单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-09	Low ambient humidity impairs barrier function and innate resistance against influenza infection 2019-05-28, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1902840116 PMID:31085641	研究论文	研究低湿度环境对小鼠流感感染屏障功能和先天抵抗力的影响	首次揭示了低湿度环境通过影响黏膜纤毛清除、先天抗病毒防御和组织修复，增强小鼠对流感病毒的易感性	研究仅限于特定基因型的小鼠模型，可能不适用于所有人群	探究低湿度环境对宿主流感病毒感染防御和疾病结果的影响	Mx1同源小鼠在低湿度环境下的流感病毒感染反应	NA	流感	单细胞RNA测序	NA	RNA	Mx1同源小鼠
22	2024-08-09	Comments on the model parameters in "SiFit: inferring tumor trees from single-cell sequencing data under finite-sites models" 2019-05-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1692-5 PMID:31096998	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
23	2024-08-09	Hydro-Seq enables contamination-free high-throughput single-cell RNA-sequencing for circulating tumor cells 2019-05-15, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-10122-2 PMID:31092822	研究论文	本文介绍了一种名为Hydro-Seq的高通量单细胞RNA测序技术，用于循环肿瘤细胞的无污染分析	Hydro-Seq技术具有高细胞捕获效率和污染去除能力，能够成功对666个来自21名乳腺癌患者的循环肿瘤细胞进行高通量单细胞RNA测序	NA	开发一种新的技术以提高循环肿瘤细胞的单细胞RNA测序效率和减少血液细胞污染	循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	666个循环肿瘤细胞，来自21名乳腺癌患者
24	2024-08-09	High-Throughput Single-Cell Transcriptome Profiling of Plant Cell Types 2019-05-14, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.054 PMID:31091459	research paper	本文利用高吞吐量的Drop-seq方法对拟南芥根部的超过12,000个细胞进行单细胞转录组分析	首次广泛应用单细胞转录组测序技术于植物细胞类型分析，揭示了不同细胞类型及其标记基因，并展示了环境条件对植物发育过程的影响	NA	展示单细胞RNA测序技术在植物发育过程分析中的应用及其对外部刺激的响应	拟南芥根部的细胞类型及其在不同环境条件下的变化	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过12,000个细胞
25	2024-08-09	Single-Cell RNA-Sequencing Identifies Activation of TP53 and STAT1 Pathways in Human T Lymphocyte Subpopulations in Response to Ex Vivo Radiation Exposure 2019-May-10, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms20092316 PMID:31083348	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了人类淋巴细胞亚群在体外辐射暴露后3小时的基因表达变化	首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了不同T淋巴细胞亚群在伽马射线暴露后的基因表达差异	研究仅限于体外实验，且样本量相对较小	探讨空间辐射暴露对人类细胞DNA损伤及损伤反应的机制	人类T淋巴细胞亚群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	约700个辐射暴露细胞和700个非辐射对照细胞
26	2024-08-09	Distinct modes of cell competition shape mammalian tissue morphogenesis 2019-05, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-019-1199-y PMID:31092920	research paper	本文通过活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学和遗传学方法，揭示了在小鼠皮肤发育过程中，两种细胞竞争机制如何依次塑造和维持分层组织的结构。	首次在小鼠皮肤发育中识别出两种细胞竞争机制，并展示了这些机制如何动态调整以适应组织结构复杂性的增加。	NA	探究细胞竞争在哺乳动物组织形态发生中的作用及其进化普遍性。	小鼠皮肤发育过程中的细胞竞争机制。	生物学	NA	活体成像、谱系追踪、单细胞转录组学	NA	图像、转录组数据	NA
27	2024-08-09	Multiplexed single-cell RNA-seq via transient barcoding for simultaneous expression profiling of various drug perturbations 2019-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.aav2249 PMID:31106268	研究论文	本文开发了一种通过短暂转染短条形码寡核苷酸的通用样本条形码方法，用于同时分析多个样本的单细胞RNA测序	提出了一种新的单细胞RNA测序方法，通过短暂转染条形码寡核苷酸，实现了对多个样本的同时分析	NA	开发一种新的单细胞RNA测序方法，以同时分析多个样本	单细胞RNA测序技术在多个样本中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	48个药物处理样本
28	2024-08-09	Prosurvival kinase PIM2 is a therapeutic target for eradication of chronic myeloid leukemia stem cells 2019-05-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1903550116 PMID:31068472	研究论文	本文研究了慢性髓性白血病（CML）干细胞对药物伊马替尼（IM）的内在抗性，并发现生存促进激酶PIM2是选择性消除CML干细胞的治疗靶点	通过单细胞RNA测序技术，从同一患者分离的CML干细胞和正常造血干细胞中鉴定出PIM2基因，并发现其通过磷酸化抑制促凋亡蛋白BAD来维持CML干细胞对IM的抗性	实验主要在CML小鼠模型中进行，需要在更多临床样本中验证	探索CML干细胞对IM的抗性机制，并寻找新的治疗靶点	慢性髓性白血病干细胞和正常造血干细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自同一患者的CML干细胞和正常造血干细胞
29	2024-08-09	Temporal patterning of apical progenitors and their daughter neurons in the developing neocortex 2019-05-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aav2522 PMID:31073041	研究论文	研究使用单细胞RNA测序技术，追踪小鼠胚胎中连续几代顶端前体细胞（APs）及其子代神经元的分子身份	发现了驱动APs从内部驱动状态向更多外部感知状态转变的核心进化保守的、时间模式化的基因集，并揭示了Polycomb抑制复合物2（PRC2）在表观遗传上调控AP时间进程的作用	NA	探究皮质发生过程中顶端前体细胞及其子代神经元在分子水平上的时间模式化机制	小鼠胚胎中的顶端前体细胞（APs）及其子代神经元	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
30	2024-08-09	scNPF: an integrative framework assisted by network propagation and network fusion for preprocessing of single-cell RNA-seq data 2019-May-08, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-019-5747-5 PMID:31068142	研究论文	本文介绍了scNPF框架，该框架利用网络传播和网络融合技术进行单细胞RNA测序数据预处理	scNPF框架结合了先验交互网络的全局拓扑结构和单细胞RNA测序数据中的特定上下文信息，以数据驱动的方式增强基因间关系	NA	开发一种用于单细胞RNA测序数据预处理的综合框架	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络传播和网络融合	基因表达矩阵	多种单细胞RNA测序数据集
31	2024-08-09	Dissecting the Single-Cell Transcriptome Network Underlying Gastric Premalignant Lesions and Early Gastric Cancer 2019-05-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2019.04.052 PMID:31067475	研究论文	本研究构建了一个包含32,332个高质量细胞的单细胞图谱，这些细胞来自涵盖胃癌前病变和早期胃癌（EGC）患者的胃窦黏膜活检样本，并利用单细胞RNA测序技术构建了胃上皮细胞在不同病变中的细胞和分子特征的单细胞网络。	发现了腺体黏液细胞在肠化生过程中倾向于获得类似肠干细胞表型，并鉴定了OR51E1作为早期恶性病变中独特内分泌细胞的标记物。此外，发现HES6可能标记前杯状细胞簇，有助于早期识别肠化生。	NA	探索胃癌前病变和早期胃癌中单细胞转录组网络的特征。	胃癌前病变和早期胃癌患者的胃窦黏膜细胞。	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	32,332个高质量细胞
32	2024-08-09	SCRABBLE: single-cell RNA-seq imputation constrained by bulk RNA-seq data 2019-05-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1681-8 PMID:31060596	研究论文	本文介绍了一种名为SCRABBLE的算法，用于解决单细胞RNA测序数据中大量零表达基因的问题	SCRABBLE算法利用批量RNA测序数据作为约束，减少了在插补过程中对表达基因的不必要偏差	NA	解决单细胞RNA测序数据中零表达基因的问题	单细胞RNA测序数据中的零表达基因	基因组学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
33	2024-08-09	Distinct immunocyte-promoting and adipocyte-generating stromal components coordinate adipose tissue immune and metabolic tenors 2019-05-03, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.aaw3658 PMID:31053654	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，识别了内脏脂肪组织（VAT）中主要的IL-33产生细胞，并探讨了这些细胞在生理和病理状态下的调节机制。	首次识别了VAT中特定的间充质基质细胞亚型作为主要的IL-33产生细胞，并揭示了它们在肥胖等病理状态下的重塑机制。	NA	研究内脏脂肪组织中免疫和代谢调控的关键细胞类型及其在病理状态下的变化。	内脏脂肪组织中的间充质基质细胞和调节性T细胞。	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
34	2024-08-09	Generalized gene co-expression analysis via subspace clustering using low-rank representation 2019-May-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2733-5 PMID:31074376	研究论文	本文提出了一种通过子空间聚类和低秩表示进行广义基因共表达分析的新算法	该方法不依赖于相关性作为基因间相似度的度量，而是利用子空间聚类来构建基因共表达网络，能够识别出非高度相关的生物学意义基因模块	NA	旨在开发一种新的基因共表达网络分析方法，以发现具有潜在生物学功能的基因模块	基因共表达模块	生物信息学	NA	低秩表示	子空间聚类	微阵列数据，单细胞RNA测序数据	三个大型微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集
35	2024-08-09	VPAC: Variational projection for accurate clustering of single-cell transcriptomic data 2019-May-01, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2742-4 PMID:31074382	研究论文	本文提出了一种名为VPAC的新型基于模型的算法，用于通过变分投影对单细胞转录组数据进行准确聚类	VPAC算法假设单细胞样本在潜在空间中遵循高斯混合分布，并通过综合验证实验证明其不仅适用于离散计数和归一化连续数据，还能适应不同的数据维度、数据集大小和数据稀疏性	NA	开发一种新的计算方法，以应对从单细胞RNA测序数据中识别潜在细胞类型的挑战	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	高斯混合模型	转录组数据	不同数据集大小
36	2024-08-09	scMerge leverages factor analysis, stable expression, and pseudoreplication to merge multiple single-cell RNA-seq datasets 2019-05-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1820006116 PMID:31028141	研究论文	本文介绍了一种名为scMerge的算法，该算法利用因子分析、稳定表达基因和跨数据集的伪重复来整合多个单细胞RNA测序数据集	scMerge算法通过去除不想要的因子，提高了细胞类型的分离效果，并通过强大的数据整合增强了生物学发现的潜力	NA	旨在通过整合多个单细胞RNA测序数据集来获得更深入的生物学见解	多个单细胞RNA测序数据集	基因组学	NA	单细胞RNA测序	因子分析	基因表达数据	使用了大量公开数据集
37	2024-08-09	scruff: an R/Bioconductor package for preprocessing single-cell RNA-sequencing data 2019-May-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-019-2797-2 PMID:31046658	research paper	本文介绍了一个名为scruff的R/Bioconductor包，用于预处理基于CEL-Seq或CEL-Seq2协议生成的单细胞RNA测序数据，并提供全面的数据质量指标和可视化功能	scruff包提供了新的和广泛的功能，用于可视化多个实验中细胞的预对齐和后对齐数据质量指标，并支持来自10X Genomics的Cell Ranger生成的多个实验的序列对齐文件的质量指标可视化	NA	开发一个能够轻松预处理数据并快速可视化多个样本或运行中个体细胞质量指标和读取对齐的R包	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个实验中的个体细胞
38	2024-08-09	Single-cell transcriptomic landscape of nucleated cells in umbilical cord blood 2019-05-01, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giz047 PMID:31049560	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，对脐带血中的有核细胞进行了全面的转录组分析	揭示了先前未被识别的细胞类型、通路和基因表达调控机制	NA	探索脐带血中有核细胞的异质性和多样性，为脐带血移植提供新的研究资源	脐带血中的有核细胞	数字病理学	血液癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	17,637个脐带血细胞，涵盖12种主要细胞类型及其亚群
39	2024-08-09	Droplet-based single cell RNAseq tools: a practical guide 2019-05-14, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/c8lc01239c PMID:30997473	review	本文通过比较三种主要的基于液滴的单细胞RNA测序系统（Drop-seq、inDrop和Chromium 10X）及其衍生系统，提供了一个实用的指南，涵盖了典型的单细胞RNA测序实验的所有步骤	NA	讨论了这些系统的局限性及其在基因组细胞计数新兴领域中的应用	理解这些系统深入探究生物学的能力	基于液滴的单细胞RNA测序系统	基因组学	NA	scRNA-seq	NA	RNA	NA
40	2024-08-09	A Single-Cell RNA Sequencing Profiles the Developmental Landscape of Arabidopsis Root 2019-05-06, Molecular plant IF:17.1Q1 DOI:10.1016/j.molp.2019.04.004 PMID:31004836	研究论文	本研究利用高通量单细胞RNA测序技术，揭示了拟南芥根部细胞转录组的高度异质性，并识别了24个潜在的细胞群及其特异性标记基因	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了拟南芥根部细胞的高度异质性及其在根细胞分化过程中的中间状态表达特征	NA	探索拟南芥根部细胞在动态发育过程中的转录调控	拟南芥根部细胞的转录组异质性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	多个拟南芥根部细胞