单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Postnatal Alveologenesis Depends on FOXF1 Signaling in c-KIT+ Endothelial Progenitor Cells 2019-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201812-2312OC PMID:31233341	研究论文	本文研究了c-KIT+内皮祖细胞中的FOXF1信号传导对产后肺泡形成的影响	首次揭示了c-KIT EC祖细胞在肺泡隔形成中的作用及其治疗潜力	NA	探讨c-KIT EC祖细胞是否促进新生儿肺泡形成	c-KIT+内皮祖细胞在肺泡形成中的作用	NA	儿童肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	新生儿人鼠肺组织样本
22	2024-08-07	SNV identification from single-cell RNA sequencing data 2019-11-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddz207 PMID:31504520	研究论文	本文评估了两种单核苷酸变异（SNV）识别管道（GATK和Monovar）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，以检测细胞类型特异性基因表达变异背后的功能性遗传变异。	本文首次探讨了仅使用scRNA-seq数据进行SNV识别的可行性，并提供了实际应用的参数设置建议。	尽管两种管道在某些情况下能识别高质量的SNV，但它们在单个细胞中识别SNV的准确性仍有限。	旨在通过scRNA-seq数据识别SNV，以最大化现有scRNA-seq研究的价值。	研究对象为scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未具体说明样本数量
23	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Zonation of Function in the Mesenchyme during Liver Fibrosis 2019-11-12, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.024 PMID:31722201	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了健康和纤维化小鼠肝脏中肝星状细胞（HSCs）的空间分区功能	首次揭示了肝星状细胞在肝小叶中的空间分区功能，并识别出主导病理性胶原蛋白产生的细胞类型	NA	解析驱动肝脏纤维化的关键胶原蛋白产生细胞	健康和纤维化小鼠肝脏中的肝星状细胞	数字病理学	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康和纤维化小鼠肝脏样本
24	2024-08-08	Modeling disease progression in Multiple Myeloma with Hopfield networks and single-cell RNA-seq 2019-Nov, Proceedings. IEEE International Conference on Bioinformatics and Biomedicine DOI:10.1109/bibm47256.2019.8983325 PMID:35574240	研究论文	使用Hopfield网络和单细胞RNA测序数据来模拟多发性骨髓瘤（MM）的疾病进展路径	将Hopfield神经网络中的联想记忆映射到基因表达模式，以模拟多发性骨髓瘤的不同进展路径	NA	研究多发性骨髓瘤的疾病进展	多发性骨髓瘤患者以及被诊断为意义未明的单克隆免疫球蛋白病（MGUS）和隐匿性多发性骨髓瘤（SMM）的患者	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	Hopfield网络	基因表达数据	来自多发性骨髓瘤、MGUS和SMM患者的骨髓穿刺样本
25	2024-08-09	IDOL regulates systemic energy balance through control of neuronal VLDLR expression 2019-11, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-019-0127-7 PMID:32072135	research paper	本文研究了IDOL通过调控神经元中VLDLR表达来调节系统性能量平衡的作用	首次揭示了IDOL在神经元中通过调控VLDLR表达影响能量平衡的新机制	研究仅在老鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探究IDOL在系统性能量代谢中的作用及其机制	IDOL、VLDLR及其在能量代谢中的作用	NA	diet-induced obesity	single-cell RNA sequencing	NA	RNA	组织特异性敲除小鼠
26	2024-08-09	The art of using t-SNE for single-cell transcriptomics 2019-11-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13056-x PMID:31780648	research paper	本文描述了如何避免t-SNE在单细胞转录组数据分析中的常见缺陷，并开发了一种更忠实的t-SNE可视化协议	提出了包括PCA初始化、高学习率和多尺度相似性核的t-SNE改进协议，并在大规模数据集上使用夸张和基于下采样的初始化	NA	改进t-SNE在单细胞转录组数据可视化中的应用	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	t-SNE	t-SNE	RNA-seq数据	数千个基因和数百万个细胞
27	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals compartmental remodeling of tumor-infiltrating immune cells induced by anti-CD47 targeting in pancreatic cancer 2019-11-27, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-019-0822-6 PMID:31771616	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了抗CD47靶向治疗在胰腺癌中对肿瘤浸润免疫细胞隔室重塑的影响	首次展示了抗CD47治疗在胰腺癌中通过增加具有抗肿瘤功能的促炎性巨噬细胞和减少抗炎性巨噬细胞来重塑肿瘤内淋巴细胞和巨噬细胞隔室	研究结果在不同胰腺癌细胞系建立的肿瘤模型中显示出差异性反应，表明治疗效果可能受特定细胞系的影响	探讨靶向CD47的单克隆抗体是否能通过改变肿瘤微环境增强胰腺癌对免疫检查点抑制剂的反应	胰腺导管腺癌（PDAC）的肿瘤微环境及CD47靶向治疗对其影响	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	106例PDAC病例及多个小鼠模型
28	2024-08-09	Invariant patterns of clonal succession determine specific clinical features of myelodysplastic syndromes 2019-11-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13001-y PMID:31772163	研究论文	本研究通过分析1809名骨髓增生异常综合症（MDS）患者的单细胞测序数据，推断克隆结构，并评估突变在克隆结构中的位置，以揭示MDS的临床特征	本研究识别了37种显著的突变组合，其中12种影响临床表型，5种与不良预后相关，并能预测对去甲基化治疗的反应	NA	探究骨髓增生异常综合症的克隆结构及其对临床特征的影响	骨髓增生异常综合症患者的克隆结构和突变组合	NA	骨髓增生异常综合症	单细胞测序	PyClone生物分析管道	基因组数据	1809名MDS患者
29	2024-08-09	Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency 2019-Nov-22, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064 PMID:31733517	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了维生素E缺乏对机械敏感的背根神经节神经元（DRGNs）的深刻影响	研究发现维生素E缺乏导致机械敏感的酪氨酸羟化酶阳性（TH+）DRGNs中电压门控Ca和K通道显著上调，这一发现挑战了传统的本体感觉机制	NA	探讨维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响	背根神经节神经元（DRGNs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Ttpa小鼠的背根神经节神经元
30	2024-08-09	A divergent transcriptional landscape underpins the development and functional branching of MAIT cells 2019-11-22, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aay6039 PMID:31757835	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，分析了小鼠和人类中伴随MAIT细胞发育各阶段转录景观的变化。	首次详细描述了MAIT细胞发育过程中的转录调控事件，并揭示了成熟MAIT细胞中的不同亚群。	NA	研究MAIT细胞发育过程中的转录调控机制。	MAIT细胞的发育和功能分支。	免疫学	NA	RNA测序	NA	转录组数据	小鼠和人类样本
31	2024-08-09	Development and validation of a metastasis-associated prognostic signature based on single-cell RNA-seq in clear cell renal cell carcinoma 2019-11-20, Aging DOI:10.18632/aging.102434 PMID:31747386	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，开发并验证了一种基于透明细胞肾细胞癌的转移相关预后标志物	首次通过单细胞RNA测序技术识别出44个转移相关标记基因，并构建了一个包含17个关键转移相关基因的预后模型	NA	开发和验证一种新的预后标志物，用于预测透明细胞肾细胞癌患者的总生存期和无进展生存期	透明细胞肾细胞癌的单细胞表达谱和转移相关基因	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	121个细胞样本和626名患者
32	2024-08-09	Non-Genetic Intra-Tumor Heterogeneity Is a Major Predictor of Phenotypic Heterogeneity and Ongoing Evolutionary Dynamics in Lung Tumors 2019-11-19, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.045 PMID:31747591	研究论文	本文分析了肺鳞状细胞癌中的基因和非基因性肿瘤内异质性（ITH），通过多区域批量和单细胞测序，探讨了其在基因组、转录组和肿瘤-免疫相互作用及组织病理学特征层面的影响。	研究发现非基因性异质性是影响肺肿瘤组织病理学特征异质性和进化动力学的主要因素。	NA	探讨基因和非基因性肿瘤内异质性对肿瘤表型和可演化性的影响。	肺鳞状细胞癌的肿瘤内异质性。	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据	多区域样本
33	2024-08-09	Neuronal maturation reduces the type I IFN response to orthobunyavirus infection and leads to increased apoptosis of human neurons 2019-Nov-18, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-019-1614-1 PMID:31739796	研究论文	研究使用人脑类器官（COs）探讨了不同发育阶段的神经元对拉科斯特病毒（LACV）感染的反应，发现神经元成熟度增加会提高对LACV诱导的细胞凋亡的敏感性	首次揭示了神经元成熟度与对LACV感染反应之间的关系，以及外源性重组干扰素在保护神经元免受病毒诱导的细胞死亡中的作用	研究主要集中在体外模型，未来需要进一步在体内模型中验证这些发现	探讨神经元对拉科斯特病毒感染的反应及其与神经元成熟度的关系	人脑类器官中的不同发育阶段神经元	NA	儿童虫媒脑炎	免疫组织化学、流式细胞术、单细胞转录组学	NA	转录组数据	包含不同发育阶段神经元的人脑类器官
34	2024-08-09	Assessment of computational methods for the analysis of single-cell ATAC-seq data 2019-11-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1854-5 PMID:31739806	研究论文	本文介绍了一个基准框架，用于评估10种计算方法在13个合成和真实数据集上的单细胞ATAC-seq数据分析能力	首次系统地评估了多种计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的表现，并提供了最佳实践推荐	文章主要集中在计算方法的比较，未深入探讨生物学解释和实际应用场景	评估和比较不同的计算方法在单细胞ATAC-seq数据分析中的效果	10种计算方法和13个合成及真实数据集	生物信息学	NA	单细胞ATAC-seq	NA	基因组数据	超过80,000个细胞的大数据集
35	2024-08-09	Bulk and Single-Cell Next-Generation Sequencing: Individualizing Treatment for Colorectal Cancer 2019-Nov-18, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11111809 PMID:31752125	综述	本文综述了下一代测序技术（NGS）在结直肠癌（CRC）个体化治疗中的最新进展和未来展望	通过多区域批量组织NGS和新兴的单细胞转录组学，结合循环游离DNA（cfDNA）的NGS，揭示了预测治疗反应和药物开发的新策略	NA	旨在通过集成测序系统探索基因组和转录组，以克服研究和临床挑战，推动精准肿瘤学的发展	结直肠癌（CRC）	数字病理学	结直肠癌	下一代测序（NGS）	NA	基因组和转录组数据	NA
36	2024-08-09	Contribution of Single-Cell Transcriptomics to the Characterization of Human Spermatogonial Stem Cells: Toward an Application in Male Fertility Regenerative Medicine? 2019-Nov-16, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20225773 PMID:31744138	研究论文	本文讨论了利用单细胞转录组测序技术（scRNAseq）在人类精原干细胞（SSC）及其前体细胞定义方面的最新进展	scRNAseq技术作为一种新的诊断工具，用于个性化调查男性不育症	NA	探讨单细胞转录组测序技术在人类精原干细胞及其前体细胞定义中的应用，以及其在男性生育再生医学中的潜在应用	人类精原干细胞（SSC）及其前体细胞	基因组学	男性不育症	单细胞转录组测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
37	2024-08-09	Sertoli cell-only phenotype and scRNA-seq define PRAMEF12 as a factor essential for spermatogenesis in mice 2019-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13193-3 PMID:31729367	研究论文	本文研究了PRAMEF12在维持小鼠精子发生中的关键作用，并通过单细胞转录组分析揭示了其对精原干细胞的影响。	首次揭示了PRAMEF12在精子发生中的重要作用，并通过单细胞转录组分析详细描述了其对精原干细胞状态的影响。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证。	探讨PRAMEF12在精子发生中的作用及其对生殖医学的潜在影响。	小鼠的精子发生过程及PRAMEF12的作用。	生殖医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠的精子发生过程中的多个细胞状态
38	2024-08-09	A Bayesian mixture model for the analysis of allelic expression in single cells 2019-11-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13099-0 PMID:31729374	research paper	本文提出了一种用于单细胞RNA-Seq数据中等位基因表达分析的贝叶斯混合模型方法	该方法通过跨细胞池化信息，提高了等位基因比例估计的准确性，并减少了采样变异性，同时不牺牲细胞间的异质性	NA	旨在改进单细胞水平上等位基因特异性表达的分析方法	单细胞RNA-Seq数据中的等位基因特异性表达	生物信息学	NA	RNA-Seq	贝叶斯混合模型	RNA-Seq数据	多个单细胞样本
39	2024-08-09	B Cells and T Follicular Helper Cells Mediate Response to Checkpoint Inhibitors in High Mutation Burden Mouse Models of Breast Cancer 2019-11-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.028 PMID:31730857	研究论文	本研究通过使用三阴性乳腺癌小鼠模型，识别了免疫检查点抑制剂反应的介导机制	开发了新的乳腺肿瘤模型，并揭示了免疫检查点疗法通过激活T滤泡辅助细胞和B细胞来促进抗肿瘤反应	NA	识别免疫检查点抑制剂反应的介导机制	三阴性乳腺癌小鼠模型	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序, 批量mRNA测序	NA	mRNA测序数据	免疫疗法治疗和未治疗的敏感及耐药小鼠模型的肿瘤样本
40	2024-08-09	Plasticity and Clonality of Cancer Cell States 2019-11, Trends in cancer IF:14.3Q1 DOI:10.1016/j.trecan.2019.09.002 PMID:31735281	研究论文	本文探讨了肿瘤内异质性在基因改变和表型特性（如药物抗性）方面的研究，并介绍了单细胞RNA测序揭示肿瘤内转录多样性的新发现。	本文通过Neftel等人的胶质母细胞瘤研究，支持了癌症细胞状态及其可塑性的新兴概念。	NA	探讨肿瘤内异质性和癌症细胞状态的可塑性。	胶质母细胞瘤的癌症细胞状态。	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA