单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq of the Developing Cardiac Outflow Tract Reveals Convergent Development of the Vascular Smooth Muscle Cells 2019-07-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.06.092 PMID:31365875	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了发育中的心脏流出道细胞，揭示了血管平滑肌细胞的趋同发育	本研究首次通过单细胞转录组测序揭示了心脏流出道发育过程中血管平滑肌细胞的趋同发育路径，并发现了可能调控细胞转化的转录因子	NA	深入理解正常心脏流出道发育的细胞多样性、转变和调控网络，以解开流出道畸形的病因	小鼠心脏流出道细胞	数字病理学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	55,611个小鼠心脏流出道细胞，来自三个发育阶段
22	2024-08-09	Single-cell RNA Sequencing and Analysis of Human Pancreatic Islets 2019-07-18, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/59866 PMID:31380847	研究论文	本文描述了一种使用基于液滴的微流控单细胞RNA测序技术生成高质量、大规模转录组数据的方法，用于分析人类胰腺胰岛中的内分泌细胞类型。	采用基于液滴的微流控单细胞RNA测序技术，能够生成每个内分泌细胞类型的高质量转录组数据。	需要仔细处理、准确测量和严格的质量控制。	生成高质量、大规模的转录组数据，以构建正常或特定条件下每个内分泌细胞类型的基因表达谱。	人类胰腺胰岛中的内分泌细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	约20,000个人类单个胰岛细胞
23	2024-08-09	A validated single-cell-based strategy to identify diagnostic and therapeutic targets in complex diseases 2019-07-30, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-019-0657-3 PMID:31358043	研究论文	本研究基于单细胞RNA测序数据，利用网络工具构建多细胞疾病模型，以识别复杂疾病的诊断标志物和治疗靶点	首次系统分析了单细胞RNA测序数据中的通路、潜在标志物和药物靶点，并提出了一种基于网络模型的优先排序策略	NA	识别复杂疾病的诊断标志物和治疗靶点	关节炎的小鼠模型和人类类风湿性关节炎	数字病理学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序	多细胞疾病模型	单细胞RNA测序数据	包括13种不同疾病的患者和关节炎的小鼠模型
24	2024-08-09	Single cell analysis of human foetal liver captures the transcriptional profile of hepatobiliary hybrid progenitors 2019-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11266-x PMID:31350390	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析人类胎儿肝脏，揭示了肝胆混合前体细胞（HHyP）的存在及其独特的转录特征	首次在人类胎儿肝脏中发现肝胆混合前体细胞（HHyP），并证实这些细胞在人类中的存在与小鼠中的发现相似	NA	探讨人类胎儿肝脏中肝胆混合前体细胞的存在及其转录特征	人类胎儿肝脏中的肝胆混合前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
25	2024-08-09	Single-cell RNA-seq of esophageal squamous cell carcinoma cell line with fractionated irradiation reveals radioresistant gene expression patterns 2019-Jul-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5970-0 PMID:31345182	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系在分次照射（FIR）后的基因表达模式，揭示了放射抵抗性的相关基因和通路	首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了ESCC细胞在分次照射后的基因表达动态变化，并验证了与放射抵抗性相关的关键基因和通路	研究仅限于特定的ESCC细胞系，可能需要进一步的实验来验证这些发现是否适用于其他类型的癌细胞或其他照射条件	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示食管鳞状细胞癌细胞在分次照射后的基因表达差异，并探索与放射抵抗性相关的基因和通路	食管鳞状细胞癌（ESCC）细胞系在分次照射后的基因表达模式	数字病理学	食管癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	共218个单细胞RNA测序文库，来自88个接受12 Gy照射的细胞，89个接受30 Gy照射的细胞，以及41个未接受FIR照射的亲本KYSE-180细胞
26	2024-08-09	Genome-wide analysis of androgen receptor binding and transcriptomic analysis in mesenchymal subsets during prostate development 2019-07-25, Disease models & mechanisms IF:4.0Q1 DOI:10.1242/dmm.039297 PMID:31350272	研究论文	本文通过染色质免疫沉淀测序（ChIP-seq）和转录组分析，研究了雄激素受体（AR）在男性和女性间质细胞中的基因组结合情况及其在前列腺发育中的作用	本文首次在单细胞分辨率下研究了AR及其靶基因在男性和女性间质细胞中的分布，并发现了性二态性的AR靶基因	文章中提到的AR结合与靶基因表达之间的弱相关性可能限制了对AR功能全面理解	探讨雄激素受体在前列腺发育中的基因组结合和转录调控作用	雄激素受体在男性和女性间质细胞中的基因组结合及其靶基因	数字病理学	前列腺癌	ChIP-seq, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据, 转录组数据	男性和女性的间质细胞样本
27	2024-08-09	Deep single-cell RNA sequencing data of individual T cells from treatment-naïve colorectal cancer patients 2019-07-24, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0131-5 PMID:31341169	研究论文	本研究使用Smart-seq2协议生成了一组来自未经治疗的结直肠癌患者的单细胞RNA测序数据，包含11,138个从外周血、邻近正常和肿瘤组织中分离的T细胞。	开发了一个基于网络的应用程序，用于系统性地查询和定制功能，以促进T细胞数据集的数据挖掘。	NA	揭示肿瘤浸润T细胞（TILs）的基本特性，如功能状态、迁移能力和克隆扩增。	来自12名结直肠癌患者的T细胞，包括4名微卫星不稳定性（MSI）患者。	数字病理学	结直肠癌	Smart-seq2	NA	RNA测序数据	11,138个T细胞
28	2024-08-09	Cellular heterogeneity during mouse pancreatic ductal adenocarcinoma progression at single-cell resolution 2019-07-23, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.129212 PMID:31335328	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，对遗传工程小鼠模型中胰腺导管腺癌（PDA）进展不同阶段的细胞异质性进行了全面分析	研究首次系统描述了PDA进展过程中细胞异质性的全景，并揭示了癌细胞和成纤维细胞可能受表观遗传机制动态调控	NA	旨在剖析PDA进展过程中癌细胞和基质细胞的异质性及其表型变化	小鼠胰腺导管腺癌（PDA）进展中的细胞异质性	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	遗传工程小鼠模型中不同阶段的PDA样本
29	2024-08-09	DMSO cryopreservation is the method of choice to preserve cells for droplet-based single-cell RNA sequencing 2019-07-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-46932-z PMID:31337793	研究论文	本文通过对比分析不同细胞保存方法对单细胞RNA测序（scRNA-seq）结果的影响，发现二甲基亚砜（DMSO）冷冻保存法在保持细胞完整性和降低背景RNA方面表现最佳	首次系统比较了DMSO冷冻保存、甲醇固定和CellCover试剂三种细胞保存方法对scRNA-seq结果的影响，证明了DMSO冷冻保存法的优越性	研究仅限于特定的细胞系和免疫细胞，未涵盖所有类型的细胞	评估不同细胞保存方法对单细胞RNA测序结果的影响	不同保存方法下的细胞及其RNA测序结果	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	包括多种细胞系、单核细胞衍生的巨噬细胞和免疫细胞
30	2024-08-09	Predicting bacterial infection outcomes using single cell RNA-sequencing analysis of human immune cells 2019-07-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11257-y PMID:31332193	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析人类免疫细胞，开发了一种反卷积算法，用于从批量测序数据中推断特定细胞类型的感染反应，并应用于健康个体和结核病患者群体中，揭示了与体外感染表型和临床疾病阶段相关的细胞类型特异性免疫反应。	开发了一种新的反卷积算法，用于从批量RNA测序数据中推断特定细胞类型的感染反应，并揭示了与体外感染表型和临床疾病阶段相关的细胞类型特异性免疫反应。	文章未明确提及局限性。	开发一种新的反卷积算法，用于预测细菌感染的结果。	人类外周血细胞感染沙门氏菌后的免疫反应。	数字病理学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	反卷积算法	RNA测序数据	包括健康个体和不同疾病阶段的结核病患者。
31	2024-08-09	Unravelling the Role of Trophoblastic-Derived Extracellular Vesicles in Regulatory T Cell Differentiation 2019-Jul-14, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20143457 PMID:31337116	研究论文	研究揭示滋养层细胞衍生的外泌体在调节T细胞分化中的作用	首次证明HSPE1相关滋养层细胞系衍生的外泌体促进T细胞分化，并使用单细胞转录组分析区分了七种T细胞亚型	NA	探讨滋养层细胞衍生的外泌体在调节T细胞分化中的作用	滋养层细胞衍生的外泌体及其在T细胞分化中的作用	免疫学	NA	CRISPR-Cas9, 下一代测序, 单细胞转录组分析	NA	miRNA, 转录组	NA
32	2024-08-09	The Unmixing Problem: A Guide to Applying Single-Cell RNA Sequencing to Bone 2019-07, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.3802 PMID:31336008	研究论文	本文介绍了如何应用单细胞RNA测序技术来解析骨骼中的细胞混合问题	单细胞测序技术作为理解骨骼代谢和发育的细胞基础的关键补充技术	单细胞测序方法存在细胞分离的转录效应和转录组稀疏采样等重要限制	探讨如何利用单细胞RNA测序技术更好地理解骨骼的细胞基础	骨骼中的细胞类型及其功能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
33	2024-08-09	Nkx2-5 defines a subpopulation of pacemaker cells and is essential for the physiological function of the sinoatrial node in mice 2019-07-25, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.178145 PMID:31320323	研究论文	本文研究了Nkx2-5转录因子在心脏窦房结（SAN）中的作用，特别是其在SAN连接区细胞中的表达及其对生理功能的影响。	首次明确证明了Nkx2-5在SAN连接区细胞中的作用，揭示了其在冲动产生和SAN-心房出口传导中的特定角色。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨Nkx2-5在SAN中的分子机制及其对心脏生理功能的影响。	Nkx2-5转录因子及其在SAN连接区细胞中的表达和功能。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
34	2024-08-09	Estimation of immune cell content in tumor using single-cell RNA-seq reference data 2019-Jul-19, BMC cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1186/s12885-019-5927-3 PMID:31324168	研究论文	本文介绍了一种利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）参考数据来表征肿瘤基因表达中细胞组成的方案	提出的scRNA-Seq衍生的参考矩阵在区分免疫细胞亚型方面优于现有的基因面板和参考矩阵	NA	旨在通过整合scRNA-seq数据来表征肿瘤基因表达中的细胞组成	头颈癌数据集中的细胞亚群	数字病理学	头颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
35	2024-08-09	Genetic mapping of cell type specificity for complex traits 2019-07-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11181-1 PMID:31324783	研究论文	本文通过整合43个公开的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集，提出了一种三步骤的工作流程，以克服批次效应，揭示复杂性状的细胞类型特异性	本文创新性地提出了一种三步骤的工作流程，通过条件分析在数据集内部和之间进行，以规避批次效应，从而更有效地整合多个scRNA-seq数据集	NA	揭示复杂性状的细胞类型特异性，并为后续的功能研究提供起点	26种复杂性状与细胞类型的独立关联	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	43个公开的scRNA-seq数据集
36	2024-08-09	CellSIUS provides sensitive and specific detection of rare cell populations from complex single-cell RNA-seq data 2019-07-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1739-7 PMID:31315641	研究论文	开发了CellSIUS算法，用于从复杂的单细胞RNA测序数据中敏感且特异性地检测稀有细胞群体	CellSIUS在特定性和选择性方面优于现有算法，能够识别稀有细胞类型及其转录组特征	NA	填补单细胞RNA测序数据中稀有细胞群体识别的方法学空白	稀有细胞群体及其转录组特征	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及合成和复杂生物数据，具体样本数量未明确
37	2024-08-09	NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells 2019-07-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11028-9 PMID:31316066	研究论文	本文开发了一种新的转录组烷基化依赖性单细胞RNA测序方法（NASC-seq），用于同时监测单细胞中新合成的和预存的RNA	NASC-seq方法能够在单细胞水平上同时监测新合成的和预存的RNA，提供高灵敏度和高时间分辨率的转录动力学监测	NA	开发和验证一种新的单细胞RNA测序技术，以监测单细胞中的RNA合成	单细胞中的新合成和预存RNA	基因组学	NA	NASC-seq	NA	RNA	Jurkat T细胞
38	2024-08-09	High-throughput targeted long-read single cell sequencing reveals the clonal and transcriptional landscape of lymphocytes 2019-07-16, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-11049-4 PMID:31311926	研究论文	本文结合靶向捕获和长读长测序技术，对T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）mRNA转录本进行测序，并与短读长转录组分析相结合，揭示淋巴细胞的克隆和转录景观。	本文采用Repertoire and Gene Expression by Sequencing (RAGE-Seq)技术，能够生成准确的完整抗原受体序列，推断B细胞克隆进化并识别替代剪接的BCR转录本。	NA	旨在克服传统单细胞RNA测序技术只能生成短读长限制，实现对高度多样性序列如抗原受体的重建。	研究对象为乳腺癌患者原发肿瘤和引流淋巴结中的淋巴细胞。	数字病理学	乳腺癌	靶向捕获和长读长测序	NA	转录组数据	7138个细胞
39	2024-08-09	RESCUE: imputing dropout events in single-cell RNA-sequencing data 2019-Jul-12, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2977-0 PMID:31299886	研究论文	本文介绍了一种名为RESCUE的计算方法，用于通过从具有相似模式的细胞中推断基因表达水平来缓解单细胞RNA测序数据中的丢失事件问题	采用基于集成的方法来减少特征选择偏差对插补的影响，与现有方法不同	NA	开发一种新的计算方法来解决单细胞RNA测序数据中的丢失事件问题	单细胞RNA测序数据中的丢失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成方法	基因表达数据	模拟和真实的单细胞RNA测序数据集
40	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing in Cancer: Lessons Learned and Emerging Challenges 2019-07-11, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.05.003 PMID:31299208	review	本文综述了单细胞RNA测序技术在癌症研究中的应用，讨论了其带来的新见解和面临的挑战	单细胞RNA测序技术能够解析肿瘤中不同细胞类型的精确特征，这是传统批量基因组方法所无法实现的	NA	探讨单细胞RNA测序技术在癌症生物学中的应用及其面临的挑战	人类肿瘤中的恶性细胞、免疫细胞和基质细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA