单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	MARS-seq2.0: an experimental and analytical pipeline for indexed sorting combined with single-cell RNA sequencing 2019-06, Nature protocols IF:13.1Q1 DOI:10.1038/s41596-019-0164-4 PMID:31101904	研究论文	本文介绍了MARS-seq2.0，一种结合索引排序和单细胞RNA测序的实验和分析流程	MARS-seq2.0在成本、重复性和减少污染方面进行了改进，结合了亚微升反应体积、酶混合物的优化和增强的分析流程	NA	开发一种高效的集成流程，用于索引排序和大规模并行单细胞RNA测序，以识别不同组织和疾病中的独特细胞类型	人类组织中的细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	超过100万个细胞
42	2024-08-09	Efficient integration of heterogeneous single-cell transcriptomes using Scanorama 2019-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-019-0113-3 PMID:31061482	研究论文	本文介绍了一种名为Scanorama的算法，用于有效整合来自多个实验、实验室和技术的异质性单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	Scanorama算法能够识别并合并所有数据集中共享的细胞类型，准确整合异质性scRNA-seq数据集	NA	开发一种新的算法以克服现有scRNA-seq数据整合方法的限制，实现跨多个实验和技术的数据整合	scRNA-seq数据集，特别是来自不同实验、实验室和技术的数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Scanorama算法	转录组数据	105,476个细胞来自26个不同的scRNA-seq实验，代表9种不同技术
43	2024-08-09	Neocortical Projection Neurons Instruct Inhibitory Interneuron Circuit Development in a Lineage-Dependent Manner 2019-06-05, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.03.036 PMID:31027966	研究论文	本文研究了新皮质投射神经元如何以谱系依赖的方式指导抑制性中间神经元电路的发育	通过敲除转录因子Satb2，诱导内丘脑间质型投射神经元转变为锥体束型身份，观察到这种转变对来自尾侧神经节隆起（CGE）的中间神经元的层化和电路整合的特异性影响	NA	探讨投射神经元亚型身份对抑制性中间神经元发育的影响	新皮质投射神经元和抑制性中间神经元	神经科学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	控制组和实验组小鼠
44	2024-08-09	Genetic Insights Into Smooth Muscle Cell Contributions to Coronary Artery Disease 2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312141 PMID:31043074	研究论文	本文总结了支持平滑肌细胞在冠状动脉疾病中作用的几个全基因组显著位点的实验证据，并讨论了分子定量性状位点映射在平滑肌细胞和冠状动脉疾病相关组织中的应用	强调了需要替代的遗传策略，如cis/trans-调控网络分析、基因组编辑和扰动，以及在正常和疾病状态下对平滑肌细胞组织和模型生物进行单细胞测序	NA	通过整合多种实验和分析模式，提高对冠状动脉疾病全基因组关联研究和分子定量性状位点信号的解释，并为治疗干预或风险预测提供候选目标	平滑肌细胞在冠状动脉疾病中的作用及其相关基因和途径	遗传学	心血管疾病	全基因组关联研究、分子定量性状位点映射、单细胞测序	NA	基因组数据	NA
45	2024-08-09	Spatial transcriptomics coming of age 2019-06, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0129-z PMID:30980030	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
46	2024-08-09	Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing 2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399 PMID:30943771	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用	首次通过单细胞RNA测序技术定义了野生型和ApoE缺陷型小鼠主动脉外膜的细胞图谱，揭示了外膜细胞的异质性和细胞间相互作用在动脉粥样硬化早期阶段的作用	研究仅限于12周龄的C57BL/6J小鼠，且仅在实验室正常饮食条件下进行，可能限制了结果的普遍性	研究动脉粥样硬化早期阶段血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用	野生型和ApoE缺陷型小鼠的主动脉外膜细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	12周龄的C57BL/6J小鼠
47	2024-08-09	Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing 2019-06, Current protocols in cell biology DOI:10.1002/cpcb.86 PMID:30957983	研究论文	本文介绍了从胚胎器官中制备细胞用于单细胞RNA测序的方法	采用低温解离技术使用冷活性蛋白酶，以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法	NA	提高单细胞RNA测序数据的质量	胚胎器官中的细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
48	2024-08-09	Cell lineage and communication network inference via optimization for single-cell transcriptomics 2019-06-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz204 PMID:30923815	研究论文	本文介绍了基于相似矩阵优化的单细胞数据分析方法SoptSC，用于推断细胞亚群、伪时间排序、细胞谱系及标记基因，并预测细胞间通信网络	SoptSC方法整合了无监督聚类、伪时间排序、细胞谱系推断和标记基因识别，通过结构化的细胞间相似矩阵实现多任务一致性处理	NA	旨在解决细胞间通信推断的挑战，通过一致性的数学框架实现多任务处理	单细胞转录组数据中的细胞亚群、细胞谱系及细胞间通信网络	生物信息学	NA	单细胞转录组学	相似矩阵优化	转录组数据	NA
49	2024-08-09	Cell-specific network constructed by single-cell RNA sequencing data 2019-06-20, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz172 PMID:30864667	研究论文	本文提出了一种新的方法，利用单细胞RNA测序数据为每个单细胞构建细胞特异性网络（CSN）	首次能够在单细胞分辨率水平上识别基因关联/网络，并将数据从‘不稳定’的基因表达形式转换为‘稳定’的基因关联形式	传统的网络方法局限于分组细胞，而不是每个单细胞，因此会消除单细胞的异质性	开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据，以揭示单细胞水平的基因关联	单细胞RNA测序数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	细胞特异性网络（CSN）	基因表达数据	大量单细胞
50	2024-08-09	Cell lineage inference from SNP and scRNA-Seq data 2019-06-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz146 PMID:30820578	研究论文	本文开发了一种方法，从scRNA-Seq数据中检测显著的、细胞类型特异性的序列突变，并展示了这些突变与表达数据结合可以提高重建模型的准确性	本文提出了一种新的方法，通过检测scRNA-Seq数据中的序列突变来重建细胞谱系，这种方法结合了表达数据，提高了模型的准确性	目前的方法存在局限性，如伪时间排序方法和使用CRISPR插入随机突变的方法都有其不足之处	开发一种新的方法来从scRNA-Seq数据中推断细胞谱系	研究对象包括scRNA-Seq数据和序列突变	生物信息学	NA	scRNA-Seq	NA	RNA-Seq数据	NA
51	2024-08-09	Conserved pathway activation following xenogeneic, heterotypic fusion 2019-06, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.201801700R PMID:30807240	研究论文	本文研究了人类间充质干细胞与小鼠心肌细胞异种融合后的转录组变化，探讨了融合过程中是否涉及保守通路的激活	首次记录了在融合伙伴中潜伏的少数基因在杂交种中的表达，如人类生长激素1、小鼠核糖体蛋白S27和小鼠ATP合酶H转运线粒体Fo复合体亚基C2	NA	探索异种融合后细胞转录组的保守通路激活	人类间充质干细胞与小鼠心肌细胞的异种融合细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及人类和小鼠的多种细胞类型
52	2024-08-09	Role of alternative polyadenylation dynamics in acute myeloid leukaemia at single-cell resolution 2019-06, RNA biology IF:3.6Q2 DOI:10.1080/15476286.2019.1586139 PMID:30810468	研究论文	研究通过单细胞RNA测序数据分析了急性髓系白血病（AML）中不同细胞类型的选择性多聚腺苷酸化（APA）动态变化	首次在单细胞分辨率下探讨了AML中不同细胞类型的APA动态变化，揭示了APA在白血病发展和红细胞生成中的广泛调控作用	NA	探讨急性髓系白血病中不同细胞类型的选择性多聚腺苷酸化动态变化	急性髓系白血病患者和健康个体的骨髓单个核细胞（BMMCs）	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	16,843个骨髓单个核细胞（BMMCs）
53	2024-08-09	Evolution of neuronal types and families 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2019.01.022 PMID:30826503	综述	本文综述了近年来在神经元和神经系统进化方面的概念进展，特别是通过比较单细胞转录组学来定义细胞类型，并探讨了如何利用单细胞数据识别和大规模比较神经元类型及其家族	利用比较单细胞转录组学方法，为解决神经元进化的关键问题提供了新的研究途径	NA	探讨神经元和神经系统的进化问题，包括神经元起源、神经元表型的趋同进化以及从简单神经网到复杂中央神经系统的转变	神经元类型及其家族，特别是脊椎动物前脑不同部位的GABA能神经元家族	NA	NA	单细胞转录组学	NA	单细胞数据	NA
54	2024-08-09	Tissue Repair in the Mouse Liver Following Acute Carbon Tetrachloride Depends on Injury-Induced Wnt/β-Catenin Signaling 2019-06, Hepatology (Baltimore, Md.) DOI:10.1002/hep.30563 PMID:30762896	研究论文	研究了在小鼠肝脏中，急性四氯化碳损伤后组织修复依赖于损伤诱导的Wnt/β-Catenin信号通路	发现内皮细胞是急性四氯化碳毒性后Wnt的主要来源，并且Wnt/β-Catenin信号通路在恢复组织完整性中起重要作用	NA	探讨Wnt/β-Catenin信号通路在急性肝脏毒性后组织修复中的作用	小鼠肝脏在急性四氯化碳损伤后的Wnt基因表达和信号传导	NA	NA	原位杂交、单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
55	2024-08-09	Defining the Cell Types That Drive Idiopathic Pulmonary Fibrosis Using Single-Cell RNA Sequencing 2019-Jun-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201901-0197ED PMID:30715901	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
56	2024-08-09	Neuronal cell types in the annelid Platynereis dumerilii 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.12.008 PMID:30685735	综述	本文综述了海洋环节动物Platynereis dumerilii中神经细胞类型的多样性	Platynereis dumerilii具有一些在主要无脊椎模型生物（如C. elegans和Drosophila）中缺失的生物学特征和细胞类型，如纤毛运动、去甲肾上腺素能神经元和纤毛光感受器细胞	NA	探讨Platynereis dumerilii中神经细胞类型的多样性及其功能	Platynereis dumerilii的神经细胞类型及其功能	神经科学	NA	单细胞RNA测序、全基因表达图谱、连续电子显微镜重建	NA	细胞类型数据	NA
57	2024-08-09	Hypermutagenesis in untreated adult gliomas due to inherited mismatch mutations 2019-06-15, International journal of cancer IF:5.7Q1 DOI:10.1002/ijc.32054 PMID:30536544	研究论文	研究未治疗的成人胶质瘤中由于遗传性错配修复突变导致的超突变现象	首次识别出未经治疗成人胶质瘤中存在的新生超突变表型，并探讨了自发和治疗诱导的超突变进化	NA	揭示未治疗成人胶质瘤中超突变过程的新理解，并为胶质瘤治疗的免疫疗法提供临床意义	未经治疗和治疗后的超突变胶质瘤	数字病理学	脑瘤	全外显子测序（WES），全转录组测序（WTS），单细胞测序（SCS）	NA	基因组数据	涉及未经治疗和治疗后的超突变胶质瘤样本
58	2024-08-09	Hypothalamic cell diversity: non-neuronal codes for long-distance volume transmission by neuropeptides 2019-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2018.10.012 PMID:30471413	研究论文	本文探讨了下丘脑神经肽通过非神经细胞进行长距离体积传输的机制	利用单细胞RNA测序数据发现tanycytes和室管膜作为神经活性物质的替代来源，以及通过神经元-室管膜耦合介导的相位体积传输	NA	研究下丘脑神经肽的长距离体积传输及其在神经精神疾病中的作用	下丘脑细胞多样性及神经肽的体积传输机制	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
59	2024-08-09	GRNBoost2 and Arboreto: efficient and scalable inference of gene regulatory networks 2019-06-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/bty916 PMID:30445495	research paper	本文介绍了GRNBoost2和Arboreto框架，用于从大规模基因表达数据中高效推断基因调控网络	提出了GRNBoost2算法和Arboreto框架，能够高效处理因高通量基因分析技术（如单细胞RNA-seq）产生的日益增长的数据量	NA	开发工具集以从大型表达数据集中推断基因调控网络	基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA-seq	梯度提升	基因表达数据	NA
60	2024-08-09	Single-cell analyses identify distinct and intermediate states of zebrafish pancreatic islet development 2019-06-01, Journal of molecular cell biology IF:5.3Q2 DOI:10.1093/jmcb/mjy064 PMID:30407522	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了转基因斑马鱼胰腺胰岛在四个胚胎发育阶段的动态变化	本文首次详细描述了胰腺胰岛发育过程中的不同状态和分子特征，并识别了具有不同细胞周期阶段的增殖性内分泌前体细胞	NA	定义胰腺胰岛发育过程中的特征和分化过程	胰腺胰岛细胞的发育轨迹及其调控网络	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从TgBAC(neurod1:EGFP)转基因斑马鱼中分离的单个胰岛细胞