单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Reconstructing B-cell receptor sequences from short-read single-cell RNA sequencing with BRAPeS 2019-08, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.201900371 PMID:31451449	研究论文	本文介绍了一种名为BRAPeS的算法，用于从短读长配对端单细胞RNA测序数据中重建B细胞受体序列	BRAPeS算法能够在非常短的读长（25 bp）下准确重建B细胞受体序列，降低了成本并增加了可分析的细胞数量	NA	开发一种算法以从短读长单细胞RNA测序数据中重建B细胞受体序列	B细胞受体序列	生物信息学	NA	RNA测序	算法	RNA序列	单个B细胞
22	2024-08-09	Aging promotes reorganization of the CD4 T cell landscape toward extreme regulatory and effector phenotypes 2019-08, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aaw8330 PMID:31457092	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和多维蛋白质分析，揭示了年龄对CD4 T细胞景观的重塑，特别是极端调节性和效应性表型的积累。	首次详细描述了随着年龄增长，CD4 T细胞亚群的显著变化，特别是耗竭、细胞毒性和激活的调节T细胞（aT）的积累。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨年龄相关CD4 T细胞功能变化及其与慢性炎症和免疫下降的关系。	CD4 T细胞的功能和表型变化。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	蛋白质分析	数千个CD4 T细胞，来自年轻和老年小鼠
23	2024-08-09	PanoView: An iterative clustering method for single-cell RNA sequencing data 2019-08, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007040 PMID:31469823	研究论文	本文介绍了一种名为PanoView的迭代聚类方法，用于单细胞RNA测序数据分析	PanoView方法集成了基于密度的聚类算法OLMC，通过启发式方法估计所需参数，无需调整参数即可同时检测主要和稀有细胞类型	NA	开发一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	OLMC	单细胞RNA测序数据	小鼠胚胎下丘脑的单细胞RNA测序数据
24	2024-08-09	Stochastic cell-cycle entry and cell-state-dependent fate outputs of injury-reactivated tectal radial glia in zebrafish 2019-08-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.48660 PMID:31442201	研究论文	本研究探讨了斑马鱼视顶盖中受伤后重新激活的放射状胶质细胞（RG）的细胞周期进入和细胞状态依赖的命运输出	发现了受伤后重新激活的RG在细胞周期进入中的随机性，并揭示了Notch/Delta侧向抑制在这一过程中的作用	NA	研究中枢神经系统（CNS）受伤后胶质细胞的增殖和命运控制	斑马鱼视顶盖中的放射状胶质细胞（RG）	神经科学	NA	单细胞RNA测序分析	NA	RNA序列	NA
25	2024-08-09	Single-cell profiling guided combinatorial immunotherapy for fast-evolving CDK4/6 inhibitor-resistant HER2-positive breast cancer 2019-08-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11729-1 PMID:31444334	研究论文	本研究通过单细胞分析技术，探索了针对快速进化的CDK4/6抑制剂耐药的HER2阳性乳腺癌的组合免疫治疗策略	本研究首次揭示了耐药肿瘤中免疫抑制性未成熟骨髓细胞（IMC）的浸润，并证明了IMC靶向酪氨酸激酶抑制剂和免疫检查点阻断的组合能增强抗肿瘤免疫并克服耐药性	NA	旨在通过前临床模型和单细胞分析，寻找针对快速进化的CDK4/6抑制剂耐药肿瘤的治疗策略	CDK4/6抑制剂耐药的HER2阳性乳腺癌	数字病理学	乳腺癌	单细胞分析	NA	单细胞转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
26	2024-08-09	An elastic-net logistic regression approach to generate classifiers and gene signatures for types of immune cells and T helper cell subsets 2019-Aug-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2994-z PMID:31438843	研究论文	本文使用弹性网逻辑回归方法构建了针对十种不同类型免疫细胞和五种T辅助细胞亚群的分类器，并开发了相应的基因签名	利用机器学习方法从高维转录组数据中提取信息基因签名，并成功应用于未注释细胞类型的分类	NA	开发能够预测疾病中宿主免疫反应程度和功能导向的分类器	不同类型的免疫细胞和T辅助细胞亚群	机器学习	癌症	RNA-seq	弹性网逻辑回归	RNA-seq数据	使用了单细胞RNA-seq（scRNA-seq）数据集进行验证
27	2024-08-09	Single-cell transcriptional profiling reveals the heterogenicity in colorectal cancer 2019-Aug, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000016916 PMID:31441872	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析结直肠癌患者的癌细胞，揭示了其细胞异质性	首次通过单细胞RNA测序技术全面分析结直肠癌的细胞异质性，提供了对癌细胞群中不同细胞类型的无偏见分析	研究仅基于单一结直肠癌患者的样本，可能限制了结果的普遍性	揭示结直肠癌的细胞异质性，并为后续研究提供深入见解	结直肠癌患者的癌细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	2824个细胞
28	2024-08-09	Single-cell RNA-seq identifies a reversible mesodermal activation in abnormally specified epithelia of p63 EEC syndrome 2019-08-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1908180116 PMID:31413199	研究论文	本研究利用人诱导多能干细胞（iPSCs）建立了表皮分化模型，并分析了p63突变导致的EEC综合征患者iPSCs的分化缺陷	首次揭示了p63突变导致的表皮分化缺陷可以通过抑制中胚层诱导来逆转	NA	探究p63突变导致的表皮分化缺陷的细胞和分子机制，并寻找潜在的治疗策略	p63突变导致的EEC综合征患者iPSCs的分化缺陷	数字病理学	发育障碍	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
29	2024-08-09	Dissecting the heterogeneity of DENV vaccine-elicited cellular immunity using single-cell RNA sequencing and metabolic profiling 2019-08-14, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11634-7 PMID:31413301	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和代谢分析技术，探讨登革病毒疫苗引发的细胞免疫异质性	首次通过单细胞RNA测序和TCR克隆型纵向分析，识别出急性激活和克隆扩增的T细胞特有的转录特征，这些特征与记忆前体CD8 T细胞的持久性相关	NA	揭示登革病毒疫苗引发的T细胞免疫的分子机制	登革病毒疫苗引发的T细胞免疫	疫苗学	登革热	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
30	2024-08-09	m6A RNA Methylation Maintains Hematopoietic Stem Cell Identity and Symmetric Commitment 2019-08-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.07.032 PMID:31412241	研究论文	本研究探讨了m6A RNA甲基化在维持造血干细胞身份和对称分化中的作用	首次揭示了m6A RNA甲基化在控制造血干细胞对称分化中的具体机制	NA	研究m6A RNA甲基化如何影响造血干细胞的对称分化	造血干细胞及其对称分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自对照组和Mettl3条件敲除小鼠的造血干细胞和祖细胞
31	2024-08-09	BERMUDA: a novel deep transfer learning method for single-cell RNA sequencing batch correction reveals hidden high-resolution cellular subtypes 2019-08-12, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1764-6 PMID:31405383	研究论文	本文介绍了一种名为BERMUDA的新型深度迁移学习方法，用于单细胞RNA测序数据的批次效应校正，揭示了隐藏的高分辨率细胞亚型	BERMUDA通过深度自编码器基于迁移学习的方法，有效结合不同批次的scRNA-seq数据，增强生物信号	NA	利用单细胞RNA测序技术识别细胞谱系和真实转录信号，通过整合多实验数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	深度自编码器	基因表达数据	多个模拟和真实scRNA-seq数据集
32	2024-08-09	Biological Significance of Tumor Heterogeneity in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2019-Aug-12, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11081156 PMID:31409002	综述	本文综述了食管鳞状细胞癌（ESCC）的肿瘤异质性及其分子特征，重点讨论了基因组异常及其对癌症进化轨迹的功能贡献	介绍了单细胞测序和三维类器官等新型实验工具在理解肿瘤异质性方面的应用	NA	探讨肿瘤异质性的机制及其在开发食管鳞状细胞癌精准治疗中的潜力	食管鳞状细胞癌的肿瘤异质性	数字病理学	食管癌	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
33	2024-08-09	Mono- and multi-nucleated ventricular cardiomyocytes constitute a transcriptionally homogenous cell population 2019-08-09, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-019-0744-z PMID:31399804	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了单核和多核成年心肌细胞的转录组特征，并探讨了在压力诱导的心脏肥大条件下心肌细胞的异质性	首次揭示了单核和多核心肌细胞在转录水平上的高度相似性，并阐明了心脏肥大过程中由于血管生长不均导致的细胞异质性	研究中非图像质量控制允许包含受损心肌细胞，导致人工细胞簇的形成，表明需要严格的排除标准	确定单核和多核成年心肌细胞的转录组特征，并研究在基础条件和压力诱导的心脏肥大中心肌细胞的异质性	单核和多核成年心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自健康和肥大心脏的单核和多核心肌细胞
34	2024-08-09	High-dimensional analysis reveals a pathogenic role of inflammatory monocytes in experimental diffuse alveolar hemorrhage 2019-08-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.129703 PMID:31391335	研究论文	本文通过高维分析揭示了炎症性单核细胞在实验性弥漫性肺泡出血中的致病作用	首次通过高维分析和单细胞RNA测序揭示了炎症性单核细胞在弥漫性肺泡出血中的关键作用，并发现干扰素调节因子8在疾病发展中的重要性	NA	探究弥漫性肺泡出血的病理生理机制及潜在治疗靶点	炎症性单核细胞在弥漫性肺泡出血中的作用	数字病理学	系统性红斑狼疮相关并发症	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	使用小鼠模型进行研究
35	2024-08-09	Landscape of Intercellular Crosstalk in Healthy and NASH Liver Revealed by Single-Cell Secretome Gene Analysis 2019-08-08, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.07.028 PMID:31398325	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了健康和非酒精性脂肪肝（NASH）小鼠肝脏中非实质细胞的细胞间通讯网络	揭示了肝脏中细胞间信号传递的全局景观，并发现了NASH相关巨噬细胞（NAMs）和肝星状细胞（HSCs）在疾病中的新作用	NA	阐明健康和NASH状态下肝脏细胞间通讯的全球景观	健康和NASH小鼠肝脏中的非实质细胞	数字病理学	非酒精性脂肪肝	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	健康和NASH小鼠肝脏样本
36	2024-08-09	Locally renewing resident synovial macrophages provide a protective barrier for the joint 2019-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1471-1 PMID:31391580	研究论文	本文通过命运图谱、三维光片荧光显微镜和单细胞RNA测序技术，全面分析了健康和炎症关节中巨噬细胞亚群的组成、起源和分化，并研究了这些巨噬细胞在关节炎中的作用	发现了一种由CXCR1组织驻留巨噬细胞组成的动态膜状结构，这些巨噬细胞在滑膜衬里形成内部免疫屏障，通过紧密连接介导的盾牌限制炎症反应	NA	研究巨噬细胞在炎症性关节疾病中的确切起源和作用	健康和炎症关节中的巨噬细胞亚群	NA	风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
37	2024-08-09	Single-Cell RNA Transcriptome Helps Define the Limbal/Corneal Epithelial Stem/Early Transit Amplifying Cells and How Autophagy Affects This Population 2019-08-01, Investigative ophthalmology & visual science IF:5.0Q1 DOI:10.1167/iovs.19-27656 PMID:31419300	research paper	利用单细胞RNA测序技术研究了野生型和自噬缺陷小鼠的角膜/结膜上皮干细胞及其早期过渡放大细胞，并探讨了自噬对这些细胞群体的影响	通过单细胞RNA测序技术，首次揭示了角膜/结膜上皮细胞的多个亚群及其分子特征，并发现了新的干细胞/早期过渡放大细胞调控因子	研究仅限于小鼠模型，未来需在人类样本中验证这些发现	探索角膜/结膜上皮干细胞及其早期过渡放大细胞的分子特征，并研究自噬对这些细胞群体的影响	野生型和自噬缺陷小鼠的角膜/结膜上皮细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	t-分布随机邻域嵌入	基因表达数据	野生型和beclin 1缺陷（beclin1+/-）小鼠的眼部前段组织
38	2024-08-09	SingleCellNet: A Computational Tool to Classify Single Cell RNA-Seq Data Across Platforms and Across Species 2019-08-28, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.06.004 PMID:31377170	研究论文	介绍了一种名为SingleCellNet的计算工具，用于跨平台和跨物种的单细胞RNA-seq数据分类	SingleCellNet能够定量地利用其他单细胞RNA-seq研究数据，提高了分类的敏感性和特异性，并能跨平台和跨物种进行分类	NA	开发一种新的工具来改进单细胞RNA-seq数据的分类	单细胞RNA-seq数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
39	2024-08-09	Immuno-PET identifies the myeloid compartment as a key contributor to the outcome of the antitumor response under PD-1 blockade 2019-08-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1905005116 PMID:31375632	研究论文	研究使用免疫正电子发射断层扫描（immuno-PET）和单细胞RNA测序技术，探讨了PD-1阻断治疗下MC38结肠直肠小鼠腺癌模型中肿瘤内CD8 T细胞和CD11b髓系细胞的动态分布及其与治疗反应的关系	首次通过immuno-PET和单细胞RNA测序技术，揭示了PD-1阻断治疗对肿瘤内髓系细胞的影响，并发现CD11b髓系细胞的分布变化可作为评估抗PD-1治疗效果的生物标志物	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类患者中验证这些发现	探讨PD-1阻断治疗对肿瘤内免疫细胞分布的影响及其与治疗反应的关系	MC38结肠直肠小鼠腺癌模型中的CD8 T细胞和CD11b髓系细胞	数字病理学	结肠直肠癌	免疫正电子发射断层扫描（immuno-PET），单细胞RNA测序	NA	图像，RNA	小鼠模型中的肿瘤样本
40	2024-08-09	Circulating Tumour Cell Biomarkers in Head and Neck Cancer: Current Progress and Future Prospects 2019-Aug-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers11081115 PMID:31387228	综述	本文综述了头颈癌中循环肿瘤细胞（CTCs）作为生物标志物的当前进展和未来前景	介绍了微流控技术在CTC分离中的应用，以及单细胞测序在识别可操作突变和基因表达特征中的潜力	CTC分离方法的标准化和下游分析仍是一个主要障碍	探讨CTC作为生物标志物在头颈癌治疗决策中的应用，以改善患者预后并实现个性化治疗	头颈癌中的循环肿瘤细胞及其生物标志物	数字病理学	头颈癌	微流控技术，单细胞测序	NA	细胞	NA