单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 60 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-06 |
Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification
2019-06-19, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010
PMID:31128945
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析视网膜发育过程，发现NFI转录因子调控有丝分裂退出和晚生细胞特化 | 首次在视网膜发育过程中系统鉴定NFI转录因子对双极中间神经元和Müller胶质细胞命运特化的调控作用 | 研究主要基于转录组数据，缺乏直接的功能验证实验 | 揭示神经元前体细胞中基因表达的精确时序调控机制 | 视网膜发育过程中的神经元前体细胞和各类视网膜细胞 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 10个发育阶段的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Computational analysis of single-cell transcriptomics data elucidates the stabilization of Oct4 expression in the E3.25 mouse preimplantation embryo
2019-06-20, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-019-45438-y
PMID:31222057
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研究论文 | 通过计算分析单细胞转录组数据揭示小鼠植入前胚胎中Oct4表达稳定的机制 | 发现基于至少四个内细胞接触的非自主机制激活Oct4，并鉴定出E3.25-HNC阶段的新型早期多能状态 | 研究主要基于计算分析，需要进一步实验验证 | 阐明小鼠植入前胚胎中Oct4表达稳定的分子机制 | E3.25时期32-64细胞阶段的小鼠胚胎内细胞团细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞微阵列转录组学, 单细胞RNA测序 | 分层最优k均值聚类 | 单细胞转录组数据 | 超过600个微阵列数据，包含早期和晚期32细胞ICM细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 微阵列转录组学 | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
Agouti-Related Protein 2 Is a New Player in the Teleost Stress Response System
2019-06-17, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2019.05.021
PMID:31178320
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研究论文 | 本研究揭示了斑马鱼中AgRP2蛋白在应激反应系统中的新功能 | 首次发现AgRP2作为神经内分泌因子调节应激轴并减少皮质醇分泌 | AgRP2在松果体细胞中的具体功能机制仍需进一步研究 | 探究斑马鱼中两种agrp基因的功能差异 | 斑马鱼幼虫和松果体agrp2表达细胞 | 神经内分泌学 | NA | 单细胞测序,基因敲除,神经元消融 | NA | 基因表达数据,解剖数据 | 斑马鱼幼虫 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Lgr5+ stem and progenitor cells reside at the apex of a heterogeneous embryonic hepatoblast pool
2019-06-12, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.174557
PMID:31142540
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研究论文 | 本研究揭示了小鼠胚胎肝母细胞的功能异质性，并鉴定出Lgr5作为双潜能肝脏祖细胞的标志物 | 首次发现E9.5-E10.0肝母细胞中存在功能异质性，并鉴定出表达Lgr5的双潜能肝脏祖细胞亚群 | 研究仅针对小鼠胚胎发育特定时期，人类相关性尚需验证 | 探究胚胎肝母细胞的异质性和干细胞特性 | 小鼠胚胎肝母细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，谱系追踪，类器官培养 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠胚胎E9.5-E10.0时期肝母细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Neocortical Projection Neurons Instruct Inhibitory Interneuron Circuit Development in a Lineage-Dependent Manner
2019-06-05, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2019.03.036
PMID:31027966
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研究论文 | 本研究揭示新皮质投射神经元通过谱系依赖方式指导抑制性中间神经元环路发育的机制 | 首次证明IT型投射神经元通过非细胞自主方式调控CGE来源抑制性中间神经元的电路整合 | 研究仅聚焦于Satb2敲除模型，未涵盖其他转录因子或神经环路 | 探究新皮质投射神经元与抑制性中间神经元之间的发育调控机制 | 小鼠新皮质投射神经元和抑制性中间神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序，基因敲除 | NA | 基因表达数据，神经解剖数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Adventitial Cell Atlas of wt (Wild Type) and ApoE (Apolipoprotein E)-Deficient Mice Defined by Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.119.312399
PMID:30943771
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序构建野生型和ApoE缺陷小鼠血管外膜的细胞图谱，揭示早期动脉粥样硬化中细胞异质性和细胞间通讯 | 首次通过单细胞RNA测序系统描绘动脉粥样硬化早期血管外膜的细胞组成和细胞间相互作用 | 研究仅针对早期动脉粥样硬化阶段，样本来源于小鼠模型 | 解析血管外膜在动脉粥样硬化早期阶段的细胞组成和功能变化 | 12周龄C57BL/6J野生型和ApoE缺陷小鼠的主动脉外膜 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | Seurat聚类分析 | 单细胞转录组数据 | 野生型和ApoE缺陷小鼠主动脉外膜样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Preparation of Cells from Embryonic Organs for Single-Cell RNA Sequencing
2019-06, Current protocols in cell biology
DOI:10.1002/cpcb.86
PMID:30957983
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研究论文 | 介绍从胚胎器官制备用于单细胞RNA测序的细胞的方法 | 提出使用低温嗜冷蛋白酶在低温下进行解离的冷解离技术，以及优化细胞活性和保留的过滤和洗涤方法 | 未提供具体实验数据验证方法效果 | 优化单细胞RNA测序的细胞制备流程 | 胚胎器官细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2024-11-26 |
A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors
2019-06-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10291-0
PMID:31160568
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点 | 本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记 | NA | 揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制 | 人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 9 | 2024-08-05 |
Comprehensive Integration of Single-Cell Data
2019-06-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.05.031
PMID:31178118
|
研究论文 | 本文提出一种策略以整合多样的单细胞测量数据，改善细胞身份和功能的理解 | 创新点在于开发了一种'锚定'不同数据集的策略，能够跨越不同的单细胞测量技术和多重细胞模态进行数据整合 | 限制在于所开发方法可能仍需进一步验证和优化以适应更广泛的应用场景 | 探索如何有效整合不同单细胞测量技术的数据以深入理解细胞状态 | 研究对象包括不同的单细胞转录组数据和染色质可及性数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq和scATAC-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 10 | 2024-08-05 |
Single-Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts Features of Brain Cell Identity
2019-06-13, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2019.05.006
PMID:31178122
|
研究论文 | 本文开发了LIGER算法，通过整合多种实验和生物背景下的单细胞测量，定义了细胞类型的特征 | 提出了一种新的算法LIGER，能够灵活建模单细胞数据集，并揭示细胞身份的共享和特定特征 | NA | 本研究旨在定义细胞类型并加速细胞类型定义、基因调控和疾病状态的调查 | 研究对象包括人类和小鼠脑细胞的单细胞基因表达和表观基因组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、DNA甲基化分析 | NA | 基因表达数据 | 四个不同的分析，涉及来自人类和小鼠的大脑细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 11 | 2024-08-05 |
Dissecting intratumoral myeloid cell plasticity by single cell RNA-seq
2019-06, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.2113
PMID:31033233
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中髓样细胞的转录动态 | 首次揭示了早期非小细胞肺癌中CD14+ 单核细胞向M2巨噬细胞的分化路径及其转录重编程机制 | 本研究只涉及4名早期非小细胞肺癌患者，样本量有限 | 研究肿瘤微环境中髓样细胞的分化和转录重编程 | 4名早期非小细胞肺癌患者的肿瘤及其相邻正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 4名早期非小细胞肺癌患者的11,485个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 12 | 2024-08-05 |
Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape
2019-06-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2019.05.003
PMID:31176620
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研究论文 | 本文介绍了一种通过几何素描来总结单细胞转录组特征的方法 | 提出了一种利用少量细胞数据增强单细胞数据分析的几何素描方法 | 研究中未提及的样本数量和其他细节的数据可能限制了结果的普遍适用性 | 探讨如何加速和增强单细胞转录组数据的分析 | 针对脐带血细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA序列数据 | 涉及脐带血细胞的一个小子集 | NA | NA | NA | NA |
| 13 | 2024-08-05 |
Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial
2019-06-19, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20188746
PMID:31217225
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review | 本文详细介绍了单细胞RNA-seq分析的最佳实践和工作流程 | 提供了独立比较研究的基础上的最佳实践推荐，并整合到工作流程中 | 未提及具体案例的样本大小和类型 | 为单细胞RNA-seq分析领域的新手提供工作流程教程 | 聚焦于单细胞RNA-seq分析的预处理和下游分析步骤 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集、基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14 | 2024-08-07 |
Molecular recording of mammalian embryogenesis
2019-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-019-1184-5
PMID:31086336
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研究论文 | 本文介绍了一种灵活、高信息量的多通道分子记录器，并将其应用于小鼠从受精到原肠胚形成的细胞命运图谱构建。 | 本文提出了一种新的分子记录器，能够进行高分辨率的细胞谱系记录，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了胚胎内外胚层细胞的转录收敛性。 | NA | 旨在通过分子记录器构建小鼠胚胎发育的细胞命运图谱，并理解发育过程中的细胞谱系和分化关系。 | 小鼠胚胎发育过程中的细胞谱系和分化关系。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 分子记录数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Human Lung Provides Insights into the Pathobiology of Pulmonary Fibrosis
2019-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.201712-2410OC
PMID:30554520
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肺组织，以揭示肺纤维化发病机制中的细胞群体变化 | 发现了在肺纤维化患者中特有的一类促纤维化肺泡巨噬细胞，并识别出在肺纤维化过程中出现的稀有细胞群体，如气道干细胞和衰老细胞 | 研究样本量相对较小，且仅限于肺移植捐赠者和接受者以及一例特发性肺纤维化患者的样本 | 探究单细胞RNA测序是否能揭示肺纤维化患者肺组织中肺泡巨噬细胞、上皮细胞等细胞类型的疾病相关异质性 | 肺纤维化患者的肺组织细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8名肺移植捐赠者、8名肺纤维化接受者及1名特发性肺纤维化患者的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals novel gene expression signatures of trastuzumab treatment in HER2+ breast cancer: A pilot study
2019-Jun, Medicine
IF:1.3Q2
DOI:10.1097/MD.0000000000015872
PMID:31261495
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的基因表达谱变化 | 首次在单细胞水平上研究了曲妥珠单抗治疗患者的转录组特征，揭示了新的基因表达特征及其在乳腺癌和心脏毒性中的作用 | 作为一项试点研究，样本量较小，需要进一步的大规模研究验证 | 探索曲妥珠单抗治疗HER2阳性乳腺癌的分子机制及其引起的心脏毒性 | HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的单细胞转录组 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 461个差异表达基因 | NA | NA | NA | NA |
| 17 | 2024-08-09 |
Single-cell data-driven mathematical model reveals possible molecular mechanisms of embryonic stem-cell differentiation
2019-06-24, Mathematical biosciences and engineering : MBE
DOI:10.3934/mbe.2019294
PMID:31499743
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研究论文 | 本文开发了一种数学模型，用于详细探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制 | 首次利用单细胞RNA测序数据和粒子群优化算法构建数学模型，揭示了KLF8与CDH1和ZEB1之间的动态关系及其在胚胎干细胞分化中的作用 | NA | 探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制 | KLF8、CDH1和ZEB1基因在人类胚胎干细胞分化中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 数学模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 18 | 2024-08-09 |
Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding
2019-06-28, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.aax1184
PMID:31249056
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研究论文 | 本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序和纵向体内双光子钙成像技术，研究了肥胖小鼠模型中侧下丘脑区域（LHA）的功能改变，该区域是调节进食的高度保守脑区。 | 首次揭示了肥胖如何影响侧下丘脑区域（LHA）的谷氨酸能神经元的转录谱和功能，以及这种改变如何促进过度进食和肥胖。 | 研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于人类。 | 探讨肥胖如何通过神经适应性改变侧下丘脑区域（LHA）的功能，从而影响进食行为。 | 侧下丘脑区域（LHA）的谷氨酸能神经元及其在肥胖状态下的功能和转录状态。 | 神经科学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序，双光子钙成像 | NA | 转录组数据，钙成像数据 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 19 | 2024-08-09 |
Developmental kinetics and transcriptome dynamics of stem cell specification in the spermatogenic lineage
2019-06-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-10596-0
PMID:31243281
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研究论文 | 本文通过多转基因报告小鼠模型、单细胞RNA测序和移植分析，研究了哺乳动物精子发生系中干细胞特化的发育动力学和转录组动态 | 揭示了从胎儿期前体细胞到新生儿期精原细胞的异质性前体细胞群在晚期胎儿和新生儿发育期间的动态变化，并证明了胎儿期前体细胞中存在预编程的干细胞命运 | NA | 定义从前体细胞到精原干细胞的轨迹 | 哺乳动物精子发生系中的干细胞特化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 多转基因报告小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 20 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Developmental Origins and Ontogenetic Stability of Neurexin Alternative Splicing Profiles
2019-06-25, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.090
PMID:31242409
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了小鼠成熟和胚胎细胞中neurexin多样性的起源及其在发育过程中的稳定性 | 发现了发育相关细胞中共享的neurexin表达模式，并展示了neurexin表达模式在早期发育阶段确定并在神经元成熟过程中保持不变 | NA | 揭示neurexin替代剪接模式的发育起源和个体发生稳定性 | neurexin的替代剪接模式及其在不同细胞类型中的表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多组小鼠成熟和胚胎细胞 | NA | NA | NA | NA |