单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Novel dynamics of human mucociliary differentiation revealed by single-cell RNA sequencing of nasal epithelial cultures 2019-10-23, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.177428 PMID:31558434	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了人类鼻上皮细胞培养物中黏膜纤毛分化的动态过程	发现了多纤毛细胞的前体亚群——deuterosomal细胞，并鉴定了其特异性标记物；揭示了杯状细胞可以是多纤毛细胞的前体，解释了混合细胞的存在；识别了参与再生过程的一系列分子	NA	阐明黏膜纤毛上皮分化的关键驱动因素，以理解正常或病理性再生的发生机制	人类鼻上皮细胞的黏膜纤毛分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及人类、猪和鼠的呼吸道样本
42	2024-08-09	Activation of Skeletal Stem and Progenitor Cells for Bone Regeneration Is Driven by PDGFRβ Signaling 2019-10-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2019.08.013 PMID:31543445	研究论文	本研究通过批量和单细胞转录组分析，结合谱系追踪和条件性小鼠突变，揭示了PDGF-PDGFRβ信号在骨修复过程中对骨骼干细胞和祖细胞（SSPCs）扩展、迁移和血管生成的重要作用。	本研究首次确定了PDGF-PDGFRβ信号在骨修复中对SSPCs的激活和招募的关键作用，并揭示了MMP-9和VCAM-1在其下游的机制。	NA	探索骨修复过程中骨骼干细胞和祖细胞的激活和招募机制。	骨骼干细胞和祖细胞（SSPCs）及其在骨修复中的作用。	NA	NA	单细胞转录组分析，谱系映射，细胞追踪，条件性小鼠突变	NA	转录组数据	NA
43	2024-08-09	Human Germline Cell Development: from the Perspective of Single-Cell Sequencing 2019-10-17, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.08.025 PMID:31563431	综述	本文综述了通过单细胞测序技术分析人类生殖细胞发育的进展	利用单细胞转录组和表观基因组测序技术，全面剖析人类生殖细胞发育的组学动态	NA	探讨人类生殖细胞发育的分析进展	包括植入前和植入胚胎、胎儿生殖细胞（FGCs）以及成年精子发生	NA	NA	单细胞转录组和表观基因组测序技术	NA	单细胞数据	NA
44	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of hESC-Derived 3D Retinal Organoids Reveals Novel Genes Regulating RPC Commitment in Early Human Retinogenesis 2019-10-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.012 PMID:31543471	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了从人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中分离的细胞，揭示了早期人类视网膜发生中视网膜祖细胞（RPC）的时序进展	发现了两种具有独特分子特征的RPC亚型，并识别了与Notch和Wnt信号通路以及染色质重塑相关的动态调控基因，特别是CCND1在促进早期视网膜神经发生中的作用	NA	揭示早期人类视网膜发生中的关键通路和新基因	人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从人胚胎干细胞衍生的3D视网膜类器官中分离的细胞
45	2024-08-09	Transcriptional control of lung alveolar type 1 cell development and maintenance by NK homeobox 2-1 2019-10-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1906663116 PMID:31548395	研究论文	本文通过细胞特异性敲除小鼠模型、基因组分析和3D成像技术，研究了NK homeobox 2-1（NKX2-1）在肺泡I型细胞（AT1细胞）发育和维持中的作用	首次揭示了NKX2-1在AT1细胞转录调控网络中的关键作用，并展示了AT1细胞在特定条件下向胃肠道细胞命运转变的惊人可塑性	NA	探究NKX2-1在肺泡I型细胞发育和维持中的转录调控作用	肺泡I型细胞（AT1细胞）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）、3D成像	NA	基因组数据	细胞特异性敲除小鼠模型
46	2024-08-09	Aldh1b1 expression defines progenitor cells in the adult pancreas and is required for Kras-induced pancreatic cancer 2019-10-08, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1901075116 PMID:31548432	研究论文	本文研究了成年胰腺中Aldh1b1表达的前体细胞，并探讨了其在Kras诱导的胰腺癌中的作用	首次证明了Aldh1b1表达的中心腺泡细胞在成年胰腺中的前体细胞特性，并揭示了其在Kras诱导的胰腺癌中的关键作用	NA	探讨成年胰腺中前体细胞的存在及其在癌症发展中的潜在作用	成年胰腺中的前体细胞及其在胰腺癌中的作用	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
47	2024-08-09	Revisiting Vascular Remodeling in the Single-Cell Transcriptome Era 2019-10, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.313174 PMID:31553668	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
48	2024-08-09	Valid Post-clustering Differential Analysis for Single-Cell RNA-Seq 2019-10-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.07.012 PMID:31521605	研究论文	本文介绍了一种有效的单细胞RNA测序后聚类差异分析框架，旨在解决现有流程中因重复使用同一数据集导致的低p值和假阳性问题	提出了一种新的后聚类差异分析框架，纠正了因重复使用同一数据集导致的低p值和假阳性问题	未提及	改进单细胞RNA测序中的差异表达分析方法	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类和差异表达分析	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未提及
49	2024-08-09	Conversion of Sox2-dependent Merkel cell carcinoma to a differentiated neuron-like phenotype by T antigen inhibition 2019-10-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1907154116 PMID:31527246	研究论文	本文研究了通过抑制T抗原来诱导Sox2依赖的Merkel细胞癌向分化型神经元样表型转变的过程	首次展示了Merkel细胞癌通过与角质细胞共培养可以发生神经元样分化，并揭示了T抗原和Sox2在这一过程中的关键作用	研究主要集中在细胞培养和单细胞RNA测序上，尚未在动物模型或临床试验中验证这些发现	探讨Merkel细胞癌向神经元样细胞分化的机制及其潜在的治疗意义	Merkel细胞癌及其与角质细胞的相互作用	数字病理学	Merkel细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
50	2024-08-09	Proliferation-competent Tcf1+ CD8 T cells in dysfunctional populations are CD4 T cell help independent 2019-10-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1902701116 PMID:31530725	研究论文	本文探讨了在慢性感染和癌症中，CD4 T细胞辅助对增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代转换和生存的控制作用	发现增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体在功能失调的群体中不需要CD4 T细胞辅助，这与传统记忆T细胞需要CD4 T细胞辅助的情况不同	NA	研究CD4 T细胞辅助对增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代的影响	增殖能力强的Tcf1+ CD8 T细胞前体及其后代	NA	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
51	2024-08-09	Probabilistic cell-type assignment of single-cell RNA-seq for tumor microenvironment profiling 2019-10, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0529-1 PMID:31501550	研究论文	本文介绍了一种名为CellAssign的概率模型，该模型利用细胞类型标记基因的先验知识，自动将单细胞RNA测序数据注释为预定义或新细胞类型，以分析肿瘤微环境组成。	CellAssign模型能够自动化且高度可扩展地处理大规模数据，同时控制批次和样本效应，避免了手动解释和映射方法的局限性。	NA	开发一种自动化的方法来注释单细胞RNA测序数据，以分析肿瘤微环境中的细胞类型。	单细胞RNA测序数据和肿瘤微环境中的细胞类型。	数字病理学	卵巢癌，淋巴瘤	单细胞RNA测序	概率模型	RNA测序数据	NA
52	2024-08-09	Self-organizing neuruloids model developmental aspects of Huntington's disease in the ectodermal compartment 2019-10, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0237-5 PMID:31501559	研究论文	本文利用微图案技术在大量几乎相同的神经元结构中重现早期人类神经发生过程，并研究亨廷顿病的发展方面。	首次使用神经元结构模型来研究亨廷顿病的发展方面，并展示了突变型亨廷顿蛋白如何影响早期人类发育的特定表型特征。	NA	利用人类胚胎干细胞模拟正常和异常发育的标准化模型，研究亨廷顿病的发展方面。	神经元结构中的神经前体细胞、神经嵴、感觉基板和表皮，以及亨廷顿病的人类胚胎干细胞。	数字病理学	亨廷顿病	微图案技术，单细胞转录组学，深度神经网络分析	深度神经网络	单细胞转录组数据	大量几乎相同的神经元结构
53	2024-08-09	The Molecular Diversity of Vagal Afferents Revealed 2019-10, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2019.08.002 PMID:31421944	研究论文	使用单细胞RNA测序技术，研究者揭示了小鼠迷走神经传入纤维的分子多样性	发现了24种迷走神经传入纤维亚型，揭示了之前未被认识的多样性水平	NA	揭示迷走神经传入纤维的分子多样性	小鼠的迷走神经传入纤维	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
54	2024-08-09	GDF15 is an epithelial-derived biomarker of idiopathic pulmonary fibrosis 2019-10-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00062.2019 PMID:31432710	研究论文	本文研究了生长与分化因子15（GDF15）作为特发性肺纤维化（IPF）的表皮来源生物标志物的潜力	首次鉴定GDF15为IPF中显著上调的分泌蛋白，并发现其在IPF患者肺组织中的mRNA表达显著增加，与肺功能相关	NA	探讨GDF15作为IPF病理过程中的潜在生物标志物	特发性肺纤维化（IPF）及其相关生物标志物GDF15	NA	特发性肺纤维化	转录组分析，单细胞RNA测序	NA	mRNA	涉及小鼠和IPF患者的肺组织及血液样本
55	2024-08-09	Human kidney organoids: progress and remaining challenges 2019-10, Nature reviews. Nephrology DOI:10.1038/s41581-019-0176-x PMID:31383997	research paper	本文综述了人类肾脏类器官的研究进展及其面临的挑战	成功使用肾脏类器官模拟肾小球和肾小管疾病，并利用单细胞RNA测序技术识别了多种细胞类型	类器官的成熟度是一个主要挑战，需要更详细的单细胞水平分析	研究正常和疾病状态下人类肾脏的发育	人类肾脏类器官及其在疾病模型中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多种细胞类型
56	2024-08-09	Differential Variation Analysis Enables Detection of Tumor Heterogeneity Using Single-Cell RNA-Sequencing Data 2019-10-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-18-3882 PMID:31337651	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据，使用差异变异分析算法EVA，量化肿瘤异质性	本研究改编了EVA算法，用于单细胞RNA测序数据的多元统计分析，以检测基因集中的表达差异变异	NA	评估单细胞RNA测序数据中基因表达在通路或基因集内的异质性	肿瘤异质性及其在癌症基因组学中的应用，如免疫原性、转移和癌症亚型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个公共领域的单细胞RNA测序肿瘤数据集
57	2024-08-09	Epigenomics and Single-Cell Sequencing Define a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis 2019-10, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0138 PMID:31345789	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和表观基因组分析，揭示了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）中的细胞、转录组和表观基因组异质性及其发展层次。	本研究首次结合单细胞转录组学和表观基因组分析，揭示了LCH细胞的广泛异质性和内在发展层次。	NA	探索LCH病理生理学的分子机制及其临床异质性。	LCH病变中的转录组和表观基因组多样性。	数字病理学	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个LCH病变活检样本
58	2024-08-09	Single-cell transcriptomics as a framework and roadmap for understanding the brain 2019-10-01, Journal of neuroscience methods IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.jneumeth.2019.108353 PMID:31351971	research paper	本文讨论了单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术在理解大脑细胞类型特异性空间组织中的应用	本文探讨了新兴的空间转录组技术如何结合两种技术的优势，并将其与大脑结构和功能的高级特征相联系	NA	为神经科学提供一个解释和指导实验检查大脑的框架	大脑的细胞类型特异性空间组织	digital pathology	NA	单细胞RNA测序，单分子荧光原位杂交	NA	基因表达数据	NA
59	2024-08-09	Early Detection of Peripheral Blood Cell Signature in Children Developing β-Cell Autoimmunity at a Young Age 2019-10, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db19-0287 PMID:31311800	研究论文	本研究通过mRNA测序分析了306份样本，包括从七名在幼年时期发展出β细胞自身免疫的儿童（病例对象）和匹配的对照对象中纵向收集的CD4和CD8 T细胞以及CD4CD8细胞分馏和未分馏的外周血单个核细胞样本，旨在早期检测与T1D相关的自身抗体出现前的免疫系统异常。	本研究首次识别了在T1D相关自身抗体出现前上调的转录本，包括白细胞介素32，并揭示了其在病例样本中主要由激活的T细胞和NK细胞贡献。	研究样本量较小，仅包括七名病例对象，可能影响结果的普遍性。	旨在发现新的生物标志物，预测自身免疫反应的开始，这些反应发生在自身抗体阳性之前或反映β细胞的渐进性破坏。	研究对象包括七名在幼年时期发展出β细胞自身免疫的儿童及其匹配的对照对象。	数字病理学	糖尿病	mRNA测序	NA	mRNA	306份样本，包括CD4和CD8 T细胞以及CD4CD8细胞分馏和未分馏的外周血单个核细胞样本
60	2024-08-09	Proteomics and single-cell RNA analysis of Akap4-knockout mice model confirm indispensable role of Akap4 in spermatogenesis 2019-10-15, Developmental biology IF:2.5Q2 DOI:10.1016/j.ydbio.2019.06.017 PMID:31255637	研究论文	本研究通过CRISPR-Cas9系统生成Akap4敲除小鼠模型，并利用蛋白质组学和单细胞RNA测序分析，证实了Akap4在精子发生中的不可或缺的作用	首次通过蛋白质组学和单细胞RNA测序技术，全面分析了Akap4敲除小鼠的精子形态、运动能力和生育能力的变化	NA	验证Akap4在精子发生中的作用	Akap4敲除小鼠的精子形态、运动能力和生育能力	NA	NA	CRISPR-Cas9系统，蛋白质组学，单细胞RNA测序	NA	蛋白质组学数据，单细胞RNA测序数据	Akap4敲除小鼠和野生型小鼠