单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-26	A comprehensive single cell transcriptional landscape of human hematopoietic progenitors 2019-06-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10291-0 PMID:31160568	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，全面分析了人类造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期细胞命运决策的关键分支点	本文提供了一个更广泛的骨髓系阴性造血祖细胞的转录组图谱，揭示了早期成人造血结构中的关键缺失分支点，并发现了CD164作为早期HSPC分化的可靠标记	NA	揭示人类造血祖细胞的早期细胞命运决策机制	人类骨髓CD34+细胞和系阴性造血祖细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
2	2024-08-05	Single-Cell RNA-Seq Analysis of Retinal Development Identifies NFI Factors as Regulating Mitotic Exit and Late-Born Cell Specification 2019-06-19, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2019.04.010 PMID:31128945	研究论文	使用单细胞RNA测序分析视网膜发育，识别NFI因子在有丝分裂退出和晚生细胞特异性中的调控作用	首次识别NFI转录因子在晚期视网膜前体细胞中的选择性表达及其在细胞命运特异性中的作用	未提及研究的局限性	研究视网膜神经发生过程中的基因调控网络	视网膜发育过程中的神经前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涵盖十个发育阶段的视网膜神经发生样本
3	2024-08-05	Comprehensive Integration of Single-Cell Data 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.05.031 PMID:31178118	研究论文	本文提出一种策略以整合多样的单细胞测量数据，改善细胞身份和功能的理解	创新点在于开发了一种'锚定'不同数据集的策略，能够跨越不同的单细胞测量技术和多重细胞模态进行数据整合	限制在于所开发方法可能仍需进一步验证和优化以适应更广泛的应用场景	探索如何有效整合不同单细胞测量技术的数据以深入理解细胞状态	研究对象包括不同的单细胞转录组数据和染色质可及性数据	数字病理学	NA	scRNA-seq和scATAC-seq	NA	单细胞转录组数据	NA
4	2024-08-05	Single-Cell Multi-omic Integration Compares and Contrasts Features of Brain Cell Identity 2019-06-13, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.05.006 PMID:31178122	研究论文	本文开发了LIGER算法，通过整合多种实验和生物背景下的单细胞测量，定义了细胞类型的特征	提出了一种新的算法LIGER，能够灵活建模单细胞数据集，并揭示细胞身份的共享和特定特征	NA	本研究旨在定义细胞类型并加速细胞类型定义、基因调控和疾病状态的调查	研究对象包括人类和小鼠脑细胞的单细胞基因表达和表观基因组特征	数字病理学	NA	单细胞RNA测序、DNA甲基化分析	NA	基因表达数据	四个不同的分析，涉及来自人类和小鼠的大脑细胞
5	2024-08-05	Dissecting intratumoral myeloid cell plasticity by single cell RNA-seq 2019-06, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.2113 PMID:31033233	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析肿瘤微环境中髓样细胞的转录动态	首次揭示了早期非小细胞肺癌中CD14+ 单核细胞向M2巨噬细胞的分化路径及其转录重编程机制	本研究只涉及4名早期非小细胞肺癌患者，样本量有限	研究肿瘤微环境中髓样细胞的分化和转录重编程	4名早期非小细胞肺癌患者的肿瘤及其相邻正常组织	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	4名早期非小细胞肺癌患者的11,485个细胞
6	2024-08-05	Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape 2019-06-26, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2019.05.003 PMID:31176620	研究论文	本文介绍了一种通过几何素描来总结单细胞转录组特征的方法	提出了一种利用少量细胞数据增强单细胞数据分析的几何素描方法	研究中未提及的样本数量和其他细节的数据可能限制了结果的普遍适用性	探讨如何加速和增强单细胞转录组数据的分析	针对脐带血细胞的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	scRNA-seq	NA	RNA序列数据	涉及脐带血细胞的一个小子集
7	2024-08-05	Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: a tutorial 2019-06-19, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20188746 PMID:31217225	review	本文详细介绍了单细胞RNA-seq分析的最佳实践和工作流程	提供了独立比较研究的基础上的最佳实践推荐，并整合到工作流程中	未提及具体案例的样本大小和类型	为单细胞RNA-seq分析领域的新手提供工作流程教程	聚焦于单细胞RNA-seq分析的预处理和下游分析步骤	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	数据集、基因表达数据	NA
8	2024-08-05	Agouti-Related Protein 2 Is a New Player in the Teleost Stress Response System 2019-06-17, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2019.05.021 PMID:31178320	研究论文	本文探讨了Agouti相关蛋白2在鱼类应激反应系统中的新作用	本文首次揭示了AgRP2作为神经内分泌因子在斑马鱼应激反应中的调节角色	研究主要集中在斑马鱼模型上，可能不适用于其他物种	研究AgRP2在斑马鱼应激反应系统中的功能	斑马鱼中的AgRP1和AgRP2基因及其表达细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	涉及的样本数量未具体说明
9	2024-08-07	Molecular recording of mammalian embryogenesis 2019-06, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1184-5 PMID:31086336	研究论文	本文介绍了一种灵活、高信息量的多通道分子记录器，并将其应用于小鼠从受精到原肠胚形成的细胞命运图谱构建。	本文提出了一种新的分子记录器，能够进行高分辨率的细胞谱系记录，并结合单细胞RNA测序数据，揭示了胚胎内外胚层细胞的转录收敛性。	NA	旨在通过分子记录器构建小鼠胚胎发育的细胞命运图谱，并理解发育过程中的细胞谱系和分化关系。	小鼠胚胎发育过程中的细胞谱系和分化关系。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	分子记录数据	NA
10	2024-08-07	Computational analysis of single-cell transcriptomics data elucidates the stabilization of Oct4 expression in the E3.25 mouse preimplantation embryo 2019-06-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-019-45438-y PMID:31222057	研究论文	本研究通过计算分析32至64细胞阶段的E3.25小鼠胚胎的单细胞转录组数据，揭示了Oct4表达在植入前胚胎中的稳定机制	发现了非自主机制，基于ICM中至少四个细胞接触，激活植入前胚胎中的Oct4表达，并稳定在高水平	NA	阐明E3.25小鼠胚胎中Oct4表达的稳定机制及其与早期多能状态的关系	E3.25小鼠胚胎的单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞微阵列转录组学	Hierarchical Optimal k-Means (HOkM) 聚类	转录组数据	超过3,800个基因在E3.25-HNC的ICM细胞中表现出转录组分叉
11	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Human Lung Provides Insights into the Pathobiology of Pulmonary Fibrosis 2019-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201712-2410OC PMID:30554520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肺组织，以揭示肺纤维化发病机制中的细胞群体变化	发现了在肺纤维化患者中特有的一类促纤维化肺泡巨噬细胞，并识别出在肺纤维化过程中出现的稀有细胞群体，如气道干细胞和衰老细胞	研究样本量相对较小，且仅限于肺移植捐赠者和接受者以及一例特发性肺纤维化患者的样本	探究单细胞RNA测序是否能揭示肺纤维化患者肺组织中肺泡巨噬细胞、上皮细胞等细胞类型的疾病相关异质性	肺纤维化患者的肺组织细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名肺移植捐赠者、8名肺纤维化接受者及1名特发性肺纤维化患者的肺组织样本
12	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals novel gene expression signatures of trastuzumab treatment in HER2+ breast cancer: A pilot study 2019-Jun, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000015872 PMID:31261495	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的基因表达谱变化	首次在单细胞水平上研究了曲妥珠单抗治疗患者的转录组特征，揭示了新的基因表达特征及其在乳腺癌和心脏毒性中的作用	作为一项试点研究，样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	探索曲妥珠单抗治疗HER2阳性乳腺癌的分子机制及其引起的心脏毒性	HER2阳性乳腺癌患者在接受曲妥珠单抗治疗前后的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	461个差异表达基因
13	2024-08-09	Single-cell data-driven mathematical model reveals possible molecular mechanisms of embryonic stem-cell differentiation 2019-06-24, Mathematical biosciences and engineering : MBE DOI:10.3934/mbe.2019294 PMID:31499743	研究论文	本文开发了一种数学模型，用于详细探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制	首次利用单细胞RNA测序数据和粒子群优化算法构建数学模型，揭示了KLF8与CDH1和ZEB1之间的动态关系及其在胚胎干细胞分化中的作用	NA	探索KLF8在人类胚胎干细胞分化过程中的分子机制	KLF8、CDH1和ZEB1基因在人类胚胎干细胞分化中的作用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	基因表达数据	NA
14	2024-08-09	Obesity remodels activity and transcriptional state of a lateral hypothalamic brake on feeding 2019-06-28, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aax1184 PMID:31249056	研究论文	本文通过高吞吐量的单细胞RNA测序和纵向体内双光子钙成像技术，研究了肥胖小鼠模型中侧下丘脑区域（LHA）的功能改变，该区域是调节进食的高度保守脑区。	首次揭示了肥胖如何影响侧下丘脑区域（LHA）的谷氨酸能神经元的转录谱和功能，以及这种改变如何促进过度进食和肥胖。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的研究来验证这些发现是否适用于人类。	探讨肥胖如何通过神经适应性改变侧下丘脑区域（LHA）的功能，从而影响进食行为。	侧下丘脑区域（LHA）的谷氨酸能神经元及其在肥胖状态下的功能和转录状态。	神经科学	肥胖	单细胞RNA测序，双光子钙成像	NA	转录组数据，钙成像数据	小鼠模型
15	2024-08-09	Developmental kinetics and transcriptome dynamics of stem cell specification in the spermatogenic lineage 2019-06-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10596-0 PMID:31243281	研究论文	本文通过多转基因报告小鼠模型、单细胞RNA测序和移植分析，研究了哺乳动物精子发生系中干细胞特化的发育动力学和转录组动态	揭示了从胎儿期前体细胞到新生儿期精原细胞的异质性前体细胞群在晚期胎儿和新生儿发育期间的动态变化，并证明了胎儿期前体细胞中存在预编程的干细胞命运	NA	定义从前体细胞到精原干细胞的轨迹	哺乳动物精子发生系中的干细胞特化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	多转基因报告小鼠模型
16	2024-08-09	Single-Cell RNA-Seq Reveals Developmental Origins and Ontogenetic Stability of Neurexin Alternative Splicing Profiles 2019-06-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.05.090 PMID:31242409	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了小鼠成熟和胚胎细胞中neurexin多样性的起源及其在发育过程中的稳定性	发现了发育相关细胞中共享的neurexin表达模式，并展示了neurexin表达模式在早期发育阶段确定并在神经元成熟过程中保持不变	NA	揭示neurexin替代剪接模式的发育起源和个体发生稳定性	neurexin的替代剪接模式及其在不同细胞类型中的表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多组小鼠成熟和胚胎细胞
17	2024-08-09	Single-Cell RNA-seq: Introduction to Bioinformatics Analysis 2019-06, Current protocols in molecular biology DOI:10.1002/cpmb.92 PMID:31237421	研究论文	本文介绍了单细胞RNA测序（RNA-seq）数据的生物信息学分析流程	提供了当前公开可用的计算工具来分析单细胞RNA-seq数据，并专注于单细胞转录组异质性的解释以及细胞簇和簇间差异表达基因的识别	NA	探索细胞群体的异质性并理解不同细胞中的分子机制	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	转录组数据	NA
18	2024-08-09	Single-cell sequencing of neonatal uterus reveals an Misr2+ endometrial progenitor indispensable for fertility 2019-06-24, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.46349 PMID:31232694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了Misr2+细胞在新生小鼠子宫中的持久性及其对生育能力的影响	首次揭示了新生小鼠子宫中Misr2+细胞的持久性及其在生育中的关键作用	研究主要集中在小鼠模型上，对人类的具体影响尚需进一步研究	探究Misr2+细胞在新生子宫发育中的作用及其对生育能力的影响	新生小鼠和人类的子宫中的Misr2+细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
19	2024-08-09	Integrative inference of subclonal tumour evolution from single-cell and bulk sequencing data 2019-06-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10737-5 PMID:31227714	研究论文	本文介绍了B-SCITE方法，该方法首次从单细胞和批量测序数据中推断肿瘤的亚克隆进化	B-SCITE是首个结合单细胞和批量测序数据来推断肿瘤谱系的方法，其在树重建精度和亚克隆识别方面优于现有方法	NA	理解肿瘤的克隆结构和进化历史，以克服由于耐药细胞群导致的治疗失败	肿瘤的亚克隆进化	数字病理学	NA	单细胞测序和批量测序	NA	单细胞和批量测序数据	数量适中的单细胞样本和受拷贝数变化影响的批量等位基因频率数据
20	2024-08-09	Fcmr regulates mononuclear phagocyte control of anti-tumor immunity 2019-06-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10619-w PMID:31213601	研究论文	本文研究了Fcmr（Toso）在调节髓系细胞对肿瘤免疫控制中的作用	首次展示了Fcmr在调节髓系细胞对肿瘤免疫反应中的作用，并发现Fcmr缺陷增强了抗肿瘤免疫	NA	探究Fcmr在肿瘤微环境中对髓系细胞功能的调节作用	Fcmr在髓系细胞中的作用及其对肿瘤免疫的影响	NA	黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA