单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 60 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq: Introduction to Bioinformatics Analysis
2019-06, Current protocols in molecular biology
DOI:10.1002/cpmb.92
PMID:31237421
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研究论文 | 本文介绍了单细胞RNA测序（RNA-seq）数据的生物信息学分析流程 | 提供了当前公开可用的计算工具来分析单细胞RNA-seq数据，并专注于单细胞转录组异质性的解释以及细胞簇和簇间差异表达基因的识别 | NA | 探索细胞群体的异质性并理解不同细胞中的分子机制 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing of neonatal uterus reveals an Misr2+ endometrial progenitor indispensable for fertility
2019-06-24, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.46349
PMID:31232694
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Misr2+细胞在新生小鼠子宫中的持久性及其对生育能力的影响 | 首次揭示了新生小鼠子宫中Misr2+细胞的持久性及其在生育中的关键作用 | 研究主要集中在小鼠模型上，对人类的具体影响尚需进一步研究 | 探究Misr2+细胞在新生子宫发育中的作用及其对生育能力的影响 | 新生小鼠和人类的子宫中的Misr2+细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-09 |
Integrative inference of subclonal tumour evolution from single-cell and bulk sequencing data
2019-06-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10737-5
PMID:31227714
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研究论文 | 本文介绍了B-SCITE方法，该方法首次从单细胞和批量测序数据中推断肿瘤的亚克隆进化 | B-SCITE是首个结合单细胞和批量测序数据来推断肿瘤谱系的方法，其在树重建精度和亚克隆识别方面优于现有方法 | NA | 理解肿瘤的克隆结构和进化历史，以克服由于耐药细胞群导致的治疗失败 | 肿瘤的亚克隆进化 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序和批量测序 | NA | 单细胞和批量测序数据 | 数量适中的单细胞样本和受拷贝数变化影响的批量等位基因频率数据 | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-09 |
Fcmr regulates mononuclear phagocyte control of anti-tumor immunity
2019-06-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10619-w
PMID:31213601
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研究论文 | 本文研究了Fcmr（Toso）在调节髓系细胞对肿瘤免疫控制中的作用 | 首次展示了Fcmr在调节髓系细胞对肿瘤免疫反应中的作用，并发现Fcmr缺陷增强了抗肿瘤免疫 | NA | 探究Fcmr在肿瘤微环境中对髓系细胞功能的调节作用 | Fcmr在髓系细胞中的作用及其对肿瘤免疫的影响 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Identifies the Adaptation of Scart1+ Vγ6+ T Cells to Skin Residency as Activated Effector Cells
2019-06-18, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.064
PMID:31216482
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，揭示了IL-17产生型Vγ6 T细胞在皮肤中的组织特异性适应及其作为效应细胞的持久性 | 首次通过单细胞RNA测序技术，识别出IL-17产生型Vγ6 T细胞在皮肤中的高度同质性Scart1群体，并揭示了其在皮肤中的组织特异性基因表达特征 | NA | 探讨IL-17产生型γδ T细胞在不同组织间的交换及其组织特异性适应机制 | IL-17产生型Vγ6 T细胞及其在皮肤中的适应性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-09 |
Multiplex RNA single molecule FISH of inducible mRNAs in single yeast cells
2019-06-17, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-019-0106-6
PMID:31209217
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研究论文 | 研究使用RNA单分子荧光原位杂交（smFISH）技术，在单个酵母细胞中定量分析STL1和CTT1 mRNA在盐胁迫下的动力学表达。 | smFISH技术相比单细胞测序提供了更准确的RNA水平量化，并能直接观察转录本的亚细胞定位。 | NA | 探索smFISH分析如何生成改进的基因表达模型，并研究转录调控的基本过程。 | STL1和CTT1 mRNA在单个酿酒酵母细胞中的动力学表达。 | 分子生物学 | NA | RNA单分子荧光原位杂交（smFISH） | NA | 图像 | 单个酿酒酵母细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-09 |
A Subset of Skin Macrophages Contributes to the Surveillance and Regeneration of Local Nerves
2019-06-18, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2019.05.009
PMID:31201094
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研究论文 | 本文研究了皮肤中组织巨噬细胞的后天发育及其分化为不同亚群的过程，并探讨了这些巨噬细胞在神经监测和再生中的作用。 | 通过单细胞转录组学、命运图谱和成像技术，识别出一种在出生前就已种子的皮肤巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞与感觉神经有特定的相互作用，并在神经监测和髓鞘修剪中发挥作用。 | NA | 研究皮肤中组织巨噬细胞的功能特化和其在神经监测与再生中的作用。 | 皮肤中的组织巨噬细胞及其在神经监测和再生中的作用。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-09 |
Integration of Single-Cell Genomics Datasets
2019-06-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.05.034
PMID:31199914
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研究论文 | Welch等人与Stuart等人提出了一种新颖的技术，用于整合跨多个平台、个体和物种的单细胞RNA测序数据集，并扩展这些策略以映射具有表观遗传特性和原位转录组分析的RNA测序数据集之间的细胞类型。 | 该研究开发了新的技术来整合不同来源的单细胞RNA测序数据，并能够将信息在不同数据集和空间方法之间转移。 | NA | 研究目的是开发和扩展技术，以整合和比较复杂生物系统中的细胞群体。 | 单细胞RNA测序数据集及其在不同平台、个体和物种间的整合。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-09 |
Combining gene ontology with deep neural networks to enhance the clustering of single cell RNA-Seq data
2019-Jun-10, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2769-6
PMID:31182005
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研究论文 | 本文提出了一种结合基因本体论（GO）和深度神经网络的方法，用于增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果 | 本文提出了两种新方法：GOAE（基因本体论自编码器）和GONN（基因本体论神经网络），通过将GO与无监督和监督模型结合，提高了维度降低的效果 | NA | 开发新的计算方法以确保单细胞基因表达数据得到适当解释 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 神经网络 | 基因表达数据 | 大量细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-09 |
Mitochondrial dysfunction and endoplasmic reticulum stress involved in oocyte aging: an analysis using single-cell RNA-sequencing of mouse oocytes
2019-Jun-08, Journal of ovarian research
IF:3.8Q1
DOI:10.1186/s13048-019-0529-x
PMID:31176373
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序方法分析了小鼠生殖泡阶段卵母细胞中与年龄相关的基因表达变化，探讨了卵巢衰老的机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠卵母细胞中与年龄相关的基因表达差异，揭示了线粒体功能障碍、内质网应激和抗氧化能力下降在卵母细胞衰老中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现 | 探讨卵巢衰老的机制 | 小鼠生殖泡阶段卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了5周龄和32周龄的KM小鼠各一组，收集了生殖泡阶段的卵母细胞进行分析 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-09 |
A computational method to aid the design and analysis of single cell RNA-seq experiments for cell type identification
2019-Jun-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-019-2817-2
PMID:31167661
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研究论文 | 本文开发了一种名为SCEED的工具，用于辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型 | SCEED工具允许用户选择多种分析工具组合，进行分析程序的性能分析，并估计所需的样本量 | NA | 开发一种方法来辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型 | 单细胞RNA测序实验的设计和分析方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 测试了至少1000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-09 |
Reactive microglia and IL1β/IL-1R1-signaling mediate neuroprotection in excitotoxin-damaged mouse retina
2019-Jun-06, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-019-1505-5
PMID:31170999
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研究论文 | 本文研究了在兴奋毒素损伤的小鼠视网膜中，反应性小胶质细胞和IL1β/IL-1R1信号如何影响视网膜神经元的存活。 | 首次揭示了反应性小胶质细胞通过IL1β和IL-1R1信号通路在兴奋毒素损伤的视网膜中提供神经保护作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探讨小胶质细胞和炎症介质在兴奋毒素损伤的视网膜神经元存活中的作用。 | 小胶质细胞、IL1β、IL-1R1受体以及视网膜神经元。 | 神经科学 | NA | 免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | 细胞和基因表达数据 | 使用了野生型、IL-1R1缺失小鼠和仅在星形胶质细胞中表达IL-1R1的小鼠进行实验。 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics unveils gene regulatory network plasticity
2019-06-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1713-4
PMID:31159854
|
研究论文 | 本文提出了一种基于整体视角的计算框架，利用单细胞RNA测序数据推断全局大规模调控网络 | 开发了针对单细胞数据的特定相关性度量，并利用图论工具无偏倚地量化基因的生物学相关性，准确识别器官功能和疾病驱动因素 | NA | 探索单细胞转录组学中的基因调控网络可塑性 | 单细胞RNA测序数据，糖尿病和阿尔茨海默病等受扰动系统 | 基因组学 | 糖尿病, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 图论 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-09 |
Dissecting cell diversity and connectivity in skeletal muscle for myogenesis
2019-06-03, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-019-1647-5
PMID:31160550
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研究论文 | 本研究通过生物模拟骨骼肌器官模型，探索了快速粘附细胞（RACs）在骨骼肌再生中的作用及其与骨骼肌肌源性前体细胞（MPCs）的相互作用 | 首次描述了一种新的细胞亚型——肌腱肌肉细胞（TMCs），并揭示了RACs与MPCs在生物模拟骨骼肌器官系统中的复杂细胞多样性和连接性 | NA | 探索骨骼肌再生中不同细胞类型的功能和机制 | 骨骼肌肌源性前体细胞（MPCs）和快速粘附细胞（RACs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及多种细胞亚型 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics levels up
2019-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0441-8
PMID:31147642
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-09 |
Liver Macrophages: Old Dogmas and New Insights
2019-Jun, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1356
PMID:31168508
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研究论文 | 本文深入研究了肝脏巨噬细胞在各种肝脏疾病中的作用和特性 | 揭示了肝脏巨噬细胞的复杂性和多功能性，超越了传统的M1和M2巨噬细胞分类 | 仍需进一步研究巨噬细胞激活的全貌及其在促进或修复肝脏疾病中的作用 | 探讨肝脏巨噬细胞在肝脏疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力 | 肝脏巨噬细胞，包括库普弗细胞和骨髓来源的募集单核细胞 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-09 |
A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia
2019-06-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.04.040
PMID:31130381
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术定义了小鼠骨髓基质细胞的分类及其在恶性肿瘤中的扰动 | 首次详细描述了骨髓基质细胞的十七个亚群，并揭示了急性髓系白血病对这些亚群的影响 | NA | 研究骨髓基质细胞在正常状态和白血病状态下的分类及其功能变化 | 骨髓基质细胞及其在白血病中的变化 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠骨髓基质细胞的十七个亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing unveils the shared and the distinct cytotoxic hallmarks of human TCRVδ1 and TCRVδ2 γδ T lymphocytes
2019-06-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.1818488116
PMID:31118283
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类TCRVδ1和TCRVδ2 γδ T淋巴细胞的共同和独特的细胞毒性标志 | 首次通过高分辨率聚类和基因签名组合在大规模scRNA-seq数据集中特异性检测和识别人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群 | NA | 研究人类γδ T淋巴细胞的细胞毒性标志及其在不同条件下的特性 | 人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个来自不同CMV和CMV供体的单个γδ T淋巴细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-09 |
Benchmarking single cell RNA-sequencing analysis pipelines using mixture control experiments
2019-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-019-0425-8
PMID:31133762
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研究论文 | 本文通过混合控制实验生成单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基准数据集，并比较了多种数据分析方法的性能 | 提出了一个包含单细胞和混合细胞或RNA的现实基准实验，用于系统比较多种scRNA-seq分析方法 | NA | 为scRNA-seq分析方法提供一个全面的基准框架 | 单细胞RNA测序数据分析方法的性能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 14个数据集，包含来自多达五个不同癌细胞系的细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-09 |
Regulation of Feeding-Related Behaviors by Arcuate Neuropeptide Y Neurons
2019-06-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/en.2019-00056
PMID:31089694
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综述 | 本文综述了下丘脑弓状核中的神经肽Y（NPY）神经元在调节与进食相关行为中的作用 | 结合遗传小鼠模型和化学遗传学及光遗传学技术，揭示了NPY神经元在能量消耗、产热、身体活动、食物寻求行为及焦虑控制中的额外功能 | NA | 探讨NPY神经元在个体生存回路中潜在的交互途径中的整合作用 | 下丘脑弓状核中的NPY神经元及其在行为控制中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |