单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-04	Data denoising with transfer learning in single-cell transcriptomics 2019-09, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0537-1 PMID:31471617	研究论文	本文展示了在单细胞转录组学数据中使用迁移学习进行数据去噪的方法	通过结合深度自编码器和贝叶斯模型，SAVER-X能够跨不同实验室、不同条件和不同物种的数据提取可迁移的基因间关系，从而提高新目标数据集的质量	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度自编码器	基因表达数据	NA
2	2024-09-01	Development and Arealization of the Cerebral Cortex 2019-09-25, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.07.009 PMID:31557462	综述	本文综述了大脑皮层区域多样性的早期发育过程，包括内在和外在机制，并提出了一个整合模型。	引入单细胞转录组学等新兴技术，提供了一个新的视角来理解区域特异性的分子多样性。	NA	探讨大脑皮层区域多样性的发育过程及其在神经发育障碍中的潜在应用。	大脑皮层的发育过程和区域多样性。	神经科学	神经发育障碍	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
3	2024-08-05	A single-cell transcriptome atlas of the adult human retina 2019-09-16, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2018100811 PMID:31436334	研究论文	这篇文章创建了一个成人人类视网膜的单细胞转录组图谱	文章识别了18种转录上不同的细胞群体，并提出了MALAT1在视网膜感光细胞退化中的新角色	未提及具体的局限性	全面剖析人类视网膜的分子特征	研究了来自三名捐赠者的20,009个细胞	数字病理学	视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	20,009个细胞
4	2024-08-05	Self-assembling manifolds in single-cell RNA sequencing data 2019-09-16, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.48994 PMID:31524596	研究论文	该文章提出了一种自组装流形算法，用于改进单细胞RNA测序数据的特征选择和降维。	自组装流形算法（SAM）是一种迭代软特征选择策略，能够量化基因相关性并改善降维效果。	在细胞之间生物相关差异细微的情况下，识别相关基因仍然具有挑战性	研究单细胞RNA测序数据中的基因选择和降维技术	不同细胞类型的基因表达数据	数字病理学	NA	NA	NA	RNA测序数据	56个数据集
5	2024-08-05	A comparison of automatic cell identification methods for single-cell RNA sequencing data 2019-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1795-z PMID:31500660	研究论文	本文对22种自动细胞识别方法在单细胞RNA测序数据中的性能进行了比较评估	创新点在于比较了多种分类方法在不同数据集上的表现，并提供了代码和工作流以支持新方法的扩展	在处理复杂数据集时，某些分类器的准确性有所下降	研究自动细胞识别的方法，以提高单细胞转录组学分析的效率和 reproducibility	22种分类方法及其在27个单细胞RNA测序数据集上的表现	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	支持向量机	RNA测序数据	27个公开可用单细胞RNA测序数据集
6	2024-08-05	Redefining the Etiologic Landscape of Cerebellar Malformations 2019-09-05, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2019.07.019 PMID:31474318	研究论文	本研究系统地分析小脑畸形的遗传和非遗传病因.	首次通过大范围外显子测序研究小脑畸形的遗传基础，并揭示了遗传缺陷对特定小脑细胞类型的影响.	虽然确认了遗传因素，但只有少数案例涉及多个个体，且非遗传因素在小脑异常中占有重大比例.	阐明小脑畸形的病因，特别是Dandy-Walker畸形和小脑发育不良的遗传背景.	涉及282名来自100个家庭的个体，主要针对Dandy-Walker畸形和小脑发育不良进行分析.	数字病理学	NA	外显子测序, 单细胞RNA测序	NA	基因组数据	282名个体
7	2024-08-05	Single-cell transcriptomics reveals multi-step adaptations to endocrine therapy 2019-09-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11721-9 PMID:31477698	研究论文	该研究揭示了在内分泌治疗过程中肿瘤细胞的多步适应机制	提出了一个多步模型来解释内分泌治疗的抗药性发展，并定义了稀有的预适应细胞亚群	研究主要集中在单细胞层面，可能无法完全捕捉复杂的肿瘤微环境	探索内分泌治疗期间肿瘤细胞的遗传多样性和转录塑性的贡献	富含遗传异质性的乳腺癌细胞群体	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
8	2024-08-07	Coopted temporal patterning governs cellular hierarchy, heterogeneity and metabolism in Drosophila neuroblast tumors 2019-09-30, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.50375 PMID:31566561	研究论文	本文通过单细胞转录组学、克隆分析和数值建模，研究了果蝇神经母细胞瘤中被重新利用的幼虫期时间模式基因网络，揭示了这些基因如何触发肿瘤细胞的层次性分裂模式并诱导可预测的细胞异质性。	首次揭示了时间模式基因在神经母细胞瘤中的重新利用机制，及其对肿瘤细胞层次结构、异质性和生长特性的调控作用。	NA	探究儿童肿瘤进展的驱动因素，特别是神经母细胞瘤中的细胞层次结构和异质性。	果蝇神经母细胞瘤中的时间模式基因及其在肿瘤发展中的作用。	数字病理学	儿童肿瘤	单细胞转录组学	数值模型	转录组数据	涉及二十个幼虫期时间模式基因
9	2024-08-07	An Nfil3-Zeb2-Id2 pathway imposes Irf8 enhancer switching during cDC1 development 2019-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0449-3 PMID:31406377	研究论文	本文研究了经典类型1树突状细胞（cDC1s）发育过程中的Irf8增强子切换机制	发现了Nfil3-Zeb2-Id2信号通路在cDC1发育中调控Irf8增强子切换的作用	NA	理解cDC1发育过程中的Irf8增强子切换机制	cDC1树突状细胞的发育过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
10	2024-08-07	A HIERARCHICAL BAYESIAN MODEL FOR SINGLE-CELL CLUSTERING USING RNA-SEQUENCING DATA 2019-Sep, The annals of applied statistics DOI:10.1214/19-aoas1250 PMID:34079613	研究论文	本文提出了一种名为BasClu的贝叶斯分层模型，用于使用RNA测序数据的单细胞聚类	BasClu模型能够更好地表征scRNA-seq数据的重要特征，从而更准确地进行细胞聚类	NA	理解细胞异质性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	贝叶斯分层模型	RNA表达数据	涉及三个真实的scRNA-seq数据集
11	2024-08-07	Spatiotemporal immune zonation of the human kidney 2019-09-27, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aat5031 PMID:31604275	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术解析了人类肾脏的时空免疫拓扑结构	揭示了在成熟和胎儿肾脏中免疫基因的解剖学定义表达模式，以及组织驻留的髓系和淋巴系免疫细胞网络	NA	探讨组织驻留免疫细胞在器官稳态和防御中的作用	人类肾脏的免疫细胞及其与上皮细胞的相互作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
12	2024-08-07	Cell type-specific transcriptional programs in mouse prefrontal cortex during adolescence and addiction 2019-09-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12054-3 PMID:31519873	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，全面分类了小鼠前额叶皮层中的所有独特细胞亚型，并分析了这些细胞亚型在自然适应和诱导条件下的转录动力学。	首次详细描述了小鼠前额叶皮层在青春期和慢性可卡因成瘾期间各神经元亚型的特异性转录程序。	NA	研究小鼠前额叶皮层在青春期和成瘾状态下各神经元亚型的特异性转录程序。	小鼠前额叶皮层的神经元亚型及其在青春期和成瘾状态下的转录动力学。	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从P21到P60的小鼠前额叶皮层样本
13	2024-08-07	Transcriptome analysis of LRRK2 knock-out microglia cells reveals alterations of inflammatory- and oxidative stress-related pathways upon treatment with α-synuclein fibrils 2019-09, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2019.05.012 PMID:31102768	研究论文	本研究通过RNA测序分析了LRRK2敲除的微胶质细胞在α-突触核蛋白纤维处理后的转录组变化，揭示了炎症和氧化应激相关通路的改变	首次详细探讨了LRRK2敲除微胶质细胞在α-突触核蛋白纤维处理后氧化应激相关通路的改变，并验证了SOD2在mRNA和蛋白质水平上的表达	研究主要集中在体外细胞实验，需要进一步的体内实验验证	探讨LRRK2基因在帕金森病发病机制中通过改变氧化应激信号的作用	LRRK2野生型和敲除的微胶质细胞，以及α-突触核蛋白预形成纤维和脂多糖处理后的细胞	数字病理学	帕金森病	RNA测序	NA	转录组数据	涉及LRRK2野生型和敲除的微胶质细胞样本
14	2024-08-07	A pooled single-cell genetic screen identifies regulatory checkpoints in the continuum of the epithelial-to-mesenchymal transition 2019-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0489-5 PMID:31477929	研究论文	本文通过整合单细胞轨迹分析与聚合遗传筛选，探索了控制上皮-间质转化（EMT）的遗传电路	本文首次将单细胞RNA测序与CRISPR-Cas9筛选相结合，揭示了EMT过程中的连续基因调控波和关键调控点	NA	揭示在发育和疾病中指导细胞决策的遗传结构	上皮-间质转化（EMT）过程中的遗传电路	NA	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9	NA	RNA	NA
15	2024-08-07	A large pool of actively cycling progenitors orchestrates self-renewal and injury repair of an ectodermal appendage 2019-09, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0378-2 PMID:31481792	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、小鼠遗传学和组织损伤方法，揭示了小鼠门齿维持和修复的细胞层次结构和机制	发现了一组活跃分裂的上皮祖细胞在稳态下产生牙釉质产生的成釉细胞和相邻的非成釉细胞层，并在损伤后通过祖细胞增殖和Notch1表达细胞直接转化为成釉细胞来实现组织修复	NA	解析干细胞身份和组织结构，以理解组织更新	小鼠门齿的维持和修复机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
16	2024-08-07	Discovery of a CD10-negative B-progenitor in human fetal life identifies unique ontogeny-related developmental programs 2019-09-26, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2019001289 PMID:31383639	研究论文	本文提供了人类胎儿B细胞发育层次的综合分析，报道了胎儿组织中两种不同的CD19 B祖细胞，即成人型CD10+ ProB祖细胞和新的CD10- PreProB祖细胞，并描述了它们的分子和功能特征。	发现了人类胎儿生命中CD10阴性的B祖细胞，并描述了其独特的发育程序，这些程序与成人的PreProB祖细胞不同。	NA	理解胎儿B淋巴细胞生成及其在早期生命中白血病启动的关键作用。	人类胎儿B细胞发育层次及其分子和功能特征。	NA	NA	单细胞转录组学和功能分析	NA	转录组数据	胎儿骨髓中的B祖细胞
17	2024-08-07	Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem Cells 2019-09-05, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.07.008 PMID:31422913	研究论文	本研究通过无偏倚的遗传标记和生物物理建模，揭示了胃体腺被分为两个独立区域，慢周期干细胞维持基部，而快速周期干细胞通过“点状”中性漂移动态维持坑-峡-颈部区域。	首次通过单细胞RNA测序分析定义了单个周期性峡部干细胞的分子身份和谱系关系。	NA	确定成年胃峡部干细胞的身份和动态。	胃体峡部干细胞及其与其他干细胞群体的相互作用。	NA	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	单个周期性峡部干细胞
18	2024-08-07	The Eleventh ENBDC Workshop: Advances in Technology Help to Unveil Mechanisms of Mammary Gland Development and Cancerogenesis 2019-09, Journal of mammary gland biology and neoplasia IF:3.0Q2 DOI:10.1007/s10911-019-09436-0 PMID:31494779	研讨会报告	第十一届欧洲乳腺发育与癌症网络研讨会，主题为乳腺生物学和乳腺癌研究中的高分辨率基因组学和蛋白质组学方法	介绍了单细胞RNA测序、遗传条形码、谱系追踪、空间转录组学、光遗传学、遗传小鼠模型和类器官等创新方法	NA	探讨乳腺发育和癌症发生机制	乳腺发育和乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、遗传条形码、空间转录组学、光遗传学	遗传小鼠模型、类器官	基因组学、蛋白质组学	NA
19	2024-08-07	Single-cell technologies in reproductive immunology 2019-09, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989) DOI:10.1111/aji.13157 PMID:31206899	综述	本文综述了单细胞技术在生殖免疫学中的应用，特别是如何通过这些技术来理解母胎界面的复杂免疫环境	介绍了单细胞RNA测序与微流控技术结合，以及多色流式细胞术在识别新型细胞类型中的应用	生成的数据集具有极高的维度和大小，需要应用新的计算方法进行无偏分析	为生殖免疫学界提供关于复杂流式细胞术和RNA测序数据获取及分析的计算工具的概述和简要入门	母胎界面的免疫环境及其中的细胞类型	生殖免疫学	NA	单细胞RNA测序，多色流式细胞术	tSNE，SPADE，SPICE	细胞分辨率的数据	NA
20	2024-08-08	Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements 2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop) DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10 PMID:34632462	研究论文	本文提出了一种无监督流形对齐算法MMD-MA，用于整合来自同一细胞群体的不同测量数据	MMD-MA算法通过优化目标函数，将来自多个领域的单细胞数据点对齐到学习到的潜在空间中，无需任何跨数据模态的对应信息	NA	开发一种算法，能够整合多种单细胞测序技术数据	单细胞基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据	生物信息学	NA	单细胞测序	MMD-MA算法	基因表达数据、甲基化数据	涉及单细胞基因表达和甲基化数据的实际数据集