单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	Dissecting dynamic expression of autophagy-related genes during human fetal digestive tract development via single-cell RNA sequencing 2019-11, Autophagy IF:14.6Q1 DOI:10.1080/15548627.2019.1656956 PMID:31470757	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探索了人类胎儿消化道发育过程中自噬相关基因的动态表达	首次揭示了自噬在早期人类胚胎消化道，特别是小肠发育中的重要作用	NA	研究自噬在人类胎儿消化道发育中的作用	人类胚胎消化道细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过5000个人类胚胎消化道细胞，时间跨度从6周到25周
82	2024-08-09	Glucose-Dependent Insulinotropic Polypeptide Receptor-Expressing Cells in the Hypothalamus Regulate Food Intake 2019-11-05, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2019.07.013 PMID:31447324	研究论文	研究通过创建Gipr-Cre敲入小鼠，识别和操纵表达葡萄糖依赖性胰岛素释放肽受体（GIPR）的细胞，并探讨其在调节食物摄入中的作用。	首次通过单细胞RNA测序技术识别出下丘脑中表达GIPR的细胞群，并发现这些细胞在血管、胶质和神经元细胞中表现出转录组特征。	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中验证这些发现。	旨在识别和操纵表达GIPR的细胞，以了解其在调节食物摄入和能量平衡中的作用。	下丘脑中表达GIPR的细胞。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本
83	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals cell type-specific HPV expression in hyperplastic skin lesions 2019-11, Virology IF:2.8Q3 DOI:10.1016/j.virol.2019.08.007 PMID:31425970	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了免疫抑制患者皮肤增生性病变中HPV的细胞类型特异性表达	首次使用单细胞RNA测序技术在免疫抑制患者的皮肤病变中检测到HPV78在基底角质形成细胞、表层角质形成细胞和毛囊干细胞中的表达	NA	揭示免疫抑制诱导的HPV生命周期与表皮过度增殖之间的机制联系	免疫抑制患者皮肤增生性病变中的HPV表达	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	一个免疫抑制患者的HPV阳性皮肤病变样本
84	2024-08-09	Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development 2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00554.2018 PMID:31432713	研究论文	本研究通过整合多组学纵向数据，构建了调控肺发育的动态网络模型	开发了一个详细的、全面的和交互式的模型，提供了主要表达轨迹、特定关键事件的调控因子以及表观遗传变化的影响信息	NA	构建一个模型来全面理解调控肺发育的动态网络	小鼠和人肺发育过程中的mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学数据	数字病理学	NA	激光捕获显微切割	NA	多组学数据	14个预定时间点的小鼠肺泡样本和时间序列的人类多组学数据集
85	2024-08-09	RNA sequencing: the teenage years 2019-11, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0150-2 PMID:31341269	研究论文	本文综述了RNA测序技术在过去十年中的发展及其在转录组广泛分析中的应用	介绍了RNA测序技术的新应用，如空间转录组学和长读长直接RNA测序技术，以及改进的数据分析工具	NA	探讨RNA测序技术在RNA生物学中的全面应用	RNA测序技术及其在基因表达、剪接、翻译和结构分析中的应用	基因组学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	NA
86	2024-08-09	RNA-based diagnostic and therapeutic strategies for cardiovascular disease 2019-11, Nature reviews. Cardiology DOI:10.1038/s41569-019-0218-x PMID:31186539	综述	本文综述了基于RNA的诊断和治疗策略在心血管疾病中的应用	介绍了下一代测序技术、功能性高通量RNA筛选和单细胞测序技术在筛选心血管疾病诊断和治疗RNA候选物中的应用	许多非编码RNA尚未被功能性注释，限制了潜在RNA诊断和治疗目标的数量	总结和探讨基于RNA的诊断和治疗策略在心血管疾病中的应用和潜力	非编码RNA如microRNAs、长非编码RNA和环状RNA在心血管疾病中的诊断和治疗潜力	NA	心血管疾病	下一代测序技术	NA	RNA	NA
87	2024-08-09	EnImpute: imputing dropout events in single-cell RNA-sequencing data via ensemble learning 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz435 PMID:31125056	研究论文	本文开发了EnImpute，一个R包，利用集成学习方法来填补单细胞RNA测序数据中的丢失事件	EnImpute结合了多种填补方法的结果，以生成更准确的结果，并开发了一个Shiny应用程序以简化实施和可视化	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性	单细胞RNA测序数据中的丢失事件	生物信息学	NA	RNA-seq	集成学习	RNA测序数据	NA
88	2024-08-09	snakePipes: facilitating flexible, scalable and integrative epigenomic analysis 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz436 PMID:31134269	研究论文	本文介绍了snakePipes，一个用于处理和分析常见表观基因组数据（如ChIP-seq、RNA-seq、Bisulfite-seq、ATAC-seq、Hi-C和单细胞RNA-seq）的工作流包	snakePipes允许用户组装每个工作流的变体，并通过简单的命令行包装和yaml文件轻松安装和升级底层工具	NA	开发一个模块化和可扩展的分析工作流，以适应不断增长的表观基因组数据规模和多样性	常见的表观基因组数据处理和下游分析	生物信息学	NA	ChIP-seq, RNA-seq, Bisulfite-seq, ATAC-seq, Hi-C, 单细胞RNA-seq	NA	序列数据	NA
89	2024-08-09	The barcode, UMI, set format and BUStools 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz279 PMID:31073610	研究论文	介绍了一种名为Barcode-UMI-Set（BUS）的格式，用于表示单细胞RNA-seq实验读数的伪对齐	提出了一种新的BUS格式，适用于所有单细胞RNA-seq技术，并展示了BUS文件的高效生成能力	NA	开发一种模块化、技术特定且健壮的单细胞RNA-seq分析工作流程	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	文本	NA
90	2024-08-09	scMatch: a single-cell gene expression profile annotation tool using reference datasets 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz292 PMID:31028376	研究论文	介绍了一种名为scMatch的单细胞基因表达谱注释工具，通过识别大型参考数据集中最接近的匹配来直接注释单个细胞	scMatch能够快速且稳健地注释单细胞，且处理大型参考数据集的能力更强	NA	开发一种新的单细胞基因表达谱注释工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	数千个细胞
91	2024-08-09	Cell-level somatic mutation detection from single-cell RNA sequencing 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz288 PMID:31028395	研究论文	本文开发了一种名为SCmut的新型统计方法，用于从单细胞RNA测序数据中识别携带突变的特定细胞	SCmut方法通过2D局部错误发现率控制假阳性，提高了单细胞RNA测序数据中突变检测的准确性	NA	探索从单细胞RNA测序数据中发现细胞水平突变信息的新方法	单细胞RNA测序数据中的细胞水平突变	生物信息学	乳腺癌，胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序	统计方法	RNA测序数据	多个单细胞RNA测序数据集
92	2024-08-09	Continuous-state HMMs for modeling time-series single-cell RNA-Seq data 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz296 PMID:31038684	研究论文	本文开发了一种基于连续状态隐马尔可夫模型（CSHMMs）的新方法，用于表示和建模时间序列单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	提出了基于CSHMMs的方法，能够准确推断分支拓扑结构并连续地分配细胞到路径上，改善了先前方法的性能	NA	重建时间序列单细胞RNA测序数据的发展轨迹	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	连续状态隐马尔可夫模型（CSHMMs）	时间序列数据	多个发育单细胞数据集
93	2024-08-09	scRNAss: a single-cell RNA-seq assembler via imputing dropouts and combing junctions 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz240 PMID:30951147	研究论文	本文介绍了一种名为scRNAss的单细胞RNA测序组装方法，该方法通过填补丢失信息和结合接合策略来重建全长转录本	scRNAss通过显式策略填补由丢失事件引起的丢失信息，并采用结合策略来推断转录本，显示出对未知新异构体的恢复能力和计算效率	NA	开发一种适用于单细胞RNA测序数据的转录本组装方法	单细胞RNA测序数据中的全长转录本重建	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
94	2024-08-09	Therapeutic resistance and susceptibility is shaped by cooperative multi-compartment tumor adaptation 2019-Nov, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-019-0310-0 PMID:30824837	研究论文	本文通过连续活检、下一代测序和单细胞转录组学技术，追踪了黑色素瘤自发性模型中多个细胞区室在一线治疗反应、复发和二线治疗干预期间的演变，揭示了治疗诱导的肿瘤复发中多个区室的变化及其对后续治疗效果的影响。	本文首次展示了治疗复发肿瘤在遗传稳定的情况下，通过肿瘤细胞分化状态、免疫浸润和细胞外基质（ECM）成分的显著变化，形成共享的抗性表型。	研究主要集中在黑色素瘤的自发性模型中，可能需要进一步的临床验证来证实这些发现。	探索肿瘤治疗抵抗和敏感性形成的机制，特别是在多区室肿瘤适应性方面。	研究对象包括肿瘤细胞、免疫细胞和细胞外基质等肿瘤微环境中的多个区室。	数字病理学	黑色素瘤	下一代测序、单细胞转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	研究涉及多个肿瘤样本和细胞系
95	2024-08-09	Neural crest migration with continuous cell states 2019-11-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2019.01.029 PMID:30707976	研究论文	本文探讨了颅神经嵴细胞迁移的连续状态模型，并通过实验数据验证了其有效性	提出了连续状态模型，包括信号选择和信号组合两种版本，这些模型在细胞迁移距离上优于离散状态模型	需要进一步调整模型参数以更好地匹配实验观察结果	验证连续状态模型在描述神经嵴细胞迁移中的有效性	颅神经嵴细胞的迁移行为	NA	NA	单细胞转录组数据分析	连续状态模型	转录组数据	具体样本数量未提及
96	2024-08-09	Impact of similarity metrics on single-cell RNA-seq data clustering 2019-11-27, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby076 PMID:30137247	研究论文	本文比较了多种相似性度量在单细胞RNA测序数据聚类中的影响	首次对不同相似性度量在单细胞RNA测序数据聚类中的影响进行了基准测试，并发现基于相关性的度量（如皮尔逊相关）优于基于距离的度量（如欧几里得距离）	文章未提及具体的局限性	研究不同相似性度量对单细胞RNA测序数据聚类质量的影响	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	基于核的聚类算法 (SIMLR)	基因表达数据	多个注释的单细胞RNA测序数据集
97	2024-08-09	Clustering single cells: a review of approaches on high-and low-depth single-cell RNA-seq data 2019-11-19, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/ely001 PMID:29346505	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA