单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 91 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
Enteroendocrine and tuft cells support Lgr5 stem cells on Paneth cell depletion
2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1801888117
PMID:31843916
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研究论文 | 本研究探讨了在小鼠肠道中，当潘氏细胞被消除后，Lgr5干细胞的维持机制 | 发现潘氏细胞的消除并不影响Lgr5干细胞的维持，而是由肠内分泌细胞和绒毛细胞替代其位置，提供必要的Notch信号 | NA | 探究潘氏细胞消除后Lgr5干细胞的维持机制 | 小鼠肠道中的Lgr5干细胞及其在潘氏细胞消除后的维持情况 | NA | NA | 流式细胞术，单细胞测序，组织学分析 | NA | 细胞 | 小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-09 |
Kidney Cells Regeneration: Dedifferentiation of Tubular Epithelium, Resident Stem Cells and Possible Niches for Renal Progenitors
2019-Dec-15, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20246326
PMID:31847447
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综述 | 本文综述了肾脏再生的主要机制，包括上皮细胞的去分化和祖细胞的激活，特别关注肾脏祖细胞的可能生态位 | 探讨了转基因动物、单细胞转录组学等现代方法在解决去分化细胞和驻留祖细胞区分问题中的潜力 | 缺乏区分去分化细胞和驻留祖细胞的特定方法 | 探讨肾脏细胞再生的机制及其潜在的祖细胞生态位 | 肾脏细胞的再生能力及其机制 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-09 |
Vireo: Bayesian demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq data without genotype reference
2019-12-13, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1865-2
PMID:31836005
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研究论文 | 本文介绍了Vireo，一种用于无基因型参考的池化单细胞RNA测序数据贝叶斯解复用的计算高效模型 | Vireo模型可以在只有部分或没有基因型信息的情况下应用，这是其独特之处 | NA | 解决现有解复用策略依赖完整基因型数据的局限性 | 池化单细胞RNA测序数据的解复用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯模型 | RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-09 |
GCN2 drives macrophage and MDSC function and immunosuppression in the tumor microenvironment
2019-12-13, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aax8189
PMID:31836669
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研究论文 | 研究探讨了GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）功能及免疫抑制作用的影响 | 揭示了GCN2在肿瘤免疫反应中的新作用，即通过调控巨噬细胞和MDSCs的表型促进抗肿瘤免疫 | NA | 探究GCN2在肿瘤免疫反应中的作用及其机制 | GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）的影响 | 数字病理学 | 皮肤黑色素瘤 | 质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-09 |
Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney
2019-12-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12872-5
PMID:31836710
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研究论文 | 本文通过高通量批量和单细胞RNA测序技术，研究了肾脏非淋巴管内皮细胞中的分子途径，以识别从胚胎到成年期间决定血管分区的分子途径。 | 首次揭示了肾脏血管特异性标志物，包括特定的转录因子、离子通道、溶质转运体和血管分泌因子，这些因子协调肾脏功能。 | NA | 解析肾脏血管标志物的分子决定因素，为重建肾单位和揭示肾脏疾病的发病机制奠定基础。 | 肾脏的非淋巴管内皮细胞 | NA | 肾脏疾病 | 高通量批量和单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptional signatures of the human placenta in term and preterm parturition
2019-12-12, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.52004
PMID:31829938
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了足月和早产分娩中人类胎盘的细胞类型组成和转录活性 | 首次鉴定出两种细胞类型：绒毛膜羊膜中的淋巴内皮蜕膜细胞和胎盘绒毛中的非增殖性间质细胞滋养层细胞 | NA | 填补对生理和病理性分娩中胎盘细胞类型组成和转录活性的知识空白 | 人类胎盘的绒毛树、基板和绒毛膜羊膜膜 | 数字病理学 | 妊娠疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及足月分娩和早产分娩的女性样本 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Exploring inflammatory signatures in arthritic joint biopsies with Spatial Transcriptomics
2019-12-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-55441-y
PMID:31831833
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研究论文 | 本研究使用空间转录组学技术分析类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜活检，以探索炎症部位的无偏 mRNA 研究 | 利用空间转录组学技术，结合高分辨率组织学图像，实现对特定细胞类型的数字化描绘，从而深入理解慢性炎症疾病中的细胞机制和多样性 | NA | 探索慢性炎症疾病中炎症部位的转录组特征 | 类风湿关节炎和脊柱关节炎患者的滑膜组织 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 脊柱关节炎 | 空间转录组学 (ST) | NA | 转录组数据 | 受影响的关节滑膜组织活检 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
A Spatiotemporal Organ-Wide Gene Expression and Cell Atlas of the Developing Human Heart
2019-Dec-12, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.11.025
PMID:31835037
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研究论文 | 本文通过分子方法揭示了胚胎心脏在三个发育阶段中细胞类型的全面转录景观，并将细胞类型特异性基因表达映射到特定的解剖域 | 本文利用空间转录组学和单细胞RNA测序技术，首次详细描绘了人类胚胎心脏发育过程中的基因表达和细胞类型分布 | NA | 深入探索人类心脏形态发生过程中器官范围的基因表达协调 | 人类胚胎心脏在三个发育阶段的细胞类型及其基因表达 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 原位测序 | NA | 基因表达数据 | 三个发育阶段的人类胚胎心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-09 |
Accuracy, robustness and scalability of dimensionality reduction methods for single-cell RNA-seq analysis
2019-12-10, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1898-6
PMID:31823809
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research paper | 本文比较了18种常用的降维方法在30个公开的单细胞RNA测序数据集上的性能 | 本文填补了单细胞RNA测序降维方法比较研究的空白 | NA | 评估不同降维方法在单细胞RNA测序数据分析中的有效性 | 18种降维方法在30个单细胞RNA测序数据集上的性能 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 30个公开的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
A Galaxy-based training resource for single-cell RNA-sequencing quality control and analyses
2019-12-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz144
PMID:31825480
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研究论文 | 本文开发了一系列实用的脚本及其相应的Galaxy包装器，使之前对scRNA-seq分析感到畏惧的研究人员能够进行scRNA-seq培训和质量控制 | 本文通过简单的命令行工具实现了“可视化-过滤-可视化”范式，并使用Loom格式在工具之间交换数据，使得scRNA-seq数据分析更加直观和易于操作 | NA | 开发易于使用的工具和培训材料，帮助研究人员掌握scRNA-seq数据的质量控制和后续分析 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析工具和培训资源 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 短读序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
Semblance: An empirical similarity kernel on probability spaces
2019-12, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aau9630
PMID:31840051
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研究论文 | 本文提出了一种新的相似性度量方法Semblance，该方法利用特征的经验分布来计算观测值之间的成对相似性 | Semblance是一种无分布假设的相似性度量方法，能够更重视数据分布边缘的观测对之间的相似性 | NA | 研究如何在没有明确数据概率分布的情况下，更有效地计算观测值之间的相似性 | 观测值之间的相似性度量方法 | 机器学习 | NA | NA | Mercer核 | 多种数据类型 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
CD4+ T Cell Help Is Required for the Formation of a Cytolytic CD8+ T Cell Subset that Protects against Chronic Infection and Cancer
2019-12-17, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.009
PMID:31810883
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了CD4 T细胞在慢性感染期间调控CD8 T细胞分化的机制，特别是发现了一个表达CXCR1的具有强效细胞溶解功能的CD8 T细胞亚群。 | 本研究首次揭示了CD4 T细胞通过IL-21帮助形成具有强效细胞溶解功能的CXCR1表达CD8 T细胞亚群，这一发现为免疫治疗中增强CD8 T细胞的杀伤功能提供了新的分子机制。 | NA | 研究CD4 T细胞在慢性感染期间如何调控CD8 T细胞的分化，并探索其在免疫治疗中的应用。 | CD4 T细胞和CD8 T细胞在慢性感染和癌症中的相互作用。 | 免疫学 | 慢性感染和癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
Discovery of specialized NK cell populations infiltrating human melanoma metastases
2019-12-05, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.133103
PMID:31801909
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research paper | 本文通过单细胞RNA测序分析了从人类黑色素瘤转移病灶中分离的自然杀伤（NK）细胞，揭示了肿瘤浸润NK细胞的转录程序与循环NK细胞的主要差异 | 首次详细描述了肿瘤浸润NK细胞的独特基因表达模式，包括细胞毒性和趋化因子合成程序 | NA | 研究人类实体瘤中NK细胞的功能状态 | 人类黑色素瘤转移病灶中的NK细胞 | digital pathology | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自多个患者的肿瘤浸润NK细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Hic1 Defines Quiescent Mesenchymal Progenitor Subpopulations with Distinct Functions and Fates in Skeletal Muscle Regeneration
2019-Dec-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.11.004
PMID:31809738
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研究论文 | 本文研究了骨骼肌再生过程中组织驻留间充质前体细胞（MPs）的功能和命运，并确定了Hic1作为MPs的标记物。 | 首次揭示了Hic1在骨骼肌再生中调控MPs静止状态的作用，并识别出具有不同功能和谱系潜力的MPs亚群。 | NA | 探究骨骼肌再生过程中间充质前体细胞的功能和命运。 | 骨骼肌中的间充质前体细胞及其在再生过程中的作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | RNA序列，ATAC序列 | 多个骨骼肌中的Hic1 MPs亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
From single-cell RNA-seq to transcriptional regulation
2019-12, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-019-0327-4
PMID:31792409
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Spatial EGFR Dynamics and Metastatic Phenotypes Modulated by Upregulated EphB2 and Src Pathways in Advanced Prostate Cancer
2019-Dec-01, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers11121910
PMID:31805710
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研究论文 | 研究探讨了EphB2和Src信号通路在调节晚期前列腺癌中表皮生长因子受体（EGFR）动态及其激活中的作用 | 首次报道了EphB2和Src信号通路在调节EGFR动态和激活中的作用，并提供了单粒子追踪技术和单细胞RNA测序的数据支持 | 研究主要集中在PC3细胞系和部分DU145细胞上，可能无法完全代表所有晚期前列腺癌的情况 | 探究EphB2和Src信号通路在晚期前列腺癌中对EGFR动态和细胞侵袭性的调节作用 | 晚期前列腺癌细胞系和循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单粒子追踪技术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括PC3、LNCaP和DU145细胞系以及来自患者的循环肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Refining the adipose progenitor cell landscape in healthy and obese visceral adipose tissue using single-cell gene expression profiling
2019-12, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900561
PMID:31767614
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对健康和肥胖小鼠内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞进行了细胞图谱构建和异质性分析 | 研究首次识别出两种不同的脂肪组织来源干细胞（ASCs）和三种不同的前脂肪细胞（PAs），并发现了新的细胞表面标记物，这些标记物与传统的ASCs和前脂肪细胞标记物结合使用，可以通过流式细胞术区分这些APC亚群 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 旨在深入研究脂肪组织的基本生物学特性，以推动解决肥胖问题的创新解决方案 | 健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织中的脂肪前体细胞（APCs） | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 研究涉及健康和肥胖小鼠的内脏脂肪组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
A Tppp3+Pdgfra+ tendon stem cell population contributes to regeneration and reveals a shared role for PDGF signalling in regeneration and fibrosis
2019-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0417-z
PMID:31768046
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，鉴定了一种表达微管聚合促进蛋白家族成员3（Tppp3）的细胞群作为潜在的肌腱干细胞，并探讨了血小板衍生生长因子（PDGF）信号在肌腱再生和纤维化中的共同作用。 | 首次发现Tppp3+Pdgfra+细胞群作为肌腱干细胞，并揭示了PDGF信号在肌腱再生和纤维化中的双重作用。 | 研究主要集中在实验室条件下，未来需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 探讨肌腱损伤后的再生机制及PDGF信号在其中的作用。 | 肌腱干细胞及其在肌腱再生和纤维化中的作用。 | 生物医学 | 肌腱损伤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Stalled developmental programs at the root of pediatric brain tumors
2019-12, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-019-0531-7
PMID:31768071
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研究论文 | 本文通过生成单细胞转录组图谱，研究了儿童脑肿瘤的起源和发展状态 | 首次生成了胚胎期脑桥和前脑的单细胞转录组图谱，并揭示了特定神经前体细胞分化障碍是这些儿童癌症的共同机制 | NA | 识别儿童脑肿瘤的脆弱发展状态 | 儿童脑肿瘤的起源和发展状态 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 超过65,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
TCR sequencing paired with massively parallel 3' RNA-seq reveals clonotypic T cell signatures
2019-12, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0544-5
PMID:31745340
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研究论文 | 本文介绍了一种结合TCR测序和大规模3' RNA-seq的方法，用于分析单细胞RNA测序样本中的TCR序列和相应转录组 | 该方法能够同时分析TCR序列和相应的全转录组，适用于常见的3' scRNA-seq方法，并可适应事后处理的样本 | NA | 研究与共享TCR的T细胞相关的转录组特征，特别是在食物过敏等疾病中，克隆型驱动的反应对理解基础生物学至关重要 | 免疫细胞，特别是T细胞及其抗原受体TCR | 数字病理学 | 食物过敏 | 3'单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA序列 | 免疫小鼠和食物过敏患者的样本 | NA | NA | NA | NA |