单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 97 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-seq Reveals Profound Alterations in Mechanosensitive Dorsal Root Ganglion Neurons with Vitamin E Deficiency
2019-Nov-22, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.10.064
PMID:31733517
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示维生素E缺乏对背根神经节机械敏感性神经元的分子特征和功能特性的深刻影响 | 发现维生素E缺乏主要影响机械敏感性TH+神经元而非预期的本体感觉神经元，揭示了电压门控钙钾通道上调的新机制 | 研究使用Ttpa基因敲除小鼠模型，在人类中的直接适用性需要进一步验证 | 研究维生素E缺乏对背根神经节神经元分子特征和功能特性的影响 | 背根神经节神经元，特别是酪氨酸羟化酶阳性(TH+)的机械敏感性神经元 | 单细胞测序 | 神经系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | Ttpa基因敲除小鼠的背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Integrating multiomics longitudinal data to reconstruct networks underlying lung development
2019-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00554.2018
PMID:31432713
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研究论文 | 本研究通过整合多组学纵向数据重建了肺发育调控网络 | 开发了首个结合mRNA、microRNA、DNA甲基化和蛋白质组学的肺泡发育动态调控网络模型，并首次将模型与单细胞RNA-Seq数据交叉验证 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证相对有限 | 揭示出生后肺泡肺发育的动态调控机制 | 小鼠和人类肺泡组织 | 生物信息学 | 肺发育相关疾病 | 激光捕获显微切割, mRNA测序, microRNA测序, DNA甲基化测序, 蛋白质组学, 单细胞RNA-Seq | 网络重建模型 | 多组学数据, 时间序列数据 | 14个预定时间点的小鼠肺泡样本和人类时间序列组学数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 多组学分析 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz830
PMID:31697351
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研究论文 | 开发了一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱 | 提供了全面的单细胞RNA测序数据分析功能，包含图形用户界面，支持第三方工具集成 | 未在摘要中明确说明 | 开发单细胞RNA测序数据分析工具 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
High-Throughput Single-Cell Sequencing with Linear Amplification
2019-11-21, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.002
PMID:31495564
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研究论文 | 本文介绍了一种结合组合索引和线性扩增的高通量单细胞测序方法sci-L3 | 开发了采用3级索引方案的单细胞测序方法，在最小化扩增偏差的同时实现通量的指数级增长 | NA | 开发高通量、高覆盖度的单细胞测序技术 | 小鼠精子和精子前体细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞全基因组测序, 靶向测序, 基因组与转录组共检测 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | >10,000个小鼠精子和精子前体细胞 | NA | 单细胞全基因组测序, 单细胞靶向测序, 单细胞多组学 | sci-L3 | sci-L3-WGS（单细胞全基因组测序）, sci-L3-target-seq（单细胞靶向测序）, sci-L3-RNA/DNA（基因组与转录组共检测） |
| 5 | 2025-10-06 |
Zebrafish MITF-Low Melanoma Subtype Models Reveal Transcriptional Subclusters and MITF-Independent Residual Disease
2019-Nov-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-0037
PMID:31582381
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研究论文 | 利用斑马鱼MITF-low黑色素瘤模型研究MITF低表达状态对黑色素瘤进展的影响及MITF非依赖性残留疾病特征 | 首次建立斑马鱼MITF-low黑色素瘤模型，揭示MITF低表达状态直接导致黑色素瘤进展，并发现MITF非依赖性残留细胞亚群 | 动物模型研究，需要进一步验证在人类临床样本中的适用性 | 研究MITF-low黑色素瘤的生物学意义和进展机制 | 斑马鱼黑色素瘤模型 | 癌症生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序，转录组分析 | 斑马鱼遗传模型 | 基因表达数据，转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding
2019-11-14, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.10.031
PMID:31730854
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了控制进食的迷走神经感觉神经元，并发现肠道机械感受器在调节摄食行为中起关键作用 | 首次采用靶向特异性单细胞RNA测序方法绘制胃肠道迷走神经细胞类型图谱，并发现肠道机械感受器而非营养激活的粘膜传入神经对摄食行为具有关键调控作用 | 研究主要关注迷走神经感觉神经元，可能未完全涵盖其他神经通路在能量稳态中的作用 | 识别调控食物摄入的关键感觉神经元及其信号机制 | 迷走神经感觉神经元及其对胃肠道的神经支配 | 神经科学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Zonation of Function in the Mesenchyme during Liver Fibrosis
2019-11-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.024
PMID:31722201
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了肝纤维化过程中肝星状细胞的功能分区 | 首次发现肝星状细胞在肝小叶中存在空间分区和功能分区，鉴定出中央静脉相关HSCs是主要的致病性胶原产生细胞 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证尚不充分 | 解析肝纤维化过程中间质细胞的功能异质性和空间分布 | 小鼠肝脏中的肝星状细胞和其他间质细胞 | 单细胞生物学 | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 健康和小鼠肝纤维化模型中的肝间质细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Human Cortical Organoids Expose a Differential Function of GSK3 on Cortical Neurogenesis
2019-11-12, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2019.09.005
PMID:31607568
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研究论文 | 本研究利用人类皮质脑类器官探究GSK3抑制对皮质神经发生的纵向影响 | 首次在人类皮质脑类器官模型中揭示GSK3对谷氨酸能谱系和外放射状胶质细胞输出的选择性调控作用 | 研究基于体外类器官模型，与体内真实脑发育环境存在差异 | 阐明GSK3信号在人类皮质发生中的功能相关性 | 人类皮质脑类器官 | 发育神经生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | 脑类器官模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Glucose-Dependent Insulinotropic Polypeptide Receptor-Expressing Cells in the Hypothalamus Regulate Food Intake
2019-11-05, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2019.07.013
PMID:31447324
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研究论文 | 本研究通过创建Gipr-Cre基因敲入小鼠，揭示了表达葡萄糖依赖性促胰岛素多肽受体的下丘脑细胞在调节食物摄入中的作用 | 首次创建Gipr-Cre基因敲入小鼠模型，系统鉴定下丘脑中表达GIPR的细胞类型及其在食欲调节中的功能 | 研究主要基于小鼠模型，人类验证数据有限；未详细探讨GIPR激动剂与拮抗剂在肥胖治疗中的矛盾作用机制 | 阐明GIPR表达细胞在下丘脑中对食物摄入的调节作用及其作为能量平衡调控靶点的潜力 | Gipr-Cre基因敲入小鼠和人类下丘脑组织 | 神经科学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序,RNAscope原位杂交,G-DREADDs化学遗传学技术 | 基因敲入小鼠模型 | 基因表达数据,行为学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood
2019-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1765-3
PMID:31748747
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研究论文 | 本研究通过计算分析方法揭示了男性血液中Y染色体嵌合缺失的遗传易感因素及其与健康关联 | 首次在大规模人群（英国生物银行）中系统识别了156个常染色体遗传决定因子，并通过单细胞RNA测序揭示了LOY细胞的基因表达失调机制 | 主要基于欧洲和日本人群数据，可能不适用于其他种族群体 | 探索Y染色体嵌合缺失的遗传基础及其与癌症和衰老相关疾病的关联机制 | 英国生物银行中的205,011名男性参与者，以及欧洲和日本血统的757,114名男性复制队列 | 遗传学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 计算分析方法 | 基因组数据、转录组数据 | 205,011名男性（主要研究）+ 757,114名男性（复制验证） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps
2019-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1006555
PMID:31682608
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研究论文 | 提出一种使用自组织映射(SOM)连接scATAC-seq和scRNA-seq数据构建基因调控网络的新方法 | 开发了SOMatic软件包，通过链接函数整合染色质和基因表达自组织映射，克服现有方法对伪时间分析或差异极大细胞类型的依赖 | 未明确说明方法在更广泛细胞类型或生物系统中的适用性限制 | 从单细胞多组学数据构建基因调控网络 | 小鼠前B细胞分化过程 | 生物信息学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | 自组织映射(SOM) | 单细胞表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Locally instructed CXCR4hi neutrophils trigger environment-driven allergic asthma through the release of neutrophil extracellular traps
2019-11, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0496-9
PMID:31591573
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研究论文 | 本研究揭示了环境因素通过调控中性粒细胞CXCR4表达和中性粒细胞胞外诱捕网释放促进过敏性哮喘的机制 | 首次发现不同环境暴露条件可指令性改变肺中性粒细胞表型，低剂量LPS通过诱导CXCR4高表达中性粒细胞释放NETs促进过敏反应 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探索环境因素与过敏性哮喘发病机制之间的分子联系 | 小鼠肺中性粒细胞和树突状细胞 | 免疫学 | 过敏性哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals Gene Signatures Associated with T-cell Persistence Following Adoptive Cell Therapy
2019-Nov, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-19-0299
PMID:31484655
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示与过继性细胞治疗后T细胞持久性相关的基因特征 | 首次在单细胞水平比较了持久性与非持久性T细胞克隆型的基因表达差异 | 单病例研究，样本量有限，结果需要更大规模研究验证 | 识别与过继性细胞治疗成功相关的基因特征 | 转移性结直肠癌患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 1例转移性结直肠癌患者，分析多个T细胞克隆型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2024-08-05 |
Exploratory analysis of transposable elements expression in the C. elegans early embryo
2019-Nov-22, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-3088-7
PMID:31757208
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研究论文 | 本研究分析了转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达情况 | 开发了一种生物信息学管道，能够特异性量化转座元件的表达，并探讨其与发育基因的相关性 | 未提及具体的实验验证数据 | 探讨转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达及其可能的功能 | 秀丽隐杆线虫早期胚胎中不同细胞类型的转座元件表达 | 数字病理学 | NA | sc-RNAseq | NA | RNA-seq数据 | 利用公共数据集，涉及多种细胞类型 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-05 |
Single cell transcriptome atlas of the Drosophila larval brain
2019-11-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.50354
PMID:31746739
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研究论文 | 本文介绍了果蝇幼虫大脑的单细胞转录组图谱 | 文章创新性在于建立了单细胞转录组图谱，并揭示了不同细胞类型对饥饿状态下的转录响应差异 | 研究仅限于果蝇幼虫的第一龄期大脑，可能不适用于其他发育阶段或物种 | 探索大脑细胞的多样性及其在饥饿情况下的转录变化 | 果蝇幼虫大脑的细胞类型和转录组 | 数字病理 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
Systematic comparative analysis of single-nucleotide variant detection methods from single-cell RNA sequencing data
2019-11-19, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1863-4
PMID:31744515
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研究论文 | 本研究对七种单核苷酸变异(SNV)检测工具的性能进行了系统比较 | 本研究首次为scRNA-seq数据评估了不同SNV检测工具的性能 | 在低读深度和特定基因组环境下，灵敏度显著降低 | 评估单细胞RNA测序中SNV检测工具的性能 | 七种SNV检测工具，包括SAMtools、GATK管道等 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 模拟数据和scRNA-seq数据 | 涉及七种工具的比较 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-05 |
Subsets of mononuclear phagocytes are enriched in the inflamed colons of patients with IBD
2019-11-12, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-019-0322-z
PMID:31718550
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研究论文 | 本文分析了炎症性肠病（IBD）患者结肠组织中单核巨噬细胞亚群的富集情况 | 首次聚焦于炎症性肠病患者结肠中单核巨噬细胞的富集特征及其与疾病严重程度的相关性 | 未深入探讨这些免疫细胞与其他细胞在肠道微环境中的相互作用 | 研究单核巨噬细胞在IBD中的作用及其在结肠炎症中的富集情况 | IBD患者的结肠活检样本 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 来自不同肠道位置和疾病严重程度的多种样本 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-05 |
LAmbDA: label ambiguous domain adaptation dataset integration reduces batch effects and improves subtype detection
2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz295
PMID:31038689
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研究论文 | 本文开发了一种独立于物种和数据集的迁移学习框架LAmbDA，旨在减少批次效应并改善细胞亚型检测 | LAmbDA框架能够在多个数据集和物种之间进行模型训练，解决了标记模糊的问题并提高了细胞亚型识别的准确性 | 研究主要集中在模拟数据和特定组织（如胰腺和大脑）上，可能在其他实际后台数据中的表现尚不明确 | 研究旨在开发一种新的方法，减少数据集间的系统偏差，并提高细胞亚型的分类精度 | 研究对象为不同物种和组织的单细胞RNA测序数据集中的细胞亚型 | 生物计算 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 前馈神经网络（Feedforward Neural Network） | 单细胞RNA测序数据 | 模拟数据集1: n/a; 模拟数据集2: n/a; 胰腺数据集: n/a; 大脑数据集: n/a | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-05 |
Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq
2019-11-04, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz716
PMID:31428792
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研究论文 | 本文展示了如何使用RNA-seq全球预测染色质可及性并推断调控元件活性 | 本文提出了一种基于RNA-seq的预测方法，能在样本细胞数量有限的情况下提供比ATAC-seq更高的准确性 | 虽然RNA-seq在小细胞数量样本中表现良好，但信号的精确性和噪声问题依然存在 | 研究如何使用RNA-seq实现染色质可及性的预测 | 涉及30个细胞的样本以及与ATAC-seq和scATAC-seq的比较 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 基因组数据 | 30个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-05 |
IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus
2019-11-04, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190993
PMID:31434685
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研究论文 | 本研究探讨了自反应CD4胸腺细胞产生的IL-2如何调节胸腺中调节性T细胞的生成 | 提出了IL-2作为关键环境因子，由自反应CD4SP胸腺细胞产生，从而调控胸腺中Treg细胞的生成规模 | 未提供对不同类型自反应CD4SP胸腺细胞的全面分析 | 研究IL-2在胸腺中调节性T细胞生成中的作用 | 主要研究成熟的CD4单阳性胸腺细胞及其产生的IL-2 | 免疫学 | 自体免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |