单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-10	Co-culture of functionally enriched cancer stem-like cells and cancer-associated fibroblasts for single-cell whole transcriptome analysis 2019-12-31, Integrative biology : quantitative biosciences from nano to macro IF:1.5Q4 DOI:10.1093/intbio/zyz029 PMID:31820801	研究论文	开发了一种平台，用于分离单细胞并培养单细胞衍生的球体，以功能性富集癌症干细胞样细胞（CSCs），并研究CSCs与癌症相关成纤维细胞（CAFs）的相互作用	首次通过单细胞转录组测序分析了CSCs与CAFs共培养对癌症干细胞特性和上皮/间充质状态的影响，并发现了与患者生存相关的关键基因	研究仅限于SUM149乳腺癌细胞系，需要进一步验证在其他癌症类型中的适用性	研究CSCs与CAFs的相互作用及其对乳腺癌发展和转移的影响	乳腺癌干细胞样细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	SUM149乳腺癌细胞和CAFs共培养的单细胞衍生的球体
2	2024-09-07	Fast, sensitive and accurate integration of single-cell data with Harmony 2019-12, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0619-0 PMID:31740819	研究论文	本文介绍了一种名为Harmony的算法，用于快速、灵敏且准确地整合单细胞RNA测序数据	Harmony算法能够将细胞投影到一个共享嵌入空间中，使得细胞按细胞类型分组而非数据集特定的条件，同时考虑了多个实验和生物因素	NA	开发一种高效的方法来整合不同技术测量的单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据，包括外周血单核细胞、胰腺胰岛细胞、小鼠胚胎发育数据以及空间转录组学数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	Harmony算法	RNA测序数据	约10个细胞
3	2024-08-21	Transcriptomic and Single-Cell Analysis of the Murine Parotid Gland 2019-12, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/0022034519882355 PMID:31623513	研究论文	本研究通过RNA测序和单细胞RNA测序分析了小鼠腮腺在不同成熟阶段的转录组特征	首次全面揭示了腮腺在不同成熟阶段的全球基因表达谱，并发现了腮腺特异性的基因特征和细胞异质性	NA	阐明腮腺的分子特性	小鼠腮腺的转录组和单细胞转录组	数字病理学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同成熟阶段的小鼠腮腺样本
4	2024-08-05	Single-Cell Profiles of Retinal Ganglion Cells Differing in Resilience to Injury Reveal Neuroprotective Genes 2019-12-18, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.11.006 PMID:31784286	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序对小鼠视网膜神经节细胞的选择性抗损伤能力进行了分析	该研究首次建立了一套系统框架，以解析不同类型的细胞对损伤的反应，并揭示了用于干预的分子靶标	研究主要聚焦于小鼠模型，可能无法完全代表其他物种的情况	探讨视网膜神经节细胞对损伤的抗性及相关基因	小鼠视网膜神经节细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	46种视网膜神经节细胞类型的样本
5	2024-08-05	scPred: accurate supervised method for cell-type classification from single-cell RNA-seq data 2019-12-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1862-5 PMID:31829268	研究论文	本文介绍了scPred，一种从单细胞RNA测序数据中进行细胞类型分类的准确监督方法	scPred通过无偏特征选择与机器学习概率预测方法的结合，提供了高度准确的单细胞分类	NA	研究单细胞的转录特征，以便进行细胞类型分类	单细胞RNA测序数据，涉及胰腺组织、单核细胞、结肠肿瘤活检和循环树突状细胞	数字病理学	NA	RNA-seq	机器学习	基因表达数据	NA
6	2024-08-05	High-throughput dense reconstruction of cell lineages 2019-12, Open biology IF:4.5Q1 DOI:10.1098/rsob.190229 PMID:31822210	评论	本文汇编了关于高通量细胞谱系重建会议的共识，讨论了新技术的挑战及解决方案	探讨了结合单细胞RNA测序的新工具，允许在单细胞分辨率下重建复杂模型生物的谱系	会议内容仅为共识，并未提供具体实验数据和结果	研究新工具在重建细胞谱系中的应用及其技术挑战	高通量细胞谱系重建的新工具和策略	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
7	2024-08-05	Single-cell connectomic analysis of adult mammalian lungs 2019-12, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaw3851 PMID:31840053	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了成年哺乳动物肺部细胞间相互作用	揭示了肺泡细胞群体之间的信号传递系统，并确定了各细胞类型在远端肺部的功能角色	研究主要集中于成年哺乳动物，未涉及其他发展阶段或物种的肺部细胞交互	阐明影响组织稳态的细胞间相互作用机制	成年小鼠、大鼠、猪和人类的肺组织	数字病理学	慢性肺病	单细胞RNA测序	NA	组织样本	未明确说明具体样本数量
8	2024-08-05	Establishment of a high-resolution 3D modeling system for studying pancreatic epithelial cell biology in vitro 2019-12, Molecular metabolism IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.molmet.2019.09.005 PMID:31767167	研究论文	本文建立了一种高分辨率的三维培养系统，用于研究胰腺上皮细胞生物学	本文首次建立了一种简单可重复的基于Matrigel的三维囊泡培养模型，可用于小鼠和人类胰腺前体的研究	尚未提及实验证明该系统在体内应用的有效性	研究胰腺上皮化和内分泌发育的机制	小鼠和人类的胰腺前体细胞	数字病理学	胰腺疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	三维囊泡培养模型	细胞文化数据	NA
9	2024-08-05	cellHarmony: cell-level matching and holistic comparison of single-cell transcriptomes 2019-12-02, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz789 PMID:31529053	研究论文	本文介绍了cellHarmony，一个用于单细胞转录组分析和比较的新工具	cellHarmony采用社区聚类和对齐策略有效匹配单细胞转录组，能够揭示细胞特异的基因表达差异	NA	研究目的在于定义疾病相关细胞群体内外的变化，理解人类疾病的分子发病机制	研究对象为正常和疾病状态下的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	潜在涉及数十个细胞群体
10	2024-08-05	Elite control of HIV is associated with distinct functional and transcriptional signatures in lymphoid tissue CD8+ T cells 2019-12-18, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aax4077 PMID:31852798	研究论文	本研究通过单细胞分析探讨了精英控制者（ECs）淋巴结中HIV特异性CD8 T细胞的功能和转录特征	揭示了ECs的HIV特异性CD8 T细胞具有独特的转录特征以及这些细胞如何有效抑制病毒复制	研究仅集中于淋巴结，可能未能全面反映全身免疫反应	探索精英控制者中HIV特异性CD8 T细胞的功能及其在免疫控制HIV中的作用	精英控制者（ECs）和慢性进展者（CPs）中的HIV特异性CD8 T细胞	数字病理学	HIV	单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	ECs和CPs的淋巴结中HIV特异性CD8 T细胞的比较分析
11	2024-08-07	High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0290-0 PMID:31611697	研究论文	本文介绍了一种名为SNARE-seq的方法，能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性	SNARE-seq方法能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性，实现了转录调控与其输出结果的直接匹配	NA	开发一种能够在单个细胞核水平上同时测序转录组和染色质可及性的方法	新生和成年小鼠大脑皮层的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生小鼠大脑皮层5,081个细胞，成年小鼠大脑皮层10,309个细胞
12	2024-08-07	Visualizing structure and transitions in high-dimensional biological data 2019-12, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0336-3 PMID:31796933	研究论文	本文介绍了一种名为PHATE的视觉化方法，用于揭示高维生物数据中的结构和模式	PHATE方法能够捕捉数据点之间的信息几何距离，更好地保留数据的局部和全局非线性结构	NA	开发一种新的视觉化工具，以直观地展示高维生物数据中的结构和模式	高维生物数据，包括人工和生物数据集	计算机视觉	NA	单细胞RNA测序	NA	高维数据	包括新产生的单细胞RNA测序数据集
13	2024-08-07	Single-nuclei RNA-seq on human retinal tissue provides improved transcriptome profiling 2019-12-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12917-9 PMID:31848347	研究论文	本研究通过单核RNA测序（snRNA-seq）技术对人类视网膜组织进行了转录组分析	本研究展示了单核RNA测序在人类冷冻组织中获取单细胞转录组的能力，相较于人类批量RNA测序或动物模型，提供了更深入的见解	NA	通过单核RNA测序技术解析复杂组织中的异质性	人类视网膜组织及其细胞类型	数字病理学	NA	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	6个样本，来自3名健康捐赠者，共5873个单核
14	2024-08-09	The application of single-cell sequencing technology in the diagnosis and treatment of hepatocellular carcinoma 2019-Dec, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm.2019.11.116 PMID:32042806	研究论文	本文综述了单细胞测序技术在肝细胞癌诊断和治疗中的应用	单细胞测序技术能够揭示传统组织学无法检测到的细胞间的遗传异质性	NA	探讨单细胞测序技术在肝细胞癌临床诊断、治疗和预后中的应用	肝细胞癌的肿瘤细胞异质性	数字病理学	肝癌	单细胞测序	NA	基因组、转录组和表观基因组数据	NA
15	2024-08-09	scRNA-seq assessment of the human lung, spleen, and esophagus tissue stability after cold preservation 2019-12-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1906-x PMID:31892341	研究论文	本研究评估了冷保存对新鲜健康脾脏、食管和肺组织的影响，通过单细胞RNA测序分析了这些组织在72小时内的稳定性。	研究提供了24小时内组织保存的稳健协议，这对Human Cell Atlas或临床研究的样本收集物流大有裨益。	研究观察到72小时后肺T细胞比例下降，线粒体读数百分比增加，以及脾脏中背景环境RNA读数的污染增加，这些是细胞类型特异性的。	评估冷保存对人类脾脏、食管和肺组织稳定性的影响，并为Human Cell Atlas提供高质量的单细胞转录组数据。	新鲜健康的脾脏、食管和肺组织。	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	240,000个高质量单细胞转录组，来自至少5个供体的全基因组序列
16	2024-08-09	Cloud accelerated alignment and assembly of full-length single-cell RNA-seq data using Falco 2019-Dec-30, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-6341-6 PMID:31888474	研究论文	本文介绍了Falco框架，该框架利用现代云平台的并行和分布式计算环境，加速全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据的读取对齐和转录本组装	Falco框架引入了两种新模式：仅对齐和转录本组装，能够显著加速全长scRNA-seq数据的对齐和组装过程	NA	开发一个能够扩展并加速全长scRNA-seq数据对齐和组装的云端大数据处理框架	全长批量RNA-seq和单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	两个公开的scRNA-seq数据集
17	2024-08-09	Using transfer learning from prior reference knowledge to improve the clustering of single-cell RNA-Seq data 2019-12-30, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-56911-z PMID:31889137	研究论文	本文提出了一种利用先验知识从大型参考数据集进行迁移学习以改进单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据聚类的方法	本文首次将迁移学习应用于无监督聚类问题，并通过单细胞RNA测序数据验证了其有效性	NA	改进小规模疾病或组织特异性数据集的聚类效果，特别是罕见细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	非负矩阵分解（NMF）	基因表达数据	使用模拟数据和公开可用数据进行验证
18	2024-08-09	S100a4 upregulation in Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre-driven mammary tumors promotes metastasis 2019-12-27, Breast cancer research : BCR IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s13058-019-1238-5 PMID:31881983	研究论文	本研究通过生成Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型，探讨了PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。	首次揭示了Pik3caH1047R和Trp53R270H在乳腺肿瘤发生中的协同作用，并发现S100a4在肿瘤转移中的关键作用。	NA	研究PIK3CA和TP53突变在乳腺肿瘤发生中的协同作用及S100a4在转移中的作用。	Pik3caH1047R;Trp53R270H;MMTV-Cre双突变小鼠乳腺癌模型。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个乳腺肿瘤样本
19	2024-08-09	Discovering Rare Genes Contributing to Cancer Stemness and Invasive Potential by GBM Single-Cell Transcriptional Analysis 2019-Dec-16, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11122025 PMID:31888172	研究论文	本研究利用公开的单细胞RNA测序数据，发现并全面解析了存在于少数胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因，并设计了一个框架系统地识别了51个稀有蛋白质编码基因（PCGs）和47个稀有长非编码RNAs（lncRNAs）。	本研究通过单细胞RNA测序技术，深入探索了少数细胞中的分子机制，并发现了与GBM进展和预后相关的稀有基因。	NA	探索胶质母细胞瘤（GBM）中稀有基因的作用及其在癌症进展和预后中的潜在影响。	胶质母细胞瘤（GBM）细胞中的稀有基因。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	51个稀有蛋白质编码基因和47个稀有长非编码RNAs
20	2024-08-09	Autoencoder-based cluster ensembles for single-cell RNA-seq data analysis 2019-Dec-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3179-5 PMID:31870278	研究论文	本文提出了一种基于自编码器的聚类集成框架，用于单细胞RNA测序数据分析	该框架通过随机子空间投影和自编码器压缩，结合集成聚类方法，显著提高了细胞类型特异性聚类的性能	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	机器学习	NA	scRNA-seq	自编码器	基因表达数据	多个复杂样本或组织中的单个细胞