单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition 2019-12-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.52004 PMID:31829938	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了足月和早产分娩中人类胎盘的细胞类型组成和转录活性	首次鉴定出两种细胞类型：绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质细胞滋养层细胞	NA	填补对生理和病理性分娩中胎盘细胞类型组成和转录活性的知识空白	人类胎盘的绒毛树、基板和绒毛膜羊膜膜	数字病理学	妊娠疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及足月分娩和早产分娩的女性样本
42	2024-08-09	Exploring inflammatory signatures in arthritic joint biopsies with Spatial Transcriptomics 2019-12-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-55441-y PMID:31831833	研究论文	本研究使用空间转录组学技术分析类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜活检，以探索炎症部位的无偏 mRNA 研究	利用空间转录组学技术，结合高分辨率组织学图像，实现对特定细胞类型的数字化描绘，从而深入理解慢性炎症疾病中的细胞机制和多样性	NA	探索慢性炎症疾病中炎症部位的转录组特征	类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜组织	数字病理学	类风湿关节炎, 脊柱关节炎	空间转录组学 (ST)	NA	转录组数据	受影响的关节滑膜组织活检
43	2024-08-09	A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart 2019-Dec-12, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.11.025 PMID:31835037	研究论文	本文通过分子方法揭示了胚胎心脏在三个发育阶段中细胞类型的全面转录景观，并将细胞类型特异性基因表达映射到特定的解剖域	本文利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，首次详细描绘了人类胚胎心脏发育过程中的基因表达和细胞类型分布	NA	深入探索人类心脏形态发生过程中器官范围的基因表达协调	人类胚胎心脏在三个发育阶段的细胞类型及其基因表达	数字病理学	NA	空间转录组学, 单细胞RNA测序, 原位测序	NA	基因表达数据	三个发育阶段的人类胚胎心脏样本
44	2024-08-09	Accuracy, robustness and scalability of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis 2019-12-10, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1898-6 PMID:31823809	research paper	本文比较了18种常用的降维方法在30个公开的单细胞RNA测序数据集上的性能	本文填补了单细胞RNA测序降维方法比较研究的空白	NA	评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的有效性	18种降维方法在30个单细胞RNA测序数据集上的性能	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	text	30个公开的单细胞RNA测序数据集
45	2024-08-09	A Galaxy-based training resource for single-cell RNA-sequencing quality control and analyses 2019-12-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz144 PMID:31825480	研究论文	本文开发了一系列实用的脚本及其相应的Galaxy包装器，使之前对scRNA-seq分析感到畏惧的研究人员能够进行scRNA-seq培训和质量控制	本文通过简单的命令行工具实现了“可视化-过滤-可视化”范式，并使用Loom格式在工具之间交换数据，使得scRNA-seq数据分析更加直观和易于操作	NA	开发易于使用的工具和培训材料，帮助研究人员掌握scRNA-seq数据的质量控制和后续分析	单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析工具和培训资源	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	短读序列数据	NA
46	2024-08-09	Semblance: An empirical similarity kernel on probability spaces 2019-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aau9630 PMID:31840051	研究论文	本文提出了一种新的相似性度量方法Semblance，该方法利用特征的经验分布来计算观测值之间的成对相似性	Semblance是一种无分布假设的相似性度量方法，能够更重视数据分布边缘的观测对之间的相似性	NA	研究如何在没有明确数据概率分布的情况下，更有效地计算观测值之间的相似性	观测值之间的相似性度量方法	机器学习	NA	NA	Mercer核	多种数据类型	NA
47	2024-08-09	Characterizing smoking-induced transcriptional heterogeneity in the human bronchial epithelium at single-cell resolution 2019-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaw3413 PMID:31844660	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术分析了吸烟对人类支气管上皮细胞转录异质性的影响	发现了吸烟者支气管上皮细胞中毒素代谢基因的定位、组织重塑以及一个新的peri-goblet上皮亚群	样本量较小，仅包括12名参与者	探究吸烟对人类支气管上皮细胞特定细胞类型和整体组织成分的具体影响	人类支气管上皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	12名从未吸烟者和12名当前吸烟者的支气管上皮细胞
48	2024-08-09	CD4+ T Cell Help Is Required for the Formation of a Cytolytic CD8+ T Cell Subset that Protects against Chronic Infection and Cancer 2019-12-17, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.009 PMID:31810883	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了CD4 T细胞在慢性感染期间调控CD8 T细胞分化的机制，特别是发现了一个表达CXCR1的具有强效细胞溶解功能的CD8 T细胞亚群。	本研究首次揭示了CD4 T细胞通过IL-21帮助形成具有强效细胞溶解功能的CXCR1表达CD8 T细胞亚群，这一发现为免疫治疗中增强CD8 T细胞的杀伤功能提供了新的分子机制。	NA	研究CD4 T细胞在慢性感染期间如何调控CD8 T细胞的分化，并探索其在免疫治疗中的应用。	CD4 T细胞和CD8 T细胞在慢性感染和癌症中的相互作用。	免疫学	慢性感染和癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
49	2024-08-09	Discovery of specialized NK cell populations infiltrating human melanoma metastases 2019-12-05, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.133103 PMID:31801909	research paper	本文通过单细胞RNA测序分析了从人类黑色素瘤转移病灶中分离的自然杀伤（NK）细胞，揭示了肿瘤浸润NK细胞的转录程序与循环NK细胞的主要差异	首次详细描述了肿瘤浸润NK细胞的独特基因表达模式，包括细胞毒性和趋化因子合成程序	NA	研究人类实体瘤中NK细胞的功能状态	人类黑色素瘤转移病灶中的NK细胞	digital pathology	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自多个患者的肿瘤浸润NK细胞
50	2024-08-09	Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration 2019-Dec-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.11.004 PMID:31809738	研究论文	本文研究了骨骼肌再生过程中组织驻留间充质前体细胞（MPs）的功能和命运，并确定了Hic1作为MPs的标记物。	首次揭示了Hic1在骨骼肌再生中调控MPs静止状态的作用，并识别出具有不同功能和谱系潜力的MPs亚群。	NA	探究骨骼肌再生过程中间充质前体细胞的功能和命运。	骨骼肌中的间充质前体细胞及其在再生过程中的作用。	NA	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	RNA序列，ATAC序列	多个骨骼肌中的Hic1 MPs亚群
51	2024-08-09	IL-33 Signaling Alters Regulatory T Cell Diversity in Support of Tumor Development 2019-12-03, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.120 PMID:31801068	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，在肺腺癌的遗传工程小鼠模型中，纵向分析了调节性T细胞（T）的动态变化及其在肿瘤发展中的作用	首次揭示了ST2在调节性T细胞介导的癌症免疫抑制中的关键作用	NA	探究调节性T细胞在肿瘤发展中的作用及ST2的潜在治疗价值	调节性T细胞及其在肺腺癌发展中的作用	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	遗传工程小鼠模型
52	2024-08-09	From single-cell RNA-seq to transcriptional regulation 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0327-4 PMID:31792409	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
53	2024-08-09	Spatial EGFR Dynamics and Metastatic Phenotypes Modulated by Upregulated EphB2 and Src Pathways in Advanced Prostate Cancer 2019-Dec-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11121910 PMID:31805710	研究论文	研究探讨了EphB2和Src信号通路在调节晚期前列腺癌中表皮生长因子受体（EGFR）动态及其激活中的作用	首次报道了EphB2和Src信号通路在调节EGFR动态和激活中的作用，并提供了单粒子追踪技术和单细胞RNA测序的数据支持	研究主要集中在PC3细胞系和部分DU145细胞上，可能无法完全代表所有晚期前列腺癌的情况	探究EphB2和Src信号通路在晚期前列腺癌中对EGFR动态和细胞侵袭性的调节作用	晚期前列腺癌细胞系和循环肿瘤细胞	数字病理学	前列腺癌	单粒子追踪技术，单细胞RNA测序	NA	细胞	包括PC3、LNCaP和DU145细胞系以及来自患者的循环肿瘤细胞
54	2024-08-09	Refining the adipose progenitor cell landscape in healthy and obese visceral adipose tissue using single-cell gene expression profiling 2019-12, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.201900561 PMID:31767614	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康和肥胖小鼠内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞进行了细胞图谱构建和异质性分析	研究首次识别出两种不同的脂肪组织来源干细胞（ASCs）和三种不同的前脂肪细胞（PAs），并发现了新的细胞表面标记物，这些标记物与传统的ASCs和前脂肪细胞标记物结合使用，可以通过流式细胞术区分这些APC亚群	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	旨在深入研究脂肪组织的基本生物学特性，以推动解决肥胖问题的创新解决方案	健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞（APCs）	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	研究涉及健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织样本
55	2024-08-09	A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis 2019-12, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0417-z PMID:31768046	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。	首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。	研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。	探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。	肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。	生物医学	肌腱损伤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
56	2024-08-09	Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors 2019-12, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0531-7 PMID:31768071	研究论文	本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态	首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制	NA	识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态	儿童脑肿瘤的起源和发展状态	数字病理学	儿童疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过65,000个细胞
57	2024-08-09	Transcriptomic, epigenetic, and functional analyses implicate neutrophil diversity in the pathogenesis of systemic lupus erythematosus 2019-12-10, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1908576116 PMID:31754025	研究论文	本文通过转录组学、表观遗传学和功能分析研究了中性粒细胞在系统性红斑狼疮发病机制中的多样性	首次系统地确定了低密度粒细胞（LDGs）的起源、表型、功能和致病性异质性	NA	探究中性粒细胞在系统性红斑狼疮中的作用及其多样性	系统性红斑狼疮中的低密度粒细胞（LDGs）及其亚群	数字病理学	系统性红斑狼疮	bulk和单细胞RNA测序、转座酶可及染色质测序	NA	转录组数据	系统性红斑狼疮低密度粒细胞、自体正常密度中性粒细胞和健康对照中性粒细胞
58	2024-08-09	TCR sequencing paired with massively parallel 3' RNA-seq reveals clonotypic T cell signatures 2019-12, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0544-5 PMID:31745340	研究论文	本文介绍了一种结合TCR测序和大规模3' RNA-seq的方法，用于分析单细胞RNA测序样本中的TCR序列和相应转录组	该方法能够同时分析TCR序列和相应的全转录组，适用于常见的3' scRNA-seq方法，并可适应事后处理的样本	NA	研究与共享TCR的T细胞相关的转录组特征，特别是在食物过敏等疾病中，克隆型驱动的反应对理解基础生物学至关重要	免疫细胞，特别是T细胞及其抗原受体TCR	数字病理学	食物过敏	3'单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA序列	免疫小鼠和食物过敏患者的样本
59	2024-08-09	Murine single-cell RNA-seq reveals cell-identity- and tissue-specific trajectories of aging 2019-12, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.253880.119 PMID:31754020	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了年轻和老年小鼠三个组织中超过50,000个细胞，揭示了细胞身份和组织特异性衰老轨迹	本研究首次利用单细胞RNA测序技术，结合矩阵分解和最优传输方法，揭示了细胞身份和组织环境对衰老轨迹和幅度的影响	NA	探讨细胞身份和组织环境对哺乳动物细胞衰老轨迹的影响	小鼠的三个组织中的单个细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	超过50,000个单细胞
60	2024-08-09	Photic generation of 11-cis-retinal in bovine retinal pigment epithelium 2019-12-13, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.RA119.011169 PMID:31694912	研究论文	本文描述了在特定波长光照刺激下，牛视网膜色素上皮细胞膜中11-cis-视黄醛的高水平生成过程	研究揭示了RGR与CRALBP协同作用下，在持续光照条件下再生视觉色素的全新机制	NA	探讨生理条件下视黄醛光异构化的机制	牛视网膜色素上皮细胞中的11-cis-视黄醛生成	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类和牛的视网膜色素上皮组织及Müller胶质细胞