单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-09	Single-cell transcriptomes of the regenerating intestine reveal a revival stem cell 2019-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1154-y PMID:31019301	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了再生小肠中的特定细胞类型，即复苏干细胞（revSC），并探讨了其在肠道再生中的作用	首次鉴定出一种新的干细胞类型——复苏干细胞（revSC），并揭示了其在肠道再生中的重要作用	NA	研究肠道再生过程中的特定细胞类型及其作用机制	小肠再生过程中的细胞类型和功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠肠道样本
42	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics of Human and Mouse Lung Cancers Reveals Conserved Myeloid Populations across Individuals and Species 2019-05-21, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2019.03.009 PMID:30979687	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肺肿瘤中的肿瘤浸润髓系细胞（TIMs），揭示了跨个体和物种的髓系细胞群体的保守性	首次在单细胞水平上揭示了人及小鼠肺肿瘤中TIMs的多样性和保守性，为免疫治疗提供了新的潜在靶点	研究主要集中在肺肿瘤中的髓系细胞，其他类型的肿瘤或细胞群体未被涉及	确定肺肿瘤中TIMs的景观，并探索其作为免疫治疗靶点的潜力	人及小鼠的非小细胞肺癌中的肿瘤浸润髓系细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	涉及多个非小细胞肺癌患者及小鼠样本
43	2024-08-09	Single-Cell Transcriptomics Uncovers Glial Progenitor Diversity and Cell Fate Determinants during Development and Gliomagenesis 2019-05-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2019.03.006 PMID:30982771	研究论文	通过应用定向谱系的单细胞转录组学技术，揭示了发育中大脑和胶质瘤发生过程中胶质前体细胞的多样性和细胞命运决定因素	发现了胶质前体细胞池的意外多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用，并确定了Zfp36l1在调节胶质细胞命运决定和控制胶质瘤发生中的关键作用	NA	解析发育和肿瘤发生过程中常见和差异胶质前体细胞的动态谱系	胶质前体细胞的多样性及其在脑肿瘤恶性转化中的作用	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
44	2024-08-09	Evaluating measures of association for single-cell transcriptomics 2019-05, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-019-0372-4 PMID:30962620	研究论文	本文评估了17种关联度量方法在单细胞转录组学中重建细胞网络、聚类同类型细胞以及将细胞类型特异性转录程序与疾病关联的能力	本文首次大规模评估了多种关联度量方法在单细胞转录组学中的表现，并提供了数据驱动的指导	NA	探讨单细胞转录组学中识别基因-基因和细胞-细胞关系的最佳关联度量方法	单细胞转录组学数据中的基因-基因和细胞-细胞关系	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数千个细胞
45	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing Identifies Candidate Renal Resident Macrophage Gene Expression Signatures across Species 2019-05, Journal of the American Society of Nephrology : JASN IF:10.3Q1 DOI:10.1681/ASN.2018090931 PMID:30948627	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞基因表达特征	首次通过单细胞RNA测序技术定义了跨物种的候选肾脏驻留巨噬细胞的细胞表面标记物	目前尚无法在不同物种中识别相同的驻留巨噬细胞类型	确定能跨物种识别驻留巨噬细胞的新标记物	小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织中的CD45+先天免疫细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠、大鼠、猪和人类肾脏组织样本
46	2024-08-09	Involvement of the myeloid cell compartment in fibrogenesis and systemic sclerosis 2019-05, Nature reviews. Rheumatology DOI:10.1038/s41584-019-0212-z PMID:30953037	综述	本文综述了骨髓细胞在系统性硬化症（SSc）纤维化过程中的作用	探讨了骨髓细胞在SSc纤维化中的关键作用，并提出其作为疾病生物标志物的潜在价值	NA	总结当前关于骨髓细胞在SSc患者纤维化中作用的知识	骨髓细胞在系统性硬化症纤维化中的功能	NA	系统性硬化症	质谱流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	NA	NA
47	2024-08-09	High-Dimensional Single-Cell Cartography Reveals Novel Skeletal Muscle-Resident Cell Populations 2019-05-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2019.02.026 PMID:30922843	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和质谱流式细胞术的结合方法，精确绘制了成年小鼠肌肉中10种不同的单核细胞类型图谱，并鉴定了每种细胞类型的关键区分标记	本文发现了两个先前研究不足的细胞群体，其中一个表达转录因子scleraxis，能在体外生成tenocytes；另一个表达平滑肌和间充质细胞的标记，具有成肌潜能并促进MuSC植入	NA	揭示骨骼肌组织细胞组成，为研究肌肉疾病提供新见解	成年小鼠骨骼肌中的细胞群体	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，质谱流式细胞术	NA	基因表达数据	成年小鼠肌肉中的10种不同单核细胞类型
48	2024-08-09	Single-cell transcriptome analysis of Physcomitrella leaf cells during reprogramming using microcapillary manipulation 2019-05-21, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz181 PMID:30873540	研究论文	本文介绍了一种使用微毛细管操纵的单细胞数字基因表达（1cell-DGE）方法，用于在保持细胞位置信息的同时，从完整组织中提取单个活细胞的内容物进行单细胞RNA测序（scRNA-seq），并分析了苔藓Physcomitrella patens叶片细胞在重编程过程中的差异表达基因。	本文创新性地开发了1cell-DGE方法，能够在不分离细胞的情况下，通过微毛细管操纵技术获取单个细胞的转录组信息，并保留细胞的位置信息。	该方法的应用受限于能够从原始组织中分离的细胞类型，且难以在原位获得这些细胞的精确位置信息。	研究目的是开发一种新的单细胞RNA测序方法，用于分析细胞在重编程过程中的基因表达变化。	研究对象是苔藓Physcomitrella patens的叶片细胞在重编程过程中的基因表达。	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	在0小时和24小时后切除的叶片细胞中，识别了6382个差异表达基因
49	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing and Optical Electrophysiology of Human Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Cardiomyocytes Reveal Discordance Between Cardiac Subtype-Associated Gene Expression Patterns and Electrophysiological Phenotypes 2019-05-15, Stem cells and development IF:2.5Q2 DOI:10.1089/scd.2019.0030 PMID:30892143	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和光学电生理学技术，分析人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞的基因表达模式与电生理表型之间的一致性	发现心肌细胞亚型相关的基因表达模式无法准确分类细胞的电生理功能，但某些基因表达的变化可以影响电生理成熟	单细胞基因表达模式无法区分心肌细胞的亚型，如心房、心室或结节型	评估单细胞基因表达是否足以预测iPSC衍生心肌细胞的电生理特性	人诱导多能干细胞衍生的心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	数百个hiPSC衍生的心肌细胞
50	2024-08-09	The myriad possibility of kidney organoids 2019-05, Current opinion in nephrology and hypertension IF:2.2Q2 DOI:10.1097/MNH.0000000000000498 PMID:30865165	综述	本文综述了近年来在人多能干细胞衍生的肾脏类器官领域的最新进展，包括分化协议、分析工具及其应用	肾脏类器官作为一种新的体外系统，能够覆盖早期肾发生的窗口，并具有疾病建模的能力。通过全局分析工具如RNA测序和蛋白质组学，为肾脏类器官的研究提供了新的和意外的见解	尽管存在一些限制，但人多能干细胞衍生的肾脏类器官是研究肾脏发育和疾病的真实且实用的模型	旨在总结肾脏类器官的最新进展，并探讨其在组织再生、药物筛选和疾病建模方面的应用	人多能干细胞衍生的肾脏类器官	NA	NA	RNA测序、蛋白质组学	NA	细胞	NA
51	2024-08-09	SuperCT: a supervised-learning framework for enhanced characterization of single-cell transcriptomic profiles 2019-05-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkz116 PMID:30799483	研究论文	本文提出了一种基于监督学习的单细胞转录组特征增强分析框架SuperCT	该框架通过训练可扩展的监督分类器，实现了对单细胞表达谱输入后立即揭示单细胞身份的功能，相比传统方法具有更高的准确性、鲁棒性、兼容性和可扩展性	NA	提高单细胞转录组数据分析的效率和准确性	单细胞转录组数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	监督学习分类器	转录组数据	多个单细胞RNA测序数据集
52	2024-08-09	Microdiversity and temporal dynamics of marine bacterial dimethylsulfoniopropionate genes 2019-05, Environmental microbiology IF:4.3Q2 DOI:10.1111/1462-2920.14560 PMID:30761723	研究论文	研究评估了在蒙特利湾为期三周的时间内，海洋细菌中与气候相关的二甲基硫代丙酸酯（DMSP）基因的多样性和丰度，以及这些基因与浮游植物群落组成的关系	首次展示了特定细菌DMSP降解群组与浮游植物种类之间的相关性	NA	研究海洋细菌中DMSP基因的多样性和时间动态，以及这些基因与浮游植物群落的关系	海洋细菌中的DMSP基因及其与浮游植物群落的关系	NA	NA	元基因组装和单细胞测序	NA	基因序列	为期三周的时间跨度，2014年9月至10月在蒙特利湾
53	2024-08-09	Integrative single-cell analysis 2019-05, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0093-7 PMID:30696980	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术成熟与多种单细胞测量技术结合的最新进展，重点讨论了基因表达数据与其他类型单细胞测量数据的整合分析方法。	文章介绍了整合多种单细胞数据类型的新方法，这些方法能够跨数据类型学习，发现细胞模态间的关系，并学习细胞状态的整体表示。	NA	探讨单细胞分辨率下不同数据类型的收集与整合，特别是基因表达数据与其他单细胞测量数据的整合。	单细胞RNA测序数据与其他单细胞测量数据的整合分析。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据、遗传数据、表观遗传数据、空间数据、蛋白质组数据、谱系信息	NA
54	2024-08-09	Publisher Correction: Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data 2019-05, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-019-0095-5 PMID:30670832	correction	本文是对先前发表的文章中的排版错误的更正，涉及表格1中某些聚类工具的超链接URL和参考列表中的粗体文本注释编号	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
55	2024-08-09	The Tcf21 lineage constitutes the lung lipofibroblast population 2019-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00254.2018 PMID:30675802	研究论文	本文研究了转录因子Tcf21在肺部间质发育中的作用，特别是其在胚胎发育和成年期中对脂质成纤维细胞的调控作用	首次详细描述了Tcf21在胚胎发育和成年期中对脂质成纤维细胞的调控作用，并介绍了可诱导Cre小鼠系作为一种新方法来识别和操纵脂质成纤维细胞	NA	探索Tcf21间质谱系在胚胎发育和成年期中的作用	Tcf21表达细胞在胚胎和成年肺中的发育和功能	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组	涉及胚胎和成年期的Tcf21表达细胞
56	2024-08-09	Challenges in unsupervised clustering of single-cell RNA-seq data 2019-05, Nature reviews. Genetics DOI:10.1038/s41576-018-0088-9 PMID:30617341	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据无监督聚类所面临的挑战	NA	NA	探讨单细胞RNA测序数据无监督聚类的计算难题及其生物学解释和注释的困难	单细胞RNA测序数据的无监督聚类	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	转录组数据	NA
57	2024-08-09	Deconstructing Retinal Organoids: Single Cell RNA-Seq Reveals the Cellular Components of Human Pluripotent Stem Cell-Derived Retina 2019-05, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.2963 PMID:30548510	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了从人类胚胎干细胞衍生的视网膜类器官在三个分化时间点的细胞组成	首次利用单细胞RNA测序技术揭示了视网膜类器官中关键细胞类型的有序生成过程	NA	探究视网膜类器官的细胞生物学特性及其相互作用	人类胚胎干细胞衍生的视网膜类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个时间点的视网膜类器官样本
58	2024-08-09	Insights Into Local Orbital Immunity: Evidence for the Involvement of the Th17 Cell Pathway in Thyroid-Associated Ophthalmopathy 2019-05-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism DOI:10.1210/jc.2018-01626 PMID:30517642	研究论文	本研究探讨了甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联，并发现Th17细胞途径在TAO中的重要作用。	首次揭示了TAO眼眶微环境中Th17和Th2细胞反应的增加，以及CD34+眼眶成纤维细胞在促进Th17细胞表型中的作用。	NA	研究甲状腺相关眼病（TAO）中眼眶免疫微环境与疾病发展的关联。	TAO和对照组的眼眶结缔组织。	NA	甲状腺相关眼病	单细胞测序、多色流式细胞术、共培养实验和western blotting	NA	细胞	TAO和对照组的眼眶结缔组织样本