单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	Genetic predisposition to mosaic Y chromosome loss in blood 2019-11, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1765-3 PMID:31748747	研究论文	本研究探讨了男性人群中Y染色体马赛克缺失的遗传易感性及其对健康的影响	识别了156个与Y染色体缺失相关的常染色体遗传决定因素，并在不同人群中进行了验证	缺乏对Y染色体缺失的因果机制的深入理解	研究Y染色体缺失对健康的影响以及相关的遗传因素	205,011名男性参与者，及757,114名具有欧洲和日本血统的男性	基因组学	衰老相关疾病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	205,011名男性
2	2024-08-05	Genetic Identification of Vagal Sensory Neurons That Control Feeding 2019-11-14, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.031 PMID:31730854	研究论文	本文揭示了控制进食的迷走神经感觉神经元的遗传特征	首次通过单细胞RNA测序技术明确识别出影响食物摄入的特定迷走神经元及其信号	推测其功能的实验主要依赖于外周操作与中央记录，尚需进一步验证	探讨迷走神经在调节食物摄入中的具体作用	迷走神经相关的感觉神经元及其对进食的影响	生物医学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
3	2024-08-05	Exploratory analysis of transposable elements expression in the C. elegans early embryo 2019-Nov-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-3088-7 PMID:31757208	研究论文	本研究分析了转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达情况	开发了一种生物信息学管道，能够特异性量化转座元件的表达，并探讨其与发育基因的相关性	未提及具体的实验验证数据	探讨转座元件在秀丽隐杆线虫早期胚胎中的表达及其可能的功能	秀丽隐杆线虫早期胚胎中不同细胞类型的转座元件表达	数字病理学	NA	sc-RNAseq	NA	RNA-seq数据	利用公共数据集，涉及多种细胞类型
4	2024-08-05	Single cell transcriptome atlas of the Drosophila larval brain 2019-11-20, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50354 PMID:31746739	研究论文	本文介绍了果蝇幼虫大脑的单细胞转录组图谱	文章创新性在于建立了单细胞转录组图谱，并揭示了不同细胞类型对饥饿状态下的转录响应差异	研究仅限于果蝇幼虫的第一龄期大脑，可能不适用于其他发育阶段或物种	探索大脑细胞的多样性及其在饥饿情况下的转录变化	果蝇幼虫大脑的细胞类型和转录组	数字病理	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
5	2024-08-05	Systematic comparative analysis of single-nucleotide variant detection methods from single-cell RNA sequencing data 2019-11-19, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1863-4 PMID:31744515	研究论文	本研究对七种单核苷酸变异(SNV)检测工具的性能进行了系统比较	本研究首次为scRNA-seq数据评估了不同SNV检测工具的性能	在低读深度和特定基因组环境下，灵敏度显著降低	评估单细胞RNA测序中SNV检测工具的性能	七种SNV检测工具，包括SAMtools、GATK管道等	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	模拟数据和scRNA-seq数据	涉及七种工具的比较
6	2024-08-05	Subsets of mononuclear phagocytes are enriched in the inflamed colons of patients with IBD 2019-11-12, BMC immunology IF:2.9Q3 DOI:10.1186/s12865-019-0322-z PMID:31718550	研究论文	本文分析了炎症性肠病（IBD）患者结肠组织中单核巨噬细胞亚群的富集情况	首次聚焦于炎症性肠病患者结肠中单核巨噬细胞的富集特征及其与疾病严重程度的相关性	未深入探讨这些免疫细胞与其他细胞在肠道微环境中的相互作用	研究单核巨噬细胞在IBD中的作用及其在结肠炎症中的富集情况	IBD患者的结肠活检样本	数字病理学	炎症性肠病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	来自不同肠道位置和疾病严重程度的多种样本
7	2024-08-05	Building gene regulatory networks from scATAC-seq and scRNA-seq using Linked Self Organizing Maps 2019-11, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1006555 PMID:31682608	研究论文	本文介绍了一种利用自组织映射（SOM）将scATAC-seq区域与scRNA-seq基因连接的新方法。	提出了一种新的方法克服了现有分析方法在处理高噪声和稀疏数据集时的挑战，并能够生成草图式的调节网络。	该方法可能仍依赖于特定的时间序列分析和细胞类型的多样性。	研究的目的是开发一种新的分析方法，以整合不同单细胞测定的数据。	研究对象为小鼠前B细胞分化过程中的基因表达和染色质数据。	数字病理学	NA	scATAC-seq 和 scRNA-seq	自组织映射（SOM）	基因组数据	NA
8	2024-08-05	LAmbDA: label ambiguous domain adaptation dataset integration reduces batch effects and improves subtype detection 2019-11-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz295 PMID:31038689	研究论文	本文开发了一种独立于物种和数据集的迁移学习框架LAmbDA，旨在减少批次效应并改善细胞亚型检测	LAmbDA框架能够在多个数据集和物种之间进行模型训练，解决了标记模糊的问题并提高了细胞亚型识别的准确性	研究主要集中在模拟数据和特定组织（如胰腺和大脑）上，可能在其他实际后台数据中的表现尚不明确	研究旨在开发一种新的方法，减少数据集间的系统偏差，并提高细胞亚型的分类精度	研究对象为不同物种和组织的单细胞RNA测序数据集中的细胞亚型	生物计算	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	前馈神经网络（Feedforward Neural Network）	单细胞RNA测序数据	模拟数据集1: n/a; 模拟数据集2: n/a; 胰腺数据集: n/a; 大脑数据集: n/a
9	2024-08-05	Global prediction of chromatin accessibility using small-cell-number and single-cell RNA-seq 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz716 PMID:31428792	研究论文	本文展示了如何使用RNA-seq全球预测染色质可及性并推断调控元件活性	本文提出了一种基于RNA-seq的预测方法，能在样本细胞数量有限的情况下提供比ATAC-seq更高的准确性	虽然RNA-seq在小细胞数量样本中表现良好，但信号的精确性和噪声问题依然存在	研究如何使用RNA-seq实现染色质可及性的预测	涉及30个细胞的样本以及与ATAC-seq和scATAC-seq的比较	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	基因组数据	30个细胞
10	2024-08-05	IL-2 production by self-reactive CD4 thymocytes scales regulatory T cell generation in the thymus 2019-11-04, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20190993 PMID:31434685	研究论文	本研究探讨了自反应CD4胸腺细胞产生的IL-2如何调节胸腺中调节性T细胞的生成	提出了IL-2作为关键环境因子，由自反应CD4SP胸腺细胞产生，从而调控胸腺中Treg细胞的生成规模	未提供对不同类型自反应CD4SP胸腺细胞的全面分析	研究IL-2在胸腺中调节性T细胞生成中的作用	主要研究成熟的CD4单阳性胸腺细胞及其产生的IL-2	免疫学	自体免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
11	2024-08-05	Cell-type-specific analysis of alternative polyadenylation using single-cell transcriptomics data 2019-11-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz781 PMID:31501864	研究论文	该文章探讨了使用单细胞转录组数据分析细胞特异性的替代多聚腺苷酸化	提出了一种从单细胞RNA测序数据中分析APA调控模式的方法	对APA的理解仍然处于初步阶段	研究替代多聚腺苷酸化在不同细胞类型中的调控	不同组织的多组数据及其细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	多个不同组织的数据集
12	2024-08-05	Cell-Type-Specific Complement Expression in the Healthy and Diseased Retina 2019-11-26, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.084 PMID:31775049	研究论文	该文章探讨了健康和病态视网膜中细胞类型特异性的补体表达。	首次通过单细胞RNA测序揭示了小鼠视网膜中11种细胞类型的补体表达特征。	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类视网膜的情况。	揭示视网膜中不同细胞类型的补体表达及其在视网膜疾病中的作用。	小鼠视网膜细胞，特别是11种细胞类型的补体表达。	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	约92,000个小鼠视网膜细胞
13	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveal polyclonal memory T-cell responses in skin with positive abacavir patch test results 2019-11, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2019.09.013 PMID:31574267	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14	2024-08-05	Building a Human Thymus: A Pointillist View 2019-11-19, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.10.003 PMID:31747579	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析稀有样本，探讨人类胎儿早期的胸腺基质细胞类型及其相关的T淋巴细胞发展	阐明了早期人类胎儿中胸腺基质细胞类型和T淋巴细胞的发育过程	样本稀有，可能限制结果的普遍适用性	研究胸腺基质细胞的来源及早期T淋巴细胞的形成	早期人类胎儿的胸腺相关细胞	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	稀有样本
15	2024-08-07	Single cell census of human kidney organoids shows reproducibility and diminished off-target cells after transplantation 2019-11-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-13382-0 PMID:31784515	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析了四个人诱导多能干细胞系衍生的肾类器官，共450,118个单细胞，展示了类器官组成和发展与人类胎儿和成人肾脏的相似性，并研究了移植后非目标细胞的减少情况。	首次使用单细胞RNA测序技术评估肾类器官的重复性和质量，并发现移植可以减少非目标细胞的数量。	文章中提到不同iPSC系之间的细胞比例存在变异性，主要由非目标细胞引起。	评估人诱导多能干细胞衍生的肾类器官的重复性和减少非目标细胞的生成。	人诱导多能干细胞衍生的肾类器官及其移植后的细胞组成。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	450,118个单细胞
16	2024-08-07	The brain-placental axis: Therapeutic and pharmacological relevancy to pregnancy 2019-11, Pharmacological research IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.phrs.2019.104468 PMID:31600597	综述	本文综述了大脑-胎盘轴的当前知识状态，描述了胎盘与母体和胎儿大脑之间的功能相互作用，并特别强调了胎盘受体对妊娠期间大脑中表达的神经配体的治疗和药理学意义。	本文提出了综合药理基因组学、单细胞测序和芯片上器官系统的应用前景，以促进该研究领域的重要领域。	目前关于妊娠期神经内分泌功能的信息主要局限于下丘脑-垂体-肾上腺/性腺（HPA/HPG）轴的调节，特别是催产素和催乳素系统，而对大脑和胎盘之间系统级功能相互作用的知识存在重大空白。	旨在概述大脑-胎盘轴的当前知识状态，并探讨其在个性化医学和治疗胎盘及胎儿大脑疾病中的应用。	大脑-胎盘轴的功能相互作用及其在治疗和药理学中的相关性。	NA	NA	综合药理基因组学、单细胞测序、芯片上器官系统	NA	NA	NA
17	2024-08-07	scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz830 PMID:31697351	研究论文	本文介绍了一个名为scGEAToolbox的Matlab工具箱，用于单细胞RNA测序数据分析	scGEAToolbox提供了一套全面的功能，包括数据归一化、特征选择、批次校正、插补、细胞聚类、轨迹/伪时间分析和网络构建，并且具有图形用户界面，便于快速数据处理	NA	开发一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
18	2024-08-07	SigHotSpotter: scRNA-seq-based computational tool to control cell subpopulation phenotypes for cellular rejuvenation strategies 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz827 PMID:31697324	研究论文	本文介绍了SigHotSpotter，一种基于单细胞RNA测序数据的计算工具，用于预测负责稳定维持细胞亚群表型的信号通路热点，以实现细胞亚群表型的精确控制	SigHotSpotter通过整合信号和转录网络，能够准确预测信号热点，并已在不同细胞系统中得到实验验证	NA	开发一种计算工具，用于系统地预测基于单细胞RNA测序数据的信号热点，以促进疾病和衰老背景下的细胞 rejuvenation 策略	细胞亚群表型的信号通路热点	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
19	2024-08-07	Improved dropClust R package with integrative analysis support for scRNA-seq data 2019-Nov-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz823 PMID:31693086	研究论文	本文介绍了改进的dropClust R包，该包利用局部敏感哈希（LSH）加速大规模单细胞表达数据的聚类，并引入了一种新的批次效应去除算法，支持单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的综合分析	引入了一种新的批次效应去除算法，增强了dropClust的互操作性和资源效率	NA	改进dropClust R包，使其支持单细胞RNA测序数据的综合分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	局部敏感哈希（LSH）	NA	表达数据	大规模单细胞
20	2024-08-07	Non-cell autonomous mechanism of Parkinson's disease pathology caused by G2019S LRRK2 mutation in Ashkenazi Jewish patient: Single cell analysis 2019-11-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2019.146342 PMID:31330122	研究论文	本研究通过从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取诱导多能干细胞（iPSCs），分离出自我更新的多能神经干细胞（NSCs），并在体外模拟这种形式的帕金森病，利用单细胞RNA测序转录组分析探讨NSCs中的细胞多样性和疾病病理。	研究首次揭示了G2019S LRRK2突变可能通过非细胞自主机制影响多种细胞类型的帕金森病病理，并展示了无偏见的单细胞转录组学在个性化医学中的潜力。	NA	探讨G2019S LRRK2突变如何导致帕金森病病理。	从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取的诱导多能干细胞（iPSCs）及其分离出的神经干细胞（NSCs）。	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组	一个阿什肯纳兹犹太患者