单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	scDC: single cell differential composition analysis 2019-Dec-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3211-9 PMID:31870280	研究论文	本文介绍了scDC方法，用于单细胞差异组成分析，通过bootstrap重采样进行细胞类型组成的差异分析	scDC方法通过bootstrap重采样捕捉每个受试者细胞类型比例的不确定性，并使用偏差校正和加速的bootstrap置信区间进行估计	NA	开发一种方法来估计细胞类型组成中的不确定性	单细胞差异组成分析	单细胞测序	NA	单细胞测序	GLM和GLMM模型	单细胞RNA测序数据	模拟数据集和合成数据集，每个条件有2到5个受试者
22	2024-08-09	scReClassify: post hoc cell type classification of single-cell rNA-seq data 2019-Dec-24, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6305-x PMID:31874628	研究论文	本文提出了一种半监督学习框架scReClassify，用于单细胞RNA测序数据的后验细胞类型识别	scReClassify能够从可能包含错误标签的初始细胞类型注释中，通过PCA降维和半监督学习方法，准确地识别并重新分类错误分类的细胞	NA	开发一种工具，用于改进单细胞RNA测序数据的细胞类型注释	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	半监督学习	基因表达数据	涉及多种组织和生物系统的模拟和真实实验数据
23	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Reveal a Correlation between Genome Architecture and Gene Family Evolution in Ciliates 2019-12-24, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02524-19 PMID:31874915	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了纤毛虫基因组结构与其基因家族进化之间的关系	首次针对未培养的纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea进行单细胞转录组学分析，揭示了基因组结构与蛋白质进化模式的相关性	研究主要集中在未培养的纤毛虫类群，可能无法完全代表所有纤毛虫的基因组进化情况	进一步评估纤毛虫基因家族的进化，并探讨基因组结构与分子进化模式之间的关系	纤毛虫Karyorelictea和Heterotrichea的单细胞转录组	基因组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	43个单细胞转录组，来自33种纤毛虫，代表10个类别
24	2024-08-09	Human Primordial Germ Cells Are Specified from Lineage-Primed Progenitors 2019-12-24, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.083 PMID:31875561	研究论文	本文研究了人类多能干细胞在体外转化为生殖细胞的过程，特别是原始生殖细胞（PGCs）的形成和特性	发现人类原始生殖细胞（hPGC）的形成始于受精后第12天，并通过单细胞RNA测序揭示了hPGC样细胞（hPGCLCs）的形成涉及从多能状态向过渡状态的重置，随后分化为谱系预定的TFAP2A前体细胞	NA	探讨人类原始生殖细胞的形成机制及其在体外生殖细胞生成中的作用	人类原始生殖细胞（hPGC）及其前体细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
25	2024-08-09	Feature selection and dimension reduction for single-cell RNA-Seq based on a multinomial model 2019-12-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1861-6 PMID:31870412	研究论文	本文针对单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据，提出了一种基于多项式模型的特征选择和降维方法	本文提出的多项式方法，包括广义主成分分析（GLM-PCA）和基于偏差的特征选择，在下游聚类评估中优于当前实践	NA	改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	GLM-PCA	基因表达数据	NA
26	2024-08-09	Normalization and variance stabilization of single-cell RNA-seq data using regularized negative binomial regression 2019-12-23, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1874-1 PMID:31870423	研究论文	本文提出了一种基于正则化负二项回归的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化和方差稳定化模型框架	本文提出的方法通过使用细胞测序深度作为广义线性模型中的协变量，从正则化负二项回归的Pearson残差中成功去除技术特征的影响，同时保留生物异质性	NA	解决scRNA-seq数据中技术因素导致的细胞间变异问题，以区分生物异质性和技术效应	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	正则化负二项回归	分子计数数据	NA
27	2024-08-09	Cell shape determines gene expression: cardiomyocyte morphotypic transcriptomes 2019-12-23, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-019-0765-7 PMID:31872302	研究论文	本研究通过单细胞形态分型策略和单细胞RNA测序，探讨了心肌细胞形态变化对基因表达的影响	首次揭示了细胞形态本身对心肌细胞基因表达的影响，并识别了与异常形态相关的特定基因表达变化和信号通路	NA	填补关于细胞形态变化是否影响基因表达的知识空白	心肌细胞的形态和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	个体心肌细胞
28	2024-08-09	M3S: a comprehensive model selection for multi-modal single-cell RNA sequencing data 2019-Dec-20, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3243-1 PMID:31861972	研究论文	本文开发了一个名为M3S的R包，用于多模态单细胞RNA测序数据的最优统计模型选择	M3S能够从11种常用模型中选择最适合每个基因表达分布的最简约模型，并进行参数估计和差异基因表达测试	NA	开发一个工具来确定不同实验设计和平台生成的单细胞RNA测序数据的最合适统计模型	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	RNA测序数据	NA
29	2024-08-09	scRNA-seq in medulloblastoma shows cellular heterogeneity and lineage expansion support resistance to SHH inhibitor therapy 2019-12-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13657-6 PMID:31863004	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和谱系追踪技术分析了髓母细胞瘤中的细胞多样性及其对SHH抑制剂治疗的反应	首次展示了即使在具有单一通路激活突变的肿瘤中，多样化的机制驱动肿瘤生长，并导致对靶向抑制剂治疗的早期抵抗	研究仅在转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨髓母细胞瘤中的细胞异质性及其对SHH抑制剂治疗的抵抗机制	髓母细胞瘤中的细胞多样性和对SHH通路抑制剂的反应	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	转基因、髓母细胞瘤易感的小鼠
30	2024-08-09	Genotype-free demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq 2019-12-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1852-7 PMID:31856883	研究论文	介绍了一种无需预先知道样本基因型或标签条形码的单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中的样本解复用方法scSplit	scSplit利用scRNA-seq数据本身推断的遗传差异来解复用合并样本，并能将聚类映射回原始样本	NA	开发一种新的方法来解复用单细胞RNA测序实验中的合并样本	scRNA-seq数据中的合并样本	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	使用了模拟、合并和多个体合并的数据集
31	2024-08-09	Single-Cell Expression Variability Implies Cell Function 2019-12-19, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells9010014 PMID:31861624	研究论文	本文通过分析来自淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据，研究了基因表达的细胞间变异性（scEV）及其对多细胞生物体的功能意义	本文支持“变异即功能”假说，认为scEV对于细胞类型特异性及更高层次的系统功能是必需的	NA	探讨单细胞基因表达变异性的功能重要性及其对多细胞生物体的意义	淋巴母细胞系、肺气道上皮细胞和皮肤成纤维细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	分析了来自淋巴母细胞系（465个高变异基因）、肺气道上皮细胞（466个高变异基因）和皮肤成纤维细胞（364个高变异基因）的多个scRNA-seq数据集
32	2024-08-09	Discrimination of Dormant and Active Hematopoietic Stem Cells by G0 Marker Reveals Dormancy Regulation by Cytoplasmic Calcium 2019-12-17, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.11.061 PMID:31851939	研究论文	本文通过生成一种可视化静息细胞的G标记（GM）小鼠系，区分了静息造血干细胞（HSCs）中的休眠和活跃状态，并揭示了细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联	首次通过GM小鼠系区分休眠和活跃的HSCs，并发现细胞质钙浓度与HSCs休眠状态的关联	NA	研究休眠和活跃造血干细胞之间的关系及其调控机制	造血干细胞（HSCs）的休眠和活跃状态	NA	NA	单细胞RNA测序，高通量小分子筛选	NA	基因表达谱	小鼠系中的造血干细胞群体
33	2024-08-09	Isolation of Region-specific Microglia from One Adult Mouse Brain Hemisphere for Deep Single-cell RNA Sequencing 2019-12-03, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/60347 PMID:31868174	研究论文	本文提供了一种从成年小鼠大脑半球特定区域快速分离小胶质细胞的详细方案，并展示了如何利用这些分离的小胶质细胞进行基于平板的高深度单细胞RNA测序	本文介绍了从特定脑区分离小胶质细胞的方法，并展示了如何利用这些细胞进行高深度单细胞RNA测序，有助于进一步解析小胶质细胞的异质性	NA	研究小胶质细胞在不同发育和病理条件下的异质性	小胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	单个成年小鼠大脑半球
34	2024-08-09	Latent transcriptional variations of individual Plasmodium falciparum uncovered by single-cell RNA-seq and fluorescence imaging 2019-12, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1008506 PMID:31856180	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和荧光成像技术，揭示了单个恶性疟原虫在晚期无性和有性阶段的潜在转录变异	首次通过单细胞RNA测序和荧光成像技术，详细描绘了恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异，并发现了一组先前未定义的性别特异性基因	NA	探索恶性疟原虫在无性和有性阶段的转录变异及其对宿主适应性的影响	恶性疟原虫的单细胞转录变异	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个单细胞样本
35	2024-08-09	Comprehensive analysis of a mouse model of spontaneous uveoretinitis using single-cell RNA sequencing 2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1915571116 PMID:31843893	研究论文	利用单细胞RNA测序技术对自发性葡萄膜视网膜炎的小鼠模型进行全面分析	首次使用单细胞RNA测序技术全面且无偏地定义了与疾病相关的细胞群和基因表达模式	NA	研究自发性葡萄膜视网膜炎的疾病机制	小鼠的视网膜细胞	数字病理学	葡萄膜视网膜炎	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	野生型和自发葡萄膜视网膜炎小鼠的视网膜样本
36	2024-08-09	Enteroendocrine and tuft cells support Lgr5 stem cells on Paneth cell depletion 2019-Dec-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1801888117 PMID:31843916	研究论文	本研究探讨了在小鼠肠道中，当潘氏细胞被消除后，Lgr5干细胞的维持机制	发现潘氏细胞的消除并不影响Lgr5干细胞的维持，而是由肠内分泌细胞和绒毛细胞替代其位置，提供必要的Notch信号	NA	探究潘氏细胞消除后Lgr5干细胞的维持机制	小鼠肠道中的Lgr5干细胞及其在潘氏细胞消除后的维持情况	NA	NA	流式细胞术，单细胞测序，组织学分析	NA	细胞	小鼠
37	2024-08-09	Kidney Cells Regeneration: Dedifferentiation of Tubular Epithelium, Resident Stem Cells and Possible Niches for Renal Progenitors 2019-Dec-15, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20246326 PMID:31847447	综述	本文综述了肾脏再生的主要机制，包括上皮细胞的去分化和祖细胞的激活，特别关注肾脏祖细胞的可能生态位	探讨了转基因动物、单细胞转录组学等现代方法在解决去分化细胞和驻留祖细胞区分问题中的潜力	缺乏区分去分化细胞和驻留祖细胞的特定方法	探讨肾脏细胞再生的机制及其潜在的祖细胞生态位	肾脏细胞的再生能力及其机制	NA	NA	单细胞转录组学	NA	NA	NA
38	2024-08-09	Vireo: Bayesian demultiplexing of pooled single-cell RNA-seq data without genotype reference 2019-12-13, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1865-2 PMID:31836005	研究论文	本文介绍了Vireo，一种用于无基因型参考的池化单细胞RNA测序数据贝叶斯解复用的计算高效模型	Vireo模型可以在只有部分或没有基因型信息的情况下应用，这是其独特之处	NA	解决现有解复用策略依赖完整基因型数据的局限性	池化单细胞RNA测序数据的解复用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	贝叶斯模型	RNA测序数据	NA
39	2024-08-09	GCN2 drives macrophage and MDSC function and immunosuppression in the tumor microenvironment 2019-12-13, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax8189 PMID:31836669	研究论文	研究探讨了GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）功能及免疫抑制作用的影响	揭示了GCN2在肿瘤免疫反应中的新作用，即通过调控巨噬细胞和MDSCs的表型促进抗肿瘤免疫	NA	探究GCN2在肿瘤免疫反应中的作用及其机制	GCN2在肿瘤微环境中对巨噬细胞和髓源抑制细胞（MDSCs）的影响	数字病理学	皮肤黑色素瘤	质谱流式细胞术（CyTOF）、单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及小鼠和人类样本
40	2024-08-09	Molecular determinants of nephron vascular specialization in the kidney 2019-12-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12872-5 PMID:31836710	研究论文	本文通过高通量批量和单细胞RNA测序技术，研究了肾脏非淋巴管内皮细胞中的分子途径，以识别从胚胎到成年期间决定血管分区的分子途径。	首次揭示了肾脏血管特异性标志物，包括特定的转录因子、离子通道、溶质转运体和血管分泌因子，这些因子协调肾脏功能。	NA	解析肾脏血管标志物的分子决定因素，为重建肾单位和揭示肾脏疾病的发病机制奠定基础。	肾脏的非淋巴管内皮细胞	NA	肾脏疾病	高通量批量和单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA