单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals the invasive trajectory and molecular cascades underlying glioblastoma progression 2019-12, Molecular oncology IF:5.0Q1 DOI:10.1002/1878-0261.12569 PMID:31487431	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤（GBM）中肿瘤干细胞向侵袭性细胞转变的分子途径和细胞亚群	首次重建了肿瘤细胞从干细胞样状态到高侵袭性状态的分支轨迹，并识别了控制肿瘤细胞侵袭潜能的关键分子因素	NA	探究胶质母细胞瘤中肿瘤干细胞向侵袭性细胞转变的分子机制	胶质母细胞瘤（GBM）中的肿瘤干细胞（GSCs）及其侵袭性转变	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	异质性原发性GBM肿瘤细胞及独立的单细胞GBM数据集
82	2024-08-09	Interleukin 1 beta and Matrix Metallopeptidase 3 Contribute to Development of Epidermal Growth Factor Receptor-Dependent Serrated Polyps in Mouse Cecum 2019-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2019.08.025 PMID:31470007	研究论文	研究了白细胞介素1β（IL1B）和基质金属蛋白酶3（MMP3）在表皮生长因子受体（EGFR）依赖性锯齿状息肉发展中的作用	发现IL1B激活的PDGFRA+纤维母细胞产生的MMP3对锯齿状息肉的发展至关重要	研究仅限于小鼠模型，可能与人类疾病存在差异	探究IL1B和MMP3在EGFR依赖性锯齿状息肉发展中的机制	小鼠结肠中的锯齿状息肉	NA	NA	逆转录聚合酶链反应, 酶联免疫吸附试验, 免疫荧光, 流式细胞术, 单细胞RNA测序	NA	组织样本	C57BL/6（对照）和HBUS小鼠
83	2024-08-09	Single-cell RNA-Seq characterization of anatomically identified OLM interneurons in different transgenic mouse lines 2019-12, The European journal of neuroscience DOI:10.1111/ejn.14549 PMID:31420995	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了在解剖学和电生理学上识别的海马体oriens-lacunosum moleculare（OLM）中间神经元，这些神经元在不同的转基因小鼠系中表达。	研究发现OLM中间神经元中Npy的表达一致性，以及Htr3a在OLM中的低频表达和Htr3b在Htr3aCre-OLM中的特异性表达。	研究结果表明Htr3b的差异表达可能是由于Htr3a-Cre BAC转基因系设计导致的意外结果。	旨在广泛表征OLM细胞，并探讨其功能和发育起源。	海马体oriens-lacunosum moleculare（OLM）中间神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了Sst-Cre和BAC转基因Htr3a-Cre小鼠系中的OLM类型进行分析。
84	2024-08-09	Activation of Hedgehog Signaling Promotes Development of Mouse and Human Enteric Neural Crest Cells, Based on Single-Cell Transcriptome Analyses 2019-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2019.08.019 PMID:31442438	研究论文	本文通过单细胞转录组分析研究了 Hedgehog 信号通路激活对小鼠和人源肠神经嵴细胞发育的影响。	首次揭示了 Hedgehog 信号通路激活促进小鼠和人源肠神经嵴细胞向神经元和胶质细胞谱系分化的机制。	NA	探究 Hedgehog 信号通路激活如何调控人多能干细胞衍生的肠神经嵴细胞的发育。	小鼠和人源肠神经嵴细胞，以及人多能干细胞衍生的肠神经嵴细胞。	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	转录组	包括 Tg(GBS-GFP), Sufuf/f; Wnt1-cre, Ptch1+/-, 和 Gli3Δ699/Δ699 小鼠的肠道组织，以及 IMR90 和 UE02302 人多能干细胞系衍生的神经嵴细胞。
85	2024-08-09	Alterations in Polyamine Metabolism in Patients With Lymphangioleiomyomatosis and Tuberous Sclerosis Complex 2-Deficient Cells 2019-12, Chest IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.chest.2019.05.038 PMID:31299246	研究论文	本研究分析了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）患者在接受西罗莫司和羟氯喹联合治疗前后的血浆代谢组学特征	首次揭示了西罗莫司和羟氯喹联合治疗通过影响多胺代谢途径，上调5'-甲硫腺苷和精氨酸水平，从而影响LAM患者的代谢	研究仅限于第一阶段临床试验，样本量较小，需要进一步的大规模临床试验验证	探讨西罗莫司和羟氯喹联合治疗对LAM患者代谢途径的影响	LAM患者及TSC2缺陷细胞	NA	淋巴管平滑肌瘤病	代谢组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢物，RNA	临床试验涉及的LAM患者数量未明确提及
86	2024-08-09	Single-Cell Signature Explorer for comprehensive visualization of single cell signatures across scRNA-seq datasets 2019-12-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz601 PMID:31294801	研究论文	本文介绍了一种名为Single-Cell_Signature_Explorer的工具，用于在单细胞水平上对基于基因集的签名进行定性和高通量评分，并使用t-SNE或UMAP进行可视化	该工具是首个能够在单细胞水平上对任何基于基因集的签名进行定性和高通量评分的方法	NA	开发一种简单而强大的工具，用于探索scRNA-seq数据集中的有意义签名	scRNA-seq数据集中的单细胞签名	计算机视觉	NA	scRNA-seq	t-SNE, UMAP	基因集	涉及人类外周血单个核细胞（PBMC）、黑色素瘤、肺癌和成人睾丸的大量scRNA-seq数据集
87	2024-08-09	DECENT: differential expression with capture efficiency adjustmeNT for single-cell RNA-seq data 2019-12-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz453 PMID:31197307	研究论文	本文介绍了一种名为DECENT的方法，用于单细胞RNA-seq数据的差异表达分析，该方法明确且准确地模拟了单细胞RNA-seq实验中的分子捕获过程	DECENT方法在差异表达分析中明确地模拟了dropout事件，相较于不明确模拟dropout的现有方法，显示出改进的性能	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA-seq数据差异表达分析的准确性	单细胞RNA-seq数据的差异表达分析	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	多个公共单细胞RNA-seq数据集
88	2024-08-09	Large scale control and programming of gene expression using CRISPR 2019-12, Seminars in cell & developmental biology IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.semcdb.2019.05.013 PMID:31181342	综述	本文综述了CRISPR-Cas9技术在大规模基因扰动研究中的应用，包括单基因和多基因敲除、敲低、敲高库及其相关筛选方法，并特别强调了这些方法与单细胞转录组学方法的结合，以及在构建合成回路控制细胞状态中的应用。	CRISPR-Cas9技术因其高特异性、兼容多种生物以及设计灵活性而超越了其他基因调控系统。	NA	探讨CRISPR-Cas9技术在大规模基因表达控制和生物响应重编程中的应用。	CRISPR-Cas9技术及其在基因扰动研究和细胞状态控制中的应用。	基因工程	NA	CRISPR-Cas9	NA	基因表达数据	NA
89	2024-08-09	deconvSeq: deconvolution of cell mixture distribution in sequencing data 2019-12-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz444 PMID:31147676	研究论文	本文介绍了一种名为deconvSeq的计算去卷积方法，用于从批量组织中获取的RNA和亚硫酸氢盐测序数据中解析细胞混合物的分布	deconvSeq利用广义线性模型来模拟组织类型对特征定量的影响，适用于特定的测序数据结构，并能在较少的基因或CpG位点签名集中实现良好的预测	NA	开发一种计算方法来解析在难以分离成单细胞的组织样本中的细胞类型异质性	批量组织样本中的细胞类型混合物	生物信息学	NA	RNA测序, 亚硫酸氢盐测序	广义线性模型	测序数据	35个全血样本
90	2024-08-09	Statistical test of structured continuous trees based on discordance matrix 2019-12-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz425 PMID:31116393	研究论文	本文提出了一种名为SCTree的自适应统计框架，用于测试高维单细胞数据集的内在结构	SCTree测试基于度量几何和随机矩阵理论的工具，通过扩展Gromov-Farris变换和利用半圆定律，将连续树结构测试问题转化为信号矩阵检测问题	NA	揭示细胞命运决定的连续过程，并评估高维基因表达数据中嵌入的内在结构	高维单细胞数据集的内在结构	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
91	2024-08-09	Detection of differentially expressed genes in discrete single-cell RNA sequencing data using a hurdle model with correlated random effects 2019-12, Biometrics IF:1.4Q2 DOI:10.1111/biom.13074 PMID:31009065	研究论文	本文提出了一种新的统计模型，用于高维和零膨胀的单细胞RNA测序（scRNA-seq）计数数据，以识别不同细胞类型中的差异表达（DE）基因	本文引入了一种基于初始细胞聚类的相关随机效应模型，以捕捉治疗组内细胞间的变异性，并展示了该模型在检测表达细胞比例和平均表达水平差异方面的优势	NA	开发适用于单细胞RNA测序数据的计算方法，以识别差异表达基因	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	hurdle model	计数数据	NA