单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-08-05	MULTI-seq: sample multiplexing for single-cell RNA sequencing using lipid-tagged indices 2019-07, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0433-8 PMID:31209384	研究论文	本研究开发了MULTI-seq，一种使用脂质标记指标的单细胞RNA测序多重化方法	MULTI-seq提供了一种通用和可扩展的样本条形码策略，能够对任何细胞类型或细胞核进行标记	目前未提及任何具体的局限性	研究的目的是提高单细胞RNA测序的成本效益和数据质量	研究对象包括主要的人类乳腺上皮细胞和来自患者衍生异种移植小鼠模型的多发性肿瘤及转移部位的细胞	数字病理学	三阴性乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	96个样本及其他来自肿瘤和转移部位的细胞
2	2024-08-05	scOrange-a tool for hands-on training of concepts from single-cell data analytics 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz348 PMID:31510695	研究论文	本文提出了一种基于scOrange工具的单细胞数据分析培训方法	提出了一种手动培训方式，通过探索性数据分析工具支持单细胞数据分析的教学	未提及具体的实际应用案例或评估此方法的有效性	旨在提高分子生物学家在单细胞数据分析方面的能力	分子生物学家及其在单细胞数据分析中的培训需求	数据分析	NA	数据挖掘框架	NA	NA	NA
3	2024-08-05	A statistical simulator scDesign for rational scRNA-seq experimental design 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz321 PMID:31510652	研究论文	本文介绍了一种灵活且强大的模拟器scDesign，用于优化scRNA-seq实验设计	scDesign是第一个统计框架，定量评估差异基因表达分析中的scRNA-seq实验设计	本研究未提及具体的实验设置和外部验证	优化scRNA-seq实验设计以探索转录组信息的深度和广度	基于17种细胞类型和6种不同方案的scRNA-seq数据集	数字病理学	NA	NA	NA	合成的scRNA-seq数据集	17种细胞类型和6种不同方案
4	2024-08-05	Deep evolutionary origin of limb and fin regeneration 2019-07-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1900475116 PMID:31270239	研究论文	这篇文章研究了两栖动物和鱼类在肢体再生能力上的进化起源	提供了对骨鱼类配对附肢再生的共同起源的支持，并且揭示了再生的共同遗传通路	未明确指出本研究的局限性	探讨骨鱼类配对附肢再生的进化起源	通过比较RNA测序和再生实验分析不同鱼类和萨拉曼德尔的再生能力	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因组数据	研究了4种鲑鱼科和其他几种鱼类的再生能力
5	2024-08-05	Helicobacter pylori infection and gastric cancer biology: tempering a double-edged sword 2019-Jul, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-019-03044-1 PMID:30783683	研究论文	本研究探讨了幽门螺杆菌感染与胃癌生物学之间的关系	提出幽门螺杆菌研究可作为微生物相关致癌模型的范例，并探讨其在胃癌中的复杂性	尚未完全阐明幽门螺杆菌感染对胃癌的机制及难以运用于更难处理的器官	研究幽门螺杆菌在胃癌发病机制中的作用	幽门螺杆菌对胃及其他器官的致癌影响	数字病理学	胃癌	单细胞测序	三维类器官模型	分子生物学数据	NA
6	2024-08-05	SCINA: A Semi-Supervised Subtyping Algorithm of Single Cells and Bulk Samples 2019-07-12, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes10070531 PMID:31336988	研究论文	本研究开发了SCINA，一个半监督模型，用于单细胞和大样本的分类。	SCINA利用期望最大化算法，结合已有的基因特征进行分析，提供了不同于传统方法的新方法论和生物学见解。	本研究在于模型的应用依赖于事先建立的基因特征，可能限制其在某些数据集上的通用性。	解决单细胞RNA测序数据分析中的主观性和准确性问题。	包括小鼠大脑的单细胞RNA测序数据和基因工程小鼠模型中的细胞群体变化。	数字病理学	肾癌	scRNA-Seq，流式细胞术/CyTOF数据	半监督模型	基因表达数据	应用于多种数据集，具体样本数量未提及
7	2024-08-07	Evaluation of tools for highly variable gene discovery from single-cell RNA-seq data 2019-07-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bby011 PMID:29481632	研究论文	本文比较了六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法，以评估其在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	本文首次系统比较了多种HVG方法的重复性和差异性，并提出了相应的建议	文章指出HVG分析需要比差异表达基因（DEG）分析更大的样本量	评估不同软件工具在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力	六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	文章未具体说明样本量大小
8	2024-08-07	Molecular characterization of foveal versus peripheral human retina by single-cell RNA sequencing 2019-07, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2019.05.001 PMID:31075224	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自三个供体的人类视网膜中央凹和周边区域的神经视网膜进行了分子特征分析	首次详细比较了中央凹和周边视网膜细胞的转录组特征，并发现了与年龄相关性黄斑变性相关的转铁蛋白在周边样本中的富集	研究仅限于三个供体的样本，可能限制了结果的普遍性	探索人类视网膜中央凹与周边区域细胞的分子差异	人类视网膜的中央凹和周边区域的神经视网膜细胞	数字病理学	年龄相关性黄斑变性	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	共分析了8,217个细胞，其中3,578个来自中央凹，4,639个来自周边区域
9	2024-08-07	Subclonal cooperation drives metastasis by modulating local and systemic immune microenvironments 2019-07, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0346-x PMID:31263265	研究论文	本文研究了乳腺癌细胞中的次要亚克隆通过调节局部和系统性免疫微环境促进转移的机制	首次揭示了IL11和FIGF表达的次要亚克隆通过间接合作促进转移性进展的机制	NA	探讨肿瘤异质性对临床结果的影响及其机制	乳腺癌细胞的亚克隆及其在转移中的作用	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	包括原发肿瘤、血液和肺部的CD45细胞群
10	2024-08-07	Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry 2019-07, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0378-1 PMID:31061532	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和质谱流式细胞术，定义了类风湿性关节炎关节滑膜组织中的炎症细胞状态	本研究采用单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、批量RNA测序和流式细胞术，结合典型相关分析，识别了18种独特的细胞群体，并揭示了这些细胞在类风湿性关节炎中的特定状态	NA	定义驱动类风湿性关节炎关节炎症的细胞群体	类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织中的T细胞、B细胞、单核细胞和成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、流式细胞术	NA	转录组数据	51个滑膜组织样本
11	2024-08-07	Identifying gene expression programs of cell-type identity and cellular activity with single-cell RNA-Seq 2019-07-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.43803 PMID:31282856	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术，利用共识非负矩阵分解（cNMF）方法，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	提出了一种名为共识非负矩阵分解（cNMF）的方法，能够准确推断细胞身份和活动程序及其在每个细胞中的相对贡献	NA	理解细胞和组织的组织结构，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	基因表达数据	使用了已发表的脑类器官和视觉皮层scRNA-Seq数据集
12	2024-08-07	Application of single-cell RNA sequencing methodologies in understanding haematopoiesis and immunology 2019-07-03, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20180072 PMID:31186287	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在理解造血和免疫学中的应用	揭示了造血是一个连续而非阶梯式过程，挑战了传统的造血谱系树模型，并发现了新的免疫细胞类型	讨论了当前的挑战和未来方向	推动对生理和疾病状态下造血和免疫反应过程的理解	血液和免疫系统的细胞多样性	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
13	2024-08-07	In silico error correction improves cfDNA mutation calling 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty1004 PMID:30520956	研究论文	本文介绍了一种名为PCR错误校正（PEC）的算法，用于识别和校正短读序数据中的错误，利用PCR扩增过程中的冗余来提高循环肿瘤DNA（ctDNA）分析的突变检测准确性	PEC算法通过利用PCR扩增过程中的冗余，显著提高了突变检测的准确性，且性能与需要额外步骤和校准DNA数据集的更复杂策略相当	NA	提高循环肿瘤DNA分析中的突变检测准确性	循环肿瘤DNA（ctDNA）	生物信息学	癌症	PCR	算法	短读序数据	NA
14	2024-08-07	Spatially constrained tumour growth affects the patterns of clonal selection and neutral drift in cancer genomic data 2019-07, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1007243 PMID:31356595	研究论文	本文通过空间随机细胞自动机模型模拟肿瘤生长，研究空间约束对肿瘤基因组数据中克隆选择和遗传漂变模式的影响	提出了一个统计推断框架，该框架考虑了肿瘤生长中的空间效应，有助于从基因组数据中推断进化动力学	测量癌症进化使用下一代测序技术时，考虑到众多混杂因素仍然具有挑战性	量化空间肿瘤采样对下一代测序数据中检测到的突变模式的影响	研究空间结构对固体癌症中克隆选择和遗传漂变的检测影响	数字病理学	NA	下一代测序	细胞自动机模型	基因组数据	多区域采样数据
15	2024-08-07	Beyond Fibroblast Heterogeneity: What Single-Cell RNA Sequencing Tells Us 2019-Jul, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2019-0120ED PMID:30978296	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16	2024-08-07	Mechanisms of Lymphoma Clearance Induced by High-Dose Alkylating Agents 2019-07, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-18-1393 PMID:31040105	研究论文	本文探讨了高剂量烷化剂在人类双打击淋巴瘤中清除淋巴瘤的机制	发现高剂量烷化剂通过诱导内质网应激，促进巨噬细胞依赖的淋巴瘤清除，这是一种新的机制	NA	研究高剂量环磷酰胺在人类双打击淋巴瘤中的作用机制	人类双打击淋巴瘤	NA	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
17	2024-08-09	Minnow: a principled framework for rapid simulation of dscRNA-seq data at the read level 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz351 PMID:31510649	研究论文	本文介绍了一个名为Minnow的全面序列级液滴单细胞RNA测序（dscRNA-seq）实验模拟框架	Minnow考虑了实验scRNA-seq数据的重要序列级特征，并模拟了聚合酶链反应扩增、细胞条形码（CB）和UMI选择以及序列碎片化和测序等效应	NA	探索常见处理流程从液滴基scRNA-seq数据生成基因-细胞计数矩阵的性能	dscRNA-seq数据的模拟和处理流程评估	数字病理学	NA	dscRNA-seq	NA	序列数据	NA
18	2024-08-09	Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz363 PMID:31510660	研究论文	本文开发了一种系统方法来评估基于转录组的细胞类型量化方法在免疫肿瘤学中的准确性	首次系统评估了七种计算方法在九种不同免疫和基质细胞类型上的性能	文章指出未来应致力于改进细胞群定义和寻找可靠的细胞类型特征	评估不同计算方法从bulk RNA测序数据中估计免疫细胞组成的准确性	九种不同的免疫和基质细胞类型	生物信息学	NA	RNA测序	NA	RNA测序数据	约1800个样本，包括模拟和真实世界数据
19	2024-08-09	Block HSIC Lasso: model-free biomarker detection for ultra-high dimensional data 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz333 PMID:31510671	研究论文	本文提出了一种名为block HSIC Lasso的非线性特征选择方法，用于超高维数据的生物标志物检测	block HSIC Lasso克服了现有方法的缺点，如缺乏简洁性、非凸性和计算开销	NA	旨在发现生物分子与生物结果之间的非线性关系	基因表达微阵列、单细胞RNA测序和全基因组关联研究数据	生物信息学	NA	block HSIC Lasso	NA	基因组数据	涉及三种常见的基因组数据类型
20	2024-08-09	Inference of clonal selection in cancer populations using single-cell sequencing data 2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz392 PMID:31510696	研究论文	本文介绍了一种名为SCIFIL的计算工具，用于从单细胞测序数据中推断异质性癌症克隆群体的适应性景观	SCIFIL工具能够估计克隆变体的最大似然适应性，测量它们的选优势并确定其出现顺序，通过将进化模型拟合到肿瘤系统发育中	NA	旨在理解和量化驱动癌症的进化机制	癌症克隆群体的进化动态	数字病理学	NA	单细胞测序（scSeq）	进化模型	单细胞测序数据	NA