6
PMID:31871321
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研究论文 | 本文通过结合单细胞和空间转录组学技术，系统地绘制了骨髓微环境的分子、细胞和空间组成 | 首次使用单细胞和空间转录组学技术全面解析骨髓微环境的组织结构，并开发了RNA-Magnet算法来准确推断三维骨髓组织结构 | NA | 揭示骨髓微环境的细胞和空间组织结构 | 骨髓微环境的分子、细胞和空间组成 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 所有主要的骨髓常驻细胞类型 |
| 20 | 2024-08-07 |
A Conserved TCRβ Signature Dominates a Highly Polyclonal T-Cell Expansion During the Acute Phase of a Murine Malaria Infection
2020, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2020.587756
PMID:33329568
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研究论文 | 本文通过比较感染模型，对脾脏CD4 T细胞受体库进行了序列分析，揭示了在小鼠疟疾感染急性期，高度多克隆T细胞扩增中存在一个由TRBV3基因使用主导的保守TCRβ特征。 | 首次描述了初次感染期间T细胞扩增的克隆性和克隆组成，并发现了一个保守的病原体特异性T细胞反应特征。 | NA | 研究初次感染期间T细胞扩增的克隆性和克隆组成，以及探索推动这种保守反应的主机或寄生虫因素。 | 脾脏CD4 αβ T细胞在初次感染期间的激活和扩增。 | 免疫学 | 疟疾 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |