单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	A stochastic model of adult neurogenesis coupling cell cycle progression and differentiation 2019-08-21, Journal of theoretical biology IF:1.9Q3 DOI:10.1016/j.jtbi.2019.05.014 PMID:31128140	研究论文	本文开发了一个随机模型，研究神经干细胞（NSCs）细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响	本文首次提出并验证了神经干细胞细胞周期进展与分化之间的正向耦合关系对维持成年脑组织稳态的重要性	NA	研究神经干细胞细胞周期进展与分化之间的耦合对成年脑组织稳态的影响	神经干细胞（NSCs）及其在成年脑组织稳态中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	随机模型	基因表达数据	NA
62	2024-08-09	Inferring the Evolution and Progression of Small-Cell Lung Cancer by Single-Cell Sequencing of Circulating Tumor Cells 2019-08-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-18-3571 PMID:31113842	研究论文	本研究通过单细胞测序循环肿瘤细胞（CTC）来推断小细胞肺癌（SCLC）的演变和进展	建立了基于单个CTC的10-CNA评分作为SCLC患者初始化疗结果的分类器，并展示了CTC中单细胞测序在SCLC中的应用潜力	NA	探讨单细胞测序CTC作为推断SCLC演变和进展方法的适用性	小细胞肺癌患者及其循环肿瘤细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	细胞	48名连续诊断的小细胞肺癌患者
63	2024-08-09	Aging Human Hematopoietic Stem Cells Manifest Profound Epigenetic Reprogramming of Enhancers That May Predispose to Leukemia 2019-08, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1474 PMID:31085557	研究论文	研究揭示了人类造血干细胞随着年龄增长出现的表观遗传重编程现象，这种重编程可能增加患白血病的风险	首次综合分析了人类正常衰老过程中造血干细胞的表观基因组和转录组变化，特别是单细胞RNA测序的应用	NA	探讨年龄相关的造血干细胞表观遗传重编程及其与白血病风险的关联	人类造血干细胞的表观遗传和转录组变化	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	涉及4,646个活跃增强子、3,091个双价启动子以及多个表观遗传修饰因子和关键造血转录因子
64	2024-08-09	RNA-seq in Skeletal Biology 2019-08, Current osteoporosis reports IF:4.2Q1 DOI:10.1007/s11914-019-00517-x PMID:31093870	综述	本文综述了最先进的转录组分析方法及其在骨骼生物学领域的最新应用	介绍了单细胞RNA测序等先进技术在识别骨骼组织中新细胞类型的应用	NA	综述转录组分析方法在骨骼生物学中的应用	骨骼生物学中的基因和转录因子	NA	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	小动物模型、大动物模型、人类组织和细胞
65	2024-08-09	Childhood cerebellar tumours mirror conserved fetal transcriptional programs 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1158-7 PMID:31043743	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了超过60,000个来自发育中鼠小脑的细胞，发现不同分子亚型的儿童小脑肿瘤与特定时间限制的小脑谱系细胞的转录模式相似	首次通过单细胞转录组学揭示了儿童小脑肿瘤与胎儿小脑细胞转录程序的相似性	NA	探讨小脑肿瘤的起源和发展机制	小脑肿瘤及其与胎儿小脑细胞的关系	数字病理学	儿童疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	超过60,000个细胞
66	2024-08-09	High-throughput single-cell sequencing of paired TCRα and TCRβ genes for the direct expression-cloning and functional analysis of murine T-cell receptors 2019-08, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.201848030 PMID:31017295	研究论文	本文介绍了一种高通量策略，用于从初级小鼠T细胞中无偏差地扩增和自动序列分析配对的TCRα和TCRβ基因	该平台能够在单细胞水平上连接细胞表型和TCR基因序列信息，并通过高效克隆两个基因和生成稳定表达TCR的细胞系，实现直接功能分析	NA	确定小鼠T细胞受体库的多样性和质量	小鼠T细胞的TCRα和TCRβ基因	NA	NA	单细胞测序	NA	DNA序列	初级小鼠T细胞
67	2024-08-09	Beyond bulk: a review of single cell transcriptomics methodologies and applications 2019-08, Current opinion in biotechnology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.copbio.2019.03.001 PMID:30978643	综述	本文综述了单细胞转录组测序（scRNA-seq）的方法学及其在脑和中枢神经系统（CNS）研究中的应用	scRNA-seq技术作为神经科学、计算生物学和系统生物学之间的桥梁，提供了对脑和CNS细胞组成的全新无偏见理解	单细胞分辨率的基因表达数据通常具有噪声大、稀疏性和高维度的特点，给数据的计算分析带来了挑战	综述scRNA-seq的基本样本准备和数据分析流程，并提供分析和可视化这些数据的比较视角	脑和中枢神经系统（CNS）的单细胞转录组	计算生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
68	2024-08-09	Single-Cell Genomics 2019-08, Clinical chemistry IF:7.1Q1 DOI:10.1373/clinchem.2017.283895 PMID:30872376	综述	本文综述了单细胞基因组学的当前状态，并描述了其在临床研究和医学应用中的机会	单细胞基因组学技术的发展提高了可靠性和商业化单细胞分离平台的开发，为临床实验室应用开辟了潜力	NA	探讨单细胞基因组学在细胞异质性和分子特征识别中的应用	单细胞基因组学技术及其在多个生物学领域的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
69	2024-08-09	Growth Plate Borderline Chondrocytes Behave as Transient Mesenchymal Precursor Cells 2019-08, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.3719 PMID:30888720	研究论文	本文研究了生长板边缘软骨细胞在体内作为短暂间充质前体细胞的行为，特别是它们转化为成骨细胞和骨髓基质细胞的过程。	首次揭示了生长板边缘软骨细胞在体内转化为成骨细胞和骨髓基质细胞的命运，并展示了这些细胞在成年后显著减少的现象。	NA	探讨生长板边缘软骨细胞在体内的细胞命运及其在成骨和骨髓基质细胞生成中的作用。	生长板边缘软骨细胞及其在体内的转化过程。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	Col2a1-creER标记的新生软骨细胞的亚群
70	2024-08-09	Compartmentalized distributions of neuronal and glial cell-surface proteins pattern the synaptic network 2019-08, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2019.01.025 PMID:30826628	research paper	本文总结了近期研究发现，表明来自神经元和胶质的细胞表面蛋白相互作用并协作，控制特定突触的连接性、结构和功能	本文强调了胶质细胞表面蛋白在塑造突触连接中的重要作用，这是以往研究中较少关注的	NA	探讨神经元和胶质细胞表面蛋白如何共同影响突触网络的模式	神经元和胶质细胞的细胞表面蛋白及其在突触连接中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
71	2024-08-09	Single-cell expression noise and gene-body methylation in Arabidopsis thaliana 2019-08, Heredity IF:3.1Q2 DOI:10.1038/s41437-018-0181-z PMID:30651589	研究论文	研究探讨了拟南芥中基因体甲基化（gbM）与单细胞表达噪声之间的关系	首次在拟南芥中研究gbM与表达噪声的关联，并发现gbM基因在单细胞样本中表达更一致	分析协方差后发现，考虑其他基因组特征时，gbM与表达噪声的关联消失	探究gbM是否与拟南芥中降低表达噪声有关	拟南芥中的基因体甲基化及其对表达噪声的影响	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	根静止中心细胞的单细胞样本
72	2024-08-09	Single-cell RNA-seq interpretations using evolutionary multiobjective ensemble pruning 2019-08-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1056 PMID:30596898	研究论文	本文提出了一种进化多目标集成剪枝算法（EMEP），用于解决单细胞RNA测序数据分析中的实验噪声、数值不稳定、高维度和计算可扩展性等问题	EMEP算法通过无监督降维和多目标优化，动态选择合适的聚类结果，提高了细胞类型发现的性能	NA	开发一种新的计算方法，以克服现有单细胞RNA测序数据分析方法的局限性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	进化多目标优化	基因表达数据	55个模拟数据集和7个真实单细胞RNA测序数据集，包括一个大规模数据集，包含3005个细胞和4412个基因
73	2024-08-09	Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)-a gene filtering algorithm for single-cell RNA-seq data 2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1016 PMID:30535000	研究论文	本文提出了一种名为Optimal Gene Filtering for Single-Cell data (OGFSC)的新算法，用于构建基于基因表达水平和相应方差的阈值曲线，以有效减少单细胞RNA-seq数据中的技术噪声	OGFSC算法通过构建基于基因表达水平和方差的阈值曲线，避免了传统固定阈值方法导致的过度严格或不足严格错误	NA	旨在提高单细胞RNA-seq数据中差异表达基因和细胞群的精确识别	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	多个模拟和已发表的实验数据集
74	2024-08-09	DensityPath: an algorithm to visualize and reconstruct cell state-transition path on density landscape for single-cell RNA sequencing data 2019-08-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1009 PMID:30535348	研究论文	提出了一种名为DensityPath的算法，用于在单细胞RNA测序数据的密度景观上可视化和重建细胞状态转换路径	DensityPath算法通过采用弹性嵌入的非线性降维方法，揭示数据内在结构，并从单细胞多模态密度景观中提取高密度水平集簇的拓扑特征，重建细胞状态转换的最优路径	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中细胞发育轨迹的可视化和重建问题	单细胞RNA测序数据中的细胞发育轨迹	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	弹性嵌入	单细胞RNA测序数据	NA