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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
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21 | 2024-08-09 |
Yeast Single-cell RNA-seq, Cell by Cell and Step by Step
2019-Sep-05, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.3359
PMID:33654857
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研究论文 | 本文详细描述了一种针对酵母的单细胞RNA测序(yscRNA-seq)协议的实验和计算步骤 | yscRNA-seq协议具有成本低、高通量和易于实施的特点,结合了单细胞表型分选和独特的分子标识符,能够以链和异构体特异性的方式数字化计数分子数量 | NA | 开发和描述一种适用于酵母的单细胞RNA测序协议,以便于在其他实验室中实施并指导新技术的开发 | 酵母细胞的单细胞RNA测序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | NA |
22 | 2024-08-09 |
Urothelial organoids originating from Cd49fhigh mouse stem cells display Notch-dependent differentiation capacity
2019-09-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12307-1
PMID:31562298
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研究论文 | 本文建立了可长期维持的鼠源尿路上皮类器官,并研究了其分化能力 | 首次建立了可无限期维持的鼠源尿路上皮类器官,并揭示了Notch信号通路在其分化中的作用 | NA | 研究尿路上皮干细胞生物学及其分化机制 | 鼠源尿路上皮干细胞及其类器官 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 五个具有不同基因表达谱的细胞群 |
23 | 2024-08-09 |
An Efficient and Flexible Method for Deconvoluting Bulk RNA-Seq Data with Single-Cell RNA-Seq Data
2019-09-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells8101161
PMID:31569701
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research paper | 本文开发了一种名为多组学矩阵分解(MOMF)的计算统计方法,用于利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据估算批量RNA测序(RNA-seq)数据的细胞类型组成 | MOMF方法不仅直接建模基因表达数据的计数性质,还有效考虑了细胞类型特异性平均基因表达水平的不确定性 | NA | 估算复杂疾病的细胞类型组成,以研究疾病的细胞异质性,并可能促进早期疾病诊断和预防 | 胶质母细胞瘤(GBM)、结直肠癌(CRC)和2型糖尿病(T2D)的细胞类型组成 | digital pathology | NA | RNA-seq, scRNA-seq | MOMF | 基因表达数据 | 涉及胶质母细胞瘤、结直肠癌和2型糖尿病的研究数据 |
24 | 2024-08-09 |
Ageing affects DNA methylation drift and transcriptional cell-to-cell variability in mouse muscle stem cells
2019-09-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12293-4
PMID:31554804
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研究论文 | 研究探讨了衰老对小鼠肌肉干细胞DNA甲基化漂移和转录细胞间变异性的影响 | 首次结合单细胞转录组和DNA甲基组分析,揭示了衰老过程中干细胞分子多样性的变化 | NA | 探究衰老过程中干细胞的分子多样性变化及其机制 | 小鼠肌肉干细胞的DNA甲基化和转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞多组学 | NA | 转录组和DNA甲基组数据 | 具体样本数量未提及 |
25 | 2024-08-09 |
Cytogenetics and Cytogenomics Evaluation in Cancer
2019-Sep-23, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms20194711
PMID:31547595
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研究论文 | 本文探讨了细胞遗传学和细胞基因组学技术在癌症检测、分子特征识别以及癌症起始和发展理解中的应用 | 介绍了单细胞测序技术在癌症基因组学中的新应用,如肿瘤内异质性检测、克隆进化图谱绘制等 | 尽管技术进步,但许多候选生物标志物尚未在临床中得到明确的患者益处 | 旨在通过高吞吐量技术进步和多学科努力,提高对人类癌症染色体重排和基因组改变的理解 | 癌症的细胞遗传学和细胞基因组学技术 | 数字病理学 | NA | 下一代测序技术 | NA | 基因组数据 | NA |
26 | 2024-08-09 |
Rewiring of the Human Mitochondrial Interactome during Neuronal Reprogramming Reveals Regulators of the Respirasome and Neurogenesis
2019-Sep-27, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2019.08.057
PMID:31536960
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研究论文 | 本研究通过基于质谱的共分离谱和磷酸蛋白质组学,生成了人类多能胚胎癌干细胞和分化神经元样细胞的线粒体相互作用图谱,揭示了神经元分化过程中线粒体相互作用和位点特异性磷酸化的广泛变化。 | 本研究首次展示了神经元分化过程中线粒体相互作用网络的动态重组,并揭示了C20orf24作为呼吸体组装因子的作用,以及神经元源性神经营养因子(NENF)与帕金森病相关蛋白结合促进神经营养活性的机制。 | NA | 研究神经元分化过程中线粒体蛋白组装的变化及其调控机制。 | 人类多能胚胎癌干细胞和分化神经元样细胞的线粒体相互作用网络。 | 生物学 | 帕金森病 | 质谱法,磷酸蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 600个线粒体蛋白,6442个高质量相互作用 |
27 | 2024-08-09 |
Tet inactivation disrupts YY1 binding and long-range chromatin interactions during embryonic heart development
2019-09-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12325-z
PMID:31541101
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研究论文 | 研究探讨了Tet介导的DNA去甲基化在胚胎心脏发育中的作用,特别是在心脏特异性Tet2和Tet3缺失的小鼠模型中,观察到心室非致密化心肌病和胚胎致死现象。 | 首次详细研究了Tet在心脏发育中的功能,揭示了Tet2/3缺失导致的心肌细胞数量减少和转录重编程现象。 | 研究主要集中在小鼠模型上,未来研究可以扩展到人类胚胎心脏发育的比较分析。 | 探讨Tet在胚胎心脏发育中的生理作用及其对DNA甲基化和染色质组织的影响。 | 研究对象包括人类和小鼠的早期心脏发育过程中的DNA甲基化和羟甲基化动态变化。 | 表观遗传学 | 心脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA甲基化和羟甲基化数据 | 涉及心脏特异性Tet2和Tet3缺失的小鼠模型 |
28 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals RAD51AP1 as a potent mediator of EGFRvIII in human glioblastomas
2019-09-18, Aging
DOI:10.18632/aging.102282
PMID:31532757
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了EGFR野生型和EGFRvIII突变型细胞的转录组,揭示了RAD51AP1在人胶质母细胞瘤中的重要作用 | 首次揭示了RAD51AP1作为EGFRvIII在胶质母细胞瘤中的潜在介质,并通过单细胞RNA测序技术验证了其在肿瘤发生中的作用 | NA | 探究EGFRvIII在人胶质母细胞瘤中的作用机制及潜在的生物标志物 | EGFR野生型和EGFRvIII突变型细胞的转录组 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 16,128个肿瘤细胞 |
29 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomes Reveal Characteristic Features of Mouse Hepatocytes with Liver Cholestatic Injury
2019-09-11, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells8091069
PMID:31514486
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序揭示了在小鼠肝胆汁淤积损伤中肝细胞的特征性特征 | 首次揭示了肝胆汁淤积损伤中肝细胞亚型及其独特功能,并发现了特定的肝细胞群(BDL-6)可能经历上皮-间质转化 | NA | 研究肝胆汁淤积损伤中肝细胞的异质性和独特功能 | 小鼠肝细胞及其在肝胆汁淤积损伤中的功能 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
30 | 2024-08-09 |
Evaluating stably expressed genes in single cells
2019-09-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz106
PMID:31531674
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研究论文 | 本研究评估了单细胞水平上稳定表达基因的表达稳定性,并提出了一个计算框架用于单细胞RNA测序数据的标准化和整合 | 本研究展示了从单细胞中识别的稳定表达基因比传统定义的细胞群体中的管家基因在多种生物系统中更为稳定 | NA | 评估单细胞水平上稳定表达基因的表达稳定性 | 单细胞RNA测序数据中的稳定表达基因 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因表达数据 | 人类和小鼠早期发育单细胞RNA测序数据集及'小鼠图谱'数据集 |
31 | 2024-08-09 |
Spatial sorting enables comprehensive characterization of liver zonation
2019-09, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-019-0109-9
PMID:31535084
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研究论文 | 本文展示了如何利用分区表面标记物对来自定义肝小叶区域的高空间分辨率肝细胞进行排序,并应用转录组学、miRNA阵列测量和质谱蛋白质组学来重建多个分区特征的空间图谱 | 本文提出了一种新的方法,通过空间排序技术,能够全面地表征肝脏的分区特征,并重建多个细胞特征的空间图谱 | NA | 旨在通过空间排序技术全面表征肝脏的分区特征 | 肝脏的分区特征,包括基因表达、miRNA和蛋白质 | NA | NA | 转录组学、miRNA阵列测量、质谱蛋白质组学 | NA | 基因表达数据、miRNA数据、蛋白质数据 | NA |
32 | 2024-08-09 |
scBFA: modeling detection patterns to mitigate technical noise in large-scale single-cell genomics data
2019-09-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1806-0
PMID:31500668
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研究论文 | 本文提出了一种新的框架scBFA,通过分析特征检测模式而非定量测量来减少大规模单细胞基因组数据中的技术变异 | scBFA框架通过分析特征检测模式而非定量测量,有效减少了技术变异,提高了细胞类型识别和轨迹推断的性能 | NA | 减少大规模单细胞基因组数据中的技术变异 | 单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序,单细胞ATAC测序 | NA | 基因表达数据,位点可及性数据 | 大规模单细胞数据 |
33 | 2024-08-09 |
Non-classical tissue monocytes and two functionally distinct populations of interstitial macrophages populate the mouse lung
2019-09-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11843-0
PMID:31481690
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,揭示了小鼠肺部中两种功能不同的间质巨噬细胞亚群及其起源 | 本研究首次描述了小鼠肺部中两种不同的间质巨噬细胞亚群,并揭示了其中一种亚群的发育途径 | NA | 探究小鼠肺部间质巨噬细胞的复杂性和发育途径 | 小鼠肺部的间质巨噬细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
34 | 2024-08-09 |
rCASC: reproducible classification analysis of single-cell sequencing data
2019-09-01, GigaScience
IF:11.8Q1
DOI:10.1093/gigascience/giz105
PMID:31494672
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研究论文 | rCASC是一个模块化工作流程,利用Docker容器化技术提供从计数生成到细胞亚群识别的集成分析环境,以实现数据分析的功能性和计算可重复性 | rCASC引入了新的度量标准“细胞稳定性得分”(CSS),用于评估聚类质量,并提供了识别聚类特异性基因标记的工具 | NA | 开发一个模块化工作流程,帮助研究人员定义细胞亚群并检测亚群特异性标记 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
35 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of human pancreatic β-cells
2019-09, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2019.06.015
PMID:31500834
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序结合伪时间分析发现的人类胰腺β细胞异质性,表现为动态可互换的功能状态 | 首次详细讨论了β细胞异质性可能反映的是动态可互换的状态,而非固定的亚群 | NA | 探讨β细胞异质性的生理意义及其在糖尿病发展和进展中的潜在影响 | 人类胰腺β细胞的异质性 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | RNA序列数据 | NA |
36 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing edges into clinical trials
2019-09, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/d41591-019-00017-6
PMID:31501596
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
37 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics in Medulloblastoma Reveals Tumor-Initiating Progenitors and Oncogenic Cascades during Tumorigenesis and Relapse
2019-09-16, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2019.07.009
PMID:31474569
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研究论文 | 利用单细胞转录组分析技术,研究了Sonic Hedgehog型髓母细胞瘤中的前体细胞异质性和肿瘤起始及复发机制 | 首次揭示了OLIG2表达的胶质前体细胞在髓母细胞瘤起始和复发中的作用,并识别了相关的致癌网络 | NA | 探索髓母细胞瘤中肿瘤起始前体细胞的异质性和身份,以及其在肿瘤发生和复发中的作用 | Sonic Hedgehog型髓母细胞瘤中的前体细胞 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
38 | 2024-08-09 |
Heterogeneity of human bone marrow and blood natural killer cells defined by single-cell transcriptome
2019-09-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11947-7
PMID:31477722
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术,定义了人骨髓和血液中自然杀伤细胞的异质性 | 首次通过单细胞转录组分析,揭示了人骨髓和血液中自然杀伤细胞的不同群体及其特征 | NA | 深入理解人自然杀伤细胞的异质性和发育过程 | 人骨髓和血液中的自然杀伤细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
39 | 2024-08-09 |
Spatial and temporal tools for building a human cell atlas
2019-09-01, Molecular biology of the cell
IF:3.1Q3
DOI:10.1091/mbc.E18-10-0667
PMID:31465255
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研究论文 | 本文讨论了利用高灵敏度、高内容和高通量的显微技术,以及深度和高通量的单细胞测序方法,结合计算和建模工具,构建时空细胞图谱的方法 | 提出了优化实验条件以全面观察组织,跨越多个时间尺度的分子分析,以及管理大数据集、提取数据模式和相关性、整合和可视化数据的新工具 | 需要进一步优化实验条件,扩展分子分析的时间尺度,并开发新的数据管理和分析工具 | 构建时空细胞图谱,以促进科学界的数据和工具共享 | 时空细胞图谱的构建方法和技术 | 生物信息学 | NA | 显微技术,单细胞测序 | NA | 图像,序列数据 | NA |
40 | 2024-08-09 |
Reconstructing complex lineage trees from scRNA-seq data using MERLoT
2019-09-26, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkz706
PMID:31428793
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MERLoT的工具,用于从单细胞转录组数据中重建复杂的细胞谱系树 | MERLoT工具具有灵活性和用户友好性,能够推断重建树上的时间基因表达谱 | NA | 开发一种新工具以解决从单细胞转录组数据中重建复杂细胞谱系树的挑战 | 单细胞转录组数据和细胞谱系树的重建 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 数百个模拟数据集和多个实际案例数据 |