单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 88 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-09 |
Genetic mapping of cell type specificity for complex traits
2019-07-19, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11181-1
PMID:31324783
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研究论文 | 本文通过整合43个公开的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，提出了一种三步骤的工作流程，以克服批次效应，揭示复杂性状的细胞类型特异性 | 本文创新性地提出了一种三步骤的工作流程，通过条件分析在数据集内部和之间进行，以规避批次效应，从而更有效地整合多个scRNA-seq数据集 | NA | 揭示复杂性状的细胞类型特异性，并为后续的功能研究提供起点 | 26种复杂性状与细胞类型的独立关联 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 43个公开的scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-09 |
CellSIUS provides sensitive and specific detection of rare cell populations from complex single-cell RNA-seq data
2019-07-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1739-7
PMID:31315641
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研究论文 | 开发了CellSIUS算法，用于从复杂的单细胞RNA测序数据中敏感且特异性地检测稀有细胞群体 | CellSIUS在特定性和选择性方面优于现有算法，能够识别稀有细胞类型及其转录组特征 | NA | 填补单细胞RNA测序数据中稀有细胞群体识别的方法学空白 | 稀有细胞群体及其转录组特征 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及合成和复杂生物数据，具体样本数量未明确 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-09 |
NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells
2019-07-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11028-9
PMID:31316066
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研究论文 | 本文开发了一种新的转录组烷基化依赖性单细胞RNA测序方法（NASC-seq），用于同时监测单细胞中新合成的和预存的RNA | NASC-seq方法能够在单细胞水平上同时监测新合成的和预存的RNA，提供高灵敏度和高时间分辨率的转录动力学监测 | NA | 开发和验证一种新的单细胞RNA测序技术，以监测单细胞中的RNA合成 | 单细胞中的新合成和预存RNA | 基因组学 | NA | NASC-seq | NA | RNA | Jurkat T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-09 |
High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes
2019-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11049-4
PMID:31311926
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研究论文 | 本文结合靶向捕获和长读长测序技术，对T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）mRNA转录本进行测序，并与短读长转录组分析相结合，揭示淋巴细胞的克隆和转录景观。 | 本文采用Repertoire and Gene Expression by Sequencing (RAGE-Seq)技术，能够生成准确的完整抗原受体序列，推断B细胞克隆进化并识别替代剪接的BCR转录本。 | NA | 旨在克服传统单细胞RNA测序技术只能生成短读长限制，实现对高度多样性序列如抗原受体的重建。 | 研究对象为乳腺癌患者原发肿瘤和引流淋巴结中的淋巴细胞。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 靶向捕获和长读长测序 | NA | 转录组数据 | 7138个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-09 |
RESCUE: imputing dropout events in single-cell RNA-sequencing data
2019-Jul-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2977-0
PMID:31299886
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研究论文 | 本文介绍了一种名为RESCUE的计算方法，用于通过从具有相似模式的细胞中推断基因表达水平来缓解单细胞RNA测序数据中的丢失事件问题 | 采用基于集成的方法来减少特征选择偏差对插补的影响，与现有方法不同 | NA | 开发一种新的计算方法来解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件问题 | 单细胞RNA测序数据中的丢失事件 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成方法 | 基因表达数据 | 模拟和真实的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing in Cancer: Lessons Learned and Emerging Challenges
2019-07-11, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2019.05.003
PMID:31299208
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review | 本文综述了单细胞RNA测序技术在癌症研究中的应用，讨论了其带来的新见解和面临的挑战 | 单细胞RNA测序技术能够解析肿瘤中不同细胞类型的精确特征，这是传统批量基因组方法所无法实现的 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术在癌症生物学中的应用及其面临的挑战 | 人类肿瘤中的恶性细胞、免疫细胞和基质细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-09 |
Mapping Distinct Bone Marrow Niche Populations and Their Differentiation Paths
2019-07-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.06.031
PMID:31291568
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了骨髓非造血细胞的异质性及其分化路径 | 通过结合计算预测的细胞状态层次结构和已知的转录因子表达，本文绘制了成骨细胞、软骨细胞和脂肪细胞的分化路径 | NA | 解析骨髓微环境中独特的细胞亚群及其分化路径 | 骨髓中的非造血细胞及其分化路径 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-09 |
Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data
2019-Jul-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2952-9
PMID:31286861
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研究论文 | 本文介绍了一种通过专门训练的自动编码器从单细胞mRNA测序数据中解卷积生物调控模块的方法 | 该方法不仅能够泛化数据，还能分离出生物学上有意义的模块，这些模块编码在网络的表示层中 | NA | 探索通过自动编码器从单细胞mRNA测序数据中提取生物学上有意义的模块 | 单细胞mRNA测序数据中的生物调控模块 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 自动编码器 | mRNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-09 |
Accurate estimation of cell-type composition from gene expression data
2019-07-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10802-z
PMID:31278265
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研究论文 | 本文开发了一种新算法，用于从单细胞RNA测序衍生的细胞类型特征中估计批量数据的细胞类型组成 | 该方法比现有方法更准确和全面，特别是在估计稀有细胞类型方面，并能检测外部扰动下的细胞类型组成变化 | NA | 开发一种有效的方法从批量RNA测序数据中提取信息，以利用单细胞方法获得的新知识 | 批量RNA测序数据的细胞类型组成 | 基因表达 | NA | RNA测序 | 算法 | 基因表达数据 | 使用多种真实的RNA测序数据集进行比较 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of a European and an African lymphoblastoid cell line
2019-07-04, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-019-0116-4
PMID:31273215
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了来自欧洲和非洲血统女性的淋巴母细胞系GM12878和GM18502的基因表达 | 提供了高度均一细胞群体中单细胞基因表达的宝贵信息，并有助于开发数据标准化和批次效应校正的统计方法 | NA | 研究遗传变异对人类基因表达的影响 | 欧洲和非洲血统女性的淋巴母细胞系 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共包含7,045个GM12878细胞，5,189个GM18502细胞和5,820个混合细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq variant analysis for exploration of genetic heterogeneity in cancer
2019-07-02, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-45934-1
PMID:31267007
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研究论文 | 本文开发了一种方法，从单细胞RNA测序数据中提取和分析影响细胞生物学的遗传异质性信息 | 该方法能够基于单核苷酸变异的遗传变异对细胞进行比较和聚类，揭示了由基于基因表达的方法证实的细胞亚群 | 同时分析同一细胞中的DNA和RNA仍处于起步阶段 | 探索癌症中的遗传异质性 | 单细胞RNA测序数据中的遗传变异 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及淋巴结转移和胶质母细胞瘤患者的细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-09 |
Dissecting the transcriptome landscape of the human fetal neural retina and retinal pigment epithelium by single-cell RNA-seq analysis
2019-07, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3000365
PMID:31269016
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析人类胎儿神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的转录组景观 | 揭示了人类神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的时空基因表达网络，并识别了关键的转录因子和疾病相关基因 | NA | 阐明人类神经视网膜和视网膜色素上皮细胞的发育分子机制及其相互作用 | 人类胎儿神经视网膜和视网膜色素上皮细胞 | 数字病理学 | 遗传性视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 2,421个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-09 |
Single-cell analysis reveals T cell infiltration in old neurogenic niches
2019-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1362-5
PMID:31270459
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠神经发生微环境中的细胞变化 | 首次揭示了老年神经发生微环境中T细胞的浸润及其对神经干细胞增殖的抑制作用 | NA | 探究衰老过程中神经发生微环境的变化及其机制 | 小鼠的年轻和老年神经发生微环境 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 14,685个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Somatic mutations and cell identity linked by Genotyping of Transcriptomes
2019-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1367-0
PMID:31270458
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研究论文 | 本文开发了一种名为Genotyping of Transcriptomes (GoT)的方法，结合基因分型与高通量液滴单细胞RNA测序，用于研究体细胞突变如何影响人类造血过程 | GoT方法的创新之处在于能够将基因分型与单细胞RNA测序相结合，从而在缺乏表面标记的情况下定义恶性细胞的转录组身份 | NA | 研究体细胞突变如何影响人类造血过程 | 来自CALR突变骨髓增生性肿瘤患者的38,290个CD34细胞 | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 38,290个CD34细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells
2019-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1369-y
PMID:31292545
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研究论文 | 本文介绍了scSLAM-seq技术，该技术结合代谢RNA标记、生物化学核苷酸转换和单细胞RNA测序，能够区分单个细胞中数千个基因的新旧RNA，从而直接记录转录活性 | scSLAM-seq技术能够区分新旧RNA，揭示单细胞转录动力学的真实时间和随机性特征 | 传统的单细胞RNA测序方法只能提供基因表达的快照，且每个细胞的RNA只能分析一次 | 研究单细胞转录动力学的核心特征，并解释细胞间转录组异质性的原因 | 单细胞转录活性、细胞周期状态、感染剂量以及宿主基因表达的'开-关'切换和转录爆发动力学 | 单细胞RNA测序 | NA | scSLAM-seq | NA | RNA | 单个细胞中数千个基因 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
Comprehensive single-cell transcriptome lineages of a proto-vertebrate
2019-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1385-y
PMID:31292549
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研究论文 | 本文研究了原脊椎动物Ciona intestinalis的单细胞转录组谱系，涵盖从原肠胚形成到游泳蝌蚪的整个发育过程 | 首次为Ciona intestinalis的90,000多个细胞确定了单细胞转录组，并构建了虚拟细胞谱系图和临时基因网络 | NA | 探索原脊椎动物发育中的细胞谱系及其在进化上的起源 | Ciona intestinalis的单细胞转录组及其发育过程中的细胞谱系 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 90,000多个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Neutrophils Driving Unconventional T Cells Mediate Resistance against Murine Sarcomas and Selected Human Tumors
2019-07-11, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.05.047
PMID:31257026
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研究论文 | 本文通过遗传学方法和细胞转移技术，发现中性粒细胞在抵抗3-甲基胆蒽诱导的致癌作用中起关键作用，并与非典型αβ T细胞（UTC）的极化和I型免疫反应有关。 | 首次揭示了中性粒细胞在抵抗肿瘤中的关键作用，并通过批量和单细胞RNA测序分析了UTC的先天性特征和多样性。 | NA | 研究中性粒细胞在抵抗肿瘤中的作用及其机制。 | 中性粒细胞、非典型αβ T细胞（UTC）、3-甲基胆蒽诱导的致癌作用及选择性人类肿瘤。 | NA | 肿瘤 | RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Identification of Genes With Enriched Expression in Early Developing Mouse Cone Photoreceptors
2019-07-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.19-26951
PMID:31260032
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研究论文 | 本文研究了小鼠早期发育的视锥光感受器中富集表达的基因 | 通过单细胞RNA测序技术，识别了在小鼠早期发育的视锥光感受器中富集表达的新基因 | NA | 旨在识别在小鼠胚胎视锥光感受器中差异表达的基因，以了解视锥和视杆光感受器的分化过程 | 小鼠早期发育的视锥光感受器中的基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和鸡的视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Polled Digital Cell Sorter (p-DCS): Automatic identification of hematological cell types from single cell RNA-sequencing clusters
2019-Jul-01, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2951-x
PMID:31262249
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Polled Digital Cell Sorter (p-DCS)的计算工具，用于自动识别单细胞RNA测序簇中的血液细胞类型 | 该工具使用投票算法自动识别细胞类型，无需专家手动解读，并能处理多个scRNA-seq数据集 | NA | 开发一种自动化的方法来识别单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 单细胞RNA测序数据中的血液细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 投票算法 | 基因表达数据 | 8个骨髓样本 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Recharacterizing Tumor-Infiltrating Lymphocytes by Single-Cell RNA Sequencing
2019-07, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-18-0658
PMID:31262773
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术重新表征肿瘤浸润淋巴细胞（TIL），特别是T细胞的异质性、克隆扩增、迁移和功能状态转换等基本特性 | 利用单细胞测序技术深入分析肿瘤内免疫细胞，特别是T细胞亚群的详细特性，并探讨了新的T细胞标志物在治疗或预后中的潜力 | NA | 深入理解肿瘤浸润淋巴细胞的异质性和功能状态转换 | 肿瘤浸润淋巴细胞，特别是T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |