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当前共找到 97 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
Assessment of computational methods for the analysis of single-cell ATAC-seq data
2019-11-18, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1854-5
PMID:31739806
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研究论文 | 本文介绍了一个基准框架，用于评估10种计算方法在13个合成和真实数据集上的单细胞ATAC-seq数据分析能力 | 首次系统地评估了多种计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的表现，并提供了最佳实践推荐 | 文章主要集中在计算方法的比较，未深入探讨生物学解释和实际应用场景 | 评估和比较不同的计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的效果 | 10种计算方法和13个合成及真实数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 超过80,000个细胞的大数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-09 |
Bulk and Single-Cell Next-Generation Sequencing: Individualizing Treatment for Colorectal Cancer
2019-Nov-18, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers11111809
PMID:31752125
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综述 | 本文综述了下一代测序技术（NGS）在结直肠癌（CRC）个体化治疗中的最新进展和未来展望 | 通过多区域批量组织NGS和新兴的单细胞转录组学，结合循环游离DNA（cfDNA）的NGS，揭示了预测治疗反应和药物开发的新策略 | NA | 旨在通过集成测序系统探索基因组和转录组，以克服研究和临床挑战，推动精准肿瘤学的发展 | 结直肠癌（CRC） | 数字病理学 | 结直肠癌 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组和转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-09 |
Contribution of Single-Cell Transcriptomics to the Characterization of Human Spermatogonial Stem Cells: Toward an Application in Male Fertility Regenerative Medicine?
2019-Nov-16, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20225773
PMID:31744138
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研究论文 | 本文讨论了利用单细胞转录组测序技术（scRNAseq）在人类精原干细胞（SSC）及其前体细胞定义方面的最新进展 | scRNAseq技术作为一种新的诊断工具，用于个性化调查男性不育症 | NA | 探讨单细胞转录组测序技术在人类精原干细胞及其前体细胞定义中的应用，以及其在男性生育再生医学中的潜在应用 | 人类精原干细胞（SSC）及其前体细胞 | 基因组学 | 男性不育症 | 单细胞转录组测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-09 |
Sertoli cell-only phenotype and scRNA-seq define PRAMEF12 as a factor essential for spermatogenesis in mice
2019-11-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13193-3
PMID:31729367
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研究论文 | 本文研究了PRAMEF12在维持小鼠精子发生中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其对精原干细胞的影响。 | 首次揭示了PRAMEF12在精子发生中的重要作用，并通过单细胞转录组分析详细描述了其对精原干细胞状态的影响。 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证。 | 探讨PRAMEF12在精子发生中的作用及其对生殖医学的潜在影响。 | 小鼠的精子发生过程及PRAMEF12的作用。 | 生殖医学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及小鼠的精子发生过程中的多个细胞状态 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-09 |
A Bayesian mixture model for the analysis of allelic expression in single cells
2019-11-15, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13099-0
PMID:31729374
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research paper | 本文提出了一种用于单细胞RNA-Seq数据中等位基因表达分析的贝叶斯混合模型方法 | 该方法通过跨细胞池化信息，提高了等位基因比例估计的准确性，并减少了采样变异性，同时不牺牲细胞间的异质性 | NA | 旨在改进单细胞水平上等位基因特异性表达的分析方法 | 单细胞RNA-Seq数据中的等位基因特异性表达 | 生物信息学 | NA | RNA-Seq | 贝叶斯混合模型 | RNA-Seq数据 | 多个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
B Cells and T Follicular Helper Cells Mediate Response to Checkpoint Inhibitors in High Mutation Burden Mouse Models of Breast Cancer
2019-11-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.10.028
PMID:31730857
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研究论文 | 本研究通过使用三阴性乳腺癌小鼠模型，识别了免疫检查点抑制剂反应的介导机制 | 开发了新的乳腺肿瘤模型，并揭示了免疫检查点疗法通过激活T滤泡辅助细胞和B细胞来促进抗肿瘤反应 | NA | 识别免疫检查点抑制剂反应的介导机制 | 三阴性乳腺癌小鼠模型 | NA | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序, 批量mRNA测序 | NA | mRNA测序数据 | 免疫疗法治疗和未治疗的敏感及耐药小鼠模型的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Plasticity and Clonality of Cancer Cell States
2019-11, Trends in cancer
IF:14.3Q1
DOI:10.1016/j.trecan.2019.09.002
PMID:31735281
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤内异质性在基因改变和表型特性（如药物抗性）方面的研究，并介绍了单细胞RNA测序揭示肿瘤内转录多样性的新发现。 | 本文通过Neftel等人的胶质母细胞瘤研究，支持了癌症细胞状态及其可塑性的新兴概念。 | NA | 探讨肿瘤内异质性和癌症细胞状态的可塑性。 | 胶质母细胞瘤的癌症细胞状态。 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of the naked mole-rat reveals unexpected features of mammalian immunity
2019-11, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000528
PMID:31751331
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了裸鼹鼠的免疫系统，并与易患癌症的小鼠进行了比较 | 发现裸鼹鼠的免疫系统具有高比例的髓系细胞与淋巴细胞，并缺乏典型的自然杀伤细胞，这挑战了我们对哺乳动物免疫的传统理解 | NA | 探究裸鼹鼠免疫系统的独特特征及其对癌症免疫监视和维持体内平衡的作用 | 裸鼹鼠的免疫系统 | 生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 裸鼹鼠和小鼠的免疫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of the human retinal pigment epithelium and choroid in health and macular degeneration
2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1914143116
PMID:31712411
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康和老年性黄斑变性患者的人类视网膜色素上皮（RPE）和脉络膜的转录组 | 首次在单细胞水平上详细描述了RPE和脉络膜主要细胞群的表达谱，并识别了与老年性黄斑变性相关的特定基因表达特征 | 仅基于7个人类供体眼的数据，样本量较小 | 探究健康和老年性黄斑变性患者视网膜色素上皮及脉络膜的单细胞转录组特征 | 人类视网膜色素上皮和脉络膜组织 | 数字病理学 | 老年性黄斑变性 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个人类供体眼 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics reveals expansion of cytotoxic CD4 T cells in supercentenarians
2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1907883116
PMID:31719197
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞的显著增加 | 首次发现超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞通过大规模克隆扩增积累，并显示出与CD8细胞毒性T细胞相似的转录组特征 | 样本量较小，仅包括7名超百岁老人和5名年轻对照组 | 探究超百岁老人免疫系统的独特特征及其对长寿的影响 | 超百岁老人和年轻对照组的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 61,202个外周血单个核细胞，来自7名超百岁老人和5名年轻对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
The in vivo endothelial cell translatome is highly heterogeneous across vascular beds
2019-11-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1912409116
PMID:31712416
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研究论文 | 通过应用内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP）结合高通量RNA测序分析，全面描述了内皮细胞在不同血管床中的分子异质性 | 首次使用EC-TRAP技术结合RNA测序，识别了内皮细胞中泛富集基因和组织特异性转录本，包括已知标记和先前未被重视的基因 | EC-TRAP技术在细胞分离和体外扩增后限制了基因表达的变化，以及由于组织酶解所需的单细胞悬液制备导致的血管床特异性基因表达快速变化 | 研究内皮细胞在不同血管床中的分子异质性，并探讨其在生理和病理条件下的基因表达程序 | 内皮细胞在不同血管床中的分子特征及其对脂多糖（LPS）反应的差异 | NA | NA | 内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP），高通量RNA测序 | NA | RNA | 多个血管床的内皮细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
Single-cell reconstruction of differentiation trajectory reveals a critical role of ETS1 in human cardiac lineage commitment
2019-11-13, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-019-0709-6
PMID:31722692
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了ETS1在人类心脏谱系分化中的关键作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了心脏谱系分化过程中ETS1的激活及其对心脏结构基因的调控作用 | NA | 研究人类心脏谱系分化过程中的关键分子事件和调控因子 | 人类胚胎干细胞的心脏分化过程 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 6879个细胞，来自6个不同的心脏分化阶段 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments
2019-Nov-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3167-9
PMID:31718533
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研究论文 | 本文开发了一个名为SCOPIT的交互式网络应用程序，用于计算单细胞测序实验中每个亚群（细胞类型或癌症克隆）至少采样一定数量细胞的概率 | 提出了一个基于多项分布的计算工具，用于快速进行单细胞实验的样本量计算 | NA | 开发工具以辅助单细胞测序实验的样本量规划和回顾性评估 | 单细胞DNA和RNA测序实验中的细胞数量 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | 多项分布 | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks
2019-11-11, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.47889
PMID:31710287
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了22,439个小鼠新皮质神经元的数据，揭示了密集的皮质内神经肽调节网络的转录证据 | 发现了数十种分子上不同的神经肽调节网络，这些网络直接连接所有皮质神经元 | NA | 探索皮质突触网络的稳态、调节和可塑性的新见解 | 小鼠新皮质神经元的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 22,439个小鼠新皮质神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
Cell-by-cell deciphering of T cells in allergic inflammation
2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2019.10.001
PMID:31703761
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究了过敏性炎症患者的组织T细胞，揭示了T细胞的异质性，并提供了未来研究的方向 | 通过scRNA-seq技术，本文首次详细描述了过敏性炎症组织中T细胞的异质性，并识别出两种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体 | NA | 探讨过敏性炎症的病理机制，并提供未来单细胞下一代测序平台的研究方向 | 过敏性炎症患者的组织T细胞 | 数字病理学 | 过敏性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 8种CD3 T细胞群体和2种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Quantifying pluripotency landscape of cell differentiation from scRNA-seq data by continuous birth-death process
2019-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007488
PMID:31721764
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研究论文 | 本文提出了一种名为Landscape of Differentiation Dynamics (LDD)的方法，通过连续的出生-死亡过程从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中计算细胞潜能并构建其分化景观 | LDD方法能够准确且高效地构建细胞的进化树并量化其分化景观，特别是在量化细胞潜能方面 | NA | 研究细胞分化过程，并提供一种计算工具来量化细胞潜能或Waddington潜能景观 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程 | 系统生物学 | NA | scRNA-seq | 连续出生-死亡过程 | scRNA-seq数据 | 七个基准数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Bayesian Inference of Allelic Inclusion Rates in the Human T Cell Receptor Repertoire
2019-11-27, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.09.006
PMID:31677971
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研究论文 | 本文开发并实验验证了一种完全贝叶斯推理模型，用于可靠地估计α和β TCR等位基因包含率 | 提出了一个完全贝叶斯推理模型来估计α和β TCR等位基因包含率，并提供了超过51,000个先前未发表的等位基因包含TCR序列集的数据库 | 单细胞测序技术的局限性阻碍了对这些双受体T细胞的全面计数 | 研究人类T细胞受体库中的等位基因包含率 | αβ T细胞的等位基因包含现象 | NA | NA | 单细胞测序 | 贝叶斯推理模型 | 序列数据 | 超过51,000个TCR序列集，来自8名健康个体 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Self-renewing endometrial epithelial organoids of the human uterus
2019-11-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1915389116
PMID:31666317
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研究论文 | 本研究使用已建立的器官培养协议，从人类子宫内膜活检中生成并全面分析了三维子宫内膜上皮器官（EEO）培养物 | 本研究首次详细描述了人类子宫内膜上皮器官的生成及其在激素处理下的基因表达变化 | NA | 研究子宫内膜在妊娠早期的作用及其生理和病理机制 | 人类子宫内膜上皮器官（EEO）及其在激素处理下的反应 | NA | 不孕症 | 实时定量PCR，批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自2个不同供体的子宫内膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Modular transcriptional programs separately define axon and dendrite connectivity
2019-11-05, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.50822
PMID:31687928
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研究论文 | 本文研究了T4/T5神经元的转录调控程序，揭示了不同树突和轴突连接模式的转录程序 | 本文首次揭示了模块化转录程序在定义神经元连接模式中的独立控制作用 | NA | 探索神经元连接模式的转录调控机制 | T4/T5神经元的树突和轴突连接模式 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 八种T4/T5神经元亚型 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
DoubletDecon: Deconvoluting Doublets from Single-Cell RNA-Sequencing Data
2019-11-05, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.09.082
PMID:31693907
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DoubletDecon的方法，用于从单细胞RNA测序数据中去除双细胞捕获的技术伪影 | DoubletDecon结合了去卷积分析和独特细胞状态基因表达的识别，能够高灵敏度地识别不同类型的双细胞，并避免将有效的混合谱系和过渡细胞状态误判为双细胞 | NA | 开发一种方法来检测和去除单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同细胞复杂度的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |