单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 74 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
Gene expression atlas of a developing tissue by single cell expression correlation analysis
2019-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0492-x
PMID:31363221
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和基于基因表达相关性的分析方法，构建了果蝇翅盘组织的基因表达图谱 | 开发了一种基于基因表达相关性的scRNA-seq数据分析方法，能够计算翅盘组织中所有检测到的基因的表达图谱，并发现具有空间限制表达模式的824个基因 | NA | 构建果蝇翅盘组织的完整基因表达图谱，并发现新的基因及其功能 | 果蝇翅盘组织的基因表达模式及其功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 824个具有空间限制表达模式的基因 |
| 42 | 2024-08-09 |
A Single-Cell Window into Pancreas Cancer Fibroblast Heterogeneity
2019-Aug, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0576
PMID:31371323
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术解析了胰腺导管腺癌中的癌症相关成纤维细胞（CAF）异质性，并识别了一种新的抗原呈递CAF群体 | 本文首次识别了一种新的抗原呈递CAF群体 | NA | 解析胰腺导管腺癌中CAF的异质性 | 癌症相关成纤维细胞（CAF） | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 43 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis of cardiogenesis reveals basis for organ-level developmental defects
2019-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1414-x
PMID:31341279
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析心脏发育过程中的早期心脏祖细胞，揭示了特定细胞亚群失调如何导致灾难性后果 | 首次揭示了Hand2在心脏发育中的具体作用，特别是在流出道的指定和右心室的形成中的作用 | NA | 揭示心脏发育过程中特定细胞亚群失调的分子机制 | 心脏祖细胞在正常和异常心脏发育过程中的转录变化 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 单细胞RNA测序 | 网络基础计算方法 | 转录组 | NA |
| 44 | 2024-08-09 |
Resolving medulloblastoma cellular architecture by single-cell genomics
2019-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1434-6
PMID:31341285
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学研究了25例跨越所有分子亚组的髓母细胞瘤的肿瘤内和肿瘤间异质性 | 首次通过单细胞转录组学揭示了髓母细胞瘤不同分子亚组间的细胞多样性及其与生物学和临床行为的关联 | NA | 探究髓母细胞瘤细胞多样性与其生物学和临床行为的关系 | 髓母细胞瘤的不同分子亚组 | 数字病理学 | 儿童脑肿瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 25例髓母细胞瘤样本 |
| 45 | 2024-08-09 |
Atheroprotective roles of smooth muscle cell phenotypic modulation and the TCF21 disease gene as revealed by single-cell analysis
2019-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-019-0512-5
PMID:31359001
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，全面描述了在动脉粥样硬化病变中体内调节的血管平滑肌细胞的转录组表型，并探讨了TCF21基因在冠状动脉疾病风险中的作用。 | 首次揭示了在动脉粥样硬化中，血管平滑肌细胞转化为独特的纤维母细胞样细胞（称为'纤维肌细胞'），而不是经典的巨噬细胞表型，并证明了TCF21基因在抑制血管平滑肌细胞表型调节中的保护作用。 | NA | 研究血管平滑肌细胞表型调节及其在动脉粥样硬化中的作用，以及TCF21基因在冠状动脉疾病风险中的影响。 | 血管平滑肌细胞、TCF21基因、动脉粥样硬化病变、冠状动脉疾病风险。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 小鼠和人类的动脉粥样硬化病变样本 |
| 46 | 2024-08-09 |
Spatiotemporal Gene Coexpression and Regulation in Mouse Cardiomyocytes of Early Cardiac Morphogenesis
2019-08-06, Journal of the American Heart Association
IF:5.0Q1
DOI:10.1161/JAHA.119.012941
PMID:31322043
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研究论文 | 本文通过构建基因共表达网络，利用单细胞RNA测序数据，研究了小鼠心肌细胞在心脏形态发生早期阶段的时空基因共表达和调控 | 本文发现了许多已知和新的重要转录因子及其调控的分子信号通路，这些通路在心脏环化过程中时空上活跃 | NA | 研究心脏形态发生早期阶段信号通路、转录因子和遗传网络的相互作用 | 小鼠心肌细胞在心脏形态发生早期阶段的基因共表达和调控 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因共表达网络 | 多个解剖区域和发育阶段的小鼠心肌细胞 |
| 47 | 2024-08-09 |
Joint analysis of heterogeneous single-cell RNA-seq dataset collections
2019-08, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0466-z
PMID:31308548
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研究论文 | 本文开发了一种名为Conos的方法，用于分析异质性单细胞RNA测序数据集集合，通过构建全局图来连接所有测量的细胞，以识别复发性细胞亚群并跨数据集传播信息 | Conos方法通过多个可能的样本间映射构建全局图，能够识别复发性细胞集群并跨数据集传播信息 | NA | 开发一种方法来分析包含多个个体、条件或组织的异质性单细胞RNA测序数据集集合 | 异质性单细胞RNA测序数据集集合 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 图模型 | RNA测序数据 | 多个个体、条件或组织的细胞样本 |
| 48 | 2024-08-09 |
Uncovering the mouse olfactory long non-coding transcriptome with a novel machine-learning model
2019-Aug-01, DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
IF:3.9Q1
DOI:10.1093/dnares/dsz015
PMID:31321403
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研究论文 | 本研究利用计算机模拟和体外实验方法，揭示了小鼠嗅觉感觉上皮中的长非编码RNA（lncRNA）的全面目录，并研究了它们在小鼠嗅觉器官中的表达 | 本研究采用了一种新颖的机器学习lncRNA分类器，发现了数百种已注释和未注释的lncRNA | NA | 解码哺乳动物嗅觉感觉上皮中的非编码转录组，探讨lncRNA在嗅觉分化和嗅觉受体基因选择中的作用 | 小鼠嗅觉感觉上皮中的长非编码RNA（lncRNA） | 机器学习 | NA | RNA测序 | 机器学习模型 | RNA序列数据 | 数百种已注释和未注释的lncRNA，以及成熟的嗅觉神经元和祖细胞 |
| 49 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing profiling of the effects of aging on alveolar stem cells
2019-Aug, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-019-9583-9
PMID:31321669
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了3个月和12个月龄小鼠的肺泡干细胞，以研究衰老对肺泡干细胞的影响 | 首次详细描述了衰老对肺泡干细胞在稳态和损伤后修复过程中的影响 | 研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类 | 探讨衰老对肺泡干细胞的影响及其与慢性肺疾病的关系 | 3个月和12个月龄小鼠的肺泡干细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 3个月和12个月龄的小鼠 |
| 50 | 2024-08-09 |
Generation of Quiescent Cardiac Fibroblasts From Human Induced Pluripotent Stem Cells for In Vitro Modeling of Cardiac Fibrosis
2019-08-16, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315491
PMID:31288631
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞转录组数据，开发了一种从人诱导多能干细胞生成静息态心脏成纤维细胞的方法，用于体外模拟心脏纤维化 | 本研究首次开发了一种化学定义明确的协议，从人诱导多能干细胞生成静息态心脏成纤维细胞，并验证了其在转录、细胞和功能水平上与原代心脏成纤维细胞的高度相似性 | NA | 定义组织特异性成纤维细胞的转录组特征，并开发一种从人诱导多能干细胞生成心脏成纤维细胞的方法，用于体外模拟心脏纤维化和药物筛选 | 心脏成纤维细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 10种不同的小鼠组织中的成纤维细胞 |
| 51 | 2024-08-09 |
A human liver cell atlas reveals heterogeneity and epithelial progenitors
2019-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1373-2
PMID:31292543
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了人类肝脏细胞图谱，揭示了肝脏细胞的异质性和上皮祖细胞的存在 | 发现了先前未知的内皮细胞、库普弗细胞和肝细胞亚型，并展示了EPCAM群体的异质性及其形成双能肝脏类器官的潜力 | NA | 揭示正常和疾病状态下肝脏细胞的组成和特性 | 人类肝脏细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约10,000个细胞来自9名正常肝脏组织的人类供体 |
| 52 | 2024-08-09 |
Nondestructive Identification and Accurate Isolation of Single Cells through a Chip with Raman Optical Tweezers
2019-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.9b01604
PMID:31251569
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研究论文 | 本文设计了一种利用拉曼光学镊子（ROT）的芯片，用于非破坏性地识别和精确隔离特定单个细胞 | 该平台能够进一步结合其他单细胞技术，如单细胞测序，成为一种多角度的单细胞分析方法 | NA | 开发一种新的芯片技术，用于单细胞的识别和隔离 | 胃癌细胞BGC823、红细胞、淋巴细胞等不同类型的细胞 | 生物技术 | 胃癌 | 拉曼光学镊子（ROT） | NA | 细胞 | 四种不同类型的细胞，包括胃癌细胞BGC823、红细胞、淋巴细胞等 |
| 53 | 2024-08-09 |
De novo prediction of cell-type complexity in single-cell RNA-seq and tumor microenvironments
2019-08, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.201900443
PMID:31266885
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据分析方法，用于无监督预测细胞类型复杂度和肿瘤微环境中的异质性深度 | 本文引入了一种结合非负矩阵分解和贝叶斯模型比较的方法，无需使用经验参数或间接质量指标即可直接评估样本中子群的数量 | NA | 开发一种新的算法，用于准确预测单细胞RNA测序数据中的细胞类型复杂度和肿瘤微环境中的异质性 | 单细胞RNA测序数据和肿瘤微环境中的细胞类型异质性 | 生物信息学 | 肿瘤学 | 非负矩阵分解 | 贝叶斯模型比较 | 单细胞RNA测序数据 | 包括模拟数据、初级血液单核细胞和胰腺细胞数据以及一系列单细胞肿瘤样本 |
| 54 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Chemotaxis-Mediated Intraorgan Crosstalk During Cardiogenesis
2019-08-02, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.119.315243
PMID:31221018
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了心脏发育过程中不同心脏前体细胞（CP）分化层次的全景图，并探讨了化学趋化介导的器官内对话在心脏形成中的作用 | 首次展示了心脏前体细胞在不同胚胎发育阶段的单细胞转录组全景图，并揭示了化学趋化因子在心脏发育中的关键作用 | NA | 探讨心脏发育过程中器官内通信如何控制心脏不同解剖区域的顺序构建 | 心脏前体细胞（CP）的分化过程及其在心脏发育中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 胚胎发育不同阶段的Nkx2-5和Isl1谱系细胞 |
| 55 | 2024-08-09 |
Characteristics of Waldenström Macroglobulinemia in Korean Patients According to Mutational Status of MYD88 and CXCR4: Analysis Using Ultra-Deep Sequencing
2019-08, Clinical lymphoma, myeloma & leukemia
DOI:10.1016/j.clml.2019.03.009
PMID:31221512
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研究论文 | 本研究探讨了韩国Waldenström巨球蛋白血症（WM）患者中MYD88和CXCR4突变状态的特征，并使用超深度测序技术进行了分析。 | 本研究首次在亚洲WM患者中详细分析了MYD88和CXCR4的突变频率及其临床特征，并使用超深度测序技术检测了Sanger测序无法检测到的CXCR4突变。 | 研究样本量较小，仅包括31名患者，可能影响结果的普遍性。 | 研究韩国WM患者中MYD88和CXCR4突变状态的特征，并探讨这些突变对疾病的影响。 | 研究对象为韩国WM患者，重点关注MYD88和CXCR4的突变状态及其对疾病特征的影响。 | 数字病理学 | Waldenström巨球蛋白血症 | 超深度测序 | NA | DNA序列 | 31名患者 |
| 56 | 2024-08-09 |
Enhancement of LIN28B-induced hematopoietic reprogramming by IGF2BP3
2019-08-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.325100.119
PMID:31221665
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和蛋白质组学分析，研究了Lin28b和Igf2bp3在诱导成人造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向胎儿模式重编程中的相互作用和机制 | 发现Lin28b和Igf2bp3共同表达能更有效地在体内重新激活胎儿样B细胞发育，形成一个自调节环，稳定数千个mRNA | NA | 探索Lin28b和Igf2bp3在重编程成人HSPCs向胎儿模式中的作用，以及这种重编程方法在基础研究和临床应用中的潜力 | 成人造血干细胞和祖细胞（HSPCs） | 生物学 | 血液疾病 | 单细胞RNA测序，蛋白质组学 | NA | RNA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Prolactin receptor expression in mouse dorsal root ganglia neuronal subtypes is sex-dependent
2019-08, Journal of neuroendocrinology
IF:3.3Q2
DOI:10.1111/jne.12759
PMID:31231869
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研究论文 | 研究探讨了催乳素受体（Prlr）在雌性和雄性小鼠背根神经节（DRG）感觉神经元中的表达及其性别依赖性 | 提出了感觉神经元类型依赖的Prlr表达可能是解释痛觉感受器对催乳素反应性别二态性的新机制 | NA | 旨在确定感觉神经元中性别依赖的催乳素敏感性的机制 | 雌性和雄性小鼠背根神经节中的感觉神经元 | NA | NA | 定量逆转录聚合酶链反应，免疫组织化学和电生理学 | NA | 单细胞测序数据 | 雌性和雄性小鼠的背根神经节样本 |
| 58 | 2024-08-09 |
Detachable Acoustophoretic System for Fluorescence-Activated Sorting at the Single-Droplet Level
2019-08-06, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.9b01708
PMID:31179691
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研究论文 | 本文介绍了一种新型荧光激活液滴分选系统，利用高聚焦表面声波实现单细胞液滴的高精度、高产量分离 | 该系统采用可拆卸的声波分选技术，通过微柱波导结构将声波局部耦合到微流控通道中，实现了单细胞液滴的快速准确分离，并避免了交叉污染 | NA | 开发一种能够高效、高精度分离单细胞液滴的新技术，以满足高通量分析的需求 | 单细胞液滴的分选 | 微流控技术 | NA | 表面声波（HFSAW） | NA | 液滴 | 三种不同封装内容的单细胞液滴，分选速率约为1 kHz，纯度高于90% |
| 59 | 2024-08-09 |
Cross-Species Single-Cell Analysis of Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Reveals Antigen-Presenting Cancer-Associated Fibroblasts
2019-08, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-19-0094
PMID:31197017
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研究论文 | 本文通过跨物种的单细胞RNA测序分析，深入研究了人鼠胰腺导管腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞（CAF）及其在肿瘤微环境中的作用 | 本文发现并定义了一类新的表达MHC II类分子和CD74的CAF亚型，即抗原呈递CAF，这些细胞能够在模型系统中以抗原特异性的方式激活CD4 T细胞 | NA | 研究胰腺导管腺癌中肿瘤相关成纤维细胞的异质性及其在肿瘤免疫和进展中的作用 | 人鼠胰腺导管腺癌中的肿瘤相关成纤维细胞及其亚型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及人和鼠的胰腺导管腺癌肿瘤样本 |
| 60 | 2024-08-09 |
Single-molecule long-read sequencing reveals the chromatin basis of gene expression
2019-08, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.251116.119
PMID:31201211
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研究论文 | 本文介绍了一种新的实验方法MeSMLR-seq，用于在单分子水平上进行长程核小体和染色质可及性的映射 | MeSMLR-seq方法能够直接测量单个DNA分子上的核小体占据和核小体排除区域，这在现有方法中是具有挑战性的 | NA | 研究染色质可及性与基因转录之间的正相关关系，并探索在转录重编程过程中相邻基因的染色质变化 | 单细胞水平上的长程核小体和染色质可及性 | 基因组学 | NA | 单分子长读序列(MeSMLR-seq) | NA | DNA序列 | 多达356个核小体的单细胞酵母DNA分子 |