单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Identifies the Adaptation of Scart1+ Vγ6+ T Cells to Skin Residency as Activated Effector Cells 2019-06-18, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.064 PMID:31216482	研究论文	本研究利用单细胞转录组测序技术，揭示了IL-17产生型Vγ6 T细胞在皮肤中的组织特异性适应及其作为效应细胞的持久性	首次通过单细胞RNA测序技术，识别出IL-17产生型Vγ6 T细胞在皮肤中的高度同质性Scart1群体，并揭示了其在皮肤中的组织特异性基因表达特征	NA	探讨IL-17产生型γδ T细胞在不同组织间的交换及其组织特异性适应机制	IL-17产生型Vγ6 T细胞及其在皮肤中的适应性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
22	2024-08-09	Multiplex RNA single molecule FISH of inducible mRNAs in single yeast cells 2019-06-17, Scientific data IF:5.8Q1 DOI:10.1038/s41597-019-0106-6 PMID:31209217	研究论文	研究使用RNA单分子荧光原位杂交（smFISH）技术，在单个酵母细胞中定量分析STL1和CTT1 mRNA在盐胁迫下的动力学表达。	smFISH技术相比单细胞测序提供了更准确的RNA水平量化，并能直接观察转录本的亚细胞定位。	NA	探索smFISH分析如何生成改进的基因表达模型，并研究转录调控的基本过程。	STL1和CTT1 mRNA在单个酿酒酵母细胞中的动力学表达。	分子生物学	NA	RNA单分子荧光原位杂交（smFISH）	NA	图像	单个酿酒酵母细胞
23	2024-08-09	A Subset of Skin Macrophages Contributes to the Surveillance and Regeneration of Local Nerves 2019-06-18, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.05.009 PMID:31201094	研究论文	本文研究了皮肤中组织巨噬细胞的后天发育及其分化为不同亚群的过程，并探讨了这些巨噬细胞在神经监测和再生中的作用。	通过单细胞转录组学、命运图谱和成像技术，识别出一种在出生前就已种子的皮肤巨噬细胞亚群，这些巨噬细胞与感觉神经有特定的相互作用，并在神经监测和髓鞘修剪中发挥作用。	NA	研究皮肤中组织巨噬细胞的功能特化和其在神经监测与再生中的作用。	皮肤中的组织巨噬细胞及其在神经监测和再生中的作用。	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
24	2024-08-09	Integration of Single-Cell Genomics Datasets 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.05.034 PMID:31199914	研究论文	Welch等人与Stuart等人提出了一种新颖的技术，用于整合跨多个平台、个体和物种的单细胞RNA测序数据集，并扩展这些策略以映射具有表观遗传特性和原位转录组分析的RNA测序数据集之间的细胞类型。	该研究开发了新的技术来整合不同来源的单细胞RNA测序数据，并能够将信息在不同数据集和空间方法之间转移。	NA	研究目的是开发和扩展技术，以整合和比较复杂生物系统中的细胞群体。	单细胞RNA测序数据集及其在不同平台、个体和物种间的整合。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
25	2024-08-09	Combining gene ontology with deep neural networks to enhance the clustering of single cell RNA-Seq data 2019-Jun-10, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2769-6 PMID:31182005	研究论文	本文提出了一种结合基因本体论（GO）和深度神经网络的方法，用于增强单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类效果	本文提出了两种新方法：GOAE（基因本体论自编码器）和GONN（基因本体论神经网络），通过将GO与无监督和监督模型结合，提高了维度降低的效果	NA	开发新的计算方法以确保单细胞基因表达数据得到适当解释	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	神经网络	基因表达数据	大量细胞
26	2024-08-09	Mitochondrial dysfunction and endoplasmic reticulum stress involved in oocyte aging: an analysis using single-cell RNA-sequencing of mouse oocytes 2019-Jun-08, Journal of ovarian research IF:3.8Q1 DOI:10.1186/s13048-019-0529-x PMID:31176373	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序方法分析了小鼠生殖泡阶段卵母细胞中与年龄相关的基因表达变化，探讨了卵巢衰老的机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了小鼠卵母细胞中与年龄相关的基因表达差异，揭示了线粒体功能障碍、内质网应激和抗氧化能力下降在卵母细胞衰老中的作用	研究仅限于小鼠模型，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	探讨卵巢衰老的机制	小鼠生殖泡阶段卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了5周龄和32周龄的KM小鼠各一组，收集了生殖泡阶段的卵母细胞进行分析
27	2024-08-09	A computational method to aid the design and analysis of single cell RNA-seq experiments for cell type identification 2019-Jun-06, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2817-2 PMID:31167661	研究论文	本文开发了一种名为SCEED的工具，用于辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型	SCEED工具允许用户选择多种分析工具组合，进行分析程序的性能分析，并估计所需的样本量	NA	开发一种方法来辅助单细胞RNA测序实验的设计和分析，以识别细胞类型	单细胞RNA测序实验的设计和分析方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	测试了至少1000个单细胞
28	2024-08-09	Reactive microglia and IL1β/IL-1R1-signaling mediate neuroprotection in excitotoxin-damaged mouse retina 2019-Jun-06, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-019-1505-5 PMID:31170999	研究论文	本文研究了在兴奋毒素损伤的小鼠视网膜中，反应性小胶质细胞和IL1β/IL-1R1信号如何影响视网膜神经元的存活。	首次揭示了反应性小胶质细胞通过IL1β和IL-1R1信号通路在兴奋毒素损伤的视网膜中提供神经保护作用。	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探讨小胶质细胞和炎症介质在兴奋毒素损伤的视网膜神经元存活中的作用。	小胶质细胞、IL1β、IL-1R1受体以及视网膜神经元。	神经科学	NA	免疫组织化学、单细胞RNA测序	NA	细胞和基因表达数据	使用了野生型、IL-1R1缺失小鼠和仅在星形胶质细胞中表达IL-1R1的小鼠进行实验。
29	2024-08-09	Single-cell transcriptomics unveils gene regulatory network plasticity 2019-06-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1713-4 PMID:31159854	研究论文	本文提出了一种基于整体视角的计算框架，利用单细胞RNA测序数据推断全局大规模调控网络	开发了针对单细胞数据的特定相关性度量，并利用图论工具无偏倚地量化基因的生物学相关性，准确识别器官功能和疾病驱动因素	NA	探索单细胞转录组学中的基因调控网络可塑性	单细胞RNA测序数据，糖尿病和阿尔茨海默病等受扰动系统	基因组学	糖尿病, 阿尔茨海默病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	图论	基因表达数据	NA
30	2024-08-09	Dissecting cell diversity and connectivity in skeletal muscle for myogenesis 2019-06-03, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-019-1647-5 PMID:31160550	研究论文	本研究通过生物模拟骨骼肌器官模型，探索了快速粘附细胞（RACs）在骨骼肌再生中的作用及其与骨骼肌肌源性前体细胞（MPCs）的相互作用	首次描述了一种新的细胞亚型——肌腱肌肉细胞（TMCs），并揭示了RACs与MPCs在生物模拟骨骼肌器官系统中的复杂细胞多样性和连接性	NA	探索骨骼肌再生中不同细胞类型的功能和机制	骨骼肌肌源性前体细胞（MPCs）和快速粘附细胞（RACs）	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及多种细胞亚型
31	2024-08-09	Spatial transcriptomics levels up 2019-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0441-8 PMID:31147642	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
32	2024-08-09	Liver Macrophages: Old Dogmas and New Insights 2019-Jun, Hepatology communications IF:5.6Q1 DOI:10.1002/hep4.1356 PMID:31168508	研究论文	本文深入研究了肝脏巨噬细胞在各种肝脏疾病中的作用和特性	揭示了肝脏巨噬细胞的复杂性和多功能性，超越了传统的M1和M2巨噬细胞分类	仍需进一步研究巨噬细胞激活的全貌及其在促进或修复肝脏疾病中的作用	探讨肝脏巨噬细胞在肝脏疾病中的作用及其作为治疗靶点的潜力	肝脏巨噬细胞，包括库普弗细胞和骨髓来源的募集单核细胞	NA	肝脏疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
33	2024-08-09	A Cellular Taxonomy of the Bone Marrow Stroma in Homeostasis and Leukemia 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.04.040 PMID:31130381	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术定义了小鼠骨髓基质细胞的分类及其在恶性肿瘤中的扰动	首次详细描述了骨髓基质细胞的十七个亚群，并揭示了急性髓系白血病对这些亚群的影响	NA	研究骨髓基质细胞在正常状态和白血病状态下的分类及其功能变化	骨髓基质细胞及其在白血病中的变化	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠骨髓基质细胞的十七个亚群
34	2024-08-09	Lgr5+ stem and progenitor cells reside at the apex of a heterogeneous embryonic hepatoblast pool 2019-06-12, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.174557 PMID:31142540	研究论文	本研究揭示了在小鼠胚胎发育过程中，肝细胞祖细胞（hepatoblasts）的转录和功能异质性，并发现了一个新的早期胆管细胞命运承诺的亚群，以及表达成人干细胞标记物的双潜能肝祖细胞亚群。	本研究首次展示了hepatoblasts的转录和功能异质性，并发现了新的早期胆管细胞命运承诺的亚群，以及表达成人干细胞标记物的双潜能肝祖细胞亚群。	NA	研究小鼠胚胎发育过程中肝细胞祖细胞的异质性及其功能。	小鼠胚胎发育过程中的肝细胞祖细胞（hepatoblasts）。	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及E9.5-E10.0的肝细胞祖细胞亚群
35	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing unveils the shared and the distinct cytotoxic hallmarks of human TCRVδ1 and TCRVδ2 γδ T lymphocytes 2019-06-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1818488116 PMID:31118283	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了人类TCRVδ1和TCRVδ2 γδ T淋巴细胞的共同和独特的细胞毒性标志	首次通过高分辨率聚类和基因签名组合在大规模scRNA-seq数据集中特异性检测和识别人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群	NA	研究人类γδ T淋巴细胞的细胞毒性标志及其在不同条件下的特性	人类γδ T淋巴细胞及其TCRVδ1和TCRVδ2亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个来自不同CMV和CMV供体的单个γδ T淋巴细胞
36	2024-08-09	Benchmarking single cell RNA-sequencing analysis pipelines using mixture control experiments 2019-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0425-8 PMID:31133762	研究论文	本文通过混合控制实验生成单细胞RNA测序（scRNA-seq）的基准数据集，并比较了多种数据分析方法的性能	提出了一个包含单细胞和混合细胞或RNA的现实基准实验，用于系统比较多种scRNA-seq分析方法	NA	为scRNA-seq分析方法提供一个全面的基准框架	单细胞RNA测序数据分析方法的性能	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	14个数据集，包含来自多达五个不同癌细胞系的细胞
37	2024-08-09	Regulation of Feeding-Related Behaviors by Arcuate Neuropeptide Y Neurons 2019-06-01, Endocrinology IF:3.8Q2 DOI:10.1210/en.2019-00056 PMID:31089694	综述	本文综述了下丘脑弓状核中的神经肽Y（NPY）神经元在调节与进食相关行为中的作用	结合遗传小鼠模型和化学遗传学及光遗传学技术，揭示了NPY神经元在能量消耗、产热、身体活动、食物寻求行为及焦虑控制中的额外功能	NA	探讨NPY神经元在个体生存回路中潜在的交互途径中的整合作用	下丘脑弓状核中的NPY神经元及其在行为控制中的作用	神经科学	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
38	2024-08-09	Novel insights into cell cycle regulation of cell fate determination 2019-Jun, Journal of Zhejiang University. Science. B DOI:10.1631/jzus.B1900197 PMID:31090272	综述	本文综述了细胞周期调控在细胞命运决定中的最新进展	利用高分辨率表观基因组分析、单细胞转录组学和细胞周期报告系统提供了新的见解	NA	探讨细胞周期调控在细胞命运决定中的作用及其在转化医学中的潜在应用	干细胞/祖细胞的自我更新和多谱系分化能力	NA	NA	高分辨率表观基因组分析、单细胞转录组学	NA	表观基因组数据、转录组数据	NA
39	2024-08-09	Oncogenes and Clotting Factors: The Emerging Role of Tumor Cell Genome and Epigenome in Cancer-Associated Thrombosis 2019-Jun, Seminars in thrombosis and hemostasis IF:3.6Q1 DOI:10.1055/s-0039-1687891 PMID:31096313	研究论文	探讨肿瘤细胞基因组和表观基因组在癌症相关血栓形成中的新兴作用	提出癌症可能作为促凝复合体运作，其中单个细胞及其主导群体表达不同的促凝表型，对止血系统产生净影响	NA	研究癌症进展的生物学和遗传学方面与癌症相关血栓形成机制之间的联系	胶质母细胞瘤的多形性，以及肿瘤细胞基因组和表观基因组在癌症相关血栓形成中的作用	数字病理学	脑瘤	单细胞测序	NA	基因表达数据	胶质母细胞瘤样本
40	2024-08-09	Single-Cell Profiles and Clinically Useful Properties of Human Mesenchymal Stem Cells of Adipose and Bone Marrow Origin 2019-06, The American journal of sports medicine DOI:10.1177/0363546519848678 PMID:31100005	研究论文	本文探讨了脂肪和骨髓来源的人间充质干细胞在单细胞和批量细胞水平上的特征和差异，并研究了这两种细胞在治疗骨关节炎中的临床结果，为更精确的临床应用提供指导。	本文通过单细胞RNA测序分析和临床试验的元分析，揭示了脂肪来源干细胞在转录组异质性、能量产生依赖性和免疫抑制能力方面的优势。	NA	探索脂肪和骨髓来源的人间充质干细胞的特征和差异，并研究其在治疗骨关节炎中的临床效果。	脂肪来源干细胞（ADSCs）和骨髓间充质干细胞（BMSCs）。	细胞生物学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	细胞	来自同一供体的ADSCs和BMSCs