单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-11	Nonparametric expression analysis using inferential replicate counts 2019-10-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz622 PMID:31372651	研究论文	本文提出了一种使用推断复制计数的非参数模型Swish，用于RNA-seq数据中的差异表达分析，并考虑了推断不确定性	Swish方法在控制假发现率方面表现更好，特别是在具有高推断不确定性的转录本上	NA	旨在改进RNA-seq数据中差异表达基因或转录本的识别，同时控制技术偏差	RNA-seq数据中的差异表达基因或转录本	生物信息学	NA	RNA-seq	非参数模型	RNA-seq数据	涉及单细胞RNA-seq数据集中的亚群细胞
2	2024-08-07	Interleukin-36γ-producing macrophages drive IL-17-mediated fibrosis 2019-10-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aax4783 PMID:31604843	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了生物材料植入后巨噬细胞亚群的功能和表型特征，特别是在尿膀胱基质（UBM）和聚己内酯（PCL）植入后的不同组织反应。	本研究首次识别并表征了在体内生物材料诱导的特定巨噬细胞亚群，这些亚群在不同的组织环境中表现出独特的功能和表型特征。	研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要进一步验证这些发现是否适用于人类。	旨在识别和表征生物材料植入后巨噬细胞的功能亚群，并探讨其在组织修复和病理过程中的作用。	研究对象包括生物材料植入后的巨噬细胞亚群及其在不同组织环境中的功能和表型特征。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	研究涉及从小鼠尿膀胱基质（UBM）和聚己内酯（PCL）中分离的巨噬细胞样本。
3	2024-08-05	Integrative Transcriptomics Reveals Sexually Dimorphic Control of the Cholinergic/Neurokine Interface in Schizophrenia and Bipolar Disorder 2019-10-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.09.017 PMID:31618642	研究论文	本研究揭示了在精神分裂症和双相情感障碍中，胆碱能/神经激素界面的性别差异控制	提出了一种结合大规模转录组元分析与单细胞测序数据的整合方法	RNA测序分析通常限于识别最低p值的转录本，未能解决多基因现象	旨在探讨精神分裂症和双相情感障碍中性别差异的转录组特征	分析精神分裂症和双相情感障碍患者的皮层转录本	数字病理学	精神分裂症, 双相情感障碍	RNA测序, 单细胞测序	NA	转录组数据	来自精神分裂症和双相情感障碍患者的脑组织样本
4	2024-08-05	Heterogeneity and plasticity in healthy and atherosclerotic vasculature explored by single-cell sequencing 2019-Oct-01, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvz185 PMID:31350876	综述	文章探讨了通过单细胞测序研究健康和动脉粥样硬化血管中的异质性和可塑性。	提出了异质性和可塑性的定义，并通过单细胞测序探讨了血管中的新知识。	当前单细胞测序研究在重复次数、细胞数量和空间信息的丧失方面存在一些局限性。	研究单细胞测序在揭示血管异质性中的应用及其局限性。	研究了健康和动脉粥样硬化血管中的细胞异质性和可塑性。	数字病理学	动脉粥样硬化	单细胞测序（SCS）	NA	RNA序列数据	使用了不同数量的细胞，具体数量不详
5	2024-08-05	Decoding human fetal liver haematopoiesis 2019-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1652-y PMID:31597962	research paper	本文研究了人类胎儿肝脏中的确定性造血过程	通过单细胞转录组分析，揭示了人类发育过程中血液和免疫细胞的谱系	在对人类的理解方面仍然有限，特别是在特定的微环境影响下	探讨胎儿肝脏中的造血干细胞和多能前体的自我更新及分化机制	大约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	约140,000个肝脏细胞和74,000个皮肤、肾脏和卵黄囊细胞
6	2024-08-05	Applications of single cell RNA sequencing to research of stem cells 2019-Oct-26, World journal of stem cells IF:3.6Q3 DOI:10.4252/wjsc.v11.i10.722 PMID:31692946	综述	该文章探讨了单细胞RNA测序技术在干细胞研究中的应用	强调了单细胞RNA测序在揭示干细胞异质性及其子群体方面的重要性	未提及具体的实验数据或研究局限性	旨在深入理解干细胞的异质性及其潜在的治疗应用	主要研究干细胞的不同亚群体及其基因表达特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
7	2024-08-05	Lgr5 and Col22a1 Mark Progenitor Cells in the Lineage toward Juvenile Articular Chondrocytes 2019-10-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2019.08.006 PMID:31522976	研究论文	本文通过谱系追踪研究识别了Lgr5标记的细胞群体在关节组织形成中的贡献	揭示了Lgr5细胞在关节前体的谱系分化及其向关节软骨细胞的进展中的重要性	对谱系标记的细胞在整个关节组织形成过程中的具体作用尚不完全了解	探索关节形成过程中前体细胞的谱系规格化	Lgr5和Col22a1标记的前体细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	细胞	NA
8	2024-08-05	The CRISPR-Cas13a Gene-Editing System Induces Collateral Cleavage of RNA in Glioma Cells 2019-Oct-16, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.201901299 PMID:31637166	研究论文	这篇文章探讨了CRISPR-Cas13a基因编辑系统在胶质瘤细胞中对RNA的附带切割效应。	文章的创新点在于证明了CRISPR-Cas13a系统在EGFRvIII过表达的胶质瘤细胞中诱导了细胞死亡及其附带效应。	文章未提及具体的局限性。	研究CRISPR-Cas13a系统在癌细胞上的潜在应用和机制。	研究对象为EGFRvIII过表达的胶质瘤细胞。	数字病理学	胶质瘤	CRISPR-Cas13a	NA	RNA测序	U87-Cas13a-EGFRvIII细胞，具体样本数量未说明
9	2024-08-05	LTMG: a novel statistical modeling of transcriptional expression states in single-cell RNA-Seq data 2019-10-10, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz655 PMID:31372654	研究论文	该文章开发了LTMG模型以捕捉单细胞RNA-seq数据中的基因表达状态的多样性	LTMG模型通过处理低表达和零表达的数据，提供了对单细胞基因表达状态的多重模式的推断	NA	研究单细胞RNA-seq数据中基因表达状态的建模	单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	RNA-seq	混合高斯模型	基因表达数据	大量scRNA-seq数据
10	2024-08-05	High-definition spatial transcriptomics for in situ tissue profiling 2019-10, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0548-y PMID:31501547	research paper	开发了一种高分辨率空间转录组技术，用于组织分析	提出了一种高分辨率的空间转录组学方法，能够同时捕捉空间和分子特征	在摘要中未提及具体的局限性	实现组织的高分辨率空间分析	鼠脑和原发性乳腺癌的组织样本	数字病理学	乳腺癌	高分辨率空间转录组学	NA	RNA	数十万条转录组相关空间条形码
11	2024-08-05	Single-Cell Applications of Next-Generation Sequencing 2019-10-01, Cold Spring Harbor perspectives in medicine IF:7.8Q1 DOI:10.1101/cshperspect.a026898 PMID:30617056	研究论文	本文提供了单细胞测序的概述，并探讨了其在基础和临床研究中的应用	介绍了下一代测序技术在单细胞生物学中的新前沿	未提及具体的技术限制	提供单细胞测序的高级概述	单细胞及其在组织、微生物生态系统和癌症中的功能共存	数字病理学	癌症	下一代测序	NA	RNA和DNA	数百到数百万个细胞
12	2024-08-07	Machine learning predicts putative hematopoietic stem cells within large single-cell transcriptomics data sets 2019-10, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2019.08.009 PMID:31513832	研究论文	本文开发了一种名为hscScore的机器学习工具，用于从单细胞转录组数据中快速识别小鼠骨髓中的造血干细胞	hscScore工具能够基于已验证的造血干细胞基因表达谱，对单细胞转录组进行评分，从而在缺乏流式细胞术信息的情况下，有效识别造血干细胞	NA	开发一种新的方法来识别大型单细胞转录组数据集中的潜在造血干细胞	小鼠骨髓中的造血干细胞	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	来自不同实验室的scRNA-seq数据
13	2024-08-07	Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data 2019-Oct-23, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.08.003 PMID:31647917	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14	2024-08-07	Dissociation of solid tumor tissues with cold active protease for single-cell RNA-seq minimizes conserved collagenase-associated stress responses 2019-10-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1830-0 PMID:31623682	研究论文	本文研究了使用低温活性蛋白酶和胶原酶在不同温度下对肿瘤组织进行单细胞RNA测序的影响	本文首次使用低温活性蛋白酶（6°C）进行肿瘤组织解离，减少了胶原酶（37°C）引起的应激反应	本文未详细探讨不同肿瘤类型和细胞类型对解离方法的具体反应差异	研究肿瘤组织解离方法对单细胞RNA测序结果的影响	肿瘤组织、患者来源的乳腺癌异种移植模型和癌细胞系	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	155,165个细胞
15	2024-08-07	Landscape and Dynamics of Single Immune Cells in Hepatocellular Carcinoma 2019-Oct-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.003 PMID:31675496	研究论文	本研究结合两种单细胞RNA测序技术，分析了肝细胞癌患者五个免疫相关部位的CD45免疫细胞转录组	首次揭示了LAMP3树突状细胞在肿瘤与淋巴结间的迁移潜力及其对多种淋巴细胞亚型的调控作用	NA	深入了解肝细胞癌的免疫微环境	肝细胞癌患者的免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自五个不同部位的肝细胞癌患者样本
16	2024-08-09	Advancements in Single-cell Sequencing and the Prospect of Its Forensic Application 2019-Oct, Fa yi xue za zhi DOI:10.12116/j.issn.1004-5619.2019.05.017 PMID:31833297	研究论文	本文总结了单细胞测序技术的最新进展及其在法医学应用的前景	单细胞测序的超高分辨率为生命科学多个领域，包括法医基因组学，提供了新的视角和前沿	NA	探讨单细胞测序技术在法医学中的应用前景	单细胞测序技术及其在法医学中的应用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	DNA和RNA序列	NA
17	2024-08-09	Stress-Induced Metabolic Disorder in Peripheral CD4+ T Cells Leads to Anxiety-like Behavior 2019-10-31, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.10.001 PMID:31675497	研究论文	本研究探讨了外周CD4+ T细胞在应激诱导的焦虑样行为中的病理作用及其调控机制	首次揭示了CD4 T细胞中由应激诱导的白三烯B4触发线粒体裂变，进而导致焦虑、抑郁和社会行为异常的机制	NA	阐明外周CD4+ T细胞在情绪障碍中的病理作用及调控机制	外周CD4+ T细胞在应激诱导的焦虑样行为中的作用	NA	焦虑症	代谢组学分析，单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
18	2024-08-09	A chemical probe of CARM1 alters epigenetic plasticity against breast cancer cell invasion 2019-10-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.47110 PMID:31657716	研究论文	本文介绍了一种具有前药特性的CARM1化学探针，能够改变表观遗传可塑性，抑制乳腺癌细胞侵袭	发现了一种新的CARM1依赖机制，用于癌症转移，并开发了一种化学探针来靶向这一过程	NA	研究CARM1蛋白在乳腺癌细胞侵袭中的作用，并开发相应的化学探针	CARM1蛋白及其在乳腺癌细胞侵袭中的作用	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
19	2024-08-09	Single-cell transcriptomic atlas of the human retina identifies cell types associated with age-related macular degeneration 2019-10-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12780-8 PMID:31653841	研究论文	本文通过大规模并行单细胞RNA测序（scRNA-seq）构建了人类视网膜的首个单细胞转录组图谱，并识别了与年龄相关性黄斑变性（AMD）相关的细胞类型。	首次报道了人类视网膜的单细胞转录组图谱，并通过多分辨率网络分析识别了所有主要视网膜细胞类型及其基因表达特征。	NA	识别与年龄相关性黄斑变性（AMD）相关的细胞类型。	人类视网膜的细胞类型及其基因表达特征。	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用两个独立平台进行的人类视网膜样本。
20	2024-08-09	Generation and function of progenitor T cells from StemRegenin-1-expanded CD34+ human hematopoietic progenitor cells 2019-10-22, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2018026575 PMID:31648315	研究论文	研究通过使用StemRegenin-1（SR1）扩增的CD34+人造血祖细胞生成前体T细胞，并探讨其在加速T细胞重建和恢复免疫功能中的作用	首次展示了SR1扩增的脐带血可以诱导CD34+造血干细胞和祖细胞（HSPCs）超过250倍的扩增，并能生成大量前体T细胞，这些细胞在体内显示出有效的胸腺植入和外周T细胞功能	研究仅在17名患者中进行了初步的临床试验，需要更大规模的研究来验证其安全性和有效性	加速造血干细胞移植（HSCT）后的免疫恢复，减少T细胞免疫缺陷	脐带血来源的CD34+造血干细胞和祖细胞，以及由此生成的前体T细胞	造血干细胞移植	NA	StemRegenin-1扩增技术	NA	单细胞RNA测序	17名接受SR1扩增和未扩增脐带血单位的患者