单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the naked mole-rat reveals unexpected features of mammalian immunity 2019-11, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000528 PMID:31751331	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了裸鼹鼠的免疫系统，并与易患癌症的小鼠进行了比较	发现裸鼹鼠的免疫系统具有高比例的髓系细胞与淋巴细胞，并缺乏典型的自然杀伤细胞，这挑战了我们对哺乳动物免疫的传统理解	NA	探究裸鼹鼠免疫系统的独特特征及其对癌症免疫监视和维持体内平衡的作用	裸鼹鼠的免疫系统	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	裸鼹鼠和小鼠的免疫细胞样本
42	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the human retinal pigment epithelium and choroid in health and macular degeneration 2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1914143116 PMID:31712411	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康和老年性黄斑变性患者的人类视网膜色素上皮（RPE）和脉络膜的转录组	首次在单细胞水平上详细描述了RPE和脉络膜主要细胞群的表达谱，并识别了与老年性黄斑变性相关的特定基因表达特征	仅基于7个人类供体眼的数据，样本量较小	探究健康和老年性黄斑变性患者视网膜色素上皮及脉络膜的单细胞转录组特征	人类视网膜色素上皮和脉络膜组织	数字病理学	老年性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7个人类供体眼
43	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals expansion of cytotoxic CD4 T cells in supercentenarians 2019-11-26, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1907883116 PMID:31719197	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞的显著增加	首次发现超百岁老人中细胞毒性CD4 T细胞通过大规模克隆扩增积累，并显示出与CD8细胞毒性T细胞相似的转录组特征	样本量较小，仅包括7名超百岁老人和5名年轻对照组	探究超百岁老人免疫系统的独特特征及其对长寿的影响	超百岁老人和年轻对照组的外周血单个核细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	61,202个外周血单个核细胞，来自7名超百岁老人和5名年轻对照组
44	2024-08-09	The in vivo endothelial cell translatome is highly heterogeneous across vascular beds 2019-11-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1912409116 PMID:31712416	研究论文	通过应用内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP）结合高通量RNA测序分析，全面描述了内皮细胞在不同血管床中的分子异质性	首次使用EC-TRAP技术结合RNA测序，识别了内皮细胞中泛富集基因和组织特异性转录本，包括已知标记和先前未被重视的基因	EC-TRAP技术在细胞分离和体外扩增后限制了基因表达的变化，以及由于组织酶解所需的单细胞悬液制备导致的血管床特异性基因表达快速变化	研究内皮细胞在不同血管床中的分子异质性，并探讨其在生理和病理条件下的基因表达程序	内皮细胞在不同血管床中的分子特征及其对脂多糖（LPS）反应的差异	NA	NA	内皮细胞特异性翻译核糖体亲和纯化（EC-TRAP），高通量RNA测序	NA	RNA	多个血管床的内皮细胞样本
45	2024-08-09	Single-cell reconstruction of differentiation trajectory reveals a critical role of ETS1 in human cardiac lineage commitment 2019-11-13, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-019-0709-6 PMID:31722692	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了ETS1在人类心脏谱系分化中的关键作用	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了心脏谱系分化过程中ETS1的激活及其对心脏结构基因的调控作用	NA	研究人类心脏谱系分化过程中的关键分子事件和调控因子	人类胚胎干细胞的心脏分化过程	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	6879个细胞，来自6个不同的心脏分化阶段
46	2024-08-09	SCOPIT: sample size calculations for single-cell sequencing experiments 2019-Nov-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3167-9 PMID:31718533	研究论文	本文开发了一个名为SCOPIT的交互式网络应用程序，用于计算单细胞测序实验中每个亚群（细胞类型或癌症克隆）至少采样一定数量细胞的概率	提出了一个基于多项分布的计算工具，用于快速进行单细胞实验的样本量计算	NA	开发工具以辅助单细胞测序实验的样本量规划和回顾性评估	单细胞DNA和RNA测序实验中的细胞数量	生物信息学	NA	单细胞测序	多项分布	细胞	NA
47	2024-08-09	Single-cell transcriptomic evidence for dense intracortical neuropeptide networks 2019-11-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.47889 PMID:31710287	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了22,439个小鼠新皮质神经元的数据，揭示了密集的皮质内神经肽调节网络的转录证据	发现了数十种分子上不同的神经肽调节网络，这些网络直接连接所有皮质神经元	NA	探索皮质突触网络的稳态、调节和可塑性的新见解	小鼠新皮质神经元的单细胞转录组	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	22,439个小鼠新皮质神经元
48	2024-08-09	Cell-by-cell deciphering of T cells in allergic inflammation 2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.10.001 PMID:31703761	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究了过敏性炎症患者的组织T细胞，揭示了T细胞的异质性，并提供了未来研究的方向	通过scRNA-seq技术，本文首次详细描述了过敏性炎症组织中T细胞的异质性，并识别出两种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体	NA	探讨过敏性炎症的病理机制，并提供未来单细胞下一代测序平台的研究方向	过敏性炎症患者的组织T细胞	数字病理学	过敏性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8种CD3 T细胞群体和2种疾病特异性的CD3CD4 T细胞群体
49	2024-08-09	Quantifying pluripotency landscape of cell differentiation from scRNA-seq data by continuous birth-death process 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007488 PMID:31721764	研究论文	本文提出了一种名为Landscape of Differentiation Dynamics (LDD)的方法，通过连续的出生-死亡过程从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中计算细胞潜能并构建其分化景观	LDD方法能够准确且高效地构建细胞的进化树并量化其分化景观，特别是在量化细胞潜能方面	NA	研究细胞分化过程，并提供一种计算工具来量化细胞潜能或Waddington潜能景观	单细胞RNA测序数据中的细胞分化过程	系统生物学	NA	scRNA-seq	连续出生-死亡过程	scRNA-seq数据	七个基准数据集
50	2024-08-09	Bayesian Inference of Allelic Inclusion Rates in the Human T Cell Receptor Repertoire 2019-11-27, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.006 PMID:31677971	研究论文	本文开发并实验验证了一种完全贝叶斯推理模型，用于可靠地估计α和β TCR等位基因包含率	提出了一个完全贝叶斯推理模型来估计α和β TCR等位基因包含率，并提供了超过51,000个先前未发表的等位基因包含TCR序列集的数据库	单细胞测序技术的局限性阻碍了对这些双受体T细胞的全面计数	研究人类T细胞受体库中的等位基因包含率	αβ T细胞的等位基因包含现象	NA	NA	单细胞测序	贝叶斯推理模型	序列数据	超过51,000个TCR序列集，来自8名健康个体
51	2024-08-09	Self-renewing endometrial epithelial organoids of the human uterus 2019-11-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1915389116 PMID:31666317	研究论文	本研究使用已建立的器官培养协议，从人类子宫内膜活检中生成并全面分析了三维子宫内膜上皮器官（EEO）培养物	本研究首次详细描述了人类子宫内膜上皮器官的生成及其在激素处理下的基因表达变化	NA	研究子宫内膜在妊娠早期的作用及其生理和病理机制	人类子宫内膜上皮器官（EEO）及其在激素处理下的反应	NA	不孕症	实时定量PCR，批量RNA测序，单细胞RNA测序	NA	RNA	来自2个不同供体的子宫内膜样本
52	2024-08-09	Modular transcriptional programs separately define axon and dendrite connectivity 2019-11-05, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50822 PMID:31687928	研究论文	本文研究了T4/T5神经元的转录调控程序，揭示了不同树突和轴突连接模式的转录程序	本文首次揭示了模块化转录程序在定义神经元连接模式中的独立控制作用	NA	探索神经元连接模式的转录调控机制	T4/T5神经元的树突和轴突连接模式	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	八种T4/T5神经元亚型
53	2024-08-09	DoubletDecon: Deconvoluting Doublets from Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019-11-05, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.09.082 PMID:31693907	研究论文	本文介绍了一种名为DoubletDecon的方法，用于从单细胞RNA测序数据中去除双细胞捕获的技术伪影	DoubletDecon结合了去卷积分析和独特细胞状态基因表达的识别，能够高灵敏度地识别不同类型的双细胞，并避免将有效的混合谱系和过渡细胞状态误判为双细胞	NA	开发一种方法来检测和去除单细胞RNA测序数据中的双细胞	单细胞RNA测序数据中的双细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同细胞复杂度的单细胞RNA测序数据集
54	2024-08-09	Single-cell proteomics reveals changes in expression during hair-cell development 2019-11-04, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50777 PMID:31682227	研究论文	本文利用单细胞纳米级 shotgun 质谱技术研究了鸡胚胎第15天椭圆囊中分化中的毛细胞的蛋白质表达动态变化	首次使用单细胞质谱技术揭示了毛细胞分化过程中蛋白质表达的变化，并与单细胞转录组数据相结合，提供了细胞发育特征的新见解	NA	探索内耳中感觉毛细胞分化过程中的蛋白质表达动态变化	鸡胚胎第15天椭圆囊中的毛细胞及其前体细胞	蛋白质组学	NA	单细胞 shotgun 质谱技术	NA	蛋白质组和转录组数据	多个单细胞样本
55	2024-08-09	Single-Cell Profiling Reveals Sex, Lineage, and Regional Diversity in the Mouse Kidney 2019-11-04, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.10.005 PMID:31689386	研究论文	本研究通过解剖引导的单细胞RNA测序结合原位表达研究和细胞系追踪，揭示了成年雄性和雌性小鼠肾脏的细胞多样性、显著的性别差异以及肾单位的组织和细胞组成	研究首次综合了单细胞RNA测序、原位表达研究和细胞系追踪，揭示了小鼠肾脏中的细胞多样性和性别差异，并创建了一个可搜索的数据库Kidney Cell Explorer	NA	增强对哺乳动物肾脏的理解，特别是在细胞多样性和性别差异方面	成年雄性和雌性小鼠的肾脏	数字病理学	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	成年雄性和雌性小鼠的肾脏样本
56	2024-08-09	Non-templated addition and template switching by Moloney murine leukemia virus (MMLV)-based reverse transcriptases co-occur and compete with each other 2019-11-29, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1074/jbc.RA119.010676 PMID:31640989	研究论文	本研究详细分析了基于Moloney鼠白血病病毒（MMLV）的逆转录酶在模板切换过程中的偏倚，特别是RNA模板5'端序列和性质（加帽与非加帽）对这些偏倚的影响	研究发现非模板添加和模板切换是同时且相互竞争的过程，这与当前对模板切换过程的理解相反	NA	探讨单细胞RNA测序中模板切换机制的细节及其影响因素	Moloney鼠白血病病毒（MMLV）型逆转录酶的模板切换特性和非模板添加的组成	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	NA
57	2024-08-09	Dynamics of trophoblast differentiation in peri-implantation-stage human embryos 2019-11-05, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1911362116 PMID:31636193	研究论文	通过单细胞RNA测序分析培养的人类囊胚细胞，定义了在绒毛膜形成前的第8天至第12天植入期周围胎盘滋养层细胞的转录组图谱	首次详细描述了人类胚胎植入期间滋养层细胞的动态分化过程，并揭示了不同类型滋养层细胞的转录组特征	NA	研究人类胚胎植入期间滋养层细胞的分化动态及其转录组特征	人类胚胎植入期间的滋养层细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	从培养的胚胎中手动挑选的3种早期胎盘细胞类型（细胞滋养层细胞、合体滋养层细胞和迁移性滋养层细胞）
58	2024-08-09	Immunology Driven by Large-Scale Single-Cell Sequencing 2019-11, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2019.09.004 PMID:31645299	研究论文	本文讨论了利用大规模单细胞多组学数据和改进的计算方法来解析免疫细胞身份的必要性	提出了结合大规模单细胞多组学数据和先进计算方法来深入研究免疫细胞的多样性和可塑性	NA	探讨如何利用大规模单细胞多组学数据和计算方法来解析免疫细胞身份	免疫细胞的多样性和可塑性	免疫学	NA	单细胞测序	NA	多组学数据	大规模
59	2024-08-09	Single-pollen-cell sequencing for gamete-based phased diploid genome assembly in plants 2019-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.251033.119 PMID:31649061	研究论文	本文介绍了一种结合花粉原生质体分离和单细胞DNA扩增技术的新方法，用于植物配子阶段的双倍体基因组组装	本文首次成功利用单花粉细胞测序技术，实现了梨基因组的高效准确分相，揭示了梨参考基因组中8.12%的基因存在镶嵌式组装	该方法目前仅在梨这一特定植物物种中得到验证，其普遍适用性有待进一步研究	开发一种新的方法，用于植物配子阶段的双倍体基因组组装，并分析基因表达的等位效应	梨基因组及其在花粉中减数分裂期间的重组信息	基因组学	NA	单细胞测序	NA	序列数据	12个花粉细胞
60	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Resolves Spatiotemporal Development of Pre-thymic Lymphoid Progenitors and Thymus Organogenesis in Human Embryos 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.008 PMID:31604687	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，解析了人类胚胎中前胸腺淋巴祖细胞和胸腺器官发生的空间时间发育过程	首次揭示了人类胚胎中前胸腺淋巴祖细胞的类型和特征，并探讨了胸腺上皮细胞发育及细胞间相互作用在胸腺器官发生中的作用	NA	阐明调控人类胚胎中T淋巴细胞生成的细胞和分子机制	人类胚胎中的淋巴祖细胞和胸腺器官发生	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个胚胎和胎儿阶段的造血和造血干细胞