单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 88 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Fifty Shades of Microglia
2019-07, Trends in neurosciences
IF:14.6Q1
DOI:10.1016/j.tins.2019.03.010
PMID:31005331
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评论 | 本文通过评述Masuda等人的单细胞RNA测序研究，探讨小胶质细胞在不同脑区、发育阶段和病理状态下的异质性 | 整合跨物种比较分析，首次在多发性硬化症患者中发现表型保守的小胶质细胞亚群 | NA | 解析小胶质细胞在脑发育和疾病过程中的时空异质性 | 小鼠和人类的小胶质细胞 | 单细胞组学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Single cell analysis of human foetal liver captures the transcriptional profile of hepatobiliary hybrid progenitors
2019-07-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-11266-x
PMID:31350390
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术发现并表征了人类胎儿肝脏中的肝胆混合祖细胞群体 | 首次在人类胎儿肝脏中鉴定出具有独特转录特征的肝胆混合祖细胞群体 | 研究主要基于转录组分析，功能验证相对有限 | 探索人类肝脏胚胎发育过程中实质组织的细胞起源 | 人类胎儿肝脏细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，FACS分选 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类胎儿和成人肝脏样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Deep evolutionary origin of limb and fin regeneration
2019-07-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1900475116
PMID:31270239
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研究论文 | 本研究通过鳍再生实验和比较RNA测序分析，揭示了有颌脊椎动物成对附肢再生能力的共同进化起源 | 首次在多鳍鱼、匙吻鲟和雀鳝等非硬骨鱼类中证实了鳍内骨骼截肢后的再生能力，并通过比较转录组分析揭示了蝾螈与鱼类共享的再生特异性遗传程序 | 研究样本仅涵盖部分代表性物种，未能涵盖所有有颌脊椎动物类群 | 探究有颌脊椎动物成对附肢再生能力的进化起源 | 多鳍鱼、匙吻鲟、雀鳝、蓝曼龙、白纹丽鱼、奥斯卡鱼、金鱼等鱼类以及墨西哥钝口螈 | 进化发育生物学 | NA | RNA测序(RNA-seq)，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 7个鱼类物种和1个两栖类物种 | NA | RNA-seq，单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
In silico error correction improves cfDNA mutation calling
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty1004
PMID:30520956
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研究论文 | 开发了一种用于短读长测序数据的PCR错误校正算法，可提高cfDNA突变检测的准确性 | 利用PCR扩增产生的冗余信息来识别和校正测序错误，无需额外的实验步骤或校准DNA数据集 | 主要针对PCR扩增过程中产生的错误，可能无法校正其他类型的测序错误 | 提高循环游离DNA测序中突变检测的准确性和灵敏度 | 循环游离DNA和循环肿瘤DNA | 生物信息学 | 癌症 | 短读长测序，PCR扩增 | NA | DNA测序数据 | NA | NA | 循环游离DNA测序，单细胞测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Comprehensive evaluation of transcriptome-based cell-type quantification methods for immuno-oncology
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz363
PMID:31510660
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研究论文 | 系统评估基于转录组的免疫肿瘤学细胞类型定量计算方法 | 开发了系统性的基准测试方法，首次对七种计算工具在九种免疫和基质细胞类型上的性能进行了全面评估 | 研究主要基于模拟数据和有限的数据集，真实世界应用的普适性仍需进一步验证 | 评估从批量RNA测序数据中估算肿瘤微环境中免疫细胞组成的计算方法 | 肿瘤微环境中的免疫细胞和基质细胞 | 生物信息学 | 肿瘤免疫 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 细胞类型反卷积算法 | RNA测序数据 | 约11000个单细胞，约1800个样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Application of single-cell RNA sequencing methodologies in understanding haematopoiesis and immunology
2019-07-03, Essays in biochemistry
IF:5.6Q1
DOI:10.1042/EBC20180072
PMID:31186287
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综述 | 总结单细胞RNA测序技术在血液学和免疫学领域的最新应用研究 | 通过单细胞RNA测序技术发现新的免疫细胞类型，并揭示造血过程是连续而非分步的过程，挑战了经典的造血谱系树模型 | NA | 理解造血过程和免疫反应机制 | 血液和免疫系统的细胞组成 | 单细胞组学 | 血液系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
An optimised tissue disaggregation and data processing pipeline for characterising fibroblast phenotypes using single-cell RNA sequencing
2019-07-03, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-45842-4
PMID:31270426
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研究论文 | 开发了一种用于单细胞RNA测序分析成纤维细胞表型的优化组织解离和数据处理流程 | 优化了从人肺组织中分离成纤维细胞的方法，改进了数据处理以提高聚类质量，并评估了体外培养条件对基质细胞基因表达的影响 | 研究主要聚焦于肺组织，方法在其他组织类型中的适用性有待验证 | 开发优化的组织解离和数据处理流程，以更好地表征成纤维细胞表型 | 人肺组织中的成纤维细胞和基质细胞 | 单细胞测序分析 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Single-Cell Transcriptomic Analyses of Cell Fate Transitions during Human Cardiac Reprogramming
2019-07-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.05.020
PMID:31230860
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析研究人类心脏重编程过程中的细胞命运转变 | 开发了包含数据标准化方法、多种轨迹预测算法和细胞命运指数计算的分析流程，揭示了hiCM重编程特异性特征和关键决策点 | NA | 研究人类心脏重编程过程中的细胞命运决定机制 | 人类心脏细胞重编程过程 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Subclonal cooperation drives metastasis by modulating local and systemic immune microenvironments
2019-07, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-019-0346-x
PMID:31263265
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研究论文 | 本研究揭示了乳腺癌中表达IL11和FIGF的次要亚克隆通过调节局部和全身免疫微环境促进转移的机制 | 发现次要亚克隆通过非细胞自主方式驱动转移，鉴定IL11通过骨髓来源间充质基质细胞诱导促肿瘤中性粒细胞的新机制 | 研究主要聚焦乳腺癌，机制在其他癌种中的普适性有待验证 | 探究肿瘤异质性中次要亚克隆促进转移的分子机制 | 乳腺癌细胞亚克隆、中性粒细胞、骨髓来源间充质基质细胞 | 肿瘤生物学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry
2019-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0378-1
PMID:31061532
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组学和质谱流式技术定义类风湿关节炎关节滑膜组织中的炎症细胞状态 | 首次整合单细胞RNA测序、质谱流式、批量RNA测序和流式细胞术多种技术系统分析RA滑膜组织细胞组成 | 样本量相对有限（51例），仅比较了RA和OA两种疾病状态 | 鉴定驱动类风湿关节炎关节炎症的关键细胞群体 | 类风湿关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织中的T细胞、B细胞、单核细胞和成纤维细胞 | 单细胞组学 | 类风湿关节炎 | 单细胞RNA测序, 质谱流式, 批量RNA测序, 流式细胞术 | 典型相关分析 | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据, 批量转录组数据 | 51例滑膜组织样本（来自RA和OA患者） | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Spatially constrained tumour growth affects the patterns of clonal selection and neutral drift in cancer genomic data
2019-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007243
PMID:31356595
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研究论文 | 通过空间随机细胞自动机模型研究肿瘤空间生长对基因组测序数据中克隆选择和中性漂变模式的影响 | 首次量化空间肿瘤采样对突变检测模式的影响，并提出整合空间效应的统计推断框架 | 测量癌症进化时仍需考虑众多混杂因素，仍具挑战性 | 研究空间约束对肿瘤进化动力学测量的影响 | 肿瘤生长模型和多重区域测序数据 | 计算生物学 | 癌症 | 下一代测序，多重区域测序，单细胞测序 | 空间随机细胞自动机模型 | 基因组测序数据 | NA | NA | 下一代测序，单细胞测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
A cellular census of human lungs identifies novel cell states in health and in asthma
2019-07, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-019-0468-5
PMID:31209336
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研究论文 | 通过单细胞转录组技术绘制健康与哮喘患者肺部的细胞图谱，发现新的细胞状态 | 识别了位置依赖的气道上皮细胞状态、新型组织驻留记忆T细胞亚群、哮喘患者的新型黏液纤毛细胞状态以及致病性效应2型辅助T细胞 | NA | 绘制人类肺部细胞图谱并比较健康与哮喘状态的细胞差异 | 健康肺部和哮喘患者肺部的上呼吸道、下呼吸道及肺实质细胞 | 单细胞生物学 | 哮喘 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq reveals TOX as a key regulator of CD8+ T cell persistence in chronic infection
2019-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0403-4
PMID:31209400
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研究论文 | 通过单细胞RNA-seq技术揭示TOX是慢性感染中CD8+ T细胞持久性的关键调控因子 | 发现TOX转录因子在祖细胞样CD8 T细胞中的独特调控作用，及其与表观遗传特征的关联 | 研究主要关注病毒感染的T细胞反应，未涉及其他疾病模型 | 探索慢性感染中CD8+ T细胞持久性的分子机制 | CD8+ T细胞在急性和慢性病毒感染中的反应 | 单细胞生物学 | 慢性病毒感染 | 单细胞RNA-seq, 表观遗传分析 | NA | 转录组数据, 表观遗传数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-07 |
In Vivo Developmental Trajectories of Human Podocyte Inform In Vitro Differentiation of Pluripotent Stem Cell-Derived Podocytes
2019-07-01, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2019.06.001
PMID:31265809
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析人类胎儿肾脏中足细胞的发育轨迹，并评估多能干细胞来源的足细胞在类器官模型中的分化能力 | 首次系统描绘人类足细胞在体内的发育轨迹，并证明类器官来源的足细胞具有自主分化能力且能招募宿主血管 | 类器官晚期足细胞存在异常基因表达，且移植后仅部分纠正转录谱 | 阐明足细胞发育机制并建立相关的体外足细胞模型 | 人类胎儿肾脏足细胞和多能干细胞来源的足细胞 | 发育生物学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 人类胎儿肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2024-08-05 |
MULTI-seq: sample multiplexing for single-cell RNA sequencing using lipid-tagged indices
2019-07, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0433-8
PMID:31209384
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研究论文 | 本研究开发了MULTI-seq，一种使用脂质标记指标的单细胞RNA测序多重化方法 | MULTI-seq提供了一种通用和可扩展的样本条形码策略，能够对任何细胞类型或细胞核进行标记 | 目前未提及任何具体的局限性 | 研究的目的是提高单细胞RNA测序的成本效益和数据质量 | 研究对象包括主要的人类乳腺上皮细胞和来自患者衍生异种移植小鼠模型的多发性肿瘤及转移部位的细胞 | 数字病理学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 96个样本及其他来自肿瘤和转移部位的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-05 |
scOrange-a tool for hands-on training of concepts from single-cell data analytics
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz348
PMID:31510695
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研究论文 | 本文提出了一种基于scOrange工具的单细胞数据分析培训方法 | 提出了一种手动培训方式，通过探索性数据分析工具支持单细胞数据分析的教学 | 未提及具体的实际应用案例或评估此方法的有效性 | 旨在提高分子生物学家在单细胞数据分析方面的能力 | 分子生物学家及其在单细胞数据分析中的培训需求 | 数据分析 | NA | 数据挖掘框架 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-05 |
A statistical simulator scDesign for rational scRNA-seq experimental design
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz321
PMID:31510652
|
研究论文 | 本文介绍了一种灵活且强大的模拟器scDesign，用于优化scRNA-seq实验设计 | scDesign是第一个统计框架，定量评估差异基因表达分析中的scRNA-seq实验设计 | 本研究未提及具体的实验设置和外部验证 | 优化scRNA-seq实验设计以探索转录组信息的深度和广度 | 基于17种细胞类型和6种不同方案的scRNA-seq数据集 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 合成的scRNA-seq数据集 | 17种细胞类型和6种不同方案 | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-05 |
Helicobacter pylori infection and gastric cancer biology: tempering a double-edged sword
2019-Jul, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-019-03044-1
PMID:30783683
|
研究论文 | 本研究探讨了幽门螺杆菌感染与胃癌生物学之间的关系 | 提出幽门螺杆菌研究可作为微生物相关致癌模型的范例，并探讨其在胃癌中的复杂性 | 尚未完全阐明幽门螺杆菌感染对胃癌的机制及难以运用于更难处理的器官 | 研究幽门螺杆菌在胃癌发病机制中的作用 | 幽门螺杆菌对胃及其他器官的致癌影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | 三维类器官模型 | 分子生物学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-05 |
SCINA: A Semi-Supervised Subtyping Algorithm of Single Cells and Bulk Samples
2019-07-12, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes10070531
PMID:31336988
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研究论文 | 本研究开发了SCINA，一个半监督模型，用于单细胞和大样本的分类。 | SCINA利用期望最大化算法，结合已有的基因特征进行分析，提供了不同于传统方法的新方法论和生物学见解。 | 本研究在于模型的应用依赖于事先建立的基因特征，可能限制其在某些数据集上的通用性。 | 解决单细胞RNA测序数据分析中的主观性和准确性问题。 | 包括小鼠大脑的单细胞RNA测序数据和基因工程小鼠模型中的细胞群体变化。 | 数字病理学 | 肾癌 | scRNA-Seq，流式细胞术/CyTOF数据 | 半监督模型 | 基因表达数据 | 应用于多种数据集，具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-07 |
Evaluation of tools for highly variable gene discovery from single-cell RNA-seq data
2019-07-19, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bby011
PMID:29481632
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研究论文 | 本文比较了六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法，以评估其在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力 | 本文首次系统比较了多种HVG方法的重复性和差异性，并提出了相应的建议 | 文章指出HVG分析需要比差异表达基因（DEG）分析更大的样本量 | 评估不同软件工具在单细胞RNA测序数据中发现高变异基因的能力 | 六种软件包中的七种高变异基因（HVG）方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 文章未具体说明样本量大小 | NA | NA | NA | NA |