单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 97 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-05 |
Cell-type-specific analysis of alternative polyadenylation using single-cell transcriptomics data
2019-11-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz781
PMID:31501864
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研究论文 | 该文章探讨了使用单细胞转录组数据分析细胞特异性的替代多聚腺苷酸化 | 提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析APA调控模式的方法 | 对APA的理解仍然处于初步阶段 | 研究替代多聚腺苷酸化在不同细胞类型中的调控 | 不同组织的多组数据及其细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 多个不同组织的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-05 |
Cell-Type-Specific Complement Expression in the Healthy and Diseased Retina
2019-11-26, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.084
PMID:31775049
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研究论文 | 该文章探讨了健康和病态视网膜中细胞类型特异性的补体表达。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了小鼠视网膜中11种细胞类型的补体表达特征。 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类视网膜的情况。 | 揭示视网膜中不同细胞类型的补体表达及其在视网膜疾病中的作用。 | 小鼠视网膜细胞，特别是11种细胞类型的补体表达。 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约92,000个小鼠视网膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics reveal polyclonal memory T-cell responses in skin with positive abacavir patch test results
2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2019.09.013
PMID:31574267
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-05 |
Building a Human Thymus: A Pointillist View
2019-11-19, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.003
PMID:31747579
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序分析稀有样本，探讨人类胎儿早期的胸腺基质细胞类型及其相关的T淋巴细胞发展 | 阐明了早期人类胎儿中胸腺基质细胞类型和T淋巴细胞的发育过程 | 样本稀有，可能限制结果的普遍适用性 | 研究胸腺基质细胞的来源及早期T淋巴细胞的形成 | 早期人类胎儿的胸腺相关细胞 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 稀有样本 | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation
2019-11-29, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13382-0
PMID:31784515
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。 | 首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。 | 文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。 | 评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。 | 人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞数据 | 450,118个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-07 |
The brain-placental axis: Therapeutic and pharmacological relevancy to pregnancy
2019-11, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2019.104468
PMID:31600597
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综述 | 本文综述了大脑-胎盘轴的当前知识状态，描述了胎盘与母体和胎儿大脑之间的功能相互作用，并特别强调了胎盘受体对妊娠期间大脑中表达的神经配体的治疗和药理学意义。 | 本文提出了综合药理基因组学、单细胞测序和芯片上器官系统的应用前景，以促进该研究领域的重要领域。 | 目前关于妊娠期神经内分泌功能的信息主要局限于下丘脑-垂体-肾上腺/性腺（HPA/HPG）轴的调节，特别是催产素和催乳素系统，而对大脑和胎盘之间系统级功能相互作用的知识存在重大空白。 | 旨在概述大脑-胎盘轴的当前知识状态，并探讨其在个性化医学和治疗胎盘及胎儿大脑疾病中的应用。 | 大脑-胎盘轴的功能相互作用及其在治疗和药理学中的相关性。 | NA | NA | 综合药理基因组学、单细胞测序、芯片上器官系统 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
SigHotSpotter: scRNA-seq-based computational tool to control cell subpopulation phenotypes for cellular rejuvenation strategies
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz827
PMID:31697324
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研究论文 | 本文介绍了SigHotSpotter，一种基于单细胞RNA测序数据的计算工具，用于预测负责稳定维持细胞亚群表型的信号通路热点，以实现细胞亚群表型的精确控制 | SigHotSpotter通过整合信号和转录网络，能够准确预测信号热点，并已在不同细胞系统中得到实验验证 | NA | 开发一种计算工具，用于系统地预测基于单细胞RNA测序数据的信号热点，以促进疾病和衰老背景下的细胞 rejuvenation 策略 | 细胞亚群表型的信号通路热点 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
Improved dropClust R package with integrative analysis support for scRNA-seq data
2019-Nov-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz823
PMID:31693086
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研究论文 | 本文介绍了改进的dropClust R包，该包利用局部敏感哈希（LSH）加速大规模单细胞表达数据的聚类，并引入了一种新的批次效应去除算法，支持单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的综合分析 | 引入了一种新的批次效应去除算法，增强了dropClust的互操作性和资源效率 | NA | 改进dropClust R包，使其支持单细胞RNA测序数据的综合分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 局部敏感哈希（LSH） | NA | 表达数据 | 大规模单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Non-cell autonomous mechanism of Parkinson's disease pathology caused by G2019S LRRK2 mutation in Ashkenazi Jewish patient: Single cell analysis
2019-11-01, Brain research
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.brainres.2019.146342
PMID:31330122
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研究论文 | 本研究通过从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取诱导多能干细胞（iPSCs），分离出自我更新的多能神经干细胞（NSCs），并在体外模拟这种形式的帕金森病，利用单细胞RNA测序转录组分析探讨NSCs中的细胞多样性和疾病病理。 | 研究首次揭示了G2019S LRRK2突变可能通过非细胞自主机制影响多种细胞类型的帕金森病病理，并展示了无偏见的单细胞转录组学在个性化医学中的潜力。 | NA | 探讨G2019S LRRK2突变如何导致帕金森病病理。 | 从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取的诱导多能干细胞（iPSCs）及其分离出的神经干细胞（NSCs）。 | 数字病理学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 一个阿什肯纳兹犹太患者 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Postnatal Alveologenesis Depends on FOXF1 Signaling in c-KIT+ Endothelial Progenitor Cells
2019-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.201812-2312OC
PMID:31233341
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研究论文 | 本文研究了c-KIT+内皮祖细胞中的FOXF1信号传导对产后肺泡形成的影响 | 首次揭示了c-KIT EC祖细胞在肺泡隔形成中的作用及其治疗潜力 | NA | 探讨c-KIT EC祖细胞是否促进新生儿肺泡形成 | c-KIT+内皮祖细胞在肺泡形成中的作用 | NA | 儿童肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 新生儿人鼠肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
SNV identification from single-cell RNA sequencing data
2019-11-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddz207
PMID:31504520
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研究论文 | 本文评估了两种单核苷酸变异（SNV）识别管道（GATK和Monovar）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，以检测细胞类型特异性基因表达变异背后的功能性遗传变异。 | 本文首次探讨了仅使用scRNA-seq数据进行SNV识别的可行性，并提供了实际应用的参数设置建议。 | 尽管两种管道在某些情况下能识别高质量的SNV，但它们在单个细胞中识别SNV的准确性仍有限。 | 旨在通过scRNA-seq数据识别SNV，以最大化现有scRNA-seq研究的价值。 | 研究对象为scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-08 |
Modeling disease progression in Multiple Myeloma with Hopfield networks and single-cell RNA-seq
2019-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine
DOI:10.1109/bibm47256.2019.8983325
PMID:35574240
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研究论文 | 使用Hopfield网络和单细胞RNA测序数据来模拟多发性骨髓瘤（MM）的疾病进展路径 | 将Hopfield神经网络中的联想记忆映射到基因表达模式，以模拟多发性骨髓瘤的不同进展路径 | NA | 研究多发性骨髓瘤的疾病进展 | 多发性骨髓瘤患者以及被诊断为意义未明的单克隆免疫球蛋白病（MGUS）和隐匿性多发性骨髓瘤（SMM）的患者 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | Hopfield网络 | 基因表达数据 | 来自多发性骨髓瘤、MGUS和SMM患者的骨髓穿刺样本 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-09 |
IDOL regulates systemic energy balance through control of neuronal VLDLR expression
2019-11, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-019-0127-7
PMID:32072135
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research paper | 本文研究了IDOL通过调控神经元中VLDLR表达来调节系统性能量平衡的作用 | 首次揭示了IDOL在神经元中通过调控VLDLR表达影响能量平衡的新机制 | 研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证 | 探究IDOL在系统性能量代谢中的作用及其机制 | IDOL、VLDLR及其在能量代谢中的作用 | NA | diet-induced obesity | single-cell RNA sequencing | NA | RNA | 组织特异性敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-09 |
The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics
2019-11-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13056-x
PMID:31780648
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research paper | 本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议 | 提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化 | NA | 改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | t-SNE | t-SNE | RNA-seq数据 | 数千个基因和数百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer
2019-11-27, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-019-0822-6
PMID:31771616
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响 | 首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室 | 研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响 | 探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应 | 胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 106例PDAC病例及多个小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-09 |
Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes
2019-11-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-13001-y
PMID:31772163
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研究论文 | 本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征 | 本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应 | NA | 探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响 | 骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合 | NA | 骨髓增生异常综合症 | 单细胞测序 | PyClone生物分析管道 | 基因组数据 | 1809名MDS患者 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-09 |
A divergent transcriptional landscape underpins the development and functional branching of MAIT cells
2019-11-22, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.aay6039
PMID:31757835
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，分析了小鼠和人类中伴随MAIT细胞发育各阶段转录景观的变化。 | 首次详细描述了MAIT细胞发育过程中的转录调控事件，并揭示了成熟MAIT细胞中的不同亚群。 | NA | 研究MAIT细胞发育过程中的转录调控机制。 | MAIT细胞的发育和功能分支。 | 免疫学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-09 |
Development and validation of a metastasis-associated prognostic signature based on single-cell RNA-seq in clear cell renal cell carcinoma
2019-11-20, Aging
DOI:10.18632/aging.102434
PMID:31747386
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，开发并验证了一种基于透明细胞肾细胞癌的转移相关预后标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出44个转移相关标记基因，并构建了一个包含17个关键转移相关基因的预后模型 | NA | 开发和验证一种新的预后标志物，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的总生存期和无进展生存期 | 透明细胞肾细胞癌的单细胞表达谱和转移相关基因 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 121个细胞样本和626名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
Non-Genetic Intra-Tumor Heterogeneity Is a Major Predictor of Phenotypic Heterogeneity and Ongoing Evolutionary Dynamics in Lung Tumors
2019-11-19, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.045
PMID:31747591
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研究论文 | 本文分析了肺鳞状细胞癌中的基因和非基因性肿瘤内异质性（ITH），通过多区域批量和单细胞测序，探讨了其在基因组、转录组和肿瘤-免疫相互作用及组织病理学特征层面的影响。 | 研究发现非基因性异质性是影响肺肿瘤组织病理学特征异质性和进化动力学的主要因素。 | NA | 探讨基因和非基因性肿瘤内异质性对肿瘤表型和可演化性的影响。 | 肺鳞状细胞癌的肿瘤内异质性。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 多区域样本 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Neuronal maturation reduces the type I IFN response to orthobunyavirus infection and leads to increased apoptosis of human neurons
2019-Nov-18, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-019-1614-1
PMID:31739796
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研究论文 | 研究使用人脑类器官（COs）探讨了不同发育阶段的神经元对拉科斯特病毒（LACV）感染的反应，发现神经元成熟度增加会提高对LACV诱导的细胞凋亡的敏感性 | 首次揭示了神经元成熟度与对LACV感染反应之间的关系，以及外源性重组干扰素在保护神经元免受病毒诱导的细胞死亡中的作用 | 研究主要集中在体外模型，未来需要进一步在体内模型中验证这些发现 | 探讨神经元对拉科斯特病毒感染的反应及其与神经元成熟度的关系 | 人脑类器官中的不同发育阶段神经元 | NA | 儿童虫媒脑炎 | 免疫组织化学、流式细胞术、单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包含不同发育阶段神经元的人脑类器官 | NA | NA | NA | NA |