单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Phenotypic Switching of Naïve T Cells to Immune-Suppressive Treg-Like Cells by Mutant KRAS 2019-Oct-18, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm8101726 PMID:31635338	研究论文	本文研究了突变型KRAS如何通过肿瘤源性外泌体、患者血清或小鼠异种移植模型诱导CD4 T细胞向免疫抑制性Treg样细胞的表型转换	发现了一种新的细胞外非细胞因子依赖的KRAS在T细胞表型转换中的作用	NA	探讨突变型KRAS在T细胞表型转换中的作用及其在非小细胞肺癌治疗中的潜在应用	CD4 T细胞、突变型KRAS非小细胞肺癌细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	数学模型	细胞	NA
22	2024-08-09	Combinatorial prediction of marker panels from single-cell transcriptomic data 2019-10, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20199005 PMID:31657111	研究论文	本文介绍了一种名为COMET的计算框架，用于从单细胞转录组数据中识别细胞群体的候选标记面板	COMET框架首次实现了多基因标记面板的相关性排序预测，并展示了其在单基因和多基因水平上的准确性	NA	开发一种新的计算框架，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞群体的标记面板	单细胞转录组数据中的细胞群体及其标记基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计框架	转录组数据	NA
23	2024-08-09	Single-Cell Analysis Reveals Regulatory Gene Expression Dynamics Leading to Lineage Commitment in Early T Cell Development 2019-10-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.09.008 PMID:31629685	研究论文	本文通过单细胞分析揭示了早期T细胞发育中导致谱系决定的调控基因表达动态	利用单细胞RNA测序和顺序多重单分子荧光原位杂交技术，首次详细定义了T细胞发育中的调控变化顺序	NA	揭示早期T细胞发育中的基因表达调控机制	早期T细胞发育过程中的基因表达和细胞分化	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），顺序多重单分子荧光原位杂交（seqFISH）	NA	基因表达数据	多个免疫表型定义的早期T细胞前体（ETP）群体
24	2024-08-09	DeepImpute: an accurate, fast, and scalable deep neural network method to impute single-cell RNA-seq data 2019-10-18, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1837-6 PMID:31627739	研究论文	本文介绍了一种基于深度神经网络的单细胞RNA测序数据插补方法DeepImpute	DeepImpute利用dropout层和损失函数学习数据模式，实现了比其他六种公开可用方法更高的插补准确性	NA	开发一种准确、快速且可扩展的单细胞RNA测序数据插补方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	基因表达数据	数万个单细胞
25	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of human T cells reveals tissue and activation signatures in health and disease 2019-10-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12464-3 PMID:31624246	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了从肺、淋巴结、骨髓和血液中分离的人类T细胞的异质性及其在刺激后的功能反应	揭示了黏膜和淋巴组织中T细胞的组织特异性特征，以及不同组织中特定谱系的激活状态	NA	研究组织部位如何影响T细胞的持久性和功能	人类T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	超过50,000个静息和激活的T细胞
26	2024-08-09	Multimodal Analysis of Cell Types in a Hypothalamic Node Controlling Social Behavior 2019-10-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.09.020 PMID:31626771	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了控制社会行为的下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的细胞类型	首次揭示了VMHvl中17种转录组类型（T-types），包括几种性二态性集群，并探讨了它们与轴突投射和行为激活的关系	研究发现只有少数VMHvl T-types与行为特异性激活和连接有明确对应关系	探究VMHvl中的细胞类型数量及其与连接性和行为功能的关系	下丘脑腹内侧核（VMHvl）中的神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	CCA（典型相关分析）	RNA序列	约4,500个神经元（SMART-seq）和约78,000个神经元（10x）
27	2024-08-09	Transcriptional Atlas of Intestinal Immune Cells Reveals that Neuropeptide α-CGRP Modulates Group 2 Innate Lymphoid Cell Responses 2019-10-15, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.09.004 PMID:31618654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小肠免疫细胞在稳态和2型炎症反应下的转录图谱，揭示了神经肽α-CGRP对2型先天淋巴细胞反应的调节作用。	首次揭示了α-CGRP通过神经信号传导抑制ILC2扩增并维持2型免疫机制的稳态。	NA	系统地表征小肠中2型炎症反应的免疫细胞响应。	小肠中的免疫细胞，特别是2型先天淋巴细胞（ILC2s）。	NA	2型炎症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	58,067个小肠免疫细胞样本
28	2024-08-09	Transcriptional Networks of Microglia in Alzheimer's Disease and Insights into Pathogenesis 2019-10-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10100798 PMID:31614849	综述	本文综述了阿尔茨海默病中微胶质细胞的转录网络分析及其在疾病发病机制中的作用	介绍了从微阵列到单细胞RNA测序（scRNA-seq）的技术进步，以及这些技术如何帮助揭示微胶质细胞在阿尔茨海默病中的基因表达网络	NA	探讨转录网络分析如何为阿尔茨海默病的发病机制和治疗提供新的见解	微胶质细胞在阿尔茨海默病中的转录网络	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
29	2024-08-09	MetaCell: analysis of single-cell RNA-seq data using K-nn graph partitions 2019-10-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1812-2 PMID:31604482	研究论文	本文介绍了一种基于K-nn图划分的方法，用于将单细胞RNA测序数据集分割成互不相交且同质的元细胞组	与传统的聚类分析不同，该算法专注于获取粒度更细而非最大化的组	NA	旨在从生物学变异中分离出采样效应，以进行稳健的单细胞RNA测序数据分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	K-nn图划分算法	RNA测序数据	NA
30	2024-08-09	Lifting the veil on macrophage diversity in tissue regeneration and fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaz0749 PMID:31604845	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术揭示了巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	使用单细胞RNA测序技术深入研究巨噬细胞在组织再生和纤维化中的多样性和功能	NA	探讨巨噬细胞在组织修复和纤维化中的作用	巨噬细胞及其在组织再生和纤维化中的多样性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
31	2024-08-09	A systematic evaluation of single cell RNA-seq analysis pipelines 2019-10-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12266-7 PMID:31604912	研究论文	本文通过模拟实验评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析流程中的多种方法	首次系统评估了多种scRNA-seq分析流程，并探讨了不同步骤间的相互作用	NA	评估不同scRNA-seq分析流程的性能，并确定影响分析结果的关键因素	scRNA-seq分析流程中的映射、插补、归一化和差异表达测试方法	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列	基于五种scRNA-seq文库协议和九种差异表达设置进行了约3000个流程的评估
32	2024-08-09	Organoid single-cell genomic atlas uncovers human-specific features of brain development 2019-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1654-9 PMID:31619793	研究论文	本文通过单细胞转录组学和可及染色质分析研究了干细胞衍生的脑类器官，揭示了人类大脑发育的特定基因调控变化。	首次分析了人类、黑猩猩和猕猴脑类器官的细胞组成和分化轨迹，发现了人类神经发育的独特基因表达和染色质可及性变化。	NA	探究人类大脑发育的基因调控变化及其与黑猩猩和猕猴的差异。	人类、黑猩猩和猕猴的脑类器官。	数字病理学	NA	单细胞转录组学、可及染色质分析、单核RNA测序	NA	基因表达数据	多个个体的人类、黑猩猩和猕猴脑类器官
33	2024-08-09	DC3 is a method for deconvolution and coupled clustering from bulk and single-cell genomics data 2019-10-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12547-1 PMID:31601804	research paper	本文介绍了一种名为DC3的方法，用于从批量和单细胞基因组数据中进行解卷积和耦合聚类	DC3方法能够同时识别不同的亚群，将单细胞分配到这些亚群（即聚类），并将批量数据解卷积为亚群特异性数据	NA	解决基因组学中在细胞水平上表征和解释异质混合物的重要问题	批量和单细胞基因组数据，如HiChIP、RNA-seq和ATAC-seq	genomics	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, scHi-C, HiChIP	NA	bulk and single-cell genomics data	NA
34	2024-08-09	Cell Type Purification by Single-Cell Transcriptome-Trained Sorting 2019-10-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.08.006 PMID:31585086	研究论文	本文提出了一种名为GateID的计算方法，通过结合单细胞转录组学和FACS指数排序，利用细胞的天然属性如细胞大小、粒度和线粒体含量来纯化选择的细胞类型。	GateID方法无需事先了解细胞类型标记，可以直接利用细胞的天然属性进行细胞类型的纯化。	NA	开发一种无需抗体或转基因构建的新方法来纯化细胞类型。	细胞类型的纯化方法	分子与细胞生物学	NA	FACS	NA	转录组	多种细胞类型从斑马鱼肾骨髓和人类胰腺中提取
35	2024-08-09	Tissue stiffness at the human maternal-fetal interface 2019-10-02, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/dez139 PMID:31579915	研究论文	本研究测量了人类非孕期分泌期子宫内膜、第一孕期基底蜕膜和胎盘的硬度（弹性模量），并探讨了这些组织硬度对胚胎植入和胎盘发育的影响。	首次对人类母胎界面组织的硬度进行了直接测量，并发现了基底蜕膜的硬度显著高于其他组织，这可能与侵入性滋养层细胞的存在有关。	组织硬度是通过离体新鲜组织块的测量得到的，没有考虑血流的影响。此外，非孕期子宫内膜样本来自接受不孕治疗的妇女，可能无法反映正常生育妇女的子宫内膜硬度。	测量人类不同孕期组织的硬度，并探讨其对胚胎植入和胎盘发育的影响。	人类非孕期分泌期子宫内膜、第一孕期基底蜕膜、壁蜕膜和胎盘的硬度。	NA	NA	原子力显微镜	NA	组织样本	非孕期分泌期子宫内膜（N=5），第一孕期基底蜕膜（N=6），壁蜕膜（N=5），胎盘（N=5），人工细胞外基质（N=5）
36	2024-08-09	Contribution of adipogenesis to healthy adipose tissue expansion in obesity 2019-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI129191 PMID:31573549	研究论文	本文探讨了脂肪生成在肥胖中健康脂肪组织扩张的作用	强调了通过脂肪生成招募新脂肪细胞对健康脂肪组织分布和重塑的重要性，并讨论了单细胞RNA测序分析在识别脂肪组织中组织驻留前体细胞群体方面的最新进展	NA	探讨脂肪生成在肥胖中健康脂肪组织扩张的作用，并可能为肥胖与代谢疾病脱钩提供新策略	白色脂肪组织（WAT）的扩张和重塑机制	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
37	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Developmental Hierarchy in Langerhans Cell Histiocytosis 2019-Oct, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0820 PMID:31575563	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了朗格汉斯细胞组织细胞增生症中的细胞层次结构	研究揭示了跨不同临床范围患者中14种细胞亚群的一致组成，表明这些细胞亚群受关键转录调控因子的共同发育层次驱动	NA	探索朗格汉斯细胞组织细胞增生症中的细胞发育层次	朗格汉斯细胞组织细胞增生症中的细胞亚群	数字病理学	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	多个患者的样本
38	2024-08-09	X-chromosome upregulation is driven by increased burst frequency 2019-10, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-019-0306-y PMID:31582851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了小鼠体细胞和胚胎细胞中X染色体上调的转录动力学，证实了X染色体通过提高爆发频率实现上调的现象。	首次详细解析了X染色体上调的机制，特别是通过提高爆发频率来实现这一过程。	NA	探究X染色体上调的机制，特别是转录动力学方面的细节。	小鼠体细胞和胚胎细胞中的X染色体基因表达。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠体细胞和胚胎细胞
39	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals regulatory mechanism for trophoblast cell-fate divergence in human peri-implantation conceptuses 2019-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3000187 PMID:31596842	研究论文	本研究通过体外共培养系统模拟人类胚胎植入前发育，分析了476个滋养层细胞的转录组，揭示了调控滋养层细胞发育的遗传网络	首次揭示了T-box转录因子3（TBX3）在调控细胞滋养层（CT）向合体滋养层（ST）分化中的关键作用	NA	研究人类胚胎植入前发育过程中滋养层细胞发育和分化的调控机制	人类胚胎植入前发育过程中的滋养层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	476个滋养层细胞
40	2024-08-09	Diversification and CXCR4-Dependent Establishment of the Bone Marrow B-1a Cell Pool Governs Atheroprotective IgM Production Linked to Human Coronary Atherosclerosis 2019-10-25, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315786 PMID:31549940	研究论文	本文研究了骨髓B-1a细胞池的多样化和CXCR4依赖性建立，以及其与人类冠状动脉粥样硬化相关的抗动脉粥样硬化IgM产生的关系。	首次报道了骨髓B-1a细胞的独特IgM抗体谱，并确定了CXCR4表达是调控骨髓B-1a细胞定位和氧化特定表位IgM产生的关键因素。	NA	研究骨髓B-1a细胞的IgM抗体谱，并确定CXCR4是否调控B-1细胞产生抗动脉粥样硬化IgM。	骨髓B-1a细胞、CXCR4、IgM抗体	心血管疾病	冠状动脉粥样硬化	单细胞测序	NA	细胞	50名人类受试者