单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 54 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Spatiotemporal immune zonation of the human kidney
2019-09-27, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aat5031
PMID:31604275
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类肾脏免疫系统的时空分区特征 | 首次系统揭示人类肾脏上皮细胞中免疫基因的解剖学定位表达模式，以及出生后获得性感染防御能力的转录程序 | NA | 解析人类肾脏免疫系统的时空拓扑结构 | 人类肾脏组织（胎儿和成熟期） | 单细胞生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Discovery of a CD10-negative B-progenitor in human fetal life identifies unique ontogeny-related developmental programs
2019-09-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2019001289
PMID:31383639
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和功能分析鉴定了人类胎儿B细胞发育层次中的新型CD10阴性前体B祖细胞 | 首次发现并表征了人类胎儿组织中存在的CD10阴性PreProB祖细胞，这是人类胎儿生命中最早期的B淋巴细胞限制性祖细胞 | 研究主要聚焦于胎儿发育阶段，成人样本中PreProB祖细胞数量极少，可能限制直接比较的统计效力 | 解析人类胎儿B淋巴细胞发育的层次结构和分子特征 | 人类胎儿和成人的B祖细胞 | 发育生物学 | 急性淋巴细胞白血病 | 单细胞转录组学，功能分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 胎儿和成人骨髓样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
A single-cell transcriptome atlas of the adult human retina
2019-09-16, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2018100811
PMID:31436334
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了成人视网膜的转录组图谱 | 首次在人类视网膜中系统鉴定18种转录特征不同的细胞群体，并发现MALAT1在视杆细胞退化中的潜在新作用 | 仅包含3名捐赠者的样本，样本量相对有限 | 全面解析人类视网膜细胞的分子特征 | 成人视网膜细胞 | 单细胞转录组学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 3名捐赠者的20,009个细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Redefining the Etiologic Landscape of Cerebellar Malformations
2019-09-05, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2019.07.019
PMID:31474318
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研究论文 | 通过大规模外显子组测序重新定义小脑畸形的病因学图谱 | 首次系统分析小脑畸形的遗传和产前非遗传病因，发现PDGFRB基因功能获得性变异与血管发育异常的新关联 | 样本量相对有限，部分遗传机制仍需进一步验证 | 系统解析小脑畸形的遗传病因和发病机制 | 282名来自100个家庭的丹迪-沃克畸形和小脑发育不全患者 | 遗传学 | 小脑畸形 | 外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据,转录组数据 | 282名患者+131名额外个体的神经影像学回顾 | NA | 外显子组测序,单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem Cells
2019-09-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.07.008
PMID:31422913
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研究论文 | 本研究通过遗传标记和生物物理建模揭示了胃体腺体被划分为两个独立区域，并定义了胃峡部干细胞的身份和功能行为 | 首次证明胃体腺体存在两个独立分区，并发现胃峡部干细胞通过'间断性'中性漂移动力学维持胃小凹-峡部-颈部区域 | 胃峡部干细胞与其他干细胞群体相互作用的详细机制仍需进一步研究 | 确定成年胃峡部干细胞的身份和动力学特征 | 胃体上皮组织和胃峡部干细胞 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序, 遗传标记, 生物物理建模, 谱系追踪 | 中性漂移动力学模型 | 基因表达数据, 成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics reveals multi-step adaptations to endocrine therapy
2019-09-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11721-9
PMID:31477698
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示乳腺癌内分泌治疗耐药性的多步骤适应机制 | 首次在单细胞分辨率下解析内分泌治疗早期和晚期阶段克隆遗传多样性与转录可塑性的共同作用，发现预适应细胞亚群并通过多步骤模型描述耐药性发展过程 | 研究主要关注luminal型乳腺癌，模型在其他乳腺癌亚型中的普适性需要进一步验证 | 探究乳腺癌内分泌治疗耐药性的形成机制 | luminal型乳腺癌细胞 | 单细胞组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序，成像技术 | 多步骤耐药发展模型 | 单细胞转录组数据，影像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development
2019-09, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0449-3
PMID:31406377
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研究论文 | 本研究揭示了cDC1发育过程中Nfil3-Zeb2-Id2通路调控Irf8增强子转换的分子机制 | 首次发现Nfil3通过调控Zeb2和Id2表达来阻断E蛋白活性，从而解释cDC1发育中Irf8增强子使用的转换机制 | 研究主要聚焦于转录因子网络，可能未完全涵盖其他调控因子或信号通路的影响 | 阐明经典1型树突状细胞发育过程中Irf8增强子转换的分子机制 | 经典1型树突状细胞及其祖细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Transcriptome analysis of LRRK2 knock-out microglia cells reveals alterations of inflammatory- and oxidative stress-related pathways upon treatment with α-synuclein fibrils
2019-09, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2019.05.012
PMID:31102768
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研究论文 | 通过LRRK2敲除小胶质细胞的转录组分析，揭示α-突触核蛋白纤维处理对炎症和氧化应激相关通路的影响 | 首次结合LRRK2基因敲除与α-突触核蛋白纤维处理，发现LRRK2通过调节线粒体SOD2影响氧化应激通路 | 研究主要基于体外细胞模型，体内验证数据有限 | 探究LRRK2基因在小胶质细胞功能中的作用及其与帕金森病发病机制的关系 | LRRK2野生型和敲除型小胶质细胞 | 转录组学 | 帕金森病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 体外培养的小胶质细胞系，以及小鼠脑内急性分离的小胶质细胞 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
The Eleventh ENBDC Workshop: Advances in Technology Help to Unveil Mechanisms of Mammary Gland Development and Cancerogenesis
2019-09, Journal of mammary gland biology and neoplasia
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10911-019-09436-0
PMID:31494779
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综述 | 介绍第十一届欧洲乳腺发育与癌症网络研讨会的主要内容和技术进展 | 聚焦高分辨率基因组学和蛋白质组学技术在乳腺发育与癌症研究中的最新应用 | NA | 探讨乳腺发育机制和乳腺癌发生机理 | 乳腺腺体发育和乳腺癌 | 发育生物学与癌症研究 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,遗传条形码,谱系追踪,空间转录组学,光遗传学 | NA | 基因组数据,蛋白质组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Spatial sorting enables comprehensive characterization of liver zonation
2019-09, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-019-0109-9
PMID:31535084
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研究论文 | 本研究通过空间分选技术构建了肝脏分区中多种细胞特征的空间图谱 | 利用分区表面标记物对肝小叶特定区域肝细胞进行高分辨率分选，首次重建了转录组、miRNA和蛋白质组的多维空间图谱 | 技术方法可能不适用于所有组织类型，空间分辨率仍有提升空间 | 构建肝脏分区中多种细胞特征的综合空间图谱 | 哺乳动物肝脏肝细胞 | 空间转录组学 | NA | 单细胞转录组学, miRNA阵列测量, 质谱蛋白质组学 | NA | 转录组数据, miRNA数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 空间分辨单细胞转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2024-10-04 |
Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics
2019-09, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0537-1
PMID:31471617
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研究论文 | 本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法 | 通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的质量 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度自编码器 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-09-01 |
Development and Arealization of the Cerebral Cortex
2019-09-25, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.07.009
PMID:31557462
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综述 | 本文综述了大脑皮层区域多样性的早期发育过程，包括内在和外在机制，并提出了一个整合模型。 | 引入单细胞转录组学等新兴技术，提供了一个新的视角来理解区域特异性的分子多样性。 | NA | 探讨大脑皮层区域多样性的发育过程及其在神经发育障碍中的潜在应用。 | 大脑皮层的发育过程和区域多样性。 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-05 |
Self-assembling manifolds in single-cell RNA sequencing data
2019-09-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.48994
PMID:31524596
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研究论文 | 该文章提出了一种自组装流形算法，用于改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维。 | 自组装流形算法（SAM）是一种迭代软特征选择策略，能够量化基因相关性并改善降维效果。 | 在细胞之间生物相关差异细微的情况下，识别相关基因仍然具有挑战性 | 研究单细胞RNA测序数据中的基因选择和降维技术 | 不同细胞类型的基因表达数据 | 数字病理学 | NA | NA | NA | RNA测序数据 | 56个数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-05 |
A comparison of automatic cell identification methods for single-cell RNA sequencing data
2019-09-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1795-z
PMID:31500660
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研究论文 | 本文对22种自动细胞识别方法在单细胞RNA测序数据中的性能进行了比较评估 | 创新点在于比较了多种分类方法在不同数据集上的表现，并提供了代码和工作流以支持新方法的扩展 | 在处理复杂数据集时，某些分类器的准确性有所下降 | 研究自动细胞识别的方法，以提高单细胞转录组学分析的效率和 reproducibility | 22种分类方法及其在27个单细胞RNA测序数据集上的表现 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 支持向量机 | RNA测序数据 | 27个公开可用单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Coopted temporal patterning governs cellular hierarchy, heterogeneity and metabolism in Drosophila neuroblast tumors
2019-09-30, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.50375
PMID:31566561
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、克隆分析和数值建模，研究了果蝇神经母细胞瘤中被重新利用的幼虫期时间模式基因网络，揭示了这些基因如何触发肿瘤细胞的层次性分裂模式并诱导可预测的细胞异质性。 | 首次揭示了时间模式基因在神经母细胞瘤中的重新利用机制，及其对肿瘤细胞层次结构、异质性和生长特性的调控作用。 | NA | 探究儿童肿瘤进展的驱动因素，特别是神经母细胞瘤中的细胞层次结构和异质性。 | 果蝇神经母细胞瘤中的时间模式基因及其在肿瘤发展中的作用。 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | 单细胞转录组学 | 数值模型 | 转录组数据 | 涉及二十个幼虫期时间模式基因 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
A HIERARCHICAL BAYESIAN MODEL FOR SINGLE-CELL CLUSTERING USING RNA-SEQUENCING DATA
2019-Sep, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/19-aoas1250
PMID:34079613
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研究论文 | 本文提出了一种名为BasClu的贝叶斯分层模型，用于使用RNA测序数据的单细胞聚类 | BasClu模型能够更好地表征scRNA-seq数据的重要特征，从而更准确地进行细胞聚类 | NA | 理解细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 贝叶斯分层模型 | RNA表达数据 | 涉及三个真实的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-07 |
Cell type-specific transcriptional programs in mouse prefrontal cortex during adolescence and addiction
2019-09-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-12054-3
PMID:31519873
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，全面分类了小鼠前额叶皮层中的所有独特细胞亚型，并分析了这些细胞亚型在自然适应和诱导条件下的转录动力学。 | 首次详细描述了小鼠前额叶皮层在青春期和慢性可卡因成瘾期间各神经元亚型的特异性转录程序。 | NA | 研究小鼠前额叶皮层在青春期和成瘾状态下各神经元亚型的特异性转录程序。 | 小鼠前额叶皮层的神经元亚型及其在青春期和成瘾状态下的转录动力学。 | 神经科学 | 神经精神疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 从P21到P60的小鼠前额叶皮层样本 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-07 |
A pooled single-cell genetic screen identifies regulatory checkpoints in the continuum of the epithelial-to-mesenchymal transition
2019-09, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-019-0489-5
PMID:31477929
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研究论文 | 本文通过整合单细胞轨迹分析与聚合遗传筛选，探索了控制上皮-间质转化（EMT）的遗传电路 | 本文首次将单细胞RNA测序与CRISPR-Cas9筛选相结合，揭示了EMT过程中的连续基因调控波和关键调控点 | NA | 揭示在发育和疾病中指导细胞决策的遗传结构 | 上皮-间质转化（EMT）过程中的遗传电路 | NA | NA | 单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-07 |
A large pool of actively cycling progenitors orchestrates self-renewal and injury repair of an ectodermal appendage
2019-09, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0378-2
PMID:31481792
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序、小鼠遗传学和组织损伤方法，揭示了小鼠门齿维持和修复的细胞层次结构和机制 | 发现了一组活跃分裂的上皮祖细胞在稳态下产生牙釉质产生的成釉细胞和相邻的非成釉细胞层，并在损伤后通过祖细胞增殖和Notch1表达细胞直接转化为成釉细胞来实现组织修复 | NA | 解析干细胞身份和组织结构，以理解组织更新 | 小鼠门齿的维持和修复机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-07 |
Single-cell technologies in reproductive immunology
2019-09, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.13157
PMID:31206899
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综述 | 本文综述了单细胞技术在生殖免疫学中的应用，特别是如何通过这些技术来理解母胎界面的复杂免疫环境 | 介绍了单细胞RNA测序与微流控技术结合，以及多色流式细胞术在识别新型细胞类型中的应用 | 生成的数据集具有极高的维度和大小，需要应用新的计算方法进行无偏分析 | 为生殖免疫学界提供关于复杂流式细胞术和RNA测序数据获取及分析的计算工具的概述和简要入门 | 母胎界面的免疫环境及其中的细胞类型 | 生殖免疫学 | NA | 单细胞RNA测序，多色流式细胞术 | tSNE，SPADE，SPICE | 细胞分辨率的数据 | NA | NA | NA | NA | NA |